不同致病力青枯雷尔氏菌诱导番茄防御相关信号途径基因的表达分析

[目的]探究不同致病力青枯雷尔氏菌诱导番茄防御相关基因的表达水平,为探明无致病力青枯雷尔氏菌的生防机制奠定基础.[方法]以无菌水为对照(CK),分别接种青枯雷尔氏菌强致病力菌株FJAT91和无致病力菌株FJAT1458,接种后不同时间(0,3,6,12,24,36,48,72 h)取样,利用荧光定量PCR技术,检测接种...     

猪细环病毒2型荧光定量PCR检测方法的优化

[目的]优化1种猪细环病毒2型(TTSuV2)的荧光定量PCR检测方法.[方法]对原有引物进行调整设计,以原有重组质粒为模板来重新进行检测TTSuV2 DNA的SYBR Green Ⅰ real-time PCR扩增.[结果]新的TTSuV2 SYBR Green Ⅰ荧光定量PCR的扩增效率为99.3％,标准曲线的决定系数为0.998,可准确检测的最低核酸模板浓度为50 copies/μL.与原方法相比较,新方法在熔解曲线、特异性、重复性方面都非常接近,但在扩增曲线方面得到明显改善,其可准确定量检测的灵敏度提高了至少10倍以上,临床检测数据也更加准确可靠.[结论]建立了一种新的准确灵敏度更高的定量检测TTSuV2的荧光定量PCR方法.     

猪传染性胃肠炎病毒荧光定量PCR检测方法的建立

[目的]建立1种猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)的荧光定量PCR检测方法.[方法]用RT-PCR方法扩增TGEV的N基因片段,构建含有N基因片段的重组质粒,基于SYBR Green方法以不同浓度的TGEV-N基因重组质粒作为模板进行检测TGEV的荧光定量PCR扩增.[结果]TGEV SYBR Green荧光定量PCR的扩增效率为101％,标准曲线的决定系数为0.9997,可准确检测的最低核酸模板浓度为490 copies/μL,重复性试验的变异系数小于3％,对其他3种常见的猪源RNA病毒的检测结果全为阴性,对临床样品的检出率高于常规PCR方法.[结论]建立了1种TGEV SYBR Green荧光定量PCR检测方法,可用于TGE的早期快速诊断.     

猪繁殖与呼吸综合征病毒荧光定量PCR检测方法的建立

[目的]建立一种定量检测猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的荧光定量PCR方法.[方法]用RT-PCR方法扩增PRRSV的N基因片段,构建含有N基因片段的重组质粒,以不同浓度的PRRSV-N基因重组质粒作为模板来进行检测PRRSV的SYBR Green Ⅰ荧光定量PCR扩增.[结果]PRRSV SYBR Green Ⅰ荧光定量PCR的扩增效率为98.2％,标准曲线的决定系数为0.9995,可准确检测的最低核酸模板浓度为60 copies/μL,重复性试验的变异系数小于3％,对3种常见的猪源RNA病毒的检测结果全为阴性.临床检测显示,PRRS病猪的血清中PRRSV载量极显著(P＜0.01)高于PRRSV亚临床感染猪.[结论]建立了一种可用于PRRSV定量检测与PRRS早期快速诊断的特异性强、灵敏度高、重复性好的PRRSV SYBR GreenⅠ荧光定量PCR检测方法.     

乌鲁木齐10号冷泉细菌群落密度实时荧光定量PCR检测体系的建立

[目的]初步建立乌鲁木齐10号冷泉泉水细菌群落的定量分析体系.[方法]选用地震前与地震后的乌鲁木齐10号冷泉水样,以及无震时期的水样做为三种处理方式,利用构建克隆子的方法制作标准样品,并对实时荧光定量PCR标准曲线的线性(R2)、斜率(S)、扩增效率(E)等相关参数进行优化.[结果]标准曲线的线性R2=0.993、以及斜率S=-3.415,E=1.963均基本符合参数要求.震前冷泉水体细菌16 S rDNA片段拷贝数达到1.893×105 cop/mL,震后冷泉水体细菌16 S rDNA片段拷贝数达到1.43×106 cop/mL无震时期水体细菌16 S rDNA片段拷贝数达到9.931×106 cop/mL.[结论]建立的实时荧光定量PCR检测体系符合参数要求,并且可以灵敏地、快速地定量未知模板的乌鲁木齐10号泉细菌数.     

