基于Cytb基因序列研究6种裸胸鳝属鱼类的进化关系

为探讨中国南海裸胸鳝属(Gymnothorax)鱼类系统发育关系,采用PCR扩增产物克隆到T载体后进行序列测定,获得黄边裸胸鳝(Gymnothorax flavimarginatus)、斑点裸胸鳝(G.meleagris)、波纹裸胸鳝(G.undulatus)、云纹裸胸鳝(G.chilospilus)、匀斑裸胸鳝(G reevesi)5种裸胸鳝的线粒体细胞色素b(cytochrome b,Cyt 6)基因全序列1140 bp.结合GenBank中的蠕纹裸胸鳝(G kidako)Cyt b同源序列进行比较分析.结果表明:(1)1140个位点中共有367个核苷酸位点存在变异(32.2%);(2)序列变异的转换/颠换比值平均为3.223;云纹裸胸鳝和斑点裸胸鳝遗传距离差异最大,为0.226;(3)以花鳗鲡(Anguilla marmortlta)为外群,采用NJ法和MP法构建系统发育树,在所分析的6种裸胸鳝属鱼类中,斑点裸胸鳝和波纹裸胸鳝聚为一支,位于系统树的基部位置,其余4种聚为另外一支.蠕纹裸胸鳝样本来源于日本海,其余5种裸胸鳝来源于中国南海,从系统树上来看,它们之间并没有明显的地域差异.[中国水产科学,2009,16(1):23-30]     

盘丽鱼属鱼类线粒体DNA细胞色素b基因序列和亲缘关系分析

通过测定盘丽鱼属鱼类绿盘丽鱼(S.aequifasciataaequifasciata)、褐盘丽鱼(S.aequifasciataaxelrodi)和盘丽鱼(S.discus)线粒体DNA细胞色素b(mtDNAcytb)基因全序列,结合对GenBank中蓝盘丽鱼(S.aequifasciataharaldi)该序列的比较分析,共检测到23个变异位点,占全序列的2.02%,其中22个为转换,1个为颠换,碱基替换多发生在密码子的第三位点。盘丽鱼与其它3种盘丽鱼属鱼类的遗传距离在0.005～0.01之间,而绿盘丽鱼、褐盘丽鱼和蓝盘丽鱼彼此间的遗传距离在0.012～0.014之间,由此推测盘丽鱼似还没有分化到种的水平;本文还在绿盘丽鱼、褐盘丽鱼、蓝盘丽鱼和盘丽鱼4种盘丽鱼属鱼类的cytb基因比较分析的基础上构建了系统进化树。     

基于16S rRNA序列探讨我国海鳝科鱼类分子系统进化关系

为从分子水平分析海鳝科鱼类分子系统分类关系，澄清物种分类争议，实验通过PCR扩增获得我国海鳝科9个属26种鱼类16S r RNA序列片段，结合GenBank下载的其他海鳝科鱼类的序列进行分析。结果显示，进化树上，海鳝科主要形成裸海鳝亚科与海鳝亚科两个分支，裸海鳝亚科包括尾鳝属与鞭尾鳝属，海鳝亚科包括裸胸鳝属、裸海鳝属、勾吻鳝属、蛇鳝属等8个属，与形态分类结果一致。裸海鳝亚科分支中，尾鳝属与鞭尾鳝属形成平行的姐妹分支；海鳝亚科分支中，斑马裸海鳝单独形成一支，位于该分支基部，其他种类聚为另一支。分支I中裸胸鳝属、勾吻鳝属、蛇鳝属、海鳝属等属均无法形成单系，揭示这些种属可能是多系起源，与近期的分子水平研究观点相似。研究结果支持将斑马裸海鳝归为裸海鳝属，为单型属物种；虎斑鞭尾鳝归为鞭尾鳝属，与尾鳝属平行进化；拟蛇鳝从长海鳝属分离出来，归为拟蛇鳝属等分类观点。豹纹勾吻鳝与海鳝属关系十分接近，但其形态上还具有多个勾吻鳝属的基本特征，至于是否归为海鳝属，还需后续更多的分子与形态学研究加以验证。     

裸胸鳝属鱼类的研究现状与开发利用

裸胸鳝属（Gymnothorax Bloeh,1795）鱼类是我国珊瑚礁鱼类资源的重要组成部分。本文对裸胸鳝属鱼类的种类、形态学特征、生活习性、个体发育、繁殖生物学等一些重要的生物学知识和经济价值等进行阐述,并对今后开展裸胸鳝鱼类的研究与开发利用做了展望,为合理、科学地保护与开发利用裸胸鳝鱼类资源提供参考。     

