烟草赤星病菌遗传多样性的ISSR和RAPD标记比较分析

采用ISSR和RAPD 2种分子标记方法对来自不同地区的28份烟草赤星病菌进行遗传多样性分析,筛选后选用10个ISSR引物和10个RAPD引物,ISSR扩增出多态性条带112条,多态性条带百分率为86.82%,菌株间相似性系数为0.53～0.97;RAPD引物扩增出多态性条带70条,多态性条带百分率为81.39%,菌株间相似性系数为0.57～0.94;用SPSS17.0软件对2种标记遗传距离进行相关性分析,发现2种分子标记结果呈显著正相关,表明2种分子标记方法都适合于烟草赤星病菌遗传多样性研究,ISSR是一种多态性优于RAPD的标记技术。根据2种标记的结果,利用NTSYS软件按UPGMA方法进行聚类分析,发现烟草赤星病菌遗传多样性与地理差异没有显著相关性。     

黄瓜霜霉菌毒性及分子多态性分析

采用7个具有不同抗病性、生态型及标记聚类的黄瓜品种(系)对来自哈尔滨、长春、沈阳、北京、青岛、郑州、徐州、西安8个城市的18个黄瓜霜霉菌株进行了毒性及RAPD标记多态性分析。结果表明,供试菌株存在毒力分化,初步划分为12个毒性类型。利用27个RAPD随机引物对18个菌株进行全基因组DNARAPD扩增共得到230个RAPD标记,其中多态性标记212个,占92.2%。当以欧氏距离8.5为标准时可将供试菌株分为4个类群。菌株间相似系数介于0.267～0.754,各菌株之间的相似性系数较低,在DNA水平上存在差异,具有丰富的遗传多样性。     

RAPD、ISSR分子标记联合鉴定毛木耳菌株的研究

以10个不同来源的毛木耳菌株为试验材料,采用随机扩增多态性(RAPD)、简单重复序列间扩增(ISSR) 2种分子标记技术对供试菌株进行鉴定及遗传多样性分析。结果表明,RAPD、ISSR分子标记的多态性比率分别为100%、93.75%。RAPD、ISSR联合使用比单独使用更能准确鉴别毛木耳菌株。综合RAPD、ISSR的多态性位点进行UPGMA聚类分析,供试菌株间相异距离为0.13～0.87,遗传多样性较丰富。在相异距离为0.60时,所有供试菌株被分为5个群体,包括2个复合群体和3个单一群体。2个复合群体中,菌株43、43-28为一个群体,相异距离为0.48,说明这2个菌株遗传距离较近。菌株大光、白背毛木耳、781、黄背木耳、台耳134这5个菌株为另一大的群体,相异距离为0.40,遗传距离较近。白背毛木耳可能是名称混淆的菌株。川毛10号、99丰、43-1为3个单独群体。供试菌株有丰富的遗传多样性,5个群体之间菌株遗传距离较远,可作为育种亲本的选配菌株。     

四川不同地区硬头黄竹RAPD和ISSR分析

以四川不同地区硬头黄竹为研究对象.通过随机扩增多态性DNA标记(RAPD)和简单序列重复区间(ISSR)标记进行扩增,探讨硬头黄竹的遗传多样性.研究表明,6个RAPD引物扩增出了42条条带,多态性高达69.05%;5个ISSR引物扩增出了47条条带,多态性为61.70%.利用Popgen32进行聚类分析,聚类结果可将不同地区的硬头黄竹类型区分开来.其遗传距离分别为0.182 3～0.602 2和0.043 5～0.672 1,说明RAPD和ISSR分子标记为硬头黄竹的遗传改良提供了理论依据.     

四川省不同地区梁山慈竹RAPD与ISSR遗传多样性研究

应用随机扩增多态性DNA(RAPD)和简单重复序列区间(ISSR)对四川省6个不同地区梁山慈竹进行遗传多样性分析。研究表明,筛选出的6个RAPD引物扩增出多态性条带57条,多态性高达95%;筛选出的6个ISSR引物扩增出多态性条带34条,多态性为58.64%。利用Popgen32软件进行聚类分析,结果表明,聚类结果可区分不同地区的梁山慈竹,其遗传距离分别为0.2657-0.9589和0.1092-0.5639,且树状聚类图分类总体趋势一致,表明RAPD和ISSR分子标记结合是一种在DNA水平上有效地检测梁山慈竹遗传结构的优良方法。     

