1株分离自云南省师宗县库蠓的新型西藏环状病毒

西藏环状病毒(Tibet orbivirus, TIBOV)为环状病毒属的新成员,病毒于2009年首次从我国西藏墨脱县采集的圆斑按蚊中分离,目前,对该病毒的认识仍十分有限。本研究对1株分离自我国云南省师宗县库蠓的新型TIBOV毒株YNSZ/V290/2019进行了鉴定,结果表明,病毒可在C6/36与BHK-21细胞上引起明显的细胞病变,电镜下观察,病毒粒子呈球形,直径55～75 nm,具有环状病毒属病毒典型形态特征。电泳结果显示,病毒基因组为十节段双链RNA,呈现"3-3-3-1"的电泳带型特征。对环状病毒属病毒高度保守的基因节段及其编码蛋白(Seg-3/T2)的序列分析显示,YNSZ/V290/2019为TIBOV的成员,与其他TIBOV毒株的核酸与氨基酸序列相似度分别为80.90%～81.70%与97.20%～97.30%。对决定环状病毒属病毒血清型的基因节段及其编码蛋白(Seg-2/OC1)的序列分析显示,YNSZ/V290/2019与已知TIBOV毒株的核酸与氨基酸序列相似度分别为26.90%～30.60%与28.50%～33.20%,表明该毒株可能是一种新血清型的TIBOV。对采集于师宗县牧场的40份黄牛与68份山羊血清进行血清中和试验,结果显示,新型TIBOV在牛、羊的阳性率分别为22.50%与4.41%。新型TIOBV在我国的发现,丰富了我国虫媒病毒的研究,为深入研究我国TIBOV的分布、致病性、感染宿主范围与诊断试剂的开发提供了基础。     

1株分离自云南省师宗县库蠓的新型西藏环状病毒

西藏环状病毒（Tibet orbivirus,TIBOV）为环状病毒属的新成员,病毒于2009年首次从我国西藏墨脱县采集的圆斑按蚊中分离,目前,对该病毒的认识仍十分有限。本研究对1株分离自我国云南省师宗县库蠓的新型TIBOV毒株YNSZ/V290/2019进行了鉴定,结果表明,病毒可在C6/36与BHK-21细胞上引起明显的细胞病变,电镜下观察,病毒粒子呈球形,直径55~75 nm,具有环状病毒属病毒典型形态特征。电泳结果显示,病毒基因组为十节段双链RNA,呈现"3-3-3-1"的电泳带型特征。对环状病毒属病毒高度保守的基因节段及其编码蛋白（Seg-3/T2）的序列分析显示,YNSZ/V290/2019为TIBOV的成员,与其他TIBOV毒株的核酸与氨基酸序列相似度分别为80.90%~81.70%与97.20%~97.30%。对决定环状病毒属病毒血清型的基因节段及其编码蛋白（Seg-2/OC1）的序列分析显示,YNSZ/V290/2019与已知TIBOV毒株的核酸与氨基酸序列相似度分别为26.90%~30.60%与28.50%~33.20%,表明该毒株可能是一种新血清型的TIBOV。对采集于师宗县牧场的40份黄牛与68份山羊血清进行血清中和试验,结果显示,新型TIBOV在牛、羊的阳性率分别为22.50%与4.41%。新型TIOBV在我国的发现,丰富了我国虫媒病毒的研究,为深入研究我国TIBOV的分布、致病性、感染宿主范围与诊断试剂的开发提供了基础。     

我国蓝舌病病毒血清24型毒株的分离与遗传特征分析

掌握云南省蓝舌病病毒(BTV)的活动情况与流行毒株的遗传特征。2012—2015年,在云南省的师宗县、江城县与芒市分别设立3个监控点,进行BTV的分离。自监控动物采集的BTV核酸阳性血液通过"鸡胚-C6/36细胞-BHK细胞"接种的方式进行病毒分离;采用RT-PCR与中和试验进行分离病毒的血清型鉴定;设计特异性引物对分离病毒的Seg-2、Seg-3、Seg-7与Seg-6基因节段进行RT-PCR扩增与克隆测序。2012—2015年,从云南省的师宗县、江城县与芒市分别分离获得3株BTV-24型毒株。分离病毒的Seg-2、Seg-3、Seg-7与Seg-6序列系统发育分析显示:我国毒株的Seg-2与BTV-24型参考毒株聚为一簇,而Seg-6与BTV-10型毒株聚为一簇;我国毒株的Seg-3在系统发生树上划分为"东方型"地域型,Seg-7在系统发生树上形成一个独立于其他地域型的分支。本试验报道了我国BTV-24型毒株的分离与Seg-2、Seg-3、Seg-6与Seg-7序列特征,结果表明,我国BTV-24型毒株的Seg-6基因节段与BTV-10型毒株发生了基因重配;Seg-7具有独特的遗传特征,形成了一个新的Seg-7地域型,暂定为"Chinese topotype"。本试验为进一步开展BTV-24型的流行病学、感染特性与疫苗的研究奠定基础。     