中国近海11种鳀科鱼类分子系统发育的初步研究

以鳀科鱼类为研究对象,分析其线粒体16S rRNA基因片断序列,探讨了5属11种中国鳀科鱼类的亲缘关系。得到16S rRNA可比序列长度为472~501 bp,共存在20个插入/缺失,125个变异位点。总体上看,序列中转换多于颠换,转换/颠换之比为1.4。根据16S rRNA基因片段差异计算的种间遗传距离从0.22%(黄吻棱鳀和中颌棱鳀,刀鲚和凤鲚)到18.54%(长颌棱鳀和康氏侧带小公鱼),以金色小沙丁鱼作为外群构建的系统树,棱鯷属依次与鲚属、黄鲫属相聚,再与棱鳀属的赤鼻棱鳀相聚;最后与鳀属和侧带小公鱼属形成的分支相聚。赤鼻棱鳀自成单独的一支,建议将赤鼻棱鳀从棱鳀属中划分出来。     

2种近方蟹线粒体12S rRNA基因序列的比较研究

测定了绒螯近方蟹和肉球近方蟹12S rRNA基因部分片段的序列,前者为569 bp,后者为570 bp.二者的核苷酸序列A、T、G、C的含量相似,分别为40.4%、35.7%、14.8%、9.1%;40.9%、34.8%、14.7%、9.6%.不包括1处插入/缺失位点,2种蟹类序列间有45个变异位点,核苷酸差异率为7.91%,其中转换32个、颠换13个,碱基转换与颠换比约为2.5.基于已知的弓蟹科13种蟹类的12S rRNA基因324 bp同源序列构建的系统发生树的拓扑结构显示,弓蟹科的厚蟹属、仿厚蟹属、近方蟹属、绒螯蟹属的蟹类分别聚为一支,支持其分别为一单系.     

舟山海域4种鲷科鱼类线粒体Cytb基因全序列克隆分析

摘要：克隆测序了分布于舟山海域的真鲷（Pagrus pagrus）、黑鲷（Sparus macrocephalus）、黄鳍棘鲷（Acanthopagrus latus）和二长棘鲷（Parargyrops edita）4种鲷科鱼类的线粒体Cytb基因1141bp的全序列。通过对4种鲷科鱼类Cytb基因序列的比对分析,发现了292个核苷酸变异位点,其中存在186个信息位点,序列中的转换大于颠换,碱基替换多发生于密码子第3位。遗传距离分析表明,4种鲷科鱼类的遗传差异在0．0967～0．2275之间,其中真鲷与二长棘鲷之间遗传距离最小,为0．0967,黄鳍棘鲷与二长棘鲷的遗传距离最大,为0．2275;序列变异的转换／颠换比值在2．2930～7．3587之间。以25种鲈总科鱼类构建的系统树表明鲷科鱼类与其他科的鱼类存在较远的遗传亲缘关系。     

石爬(鱼兆)属2种鱼线粒体DNA细胞色素b基因序列的比较研究

对采于青海省玛柯河的6尾黄石爬(鱼兆)和四川省都江堰的1尾青石爬(鱼兆)线粒体DNA细胞色素b(Cyt b)基因进行了PCR扩增并进行序列测定。结果表明,黄石爬(鱼兆)6个个体均属同一单倍型。在Cyt b基因全长1140 bp中,2种鱼类存在29个变异位点(2.54%),其中23个(79.3%)突变位点为转换,6个(20.7%)突变位点为颠换。2种鱼类序列差异偏低,提示分化较晚,致使物种间在Cyt b基因上未能积累丰富的碱基变异。黄石爬(鱼兆)遗传多样度较低,可能与其栖息环境的改变有关。     

中国近海鯻科鱼类系统发育初探

分析了中国鯻科鱼类4属6种17尾鱼的线粒体16S rRNA基因3′端部分序列特征。结果表明,在鯻科鱼类507 bp的碱基序列中有变异位点57个,简约信息位点55个,A+T含量(50.3%)高于G+C含量(49.8%),转换/颠换比为2.7。在邻接树和最大似然树上,鯻科鱼类聚类为2个分支,其中鯻属细鳞鯻独立为一支,其余属种组成另一分支,不支持Vari(1978)关于鯻科15个属中匀鯻属为最早分化类群的结论;鯻属的细鳞鯻和鯻鱼并未聚类在一起,表明二者亲缘关系较远,或为不同属,与Lee等报道相一致。由于鯻科鱼类属种较多,本文所分析的样品有限,且鯻科系统分类长期存在争议,因而需要采用多个线粒体和核基因联合分析更多属种,才能确定可否另立新属,并进一步明确鯻科鱼类的系统发育关系。     

