凤鲚ITS1与Cyt b基因序列的比较研究

比较分析了分子标记核DNA ITS1序列和Cyt b基因序列在凤鲚遗传多样性分析和凤鲚与其他鲚属鱼类（以刀鲚为例）间亲缘关系研究中的特征。研究发现凤鲚其 ITS1序列的 GC 含量（71．19％）显著高于Cyt b基因序列（42．96％）,ITS1序列的单倍型多样性（0．900）和核苷酸多样性（0．00997±0．01116）也显著高于Cyt b基因序列（0．400/0．000369±0．000469）。基于ITS1序列所得的凤鲚与刀鲚间的MCL和K2P遗传距离可明确区两种鲚属鱼类,与Cyt b基因序列的结果相一致。通过ML和UPGMA系统树的构建发现,凤鲚和刀鲚分别形成独立的分支。本研究显示ITS1序列与Cyt b基因序列所得结果一致性较好,可考虑将ITS1序列作为凤鲚的遗传多样性分析及其与其他鲚属鱼类间亲缘关系研究中有效的分子标记。     

基于CO I和Cytb DNA条形码在鲌属鱼类物种鉴定中的应用

为探究线粒体CO I和Cyt b基因作为DNA条形码在鲌属鱼类鉴定中的可行性,分别扩增达氏鲌(Culter dabryi)、海南鲌(C.recurviceps)、尖头鲌(C.oxycephalus)、蒙古鲌(C.mongolicus)、拟尖头鲌(C.oxycephaloides)和翘嘴鲌(C.alburnus)六种鲌属鱼类线粒体细胞色素C氧化酶亚基I(Cytochrome C oxidase subunit I,CO I)和细胞色素b(Cytochrome b,Cyt b)的基因片段,并对六种鲌属鱼类同源序列的碱基组成、种内与种间遗传距离以及系统进化分别进行分析。结果表明:长度为645 bp的CO I基因片段中,A、T、G、C4种碱基平均含量分别为25.65%、28.18%、18.33%和27.84%;长度为970 bp的Cyt b序列片段中,A、T、G、C碱基平均含量分别为27.97%、27.93%、14.53%和29.57%。基于CO I基因序列的种间平均遗传距离为3.54%,种内平均遗传距离为0.17%,种间遗传距离为种内遗传距离的20.82倍;基于Cyt b基因序列的种间平均遗传距离为5.92%,种内平均遗传距离为0.18%,种间遗传距离为种内遗传距离的32.89倍。基于CO I基因的系统进化关系显示除尖头鲌与拟尖头鲌外,其余4种鲌均形成独立分支,而基于Cyt b基因的系统发育关系显示六种鲌属均能独立形成分支,鲌属六种鱼能够进行有效区分,将CO I和Cyt b作为DNA条形码进行鲌属鱼类的物种鉴定是可行的,联合使用可以获得更好的鉴定效果。     

石爬(鱼兆)属2种鱼线粒体DNA细胞色素b基因序列的比较研究

对采于青海省玛柯河的6尾黄石爬(鱼兆)和四川省都江堰的1尾青石爬(鱼兆)线粒体DNA细胞色素b(Cyt b)基因进行了PCR扩增并进行序列测定。结果表明,黄石爬(鱼兆)6个个体均属同一单倍型。在Cyt b基因全长1140 bp中,2种鱼类存在29个变异位点(2.54%),其中23个(79.3%)突变位点为转换,6个(20.7%)突变位点为颠换。2种鱼类序列差异偏低,提示分化较晚,致使物种间在Cyt b基因上未能积累丰富的碱基变异。黄石爬(鱼兆)遗传多样度较低,可能与其栖息环境的改变有关。     

