梨Ty1-copia反转录转座子的克隆及IRAP分子标记体系的建立

【目的】从早酥梨及其红皮芽变基因组中分离Ty1-copia反转录转座子全长序列,分析序列特点,并基于其中长末端重复序列(LTR)建立IRAP分子标记体系。【方法】以早酥梨及其红皮芽变和极早熟芽变植株叶片为试材,根据已知的Ty1-copia反转录转座子保守区域设计引物,利用同源克隆技术得到目的基因。根据基因两端LTR序列设计引物,建立IRAP分子标记体系,并对早酥梨及其芽变进行遗传分析。【结果】从早酥梨基因组中获得2条Ty1-copia反转录转座子全长序列,分别命名为PbTYZS1和PbTYZS2,长度分别是9 363和9 632bp。从红色芽变基因组中获得1条序列,命名为PbTYRM1,长度为9 652bp。经结构分析,获得的3条序列都是典型的Ty1-copia反转录转座子,但其开放阅读框(ORF)的完整性发生了变化。利用反转录转座子LTR保守区域设计引物成功建立了IRAP分子标记体系,早酥梨与红皮芽变的平均遗传距离为0.104,与极早熟芽变的遗传距离为0.115,并且早酥梨与极早熟芽变的多态性为20.41%,较之与红皮芽变的多态性(18.89%)更为丰富。【结论】早酥梨及其红皮芽变基因组中都含有完整结构的Ty1-copia反转录转座子,建立的IRAP分子标记体系可以得到清晰稳定的多态性指纹图谱。     

12份蕨类材料亲缘关系的SSR分析

利用SSR分子标记技术对12份蕨类材料进行亲缘关系分析。结果表明,从180对引物中筛选出15对多态性高、重复性好的引物,对12份蕨类材料基因组DNA进行扩增,共扩增出117条带,其中多态性带98条,平均每对引物产生6．53条多态性带,多态性比例为83．76％。通过NTSYS—pc2．10e软件计算不同蕨类材料之间的遗传相似系数,并进行聚类分析。遗传分析表明,12份材料间的遗传相似系数为0．351～0．857,且聚类分析表明,遗传相似系数在0．61—0．63可将供试材料分为3个类群。应用SSR分子标记技术能较准确地分析蕨类不同材料之间的亲缘关系及遗传多样性。     

基于小麦反转录转座子Wis2-1A的IRAP分析的不同小麦品种遗传多态性研究(摘要)(英文)

[目的]对不同小麦品种的遗传差异进行客观的评估。[方法]提取21种小麦幼苗总DNA,利用基于小麦反转录转座子Wis2-1A的分子标记技术,作IRAP分析,对其遗传多态性进行评价。[结果]电泳结果进行聚类分析,有19个品种聚成不同遗传距离的类群,绝大多数小麦品种得到了充分的区分,对不同品种的小麦遗传多样性进行了客观评价。[结论]基于小麦反转录转座子Wis2-1A的IRAP分析,可作为小麦育种判断遗传距离的依据。     

不同小麦品种遗传多态性研究——基于小麦反转录转座子Wis2-1A的IRAP分析

[目的]对不同小麦品种的遗传差异进行客观评估。[方法]提取21种小麦幼苗总DNA,利用基于小麦反转录转座子Wis2-1A的分子标记技术作IRAP分析,对其遗传多态性进行评价。[结果]电泳结果进行聚类分析,有19个品种聚成不同遗传距离的类群,绝大多数小麦品种得到了充分的区分,对不同品种的小麦遗传多样性进行了客观评价。[结论]基于小麦反转录转座子Wis2-1A的IRAP分析,可作为小麦育种判断遗传距离的依据。     

我国猴头栽培菌株的反转录转座子间扩增多态性

IRAP作为一种新的DNA分子标记技术,具有简便、稳定、中等产率和容易得到选择性条带序列的特点。利用基于反转录转座子的分子标记技术,即反转录转座子间扩增多态性(IRAP)技术分析我国34份栽培猴头菌菌株种间遗传差异,为猴头菌道地性研究、种质资源鉴定、亲缘关系研究、品种选育和引种栽培提供了分子生物学依据。结果表明,34个猴头菌菌株间均有遗传上的差异,但遗传相关性极高,同时表明我国猴头菌栽培菌株间的遗传背景较单一。     

