大通牦牛IGF-Ⅰ基因多态性及其与生长性能相关性的研究

通过PCR-SSCP技术检测了大通牦牛IGF-Ⅰ基因的遗传多态性,对具有SSCP多态性的片段进行克隆和测序,找出等位基因的多态位点,将该位点多态性与大通牦牛生长性状进行相关性分析．结果显示：PCR-SSCP检测到大通牦牛具有AA、AB、BB3种基因型,A（B）等位基因频率分别为0．9028（0．0972）;对IGF-Ⅰ基因第1内含子进行序列比对,发现一处单碱基C的缺失／插入,造成了该位点多态性的出现;6月龄和12月龄基因型为AA的大通牦牛的体质量和体斜长最小二乘均值显著高于AB和BB基因型（P＜0.05）;18月龄基因型为AB的大通牦牛的体高最小二乘均值显著高于BB型（P＜0.05）,说明大通牦牛品种中基因型为AA的个体生长性状有高于AB和BB基因型的趋势,可以作为大通牦牛品种选育的目标基因型．     

黄牛BMPR-IB基因外显子8的多态性及其与体尺性状的关系

采用PCR-SSCP技术,对秦川牛(QC)、鲁西牛(LX)、南阳牛(NY)、郏县红牛(JXR)4个品种共计459个个体BMPR-IB基因第8外显子进行SNPs多态性检测,并分析基因型与部分体尺性状的相关性。在QC、LX和NY中分别检测到AA、AB和BB 3种SSCP多态型,且QC、LX和NY 3个品种中A和B等位基因的频率分别为0.4949/0.5051、0.4663/0.5337和0.4118/0.5882。测序结果显示,A等位基因与GenBank公布的序列(NC_007304.3)相比在43 933位发生T→C突变。最小二乘法分析表明,3个品种中BB基因型个体的体高显著高于AA和AB基因型个体(P0.05);在LX和NY中,BB型个体的腰高显著高于AA和AB型个体(P0.05);体长方面,LX中BB型个体大于AA和AB型个体(P0.05),NY中BB型个体大于AB型个体(P0.05),但与AA型个体差异不显著(P0.05);3种基因型对黄牛其他体尺性状没有显著影响(P0.05)。结果表明,BMPR-IB基因对黄牛体尺性状有一定影响,可以作为黄牛标记辅助选择的候选基因。     

鹅GH基因内含子3多态性及其与体重和屠宰性能相关分析

根据鸭GH基因序列设计引物扩增籽鹅、皖西白鹅和狮头鹅3个地方鹅品种GH基因内含子3片段,并运用PCR-SSCP技术进行单核苷酸多态性分析.结果表明: 鹅GH基因内含子3存在多态性,得到AA、AB和BB 3种基因型.3个品种中等位基因B占绝对优势,且主要以BB型存在.品种内基因型分布差异不显著,3个品种均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05);而品种间,籽鹅与皖西白鹅基因型分布差异显著.基因型与4～10周龄体重、屠体重、半净膛重等19个性状呈显著相关.这19个性状的BB型个体均显著或极显著高于AA型个体,除胸肌率外,BB型个体各性状均值最高,AB型次之,AA型最小.故初步推断BB基因型可作为地方鹅品种高生产性能的分子标记.     

牦牛IGF2内含子8的遗传多态性及其遗传效应分析

【目的】研究牦牛胰岛素样生长因子2(IGF2)基因内含子8的多态性与生长发育性状的相关性,探索其对开展牦牛分子育种的影响。【方法】以天祝白牦牛、甘南牦牛、大通牦牛、青海高原牦牛和新疆牦牛为供试动物,采集牦牛血样,提取其DNA,采用PCR-SSCP方法检测牦牛IGF2基因内含子8的多态性,并分析其对体质量、体高、胸围和体长的遗传效应。【结果】扩增到牦牛IGF2基因内含子8的部分序列,其长度为438bp,存在AA、AB、BB3种基因型,其中AA型是由BB型330位G→C和358位A→G转换造成的。除新疆牦牛以外,以上3种基因型在其他牦牛群体中均处于Hardy-Weinberg平衡状态。AA和AB基因型个体体质量极显著高于BB基因型个体(P<0.01),AA与BB基因型个体在体高、体长和胸围性状上差异不显著。【结论】IGF2基因有可能作为体质量性状的候选基因用于标记辅助选择,且其有不依赖于骨骼增长而增加体质量的作用机制。     