基于线粒体COI基因的马科鱼类DNA条形码研究

为明确中国马鲅科(Polynemidae)鱼类的分类地位,测定了中国7省10个地点马鲅科鱼类3属5种33条COI基因5′端序列,结合GenBank下载的5属16种41条同源序列,共分析了6属20种马鲅科鱼类DNA条形码。结果显示,20种鱼类种间平均遗传距离为19.6%,是种内平均遗传距离0.9%的22倍;其中14种形成了单系分支,支持其物种有效性。四指马鲅(Eleutheronema tetradactylum)和多鳞四指马鲅(E.rhadinum)种间遗传距离(16.0%)是种内平均遗传距离(1.2%)的13倍,支持将二者作为2个独立物种的分类处理。多鳞四指马鲅种内遗传距离(2.3%)大于2%,形成了2个自展数据支持率为99%的分支,分支间遗传距离(4.8%)是分支内平均遗传距离(0.1%)的48倍,表明在中国沿海分布的多鳞四指马鲅有可能存在2个亚种或隐藏种。黑斑多指马鲅(Polydactylus sextarius)与马达加斯加多指马鲅(P.malagasyensis)外部形态极为相似,种间遗传距离仅为1.0%,且在分子系统树上镶嵌混杂为一支,仅根据分子数据结果,推测二者可能为同一物种;但由于没有可检视的标本,也不能排除GenBank序列种名注释中形态鉴定出错的可能。马伦氏多指马鲅(P.mullani)与七丝指马鲅(Filimanus heptadactylus)也混为1支,分支内遗传距离仅为0.1%;如果不是GenBank序列种名注释出错,则二者应为同一物种。GenBank序列中来源于北部湾的六丝多指马鲅(P.sexfilis),则可能是黑斑多指马鲅的错误鉴定。     

盘丽鱼属鱼类线粒体DNA细胞色素b基因序列和亲缘关系分析

通过测定盘丽鱼属鱼类绿盘丽鱼(S.aequifasciataaequifasciata)、褐盘丽鱼(S.aequifasciataaxelrodi)和盘丽鱼(S.discus)线粒体DNA细胞色素b(mtDNAcytb)基因全序列,结合对GenBank中蓝盘丽鱼(S.aequifasciataharaldi)该序列的比较分析,共检测到23个变异位点,占全序列的2.02%,其中22个为转换,1个为颠换,碱基替换多发生在密码子的第三位点。盘丽鱼与其它3种盘丽鱼属鱼类的遗传距离在0.005～0.01之间,而绿盘丽鱼、褐盘丽鱼和蓝盘丽鱼彼此间的遗传距离在0.012～0.014之间,由此推测盘丽鱼似还没有分化到种的水平;本文还在绿盘丽鱼、褐盘丽鱼、蓝盘丽鱼和盘丽鱼4种盘丽鱼属鱼类的cytb基因比较分析的基础上构建了系统进化树。     

舟山海域4种鲷科鱼类线粒体Cytb基因全序列克隆分析

摘要：克隆测序了分布于舟山海域的真鲷（Pagrus pagrus）、黑鲷（Sparus macrocephalus）、黄鳍棘鲷（Acanthopagrus latus）和二长棘鲷（Parargyrops edita）4种鲷科鱼类的线粒体Cytb基因1141bp的全序列。通过对4种鲷科鱼类Cytb基因序列的比对分析,发现了292个核苷酸变异位点,其中存在186个信息位点,序列中的转换大于颠换,碱基替换多发生于密码子第3位。遗传距离分析表明,4种鲷科鱼类的遗传差异在0．0967～0．2275之间,其中真鲷与二长棘鲷之间遗传距离最小,为0．0967,黄鳍棘鲷与二长棘鲷的遗传距离最大,为0．2275;序列变异的转换／颠换比值在2．2930～7．3587之间。以25种鲈总科鱼类构建的系统树表明鲷科鱼类与其他科的鱼类存在较远的遗传亲缘关系。     

