延边牛线粒体DNA D-loop序列多态性研究

对4头延边牛个体与GenBank中4头朝鲜牛个体的线粒体DNA(mtDNA)D环(D-loop区)910bp全序列进行了比较分析。结果发现,8头黄牛个体mtDNAD-loop序列由8种单倍型组成,单倍型比例为100%,表明2个黄牛品种mtDNA遗传多态性很丰富;在4头延边牛D-loop区序列中,共检测到核苷酸多态位点17个,核苷酸变异率为1.87%;在4头朝鲜牛中共检测到核苷酸多态位点10个,核苷酸变异率为1.10%;延边牛和朝鲜牛mtDNAD-loop全序列突变类型均为转换、颠换和插入/缺失,其中以转换为主;序列分析显示朝鲜牛与延边牛的同源性很高,达98.90%～99.67%,表明朝鲜牛和延边牛亲缘关系很近。     

贵州瑶山鸡线粒体DNA D-loop区序列的多态性

为从母系遗传角度探明贵州瑶山鸡的群体遗传背景,采用PCR产物直接测序技术对124只贵州瑶山鸡样品的线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)第Ⅰ高变区序列进行分析。结果表明:所分析的D-loop区部分序列(570bp)中,A、G、C、T核苷酸平均含量分别为30.1%、13.5%、29.5%和26.9%;有26个核苷酸多态位点,其中转换位点24个,颠换位点1个,转换和颠换同时存在位点1个;核苷酸多样度(Pi)平均为0.013 5;核苷酸平均差异数(k)为6.457;单倍型21种,多样度(Hd)平均为0.793。通过群体构建的NJ聚类图分子系统树发现,贵州瑶山鸡起源于红原鸡。     

涪陵水牛mtDNA D-loop区遗传多样性研究

利用测序技术和生物信息学分析技术,对涪陵水牛27个个体的线粒体DNA D-loop 915 bp全序列的遗传多样性及系统进化进行分析,检测到16种单倍型,其核苷酸多态位点48个,约占所测核苷酸总长的5.24%,其中有43个转换,5个颠换。涪陵水牛mtDNA D-loop区核苷酸多样度(π值)为0.0196±0.0020,单倍型多样度(H)为0.9060±0.0460,表明涪陵水牛mtDNA遗传多样性丰富。根据单倍型构建了涪陵水牛的NJ分子系统树,发现存在沼泽型水牛支系A和B,表明涪陵水牛具有2个母系起源。     

长江口鲚属鱼类线粒体DNA控制区结构分析

测定了21尾长江口鲚属鱼类mtDNA D-loop区全序列,长度在1 233～1 372 bp之间,其中凤鲚长达1 372 bp,短颌鲚为1 233 bp,刀鲚和湖鲚出现长度的异质性现象,各具有1 271 bp和1 233 bp两种类型.识别了终止序列区、中央保守区和保守区.终止序列区长650～790 bp,包含了多个重复的ETAS,结构为:TACATAT---ATGTAqTATAT.全序列21次转换中的17次和9次颠换中的7次都发生于该区.终止区还包含140个多态位点和97个系统发育信息位点,分别占整个D-loop区相应位点的80.9%和78.9%.中央保守区中的CSB-F、CSB.E、CSB-D等保守序列分别为CSB-F:ATGTAGTAAGAGACCACC,CSB-E:AGGGACAACTGTGGGGG,CSB-D:TATTCCTGGCATCTGGT,有24个多态位点和18个系统发育信息位点来自该区.在保守区识别了CSB1、CSB2和CSB3,序列为CSB1:TT-ATAGAAGA-T-ACATAA,CSB2:AAACCCCCTTACCCCC,CSB3:TGTCAAACCCCGAAA,仅有9个多态位点和8个信息位点.研究表明D-loop区的序列变异主要来自终止序列区.     

长江口鲚属鱼类线粒体DNA控制区结构分析

测定了21尾长江口鲚属鱼类mtDNA D-loop区全序列,长度在1 233～1 372 bp之间,其中凤鲚长达1 372 bp,短颌鲚为1 233 bp,刀鲚和湖鲚出现长度的异质性现象,各具有1 271 bp和1 233 bp两种类型.识别了终止序列区、中央保守区和保守区.终止序列区长650～790 bp,包含了多个重复的ETAS,结构为:TACATAT---ATGTAqTATAT.全序列21次转换中的17次和9次颠换中的7次都发生于该区.终止区还包含140个多态位点和97个系统发育信息位点,分别占整个D-loop区相应位点的80.9%和78.9%.中央保守区中的CSB-F、CSB.E、CSB-D等保守序列分别为CSB-F:ATGTAGTAAGAGACCACC,CSB-E:AGGGACAACTGTGGGGG,CSB-D:TATTCCTGGCATCTGGT,有24个多态位点和18个系统发育信息位点来自该区.在保守区识别了CSB1、CSB2和CSB3,序列为CSB1:TT-ATAGAAGA-T-ACATAA,CSB2:AAACCCCCTTACCCCC,CSB3:TGTCAAACCCCGAAA,仅有9个多态位点和8个信息位点.研究表明D-loop区的序列变异主要来自终止序列区.     