牦牛EPO基因的PCR-SSCP多态性研究

以巴州牦牛、大通牦牛和九龙牦牛为对象,对促红细胞生成素(EPO)基因用PCR-SSCP方法进行了多态性检测。结果表明:大通牦牛、巴州牦牛、九龙牦牛具有较丰富的遗传多样性,表现为AA,AB和BB3种基因型,AB为优势基因型,A为优势等位基因;经χ2适合性检验,3个牦牛品种在该基因位点上均处于Hardy-Weinberg平衡状态。同时发现随着海拔高度的增加,A等位基因频率逐渐升高,BB型的频率则降低,群体杂合度和多态信息含量也逐渐降低,这种变化可能与牦牛对低氧的适应能力有一定的关系。     

6个黄牛群体MyoG基因单核苷酸多态性及其与体尺性状的相关性

【目的】研究牛肌细胞生成素基因(MyoG)第2、3外显子及其侧翼区单核苷酸的多态性(SNPs),分析其与牛部分体尺性状的相关性。【方法】以6个牛群体(鲁西牛、鲁杂牛(鲁西牛×西门塔尔牛)、南阳牛、夏南牛、郏县红牛、秦川牛)共779头3~4岁左右母牛为研究材料,通过PCR-SSCP和DNA测序技术检测牛MyoG基因上存在的SNPs,并分析其与牛部分体尺性状的关联性。【结果】MyoG基因第2外显子及其侧翼区的扩增片段中不存在多态性,第3外显子及其侧翼区的扩增片段中存在3种基因型(AA、AB、BB),测序结果表明该突变位于3-′UTR 2 109位点处。最小二乘法分析表明,各群体中AA基因型个体的体斜长均显著高于BB基因型个体(P<0.05);鲁西牛群体中AA基因型个体的尻长显著高于BB基因型(P<0.05);郏县红牛群体中AA基因型个体的体高显著高于BB基因型(P<0.05)。3种基因型对其他体尺性状没有显著影响(P>0.05)。【结论】MyoG基因对黄牛体尺性状有一定影响,可作为黄牛体尺性状标记辅助选择的候选基因。     

西藏牦牛IGF2基因内含子8遗传多态性及其遗传效应分析

以胰岛素样生长因子2(IGF2)基因内含子8作为影响西藏牦牛生长性状的候选基因,研究并分析其与生长性状的相关性,以期利用分子标记辅助选择等育种措施为我国西藏高山牦牛进行种质资源保种选育提供理论根据。本研究采用PCR产物直接测序法对帕里牦牛、申扎牦牛、斯布牦牛和类乌齐牦牛4个品种(类群)共151个样本的胰岛素生长因子2(IGF2)基因内含子8部分序列进行了单核苷酸多态性研究,并分析候选基因不同基因型与体重、体高、体斜长、胸围和管围等生长性状的相关性。结果表明:①西藏牦牛IGF2基因内含子8部分序列长度为412 bp,在帕里牦牛和申扎牦牛中发现AA、AB、BB 3种基因型,与AA型相比,BB型在307位发生G→C转换,335位发生A→G突变;②对标记基因型生长发育指标(体高、体斜长、胸围、管围、体重)进行差异显著性检验,帕里牦牛BB基因型个体的体重显著高于AB、AA基因型个体(P0.05),申扎牦牛BB基因型个体的体重极显著高于AA基因型个体(P0.01),显著高于AB基因型个体,而在斯布牦牛和类乌齐牦牛中未发现有BB基因型个体。③4个牦牛品种(类群)的BB与AB、AA基因型个体在体高、体斜长、胸围和管围性状上差异不显著;④适合性检验表明3种基因型在西藏牦牛群体中均处于Hardy-Weinberg平衡状态。由此可得,IGF2基因可能在不依靠骨骼增长的条件下而增加体重量,可作为辅助选择来标记体重量的候选基因。     

