麦洼牦牛TLR1基因组织表达分析

【目的】建立一种牦牛TLR1基因表达量的荧光定量PCR检测方法,并分析TLR1基因在牦牛不同组织中的表达差异。【方法】参考牦牛TLR1基因序列,在其保守区设计特异性引物,并以牦牛β-actin基因为内参基因建立荧光定量方法;基于该荧光定量方法分析TLR1基因在牦牛心、肝、脾、肺、肾、大肠、小肠、胃、乳腺、肌肉、卵巢11种组织中的表达水平。【结果】TLR1基因和β-actin基因扩增产物电泳结果呈现单一条带,其产物熔解曲线均为特异的单峰,表明引物具有较高的特异性。组织表达结果显示,TLR1基因在所检测的牦牛11个组织样本中均有表达,其中在肾、肝、脾、肺、卵巢、小肠中表达量较高,在胃、乳腺、心、大肠、肌肉组织中表达量较低。【结论】TLR1基因在牦牛各组织中转录水平差异较大,这可能与各组织对病原体的识别和抵抗能力有关。     

交配和黑光灯处理对棉铃虫Helicoverpa armigera生物钟基因cryptochromes mRNA表达的影响

[目的]明确交配和黑光灯处理对棉铃虫生物钟基因cryptochromes mRNA表达的影响。[方法]应用实时定量PCR（SYBR Green）技术检测不同条件下棉铃虫cryptochromes（cry1和cry2）基因的表达。提取棉铃虫头部总RNA,经DNase I消化后进行反转录合成cDNA,并采用特异性引物分别对cry1、cry2和EF-1α基因进行实时定量PCR扩增。[结果]黑光灯处理棉铃虫2h,其cry1mRNA的表达量明显降低;cry2mRNA的表达量小于对照,但两者之间差异性并不显著。交配对棉铃虫cry1和cry2mRNA表达均存在显著影响,并且雌、雄两性cry1和cry2mRNA表达量在交配后随时间延长呈下降趋势。[结论]该结果对进一步研究cry基因的功能以及棉铃虫防治具有重要意义。     

HSPA2在牦牛不同组织器官中的表达差异

【目的】探索热休克蛋白70-2(heat shock 70kD protein-2, HSPA2)在牦牛不同组织器官中的表达差异。【方法】选取 3 头 1 岁龄的健康青海高原雄性牦牛为研究对象,在正常生理条件下,于 2013 年 9 月中旬采集不同组织器官（心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、脑和睾丸）样本。（1）从牦牛不同组织器官中提取 RNA,将 RNA 反转录成第一链 cDNA,参照牦牛 HSPA2 和β-actin 基因序列（登录号为 KC790105.1和 DQ838049.1）设计特异性引物,首先采用 RT-PCR 来验证实时荧光定量 PCR（RT-qPCR）是否能应用于牦牛不同组织器官中 HSPA2表达差异的测定;然后采用 RT-qPCR 测定牦牛不同组织器官中 HSPA2相对表达量的差异。（2）将牦牛不同组织器官样本 4％多聚甲醛固定,制成石蜡切片,免疫组织化学法测定 HSPA2 在不同组织器官中的分布。采用 Image-Pro Plus 6.0 软件进行免疫组化图像分析,测定 HSPA2 阳性反应物的积分光密度,进行吸光度分析;通过 SPSS 19.0 统计软件,用单因素方差分析进行差异显著性测定。【结果】(1) RT-PCR 结果表明 RT-qPCR 法可用于牦牛不同组织器官中 HSPA2表达差异的测定。实时荧光定量 PCR 结果表明,HSPA2在睾丸中的相对表达量,分别是在脑、肾脏、心脏、脾脏、肺脏和肝脏中的 83.33、97.09、111.11、133.33、222.22和 285.71倍。(2)免疫组织化学结果显示,牦牛睾丸、肾脏、脑、心脏、肺脏、肝脏和脾脏中均有 HSPA2 的阳性表达。其中,在牦牛肾脏皮质肾小管、髓质肾小管,大脑皮质海马CA1区、小脑皮质,心肌细胞,肺泡上皮细胞,肝细胞,脾脏边缘区和红髓中有 HSPA2 阳性反应,着色深浅不等,大部分阳性反应位于细胞质,细胞核阳性反应极少;而在睾丸曲精小管中生精细胞细胞质和细胞核中均有 HSPA2 阳性反应,着色深浅不等;阴性对照组未观察到阳性反应。根据积分光密度值比较得出,HSPA2 蛋白的阳性表达量在睾丸中最高,脑、肾脏、心脏、肺脏和肝脏次之,脾脏最少。【结论】通过基因水平和蛋白水平两个层面的研究,发现 HSPA2 在牦牛各组织器官中存在表达差异;睾丸中 HSPA2 基因和蛋白表达量均高于脑、肾脏、心脏、脾脏、肺脏和肝脏,提示 HSPA2 可能与睾丸的生殖功能密切相关。     