基于反转录转座子及简单重复序列标记的裸大麦遗传多样性研究

为揭示裸大麦育成品种与种质资源材料的遗传结构,利用反转录转座子标记(反转录转座子-微卫星扩增多态性,REMAP;反向反转录转座子扩增多态性,IRAP)与简单重复序列(SSR)标记,分析63份裸大麦的遗传多样性。IRAP、REMAP、SSR标记分别检测到315、143、38个等位变化,变异范围分别为9~58、7~25、2~4个,平均每对引物检测24.23、14.30、2.38个等位变化。REMAP和IRAP单一标记多态性位点贡献率高于SSR标记。反转录转座子标记揭示材料间遗传相似性系数(GS)为0.452~0.937,平均为0.674,在GS值0.620水平上将63份材料分为2大类,分别包含20份和43份材料。SSR标记结果显示材料间GS为0.351~0.973,平均为0.716,在GS值0.620水平上将63份材料区分为2大类,分别包含2份和61份材料。反转录转座子标记聚类结果在GS值0.740水平上能区分西藏野生资源和栽培资源,但SSR标记不能有效区分这2类材料。反转录转座子标记的主坐标及群体结构分析结果与GS聚类分析结果一致性较高;SSR标记群体结构与主坐标分析、GS聚类分析结果存在明显差异。本研究表明,裸大麦材料遗传背景简单,亚类间缺少基因交流,反转录转座子标记在裸大麦品种亲缘关系鉴定中有一定的优势。反转录转座子标记与SSR标记的协同使用可为裸大麦遗传多样性分析、种质鉴定及亲本选配揭示更多有用信息。     

12份蕨类材料亲缘关系的SSR分析

利用SSR分子标记技术对12份蕨类材料进行亲缘关系分析。结果表明,从180对引物中筛选出15对多态性高、重复性好的引物,对12份蕨类材料基因组DNA进行扩增,共扩增出117条带,其中多态性带98条,平均每对引物产生6.53条多态性带,多态性比例为83.76%。通过NTSYS-pc2.10e软件计算不同蕨类材料之间的遗传相似系数,并进行聚类分析。遗传分析表明,12份材料间的遗传相似系数为0.351⁰.857,且聚类分析表明,遗传相似系数在0.610.857,且聚类分析表明,遗传相似系数在0.61⁰.63可将供试材料分为3个类群。应用SSR分子标记技术能较准确地分析蕨类不同材料之间的亲缘关系及遗传多样性。     

江西柿属种质资源遗传多样性的IRAP标记分析

利用逆转座子间扩增多态性(Inter-retrotransposon Amplified Polymorphism,IRAP)分子标记对收集的49份江西柿属种质资源进行了遗传多样性分析。从26个IRAP引物中筛选出扩增条带清晰且多态性丰富的10个引物,PCR扩增产物经聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)得到清晰的指纹图谱。将418条清晰条带(多态性100%)转换为0/1矩阵,聚类分析结果表明:供试的江西柿属种质资源的遗传相似系数在0.69~0.92之间,分属柿、油柿、野柿三个种,遗传多样性丰富;明晰了几个分类关系模糊的柿种质资源的种属关系。     

荣昌猪与新荣昌猪Ⅰ系遗传变异的RAPD标记分析

利用60个随机引物对荣昌猪与新荣昌猪Ⅰ系的基因组DNA进行RAPD分析,其中35个引物可扩增出清晰的RAPD带型,1个引物A1表现出明显的遗传多态性。结果表明：荣昌猪和新荣昌猪Ⅰ系群内平均相似系数分别为0．787,0．80;平均遗传距离为0．213,0．198,两品系间平均相似系数为0．795;平均遗传距离为0．206,两品系内及品系间都存在着DNA分子水平上的差异。     

江西柿属种质资源遗传多样性的IRAP标记分析

利用逆转座子间扩增多态性(Inter-retrotransposon Amplified Polymorphism,IRAP)分子标记对收集的49份江西柿属种质资源进行了遗传多样性分析。从26个IRAP引物中筛选出扩增条带清晰且多态性丰富的10个引物,PCR扩增产物经聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)得到清晰的指纹图谱。将418条清晰条带(多态性100%)转换为0/1矩阵,聚类分析结果表明:供试的江西柿属种质资源的遗传相似系数在0.69⁰.92之间,分属柿、油柿、野柿三个种,遗传多样性丰富;明晰了几个分类关系模糊的柿种质资源的种属关系。     

