大肠杆菌O26、O45、O121血清型多重PCR检测方法的建立及应用

大肠杆菌O26、O45、O121血清群是STEC中的常见血清群,传统的大肠杆菌血清学检测存在费时、费力而且不同血清型之间经常出现免疫交叉反应,这给大肠杆菌血清学鉴定带来了极大的困扰。本研究根据大肠杆菌O抗原决定簇相关基因之间的差异设计合成了3对引物,能够快速而准确的鉴定这3种血清群,建立的方法具有较高的特异性、灵敏性,其最低检测灵敏度可达到10pg细菌基因组DNA。     

口蹄疫O型病毒二温式RT-PCR检测方法的建立及初步应用

试验通过对口蹄疫病毒核苷酸序列的比对分析,在O型口蹄疫病毒的P1基因保守区,设计1对特异性引物,应用均匀设计法优化反应参数,建立口蹄疫O型病毒二温式RT-PCR检测方法。对该法进行特异性试验、敏感性试验检测。结果表明,该二温式RT-PCR方法只对口蹄疫O型病毒敏感,对其他血清型的口蹄疫病毒及常见的猪病病毒均不敏感;扩增条带与预期目的片段大小相符,扩增片段经克隆、测序发现与引物所在基因序列的同源性为100%;检测病毒RNA的敏感性为1.665 pg/μL,其敏感性与三步法PCR敏感性检测结果没有差异。运用该法对54头攻毒试验的动物进行检测,阳性鉴定结果与三步法PCR鉴定结果一致,与三步法PCR相比该法节省了20 min,表明所建立的口蹄疫O型病毒二温式RT-PCR方法是一种准确、快速、特异、敏感的检测方法。     

沙门氏菌和大肠杆菌O157:H7双重荧光PCR检测方法的研究

目的建立一种能同时检测沙门氏菌和大肠杆菌O157:H7的双重荧光PCR方法,应用于动物源性食品的快速检验。方法根据沙门氏菌invA基因和大肠杆菌O157:H7 RFBE基因的保守序列,设计引物和探针,通过优化反应条件,建立可同时检测沙门氏菌和大肠杆菌O157:H7的双重荧光PCR方法,应用于动物源性食品的检验,并与miniVIDAS快速初筛方法和SN标准方法进行比较。结果本研究建立的双重荧光PCR方法可同时快速检测沙门氏菌和大肠杆菌O157:H7,对纯菌的检测灵敏度均低于10CFU/双重荧光PCR反应体系。应用本方法检测36株标准/参考菌株,结果只有9株目的菌标准/参考菌株出现特异性扩增,其余27株非目的菌均呈阴性反应。定量检测重复性试验结果,批内和批间的变异系数均小于2%。应用本方法检测人工染菌样品,结果与miniVIDAS和SN方法检测结果一致,但检测时间比miniVIDAS快了3倍,比SN标准快了10多倍。结论本研究建立的双重荧光PCR方法具有快速、灵敏、特异、重复性好的优点,可在8小时内完成样品沙门氏菌和大肠杆菌O157:H7的检验。     

大肠杆菌O157:H7实时定量PCR检测方法的建立

根据GenBank公布的大肠杆菌O157:H7的Flic(H7)基因序列进行同源性比较分析,选择保守序列设计一对特异性扩增引物,通过优化反应条件,建立一个用于大肠杆菌O157:H7快速定量检测的实时定量PCR方法.该方法的最低检测极限是103CFU/mL,敏感性比常规PCR提高10倍.方法重复性好、特异性强,重复性检测的变异系数均小于2%;只能检测大肠杆菌O157:H7,对非大肠杆菌O157:H7血清型细菌、猪链球菌2型、副猪嗜血杆菌无反应.利用此方法对模拟样本进行定量检测,其结果与平板细菌计数基本一致,表明此方法可作为大肠杆菌O157:H7快速诊断和疫情监测的一种快速、准确、简便的检测工具.     