Cyt b和12S rRNA基因条形码在灯笼鱼科鱼类物种鉴定中的应用

灯笼鱼科鱼类种类繁多, 且同属鱼类形态学相近, 因此利用分子标记对灯笼鱼进行准确的物种鉴定具有重要价值。为探讨线粒体细胞色素 b 基因(Cyt b)和 12S rRNA 基因在灯笼鱼科物种鉴定中的适用性, 对西北太平洋采集的 56 尾灯笼鱼进行扩增, 并进行序列对比与系统发育分析。研究表明, 采集的样本包括 6 种灯笼鱼, 分别为瓦氏角灯鱼(Ceratoscopelus warmingii)、长体标灯鱼(Symbolophorus californiensis)、粗鳞灯笼鱼(Myctophum asperum)、 细泰勒灯鱼(Tarletonbeania crenularis)、日本背灯鱼(Notoscopelus japonicus)以及某背灯鱼属鱼类(Notoscopelus sp.)。 核苷酸多态性分析显示, 基于 Cyt b 基因的种内与种间遗传距离比基于 12S rRNA 基因的更大。比较灯笼鱼科 2 种基因序列的结构特征, 发现 Cyt b 基因的种间平均遗传距离是种内平均遗传距离的 25 倍, 12S rRNA 基因的种间平均遗传距离是种内平均遗传距离的 26 倍, 均符合作为 DNA 条形码的基本要求。系统进化分析显示, 每种灯笼鱼均能形成独立分支, 2 个基因均能对 6 种灯笼鱼类进行鉴别; 但在 Cyt b 基因构建的进化树中, 每种鱼类能更好与数据库中已有的序列进行聚类。综上所述, Cyt b 和 12S rRNA 作为 DNA 条形码可以有效地对灯笼鱼科鱼类物种进行鉴定, 且 Cyt b 基因在系统进化关系的研究上具有更高的适用性。     

基于Cyt b、ND1及ND2的DNA条形码在鰤属鱼类物种鉴定中的应用

为建立我国鰤属(Seriola)鱼类快速有效的分子鉴别技术,从DNA条形码角度出发,分析了线粒体细胞色素b (Cyt b)、NADH脱氢酶(ND1和ND2)基因在黄条鰤(Seriola lalandi)、高体鰤(Seriola dumerili)和五条鰤(Seriola quinqueradiata)等鰤属鱼类物种鉴定和系统进化以及地理区域鉴别中的适用性。结果显示,Cyt b基因表现出明显的A+T偏倚性,ND2基因序列突变速率较高,变异率为20.52%,ND2基因(Hd=0.900, Pi=0.082)的遗传多样性高于ND1 (Hd=0.874, Pi=0.077)和Cyt b (Hd=0.814,Pi=0.061)。比较了鰤属鱼类3种基因序列的结构特征,基于ND1和ND2基因计算的鰤属鱼类种间遗传距离都为种内遗传距离的10倍以上,但Cyt b基因对高体鰤和几内亚鰤(Seriola carpenteri)辨识力不足。系统进化分析显示,每个物种都形成单系分支,3个基因均能对我国3种鰤属鱼类进行鉴别,且都可有效区别来自全球3个不同水域的黄条鰤种群。因此,Cyt b、ND1和ND2基因不仅可作为鰤属鱼类物种鉴定的有效DNA条形码,还可作为不同地理种群划分和种质资源科学保护的依据,为我国鰤鱼养殖产业的持续健康发展和种质资源的可持续利用提供技术依据。     

亚口鱼科鱼类分子系统学研究

用PCR方法得到了亚口鱼科7个代表属种核DNA 18S-ITS1-5.8S部分序列。以中国胭脂鱼为中心,比较了18S-ITS1-5.8S部分序列变异情况,并以此序列为分子标记,进行了亚口鱼科鱼类系统关系研究。中国胭脂鱼与大口胭脂鱼成对遗传距离为12.3%,与短鼻胭脂鱼成对遗传距离为22.0%。大口胭脂鱼与中国胭脂鱼的ITS1区域长度明显比其它5种鱼大,分别为289、285bp。     

