苏淮猪肉滴水损失相关候选基因突变位点的鉴别

[目的]本试验旨在鉴别影响苏淮猪肉滴水损失的关键基因及位点,为苏淮猪肉品质选育提供重要分子标记。[方法]屠宰301头苏淮猪(胴体重平均为58.67 kg),测定肌肉滴水损失,分析含有胁迫相关蛋白(SAP)结构域的肌肉增强因子2激活基因(MAMSTR)rs337473375(CT)位点、抵抗素基因(RETN)rs327132149(GA)位点、兰尼定受体基因(RYR1)g.1843CT位点、磷酸化酶激酶γ1基因(PHKG1)g.8283CA位点以及一磷酸腺苷激活蛋白激酶γ3亚基基因(PRKAG3)p.Arg200Gln位点和p.Ile199Val位点等6个已知影响滴水损失的候选基因功能位点在301头苏淮猪群体中的遗传多态性,使用SAS 9.2软件的混合线性模型分析上述基因多态性与苏淮猪肌肉滴水损失的关联性。[结果]苏淮猪群体肌肉滴水损失平均为1.83%,变异系数为67.88%。其中,母猪肌肉滴水损失极显著低于阉公猪。5个候选基因的6个功能位点在苏淮猪群体中均存在多态性。其中,MAMSTR基因rs337473375(CT)位点C、T等位基因的基因频率分别是0.661和0.339,该位点与猪肉滴水损失极显著关联;RETN基因rs327132149(GA)位点G、A等位基因频率分别为0.032和0.968,该位点与苏淮猪肉滴水损失无关联;RYR1基因g.1843CT位点C、T等位基因的基因频率分别是0.967和0.033,该位点与猪肉滴水损失显著关联,CC型为有利基因型;PHKG1基因g.8283CA位点在苏淮猪群体中未发现遗传多态性,但我们在该位点前一个碱基处发现新的突变rs697732005(AG)位点,其G、A等位基因频率分别为0.264和0.736,此位点与苏淮猪肉滴水损失显著关联,GG型为有利基因型;PRKAG3基因p.Arg200Gln位点在苏淮猪群体中未检测到多态性,但该基因p.Ile199Val位点有多态性,G、A等位基因频率分别为0.834和0.166,且此位点与滴水损失有关联的趋势。[结论]MAMSTR基因rs337473375位点、RYR1基因g.1843CT位点和PHKG1基因的rs697732005位点是影响苏淮猪肉滴水损失的候选基因位点,可作为降低苏淮猪肉滴水损失的潜在分子标记。     

抑制素α亚基基因5'UTR区在苏淮猪中的多态性分析

[目的]探究抑制素α亚基基因(INHA)5'UTR区多态性与苏淮猪产仔数相关性,为苏淮猪的分子选育工作提供理论依据。[方法]选取189头健康苏淮母猪,通过PCR扩增和测序对INHA基因5'UTR区基因多态性进行了检测,同时利用生物信息学方法分析该序列特征,最后通过群体遗传学和生物信息学分析了不同基因型对苏淮猪产仔数的影响。[结果]在苏淮猪INHA基因5'UTR调控区-42GA处发现一个SNP位点,对其进行多态性分析,存在3种基因型,分别为GG、GA、AA,且基因型分布不符合哈代温伯格定律(P0.01)。G等位基因为优势等位基因,GG型为优势基因型,GG型苏淮猪的平均总产仔数比AA型多0.63头(P0.05)。[结论]INHA基因5'UTR区多态性可用于苏淮猪繁殖性状的分子标记辅助选择,加速育种进程。     

苏淮猪BMP7基因3′-UTR多态性分析

[目的]本研究旨在了解苏淮猪骨形态发生蛋白7(BMP7)基因3′-UTR序列特征,以及突变位点多态性与繁殖性状、3′-UTR活性的关系,为解析猪BMP7基因3′-UTR的调控机制提供参考。[方法]采用PCR扩增和测序等技术获得苏淮猪BMP7基因3′-UTR序列,利用生物信息学方法分析其序列特征;池DNA测序筛选苏淮猪BMP7基因3′-UTR上的突变位点,直接测序法对突变位点进行基因分型,采用线性模型分析突变位点多态性与繁殖性状的关系;构建突变位点不同等位型BMP7基因3′-UTR报告载体,用双荧光素酶报告基因系统分析突变位点对BMP7基因3′-UTR活性的影响。[结果]获得639 bp的苏淮猪BMP7基因3′-UTR序列,与其他猪种序列的同源性较高;序列中含有AU-富集元件(ARE)和miRNA应答元件(MRE)等经典的顺式作用元件。在苏淮猪BMP7基因3′-UTR序列的273 nt处发现1个AG突变,命名为c.*273AG突变。在苏淮猪群体中BMP7基因c.*273AG位点有3种基因型,其中AA型为优势基因型,A为优势等位基因。关联分析发现该突变位点多态性与初产产仔数显著关联,其中AG型母猪比GG型每胎高0.83头。荧光素酶活性分析发现A等位型3′-UTR报告载体的荧光素酶活性高于G等位型,但差异不显著。[结论]BMP7是苏淮猪繁殖性状的候选基因。     