大肠杆菌O157∶H7实时定量PCR检测方法的建立

根据GenBank公布的大肠杆菌O157∶H7的Flic(H7)基因序列进行同源性比较分析,选择保守序列设计一对特异性扩增引物,通过优化反应条件,建立一个用于大肠杆菌O157∶H7快速定量检测的实时定量PCR方法。该方法的最低检测极限是103CFU/mL,敏感性比常规PCR提高10倍。方法重复性好、特异性强,重复性检测的变异系数均小于2%;只能检测大肠杆菌O157∶H7,对非大肠杆菌O157∶H7血清型细菌、猪链球菌2型、副猪嗜血杆菌无反应。利用此方法对模拟样本进行定量检测,其结果与平板细菌计数基本一致,表明此方法可作为大肠杆菌O157∶H7快速诊断和疫情监测的一种快速、准确、简便的检测工具。     

肠出血性大肠杆菌O157:H7抗原基因及毒力基因多重荧光定量PCR检测方法的建立

根据Gen Bank公布的大肠杆菌O157:H7的菌体抗原基因rfb E、鞭毛抗原基因fli C、溶血素基因hly A、紧密黏附素基因eae A和志贺样毒素基因stx1和stx2的序列,同源性比较后选择保守序列分别设计6对特异性的引物及相应的Taqman探针,rfb E/eae A、Stx1/hly A、fli C/Stx2探针5'端分别标记为FAM、HEX、CY5荧光报告基团,3'端均标记为BHQ1荧光淬灭基团。通过优化反应体系和程序,建立2个能够快速、特异性地检测大肠杆菌O157:H7及其4个主要毒力基因的三重荧光定量PCR方法。结果显示,该方法灵敏度高,stx1、rfb E、fli C、eae A、hly A、stx2的最低检测限分别为20、30、20、20、30和40拷贝数/μL;特异性试验证明,该菌与其他菌种无交叉反应;重复性好,变异系数均小于2%;检测过程耗时约1 h。将建立的荧光定量PCR体系应用到人工染菌模拟猪肉样品试验中,未富集或富集8 h后测得大肠杆菌O157:H7的最低检出限分别为200 cfu/m L与1 cfu/m L。以上结果表明,本试验所建立的三重荧光定量PCR方法的敏感性、重复性及特异性均较好,可作为同时快速检测肠出血性大肠杆菌O157:H7及其毒力基因的方法。     

禽DNA病毒三重PCR检测方法的建立

为了建立可以同时检测4型禽腺病毒(FAdV-4)、传染性喉气管炎病毒(ILTV)、禽痘病毒(FPV)的方法,试验参考GenBank上登录的FAdV-4、ILTV、FPV的基因序列保守片段分别设计引物,优化PCR扩增体系和扩增程序,建立针对以上三种病毒的三重PCR检测方法,并考察方法的特异性、敏感性及对临床样品检测的准确性。结果表明:最终确定三重PCR最佳扩增体系(50μL)为,FADV-4、ILTV、FPV DNA各5μL,10×Buffer 5μL,dNTP Mix10μL,Mg~(2+)5μL,Taq3μL,引物ILTV-R 0.4μL,ILTV-F 0.4μL,FPV-F 0.8μL,FPV-R 0.8μL,FAdV-R 1.8μL,FAdV-F 1.8μL,ddH_2O 6μL。三重PCR最佳扩增程序为95℃预变性5 min;95℃变性30 s,54℃退火30 s,72℃延伸1 min,共30个循环;72℃终延伸10 min;4℃结束反应。所建立的检测方法只能扩增FAdV-4、ILTV、FPV,而不能扩增鸡马立克病毒(MDV)、减蛋综合征病毒(EDSV),特异性强;该方法对FAdV-4、ILTV、FPV的最低核酸检测量分别为3.01 pg、19.50 pg、25.70 pg,敏感性好;采用建立的三重PCR方法对黑龙江地区临床患病鸡样品进行检测,其扩增结果与单一PCR扩增结果一致,符合率100%。说明该方法快捷、敏感、特异性强,能够实现对FAdV-4、ILTV和FPV的快速鉴定。     