都柳江粗唇种群线粒体DNA Cyt b基因和D-loop序列组成及遗传多样性

以采自都柳江40尾粗唇(Leiocassis crassilabris)个体为样品,采用PCR和DNA测序技术对粗唇都柳江种群Cyt b基因和D-loop序列进行了分析。获得了长度分别为1 118 bp、776~778 bp的粗唇Cyt b基因、Dloop序列。2段序列的碱基组成均为A+T的含量高于G+C的含量,但Cyt b基因碱基变异率(0.27%)显著低于D-loop的碱基变异率(3.34%~3.35%)。对粗唇D-loop序列结构进行了分析,识别了其终止序列区、中央保守区和保守序列区等的特征序列。都柳江粗唇40个个体Cyt b基因、D-loop序列中分别有3、20个多态位点,分别定义了4、10种单倍型。都柳江粗唇种群Cyt b基因和D-loop序列的单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数和平均核苷酸差异数分别为0.146、0.000 13、0.150和0.404、0.003 17、2.444。都柳江粗唇种群遗传多样性较低,开展该种鱼类种群遗传多样性的研究和保护十分必要。     

Fishes that rule the world: circumtropical distributions revisited

Briggs ( 1960 ) published the first checklist of circumtropical fishes with 107 species. This work served for a half century as the most comprehensive checklist of globally distributed fishes, but the intervening years witnessed many discoveries, and molecular data have changed the way we evaluate species. Here, we update the list guided by taxonomic revisions, phylogenies, phylogeographic data and DNA barcodes. The resulting list now includes 284 species. The dramatic increase is primarily due to two trends: (i) continued oceanic exploration leading to range revisions and species discoveries and (ii) public databases such as FishBase and the Catalogue of Fishes make range data more accessible. Five species were removed from the list as closer scrutiny revealed multiple taxa, 14 were removed due to updated range information, and 35 more are suspected to be species complexes. The species listed here are mostly pelagic and bathypelagic fishes. Euryhaline, anadromous, catadromous, freshwater, and with few exceptions, reef fishes do not achieve global distributions. The most species‐rich family of marine fishes (Gobiidae) is absent. The fishes with the longest pelagic larval stage (Anguillidae) are absent. In contrast, requiem sharks (Carcharhinidae), tunas (Scombridae), jacks (Carangidae), remoras (Echeneidae) and especially lanternfishes (Myctophidae) have multiple representatives. The combined evidence indicates that high mobility as an adult is a key requirement to achieve a global distribution. Many others are members of monotypic genera or families, indicating old lineages that did not diversify. We conclude that global ranges may promote persistence over evolutionary timescales, but also reduce opportunities for speciation.     

基于形态和分子标记的三种鲭科鱼类鉴别新方法

为找到日本鲭(Scomber japonicus)、澳洲鲭(S.australasicus)和羽鳃鲐(Rastrelliger kanagurta)这三种鲭科鱼类鉴别的新标记,采用形态框架等形态分析方法和线粒体标记的方法开展研究.共分析采自海南的33 ind样本,其中日本鲭19 ind,澳洲鲭9 ind,羽鳃鲐5 in...     

西沙群岛附近海区金枪鱼类仔稚鱼的调查研究报告

本文是根据,1975年1月至1976年5月，在西沙群岛附近海区采集到的金枪鱼类仔稚鱼标本，进行研究鉴定的结果。共鉴定了双棱线鲅、鲣、鲔、扁舵鲣、金枪鱼、黄鳍金枪鱼和副金枪鱼等7种，作了形态描述，并对它们的分布和产卵期等作了初步探索。     

Spawning induction of blue mackerel <Emphasis Type="Italic">Scomber australasicus</Emphasis> and eastern little tuna <Emphasis Type="Italic">Euthynnus affinis</Emphasis> by oral administration of a crude gonadotropin-releasing hormone analogue