黄牛、牦牛和犏牛睾丸组织Dazl基因实时荧光定量PCR检测方法的建立

为了检测黄牛、牦牛和犏牛睾丸组织Dazl基因mRNA表达水平。利用GenBank中牛Dazl mRNA序列,在其保守区设计并合成特异性引物,以牛肌动蛋白基因(β-actin)为内参,建立实时荧光定量PCR方法。结果表明,在100～10-6 7个拷贝量重组质粒稀释范围内,Dazl和β-actin基因的Ct值与重组质粒的含量均呈良好的线性关系,相关系数均大于0.999。熔解曲线产物为特异的单峰,具有较高的灵敏度和特异性。Dazl基因重组质粒最小检出含量达到10拷贝/μL,批内变异系数保持在1.351%以内,批间变异系数保持在3.217%以内,重复性较好。Dazl基因的mRNA表达量在犏牛睾丸组织中最低,这一分布可能与犏牛精子发生过程中减数分裂调控作用相关。     

低温胁迫对甘薯s-腺苷甲硫氨酸合成酶mRNA表达水平的影响

[目的]为研究s-腺苷甲硫氨酸合成酶基因在冷胁迫条件下的表达情况。[方法]分别提取4℃胁迫处理0、12、24、48和72 h后的甘薯叶、茎和块根组织总RNA,通过反转录和实时定量PCR技术分析了该基因的mRNA表达情况。[结果]叶、茎和块根组织中该基因表达量都明显升高,分别于胁迫后24、72和72 h达到表达高峰,其中块根组织表达量增加量最大。[结论]低温胁迫能够促进相关基因的mRNA表达水平升高。     

Ghrelin在驯鹿组织器官中的表达

为检测生长素(Ghrelin)在驯鹿体内可能表达的器官,采用反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)和实时荧光定量PCR(real-time PCR)技术,检测驯鹿的下丘脑、垂体、舌、食管、瘤胃、网胃、瓣胃、皱胃、十二指肠、空肠、回肠、结肠、心、肺、肝、脾、肾、膀胱、输尿管、睾丸、附睾、输精管、淋巴结、甲状腺、胰、肾上腺、胸腺、精囊腺和骨骼肌中Ghrelin的表达情况。Ghrelin在上述器官中均有表达,且在皱胃内的表达量明显高于其他器官(P0.05),其次是胰、十二指肠、睾丸和食管,与下丘脑、垂体和舌等其余器官内的表达量相比差异也显著(P0.05),这些器官内的表达量相对较少。     

樱桃病毒A实时荧光定量PCR检测技术的建立与应用

在樱桃病毒A(CVA)mp基因保守区域设计了3对检测引物，经特异性筛选后，获得可用于病毒定量研究的引物。制备质粒标准品，建立标准曲线，同时验证该方法的灵敏度和特异性，并应用于田间果树样品CVA定量检测。最终成功筛选出1对检测效率高、特异性强的引物（CVA-dF2、CVA-dR2），基于SYBR Green I荧光染料建立反转录实时荧光定量PCR检测CVA的方法。该方法重复性好、灵敏度高，无需借助内参基因即可准确检测目的病毒载量，绝对定量标准曲线斜率为-3.574 6，决定系数R2为0.998 6，扩增效率为0.904 4，比常规RT-PCR检测灵敏度高10倍。该方法的建立为CVA定量研究提供了有力工具，可用于果树中CVA批量检测或低丰度病毒样品检测。     

2个育性恢复基因Rf1a和Rf1b在红莲型水稻中的表达量分析

[目的]探究红莲型水稻细胞质雄性不育(CMS)与不同恢复基因之间的作用模式。[方法]利用特异性引物结合荧光定量PCR技术,在红莲型水稻近等恢复基因系L-Rf5、L-Rf6,恢复系9311和不育系粤泰A(YTA)中检测2个包台型恢复基因Rf1a和Rf1b的表达量。[结果]Rf1a在L-Rf5、L-Rf6、9311中都能表达,而Rf1b只能在部分材料或部分组织中表达。对同一时期二者的表达量分析发现,L-Rf5和9311的相同组织中Rf1a表达水平显著高于Rf1b,L-Rf6叶片中Rf1a的表达量则低于Rf1b。[结论]该研究结果对研究红莲型恢复系的遗传多样性具有一定的参考价值。     