云南景洪帕利亚姆亚群达圭勒病毒的分离与鉴定

为了解牛感染帕利亚姆亚群达圭勒病毒（D’Aguilar virus,DAGV）情况,本研究应用BHK21细胞对2019年云南省景洪市采集的健康黄牛血液样品进行盲传病毒分离,对出现细胞病变的样品进行形态学、基因组带型和分子生物学鉴定,对分离到的病毒进行S2、S3、S7基因序列测定和比对分析。结果显示,有5个血液样品可致BHK21细胞病变,电镜观察到完整病毒颗粒呈球形,直径约50 nm;琼脂糖凝胶电泳结果发现5株新分离病毒基因组为10节段,呈现3-3-4的电泳带型特征,其带型特征与2014年在云南分离到的DAGV V106/YN/2014毒株相似;5株病毒S2、S3、S7基因核苷酸、氨基酸序列相似性均为100%,S3、S7片段核苷酸和氨基酸序列与中国本土分离的帕利亚姆亚群病毒（Palyamserogroup virus,PALV）毒株相似性最高;S2片段氨基酸与核苷酸序列与日本分离的DAGV相似性最高。S2、S3、S7基因遗传进化分析结果显示,5株新分离毒株间基因相似度为100%;5个毒株的S7与S3基因序列均与中国本土分离的已知部分PALV毒株在同一分支,亲缘关系较近,提示这5株毒株为PALV;5株毒株S2片段核苷酸序列与日本分离的部分DAGV毒株位于同一分支上,亲缘关系较近,进一步证实这5株毒株为PALV DAGV。本研究成功分离到5株DAGV毒株,并进行了基因片段遗传进化分析,为进一步开展DAGV流行病学研究提供基础。     

两株死胎源猪圆环病毒Ⅱ型的分离与序列分析

将两猪场Ⅱ型猪圆环病毒(PCV2)核酸阳性的流产死胎病料,接种猪肾传代细胞PK15,成功分离到2株PCV2。利用1对PCV2特异性引物,成功扩增出这2株PCV2长约1700bp的全基因组序列,并与其他PCV2毒株序列进行相似性比较。结果表明:2个分离株全基因组长度均为1767bp,核苷酸序列相似性为99.9%;ORF2基因核苷酸相似性为99.85%,所编码的衣壳蛋白氨基酸序列相似性为100%;2个分离株与SD-3等国内分离株核苷酸序列的相似性较高,最高可达99.9%。     

云南省蓝舌病病毒“历史毒株”的遗传特征

20世纪90年代,本实验室从云南省哨兵动物采集的血液中分离到7种血清型蓝舌病病毒(bluetongue virus,BTV)。但这些毒株的遗传特征至今仍不清楚,因而阻碍了我国的BTV演化历史分析。为掌握云南省早期流行BTV毒株的遗传特征,对1995—1997年云南省分离的25株BTV毒株的基因组节段2、3、7和10(Seg-2、-3、-7、-10)进行一步法RT-PCR扩增、测序以及序列分析。Seg-2序列分析显示,1995—1997年云南省分离到的7种不同血清型(BTV-1、-2、-3、-4、-12、-15、-16)BTV毒株,分属A、B、G、H、I和J等6种基因型;BTV-12型毒株的Seg-2为西方地域型,其余毒株的Seg-2则属于东方地域型;Seg-3和Seg-10序列分析显示,25株BTV毒株均为东方地域型;Seg-7序列分析显示,1株BTV-2型、2株BTV-12型和1株BTV-16型毒株属于西方地域亚型,并与南非和荷兰BTV毒株的Seg-7具有最近的亲缘关系,其余毒株则均为东方地域型。上述结果表明,云南省存在多种血清型BTV的流行,而Seg-2和Seg-7基因重配毒株的发现,提示国外的西方地域型毒株已侵入云南省,并在传播过程中与我国毒株发生了基因重配。本研究为我国BTV的演化分析与溯源研究提供了数据参考。     