属(Hemibarbus)三种鱼类细胞色素b基因片段序列分析

用酚/氯仿提取法提取了唇、花和长吻鱼鳍组织的总DNA,利用特异引物进行PCR扩增,得到1140bpCytb基因片段,纯化后进行测序。所得同源序列用Mega3.1软件分析,并结合鮈亚科其它种类Cytb基因序列用NJ法和UPGMA法构建系统树。结果表明:(1)三种鱼Cytb基因片段序列碱基平均差异百分比为13.7%,变异位点201个,转换颠换比为4.6;(2)属三种鱼类成一单系群,唇与花亲缘关系较近。     

基于12SrRNA序列研究龟鳖类的系统进化特征

为研究龟鳖类的系统进化关系,以期为龟鳖类的保护和合理开发利用提供基础资料,测定了15种龟类线粒体12SrRNA基因片段的序列。比对后获得一致序列长为433 bp,有191个变异位点,总变异率为43.2%,其中简约信息位点108个。A、T、G、C的平均含量分别为21.46%、34.42%、25.85%和18.27%。A+T含量(55.9%)高于G+C含量(44.2%)。在433个核苷酸位点中,有插入/缺失35个,转换为34,颠换为21,转换/颠换比率为1.67。与NCBI上其它一些龟鳖的序列进行比对后,得到414 bp的一致序列,其中236个为变异位点,总变异率为57.00%;简约信息位点181个。A、T、G、C的平均含量分别为35.7%、22.2%、18.1%、24.0%。A+T含量(57.9%)高于G+C含量(42.1%)。在414个核苷酸位点中,转换为30,颠换为14,转换/颠换比率为2.12。基于Kimura双参数模型分析龟鳖类种间、属间、科间遗传距离,并用邻接法构建分子系统树。结果显示:7种闭壳龟种间差异在0~0.043,平均为0.022;淡水龟科属间遗传距离为0.007~0.140,平均为0.074;曲颈龟亚目9个科间(不包括平胸龟)遗传距离为0.055~0.197,平均为0.139。由此认为,淡水龟科与陆龟科亲缘关系比龟科更近;不支持将闭壳龟属拆分为闭壳龟属和盒龟属;支持将平胸龟属归为鳄龟科的一个属。     

2种相手蟹线粒体12S rRNA基因序列分析

测定了红螯相手蟹和褶痕相手蟹线粒体12s rRNA基因部分片段的序列,前者为572 bp,后者为576 bp.二者的核苷酸序列A、T、G、C的含量相似,分别为42.5%、37.6%、11.9%、8.0%;42.0%、37.0%、12.5%、8.5%;不包括8处插入/缺失位点,两序列间有48个变异位点,核苷酸差异率为8.42%,其中转换30个、颠换18个,转换与颠换比约1.67.对国内外相手蟹长度为383 bp的12SrRNA基因同源序列进行分析,A T含量为76.6%～81.4%,明显高于G C的含量,且存有84个多态位点.系统发生树的拓扑结构显示,所有的相手蟹分别聚为3大支,代表着3个不同的属即相手蟹属、栉齿蟹属和仿相手蟹属;这与形态学分类结果相一致.     

两种大眼蟹线粒体12S rRNA基因序列的比较研究

测定了宽身大眼蟹和日本大眼蟹线粒体12S rRNA基因部分片段的序列,前者为577 bp, 后者为572 bp.二者的核苷酸序列A、T、G、C的含量相似,分别为39.0%、35.7%、16.5%、8.8%;39.3%、 36.2%、 15.8%、8.7%;不包括11处插入/缺失位点,两序列间有75个变异位点,核苷酸差异率为13.18%,其中转换42个、颠换33个, 转换与颠换比约为1.3.对国内外4种大眼蟹长度为331 bp的12S rRNA基因同源序列进行分析,A+T的平均含量为76.6%,明显高于G+C的平均含量,且存有变异位点52个,简约信息位点25个.系统发生树的拓扑结构显示,所有的大眼蟹聚为一支,支持大眼蟹类为一单系.     