土生空团菌(Cenococcum geophilum Fr.)的菌种鉴定及其遗传多样性的初步分析

 【目的】鉴定外生菌根真菌土生空团菌（Cenococcum geophilum Fr.（Cg））菌种，分析土生空团菌的遗传多样性，探讨影响土生空团菌遗传分化的因素。【方法】采用形态特征结合PCR方法，从分离自6种寄主植物的27个中国菌株和来自法国的5个Cg菌株中鉴定出20个Cg菌株。利用PCR-限制性片段长度多态性（PCR-RFLP）和随机扩增片断多态性DNA（RAPD）两种分子标记方法对这20个Cg菌株进行遗传多样性分析。【结果】PCR-RFLP方法以通用引物ITS1和ITS4对20个Cg菌株的核糖体DNA转录间隔区（ITS）进行了PCR扩增，扩增产物用3种内切酶（EcoRⅠ、HinfⅠ和MboⅠ）酶切，酶切图谱显示菌株间有明显差异。RAPD方法用经过筛选的随机引物（5'-CGCACCGCAC-3'）对20个菌株的基因组DNA进行PCR扩增，扩增产物的片段大小在300～2 000 bp范围之间，共产生19个多态性位点。根据电泳图谱上DNA带的数目、位置及强度进行数值化，用聚类分析软件计算菌株间的遗传距离和遗传相似性，根据遗传距离构建20个菌株的系统聚类图。【结论】来源于不同寄主及地域的20株Cg有着较丰富的遗传多样性；地理环境和寄主对Cg遗传多样性的影响不大。     

安徽省辣椒疫霉菌株遗传多样性的RAPD分析

通过利用RAPD(Random Amplified Polymorphic DNAs)随机引物中筛选到的可扩增出清晰条带、主带明显、稳定的10条引物,对来自安徽合肥、淮南、和县、潜山、岳西、江苏南京和四川邛崃等县市的发病辣椒上分离鉴定获得23个辣椒疫霉菌(Phytophthora capsici)进行全基因组DNA RAPD标记遗传多样性分析。选用引物共标出DNA指纹图带113条,其中多态性条带96条,多态性检测率为84.96%,表明辣椒疫霉菌具有较丰富的遗传多样性。根据引物扩增的DNA指纹图谱,运用UPGMA法分析,以遗传相似系数0.7为阈值,供试菌株被划分为3个遗传聚类组,除部分相同地理来源的菌株被划分为同一组外,其他不同菌株间的遗传相似性与地理来源无直接相关性。     

中国部分地区冠耳霉的遗传多样性研究

为研究来自我国不同地区冠耳霉菌株的遗传多样性,用RAPD和ISSR分子标记,对来自中国安徽、山东、贵州、山西和陕西5省的131个冠耳霉菌株(Conidiobolus coronatus)进行遗传多样性分析。筛出的4个RAPD引物和3个ISSR引物共扩增出131条带,其中多态性条带为129条,多态性比率为98.4%,遗传相似性系数范围在0.59~0.99之间,说明受试的冠耳霉具有较为丰富的遗传多样性。利用RAPD和ISSR标记的结果,采用UPGMA聚类分析方法可将绝大多数供试材料分为4大类群。根据所划分的类群,发现冠耳霉之间的亲缘关系与地理来源存在一定的相关性。研究表明,RAPD和ISSR标记可用于冠耳霉遗传多样性的研究。     

不同基因型小麦及其近缘属黑麦的RAPD分析

采用随机扩增多态性DNA(RAPD)对来自我国不同生态区的21个普通小麦(Triticum aestirum L)品种以及3个小麦近缘属栽培黑麦(Secale cereale)品种的遗传差异进行分析.结果表明,黑麦与普通小麦间的分子标记多态性(66.20%)明显高于普通小麦之间的多态性标记(43.90%).冬春性不同的普通小麦品种间的多态性存在着较大的差异,冬性小麦品种间多态性(40.30%)明显高于春性小麦品种间RAPD多态性(14.66%).黑麦与普通小麦间的平均遗传距离(0.5086)是普通小麦品种间平均遗传距离(0.1378)的4倍.聚类分析表明,利用RAPD标记可以将黑麦和普通小麦以及冬春性普通小麦明显划分开来;来自同一选育单位或同一生态区的小麦品种大多都聚在一起.一些引物能对有些品种进行特异性扩增.因此,利用RAPD标记可以进行小麦品种指纹分析,确定基因型之间遗传差异,进一步划分小麦杂种优势群.     

