中国西南马mtDNA ND4基因遗传多样性研究

本研究旨在分析mtDNA ND4基因在中国西南马的遗传多样性.对中国西南马6个品种(类群)142个个体的线粒体DNA ND4基因部分序列进行PCR-SSCP和序列分析.结果表明,拼接后的西南马mtDNA ND4基因序列大小为679 bp,A+T含量(55.7%)高于G+C含量(44.3%).共检测到11个核苷酸变异位点,这些变异位点可归纳为6种单倍型.核苷酸平均多样度为0.638%,表明受试西南马mtDNA遗传多样性并不十分丰富.对各单倍型进行聚类分析,结果提示中国西南马起源于2个母系祖先.     

道氏虹鳟和日本金鳟生长激素(GH)基因多态性比较研究

研究虹鳟(Onco rhynchus mykiss)生长激素基因(GH)的遗传特征和变异分化,采用PCR扩增、电泳及测序等方法,对道氏虹鳟和日本金鳟共33个个体的生长激素基因内含子核苷酸序列进行分析。结果扩增得到的目的基因片段长度为267 bp,两种鱼GH的T、C、A、G四种核苷酸的平均含量分别为30.9%、15.2%、32.0%和21.9%;A+T含量为62.9%,G+C含量为37.1%,A+T含量明显高于G+C含量。后对两种鱼GH单核苷酸多态性(SNP)和单倍型进行分析,共检测到11个多态位点,约占所测核苷酸总长的4.12%。由此界定了14个单倍型,其中日本金鳟单倍型为7个,其单倍型多样度和核苷酸多样度分别为0.742 42和0.007 99,平均核苷酸差异数K为2.030 30;道氏虹鳟群体单倍型也为7个,其单倍型多样度和核苷酸多样度分别为0.919 05和0.010 12,平均核苷酸差异数K为2.571 43。由此可见道氏虹鳟遗传多样性较日本金鳟高,此结果可为以后鲑鳟鱼的分子选择育种及种质资源保护奠定良好的基础。     

利用线粒体D-loop区分析家鸭品种遗传多态性与系统进化

通过线粒体DNA控制区的结构和多态性来研究我国家鸭的遗传多态性与系统进化。利用DNA测序技术测定了我国9个家鸭品种106个个体线粒体DNA控制区多变序列。序列分析结果显示:A、C、T、G碱基的平均含量分别为25.6%、33.3%、15.2%和25.9%。检测到34个变异位点,约占分析位点总数的5.1%,有转换、颠换、插入/缺失4种类型的变异。确定了31种单倍型,其中单倍型A7为家鸭的主体单倍型,品种之间有9种共享单倍型。9个家鸭品种单倍型多样度(Hd)平均为0.798,核苷酸多样度(Pi)平均为0.28%,单倍型多样度在荆江麻鸭中最高,其次是攸县麻鸭和恩施麻鸭,在文登黑鸭中最低。9个品种家鸭之间双参数距离范围为0.001 3~0.004 4。31个家鸭单倍型序列的系统发生分析表明,9个家鸭品种只有1个母系起源,没有发现东亚斑嘴鸭对9个家鸭品种起源有贡献的证据。     

基于mtDNA Cytb基因序列分析广东省东方蜜蜂遗传多样性

采用PCR产物直接测序法对广东省3个地区的89群东方蜜蜂线粒体DNA细胞色素b基因(Cyt b)序列进行了变异检测,并利用相关软件对所得数据进行群体遗传变异和遗传分化分析。所得序列长度为420bp,序列中的A,T,C,G平均含量分别为33.2%,44.0%,14.3%,8.5%;共检测到13个变异位点,其中转换变异位点12个,颠换变异位点1个,并且变异位点大多数发生在密码子第三位,无碱基插入或缺失;碱基组成A+T含量高,占77.2%,呈现明显的A+T偏倚性;3个地区种群间的遗传距离为0.0023、0.0020、0.0019;共定义14种单倍型,单倍型多样度为0.781±0.032,核苷酸多样度为0.004±0.0003。结果揭示广东省东方蜜蜂遗传多样性较为丰富,且存在一定的遗传分化。     

鸡MHC基因B-G区域的生物信息学分析

根据鸡主要组织相容性复合体（MHC）基因B-G区域外显子2的序列设计引物,采用直接测序的方法对该区域（207bp）进行序列测定,并对所获得核苷酸序列进行生物信息学分析。结果显示：该片段中碱基T、C、A、G的平均含量分别为22.0%、19.8%、24.8%、33.4%,C＋G含量为53.2%,T＋A含量为46.8%,C＋G含量高于T＋A含量;同时检测到27个核苷酸变异位点,导致14个氨基酸位点的变异;16条序列进行单倍型构建获得16种单倍型,单倍型多样度达到了高的多样水平。试验结果表明,鸡MHC-B-F基因外显子2的序列表现出了高度的多态性,而且其序列的多态性更多地表现在氨基酸水平上。     