鸡粪中沙门氏菌和大肠杆菌O78多重PCR检测方法的建立

为建立同时快速检测沙门氏菌和大肠杆菌O78的方法,本研究根据沙门氏菌inv A基因和大肠杆菌O78 O-抗原特异基因序列设计引物,并在细菌16S r DNA区设计内参引物,通过各项参数调整优化,建立了能够直接从样品中同时检测沙门氏菌和大肠杆菌O78的多重PCR检测方法。结果显示:该方法可以同时扩增出O781 113 bp和沙门氏菌821 bp的特异片段以及细菌16S r DNA 527 bp的通用片段,而对于其他13种肠道致病菌只能扩增出527 bp的细菌同源片段,具有较强的特异性。该体系检测沙门氏菌和大肠杆菌O78的最低检出限分别为10~3cfu/m L和10~2 cfu/m L。增菌5 h,鸡粪模拟污染菌样品中沙门氏菌和大肠杆菌O78的检测灵敏度分别为10~3 cfu/m L和10~2 cfu/m L。本研究建立的检测方法能够在8 h内完成鸡粪样品中两种靶标菌的快速检测,对于沙门氏菌和大肠杆菌O78的鉴别诊断和快速检测具有重大意义。     

动物性食品源大肠杆菌O血清型鉴定及其K88菌毛基因检测

本研究对河北省冀东地区农贸市场和超市采集的生猪肉、生鸡蛋和生羊肉等分离得到的20株大肠杆菌进行大肠杆菌血清型鉴定;并检测不同血清型大肠杆菌的K88菌毛基因。采用常规方法进行大肠杆菌的O血清型鉴定,用PCR方法检测K88菌毛基因。分离鉴定的20株大肠杆菌有7种血清型,包括O38、O78、O88、O11、O107、O91、O9,其中O38、O78为优势血清型菌,均占分离菌株的25%(5/20)。在分离的动物性食品源大肠杆菌中有30%(6/20)的菌株K88菌毛基因扩增呈阳性。结果表明,O78、O38为冀东地区动物性食品源大肠杆菌常见血清型,30%(6/20)的菌株K88菌毛基因扩增阳性。     

生鲜肉中3种食源性致病菌Taqman多重荧光定量PCR检测方法的建立

为了建立一种可快速特异检测生鲜肉中沙门氏菌、金黄色葡萄球菌、大肠杆菌O157:H7的多重实时荧光定量PCR方法,试验针对沙门氏菌invA基因、金黄色葡萄球菌nuc基因和大肠杆菌O157:H7 wzx基因的保守序列分别设计引物和Taqman探针,建立多重qPCR反应体系,进行特异性、灵敏度和重复性研究,用该方法检测30份生鲜肉中的3种食源性致病菌,并与国标法进行比较。结果表明:该方法只扩增3种靶细菌,对其它供试菌不扩增;金黄色葡萄球菌和沙门氏菌的检测灵敏度均为105拷贝数/μL,大肠杆菌O157:H7的检测灵敏度为10~4拷贝数/μL;该方法的重复性良好;对30份生鲜肉进行检测,检出3份沙门氏菌、4份金黄色葡萄球菌和7份大肠杆菌O157:H7,与国标检测方法相比,大肠杆菌O157:H7和金黄色葡萄球菌各有1份样品不符合,其它阳性样品完全一致。说明建立的基于Taqman探针的多重荧光定量PCR检测方法可以特异、快速地实现对生鲜肉中沙门氏菌、金黄色葡萄球菌、大肠杆菌O157:H7的检测。     