应用RAPD标记检测淮山种质资源的遗传多样性

采用RAPD标记对7份德化淮山种质进行遗传多态性和遗传距离分析,并构建聚类图。从63个RAPD引物中筛出31个多态性较好的组合,扩增得到了156个多态性标记。结果表明,7份淮山种质依据遗传距离可分为2类,组间的遗传距离为0.32,其中,大铭薯、泉淮1513和泉淮1547的亲缘关系较近,组内的平均遗传距离为0.21,另一类组内的平均遗传距离为0.44。对照田间表型可见,聚类结果相近于传统分类结果。利用RAPD标记能有效地分析淮山的遗传多样性,对杂交优势的利用具有较大的指导意义。     

应用RAPD标记技术研究大花蕙兰种质资源亲缘关系

利用RAPD标记技术对来自2个企业的18个大花蕙兰品种进行了检测。结果表明：从50个10碱基随机引物中筛选出15个多态性高、重复性好的引物,共扩增出92条DNA条带,其中90条为多态性带,占97.8%,平均每个引物扩增多态性带6条。18个种质之间的相似系数变化范围为0.1975～0.6704,平均相似系数为0.4761;遗传距离变化范围为0.3296～0.8025,平均遗传距离0.5239。基于RAPD的扩增结果建立了UPGMA亲缘关系聚类图,18份种质在遗传距离0.5239处被划分为4个类群。供试的18份种质间的遗传亲缘关系与其花色和花枝类型存在一定的相关性。     

RAPD技术在志贺菌及沙门菌鉴别中的应用

以鸡鲍氏志贺菌、鸡白痢沙门菌和痢疾志贺菌为研究对象,分别提取基因组DNA,利用6条随机引物以随机扩增多态性DNA(RAPD)技术对其基因组DNA进行了分析.结果表明,4条随机引物能较好地在这3种菌中检测到多态性分子标记.共扩增出了59个DNA片段,其中3个菌株共有的谱带有7条,而显示多态性的片段有52条,占88.1%.引物P6的扩增图谱可用于3株细菌的鉴别.在对3株细菌扩增中发现,鸡鲍氏志贺菌与人痢疾志贺菌的扩增条带相同率达67%,但各有自己的特征性谱带.鸡沙门菌与志贺菌的扩增谱带相差甚远.     

基于ISSR的野生桑树桑黄菌株遗传多样性分析

为保护开发野生桑树桑黄种质资源,对17个不同来源的野生桑树桑黄菌株开展种内遗传多样性分析,利用简单重复序列间扩增(ISSR)分子标记技术对桑黄菌株DNA进行扩增,分析扩增条带,利用NTSYS软件构建亲缘关系UPGMA聚类图。结果表明:16条ISSR引物中,有10条ISSR引物多态性丰富,条带清晰;10条引物共检测到904个位点,其中,多态性位点717个,多态性百分比79.3%。在DNA指纹图谱中,引物P5、P812扩增条带多态性最高。NTSYS-PC2.10e软件分析表明,17个桑树桑黄遗传相似系数为0.57~0.99。UPGMA聚类分析结果显示,在遗传相似系数(GS)约0.65处,可将17个桑树桑黄划分为2大类群: S4,S23,S26为一大类群,其余为一大类群。综上可知,桑树桑黄种质资源具有丰富的遗传多样性,ISSR分子标记可有效区分不同桑树桑黄菌株。     

RAPD Anlysis of Different Leaf Colour in Euphorbia pulcherrima

Random amplified polymorphic DNA （RAPD） was used to study the diversity of seven E. pulcherrima with different color leaves. Aight 10 bp primers selected from 30 arbitrary primers were applied for amplifying the Euphorbia pulcherrima DNA. Total 62 bands were produced, among which 22 bands （35.48%） were polymorphic. The average numbers of polymorphic DNA bands amplified by each primer were 7.8. Cluster analysis results showed that the genetic background of seven E. pulcherrima was relatively narrow and they had the higher similarity coefficient, which indicated that these seven strains had a near relationship, and that RAPD marking technology may be the effective means for E. pulcherrima classification.     