SST基因多态性及其与牛生长性状的关联分析

【目的】对秦川牛、鲁西牛、鲁西与西门塔尔杂种牛(简称鲁杂牛)、南阳牛、夏南牛和郏县红牛6个品种中国黄牛Somatostatin基因(SST)的第1外显子和第2外显子进行SNPs检测,研究其与6个品种中国黄牛部分生长性状的相关性。【方法】采用DNA直接测序技术和PCR-SSCP方法,对669头中国黄牛SST基因第1和第2外显子进行多态性分析,运用最小二乘线性模型对SST基因的不同基因型与6个品种中国黄牛生长性状进行关联性分析。【结果】在SST基因第126个碱基处找到1处多态位点,除秦川牛和鲁杂牛有GG和AG 2种基因型外,其他4个品种牛中均存在AA、AG、GG 3种基因型。运用卡方检验模型对6个品种黄牛中等位基因A/G的频率、基因型频率、多态信息含量等进行了统计分析,结果表明,各供试品种在这一位点上均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05);该位点的A、G等位基因频率和多态信息含量在6个品种中国黄牛中分别为0.053 8～0.218 8,0.781 2～0.946 2和0.096 6～0.283 4。SST基因的多态性与6个品种黄牛的8个生长指标的相关性分析结果显示,该位点对669个个体中的某些生长性状指标具有显著影响;其中24月龄秦川牛品种中,GG型个体的体斜长、腰角宽和坐骨端宽均高于AG型个体(P<0.05);12月龄鲁西牛品种中,GG型个体的体斜长均高于AA型个体(P<0.05);12月龄鲁杂牛牛群体中,GG型个体的体斜长和体高均高于AG型个体(P<0.05);其他品种牛各基因型个体之间的生长性状指标差异均不显著。【结论】SST基因可能与秦川牛、鲁西牛和鲁杂牛的生长性状有密切的相关性,可作为秦川牛、鲁西牛和鲁杂牛生长性状的候选基因。     

山羊Pit-1基因遗传多态性及与生长性能的相关性分析

以河西绒山羊、陇东绒山羊、辽宁绒山羊和内蒙古绒山羊为研究对象,采用PCR-SSCP和测序技术对Pit-1基因第6外显子进行多态性研究,并分析该基因多态性与山羊体质量和体尺性状的关系.结果表明:Pit-1基因第6外显子存在2个SNPs位点并形成AA、AB、BB、AC和BC 5种基因型,BB为优势基因型.除内蒙古绒山羊外,其他3个山羊群体的基因型分布处于Hardy-Weinberg平衡状态.最小二乘法分析表明,AB基因型个体的体质量、胸围显著高于BC基因型(P<0.05),其他基因型间差异不显著(P>0.05).Pit-1基因是山羊生产育种应用中的一个有效遗传标记.     

淮南麻鸭IGF-Ⅰ基因单核苷酸多态性及其与生长性能关系研究

本研究采用PCR-SSCP技术,对100只淮南麻鸭的IGF-Ⅰ基因的单核苷酸多态性进行研究,发现存在1个多态性位点,表现出3种基因型(AA、AB和BB)。经适合性χ2检测,该位点处于Hardy-Weinberg平衡状态。方差分析结果显示,淮南麻鸭初生至4周龄体重,3种基因型差异不显著,而之后的5周龄至9周龄体重为AA和AB型差异显著,AA型和AB型均明显优于BB型,9周龄时AA基因型比AB和BB基因型分别重88.71g和142.18g。证实该位点A等位基因可能与淮南麻鸭的体重呈正相关。     

牦牛CAPN1基因intron 1多态性及其与胴体和肉质性状的关联性

采用PCR SSCP技术检测甘南牦牛、天祝白牦牛及大通牦牛钙蛋白酶1（CAPN1）基因单核苷酸多态性（SNPs）,并分析SNPs对甘南牦牛部分胴体及肉质性状的影响。结果表明,3类群牦牛在CAPN1基因第1内含子区检测到g.100+606G>T突变,形成了AA、BB和AB 3种基因型,检测区域表现为中度多态; CAPN1基因第1内含子突变影响不同年龄段甘南牦牛肌肉嫩度、失水率和眼肌面积,AA基因型个体嫩度剪切力值较低而眼肌面积较高,其中3岁和5岁牦牛AA型个体嫩度剪切力显著低于BB或AB型（P<005）,4岁和5岁牦牛AA型个体眼肌面积显著高于BB或AB型（P<005）;另外6岁牦牛AA型个体失水率显著高于BB和AB型（P<005）。CAPN1基因g.100+606G>T突变可用为甘南牦牛此类性状潜在的遗传标记之一。     