姜曲海猪和苏姜猪IGF2、MUC13、PHKG1、RYR1和VRTN基因主效位点的遗传变异分析

IGF2、MUC13、PHKG1、RYR1和VRTN基因是应用于实践生产的影响猪抗病、肉质及生长性能的基因。利用PCR扩增、Sanger测序和RFLP技术在姜曲海猪和苏姜猪核心群中检测了这5个基因的基因型。结果表明:姜曲海猪中的IGF2、VRTN基因和苏姜猪中的VRTN基因的有利等位基因频率相对较低。RYR1基因的检测结果显示姜曲海猪混有外来血缘,需要进行提纯复壮。通过分子标记辅助选择和常规育种技术,苏姜猪需要经过多世代选育才能将这5个基因的有利等位基因纯合。     

猪生长及胴体性状3个相关基因座遗传效应

 【目的】研究猪生长性状相关基因多态性,各多态位点对猪生长及胴体性状的影响,为分子标记辅助选择提供依据。【方法】采用PCR-RFLP方法分析PIT1、HDAC1、IGF2 基因在不同品种酶切位点多态性,分析不同基因型对生长与胴体性状的遗传效应。【结果】PIT1基因C等位基因、HDAC1基因G等位基因、IGF2基因A等位基因均有显著提高生长的效应,达100 kg活重所需时间一般可缩短6～9 d。PIT1基因C等位基因、HDAC1基因G等位基因、IGF2基因A等位基因提高瘦肉率3～5个百分点、背膘厚降低2～3 mm,生长性能指数得到相应提高。【结论】上述基因的有利等位基因有可能在选种中作为分子标记。     

猪IGF2、MC4R、JHDM1A及TEF-1多基因标记遗传效应研究

  【目的】在大白猪群体中检测和分析猪生长和背膘厚性状候选基因（IGF2、MC4R、JHDM1A和TEF-1）的多态性,并进行多基因标记效应分析,为分子标记辅助选择在育种中的应用提供理论基础。【方法】采用PCR-RFLP方法对候选基因多态性进行检测,并运用SPSS软件对单基因标记和多基因标记与生长和背膘厚性状之间的关联性进行分析。【结果】在试验群体中检测了IGF2、MC4R、TEF-1和JHDM1A 4个基因的单核苷酸多态位点。单基因标记分析结果显示,IGF2基因与100 kg腰荐结合处背膘厚显著关联（P＜0.05）,AA型为优势基因型,分别比AG和GG基因型薄0.541 cm和0.629 cm;MC4R基因与生长和背膘厚性状无显著关联;JHDM1A基因与100 kg腰荐结合处背膘厚呈显著关联（P＜0.05）,CC型为优势基因型,分别比GG和GC基因型背膘薄0.520 cm和0.489 cm;TEF-1基因与100 kg腰荐结合处背膘厚趋于显著关联（0.05＜P＜0.1）,GG基因型背膘厚分别比AA和AG基因型薄0.973 cm和0.379 cm;与达100 kg体重呈显著关联（P＜0.05）,AG为优势基因型,分别比AA和GG基因型缩短了0.445 d和2.258 d。【结论】对4个候选基因的多基因标记效应进行分析发现,多基因标记效应与单基因标记效应一致。IGF2、TEF-1和JHDM1A基因多态位点合并基因型AGCCGG和AACCGG对于100 kg腰荐结合处背膘厚性状为优势基因型组合,可以作为分子标记在育种中应用。     

苏姜猪ESR基因和FSHβ基因的多态性与繁殖性能的相关性研究

[目的]从DNA水平上为苏姜猪的选育提供技术支持。[方法]对293头苏姜猪的ESR基因和FSHβ基因的多态性进行检测,分析不同多态性间繁殖性能(总产仔数、产活仔数和初生重)的差异,探讨将ESR基因和FSHβ基因作为标记辅助选择用于苏姜猪核心群选育的可行性。[结果]苏姜猪ESR基因位点上的3个基因型AA型、AB型、BB型的频率分别为38.25%5、7.54%和4.21%,而FSHβ基因位点上AA型、AB型和BB型的频率分别为21.33%、37.2%和60.07%。在ESR基因位点上BB型和AB型苏姜猪的总产仔数显著高于AA型,而BB型苏姜猪的产活仔数显著高于AA型和AB型。FSHβ基因位点上3个基因型苏姜猪的总产仔数、产活仔数和初生重差异均不显著。[结论]ESR基因可作为辅助标记选择用于苏姜猪核心群的选育,以提高其繁殖性状。     