Establishment of Real-Time Ouantitative PCR Method for Determination of Transposon Copy Number in Cronobacter sakazakii

[目的]建立检测阪崎克罗诺杆菌中转座子拷贝数的实时定量PCR方法.[方法]以单拷贝持家基因atpD作为内参基因,建立同时含有单拷贝持家基因atpD和EZ-TN5转座子的重组质粒;建立atpD基因与EZ-TN5转座子实时定量检测的标准曲线,并利用所建立的标准曲线,对3株阪崎肠杆菌突变株中atpD基因和EZ-TN5转座子的拷贝数进行检测,并计算其比值.[结果]atpD基因与EZ-TN5转座子实时定量检测标准曲线的相关系数分别为0.999和0.998;3株突变株中atpD基因和EZ-TN5转座子拷贝数比值分别为0.98、1.17与0.91,证明突变株中转座子为单拷贝.[结论]该研究所建立的实时定量PCR方法实用性强,可替代Southern杂交用于不同细菌中EZ-TN5转座子拷贝数的检测.     

荧光定量PCR检测单核细胞增生性李斯特氏菌

[目的]建立一种快速检测单核细胞增生性李斯特氏菌的实时荧光定量PCR方法。[方法]针对单核细胞增生性李斯特氏菌的特异基因hlyA,结合锁定寡核苷酸（LNA）,设计引物和探针,利用阳性质粒和模拟标本建立单核细胞增生性李斯特氏菌实时定量荧光PCR检测方法。[结果]以单核细胞增生性李斯特氏菌为模板克隆了hlyA基因,得到阳性质粒,并进一步建立了荧光定量PCR方法,得到标准曲线Y=-3.273 X＋37.640,相关系数R2=1.000;该方法的灵敏度可以达到1.2×10 CFU/ml;人工污染猪肉检出限可以达到3.2×102 CFU/ml。[结论]建立了快速检测单核细胞增生性李斯特氏菌的实时荧光定量PCR方法,为实现食品中单核细胞增生性李斯特氏菌的快速检测构建了一个技术平台。     

一种改良的猪圆环病毒2型荧光定量PCR检测方法的建立

[目的]利用SYBR Green Ⅰ荧光染料建立一种快速、灵敏的用于检测猪圆环病毒2型的荧光定量PCR方法.[方法]根据猪圆环病毒2型ORF2保守区的基因片段,扩增目的基因645 bp插入至PUC57载体,以重组质粒为模板进行荧光定量PCR反应条件优化及灵敏度、特异性等验证.[结果]建立的猪圆环病毒2型绝对定量检测方法与猪圆环病毒1型、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪瘟病毒、猪细小病毒、猪博卡病毒无交叉反应.检测猪圆环病毒2型的灵敏度是5.0×101 copies/μL,建立的标准曲线回归方程的相关系数0.999,扩增效率105.403％.[结论]成功建立一种特异性强、敏感性高、稳定性良好的绝对定量检测猪圆环病毒2型的荧光定量PCR方法,可以用于临床样品猪圆环病毒2型的检测.     

实时定量PCR检测转基因绵羊拷贝数

[目的]利用高通量、快速、灵敏的实时荧光定量PCR法,检测转类胰岛素样生长因子1-红色荧光蛋白基因(insulin-like growth factor 1-red fluorescent protein,IGF1-RFP)绵羊中外源基因的拷贝数.[方法]以甘油醛-3-磷酸脱氢酶(glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase,GAPDH)作为绵羊的内源参照基因,梯度稀释法.[结果]分别获得RFP和GAPDH基因的Q值与起始模板数的相关性标准曲线,R2分别为0.999和0.999,相关性高.通过比较目的基因RFP和GAPDH起始模板数,得到外源基因在转基因绵羊中的拷贝数.编号0152、0216、0217、0218的转基因绵羊拷贝数分别为3、1、1、1.[结论]以IGF-Ⅰ转基因细毛羊为研究对象,针对外源基因序列和内源参照基因序列设计特异性引物,利用实时荧光定量PCR法对IGF-Ⅰ转基因细毛羊外源基因的拷贝数进行检测,并且准确检测外源基因的拷贝数.     