茄子品种基于WRKY转录因子的指纹图谱构建及遗传相似性分析

应用WRKY转录因子分子标记构建34个茄子品种的指纹图谱及进行遗传相似性分析,筛选出5对多态性高的引物进行PCR扩增,结果显示,扩增多态性带663条,每对引物检测到多态性条带84～181条,平均为132条。对所得到的34个茄子品种的指纹图谱进行组合和综合分析,可以将供试的34个茄子品种区分开来。表明利用WRKY转录因子分子标记技术可以用以鉴定茄子种质资源。按照UPGMA法进行聚类,从分子水平上将供试品种大体分为5个类群,第一类群又可分为2个亚类群,WRKY转录因子分子标记分类与传统的以果形或果皮颜色单一形态学性状为基础的分类没有直接的相关性。     

基于ISSR的葡萄品种亲缘关系分析及其指纹图谱构建

以19份葡萄品种为材料,采用ISSR分子标记对其品种间的亲缘关系进行研究,通过非加权配对算术平均法（UPGMA）进行数据分析,建立亲缘关系图,利用筛选出的引物构建葡萄品种的DNA指纹图谱。结果表明,从86条ISSR引物中筛选出14条多态性较丰富且稳定的引物,共扩增出136条带,其中多态性条带125条,多态性百分率为91．91％。各材料间遗传相似系数在0．54～0．83,平均遗传相似系数为0．685。在遗传相似系数为0．54时,可将19份葡萄材料明显分为2大类。利用2条ISSR引物UBC815和UBC855构建了14个葡萄品种的DNA指纹图谱。分析表明,ISSR标记多态性较为丰富,适合葡萄品种亲缘关系分析及图谱构建,并可为品种鉴定提供理论依据。     

SRAP标记技术在谷子及其近缘野生种青狗尾草的应用分析

青狗尾草（Setaria viridis）被认为是谷子（S.italica）的祖先种,因此研究青狗尾草与谷子品种间的亲缘关系,对于野生有益基因的发掘利用有着深远意义。以来源于不同国家的谷子和青狗尾草共24个品种为试材,分析SRAP技术在谷子和青狗尾草中的适用性研究。结果表明：（1）用24个标记组合共产生127条多态性带,平均每个标记组合产生5.29条多态扩增带。每对引物组合产生的多态性带的比例为16.67%～37.90%,平均为28.30%。说明供试青狗尾草和谷子具有较为丰富的遗传多样性。（2）对所有材料进行聚类分析,遗传相似系数为0.56～0.90,平均遗传相似系数为0.79。相似系数为0.56时,可以将24份材料分成2大类群：第一类群全部为青狗尾草,第二类群则包括谷子和部分青狗尾草材料。综上所述,SRAP技术能够有效地对谷子和青狗尾草属进行多态性分析。     

13个大果油茶品种遗传与亲缘关系的ISSR分析

[目的]探讨广西大果油茶资源的遗传多样性及其亲缘关系,为其种质资源利用和品种选育等提供参考.[方法]采用ISSR分子标记技术对13个大果油茶品种（系）的遗传与亲缘关系进行分析.[结果]从99条ISSR引物中筛选出6条多态性引物,共扩增出56条带,其中54条为多态性带,多态性比例为95.2％,平均每个引物扩增的条带数为9.33条.供试大果油茶品种间的遗传相似系数范围为0.2222～0.7826,平均相对遗传相似系数为0.5293.UPGMA法聚类分析结果表明,供试的13个大果油茶品种（系）可分为3个类群.UPGMA法聚类分析结果表明供试的13个大果油茶品种（系）可分为3个类群.[结论]13个广西大果油茶品种资源间的遗传基础较宽.     

木奶果种质资源的遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建

【目的】对来自广西、云南、海南和广东的63份木奶果种质资源进行遗传多样性分析,并构建对应的DNA指纹图谱,为木奶果种质资源的分类鉴定、保护和利用提供理论参考。【方法】选取3份地理位置相差较远的种质,从75条SCoT引物中筛选出条带清晰、重复性好和多态性丰富的引物,对63份供试种质进行多态性扩增,利用Popgene 1....     