苏淮猪抗腹泻MUC13基因rs319699771位点多态性 及其与经济性状的关联

【背景】MUC13基因是调控致使仔猪断奶前腹泻的产肠毒素大肠杆菌F4ac感染的主效基因,该基因上rs319699771位点（G/A突变）能准确鉴别易感和抗性个体,其中GG型是抗腹泻基因型,苏淮猪抗腹泻性能分子选育是通过选留GG型个体来实现。但在选留抗腹泻GG型个体时是否会对苏淮猪其它重要经济性状如生长、胴体、肉质产生不利影响尚未明晰。【目的】旨在分析该位点是否与其它性状关联,以确定基于MUC13基因rs319699771位点抗腹泻性能的分子选育是否会对苏淮猪其它经济性状产生不利影响。【方法】以313头体重为87.61±0.54 kg的苏淮育肥猪为试验动物,屠宰测定其胴体和肉质性状,以261头日龄为161.1±0.5 d苏淮后备猪为试验动物,测定其生长、体尺性状,同时采集相应苏淮育肥猪和后备猪群耳组织样提取组织DNA,经过多重PCR反应进行MUC13基因rs319699771位点多态性检测,采用SAS软件中一般线性模型分析MUC13基因rs319699771位点多态性基因型和苏淮猪肉质、胴体和生长性状的关联性。【结果】MUC13基因rs319699771位点多态性检测结果显示,苏淮猪育肥群公、母猪群体MUC13基因rs319699771位点的抗腹泻G等位基因频率分别为0.695和0.634,抗腹泻优势GG型频率在苏淮猪育肥群公、母群体中分别为0.467和0.373;该位点抗腹泻G等位基因频率在苏淮后备群公、母猪群体分别为0.690和0.705,抗腹泻优势GG型频率在后备群公、母猪群体中分别为0.508和0.480,说明苏淮猪抗腹泻等位基因频率较高,通过分子选育提升苏淮猪抗腹泻GG型频率的可行性强。MUC13基因rs319699771位点多态性与苏淮猪经济性状关联分析结果显示：育肥猪群体该位点多态性与胴体、肉质性状均无显著关联（P>0.05）,可见在苏淮猪育肥猪群体内加大对抗腹泻MUC13基因rs319699771位点的选育不会影响到苏淮育肥猪的胴体和肉质性状;苏淮后备猪群体该位点多态性与腿臀围指标存在极显著关联（P<0.01）,该位点GG型个体腿臀围平均比比AG型个体腿臀围长1.46 cm,比AA型个体腿臀围长3 cm;与日增重和结测体重的关联性分析有关联趋势（P<0.10）,GG型个体相较于AA、AG型个体有提升趋势,对于这三个性状来说,有利基因型都是GG型,说明选留该位点GG型进行苏淮后备猪抗腹泻选育的同时还可以提升苏淮后备猪生长相关性状。【结论】据此,苏淮猪群体MUC13基因rs319699771位点抗腹泻等位基因频率较高,进行抗腹泻选育的可行性强,同时对于苏淮猪群体,不仅可通过选留提升MUC13基因rs319699771位点GG型频率来提高抗腹泻能力,还能同时实现对苏淮猪群腿臀围、日增重的选育提升。     

我国部分引进猪种IGF2和RYR1基因主效位点的遗传变异分析

胰岛素样生长因子2(Insulin-like growth factor2,IGF2)是一类多功能细胞增殖调控因子。它在胎儿生长发育、肿瘤细胞增殖、肌肉生长等方面具有重要的调控作用。猪IGF2基因第3内含子3072G>A突变是迄今少数几个被确证的影响农业动物数量性状的主效突变位点(Quantitative Traits Nucleotide,QTN)。兰定尼受体基因(RYR1)c.1843C>T突变位点是造成猪应激综合症的主效基因位点。本研究采用PCR-RFLP及PCR-SSCP的方法,检测了深圳、江苏、江西等4个猪场5个引进猪种(品系)的323头种猪个体在IGF2的第3内含子3072G>A位点突变和RYR1基因的c.1843C>T突变位点的基因型,以此指导猪的育种实践,提高猪产肉量和经济效益,剔除氟烷应激敏感基因,选育抗应激种群。     

小梅山猪IGF2基因连锁的微卫星DNA标记与生长性状的关联分析

以IGF2基因作为控制猪生长性状主基因的候选基因,选用小梅山猪及其杂种作为试验猪群体,采用微卫星DNA标记技术,检测猪IGF2基因紧密连锁的3个微卫星DNA标记的多态性,同时对这3个微卫星DNA标记与生长性状进行关联分析。结果表明:SW 256等位基因D对180日龄体重性状有正效应,等位基因B有负效应;SWC9等位基因E对30日龄体重性状有正效应,等位基因F对180日龄体重性状有正效应。