Scombridae species, such as tunas and mackerels, often do not spawn in land-based fish tanks without hormone treatment. To induce spawning in various fishes, a gonadotropin-releasing hormone analogue (GnRHa) is often administered by pellet implantation. Noninvasive administration is desired to induce spawning in scombrids that are sensitive to handling stress. Spawning induction by oral administration has been reported in several fishes, yet this method has not been put into practice in the aquaculture industry since a considerable amount of GnRHa is needed. Utilization of peptide synthesizers is widespread, and antigen-grade GnRHa (AgGnRHa) produced by a custom-peptide supplier is approximately 100-fold cheaper than conventional reagent-grade GnRHa (RgGnRHa), although the purity of AgGnRHa is lower. Here, we confirmed that the spawning induction potency of AgGnRHa was similar to that of RgGnRHa by pellet implantation in blue mackerel Scomber australasicus. Oral administration of AgGnRHa [6.0 mg/kg body weight (BW) per day] showed an equivalent ability to induce spawning of the mackerel as pellet implantation (0.1 mg/kg BW). We could also induce spawning of eastern little tuna Euthynnus affinis by oral administration of the AgGnRHa. Further, the obtained eggs showed higher survival. Thus, the oral delivery of AgGnRHa could be a powerful tool to induce spawning in Scombridae.     

金鱼核糖体转录间隔区(ITS-1)的克隆和序列分析

对金鱼(Carassius auratus)核糖体转录间隔区(ITS-1)进行了克隆测序,并对ITS-1序列进行了分析。结果显示,克隆的金鱼ITS-1区序列长度为294bp,其中A、T、G、C 4种碱基的含量分别为17.0%、14.6%、33.0%、35.4%;与从GenBank中检索到的12种鱼的核糖体DNA序列比较显示,其与12种鱼的ITS-1序列同源性较低,在26.0%~61.6%之间;根据金鱼与其他12种鱼的ITS-1序列的同源性构建进化树,所得的分类结果与传统的分类结果基本一致。     

Molecular evidence for cosmopolitan distribution of platyhelminth parasites of tunas (Thunnus spp.)

Global distribution of platyhelminth parasites and their host specificities are not well known. Our hypothesis was that platyhelminth parasites of large pelagic fishes are common around the world. We analysed molecular variation in three different taxa of platyhelminth parasites infecting four species of tunas: yellowfin tuna (Thunnus albacares, Scombridae) from Western Australia, southern bluefin tuna (Thunnus maccoyii, Scombridae) from South Australia, Pacific bluefin tuna (Thunnus orientalis, Scombridae) from Pacific Mexico and northern bluefin tuna (T. thynnus, Scombridae) from two localities in the Mediterranean (Spain and Croatia). Comparisons of ITS2 and partial 28S rDNA demonstrated two congeneric species of blood flukes (Digenea: Sanguinicolidae) from multiple hosts and localities: Cardicola forsteri from southern bluefin and northern bluefin tunas, and Cardicola sp. from Pacific bluefin and northern bluefin tunas; and a gill fluke, Hexostoma thynni (Polyopisthocotylea: Hexostomatidae), from yellowfin, southern bluefin and northern bluefin tunas. Partial 28S rDNA indicates that a second type of fluke on the gills, Capsala sp. (Monopisthocotylea: Capsalidae), occurs on both southern bluefin and Pacific bluefin tunas. This appears to be the first report of conspecific platyhelminth parasites of teleosts with a wide‐ranging geographical distribution that has been confirmed through molecular approaches. Given the brevity of the free‐living larval stage of both taxa of flukes on the gills (H. thynni and Capsala sp.), we conclude that the only feasible hypothesis for the cosmopolitan distribution of these flatworms is migrations of host tunas. Host migration also seems likely to be responsible for the widespread occurrence of the two species of blood flukes (Cardicola spp.), although it is also possible that these were translocated recently by the spread of infected intermediate hosts.     