(鱼骨)属(Hemibarbus)三种鱼类细胞色素b基因片段序列分析

用酚/氯仿提取法提取了唇[鱼骨]、花[鱼骨]和长吻[鱼骨]鱼鳍组织的总DNA，利用特异引物进行PCR扩增，得到1140bpCyt b基因片段，纯化后进行测序。所得同源序列用Mega3．1软件分析，并结合鮈亚科其它种类Cytb基因序列用NJ法和UPGMA法构建系统树。结果表明：（I）三种鱼Cytb基因片段序列碱基平均差异百分比为13．7％，变异位点201个，转换颠换比为4．6；（2）[鱼骨]属三种鱼类成一单系群，唇[鱼骨]与花[鱼骨]亲缘关系较近。     

辽宁沿海两种子鱼的分子鉴定

采用通用引物PCR扩增法,测定了辽东湾附近海域细纹子鱼样品(n=9)和斑纹子鱼样品(n=11)部分COⅠ基因序列。试验结果表明,长度为620bp的COⅠ基因片段,其A、T、G、C碱基的平均含量分别为22.4%,32.2%,26.9%,18.5%。两种子鱼样品间仅有2个变异位点,碱基之间只存在转换,没有颠换、插入或缺失的位点,其余序列完全一致。其中细纹子鱼个体间的COⅠ序列只有1个变异位点,斑纹子鱼个体间的COⅠ序列存在2个变异位点。从两种样品的测序结果显示:COⅠ序列细纹子鱼个体间的差异为0~0.2%,斑纹子鱼个体间的差异为0~0.3%,细纹子鱼和斑纹子鱼的种内平均遗传距离均为0.001,两者间平均遗传距离也为0.001,远小于种间水平。结合形态学特征及线粒体DNA序列分析,在辽东湾海域采集的细纹子鱼和斑纹子鱼的差异只处于种内永平,两者可能为同种异名。     

星斑川鲽、黄盖鲽和石鲽线粒体基因Cytb和COⅠ片段序列的比较研究

星斑川鲽、钝吻黄盖鲽和石鲽是我国北方重要的经济海水鱼类。为探究这3种鲽科鱼类间的亲缘关系及遗传信息,本文采用了PCR扩增和直接测序的技术,对这3种鲽科鱼类各24尾个体的线粒体基因Cytb和COⅠ进行初步研究。测序得到的序列经人工处理校正后分析,其中Cytb基因片段可用长度为358bp,包含58个变异位点,20个转换位点,3个颠换位点;COⅠ基因片段可用长度为559bp,包含变异位点56个,转换位点18个,颠换位点3个;Cytb基因片段和COⅠ基因片段均表明黄盖鲽和石鲽具有较高的单倍型多样性与较低的核苷酸多样性,而星斑川鲽具有较低的单倍型多样性和较低的核苷酸多样性。基于Cytb和COⅠ序列的两种系统发育树(邻接法和不加权对群法)均表明3种鲽科鱼类中星斑川鲽与石鲽亲缘关系更近,与黄盖鲽相对较远。鲽科鱼类物种遗传多样性及遗传结构的分析可以为鱼类的保护和管理提供重要的理论依据,为保障我国鲽科鱼类养殖业的健康可持续发展提供理论指导和科学依据。     

基于线粒体细胞色素b基因片段序列变异探讨3种鲳属鱼类系统进化

对鲳属3种鱼类共19个个体的细胞色素b（Cytb）基因进行PCR扩增,经比对校正得到1123bp的基因片段,共检测到141个变异位点,总变异为12.56%,5个简约信息位点,未出现插入和（或）缺失,序列中转换（Transition）明显多于颠换（Transversion）。鲳属3种鱼类19个序列共检测到11种单倍型,其T、C、A和G平均含量分别为29.1%、30.5%、27.4%和13.0%。（A＋T）%为56.5%,大于（G＋C）43.5%。结合来自GenBank中的鲳科的中间低鳍鲳Peprilus medius和星斑真鲳Stromateus stellatus的相应同源序列,并以长鲳科的刺鲳Psenopsis anomala作为外群,构建系统进化树。结果显示,翎鲳和中国鲳亲缘关系较近,二者与银鲳亲缘关系较远,同为鲳科的鱼类聚类后再与作为外群的刺鲳相聚。系统进化树显示,银鲳为3种鲳属鱼类中较早分化出的种,刺鲳位于进化树的基部,是较鲳属鱼类更为原始的类群,与形态分析结果一致。     