利用PCR技术鉴别畜禽肉中鸭源性成分研究

[目的]建立一种快速准确的鸭源性成分检测方法.[方法]分别以线粒体16S rRNA基因和COⅠ基因序列为靶位点设计鸭特异性引物,以常见畜禽肉(羊肉、牛肉、猪肉、兔肉、鸽肉、鹌鹑肉、鸡肉、鸭肉、鹅肉)DNA为模板,进行PCR扩增,检测引物的特异性和灵敏度.[结果]筛选的引物能够有效地对鸭源性成分进行检测,方便简洁,灵敏度较高.[结论]该方法能够快速有效地鉴别畜禽肉中鸭源性成分.     

益生菌制品中植物乳杆菌ST-III快速定性、定量检测方法的建立

【目的】建立快速定性、定量检测益生菌产品中植物乳杆菌菌株ST-III的方法,为其实际应用提供参考。【方法】根据植物乳杆菌菌株ST-III与NCBI库中3株已知序列的植物乳杆菌全基因组序列差异,设计菌株特异性引物,进行菌株特异性PCR验证和定性检测;然后建立荧光定量PCR,并检测益生菌制品中菌株ST-III含量。【结果】设计的引物具有良好的菌株特异性;经PCR扩增,含有ST-III的检验样本出现预期特征条带,与预期目的片段（242 bp）相近。建立的荧光定量PCR标准曲线方程为y=-3.369lgx+39.84,R2为0.9990,符合Real-time PCR定量的要求,其检测限为2.85×103 CFU/mL。经检测,样品中植物乳杆菌ST-III的数量分别为3.25×105、1.28×106、4.55×106 CFU/mL。【结论】建立的植物乳杆菌菌株ST-III定性、定量检测方法快速灵敏、测定时间短,可以在实际生产中应用。     

土壤及潜伏期桉树组织内青枯菌的PCR检测

为早期发现桉树幼苗和土壤带菌情况,本试验利用PCR技术对桉树林地土壤及潜伏期桉树青枯菌的检测进行了研究。结果表明:通过SDS法与简单提取法提取土壤中青枯菌DNA,PCR检测灵敏度均达2.5×104CFU/g,简单提取法与SDS法相比具有快速、成本低廉等优点;CTAB法提取人工接菌的桉树组织中青枯菌,PCR检测灵敏度达3×102CFU/g。利用浸泡法处理1年生桉树茎段,用1×107CFU/mL菌悬液处理后,第4天开始发病,至第8天发病率达100%,利用该数据得到了一种制备桉树青枯病潜伏期材料的方法,通过CTAB法提取潜伏期桉树青枯菌的DNA,利用OLI1和Y2引物进行PCR扩增后,检测出288 bp的条带。因此,PCR可以有效地检测土壤和感病潜伏期组织中桉树青枯病菌。     

建立以lipA和purH为靶基因的RTQ-PCR方法对水稻白叶枯病菌侵染过程进行定量分析

 【目的】建立水稻白叶枯病菌（Xanthomonas oryzae pv. oryzae，Xoo）的分子定量法，测定Xoo侵染水稻植株后不同时间的种群量及其变化。【方法】选用以lipA和purH为靶基因序列的引物P4和P5，用SYBR Green I实时定量PCR（RTQ-PCR）分析在水稻接种植株内的病菌种群量。【结果】与细菌平板计数法相比，RTQ-PCR法定量结果基本相近或略高（≤10倍），变化趋势基本相似，用2对引物P4和P5进行RTQ-PCR定量无显著差异。接种3 d的植株内己有菌量积累，但不显症；从接种5 d开始，细菌明显增加，植株显症并逐渐加重；接种9～14 d菌量增加到峰值，并进入稳定平台期，植株显症严重。病菌种群量与植株显症间的关系可能与细菌群体感应机制有关。【结论】用RTQ-PCR分子定量法可以直接对水稻植株内的Xoo进行动态定量研究；提出了水稻病害分子定量“病菌靶基因拷贝数－DNA总量－种群量－植物病症”的研究模式。     