2种虾虎鱼细胞色素b基因全序列克隆与分析

测定了矛尾刺虾虎鱼（Acanthogobius hasta）和红狼牙虾虎鱼（Odontamblyopus rubicundus）的线粒体细胞色素b（Cytb）基因全序列。2种虾虎鱼Cytb基因序列全长均为1141bp,通过序列比对,检测到266个变异位点,序列中碱基转换频率高于颠换,碱基替换主要发生在密码子第3位。结合GenBank中的虾虎鱼科其他物种的细胞色素b基因全序列,利用Kimura-双参数模型分析遗传距离表明,10种虾虎鱼科鱼类的遗传差异在0.118~0.330之间,大头新虾虎鱼（Neogobius kessleri）与同属的裸喉新虾虎鱼（N.gymnotrachelus）遗传距离最小,为0.118;大头新虾虎鱼和矛尾刺虾虎鱼遗传距离最大,为0.330。以Cytb基因全序列构建的NJ进化树分析表明,10种虾虎鱼分为3个主要类群,红狼牙虾虎鱼和矛尾刺虾虎鱼聚为1支,且与其余8种虾虎鱼类遗传距离较远。     

鲤肠道sglt1基因的表达与抗体制备

钠/葡萄糖共转运载体1(sodium/glucose cotransporter 1,Sglt1)是协助葡萄糖吸收的主要蛋白。实验首先采用RT-PCR获取sglt1基因全长,克隆至PGME-T载体进行序列及免疫原性分析,选择长度为92个氨基酸(544～637)的多肽作为目的片段(sglt1-P)),扩增sglt1-P,引入双酶切位点EcoRⅠ和HindⅢ后,连接至pET-32a(+)上,构建表达载体pET-32a(+)-sglt1-P,转化至E.coli Rosetta中,获得重组基因工程菌,通过IPTG诱导表达,获得目标多肽,并以此为抗原制备Sglt1特异性抗体。SDS-PAGE电泳分析表明,目标多肽分子量约为30 ku。采用耳缘静脉结合皮下注射,免疫新西兰长耳兔,免疫总时长为38 d。制备了鲤Sglt1抗体,ELISA测得效价为1∶105;免疫组化结果表明,抗体具有较高亲和力和特异性,可以应用于鲤Sglt1的表达定位研究。该抗体的获得为鲤肠道Sglt1表达及转运活性的系统研究奠定了基础,同时,获取的Sglt1抗体亦可用于其它鱼类Sglt1转运蛋白表达定位和定量研究。     

暗纹东方鲀线粒体细胞色素b及其侧翼tRNA基因的克隆与序列分析

以暗纹东方纯（Takifugu fasciatus）肝脏的线粒体DNA为模板，按照红鳍东方豚（Takifugu rubripes）线粒体DNA序列设计合成特异引物进行PCR扩增，克隆并测定线粒体细胞色素b（Cyt b）及其侧翼tRNA基因的全序列，结果显示，克隆的暗纹东方纯Cyt b基因（1137bp）及其5’端上游的tRNA^Glu基因和3’端下游的tRNA^Thr基因序列共1327 bp。用DNA分析软件对暗纹东方纯与GenBank中10个目13种鱼类的Cyt b序列进行比较分析，显示暗纹东方纯与这些鱼类的Cyt b基因具有较高的同源性，与同属红鳍东方纯的同源性最高，为96．1％；与同目不同科的矛尾翻车纯（Masturus lanceolatus）和翻车纯（Mola mola）的同源性分别为74．1％和74．8％。tRNA^Glu基因由69个碱基组成，tRNA^Thr基因由72个碱基组成，与红鳍东方纯相应tRNA的碱基组成完全相同。推定的这两种tRNA的二级结构都具有典型的三叶草型结构，各臂的碱基配对率高，稳定性好。根据暗纹东方纯与其他13种鱼的Cyt b基因序列同源性所建立的进化树比较，结果与传统的分类地位基本吻合。     

驼背鲈线粒体细胞色素b基因的序列分析

采用PCR—DNA测序技术，对驼背鲈线粒体DNA细胞色素b（Cytb）基因全序列进行分析。获得长度为1141bp的Cytb基因片段，序列碱基组成平均是T为29．1％，C为32．3％，A为23．2％，G为14．0％，A＋T的碱基百分比总体上略大于C＋G，平均值分别是52．3％和46．3％。与其它鱼类相同基因片段碱基序列含量相似。在由核苷酸推导的氨基酸中，亮氨酸（Leu）所占的比例最高，为16．03％。