Lpin1基因多态性与黄牛经济性状的关联研究

以6个黄牛品种502个个体为材料,利用PCR-SSCP和DNA测序相结合的方法检测脂素1(Lpin1)基因的多态性,并分析该基因多态性与秦川牛经济性状的相关性。结果发现,黄牛Lpin1基因存在3个SNPs:31735A>G、46137A>C和65969G>A,分别位于内含子1、外显子6和内含子15,其中位于外显子6的突变导致脂素蛋白质第82位的组氨酸变为脯氨酸,为错义突变。3个SNP多态位点与秦川牛的体尺和肉质性状的关联分析表明,31735A>G位点GG基因型个体的胸深、胸围、背膘厚显著高于AA和AG基因型个体(P<0.05);46137A>C位点AC和CC基因型个体的背膘厚显著高于AA基因型个体(P<0.05),CC基因型个体的眼肌面积和大理石花纹评分等级显著高于AA基因型个体(P<0.05);65969G>A位点AA基因型个体的胸深、胸围、眼肌面积和背膘厚显著高于BB基因型个体(P<0.05),BB基因型个体的大理石花纹评分等级显著高于AA和AB基因型个体(P<0.05)。可见,Lpin1基因可能是影响秦川牛眼肌面积、大理石评分和背膘厚性状的主效QTL或者是与之紧密连锁,可作为秦川牛品质改良的辅助选择标记。     

PLIN基因多态性及其与绵羊尾形和屠宰性状的关联研究

为了探讨PLIN基因多态性及其对绵羊经济性状的影响,利用PCR-SSCP技术对2个绵羊品种96个个体PLIN基因的9个外显子进行多态性分析,并将检测到的不同基因型与尾形和屠宰性状进行关联分析。结果表明:外显子3、4、5、6和8存在多态。外显子4的BB型个体的相对尾脂重显著大于AA和AB型个体(P<0.05);外显子6的AA型个体的相对尾脂重显著大于AB和BB型个体(P<0.05);外显子5的不同基因型个体间尾宽差异极显著(P<0.01),且AA型个体的尾宽大于AB型个体。PLIN基因的多态性对绵羊脂肪沉积有一定影响,可作为影响肉质性状的候选基因,从分子水平上指导肉用绵羊的育种工作。     

三个牦牛群体激素敏感脂肪酶（HSL）基因外显子Ⅰ的多态性

 【目的】探究激素敏感脂肪酶（HSL）基因在牦牛内的遗传多态性,为进一步揭示牦牛群体间遗传分化、开展牦牛肉质性状的关联分析以及HSL基因在牦牛物种中的定位、表达调控等研究提供依据。【方法】采用PCR-RFLP方法对九龙牦牛、麦洼牦牛和巴州牦牛共92头牦牛的HSL基因部分外显子I进行SmaI酶切多态性分析;统计基因频率、基因型频率大小,进行卡方（χ2）适合性、独立性检验,并计算纯合度、杂合度、有效等位基因数和多态信息含量等遗传多态参数。【结果】3个牦牛群体在HSL基因外显子I具有SmaI酶切多态性,在该酶切位点存在AA、AB和BB 3种基因型。3个牦牛群体均检测到AA和AB基因型,而BB基因型只在巴州牦牛中检测到。九龙牦牛和麦洼牦牛的AA基因型频率最高,而巴州牦牛AB基因型频率最高;A等位基因频率在3个牦牛群体中均高于B等位基因频率,为优势等位基因。适合性检验表明3个牦牛群体在该酶切位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态;独立性检验表明九龙牦牛与麦洼牦牛、巴州牦牛之间表现为差异显著（0.01＜P＜0.05）和差异极显著（P＜0.01）,而麦洼牦牛与巴州牦牛之间表现为差异不显著（P＞0.05）。测序分析表明,HSL基因外显子I第70位（从PCR产物测序片段的5′端计数）发生了单碱基突变（G→A）,并导致了编码氨基酸由甘氨酸（G）变为精氨酸（R）。【结论】牦牛在HSL基因外显子I内具有SmaI酶切多态性,其多态性是因所分析序列内一单碱基突变（G→A）所致,该碱基转换导致了氨基酸由甘氨酸（G）变为精氨酸（R）;在该酶切位点,九龙牦牛、麦洼牦牛和巴州牦牛均处于Hardy-Weinberg平衡状态。九龙牦牛与麦洼牦牛、巴州牦牛之间表现为差异显著（0.01＜P＜0.05）和差异极显著（P＜0.01）,而麦洼牦牛与巴州牦牛之间表现为差异不显著（P＞0.05）。     