应用DNA环介导恒温扩增技术快速检测空肠弯曲菌

【目的】空肠弯曲菌是一种重要的人畜共患病致病菌,主要经被污染的水源、乳制品、生禽肉进行传播,建立快速、准确的诊断方法是防控空肠弯曲菌感染的重要措施。【方法】本文引入一种新型的核酸检测技术--DNA环介导恒温扩增 (loop-mediated isothermal amplification, LAMP),以空肠弯曲菌ORF-C序列为检测靶基因,建立了空肠弯曲菌LAMP快速检测方法。【结果】利用本LAMP方法对21种病原菌进行检测,仅空肠弯曲菌为阳性结果,说明该方法具有高度的特异性。该LAMP方法对空肠弯曲菌纯培养菌的检测灵敏度达6CFU/反应管,对污染材料中空肠弯曲菌的检测灵敏度为9CFU/反应管。【结论】本研究建立的空肠弯曲菌LAMP检测方法操作简便、检测快速,具有良好的实用性。      

苹果浓缩汁中耐热菌的间接ELISA快速检测方法

 【目的】研究果汁中耐热菌的免疫化学快速检测方法。【方法】以果汁中分离的耐热菌免疫家兔获得抗体,采用酶联免疫吸附法（enzyme-linked immunosorbent assay, ELISA）原理建立果汁中耐热菌快速检测方法。【结果】首次成功建立并优化了耐热菌间接ELISA快速检测方法,检测限为5×10 4CFU/mL。实际检测时,通过对果汁样品集菌及预增菌,应用本研究建立的耐热菌间接ELISA快速检测方法,可以在24 h内给出果汁中耐热菌是否超过1 CFU/10 mL的检测结果,满足国内外果汁标准中耐热菌不超过1 CFU/10 mL的要求,检测时间比目前国内外普遍采用的KFL（Krueger Food Laboratories）法缩短3-4 d,检测结果与KFL法完全相符。【结论】本研究建立的果汁中耐热菌间接ELISA快速检测方法快速、简便、准确,具有良好的特异性、敏感性和重复性。     

多重PCR快速检测食品中的单核细胞增生性李斯特菌

【目的】通过对检测食源性致病菌单核细胞增生性李斯特氏菌(LM)的多重PCR体系的优化,建立一种能够在食品样品中应用的四重PCR。【方法】采用热裂解提取菌液和菌落DNA,以16SrRNA、inlAB、iap、hly基因为靶基因设计引物,从影响多重PCR扩增的引物浓度、退火温度进行优化。【结果】通过其它5种同属异种菌即英诺克李斯特氏菌、西尔李斯特氏菌、威尔西李斯特氏菌、绵羊李斯特氏菌、格氏李斯特氏菌及副溶血性弧菌均未扩增出特异性的片段。纯培养物的最低检测限为102CFU/mL,模拟污染的生猪肉检测限不大于0.4CFU/g。【结论】通过菌落获得DNA的多重PCR方法更好,该方法具有敏感、特异、快速及准确的优点,可用于食品中LM的快速检测。     

冰鲜鸡肉中致病菌三重PCR检测方法的建立

【目的】建立在鸡肉生产一线具有较强操作性,并可同时检测沙门氏菌、单增李斯特菌、大肠杆菌O157的三重PCR方法。【方法】利用该3种致病菌的特异性基因invA、HlyA、rfbE设计3对引物,在确定方法特异性和抗干扰能力的基础上,用优化后的反应体系对反应灵敏度进行测定,模拟并检测在鸡肉中常见腐败菌和鸡肉基质对检测方法的干扰影响作用下,在前增菌程序的辅助下该方法的实际样品检测灵敏度。【结果】该方法特异性和抗干扰能力强,3种致病菌测序结果的同源性分别达到100%、99%和99%,反应体系的最佳退火温度为51℃,灵敏度试验中3种致病菌同时检出的检测线达到103 CFU/mL,单重的灵敏度达到101 CFU/g,模拟实际样品检测中,经过20 h的前增菌后,三者同时检出的灵敏度达到101 CFU/g,单重PCR的灵敏度达到100 CFU/g;对60份屠宰线上的鸡胴体样品和32份超市鸡肉样品中沙门氏菌、单增李斯特菌、大肠杆菌O157的检出率分别为20%、3.3%、21.7%(屠宰线样品)和25%、21.9%、6.25%(超市样品)。【结论】成功建立了可同时检出鸡肉中沙门氏菌、单增李斯特菌和大肠杆菌O157的三重PCR方法,可为生产一线的致病菌检测提供参考。     