大肠杆菌O157:H7双重PCR快速检测试剂盒的研制

为了研制一种快速、准确诊断大肠杆菌O157:H7的PCR方法,试验根据GenBank收录的大肠杆菌O157:H7全基因组序列,设计并合成了2对可扩增rfbE(O157)和Flic(H7)基因片段的特异性引物,建立双重PCR快速检测大肠杆菌O157:H7的方法,并研制出检测试剂盒。结果表明:该检测试剂盒对大肠杆菌O157:H7能特异性地扩增出rfbE和Flic基因的目的片段;对大肠杆菌O157:H30、O157:H9、O157:H25、O157:H19只能扩增出rfbE而不能扩增出Flic基因的目的片段;对大肠杆菌DH5α、猪链球菌2型和副猪嗜血杆菌没有扩增出任何目的片段;细菌DNA的最低检测极限是50 pg;在-20℃条件下保存1,3,6,9,12个月后,其敏感性都没有发生改变,均能检测到50 pg的大肠杆菌O157:H7DNA模板。     

鸭瘟病毒和番鸭细小病毒双重PCR检测方法的建立及应用

为建立一种能同时鉴别鸭瘟病毒(DPV)和番鸭细小病毒(MDPV)的双重PCR方法,根据DPV UL6基因和MDPV NS-VP1基因分别设计并合成两对特异性引物,通过对双重PCR反应的引物浓度和退火温度优化,建立了能快速检测DPV和MDPV的双重PCR方法,并对该方法的特异性、敏感性和重复性进行验证。结果表明:设计的两对特异性引物均能扩增出目的条带,其大小分别约为376 bp和624 bp;优化引物浓度组合为:DPV引物1.0μmol/L,MDPV引物2.5μmol/L,最佳退火温度为52.4℃。DPV和MDPV的核酸最低检出量分别为4 pg和173 pg,建立的双重PCR分别对鹅细小病毒、禽流感病毒、新城疫病毒、鸭疫里默氏杆菌、沙门菌、大肠杆菌、葡萄球菌、鸭源巴氏杆菌核酸扩增结果均呈阴性;对实验室保存的9份临床病料检测结果DPV检出率33.3%(3/9),MDPV检出率55.6%(5/9)。综上所述,建立的双重PCR方法特异性强、敏感性和稳定性较好,为DPV和MDPV的临床病料检测提供了技术支撑。     

肠出血性大肠杆菌O157多重PCR检测方法的建立

为了建立肠出血性大肠杆菌(EHEC)O157的多重PCR检测方法,本研究选取调控基因fusR与n5512,联合经典的rfbE、stx1和stx2基因,共同作为靶基因,通过对引物浓度等参数优化,建立了稳定性好的检测EHEC O157的多重PCR方法。并检测了该方法的特异性与敏感性,结果显示,该方法对非O157的产志贺毒素的大肠杆菌、肠致病性大肠杆菌(EPEC)、沙门氏菌、假结核耶尔森菌等检测均为阴性,特异性强;对EHEC基因组DNA的检测下限约为2.27×10~(-2)ng/μL,对EHEC CFU的检测下限约为104cfu/mL。对人工感染菌的样品进行检测,增菌前与增菌后的检测限分别为:饲料,4×10~3cfu/g和4×10~(-4)cfu/g;土壤,4×103cfu/g和4×10~(-2)cfu/g;牛肉,8×10-1cfu/g和8×10-3cfu/g;废水,4×103cfu/g和4×10~(-3)cfu/g。该方法还能检出感染了EHEC O157小鼠的粪便。综上,本研究建立了一种优化的EHEC O157多重PCR检测方法,为动物养殖与肉品加工过程中EHEC O157的检测提供了便捷、灵敏、可靠的技术手段。     

乳胶凝集试验快速检测肠出血性大肠杆菌O157∶H7的研究

通过将羧化聚苯乙烯乳胶与大肠杆菌O157:H7 Intimin蛋白单克隆抗体进行偶联,对最佳偶联抗体IgG量、最佳偶联时间等条件进行优化,建立了快速检测大肠杆菌O157:H7的乳胶凝集试验方法。结果表明,该方法具有快速、敏感、特异、简便等优点,适于临床应用,为大肠杆菌O157:H7的快速诊断提供了技术支撑。     