美仁牦牛Akirin1基因克隆及在不同组织中的表达

【目的】Akirin1基因是调控成肌细胞分化的关键基因，克隆美仁牦牛Akirin1基因编码区（CDS）序列进行生物信息学分析，并检测该基因在各组织间的表达特征，为研究调控牦牛肌肉生长的基因功能提供理论依据。【方法】利用RT-PCR技术克隆美仁牦牛Akirin1基因CDS区序列，通过生物信息学软件分析蛋白理化性质和结构，预测蛋白信号肽和磷酸化位点及构建系统进化树；通过qPCR技术检测Akirin1基因在美仁牦牛成年牛各组织间及胎牛肌肉中mRNA的表达水平。【结果】美仁牦牛Akirin1基因CDS区全长579 bp，编192个氨基酸，蛋白相对分子质量为21 879.86 u，理论等电点8.91，总平均亲水性-0.822，为亲水性蛋白；系统进化树表明：美仁牦牛与普通牛和印度水牛亲缘关系最近，同源性分别为100%、98.44%;Akirin1蛋白有29处磷酸化位点，无信号肽和跨膜区，主要在细胞核中发挥生物学功能；美仁牦牛Akirin1蛋白主要是由α-螺旋和无规则卷曲组成。Akirin1基因在美仁牦牛脂肪组织中表达量最高，与其他组织比较差异显著（P<0.05），且肌肉和心脏组织中的表达量最...     

小鼠RPL9基因克隆及组织表达差异性研究

根据已报道的小鼠核糖体蛋白L9基因( RPL9)序列设计PCR引物,克隆RPL9基因,并以β-actin为内参基因,采用相对荧光定量RT-PCR方法,检测、分析RPL9基因mRNA在小鼠心、肝、脾、肺、肾、脑及脂肪7个组织中表达量的差异。结果表明,成功克隆出RPL9基因序列全长,该基因在小鼠的7个组织中均有不同程度的转录表达,其中,在脂肪中的表达量最高,在肾、脾和脑中的表达量较高,在心、肝中的表达量较低,在肺中表达量最低。     

鹅生长激素受体基因荧光定量PCR检测方法的建立

根据GenBank中鹅生长激素受体(GHR)基因序列设计合成了引物和探针,对荧光定量PCR的方法进行了方法学的评估,建立了TaqmanMGB荧光定量RT-PCR检测方法。结果表明,由pMD-18T-GHR所构建的标准曲线线性关系良好,建立的GHR基因荧光定量PCR检测方法灵敏度高、特异性强(可以检测出低于10个拷贝/μl的样品),准确可靠。籽鹅和莱茵鹅GHRmRNA出壳到90日龄生长过程中肝脏中的表达量不同,30日龄不同组织的表达量各有变化特点。     

藏系绵羊MSTN基因在不同年龄不同组织的表达定量研究

[目的]研究MSTN基因在藏系绵羊不同年龄、不同组织的表达差异。[方法]根据GenBank已发表序列（NM_001009428．1）设计l对引物,以藏系绵羊组织总RNA为模板,采用实时荧光定量PCR技术（QRT—PCR）分析了MSTN基因在不同年龄阶段的真胃、瘤胃、腿肌和心肌中的基因表达量。[结果]经过内参基因校正后,综合4个组织分析,MSTN基因在6月龄藏系绵羊的相对表达量最高,是12月龄藏系绵羊的2．52倍,是羔羊的2．24倍,是9月龄的1．30倍（尸〈O．05）。且MSTN基因在腿肌中的表达量最高,在其他组织几乎未表达,在腿肌中的表达量是其瘤胃的3984．78倍,是心肌的602．69倍（P〈0．01）。[结论]为MSTN蛋白抗体的正确利用奠定了基础。     