用RAPD及mtDNA D-loop区序列揭示长江下游长春鳊遗传多样性

应用RAPD和mtDNA D-loop区序列对长江下游长春鳊群体的遗传多样性进行分析.从40个随机引物中筛选出扩增条带清晰的28个引物,对24尾采自长江下游常熟江段长春鳊的基因组DNA进行扩增,共检测到178个位点,扩增片段大小在0.2～2 kb之间,其中多态位点有83个,占46.63%;个体间最大的遗传距离为0.132 6,最小的遗传距离为0.047 6,平均遗传距离为0.088 5;群体的Shannon多样性指值为0.098 6.RAPD结果表明该长春鳊群体的遗传多样性处于中等水平.对其中8尾长春鳊mtDNA D-loop区序列(938 bp)进行了分析,发现了8种单倍型,检测出17个多态性核苷酸变异位点,多态位点比例为1.81%,变异位点为15个转换,2个颠换;单倍型多态性(h)为1.000,核苷酸多态性(pi)为0.006 2,平均核苷酸差异数(K)为5.821,单倍型间平均遗传距离为0.006 3.结果说明长春鳊mtDNA D-loop区在个体间的遗传差异较小.     

用RAPD及mtDNA D-loop区序列揭示长江下游长春鳊遗传多样性

应用RAPD和mtDNA D-loop区序列对长江下游长春鳊群体的遗传多样性进行分析.从40个随机引物中筛选出扩增条带清晰的28个引物,对24尾采自长江下游常熟江段长春鳊的基因组DNA进行扩增,共检测到178个位点,扩增片段大小在0.2～2 kb之间,其中多态位点有83个,占46.63%;个体间最大的遗传距离为0.132 6,最小的遗传距离为0.047 6,平均遗传距离为0.088 5;群体的Shannon多样性指值为0.098 6.RAPD结果表明该长春鳊群体的遗传多样性处于中等水平.对其中8尾长春鳊mtDNA D-loop区序列(938 bp)进行了分析,发现了8种单倍型,检测出17个多态性核苷酸变异位点,多态位点比例为1.81%,变异位点为15个转换,2个颠换;单倍型多态性(h)为1.000,核苷酸多态性(pi)为0.006 2,平均核苷酸差异数(K)为5.821,单倍型间平均遗传距离为0.006 3.结果说明长春鳊mtDNA D-loop区在个体间的遗传差异较小.     

9个地方绵羊品种mtDNA D-loop高变区序列分析

对中国9个绵羊品种的103个个体mtDNA D-loop高变区(763 bp)进行了研究,结果表明:获得的序列长度范围为522～683 bp,可归为21种分子类型,各分子类型在绵羊品种间分布趋于一致,不存在特异性,而在品种内却存在异质性;绵羊mtDNA D-loop区序列长度变异主要是由于75 bp基元重复序列重复次数的不同(2、3或4个)和少数碱基的插入或缺失造成的;103个个体mtDNA D-loop区序列中A T碱基组成比例(64.7%)明显高于G C碱基组成比例(35.3%),说明了绵羊mtDNA D-loop区是A、T碱基富集区,且为高突变区,碱基突变类型包括转换、颠换、插入和缺失,且碱基转换频率远高于碱基颠换频率.     

基于COⅠ序列的DNA条形码在中国南海裸胸鳝属鱼类中的应用

为探讨中国南海裸胸鳝属（Gymnothorax）鱼类系统发育关系,采用DNA条形码技术测定了6种中国南海裸胸鳝的线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ（COⅠ）基因部分序列（504bp）。结合来自GenBank中的分布于日本和3种同样分布于中国南海的裸胸鳝属鱼类的相应同源序列进行比较分析,用邻接法和最大简约法构建分子系统树。结果表明：（1）504个位点中共有187个核苷酸位点存在变异（37.1%）;（2）序列变异的转换/颠换比值平均为1.5;（3）细斑裸胸鳝（Gymnothorax fimbriatus）与黑斑裸胸鳝（G.favagineus）之间的同源序列碱基差异只有0.20%,支持二者是同种异名的观点;（4）在NJ树和MP树中,蠕纹裸胸鳝和网纹裸胸鳝聚为一支,位于系统树的基部位置。其余8种聚为另外一支,然后又细分为2个较小的分支。     

