海产品中副溶血弧菌PCR检测方法的建立与评价

副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)是引起食源性疾病的一种重要致病菌,但是目前法定的副溶血弧菌检测方法仍采用传统培养方法,操作繁琐、耗时。本研究从Kim et al.(1999)报道的副溶血弧菌toxR基因中找出一段特异性高的序列设计PCR引物,期望建立一种特异性高、快速和灵敏的副     

环介导等温扩增技术快速诊断猪肺炎支原体

利用环介导等温扩增（loop-mediated isothermal amplification,LAMP）方法建立了猪肺炎支原体（Mycoplasma hyopneumoinae）的快速检测方法。该方法以猪肺炎支原体保守性基因16SrRNA为靶序列设计了6条特异引物,在63℃等温条件下,30min即可完成反应。结果显示,LAMP技术优于PCR技术。在敏感性实验中,LAMP方法的能检测出10个包含靶基因片段的重组质粒,敏感性高于PCR方法10倍;特异性实验中,LAMP方法和PCR方法均显示出了高度的特异性;在对127个临床鼻拭子样本的检测中,LAMP方法检测结果是所有样本都为阳性,而PCR检测出了116份阳性。证明本研究所建立的方法,对临床样本的检测的敏感度高于常规的PCR法。LAMP方法具有操作简便、快速、高效、敏感、特异、经济的特点,在研究机构以及基层实验室、现场监测的广泛使用具有一定的潜力。     

环介导等温扩增联合横向流动试纸条可视化检测海豚链球菌方法的建立

海豚链球菌(Streptococcus iniae)是一种革兰氏阳性球菌,呈β溶血,可感染多种淡水和海洋鱼类。本研究利用环介导等温扩增技术(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)进行核酸扩增,通过横向流动试纸条方法 (lateral flow dipstick,LFD)实现检测,建立了一种可应用于海豚链球菌快速检测的LAMP-LFD技术。该技术以海豚链球菌促旋酶B亚单位(gyrase subunit B,gyr B)基因为检测靶标,设计3对引物进行由生物素标记的LAMP扩增反应,产物经异硫氰酸荧光素(fluorescein isothiocyanate,FITC)标记的探针杂交后,在LFD上完成检测。经优化的核酸扩增最适条件为65℃反应30 min,在此条件下,阳性扩增起始时间与模板浓度之间呈典型的线性相关性。从核酸扩增反应开始到LFD显色,整个检测时程只需40 min左右,比常规PCR技术缩短约2 h。LAMP-LFD能特异性地检出海豚链球菌,针对病原纯培养物的检测灵敏度为8.70×101cfu/m L,是LAMP检测的10倍、常规PCR检测的100倍。以灵敏度浓度(8.70×101cfu/m L)的海豚链球菌基因组DNA为模板进行的LAMP-LFD结果显示该方法具有良好的重复性。针对人工污染花鲈(Lateolabrax japonicus)肝组织的检测灵敏度为4.35×103cfu/m L,同样为常规PCR检测方法的100倍。利用本方法可成功从患病花鲈的组织样品中检测出海豚链球菌,检测结果与常规的细菌分离鉴定方法结果一致。因此,利用LAMP-LFD能特异、准确、高效地检测出海豚链球菌,而且操作简单、费用低、耗时短,有望成为海豚链球菌的常规检测方法。     