基于线粒体 Cyt b 和 ITS1 部分序列分析鲭科鱼类分子系统进化关系

鲭科(Scombridae)由15属51种表层洄游性海洋鱼类组成,广泛分布于热带和亚热带海域,是重要的经济鱼类。目前关于鲭科鱼类系统发生学的研究主要基于形态学特征。为了从分子水平上阐明鲭科鱼类的分类与系统进化关系,本研究扩增了鲭科7种鱼类的线粒体细胞色素b(Cyt b)基因1个含311个碱基的序列区和转录间隔区1(ITS1)的1个含644～692个碱基的序列区。采用多个生物软件对序列碱基组成进行分析,计算了Kimura-2parameter遗传距离、转换/颠换比等遗传信息指数。Cyt b和ITS1序列4种碱基平均含量分别是:A为22.8%、G为16.4%、C为31.2%、T为29.5%和A为13.5%、G为31.3%、C为38.7%、T为16.5%。基于Cyt b计算的鲭科鱼类种间遗传距离为0.0065～0.3335,平均遗传距离为0.1689;基于ITS1计算的金枪鱼族鱼类种间遗传距离为0.0032～0.2668,平均遗传距离为0.2025。Cyt b和ITS1序列的转换/颠换比分别为1.8和0.9。以竹荚鱼(Trachurus trachurus)和花鲈(Lateolabrax japonicus)为外群,并结合GenBank上鲭科24种鱼类的同源序列,构建NJ、ML和ME系统树。研究结果确认了金枪鱼属处于系统进化树的顶端,代表着最新演化的种类,是鲭科中最繁盛的一属,也是目前系统发育的高峰。所有分子系统树都表明鲣属、鲔属和舵鲣属显示与金枪鱼属很近的亲缘关系,它们均归入金枪鱼族。然而,研究结果与形态学上将金枪鱼属分为2个亚属的分类结果存在分歧。同时,本研究关于狐鲣属、平鲣属、刺鲅属和双线鲅属进化地位上的结果也不同于形态学的结果。故鲭科鱼类客观、科学的分类地位还需通过形态学、生态学和分子生物学的深入研究加以确认。     

基于16S rRNA部分序列探讨12种鲹科鱼类的分子系统进化关系

鲹科鱼类在传统形态分类与分子遗传水平构建的系统分类存在争议，本文通过PCR扩增获得了鲹科（Carangidae）8属9种的线粒体16S rRNA基因片段序列约598bp碱基，结合来自GenBank的3种鲹科鱼类的相应片段序列，并以大斑石鲈Pomadasys maculates为外群，生成供系统发育分析的序列矩阵，利用MEGA version 3.0软件分析序列的碱基组成、差异百分比和转换/颠换值等，应用最大简约法和邻接法构建系统树。结果显示：（1）支持鲹科下设四个亚科（鲹亚科，鰤亚科，鲳鲹亚科，鰆鲹亚科）阶元的分类系统；（2）所测种类鲹亚科鲹属下不宜设亚属分类阶元；（3）及达副叶鲹与丽叶鲹亲缘关系近，16S rRNA基因片段序列碱基只有1.07%的差异，未达到分属水平，应同属于副叶鲹属的两个不同种，并建议丽叶鲹的中文名用“丽副叶鲹”。     

基于COⅠ及RAG2基因序列的我国(鱼刺)科鱼类分子系统研究

采集了我国近海分布的 、细鳞 、尖吻 、叉牙 、四线列牙等5种科鱼类共25尾样品,利用PCR扩增技术对其线粒体基因COⅠ及核基因RAG2序列片段进行扩增测序,得到5种科鱼类COⅠ基因序列651 bp及RAG2基因序列729 bp,两基因片段均不存在插入与缺失.利用M ega 5.0计算科鱼类两基因碱基组成情况,种内与种间的遗传距离,并基于最大似然法构建了系统进化树.结果显示,系统进化树上,三线最先分化出来,位于进化树的底部,其次是细鳞,也单独形成一支,独立于其他科鱼类聚类分支之外,同属于属的3个种类并没有形成单系,与格纹岛 、尖吻聚为一支;叉牙与四线列牙聚成一支,形成姐妹种,显示两者之间有较近的亲缘关系.