关中马mtDNA D-loop区遗传多态性分析

利用测序技术和生物信息学分析技术,对关中马27个个体的线粒体DNA D-loop 247 bp序列的遗传多态性及系统进化进行分析,检测到9种单倍型,其核苷酸多态位点19个,约占所测核苷酸总长的7.69%,均为转换。关中马mtDNA D-loop区核苷酸多样度(π值)为0.0219±0.0076,单倍型多样度(H)为0.843±0.041,表明关中马mtDNA遗传多态性丰富。根据mtDNA序列构建了关中马的NJ分子系统树,发现存在A、C、D、F和G共5个支系,表明关中马是多起源的。     

蒙古马mtDNA D-loop区遗传多样性与多重母系起源

【目的】对蒙古马mtDNA D-loop区247bp序列进行遗传多样性分析,探讨蒙古马的起源。【方法】采用PCR方法、测序技术及生物信息学方法,将本试验所测得的21匹蒙古马的mtDNA D-loop区序列,与GenBank中公布的43条蒙古马的对应序列,及世界范围内家马、普氏野马和内蒙古地区古马的mtDNA D-loop区序列一起进行系统发育分析。【结果】蒙古马具有39种单倍型,37个多态位点,核苷酸多样度(π)为0.02756±0.00967,单倍型多样度(h)为0.979±0.007,表明蒙古马mtDNA遗传多样性非常丰富。引用世界家马、古马、普氏野马和蒙古马共1074条mtDNA D-loop序列及本研究中21条mtDNA D-loop序列,共同进行系统发育分析,结果显示,蒙古马分布于A、B、C、D、E和F支系。【结论】蒙古马为多重母系起源,且与国内古马的母系起源几乎一致,推测蒙古马可能是中国北方家马的重要母系来源。     

实验用封闭群金黄地鼠mtDNA D-环核苷酸组成与变异分析

对兰州、上海、北京和武汉4个封闭群共98只金黄地鼠线粒体DNA(mtDNA)D-环进行分析.结果表明:实验用封闭群金黄地鼠mtDNA D-环序列中,T、C、A、G碱基含量分别为30.9%2、5.2%、29.5%、14.4%,其中A+T为60.4%、G+C为39.6%,G+C含量明显低于A+T;发现的167个多态位点中,113个转换、52个颠换、2个位点既有转换也有颠换,分别占多态位点数的67.7%、31.1%1、.2%,没有插入/缺失同时出现的位点,表明我国实验用封闭群金黄地鼠个体间多态性丰富,群体间无明显变异.     

德州驴线粒体DNA D-loop多态性分析

对2个品系德州驴(三粉驴和乌头驴)的线粒体DNA D-loop区进行PCR扩增并测序,以欧洲驴作对照,结果在获得的399 bp D-loop碱基序列中,共检测出核苷酸多态位点24个,多态位点比例为6.02%,德州驴的D-loop区核甘酸变异只有转换形式,5个德州驴的核苷酸变异频率在1.00%～4.51%之间,乌头驴和三粉驴可能来自不同母系起源.     

纯血马mtDNA D-Loop高变区序列分析

本文对4匹纯血马(分别来自英国、澳大利亚、美国和新西兰)mtDNA D—Loop高变区400bp核苷酸序列的变异进行分析。结果发现4匹纯血马mtDNA D—Loop高变区的核苷酸变异存在长度变异和位点变异，长度变异是由碱基缺失导致，位点变异类型包括转换、颠换和缺失3种形式，其中以转换最为常见，平均核苷酸变异率为4．00％。核苷酸变异位点较多，且个体之间差异大，说明这4匹纯血马的mtDNA D—Loop高变区多态性丰富。     

太湖鲢鱼mtDNA D-loop区遗传多样性

为深入研究太湖鲢鱼的种群遗传结构及进化过程,有效的保护和利用太湖鲢鱼种质资源,作者采用聚合酶链式反应(PCR)技术对太湖鲢鱼的mtDNA D-loop序列进行扩增,获得了大小约为500 bp的扩增产物.PCR产物经纯化后克隆到pMD19-T Vector进行序列鉴定测序,得到了520 bp的核苷酸片段(除去引物及部分端部序列).用CLUSTAL X(1.83)软件进行排序比较,在30个个体中,共检测到52个变异位点,包括1个碱基缺失、36个转换位点、15个颠换位点及1个转换与颠换同时存在的位点.运用MEGA软件计算出不同个体间的遗传距离,并据此构建了NJ系统树.用DNASP软件计算出的多态位点数(S)为52、核苷酸多样性(Pi)和平均核苷酸差异数(k)分别为1.24%0.35%和6.368.研究结果表明,太湖鲢鱼的mtDNAD-loop个体序列变异程度较大,遗传多样性较为丰富.     