传染性法氏囊病病毒自然重配株全基因组序列分析

从具有新的流行病学特征的传染性法氏囊病（IBD）发病鸡群中分离到2株传染性法氏囊病病毒（IBDV）,分别命名为QL和ZZ—ll,对4周龄SPF鸡的致死率分别为94％和86％。为分析该毒株的分子生物学特征,对其全基因组序列进行了测定,2个病毒株基因组A节段长度为3260bp、B节段长度2827bp。病毒演化分析结果显示2个病毒基因组A节段的核苷酸序列与已发表的强毒株序列的同源性分别为96．8％～98．1％和96．9％～98．4％,处在IB—DV超强毒株分支上;而B节段与已发表的弱毒株序列的同源性分别为89．7％～90．4％和90．0％～90．7％,位于弱毒株分支上。IBDV超强毒株和弱毒株序列特征氨基酸残基与基序分析表明,QL和ZZ—11两个病毒株的A节段VP2基因的氨基酸残基为222A、249Q、253Q、254G、256I、294I和299S,七肽基序为SWSASGS,均符合超强毒株的分子特征;而B节段777～782位核苷酸序列为GGTGCC,没有KpnI酶切位点,具有弱毒株的序列特点。以上分析结果表明,QL和ZZ—11为IBDV自然重配株,A节段源于超强毒株,而B节段源于弱毒株。     

传染性法氏囊病病毒自然重配株全基因组序列分析

从具有新的流行病学特征的传染性法氏囊病(IBD)发病鸡群中分离到2株传染性法氏囊病病毒(IBDV),分别命名为QL和ZZ-11,对4周龄SPF鸡的致死率分别为94%和86%。为分析该毒株的分子生物学特征,对其全基因组序列进行了测定,2个病毒株基因组A节段长度为3 260bp、B节段长度2 827bp。病毒演化分析结果显示2个病毒基因组A节段的核苷酸序列与已发表的强毒株序列的同源性分别为96.8%⁹8.1%和96.9%98.1%和96.9%⁹8.4%,处在IBDV超强毒株分支上;而B节段与已发表的弱毒株序列的同源性分别为89.7%98.4%,处在IBDV超强毒株分支上;而B节段与已发表的弱毒株序列的同源性分别为89.7%⁹0.4%和90.0%90.4%和90.0%⁹0.7%,位于弱毒株分支上。IBDV超强毒株和弱毒株序列特征氨基酸残基与基序分析表明,QL和ZZ-11两个病毒株的A节段VP2基因的氨基酸残基为222A、249Q、253Q、254G、256I、294I和299S,七肽基序为SWSASGS,均符合超强毒株的分子特征;而B节段77790.7%,位于弱毒株分支上。IBDV超强毒株和弱毒株序列特征氨基酸残基与基序分析表明,QL和ZZ-11两个病毒株的A节段VP2基因的氨基酸残基为222A、249Q、253Q、254G、256I、294I和299S,七肽基序为SWSASGS,均符合超强毒株的分子特征;而B节段777⁷82位核苷酸序列为GGTGCC,没有KpnⅠ酶切位点,具有弱毒株的序列特点。以上分析结果表明,QL和ZZ-11为IBDV自然重配株,A节段源于超强毒株,而B节段源于弱毒株。     

流行性出血病病毒(EHDV)血清7型毒株在中国的首次分离与鉴定

流行性出血病(EHD)是由流行性出血病病毒(EHDV)感染反刍动物引起的一种虫媒病毒病,为了解中国云南EHDV的感染情况和病毒遗传特征,笔者课题组在云南省师宗县以EHDV血清学和核酸阴性的牛、羊为哨兵动物,拟对流行于云南省的EHDV进行分离与鉴定。将采集于哨兵动物的EHDV核酸阳性血液接种BHK-21细胞进行病毒分离;通过血清中和试验与病毒Seg-2、Seg-3 ORF区的序列分析,确定病毒的血清型与遗传特征;采用C-ELISA和qRT-PCR方法对EHDV感染动物血液中的抗体水平与病毒核酸进行监测。结果如下:从2013年8月采集自云南师宗县哨兵牛的血样中分离出一株EHDV(毒株号YNSZ/V269/2013),血清中和试验结果表明分离的病毒为血清型7型(EHDV-7);Seg-2、Seg-3序列分析表明分离的病毒属EHDV-7 Eastern型,与日本毒株和澳大利亚EHDV-7型毒株具有最近的亲缘关系。哨兵动物病毒核酸转阳后,血清抗体迅速上升,3周后达最高点并能在该水平持续较长时间,而病毒核酸含量却迅速下降,7周后已经检测不到。本研究首次报道了EHDV-7型毒株在中国的分离、毒株序列特征以及在动物上的感染特性。研究结果可为进一步开展中国EHDV-7型病毒的全基因组测序、流行病学调查、诊断方法的建立和致病性等相关研究提供基础。     

