牛病毒性腹泻病毒实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立

为了建立一种快速、特异、灵敏的检测牛病毒性腹泻病毒(BVDV)Taq Man实时荧光定量RT-PCR的方法,根据NCBI GenBank上已公布的BVDV、猪瘟病毒(CSFV)核酸序列进行比对,利用Oligo 6.71软件设计一对引物及一条探针,建立了检测BVDV的Taq Man实时荧光定量RT-PCR方法。通过对该方法的特异性、重复性及其敏感性进行相关试验,结果表明该方法检测出BVDV标准毒株Oregon C_(24)V为阳性,猪圆环病毒2型、猪伪狂犬病病毒、猪传染性胃肠炎病毒、猪流行性腹泻病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒和CSFV的检测均为阴性。对BVDV标准毒株最低检测量达到10~(-2.5) TCID_(50)。该方法检测同一样品重复进行8次检测,结果均一致,表明方法的重复性较好。应用该方法对6批猪瘟疫苗专用血清进行BVDV检测,阳性率为16.7%;猪瘟弱毒苗中未检出BVDV。建立的BVDV Taq Man实时荧光定量RT-PCR方法为生产无BVDV污染的猪瘟苗提供了有力的保障。     

A型猪塞内卡病毒TaqMan荧光定量PCR方法的建立

本研究针对A型猪塞内卡病毒(Senecavirus A, SVA)基因组保守区域设计了特异性引物及探针,建立了快速检测SVA的Taq Man荧光定量PCR方法。结果显示,以构建的重组质粒为标准品建立的Taq Man荧光定量PCR方法,标准曲线具有良好的线性关系,线性相关系数达0.9974;特异性良好,与口蹄疫病毒、猪流行性腹泻病毒、猪传染性胃肠炎病毒、猪瘟病毒、猪伪狂犬病毒不存在交叉反应;对SVA核酸最低检测下限为3.75 copies/μL,而普通PCR最低检测下限为3.75×103 copies/μL;批内和批间的变异系数为均小于5%,重复性良好。本研究建立的SVA TaqMan荧光定量PCR方法为检测猪水疱性疾病病原提供了一种快速、灵敏的检测方法,为开展SVA流行病学调查提供了技术支持。     

猪传染性胃肠炎病毒和猪流行性腹泻病毒二联RT-PCR检测方法的建立

为了研究出一种快速、敏感、特异的诊断猪传染性胃肠炎和猪流行腹泻的方法,试验参照国内外已发表的猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)和猪流行性腹泻病毒(PEDV)基因序列及其相关的RT-PCR检测方法,根据猪传染性胃肠炎病毒S蛋白基因和猪流行性腹泻病毒s蛋白基因各设计1套特异性通用引物,扩增目的带分别为426 bp和584 bp.结果表明:建立的猪传染性胃肠炎病毒和猪流行性腹泻病毒二联RT-PCR检测方法具有快速、敏感、特异等优点,可为猪传染性胃肠炎病毒和猪流行性腹泻病毒的检测、流行病学调查及疫苗使用等奠定基础.     

猪瘟病毒和猪繁殖与呼吸综合征病毒一步法双重荧光RT-PCR检测方法的建立及应用

为建立猪瘟病毒(CSV)和猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)现场快速鉴别检测方法,参照GenBank中CSV和PRRSV特异性基因序列,设计特异引物和TaqMan探针,通过优化反应条件,建立了检测CSV和PRRSV的一步法荧光RT-PCR方法,并验证了该方法的特异性、敏感性、重复性。结果显示,该方法检测CSV和PRRSV的灵敏度分别可达0.25和1.99 TCID_(50)/100μL,对猪细小病毒(PPV)、猪乙型脑炎病毒(JEV)、猪伪狂犬病毒(PRV)、猪圆环病毒2型(PCV2)的检测结果均为阴性。本试验建立的TaqMan一步法荧光定量RT-PCR检测方法,可对CSV和PRRSV进行快速诊断,适合现场检测。     

猪捷申病毒荧光定量RT-PCR检测方法的建立与应用

参考Gen Bank中猪捷申病毒(PTV)基因序列,通过比对分析,设计引物和Taq Man探针,建立荧光定量RT-PCR检测方法。该方法的最低检测灵敏限度为12.6拷贝/μL,组内组间重复试验的变异系数均小于2%,具有较好的特异性,对猪常见病原如猪瘟病毒、猪传染性胃肠炎病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪圆环病毒和伪狂犬病病毒等均没有特异性扩增。用本研究建立的荧光定量RT-PCR方法检测来自猪场的156份猪粪便,阳性检出率为38.5%,与套式RT-PCR符合率达100%,表明本试验建立的荧光定量RT-PCR方法适用于PTV的快速批量筛检,为PTV感染的流行病学调查提供了必要的技术手段。     