大别山牛mtDNA D-loop区遗传多样性和系统进化分析

通过PCR扩增技术对46头大别山母牛mtDNA D-loop区进行测序并得到其全序列,再从GenBank上下载中外部分黄牛品种mtDNA D-loop区的全序列,运用生物学软件对大别山牛的遗传进化进行分析。结果发现,46头大别山牛mtDNA D-loop序列长度在955～1 101 bp之间,有176个变异位点,约占核苷酸总数的16.18%,其中单一信息位点120个,简约信息位点56个。共有25种单倍型,单倍型多样性（Hd）为0.877,核苷酸多样性（Pi）为0.023 96,平均核苷酸差异数（k）为21.544,A、T、C和G 4种碱基含量所占比例分别为32.72%、28.46%、25.19%和13.63%,表明大别山牛有较为丰富的遗传多样性。遗传距离分析结果表明,大别山牛与吉安牛、雷州牛、鲁西牛、闽南牛、皖南牛和湘西牛的遗传距离最小,与欧洲野牛亲缘关系最远,由系统发育树可推测大别山牛属南方牛种,属普通牛和瘤牛的混合母系起源。     

文昌鸡线粒体DNA控制区序列遗传多样性分析

运用PCR产物直接测序的方法对海南省文昌市90只文昌鸡样品的线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)第Ⅰ高变区序列进行了分析。用CLUSTAL X 1.81软件进行序列比较,其中38只个体共检测到27个核苷酸多态位点,全部为转换无颠换,序列突变率为5.29%。用DnaSP软件估计出序列存在16个单倍型,单倍型多样度(Hd)为0.935,核苷酸多样度(π)为0.01479,平均核苷酸差异数(k)为7.541。运用Mega4.0软件计算出不同个体间的遗传距离,并据此构建了NJ系统树。文昌鸡样品在NJ无根树上聚为4大分支。研究结果表明,文昌鸡群体内个体序列变异程度较大,遗传多样性丰富,揭示文昌鸡在遗传组成上具有4个母系来源。     

山东省地方黄牛品种.的遗传多样性研究

测定了山东省地方黄牛品种渤海黑牛和鲁西黄牛19头个体线粒体DNA(mtDNA)控制区(D-loop)的全序列,结合两个品种已报道的16个序列,用Lasergene、Mega 4.0和Dna SP 4.90软件对所得序列进行分析、构建进化树.结果显示:发现了29个单倍型,83个核苷酸多态性位点,转换/颠换比为4.27.山东黄牛主要有两个母系来源:欧洲牛和印度瘤牛,但受欧洲牛的影响更大一些.表明:山东地方黄牛品种具有丰富的遗传多样性和较高的进化潜力.     

甘南州蕨麻猪线粒体DNA控制区的分子遗传学研究

测定了甘南州27个蕨麻猪个体的mtDNA D-loop区序列,共检测到14个单倍型的43个多态位点,单倍型多样度和核苷酸多样度分别为0.945、0.007 17,表明蕨麻猪有较高的遗传多样性。结合已报道的13个中国地方猪种mtDNA D-loop序列及15个国内外野猪mtDNA D-loop序列进行分析,结果发现蕨麻猪和贵州可乐猪、Moncai、贵州香猪及藏猪都有较近的遗传关系,并且与东南沿海野猪有较近的亲缘关系,但没有发现东亚与东南亚野猪对蕨麻猪的起源有贡献的证据。     

腾冲雪鸡mtDNA D-loop区遗传多样性分析

【目的】阐明腾冲雪鸡群体遗传背景信息。【方法】采用PCR产物直接测序技术对144只腾冲雪鸡样品的mtDNA D-loop区序列变异进行检测,在此基础上结合已发表的云南其他地方鸡数据进行群体遗传学分析。【结果】在所检测的腾冲雪鸡序列中,碱基T、C、A和G平均含量分别为30.2%、29.8%、27.3%和12.6%,序列A+T平均含量为57.6%;共检测到33个核苷酸多态位点,占检测核苷酸位点总数的6.35%,其中4个为单一信息位点,29个为简约信息位点,数据突变形式主要为转换。在该群体中共发现21种单倍型,单倍型多样度(H)为0.890±0.011,核苷酸多样度(π值)为0.016 41±0.000 28,序列间平均核苷酸差异数和整个群体平均遗传多样性分别为8.534和0.017±0.004。系统发育分析显示:腾冲雪鸡包含A、B、E、F和G 5个母系世系,各世系所占的比例分别为25.00%、20.83%、15.28%、30.56%和8.33%。【结论】揭示腾冲雪鸡遗传多样性丰富,在世系组成比例上有别于云南其他地方鸡,且与它们有一定遗传分化。