云南边境地区帕利亚姆血清群中山病病毒的分离与鉴定

【目的】 了解西南边境地区牛感染中山病病毒（Chuzan virus,CHUV）的情况。【方法】 应用BHK21细胞对云南景洪、江城采集的312份健康黄牛血液样品盲传分离病毒,对出现细胞病变的毒株进行形态学、基因组带型和分子生物学鉴定,对分离到的病毒进行S7、S2基因序列测定和比对分析。【结果】 4份血液样品可致BHK21细胞病变,电镜观察病毒颗粒呈球形,直径约50 nm;琼脂糖凝胶电泳发现,4株分离毒株基因组为10节段,带型为"3-3-4",与2012年云南师宗分离的CHUV SZ187毒株相似;4株病毒S7、S2基因核苷酸序列相似性分别为98.7%~99.7%和97.9%~99.1%;S2基因片段核苷酸和氨基酸序列与中国本土分离的SZ187、GHN-GS-16等毒株相似性最高;S7基因片段核苷酸和氨基酸序列与日本分离的ON-1/E/18、ON-3/E/17及中国本土的SZ187、GHN-GS-16等毒株的相似性最高。S7、S2基因遗传进化分析结果显示,4株新分离毒株亲缘关系最近;4株毒株的S7基因序列与中国本土和日本分离的已知帕利亚姆血清群病毒（Palyam serogroup virus,PALV）毒株位于同一分支,提示4株毒株为PALV,且形成一簇,有一定的地域性;4株毒株S2基因片段核苷酸序列与中国本土分离的CHUV位于同一分支,亲缘关系较近,进一步证实这4株毒株为CHUV。【结论】 本研究首次报告了从云南边境地区牛群中分离到CHUV毒株,为CHUV在中国的流行病学和边境地区疫病风险防控提供了重要参考及有力依据。     

Isolation and Identification of Arbovirus from the Sentinel Herds in Jinghong City,Yunnan Province,China in 2019

The purpose of this study was to understand the prevalence of arboviruses in Jinghong city,Yunnan province.Three sentinel cattle were set up in Menghan township of Jinghong city in 2019,blood samples were collected regularly for isolation and identification of arboviruses,a total of 7 virus isolates were obtained.Viral nucleic acid were identification by RT-PCR,and the results showed that two strains of epidemic hemorrhagic fever virus (EHDV) with serotypes of 6 and 7,two strains of bluetongue virus (BTV) with serotypes 4 and 5,D’Aguilar virus (DAV) serotype in one strain of PALV and two unidentified circoviruses were isolated,respectively.The ORF region of virus Seg-2 and Seg-3 sequences was compared and analyzed,all the 7 regional strains of the virus were Eastern,which was most closely related to strains in Japan,Australia and India.The blood and serum of three sentinel animals were tested by viral nucleic acid and serum neutralization test,which proved that all three animals were infected with the corresponding virus.When animals were infected with the virus,specific antibodies in the serum rise rapidly,it reached peaks 3 to 4 weeks later and could remain at this level for a long time.However,the content of viral nucleic acid in the blood decreased rapidly after reaching the peak from 2 to 4 weeks.The isolation,sequence characteristics and infection characteristics of Jinghong arboviruses in animals were reported in this study,the results provided data support for further understanding of local bovine arboviruses.At the same time,7 strains of virus were isolated from 3 cattle,suggesting that there might be more arboviruses in the area.     