3种致猪腹泻病毒的多重RT-PCR检测

试验建立了用于检测猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)与猪轮状病毒(PRV)的三重RT-PCR方法,以调查猪群中腹泻病毒感染情况.通过该方法对采自广东省规模化猪场的95份临床疑似病毒性腹泻病料进行了检测,结果表明,猪流行性性腹泻病毒阳性率为33.7%,猪传染性胃肠炎病毒阳性率为4.2%,猪轮状病毒阳性率为20%;猪流行性性腹泻病毒和猪轮状病毒混合感染率为8.4%,猪流行性腹泻病毒和猪传染性胃肠炎病毒混合感染率为2.1%.     

猪繁殖与呼吸综合征病毒和猪流行性腹泻病毒双重TaqMan实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立

为了建立快速、简便且能同时检测猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)和猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)的方法,试验根据GenBank中已登录的PRRSV ORF7基因序列和PEDV N基因序列,设计2对特异性引物和2条TaqMan探针,通过优化扩增条件建立检测PRRSV和PEDV的双重TaqMan实时荧光定量RT-PCR方法,同时还进行了特异性、敏感性、重复性试验以及临床样品检测。结果表明:最终确立的20μL扩增体系中各引物和探针的加样量分别为:PRRSV-F 0.8μL,PRRSV-R 0.6μL,PRRSV-P 0.5μL;PEDV-F 1.2μL,PEDV-R 1.0μL,PEDV-P 0.7μL。(优化后的最佳扩增程序为:50℃反转录6 min;95℃预变性1 min;95℃变性10 s,55℃退火10 s,72℃延伸10 s,共40个循环)。检测PRRSV和PEDV的敏感性可分别达到1.05 TCID_(50)/100μL和3.16 TCID_(50)/100μL,该方法特异性好,不与其他常见猪病病原体发生交叉反应,批内变异系数和批间变异系数均不高于2.0%。用该方法对234份临床样品进行检测,PRRSV阳性样品15份, PEDV阳性样品20份,检出率高于常规RT-PCR方法。说明试验建立的双重TaqMan实时荧光定量RT-PCR方法敏感性高,特异性好,可同时准确、快速检测PRRSV和PEDV。     

猪流行性腹泻病毒RT-LAMP检测方法的建立与应用

为建立一种适用于现场快速检测猪流行性腹泻病毒(PEDV)的环介导等温扩增(LAMP)检测方法,针对猪流行性腹泻病毒(PEDV)的M基因编码区序列,分别设计合成3组引物,通过对引物的筛选和反应条件优化,建立了PEDV RT-LAMP可视化快速检测方法。灵敏度和特异性试验结果显示,本方法在65℃45 min对PEDV的检测灵敏度为2 copies/μL,与猪传染性胃肠炎病毒、猪轮状病毒、猪瘟病毒、猪伪狂犬病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒均无交叉反应。利用该方法对30份送检的临床样品进行检测,检出阳性样品8份,与荧光定量RT-PCR检测结果一致。试验表明,所建立的RT-LAMP检测方法具有特异性好、灵敏度高、快速、结果可视、设备适用范围广等优点,适用于PEDV现场快速检测。     

TGEV-PEDV二重RT-PCR检测方法的建立及应用

本试验旨在建立能同时检测猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)和猪流行性腹泻病毒(PEDV)的二重RT-PCR检测方法。首先根据Gen Bank收录的TGEV和PEDV的基因序列,设计扩增猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)、猪流行性腹泻病毒(PEDV)的特异性引物,然后通过优化二重PCR的体系建立一个二重RT-PCR检测方法。用该方法对临床收集的10份粪便样品进行检测,初步表明本研究建立的二重PCR方法具有良好的特异性和灵敏度,能用于临床诊断及流行病学调查。     

猪传染性胃肠炎病毒、猪流行性腹泻病毒和猪轮状病毒A多重荧光定量RT-PCR检测方法的建立

为对引起腹泻症状的猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)、猪流行性腹泻病毒(PEDV)和猪轮状病毒A(PRoVA) 3种病毒同时快速地鉴别检测,本研究对GenBank中登录的TGEV的S基因、PEDV的S基因、PRo VA的NSP基因进行序列分析,分别设计了针对3种病毒的特异性引物和用3种荧光基团标记的核酸探针,通过条件优化建立了针对这3种病毒的多重荧光定量RT-PCR方法。结果显示,该方法能够特异性检测PEDV、TGEV和PRo VA,而与其它病原无交叉反应;对TGEV、PEDV和PRo VA的最低检测量分别为1.12拷贝/μL、39拷贝/μL和25拷贝/μL;组内和组间变异系数均小于5%;该方法与商品化的试剂盒检测结果符合率达100%。该方法快速、敏感,检测结果准确可靠,为猪病毒性腹泻疾病的流行病学调查和分子生物学快速诊断奠定了基础。     