RAPD分子标记技术用于实验兔品系鉴定的初探

本文选用新西兰白兔(New Zealand White Rabbit,NZWR)、青紫兰兔(Chinchilla Rabbit,CR)、日本白兔(Japanese White Rabbit,JWR)3个品系的血样提取基因组DNA,并应用随机引物扩增多态性DNA技术(Random Amplified Polymorphic DNA,RAPD)进行遗传分析和比较。结果表明,使用随机引物PCR扩增后,扩增产物经琼脂糖凝胶电泳检测共发现78个条带,其中多态性片段25条,占32.1%,从7套共140个随机引物中筛选出10个多态性较高的引物,包括BH9、AD1、BH11、AN12、AN14、O19、AD3、AD19、O4和O14。其中BH9、AD1扩增效果最好,扩增产物有较大的共性和较好的多态性,可作为实验兔品系鉴定的分子依据。日本白兔和新西兰兔片段共享度最高为0.8268,青紫兰兔和日本白兔最低为0.6190,统计结果显示RAPD标记多态性丰富,3品系的种内相似度大于种间相似度。该技术可用于实验兔的遗传检测。     

ISSR和ITS分子标记在黑龙江省野生黑木耳遗传多样性上的应用

利用ISSR和ITS标记对黑龙江省采集的33株野生黑木耳菌株和8个黑龙江省常见栽培菌株进行遗传多样性分析,利用PCR-ISSR体系,选出9个ISSR引物对菌株DNA进行扩增,通过聚类分析对遗传多样性进行分析。结果表明,9个ISSR引物扩增条带103条条带,其中多态性条带95条,多态性比率为92.2%,平均每对引物扩增出条带11.4条,平均每对引物扩增出多态性条带10.6条,平均多态性比例为91.7%。多态性信息含量(PIC)变化在0.063~0.924之间。通过ITS序列对黑木耳菌株进行亲缘关系分析,利用软件ClustalX 1.83和MAGA 4.1进行系统发育分析分析。结果表明,黑木耳ITS1、5.8S、ITS2三个区信息为点比例达到52.1%,遗传位点丰富。两种标记方法均显示黑木耳野生菌株间遗传多样性优于栽培菌株。ISSR和ITS两种方法联合使用可得到较好结果。     

利用RAPD标记分析青麻种质资源的遗传多样性

利用随机扩增多态性DNA(RAPD)分子标记技术对来自全国各地的48份青麻种质资源的遗传多样性进行了检测.结果表明,青麻具有丰富的遗传多样性,在48份青麻种质资源中.17条RAPD引物扩增出191条带,多态性条带比率(PPB)为87.43%,扩增产物片段大小在0.I-3.0kb之间.     

一串红品种（系）遗传多样性RADP分析

用RAPD分子标记技术分析了8个一串红品种(系)DNA的多态性,从200个10碱基随机引物中筛选出多态性高的30个引物,扩增出162条DNA谱带中,119条是多态的,多态性占73.5%,通过聚类分析,获得品种(系)聚类树状图;聚类分析的结果,按照株高可将供试的8个一串红品种(系)分为两大类。     

基于分子标记的江西省芝麻地方种质遗传多样性分析

为进一步评价“第三次全国农作物种质资源普查与收集行动”中江西收集的132份芝麻地方种质资源的遗传多样性,明确其遗传基础和群体分类特点。利用筛选获得的28对简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)引物和26对相关序列扩增多态性(sequence-related amplified polymorphism,SRAP)引物组合对132份江西芝麻地方种质进行遗传多样性研究。结果显示,28对SSR引物共扩增DNA条带265条,其中,多态性条带221条,比例为83.40%,平均每对引物扩增的DNA条带和多态性条带分别为9.46条和7.89条。26对SRAP引物组合扩增得到DNA条带和多态性条带分别为601条和268条,多态性比例为44.59%,每对引物可扩增9~36条DNA条带和2~23条多态性条带,平均每对引物扩增的多态性条带为10.31条。132份种质的遗传相似系数为0.598 2~0.960 7,平均为0.813 5,可见总体的遗传多样性不丰富。6个不同地理区域的芝麻遗传相似系数从北至南呈逐渐下降趋势,赣南区域的地方种质遗传多样性较赣北区域丰富;不同粒色类型比较结果显示,其他粒色芝麻类型(黄色、褐色、黄褐色、红褐色等)的遗传多样性最丰富,其次是白芝麻类型和黑芝麻类型。聚类分析结果表明,来源不同的芝麻种质呈区域性聚集特点,种质间的遗传相似性与地理分布距离有一定的关联,来自赣北和赣东的芝麻种质资源因在亲缘关系上更近而被聚为一类,其余区域聚为一类,这与总体聚类结果基本一致。不同粒色类型中,区域来源不同的种质均相互交错,其聚类结果与地理来源无直接关联。在今后芝麻种质收集工作中,应注重赣南与其他粒色种质的利用,扩展江西乃至我国芝麻品种遗传基础。