广西乌鸡线粒体DNA D-loop区序列遗传多样性分析

采用PCR和直接测序的方法测定广西东兰乌鸡线粒体DNA(mt DNA)D-loop第一高变区序列,比较分析东兰乌鸡(片羽、丝羽)的遗传变异。结果表明:在东兰乌鸡mt DNA D-loop区中,共发现27个变异位点,46种单倍型,其变异方式主要是转换和缺失;检测片段的G+C含量(60.59%)明显高于A+T含量(39.41%),具有偏倚性(P0.05);单倍型多样度和核苷酸多样度分别为(0.890±0.020)、(0.01653±0.02483),表明东兰乌鸡的遗传多样性较丰富,其中丝羽乌鸡的变异位点、单倍型数量、单倍型多样度和核苷酸多样度等均比片羽乌鸡高。在NJ系统发生树上,东兰乌鸡分为3大支,说明具有3个血统来源,起源于中国红色原鸡。     

天水乌鸡线粒体DNA D-loop序列遗传多样性分析

试验旨在通过研究天水乌鸡线粒体DNA(mt DNA)D-loop序列的遗传多样性,确定天水乌鸡品种资源价值,从而进行保护和利用。随机抽取50只乌鸡血样,采用PCR和直接测序的方法测定天水乌鸡mt DNA D-loop序列。结果:在天水乌鸡mt DNA D-loop区中发现17个变异位点,10种单倍型;检测片段的G+C含量为47.60%,A+T含量为52.40%;单倍型多样度为0.876±0.023,核苷酸多样度为0.01654±0.01140;在NJ系统发生树上,天水乌鸡大致分为两大支,说明具有2个血统来源。研究表明:天水乌鸡的遗传多样性较为丰富,并且在其进化过程中应存在多个母系来源。     

西藏昌都两个地方绵羊品种(类群)遗传多样性分析

应用PCR和序列分析技术,分析了测定西藏昌都地区8只阿旺绵羊和8只藏绵羊mtDNA控制区全序列,并结合GeneBank中绵羊mtDNA的两种变异类型A和B序列进行了比对和系统进化分析.结果表明阿旺绵羊mtDNA控制区长度为1180～1183 bp,而藏绵羊为1 180 bp,序列中A+T含量明显高于G+C含量.将两品种(类群)9种单倍型序列与mtDNA的两种变异类型A和B序列进行比对,共发现106个变异(突变)位点,占分析位点总数的8.945%.两品种(类群)核苷酸多样性和单倍型多样性分别为1.755%、0.928%和0.857±0.082、0.893±0.086;序列的分歧度为3.8%,Kimura 2-parameter距离为0.0344.系统发育NJ树表明藏绵羊和A类线粒体聚为一类,而阿旺绵羊mtDNA单倍型序列同B型线粒体聚为一枝,说明藏系绵羊mtDNA存在一定程度的分化.     

利用线粒体Cyt b为遗传标记分析重庆地区东方蜜蜂的遗传多样性

采用PCR产物直接测序技术对重庆地区117群东方蜜蜂样品的线粒体DNA细胞色素b基因(Cyt b)420 bp长度序列进行了分析。结果显示:在所得到的序列中共检测到11个核苷酸多态位点,其中单一变异位点2个,简约信息位点9个,序列突变率为2.62%,序列T,C,A,G平均含量分别为44%,14.2%,32.9%,8.9%,共定义8种单倍型,单倍型多样度为0.773±0.021,核苷酸多样度为0.003 82±0.000 32,单倍型网络关系图揭示重庆地区东方蜜蜂群体没有明显的遗传分化。     

南江黄羊群体遗传结构分析

测定了南江黄羊4个品系(类群)14个个体进行的mtDNA控制区全序列,序列分析表明南江黄羊线粒体DNA控制区全序列长度为1,212 bp或1,213 bp,A+T含量明显高于G+C含量.其中54个核苷酸位点存在变异(约占4.5%),核苷酸多样度为1.46%±0.14%,这些差异共定义了10种单倍型,单倍型多样性为0.956±0.038.表明南江黄羊群体的遗传变异较丰富,品系(类群)间都存在不同程度的遗传分化.     