荔枝霜疫霉巢式PCR和LAMP检测方法的建立

由荔枝霜疫霉(Peronophythora litchii)引起的荔枝霜疫霉病是荔枝(Litchi chinensis)生产上的重要病害,建立霜疫霉快速准确检测方法,对于该病的早期诊断和及时防控至关重要.本研究以荔枝霜疫霉三磷酸鸟苷(GTP)结合蛋白基因(GTP-binding protein gene,Ypt1)为靶序列,设计特异性引物,建立了巢式PCR和环介导等温扩增(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)两种检测方法,并进行特异性和灵敏度验证.特异性检测表明,只有不同来源的21个荔枝霜疫霉菌株经PCR扩增获得249 bp的特异性条带,同时,在钙黄绿素指示剂的作用下,LAMP检测显示绿色,且扩增产物用2.0％琼脂糖凝胶电泳出现特有的梯形条带,而其他13种不同卵菌近缘种及8种常见病原真菌42个菌株均未观察到这些现象.灵敏度检测显示,将特异引物PvYF1/PvYR1与疫霉属Yptl通用引物Yph1F/Yph2R进行巢式PCR扩增后,其检测灵敏度在DNA水平上可达100fg/25 μL,较常规PCR提高1 000倍,而LAMP方法检测灵敏度是巢式PCR的10倍.本研究分别采用常规PCR、巢式PCR和LAMP方法对采集自福建省荔枝霜疫霉病典型症状及可疑症状的荔枝叶片或果实进行检测,并用传统分离方法进行验证.结果表明,在漳州采集的30份样品中,常规PCR、巢式PCR和LAMP方法的阳性检出率分别为17/22(77.3％)、20/22(90.9％)和21/22(95.5％);在莆田采集的25份样品中,常规PCR、巢式PCR和LAMP方法的阳性检出率分别为15/17(88.2％)、16/17(94.1％)、17/17(100％).可见LAMP方法明显提高了检测效率,并且具有检测程序便捷,所需设备简单和肉眼能判断结果的优势,适合基层部门及田间荔枝霜疫霉快速检测.     

用环介导等温扩增方法检测牛奶中致病微生物

环介导等温扩增技术(LAMP)是一种新型的基因扩增方法。本试验以牛奶为研究对象,采用LAMP方法检测其中沙门氏菌、副溶血性弧菌、金黄色葡萄球菌、大肠埃希氏菌O157、志贺氏菌和单增李斯特菌,并与国标方法进行比较。结果表明,LAMP方法和国家标准方法检测结果一致,结果符合率为100%,重复性好,灵敏度≤2 CFU/25g,特异性高。LAMP方法可广泛应用于牛奶中致病菌的快速检测。     

同步检测海水养殖动物5种病原菌的扩增子拯救多重PCR(Arm-PCR)方法的建立与应用

鳗弧菌(Vibrio anguillarum)、哈维氏弧菌(V.harveyi)、嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)、迟缓爱德华氏菌(Edwardsiella tarda)和副溶血弧菌(V.parahaemolyticus)是我国海水养殖动物5种重要的病原菌.本研究在分析了其致病因子基因的基础上,依据扩增子拯救多重PCR(Arm-PCR)的原理,设计了5套特异性的套式PCR引物,并在各内引物的5'端分别加上能被一对通用引物识别的标签序列;通过对套式PCR中影响扩增结果的引物混合物浓度、退火温度、Mg2+浓度、dNTPs浓度以及Taq DNA聚合酶浓度等5个反应参数的调整和优化,最终建立了一种能同步检测海水养殖动物5种常见病原菌的Arm-PCR方法.优化后的Arm-PCR方法第一步PCR反应体系为:10×PCR Buffer 5 μL(含20 mmol/L的Mg2+),dNTP(各2.5mmol/L)5μL,T的酶(2.5 U/μL)0.6 μL,10×Primer Mix(2 μmol/L)5 μL,DNA模板各1μL,灭菌双蒸馏水补足至50 μL,反应的退火温度为55℃.实验结果表明:对鳗弧菌、哈维氏弧菌、嗜水气单胞菌、迟缓爱德华氏菌和副溶血弧菌这5种病原菌,使用该方法可以在1支反应管内快速、同步进行检测,得到大小分别为144、190、266、315和371 bp的特异性产物,其检出灵敏度分别为1.745、1.847、16.000、28.126和369.900 pg细菌基因组DNA;该方法特异性强,与大肠杆菌(Escherichia coli)、溶藻弧菌(V.alginolyticus)、河豚毒素假交替单胞菌(Pseudoalteromonas tetraodonis、枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)等其他细菌以及半滑舌鳎基因组DNA不产生交叉反应.2012年,应用该Arm-PCR方法对分离自病鱼的24个优势菌株进行了检测,确定出5株迟缓爱德华氏菌、3株嗜水气单胞菌、2株哈维氏弧菌及2株副溶血弧菌,证实该方法具有良好的可靠性和实用性.该方法不仅适用于海水养殖动物中致病性鳗弧菌、哈维氏弧菌、嗜水气单胞菌、迟缓爱德华氏菌、副溶血弧菌的快速、同步检测和病原流行情况调查,也为进一步开发相应的基因芯片检测方法打下了基础.     