2019年云南省景洪市哨兵动物多种虫媒病毒的分离鉴定

本研究旨在了解云南省景洪市虫媒病毒的流行情况。2019年在景洪市勐罕镇设立了3头哨兵动物牛,定期采血进行虫媒病毒的分离与鉴定,共获得7株病毒分离物。经病毒核酸的RT-PCR鉴定,分离到2株血清型分别为6型和7型流行性出血热病毒（epizootic haemorrhagic disease virus,EHDV）,2株血清型分别为4型和5型的蓝舌病病毒（bluetongue virus,BTV）,1株帕利亚血清群病毒（palyam serogroup virus,PALV）中的D’Aguilar virus（DAV）血清型病毒和2株未鉴定出的环状病毒。经病毒Seg-2、Seg-3序列ORF区的比对和进化分析显示,7株病毒的地域型均为Eastern型,与日本、澳大利亚和印度毒株具有最近的亲缘关系。3头哨兵动物的血液和血清,经病毒核酸及血清中和试验检测,证明3头动物均被相应的病毒感染。动物感染病毒后,血清中的特异性抗体迅速上升,3~4周后达最高点并能够在该水平维持较长时间,而血液中病毒核酸含量2~4周到达最高点后则呈迅速下降趋势。本研究报道了景洪虫媒病毒的分离、毒株序列特征以及在动物上的感染特性,研究结果为进一步了解当地的牛虫媒病毒提供数据支撑,同时3头牛分离获得7株病毒,提示当地可能还存在更多种类的虫媒病毒。     

几株鸡新城疫病毒的分离鉴定及其基因型分析

从几个发生禽病的地区分离到6株病毒,经过血凝试验、血凝抑制试验、中和试验、分子生物学试验等确定为鸡新城疫病毒;根据GenBank公布的新城疫F基因强弱毒株相关基因序列设计合成1对特异性引物,扩增出的F基因片段长度约为610 bp,测序后进行序列比对,并分析其核苷酸序列和氨基酸序列,结果显示,有3株具有新城疫强毒株特性,同时还具备新城疫Ⅶ基因型特征,另外根据平均死亡时间(MDT)、脑内致病指数(ICPI)和静脉致病指数(IVPI)指标测定结果,最终判定这3株是新城疫强毒株且属于基因Ⅶ型,其余3株病毒分离株与La Sota的核酸序列同源性与氨基酸序列同源性均为99%。     

Molecular characterization of Japanese encephalitis virus strains prevalent in Chinese swine herds

Japanese encephalitis virus (JEV) is the leading cause of viral encephalitis in Asia and domestic pigs serve as the amplifying hosts. In the present study, the full genomic sequences of two JEV strains (HEN0701 and SH0601) isolated from pigs in China were determined and compared with other 12 JEV strains deposited in GenBank. These two strains had an 88.8% nucleotide sequence similarity and 97.9% deduced amino acid sequence homology. HEN0701 had high nucleotide sequence and high amino acid sequence identity with genotype I (GI) strains, while SH0601 had high nucleotide sequence and high amino acid sequence identity with GIII strains at both the gene and full genome levels. Further phylogenetic analysis showed that HEN0701 belonged to the JEV GI group and SH0601 was classified as a GIII strain. Analysis of codon usage showed there were a few differences between the GI and GIII strains in nucleotide composition and codon usage for the open reading frames.     

云南省蓝舌病病毒血清7型毒株的分离与基因组序列分析

2014年,我国广东省的哨兵牛上分离出蓝舌病病毒血清7型（BTV-7）毒株,但该血清型病毒在我国的流行情况尚不清楚,本研究旨在分离我国流行的BTV-7型毒株并掌握其遗传特征。作者在云南省景洪市勐罕镇设立哨兵牛,每周定时采血,并接种C6/36、BHK-21细胞分离虫媒病毒,通过病毒蚀斑试验与增殖曲线分析病毒在细胞上的感染特性,采用高通量测序获取分离毒株的全基因组序列,通过qRT-PCR与血清中和试验对哨兵牛血液中的病毒核酸与中和抗体变化进行回溯分析。结果表明：2020年5月,分离到1株能引起BHK-21细胞发生细胞病变的病毒（毒株号V303/YNJH/2020）,经鉴定为BTV-7型。分离毒株的基因组全长19 154 bp （GenBank收录号MW046280至MW046289）,与广东省2014年分离的BTV-7型GDST008毒株具有最近的亲缘关系,基因节段1至6,基因节段9与10的核酸与编码蛋白氨基酸序列（nt/aa）相似度分别大于98%、99%;V303/YNJH/2020毒株的基因的节段7和基因节段8属Western地域型,与广东GDST008毒株对应基因节段的nt/aa序列相似度仅为71.5%/81.6%、79.6/%84.4%。病毒蚀斑与增殖曲线比较显示,V303/YNJH/2020在BHK-21细胞的增殖能力明显强于GDST008。回溯分析显示,感染V303/YNJH/2020的哨兵牛未出现临床症状,血液中的病毒核酸持续存在长达12周;在病毒感染后第4~9周,血液中的中和抗体滴度水平维持在1∶256。云南省2020年分离的BTV-7型V303/YNJH/2020毒株与广东省分离的BTV-7型GDST008毒株具有最近的亲缘关系,在BHK-21细胞上的增殖能力强于GDST008毒株;V303/YNJH/2020虽未引起感染动物的临床症状,但病毒核酸与中和抗体在感染动物血液中长时间存在。研究结果为开展BTV-7型在我国的演化规律、病毒变异以及致病性等方面的研究奠定了基础。     