猪流行性腹泻病毒、猪肠道病毒9型及猪嵴病毒三重RT-PCR检测方法建立及初步应用

旨在建立一种同时检测猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪肠道病毒9型(PEV-9)、猪嵴病毒(PKV)的三重RT-PCR法,并初步应用于临床样品检测。根据GenBank中PEDV和PKV基因序列保守区设计2对引物,参照文献合成1对PEV-9引物,在同一体系进行RT-PCR扩增,对引物浓度、退火温度、灵敏度、特异性等进行优化,应用该法对采自四川省6个猪场46份样品进行检测。结果表明引物量分别为PEDV 0.5μL、PEV-9 0.25μL、PKV0.25μL,退火温度为55℃时扩增效果最理想;本方法最低检测量分别为PEDV 5.97pg、PEV-9 0.11pg、PKV0.74pg;用该方法对猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪圆环病毒、猪萨佩罗病毒、猪博卡病毒、猪环曲病毒、猪源大肠杆菌、猪源沙门菌、副猪嗜血杆菌、猪链球菌和空肠弯曲杆菌等病原进行RT-PCR扩增时,均无非特异性扩增条带出现。对46份腹泻样品的检测结果显示,PEDV感染率为76.1%、PEV-9为73.9%、PKV为39.1%,3种病原在同一样本检出率达29.1%,表明存在混合感染或协同致病的可能;与单项RT-PCR法相比,阳性样本的检出符合率均在91%以上,表明该方法具较高可信度。建立的方法可快速、准确地检测3种猪腹泻病毒性病原,为病原学诊断和分子流行病学调查提供了有效技术支持。     

饲料中肠出血性大肠杆菌O157∶H7双重PCR检测方法的建立

根据肠出血性大肠杆菌(enterohemorrhagic E.coli,EHEC)O157∶H7的O抗原编码基因rfb E和H抗原编码基因fli C分别设计引物,建立双重PCR方法。饲料样品人工污染EHEC O157∶H7后进行增菌培养,利用双重PCR进行检测EHEC O157∶H7。结果表明:建立的PCR方法能够特异性扩增出目的条带,敏感性可达到100 cfu细菌。双重PCR方法可以有效地检测出饲料中人工污染的EHEC O157∶H7,人工污染饲料样品经4 h预增菌处理后,该方法的检测下限为20 cfu细菌。本研究建立的双重PCR方法可快速、特异地检测出饲料中污染的EHEC O157∶H7,可用于饲料中EHEC O157∶H7的检测及流行病学调查。     

兔肠道球虫病三重PCR方法的建立与应用

为建立一种能同时检测兔穿孔艾美耳球虫、黄艾美耳球虫、大型艾美耳球虫的三重PCR方法，试验首先根据GenBank中的兔穿孔艾美耳球虫Eper基因、黄艾美耳球虫Efla基因、大型艾美耳球虫Eman基因序列设计3对特异性引物，通过优化PCR反应的退火温度和引物浓度，建立一种用于检测兔肠道球虫病的三重PCR方法，然后对该方法的特异性、敏感性及重复性进行评价，最后分别采用该方法及单一PCR方法对82份临床样本进行检测，计算两种方法的符合率。结果表明：所建立的三重PCR方法的最佳退火温度为59.7℃,最佳引物(F/R)浓度为0.15/0.15,0.20/0.20,0.20/0.20μmol/L(Eper、Efla、Eman基因);该方法能特异性扩增出兔穿孔艾美耳球虫、黄艾美耳球虫、大型艾美耳球虫三种兔球虫卵囊靶基因，而斯氏艾美耳球虫、大肠杆菌及沙门氏菌的检测结果为阴性；能够检测出穿孔艾美耳球虫、黄艾美耳球虫、大型艾美耳球虫三种兔球虫卵囊基因组DNA的最低限值分别为6.0,6.4,8.0 pg,两种模板浓度组合(60,64,80 ng/μL和6.0,6.4,8.0 ng/μL)批内重复性试验和批间重...     