猪附红细胞体荧光定量PCR检测方法的建立及应用

摘要: 根据GenBank已登录的猪附红细胞体（M.suis）推测的功能性蛋白基因ORF2序列设计引物和TaqMan荧光探针,以定量的10倍系列稀释含M.suis部分ORF2基因的T载体重组质粒（pGEX-T/M.suis）为标准品,进行荧光定量PCR扩增并制作了标准曲线,经对荧光定量PCR的反应条件进行优化,建立了M.suis的TaqMan荧光定量PCR检测方法（Taqman FQ-PCR）;对所建立的FQ-PCR检测方法进行了敏感性、特异性和重复性实验,并对疑似M.suis感染临床抗凝全血样品进行了检测应用。结果显示：标准曲线的曲线循环阈值与模板浓度有良好的线性关系,相关系数为0.998;所建立的FQ-PCR方法检测灵敏度可达10个拷贝/μL,比对照常规PCR灵敏度高100倍;FQ-PCR方法特异性高,对pGEX-T/M.suis重组质粒扩增呈现阳性反应曲线,而对8个对照细菌、病毒和寄生虫DNA扩增曲线均呈现阴性反应;对不同浓度的pGEX-T/M.suis重组质粒分别重复扩增2次,重复结果良好;用该方法对24份临床疑似M.suis感染样品进行了应用检测,结果有20份样品为阳性,阳性检出率高于常规PCR方法。     

贮藏期猕猴桃果实表面溃疡病病原菌的快速检测方法研究

为建立猕猴桃果实表皮溃疡病病原菌(Psa)的快速检测方法,以陕西周至县贮藏期的海沃德猕猴桃为材料,用King’s B液体培养基培养获得果实表面病原菌,采用细菌DNA提取试剂盒及热裂解法提取总DNA;根据陕西猕猴桃Psa的hrp W保守区设计2对特异引物进行巢式PCR扩增,并对扩增产物进行测序。结果表明,从4个猕猴桃贮藏库抽取40个样品,其中8个样品检测出阳性扩增;对特异扩增得到的550bp的hrp W序列进行BLAST对比分析,发现该序列与丁香假单胞杆菌猕猴桃致病性变种(Pseudomonas syringae pv.actinidiae)的hrp W序列同源性为99%。此外,本试验建立的巢式PCR检测方法对Psa的检出限为103cfu·m L~(-1),检测方法特异性强,灵敏度高,能减少假阳性的出现,保证了快速检测结果的可靠性,为控制猕猴桃果实传播Psa提供了理论依据。     

环介导等温扩增技术对牛奶中沙门氏菌快速检测的研究

环介导等温扩增技术(LAMP)是一种新型的基因扩增方法,它具有高特异性、高灵敏度、便捷、成本低等特点,因而广泛应用于临床检测.本实验以沙门氏菌高度保守基因fimY基因为靶基因设计两对引物(F3&B3、FIP&BIP),建立LAMP反应体系.经试验分析对体系特异性、Mg2+浓度、反应时间、反应温度进行了优化和摸索,对35株临床菌株均检出达100％,其他阴性菌株基因组均无检出,在人工添加样品检测得其在牛奶中灵敏度为33CFU/管.实验结果表明,该方法耗时少、具有高特异性,适合牛奶中沙门氏菌污染的快速检测.     