东方泽泻实时荧光定量PCR内参基因的筛选及AoSS基因的组织表达特性分析

[目的]筛选适用于东方泽泻实时荧光定量PCR(qRT-PCR)的内参基因,并分析其鲨烯合酶基因(AoSS)的表达特性,为后续研究东方泽泻原萜烷型三萜生物合成调控及诱导机制打下基础.[方法]从东方泽泻转录组中选取内参基因18S rRNA、EF1α、GAPDH、ACT、UBQ和UBC,应用qRT-PCR检测其在不同组织和激素处理下的表达情况,并借助Delta CT、GeNorm、NormFinder、BestKeeper和RefFinder对其表达稳定性进行分析评价.以筛选到的内参基因分析AoSS基因在不同组织中的表达情况.[结果]18S rRNA、GAPDH和EF1α基因在东方泽泻不同组织的表达稳定性较高,但18S rRNA、UBC和EF1α基因在不同激素处理下的表达稳定性均较高.以18S rRNA、GAPDH和EF1α基因为内参分析AoSS基因在东方泽泻不同组织中的表达量情况,结果显示,AoSS基因在东方泽泻不同组织中均有表达,其表达情况基本一致,均在东方泽泻块茎中表达量最高,其次是叶柄和叶,而在根中表达量最低.[结论]18S rRNA、GAPDH和EF1α基因是研究东方泽泻不同组织中基因表达分析的首选内参基因;18S rRNA、EF1α和UBC基因是研究激素处理下基因表达的首选内参基因.AoSS基因的表达具有组织特异性,其可能在东方泽泻的生长发育中发挥重要的调控功能.     

实时荧光定量PCR法检测抗虫棉Bt基因拷贝数方法的建立

[目的]建立并完善Taqman实时荧光定量PCR检测转基因抗虫棉Bt基因的方法。[方法]通过Bt基因序列,利用软件Primer5.0设计引物和探针,然后利用10倍系列稀释含有目的基因的质粒pG4AB,进行实时荧光定量PCR反应,制作标准曲线。[结果]抗虫基因拷贝数与Ct值的关系为Ct=-3.549 632X+43.783 512,相关系数R2为0.997 867。[结论]实时荧光定量PCR检测转基因抗虫棉Bt基因的方法具有特异性好、灵敏度高的特点。     

虹鳟HMGCR基因克隆及组织差异表达分析

[目的]阐述虹鳟β-羟-β-甲基戊二酰辅酶A还原酶(HMGCR)基因的mRNA序列,并比较其在虹鳟不同组织器官中的表达差异。[方法]通过PCR技术扩增虹鳟HMGCR基因的mRNA序列,采用荧光定量PCR技术,比较HMGCR基因在虹鳟肝脏、肠道、胃、心脏、鳃、脾脏、肾脏、肌肉8种组织器官中的表达差异。[结果]虹鳟HMGCR基因的mRNA序列与大西洋鲑的同源性达97%,其蛋白序列与脊椎动物的同源性都在70%以上,表明该基因在物种进化过程中比较保守;该基因在虹鳟肝脏、肠道、胃、心脏、鳃、脾脏、肾脏、肌肉8种组织器官中均有表达;其中,该基因在肝脏和心脏中的表达量较高,而在胃中的表达量最低。[结论]该研究克隆出虹鳟胆固醇合成关键限速酶HMGCR的部分mRNA序列,分析了该基因在不同组织中的表达情况,为该酶的深入研究奠定基础。     

斑马鱼不同发育时期血管内皮生长因子受体2（VEGFR-2）基因表达的实时定量PCR分析（摘要）

[目的]探讨血管内皮生长因子受体2（VEGFR-2）基因在斑马鱼不同发育时期的表达。[方法]采用Trizol法分别提取12、24、48、72和96h斑马鱼胚胎和仔鱼总RNA;再使用MMLV反转录酶将其反转录为cDNA;合成的cDNA用实时定量RT-PCR方法检测VEGFR-2基因的表达。实时定量RT-PCR扩增反应结束后,利用熔解曲线对扩增产物进行特异性分析。采用2^-△△Ct法进行数据分析。[结果]VEGFR-2基因表达量在12～72h呈上升趋势,在96h时有所下降。12h相对表达量最低,与其他发育期差异极显著（P〈0.01）,72h相对表达量最高,与12、24和96h差异极显著（P〈0.01）,与48h差异显著（P〈0.05）。[结论]斑马鱼血管发育至72h达成熟阶段,血管发育成熟前,VEGFR-2基因表达水平逐步增长;血管发育成熟后,VEGFR-2基因表达水平下降。     

半定量RT-PCR方法检测NaCl胁迫下杂花苜蓿mvNHX基因表达及体系优化

[目的]优化半定量RT-PCR反应体系,并用优化体系检测杂花苜蓿mvNHX基因的表达情况.[方法]提取用150 mmol/L盐浓度、处理不同时间的苜蓿叶片组织总RNA;反转录得到cDNA;利用优化半定量RT-PCR法检测.[结果]检测到mvN HX基因随胁迫时间基因表达量总体上逐渐升高.[结论]通过半定量RT-PCR法检测基因在胁迫条件的表达量的变化.同时对该方法进行优化,为进一步研究该基因克隆及其功能验证奠定了一定的实验基础.     