2种嫁接番茄根系分泌活性物质对番茄青枯病及根际微生物的影响

【目的】鉴定分析嫁接番茄根系分泌物,研究其活性成分对番茄抗青枯病、番茄体内青枯菌及根际微生物数量的影响,为番茄青枯病的防治提供新思路。【方法】以高感青枯病番茄品种粉贝贝（Fb）、高抗青枯病番茄砧木番砧1号（No.1）和茄砧21号（No.21）为试验材料,设自根嫁接（Fb/Fb）、砧穗嫁接（Fb/No.1、Fb/No.21）和砧木自嫁接（No.1/No.1、No.21/No.21）5个嫁接组合。利用气相色谱—质谱联用仪（GC-MS）对嫁接番茄接种青枯菌前后的根系分泌物进行鉴定分析,用筛选出的活性物质对高感病番茄进行灌根处理后接种青枯菌,采用稀释平板法分离测定番茄体内和根际青枯菌及根际微生物数量。【结果】从嫁接番茄根系分泌物中鉴定筛选出邻苯二甲酸二甲酯（DP）和2,6-二叔丁基对甲苯酚（BHT）2种活性物质,其中1.0mmol/L DP与1.0mmol/L BHT混合灌根处理的抗青枯病效果最好,使高感病番茄的青枯病发病率和病情指数显著降至46.7%、42.5（P<0.05,下同）。2种活性物质灌根处理均能使根际微生物总量和细菌数量明显下降;均可降低根际真菌数量,其中BHT的抑制效果更强;均可在发病初期显著抑制放线菌的增殖,且DP的抑制效果强于BHT。【结论】筛选出DP和BHT 2种活性物质,其可通过改善根际微环境、降低植株体内和根际的青枯菌数量而提高番茄对青枯病的抗性。     

耐热菌的竞争定量PCR检测方法优化与建立

 【目的】研究苹果浓缩汁中耐热菌（Alicyclobacillus acidoterrestris）的定量PCR快速检测法。【方法】通过引物设计、PCR扩增及凝胶纯化试剂盒回收，构建并获得耐热菌的PCR竞争模板；用获得的竞争模板作为定量内标物建立耐热菌的竞争定量PCR（QC-PCR）检测体系。【结果】经对建立的QC-PCR检测体系优化，目标模板检测灵敏度由5×104个分子/PCR 体系，提高到50个分子/PCR 体系，竞争模板和目标模板分子共扩增可检测到5×102个目标模板分子/PCR 体系，并能从人工回添苹果浓缩汁样品中定量检测到5×103 cfu/ PCR体系的耐热菌，整个检测时间为4～5 h，比传统的细菌培养皿培养记数法时间（4～5 d）大大缩短。【结论】本研究建立的耐热菌竞争定量PCR检测法特异、快速，可作为微生物PCR竞争模板构建和建立竞争定量PCR的方法学参考，也可用于商品果汁和苹果浓缩汁工业化生产中耐热菌的快速检测和质量安全控制。     

一株辣椒青枯病菌拮抗内生细菌的筛选鉴定与发酵条件优化

【目的】筛选对辣椒青枯病菌生防效果较好的内生细菌,丰富辣椒青枯病的生物防治菌种资源,为生防制剂的研发生产及进行大田生物防治提供理论依据。【方法】在湖南长沙青枯病发病区采集健康的辣椒植株样品,通过平板稀释分离和划线纯化方法获得内生细菌后采用琼脂扩散法进行拮抗作用测定,筛选出拮抗青枯病菌效果较好的内生细菌,然后通过菌体的形态结构观察、生理生化特性试验及16S r DNA序列同源性分析,对筛选出的细菌进行鉴定,采用正交试验对其发酵条件进行优化试验。【结果】筛选出一株对青枯病菌拮抗作用效果好的内生细菌L009,通过对其形态学、生理生化特性鉴定和16S r DNA序列的系统发育鉴定,该菌株为解淀粉芽孢杆菌（Bacillus amyloliquefaciens）。通过正交试验,确定该菌株的最佳发酵条件为：玉米淀粉8%、豆饼粉6%、Na Cl 0.5%、Ca CO30.5%、K2HPO40.08%、p H 7.0、72h、28℃、180 r/min转速。【结论】L009菌株对辣椒青枯病菌具有较好的拮抗作用,具有作为生防制剂的潜力。