KAP基因的多态性与辽宁绒山羊经济性状的关系研究

 【目的】研究辽宁绒山羊KAP基因的遗传多态性及其多态位点对绒山羊产绒性状和体重性状的关系，寻找可用于标记辅助选择的分子标记，为下一步分子育种提供理论依据。【方法】采用PCR-SSCP技术研究了绒山羊KAP基因的多态性，分析了4个多态位点不同基因型的最小二乘均值（LSM）、最小二乘效应值（LSE）及其遗传方差；通过标记位点与经济性状的遗传相关预测了选择反应。【结果】产绒量性状上，S1-AB和S1-BB的LSM显著高于S1-AA （P＜0.05）,S2-BB 的LSM显著高于S2-AA和S2-AB（P＜0.05），S3-BB的LSM显著高于S3-AA和S3-AB （P＜0.05），S4-AB的LSM显著高于S4-AA和S4-BB（P＜0.05）；在体重性状上，S2-BB的LSM显著高于S2-AA和S2-AB（P＜0.05）,S3-AA和S3-AB的LSM显著高于S3-BB（P＜0.01）；产绒量性状和体重性状上S2位点的选择反应最大。【结论】产绒量性状上，S1-AB，S1-BB，S3-BB和S4-AB基因型可以作为标记基因型；在体重性状上，S3-AA和S3-AB基因型可以作为标记基因型；在体重和产绒量性状上S2-BB基因型可作为多性状标记辅助选择的标记。     

樱桃谷鸭DRD1基因CDS 区域多态与生长性状的关联性分析

采用PCR-SSCP法与DNA直接测序技术相结合,对90只樱桃谷鸭DRD1基因编码区572～980 bp区域的多态性进行检测,并分析其多态与生长性状的关联性.结果表明,在樱桃谷鸭DRD1基因编码区572～980 bp区域内检测到6种基因型AA、BB、CC、AB、AC和BC,3个等位基因A、B和C,基因型CC和等位基因C分别为优势基因型和优势等位基因,频率分别为0.5222和0.6667,多态信息含量为0.4489,属中度多态位点,基因型分布偏离了Hardy-Weinberg平衡(P＜0.01),序列比对发现2个沉默突变A765T和A912G.最小二乘法分析显示,AB基因型的胫长显著高于BB和BC基因型,AB基因型的胫围显著高于BC基因型,其余各性状各基因型间差异未达到显著水平.研究结果揭示,该多态座位可能是鸭的胫长和胫围的一个标记辅助选择位点.     

欧拉型藏羊Callipyge基因多态性与生长性状相关性研究

利用PCR-SSCP方法,对215只欧拉型藏羊Callipyge基因序列的多态性进行了检测,并分析了AA和AB基因型与生长性状的相关性.结果表明:Callipyge基因存在AA、BB和AB 3种基因型,其基因型频率分别为0.823 3、0.009 3和0.167 4;测序结果显示:基因多态的产生是在扩增序列的第176bp处发生了C→T的突变;χ2检验表明,该群体在这一位点上处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05),遗传杂合度和多态信息含量分别为0.168 7和0.154 5.对生长性状(体重、胸围和胸深)的相关性分析表明:AA和AB 2个基因型个体之间生长性状的差异不显著,但AB型有大于AA型的趋势.     