猪流行性腹泻病毒一步法RT-PCR检测方法的建立与初步应用

猪流行性腹泻(PED)在全球的大流行给养猪业造成重大经济损失,为快速特异地检测猪流行性腹泻病毒(PEDV),本研究根据PEDV N基因保守序列设计合成引物,通过对RT-PCR反应体系和反应条件优化,建立了一步法RT-PCR检测PEDV的方法。结果显示,该方法检测敏感性达2 016拷贝/μl;对猪传染性胃肠炎病毒、猪A群轮状病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪瘟病毒等检测结果均为阴性,具有良好的特异性;批内变异系数为1.14%~2.15%,批间变异系数为2.46%,具有良好的重复性。应用该方法对辽宁省93份临诊病料进行了检测,样品阳性率为69.89%(65/93),为PED的快速诊断和流行病学调查提供了有效的技术手段。     

猪流行性腹泻病毒变异毒株一步法SYBR Green I荧光RT-PCR检测方法的建立及应用

为了建立猪流行性腹泻病毒变异毒株快速、敏感的检测方法。本研究利用RT-PCR技术扩增出猪流行性腹泻病毒变异毒株S基因中298bp的保守序列,并克隆到pM D18-T载体中作为标准品制作标准曲线,建立了PEDV的SYBR Green I荧光定量RT-PCR检测方法。该方法检测灵敏度可达5.2×10~1拷贝,与猪流行性腹泻病毒经典毒株、猪瘟病毒、猪伪狂犬病毒、猪圆环病毒2型、猪蓝耳病毒、猪传染性胃肠炎病毒、轮状病毒均不发生交叉反应,具有良好的特异性和重复性。结果表明,建立的实时荧光定量RT-PCR具有特异、敏感、快速、定量、重复性好等优点,可用于临床PEDV变异毒株的检测。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法的建立

为建立猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法,采用RT-PCR扩增PRRSV N基因266bp片段,并克隆到pMD18-T载体中,以纯化的重组质粒为模板进行荧光定量PCR扩增,建立了PRRSV荧光定量PCR检测方法,该方法检测灵敏度可达1.3×101拷贝/μL,与猪瘟病毒(CSFV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)、猪流行性腹泻病毒(PEDV)和猪日本脑炎病毒(JEV)均不发生交叉反应,具有很好的特异性和重复性。结果表明,建立的PRRSV实时荧光定量PCR具有特异、敏感、快速、定量、重复性好等优点,可用于临床猪繁殖与呼吸综合征病毒病(PRRS)的诊断。     

猪血凝性脑脊髓炎病毒实时荧光RT-PCR检测方法的建立与应用

为建立一种快速、准确、常规的猪血凝性脑脊髓炎病毒(porcine hemagglutinating encephalomyelitis virus,PHEV)检测方法,根据PHEV N蛋白基因序列,设计1对引物和1条探针,建立了PHEV实时荧光RT-PCR检测方法。该方法特异性好,与猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪伪狂犬病病毒(PRV)、猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)、猪瘟病毒(CSFV)和猪圆环病毒2型(PCV2)均无交叉反应;用阳性质粒Puc57-PHEVn评估其敏感性,发现检测下限达10~(-6) ng/μL(224拷贝/μL)。采集233份发病猪组织样品进行临床检测,发现该方法与巢式RT-PCR的符合率达98.3%,准确筛查出巢式RT-PCR并测序阳性的样品14份,且检出率高于巢式RT-PCR。结果表明,本方法敏感、特异,可用于PHEV临床样品的检测。     

PDCoV、PEAV、TGEV及PEDV“一步法”多重荧光RT-PCR的建立和应用

为快速鉴别检测猪冠状病毒,使用一步法试剂,对猪δ冠状病毒、猪肠道α冠状病毒、猪传染性胃肠炎病毒以及猪流行性腹泻病毒的检测方法进行优化,建立了同时检测上述4种病毒的“一步法”多重荧光RTPCR。随后对该方法的特异性、敏感性、重复性进行评估,并将其用于厦门市规模猪场上述4种腹泻病毒感染的流行病学调查。结果显示:该方法的敏感性高,对上述4种病毒阳性质粒的最低检出限均可达10¹ copies/μL;特异性好,对4种病毒的单一及混合模板进行检测时,均可在相应荧光通道中获得良好的扩增曲线,而对其他病毒和细菌无扩增信号;重复性好,批间试验变异系数小于1.1%。使用该方法对从厦门市53家猪场采集的265份腹泻样品进行检测,4 h即可完成全部检测,猪δ冠状病毒和猪流行性腹泻病毒的场阳性率分别为18.87%和5.66%,未检出猪肠道α冠状病毒和猪传染性胃肠炎病毒。结果表明,本研究建立的方法敏感性高,特异性及重复性好,操作简便、耗时短,适用于临床大批量样本的检测,可为防控猪腹泻疾病提供有力的技术支持。     