对虾白斑综合征病毒可视化环介导等温扩增(LAMP)检测技术的建立与应用

针对当前对虾(Penacus orientalis)养殖业亟需研究开发一种简便快速、敏感特异的检测技术来实现对对虾白斑综合征病毒(White spot syndrome virus,WSSV)进行检测监控的现状,本研究根据WSSV基因组ORF120保守区序列,设计合成6条环介导等温扩增(loop mediated isothermal amplification,LAMP)特异性引物,分别为外引物F3/B3、内引物FIP/BIP和环引物LF/LB。利用钙黄绿素/氯化锰作为检测指示剂,通过对反应条件优化,建立了可视化WSSV-LAMP检测方法。在检测中未发生扩增反应时,钙黄绿素被氯化锰螯合,呈淬灭状态。当样品中有WSSV靶基因存在时,大量DNA被合成,并产生同样大量的焦磷酸根离子,此时焦磷酸根离子竞争性与Mn2+结合,形成稳定的不溶性焦磷酸盐沉淀,钙黄绿素被释放而发出肉眼可见的黄绿色荧光。该扩增一次性反应约60min即可完成对待检样品的检测。经测定,本方法能特异性地检测出阳性样品中的WSSV目的基因,并能通过扩增产物所产生的黄绿色变化与阴性样品区别;本技术对目的基因的最低检测量为1fg。在临床检测试验中,WSSV-LAMP与世界动物卫生组织(OIE)推荐的WSSV-PCR检测方法均能从250份对虾样品中,同时检测到15份编号相同的阳性样品,符合率达100%。除此之外,WSSV-LAMP还能从另外3份PCR检测为阴性的样品中检测到目的基因。比较这两种方法的阳性检出率,WSSV-LAMP为7.2%(18/250),WSSV-PCR为6.0%(15/250),WSSV-LAMP对自然感染的临床样品阳性检出率要比WSSV-PCR高。说明WSSV-LAMP在病毒含量较低的临床样品检测中比OIE推荐的PCR方法具有更高的技术优势,能在对虾养殖生产上的临床诊断、育种及口岸检疫,甚至海洋生态监测中对WSSV进行现场检疫。     

猪胸膜肺炎放线杆菌环介导等温扩增检测方法的建立与应用

本文建立了敏感、特异的胸膜肺炎放线杆菌环介导等温扩增检测方法。以1型胸膜肺炎放线杆菌ApxIV基因片段为靶序列设计了一组引物,并建立了LAMP反应体系,在63℃等温条件下反应45min,最低能检测到102个拷贝的目的基因,敏感性是PCR方法的10倍。通过对1～10型胸膜肺炎放线杆菌、多杀巴氏杆菌、链球菌、支原体等18种病原微生物的检测,证明该法具有很强的种特异性。另外,通过对8头实验感染猪和127份临床发病猪的鼻拭子的检测发现,该法对鼻拭子中胸膜肺炎放线杆菌的检出率为100%,优于PCR方法。     

牛支原体的环介导等温扩增快速检测技术研究

牛支原体(Mycoplasma bovis是感染牛的一种重要的致病性病原体.本研究利用环介导等温扩增(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)技术建立了牛支原体的快速检测方法.该方法以牛支原体保守性基因uvrC为靶序列设计了5条特异引物,在58℃等温条件下,60 min即可完成反应.LAMP方法能检测出20 pg牛支原体DNA,较PCR方法高100倍,用牛鼻支原体(M.bovirhinis)、无乳支原体(M.agalactiae)、精氨酸支原体(M.ariginini)、牛副流感病毒(BPIV)、牛腺病毒(BADV)、牛传染性鼻气管炎病毒(IBRV)作特异性检测,两种方法均有很高的特异性.本研究还将荧光显色剂钙黄绿素(calcein)和Mn2+用于LAMP反应结果的可视化检测.临床鼻拭子样品煮沸后,可直接进行等温扩增,省去了DNA提取步骤.在对167个临床鼻拭子样本的检测中,LAMP方法检测结果阳性率(26.95％)高于PCR方法检测出阳性率(19.16％),这证明本研究所建立的方法,与PCR法比较更适于临床样品的检测.研究结果表明,LAMP方法具有操作简便、快速、高效、敏感、特异、经济等特点,适于基层实验室监测的广泛使用.     