荆江麻鸭PRL基因内含子1的SNPs检测及其与体尺性状的关联研究

[目的]研究荆江麻鸭PRL基因内含子1序列多态性及其对体尺性状的影响。[方法]以96只荆江麻鸭为材料,采用PCR-RFLP方法对PRL基因内含子1序列多态性进行检测,并分析基因多态性与其体尺性状间的关系。[结果]荆江麻鸭PRL基因内含子1具有序列多态性,DraⅠ酶切产生AB和BB 2种基因型,其中BB基因型为优势基因型（91.67%）;卡方检验结果表明,群体该位点处于遗传平衡状态（P〉0.05）;最小二乘分析结果表明,AB基因型个体骨盆宽极显著大于BB基因型个体（P〈0.01）,BB基因型个体胸围显著高于AB基因型个体（P〈0.05）。[结论]初步推断,PRL基因可作为影响荆江麻鸭部分体尺性状的候选基因（标记）,选择不同的等位基因可改善不同的体尺性状。     

牦牛DGAT1基因多态性及其与乳质性状关联分析

【目的】检测牦牛DGAT1基因多态性,评估基因突变对牦牛乳品质性状的影响,以期丰富牦牛重要经济性状的分子遗传研究基础。【方法】采用PCR-SSCP方法,检测甘南牦牛、天祝白牦牛、青海牦牛及野血牦牛DGAT1基因intron5-exon7和intron15-exon17区突变,分析基因突变对乳品质性状的影响。【结果】牦牛DGAT1基因intron5-exon7区发现c.562+32_c.562+33ins CCGCCC的插入/缺失,等位基因M、基因型MM频率最高为优势等位基因和基因型,各类群牦牛PIC0.5属中度或低度多态;intron15-exon17区检测到c.1249-23CT和c.1336CT的突变,其中exon17发现的c.1336CT突变导致编码氨基酸p.Arg447Cys转变,等位基因A频率最高为优势等位基因,甘南牦牛、天祝白牦牛和青海牦牛中基因型AA为优势基因型,野血牦牛基因型AB为优势基因型,各类群牦牛0.25PIC0.5属中度多态;两区域3处突变位点构建出6种单倍型和11种单倍型组合,突变位点间存在连锁关系且接近于连锁平衡。关联分析表明,甘南牦牛intron5-exon7区基因型与乳质性状无显著相关;intron15-exon17区基因型BB个体乳品质性状最低,且乳蛋白率、乳脂率、总固体物质含量中显著低于其他基因型个体(P0.05);携带等位基因A的个体乳蛋白率、乳脂率、总固体物质含量及无脂固体含量显著高于未携带者(P0.05),携带等位基因C的个体乳脂率也显著高于未携带者(P0.05),而携带等位基因B的个体乳脂率、总固体物质含量显著低于未携带者(P0.05);单倍型组合H1H3个体的乳蛋白率、乳脂率、总固体物质含量和无脂固体物质含量均较高,且乳脂率及总固体物质含量显著高于其他单倍型组合(P0.05),而H2H2单倍型组合个体则较低,除乳糖率以外的其他乳品质性状均显著低于其他7种单倍型组合(P0.05)。【结论】牦牛DGAT1基因intron5-exon7和intron15-exon17区为低度和中度多态,intron6存在c.562+32_c.562+33ins CCGCCC的插入/缺失,intron15和exon17分别检测到c.1249-23CT突变和c.1336CT的非同义突变。intron15-exon17区突变影响甘南牦牛乳品质性状,选留携带等位基因A的个体和淘汰携带等位基因B的个体、或选留H1H3单倍型组合及淘汰H2H2单倍型组合个体,均可显著改善后代群体的乳品质。     

秦川牛高档牛肉产量的分子标记研究

以 IGFBP- 3基因作为侯选基因 ,对秦川牛群体中 IGFBP- 3位点与秦川牛高档牛肉产量的关系进行了分析。结果发现 ,不同基因型对秦川牛高档牛肉产出率有一定影响 ,AA、AB及 BB型个体的屠宰率、净肉率及西冷、牛柳、眼肉和嫩肩肉的产率逐渐降低 ,但差异不显著 (P>0 .0 5 ) ;AA型个体的眼肌面积大于 BB型个体 (P<0 .0 5 ) ,AB型和 BB型个体胴体脂肪含量高于 AA型个体 (P<0 .0 1)