禽腺病毒4型云南株分离鉴定及Hexon基因序列分析

【目的】分析云南省家禽及野鸟禽腺病毒4型(Fowl adenovirus-4,FAdV-4)流行情况、Hexon基因差异性及致病性,为研究FAdV-4流行及Hexon基因对病毒毒力的影响提供参考。【方法】2020年1月―2021年6月在云南省昆明市、曲靖市、楚雄州、大理州、红河州、玉溪市等家禽养殖密集区采集疑似感染FAdV-4家禽肝脏组织样品158份,候鸟迁徙地采集野鸟新鲜粪便310份,采用PCR技术检测FAdV-4核酸,对获得的代表性阳性样品进行病原分离鉴定,并对分离毒株进行致病性及Hexon基因序列分析。【结果】家禽肝脏组织样品中检出FAdV-4核酸阳性样品19份,阳性率为12.03%(19/158);黑颈鹤粪便样品中检出核酸阳性样品1份,阳性率为0.3%(1/310)。从FAdV-4核酸阳性样品中分离到7株FAdV-4,致病性研究结果显示,FAdV-4云南分离株均能致鸡胚发育不良,引起4周龄肉鸡发生心包积液-肝炎综合征,鸡胚半数致死量(ELD₅₀)为10^―6.17~10^―4.32/mL。7株分离株均聚类于FAdV-C亚群,Hexon蛋白与国内FAdV-4高致病性毒株具有相同的¹⁸⁸R、¹⁹³R、¹⁹⁵Q特征。分离株感染SPF鸡后,临床症状明显,具有高致病性且高致死率,肝细胞病变明显。【结论】研究初步掌握了云南FAdV-4的流行情况,首次在黑颈鹤粪便中检测到FAdV-4病原核酸,分离获得7株FAdV-4,部分毒株Hexon蛋白存在氨基酸突变。     

猪伪狂犬病病毒GZYY2015变异株的分离鉴定

本试验旨在从贵州省贵阳市云岩区某养猪场送检的经检测为猪伪狂犬病（PR）的样品中分离猪伪狂犬病病毒（PRV）。用细胞接毒试验、理化试验和透射电镜观察等方法分离、鉴定病原,测定病原的毒价后进行动物试验和gD、gE基因序列比对分析。结果显示,细胞接毒试验成功分离能致Vero细胞产生典型病变的PRV。理化试验表明,该分离毒株对5-碘脱氧尿核苷（idoxuridine,IUDR）和有机溶剂氯仿敏感,不耐酸和热。在透射电镜下可见近圆形、有囊膜、150~160 nm大小的成熟病毒粒子,在胞核中可见衣壳呈晶格状排列的病毒包涵体,有实心和空心2种形态;动物试验表明,该毒株对兔具有较强的致病性,可导致接种部位奇痒;核酸鉴定结果表明,扩增获得的PRV gD基因开放阅读框（ORF）为1 209 bp,gE基因ORF为1 740 bp。GenBank比对结果显示,gD基因与PRV JS 2012株（登录号：KP257591）、PRV HNB株（登录号：KM189914.3）核苷酸序列相似性均为99.8%,与疫苗株Bartha-K61（登录号：JF797217.1）相似性为98.7%;gE基因与PRV JS2012株（登录号：KP257591）、PRV HNB株（登录号：KM189914.3）和PRV Qihe547（登录号：KU056477）核苷酸序列相似性均为99.9%。基于gD、gE基因推导的氨基酸序列的遗传进化分析发现,gD、gE基因与国内变异株均位于同一进化分支,对gE基因的遗传变异性分析结果表明,该分离毒株符合PRV变异株的变异模式。本试验结果表明,成功分离PRV变异株,可为贵州省PRV的流行病学遗传进化分析及免疫防控等提供参考。     