Development of the visual loop-mediated isothermal amplification assays for seven genetically modified maize events and their application in practical samples analysis

As more and more genetically modified (GM) crops are approved for commercialization and planting, the development of quick and on-spot methods for GM crops and their derivates is required. Herein, we established the polymerase chain reaction and agarose gel electrophoresis-free system for the identification of seven GM maize events (DAS-59122-7, T25, BT176, TC1507, MON810, BT11, and MON863) employing a loop-mediated isothermal amplification (LAMP) technique. The LAMP assay was performed using a set of four specific primers at 60-65 °C in less than 40 min, and the results were observed by direct visual observation. In these developed assays, the specificity targeted at each GM maize event based on the event-specific sequence was well confirmed, and the limits of detection were as low as four copies of maize haploid genomic DNA with an exception of 40 copies for MON810 assay. Furthermore, these developed assays were successfully used to test six practical samples with different GM maize events and contents (ranged from 0.0 to 2.0%). All of the results indicated that the established event-specific visual LAMP assays are more convenient, rapid, and low-cost for GM maize routine analysis.     

环介导等温扩增技术快速检测大西洋鲑的研究

为探究环等温扩增技术(LAMP)在鲑科鱼类物种鉴定方面的应用,以大西洋鲑为研究对象,针对其线粒体CR区段设计特异性的LAMP引物,并通过单因素试验和正交试验研究反应体系中d NTP Mix、Mg~(2+)、甜菜碱终浓度对LAMP扩增结果的影响。结果表明,大西洋鲑LAMP扩增的最优条件为:引物SS-CR-F3/SS-CR-B3各0.2 m M,SS-CR-FIP/SS-CR-BIP各1.6 m M,dNTP Mix 1.4 m M,Mg~(2+)6 m M,甜菜碱0.8M,Bst DNA聚合酶8 U,扩增温度为65℃,反应时间60 min。在此条件下LAMP扩增产物电泳检测特异性强、稳定性好,对大西洋鲑DNA的检出限达0.01 ng·μL~(-1),并可对混合样本进行检测。本研究结果为大西洋鲑快速物种鉴定提供了一种重要技术手段,该技术可应用于鲑科鱼类物种鉴别的日常检验检疫和市场监管工作中。     

羟基萘酚蓝在伪狂犬病病毒环介导等温扩增检测方法中的应用

伪狂犬病毒(Pseudorabies virus,PRV)传统诊断方法具有程序繁琐、周期长、成本高、特异性差等缺点,本实验建立了敏感、特异的PRV的环介导等温扩增(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)检测方法,并在此基础上应用金属离子指示剂羟基萘酚蓝(hydroxy naphthol blue,HNB)进行反应结果判定.实验选取保守性较高的gB基因(glycoprotein B,糖蛋白gB)筛选引物,确定反应体系后,可在45 min内完成检测.LAMP方法特异性与PCR方法一致,敏感性是PCR方法的100倍,最低能够检测10个拷贝的目的基因.在HNB的应用试验中,发现LAMP反应体系中,HNB浓度为150 μmol/L时,阴阳性的颜色对比明显且反应的敏感性最高,可用于LAMP扩增产物的判断.临床样本的检测结果表明,PCR方法和LAMP方法的检出率一致.因此,本研究中所建立的LAMP方法是一种高度特异敏感的,可替代PCR方法的检测技术.     