猪流行性腹泻病毒RT-PCR检测方法的建立及初步应用

为了建立检测猪流行性腹泻病毒(PEDV)的RT-PCR检测方法,根据GenBank中登录的PEDV M基因序列,设计并合成1对特异性检测引物,PCR产物为457 bp。结果显示:特异性试验,猪瘟病毒(CSFV)、大肠杆菌、伪狂犬病毒(PRV)、猪圆环病毒2型(PCV-2)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)均为阴性,具有好特异性;敏感性试验,最低可检测到2.3×10-3μg/μL的PEDV DNA;126份临床上疑似为PEDV感染的病料,RT-PCR检测结果与商品试剂盒符合率为100%。表明本试验建立的PEDV RT-PCR检测方法可用于临床上PEDV感染引起的传染病病原学检测。     

鸡传染性法氏囊病病毒实时荧光定量RT—PCR检测方法的建立

本试验根据GenBank中鸡传染性法氏囊病病毒(IBDV)基因组设计一对针对病毒vp5基因的引物和一条特异性Taq Man探针,建立了一种快速检测IBDV核酸载量的Taq Man荧光定量RT-PCR方法.通过对反应条件和反应体系的优化,使得该方法在108拷贝/μL～101拷贝/μL范围内具有良好的线性关系.能够灵敏地检测初始模板中30个拷贝的病毒核酸,其灵敏度是常规RT-PCR检测方法的100倍.该方法不与其它的禽源病毒发生非特异性反应,并且具有良好的重复性,为IBDV的定性定量检测提供了有效的工具.     

猪流行性腹泻病毒、传染性胃肠炎病毒和轮状病毒多重实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立

为了建立一种能够同时检测猪流行性腹泻病毒(PEDV)、传染性胃肠炎病毒(TGEV)和轮状病毒(RV)的多重实时荧光定量PCR方法,试验根据PEDV CV777株、TGEV Purdue P115株全基因序列和RV OSU毒株的VP6基因序列,设计出3对特异性引物及探针,优化反应条件,开展特异性、敏感性、重复性和验证试验。结果表明:该方法的检测最低限为1×10~2拷贝/μL的RNA标准品或1×10~(-2)TCID_(50)/mL的疫苗毒,具有较高的敏感性;变异系数均小于10%,符合统计学要求;利用本试验所建立的方法以及商品化试剂盒对20份临床样品进行检测,符合率为100%。说明本试验建立的方法特异性好,敏感性高,重复性稳定,可用于PEDV、TGEV和RV的鉴别诊断和防控。     

猪流行性腹泻病毒和猪传染性胃肠炎病毒一步法双重RT-PCR检测方法的建立与应用

本研究旨在建立一种用于临床腹泻病例中猪流行性腹泻病毒（PEDV）和猪传染性胃肠炎病毒（TGEV）快速检测的一步法双重RT-PCR方法。根据GenBank中收录的PEDV和TGEV的基因序列,分别设计两对特性引物,经最佳反应条件的优化和选择,结果显示,该一步法双重RT-PCR检测方法能同时特异性扩增PEDV和TGEV,该方法可检测到稀释度1×10^-5的疫苗毒。应用本方法检测2015年度实验室收集的疑似样品,PEDV阳性率为100%。本研究建立的方法快速、敏感性高、特异性强,可用于临床PEDV和TGEV的快速检测及流行病学调查。     

猪流行性腹泻病毒一步法RT-PCR检测方法的建立与初步应用

为建立一种快速检测猪流行性腹泻病毒(Porcine Epidemic Diarrhea Virus,PEDV)病原的方法,根据GenBenk上的猪流行性腹泻病毒N基因序列,设计合成一对引物,建立了检测PEDV的一步法RT-PCR方法,并对其特异性、灵敏性及重复性进行了研究。结果表明:建立的一步法RT-PCR方法具有较好的特异性、灵敏性及重复性,最低可检测出约1pg PEDV的RNA。该方法为PEDV的病原检测及其分子流行病学调查提供了有效的诊断方法,可用于猪流行性腹泻的早期确诊和病毒鉴定。