北京地区1株鸽圆环病毒全基因组测定及遗传进化分析

[目的] 了解北京地区流行的鸽圆环病毒（Pigeon circovirus,PiCV）的基因组特征及变异规律。[方法] 以3只发病鸽的肝脏和脾脏组织为模板,采用PCR技术检测病原。以检测阳性的肝脏组织DNA为模板,应用PCR技术分段扩增PiCV的全基因序列。应用DNAStar和Mega 7.0软件对扩增得到的全序列进行拼接和核苷酸序列比对,并构建系统进化树,对病毒基因组的2个开放阅读框分别进行核苷酸和氨基酸序列比对,并构建系统进化树。[结果] 经PCR检测,3只病鸽中有1只病鸽的组织中检测到PiCV阳性,并未检出其他病毒。采用PCR分段扩增成功获得了1株PiCV的全基因组序列,命名为PiCV BJ,该病毒基因组大小为2 034 bp,包含有2个主要的开放阅读框（ORFs）,ORF-V1编码Rep蛋白,ORF-C1编码Cap蛋白。相似性比对结果显示,PiCV BJ株基因组序列与GenBank上登录的其他参考序列的核苷酸相似性在86.0%~97.0%之间,与2011年分离自波兰的PL53相似性为97.0%。遗传进化结果显示,PiCV BJ株与2014年分离自波兰的PL124在同一分支,亲缘关系较近;与其他禽源圆环病毒不在同一分支,亲缘关系较远。PiCV BJ株Cap基因的起始密码子为ATG,与2011年分离自比利时的11-08304株核苷酸、氨基酸序列相似性高达95.8%和85.2%;Rep基因与2011年分离自波兰的PL53相似性最高,核苷酸和氨基酸相似性分别高达94.6%和96.2%;Cap和Rep基因的进化树分析结果也显示,PiCV BJ株均与PL53和11-08304株在同一分支,亲缘关系较近,这与相似性分析的结果一致。[结论] PiCV BJ株来自国外,可能由赛鸽引种传入中国,提示在外部引种时要做好病毒监测。本研究丰富了PiCV的遗传学研究资料,为进一步探究PiCV的遗传变异及传播机制提供了参考依据,也为PiCV的防控提供了重要的理论基础。     

一株蛋鸡新城疫病毒的分离鉴定及全基因组序列分析

为研究云南新城疫病毒（NDV）分子流行特性和致病性,对云南省1个蛋鸡场的组织样品进行病原分离,通过血凝、血凝抑制试验和RT-PCR检测分离毒株,证明为NDV。通过病毒最小致死量（MLD）、鸡胚半数感染量（EID₅₀）、鸡胚平均死亡时间（MDT）、脑内接种致病指数（ICPI）和静脉接种致病指数（IVPI）测定病毒毒力,结果EID₅₀为10^-4.4,MLD为10^-4,MDT为97.5 h,ICPI为0,IVPI为0,显示分离株为弱毒株。高通量测序及遗传进化分析发现,分离毒株基因组全长为15 198 bp,从3'端到5'端有6个结构基因依次为NP-P-M-F-HN-L,各基因之间有1~48个核苷酸间隔。全基因组、F和HN基因遗传进化分析证明分离毒株属于Class Ⅰ分支,F基因ORF全长为1 662 bp,编码553个氨基酸,F蛋白裂解位点氨基酸序列为112-ERQERL-117,符合NDV弱毒裂解位点特征,HN基因ORF全长为1 851 bp,编码616个氨基酸,在HN基因保守区域234-NRKSCS-239位氨基酸序列没有发生变异。F蛋白有6个糖基化位点比较保守,HN蛋白有6个潜在的糖基化位点,但与LaSota相比存在缺失的和多出的糖基化位点。F蛋白半胱氨酸残基分布在76、199、338、347、362、370、394、399、401、424、514、523位氨基酸,F蛋白中性抗原位点在72、75、79和170位氨基酸发生了变异,HN蛋白受体结合部位和NA活性位点氨基酸为174R、401E、416R、526Y,未发生变异。本研究首次报道了云南省蛋鸡新城疫ClassⅠ毒株的全基因序列特征,为新城疫病毒ClassⅠ毒株研究奠定了基础。