环介导等温扩增技术及其在水生动物病毒检测中的应用

水产养殖已成为国民经济重要组成部分,但经常受到水生动物病毒的困扰。相关病毒病原的检测已成为水生动物病原研究的热点之一。环介导等温扩增技术具有高特异性和灵敏度,并且扩增时间短,对仪器的要求较低,已广泛应用于水生动物病毒的检测中。本文从环介导等温扩增技术中引物的设计,扩增反应过程及反应产物的检测三个方面来阐述其基本原理,并综述了其在水生动物虹彩病毒、弹状病毒、呼肠孤病毒、疱疹病毒及对虾病毒检测中的应用,最后对其技术和应用上的发展前景进行了展望,以期为水生动物病毒检测相关研究提供参考。     

乳制品中金黄色葡萄球菌PCR快速检测方法的建立

为快速检测乳制品中的金黄色葡萄球菌,本研究将纳米氢氧化钛和纳米氢氧化锆固定在滤纸片上以去除PCR反应抑制因子,并以Nuc为靶基因,建立一种无需样品前增菌的PCR快速检测方法,同时确定该方法的特异性、灵敏度和实用性,并评估该方法所用试剂在冷冻保存条件下的稳定性与实用性。结果表明,该PCR快速检测方法在检测97株目标菌及83株非目标菌后未出现假阳性或假阴性结果;该方法无需增菌处理,可在4 h内完成检测,检测限为10¹ CFU·25 g^-1或10¹ CFU·25 mL^-1;该方法与传统检测方法在实际乳制品样品中金黄色葡萄球菌的检出率及活菌检测率均一致(符合率100%);此外,该检测方法所用试剂在-20℃冷冻条件下可稳定保存至少12个月。综上所述,本研究建立的PCR快速检测方法特异性强、灵敏度高,且实用性良好,能有效去除样品基质中的PCR反应抑制因子,为乳制品中金黄色葡萄球菌的快速检测提供了参考依据。     

猪蓝耳病病毒RT-LAMP快速可视化检测方法的建立

为建立能快速检测猪蓝耳病病毒（PRRSV）的检测方法,本研究根据基因库中PRRSV非结构蛋白NSP2基因的保守序列,设计了一套特异性环介导等温扩增（RT-LAMP）引物,建立了PRRSV的RT-LAMP可视化检测方法。该方法的敏感性可达10 copies RNA,高于常规PCR方法 10倍;全部反应可以在50 min内完成;可通过肉眼观察钙黄绿素（calcein）颜色变化直接判定结果;对其它常见病原体的检测结果均为阴性,同时应用实时浊度仪对反应体系浊度及浊度的变化速率进行实时测量,结果相一致。结果表明建立的RT-LAMP方法简便、快速、灵敏、特异,可用于PRRSV感染的快速检测。     

Comparative studies of nucleic acid hybridization assay for Listeria in foods

A nucleic acid hybridization assay has been developed for Listeria spp. in dairy foods and environmental samples. The assay is based on detection of unique Listeria 16S rRNA sequences by using a 32P-labeled synthetic DNA probe. Inclusivity and exclusivity of the probe were confirmed with 139 Listeria isolates representing all known species, and 73 non-Listeria bacterial strains. In this paper, we present results from our preliminary studies comparing the hybridization assay with conventional culture on a total of 575 specimens that represent a variety of inoculated and uninoculated foods and environmental samples. The assay, which is done in a filter manifold format after 2 days of cultural enrichment, requires a total assay time of less than 2.5 days. The false-negative rate for all sample groups tested using the GENE-TRAK hybridization assay was less than the rate for culture. Thus, the new assay allows rapid screening of the indicated product groups and provides reliable numerical results.     

Evaluation of loop-mediated isothermal amplification (LAMP) to rapidly detect arbuscular mycorrhizal fungi

Detection and quantification of arbuscular mycorrhizal fungi (AMF) is important for any work with this group of root symbionts. We here applied loop-mediated amplification (LAMP), an isothermal DNA amplification technique, to AMF under in vitro culture conditions. In this first application of LAMP to AMF, we introduce LAMP primers that were able to amplify AMF DNA from colonized carrot roots (Glomus intraradices), and genomic DNA from several taxa of AMF (input template as low as 1×10^?2 ng). This study is the starting point for testing this method under more challenging environmental conditions.