新疆红花品种亲缘关系的SRAP分析（英文）

[目的]采用SRAP分子标记技术对5个新疆红花品种进行分析,探讨品种间的亲缘关系,为红花种质资源的保护和发掘利用提供科学依据。[方法]利用SRAP分子标记方法对新疆5个红花品种和1个云南红花品种的基因组DNA进行分析。[结果]筛选出12对SRAP引物组合,对6份材料共扩增出171条清晰可用条带,其中多态性条带93条,多态性比率54.4%。6份材料的遗传相似系数变化范围在0.60~0.92。[结论]SRAP分子标记技术适合用于红花品种的亲缘关系研究和指导分子育种。     

24个荸荠品种遗传多样性RAPD分析

[目的]从分子水平上了解不同地区荸荠地方品种的亲缘关系及遗传多样性,为荸荠品种资源研究和选育提供理论依据.[方法]利用RAPD分子标记技术,对24个不同地区荸荠地方品种进行遗传多样性及聚类分析.[结果]从100条RAPD引物筛选出条带清晰、多态性理想的引物15条,共扩增出83条清晰带,其中多态性带为61条,多态性比例为73.5%.24个荸荠地方品种间的遗传距离为0.0976~0.6757,平均为0 3048;UPGMA聚类分析可将24份荸荠品种分为5组,其中第4组又可分为两个亚组,野生荸荠单独归为一亚组.[结论]24份荸荠品种的遗传基础相对较狭窄,亲缘关系较近,但部分不同地区栽培品种之间仍存在一定的遗传差异性.     

不同类型甘薯品种遗传多样性的ISSR分析

为了丰富甘薯育成品种的遗传背景，筛选优良亲本，对来自全国各地的37份不同类型（鲜食型，淀粉型和兼用型等）的甘薯品种进行遗传多样性分析，选取的品种在薯皮、薯肉颜色方面有较大差异，采用ISSR分子标记对其多样性及亲缘关系进行分析。结果表明：100条引物中共筛选出19条ISSR多态性引物，共扩增出118条带，其中多态性条带115条，多态性位点频率为97.50%，供试甘薯品种的遗传距离介于0.04~0.36之间。台薯66和红东的遗传距离最近（0.04），观赏型甘薯紫罗兰与花青素加工型徐紫薯8号聚为一类。花青素加工型与菜用型和水果型的遗传距离较远，分别为0.43和0.40，与观赏型遗传关系最近（0.08）；水果型与其他8种类型遗传距离较远，均大于0.30，而鲜食型与其他类型的遗传距离均较近。分析了不同类型甘薯品种的遗传关系，相对于形态学标记，ISSR能较好地区分37份甘薯种质资源，其聚类分析结果能更客观地反映不同甘薯类型之间的遗传关系，可为不同用途品种选育的亲本选配提供参考。     

大白菜DH0代群体遗传多样性的两种分析方法

以游离小孢子培养获得的KF大白菜(丰抗70)DH_0代群体和用于小孢子培养的F_1代杂交亲本,共17份实验材料,采用系统聚类和主坐标分析,利用RAPD标记技术分析了其遗传稳定性.从106条RAPD随机引物中筛选出33条重复性好并且具有多态性的引物进行扩增,在17份材料中扩增了200条带,其中多态带为120条(60%).通过对RAPD分析数据进行系统聚类与主坐标分析,2种分析结果大体一致,表明系统聚类与主坐标分析这2种方法对种质资源进行聚类分组都具有可行性.     

24份古荔枝种质资源ISSR遗传多样性分析

[目的]了解广西古荔枝种质资源的遗传多样性及其亲缘关系,为其种质资源利用和品种选育等提供参考.[方法]采用ISSR分子标记技术对24份古荔枝种质资源的遗传多性及亲缘关系进行分析.[结果]从100条ISSR引物中筛选出13条带形清晰、重复性好的引物,共扩增出96条条带,其中有43条为多态性条带,多态性比例为44.79%,平均每条引物扩增的条带数为7.4条.供试古荔枝种质资源间的遗传相似系数范围为0.43~1.00,平均相对遗传相似系数为0.61.UPGMA法聚类分析结果表明,在遗传相似系为0.66处供试的24份古荔枝种质资源被分为三大类群.类群Ⅰ均来自广西灵山县,类群Ⅱ来自广西桂平市、北流市、玉林市、灵山县和大新县,类群Ⅲ来自广西北流市和灵山县.[结论]24个广西古荔枝品种资源间的遗传基础宽,可作为今后荔枝杂交选育的优良种质资源.