猪重要病毒性病原多重PCR检测方法建立及应用

本试验针对当前对养猪业危害严重的猪瘟病毒(CSFV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪圆环病毒2型(PCV2)、伪狂犬病病毒(PRV)和猪细小病毒(PPV),分别建立了检测CSFV和PRRSV的双重RT-PCR方法和检测PCV2、PRV及PPV的多重PCR方法。所建立的方法对CSFV、PRRSV、PCV2、PRV和PPV核酸的检出量分别为7.5 pg/μL、14.2 pg/μL、6.9 pg/μL、9.2 pg/μL和8.6 pg/μL。应用建立的方法分别对陕西省的陕南、陕北、关中等地区部分猪场采集的118份血清进行病毒检测。5种病毒的检出率分别是,CSFV为4.23%(5/118),PRRSV为22.01%(26/118),PCV2为15.25%(18/118),PRV为22.88%(27/118),从血清样品中未检测到PPV。本研究建立的检测RNA病毒双重RT-PCR和DNA病毒的多重PCR方法,为猪主要病毒其快速检测提供了可选择方法。     

副鸡禽杆菌LAMP检测方法的建立

应用环介导等温扩增(LAMP)技术建立了快速特异的检测副鸡禽杆菌的方法。利用在线引物设计软件Primer Explorer Version 4.0,针对副鸡禽杆菌16SRNA基因序列设计两组LAMP引物,并对副鸡禽杆菌特异性DNA的扩增条件进行优化,评价所建立LAMP的特异性和灵敏性。结果显示,优化后的反应条件为65℃恒温反应60min,内引物1.60pmol/μL、外引物0.20pmol/μL。该LAMP对13株副鸡禽杆菌均发生了扩增反应,而对大肠埃希菌、禽多杀性巴氏杆菌、空肠弯曲杆菌等14株其他病原微生物没有扩增反应;该LAMP最低检出量为0.17pg/反应,敏感性远高于常规PCR的56pg/反应。结果表明,所建立的副鸡禽杆菌LAMP具有快速、高效、方便操作等特点,适用于基层兽医部门进行副鸡禽杆菌的快速检测。     

Ⅰ亚群禽腺病毒通用PCR检测方法的建立及应用

为建立快速、特异、敏感的Ⅰ亚群禽腺病毒(FADV-Ⅰ)临床通用PCR检测方法,本研究根据Gen Bank登录的FADV-Ⅰ不同血清型基因组序列,比对分析后选择病毒DNA聚合酶基因设计通用检测引物,优化PCR体系各反应条件,确定该方法的敏感性与特异性,建立了检测FADV-Ⅰ通用PCR方法,并将其进行了临床应用与感染SPF鸡脏器组织病毒分布检测比较。结果显示,经优化确定引物浓度为1.0μM,退火温度为50.4℃～61.0℃,该方法能够特异性扩增该亚群病毒494 bp的DNA聚合酶基因,对产蛋下降综合征病毒、马立克病毒、鸡痘病毒等扩增结果均为阴性,特异性强;该方法的检测限为2.8×102拷贝/μL病毒PCR产物标准品;对临床病例经PCR检测、病毒血清型鉴定与分离结果显示,该方法与病毒分离方法符合率达100%,且检测的病毒被鉴定为4、8a、8b和11血清型FADV;对病毒感染鸡脏器组织检测结果显示,该方法对其心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、腺胃与肌肉样品均可以检测到该病毒,较文献报道方法更敏感。以上结果表明本研究建立的PCR检测方法具有通用、特异、敏感、快速、准确等特点,能够用于FADV-Ⅰ的临床检测,为防控该亚群FADV引发的疫病提供了技术保障。