平欧杂种榛实时荧光定量PCR内参基因的筛选与体系建立

【目的】构建中国榛属植物主要栽培种平欧杂种榛实时荧光定量PCR内参基因的筛选体系,并筛选稳定的内参基因,为榛属植物的基因表达分析提供内参基因,进而为其植物资源利用和创新育种研究提供理论基础。【方法】利用课题组前期对平欧杂种榛不同亲和性授粉、授粉后不同时间的雌蕊转录组测序数据,结合相关文献搜索,共选取12个候选内参基因;以平欧杂种榛主栽品种‘达维’的盛花期雌蕊、未伸长期雄花序、幼嫩叶片、花粉、一年生枝形成层、嫩茎、根尖、根蘖等8个不同组织器官为研究材料;通过反转录PCR初筛,实时荧光定量PCR检测表达量,并利用ge Norm、Norm Finder、Best Keeper、Delta Ct程序和Ref Finder在线网站评价内参基因的稳定性。【结果】反转录PCR初筛表明,12个候选内参基因引物的特异性良好,Cha STP5和Cha TF在不同组织器官材料中表达存在明显差异,其余候选内参基因在8个组织中均有表达。实时荧光定量PCR的表达谱分析表明,Ch18S r RNA的表达量最高,Cha STP5表达量最低,其余10个候选内参基因均为中等表达量;Cha STP5和Cha TF的稳定性最差,其余10个候选内参基因的稳定性处于中等水平。ge Norm、Norm Finder、Best Keeper和Delta Ct的结果表明,Cha Actin均排名第一,为最稳定的内参基因,Ch18S r RNA的排名均在前五,而其他候选内参基因在不同程序分析结果中的排名存在差异。稳定性综合分析表明,Cha Actin和Ch18S r RNA的稳定性良好,即在8个不同组织器官中表达量均一且在4个稳定性分析程序中均排名靠前,适合作为内参基因;ge Norm程序的变异系数分析则表明,选取6个内参基因便可对RT-q PCR的数据进行精准的标准化处理;相关性分析表明,4个程序均在0.01水平上呈现显著的相关性,Norm Finder和Delta Ct程序的相关性最高,Delta Ct与Best Keeper的相关性最低。【结论】建立了平欧杂种榛实时荧光定量PCR内参基因的筛选体系:以反转录PCR初筛引物,荧光定量PCR分析引物特性及基因表达,4个程序单独评价引物稳定性,Ref Finder综合分析选出最适稳定内参基因,并选出榛属植物8个不同组织器官中最为稳定的2个内参基因Cha Actin和Ch18S r RNA。     

甘蓝型油菜BnEIN3基因克隆及菌核病诱导表达

[目的]探讨甘蓝型油菜EIN3（BnEIN3）基因与菌核病抗性的关系。[方法]根据GenBank中已公布的拟南芥EIN-3基因的保守区及甘蓝型油菜EST序列,设计特异性引物,分别进行基因组PCR和RT-PCR扩增,克隆BnEIN3基因。对菌核病不同抗性的3个油菜品种中BnEIN3的表达进行荧光定量PCR检测分析。[结果]克隆得到1947bp的基因片段,与拟南芥EIN3一致性高达82%,有完整的开放阅码框,编码614个氨基酸,其中包含1个EIN3结构域,初步认定该片段为油菜BnEIN3基因。在高抗品种（D083）中,菌核病在侵染后期快速诱导BnEIN3上调表达,且显著高于中抗（中双9号）及高感品种（84039）中该基因的表达水平。在中抗及高感品种中,菌核病均抑制BnEIN3的表达,且中抗品种BnEIN3表达量一直大于高感品种。[结论]BnEIN3可能与油菜对菌核病抗性相关。     

牦牛PRDX5基因的克隆测序及其在牦牛与犏牛睾丸中的表达差异

测定牦牛PRDX5基因序列,并比较其在牦牛和雄性不育犏牛睾丸组织中的表达差异,以探究该基因与犏牛雄性不育的关系。从牦牛睾丸组织中提取总RNA,采用RT-PCR技术克隆并测序获得牦牛PRDX5基因的c DNA序列;利用实时荧光定量RT-PCR技术检测该基因在牦牛与犏牛睾丸组织中的表达情况。结果表明:克隆获得的牦牛Prdx5序列长759 bp,包含长660 bp的CDS区,该序列与普通牛基因相差4个碱基,序列同源性为99.47%,相差的4个核苷酸导致推导的氨基酸序列存在3个氨基酸残基差异;Prdx5在牦牛和犏牛睾丸组织中均有表达,在牦牛睾丸组织中的表达量极显著高于犏牛(P0.01),是犏牛睾丸组织中表达量的6倍,提示Prdx5在犏牛睾丸组织中低水平表达可能与其雄性不育有关。