兰州大尾羊mtDNA D-loop和Cytb区序列分析与多态性研究

利用mtDNA序列分析技术对20只兰州大尾羊遗传多态性进行分析,兰州大尾羊mtDNA D-loop区序列长度为1 210 bp,碱基组成分析发现,A、T、G、C碱基含量分别为29.0%、32.3%、23.5%、15.2%,其中A＋T为61.3%,G＋C为38.7%,G＋C含量明显低于A＋T。通过对兰州大尾羊线粒体DNA D-loop区的碱基突变和同源性比较分析得出兰州大尾羊D-loop区核苷酸多样度（Nucleotide diversity）Pi为0.037 85,7只兰州大尾羊来自3个不同母本。兰州大尾羊mtDNA Cytb区序列长度为1 580 bp,其中A、T、G、C碱基含量分别为27.2%、33.7%、26.7%、12.4%;A＋T为60.9%,G＋C为39.1%,G＋C含量明显低于A＋T。应用计算机软件DNAsp4.10进行单倍型分析,17个兰州大尾羊个体mtDNA Cytb区序列共发现了12个单倍型（Haplotype）,其中第1号和第10号、第2号和第5号共用一种单倍型,单倍型比例在兰州大尾羊群体中较高,遗传多态性较低。     

兴义矮脚鸡GH基因的多态性研究

兴义矮脚鸡为贵州特有的地方品种鸡。本研究对兴义矮脚鸡GH基因上第一外显子和部分第一内含子序列直接测序进行多态性分析。结果表明,在扩增出来的777 bp序列中,A、T、G、C碱基的平均含量分别为28.1%、23.9%、24.9%和23.1%。A+T的含量(52%)略高于G+C的含量(48%);总共发现10个变异位点,占分析位点总数的1.287%,这些变异位点分别为C124T、T319G、T321C、G333A、A364G、A464C、A507C、C508A、T541C和T630C,其中C124T突变点位于5′端调控区,其余突变点都集中在第一内含子上,均为转换,表现较高的转换偏向。     

宁夏滩羊mtDNA Cyt b基因遗传多样性分析

为了分析宁夏滩羊线粒体DNA(mtDNA)细胞色素b脱复辅基酶(Cytb)基因的遗传多样性,试验采用PCR扩增和基因测序的方法对线粒体Cyt b基因在宁夏地区3个绵羊品种(滩羊、小尾寒羊和蒙古羊)群体的遗传多样性进行检测,分析其碱基组成及序列间碱基的变异。结果表明:滩羊线粒体Cyt b基因部分序列长度为363 bp,A、C、G、T的平均含量分别为39.11%、19.84%、19.26%、21.79%,碱基组成的百分比显示,G相对缺乏,A+T平均含量(60.90%)比G+C(39.10%)平均含量高。在滩羊与蒙古羊、小尾寒羊品种间存在1个变异位点,在47位点处发生了A/G的转换,可以作为候选基因用于辅助检测。     

中国部分山羊品种线粒体DNA D-loop序列遗传多样性分析

分析了中国部分本地山羊品种(18个品种200个体)以及在中国饲养的引入品种(4个品种25个体)线粒体DNA控制区(D-loop)的全序列,结合已报道的世界其它地方的山羊(15个品种77个体)以及2只野山羊的线粒体DNA控制区(D-loop)全序列共304个体,研究结果表明:山羊线粒体DNA控制区约为1 212 bp,检测到228个变异位点,203种单倍型,单倍型多样度为0.993±0.001;核苷酸多样度0.018±0.001。中国部分山羊的变异类型主要为类型A和B,而在巴基斯坦山羊中还检测到类型C和D。比较分析结果表明中国山羊遗传多样性和基因交流比中国黄牛品种要高。     

昌宁县中华蜜蜂种群遗传结构调查——基于线粒体DNA COX1分子标记

为了探究云南省昌宁县中华蜜蜂的种群遗传结构,以线粒体DNA COX1基因片段为分子标记,利用生物信息学软件对该地区4个采样点共96群中华蜜蜂进行了遗传多样性分析,共获得了89条序列,所得线粒体DNA片段的序列长度为794bp。结果表明(1)序列碱基组成为:A+T74.3%,表现出显著的A+T偏倚性。(2)共发现23个变异位点其中转换变异位点21个,颠换变异位点2个。(3)共定义了16个线粒体单倍型,表现出昌宁地区丰富的遗传多样性和较高的单倍型多样度,显示出昌宁地区中华蜜蜂群体具有相对独立的遗传结构,同时与华南地区中华蜜蜂种群存在有限的基因交流。     

泰国红色原鸡和中国红色原鸡mtDNA控制区遗传多态性和分类关系研究

对泰国红色原鸡Gallus gallus gallus亚种和中国红色原鸡Gallus gallus spadiceus亚种各16个个体mtDNAD-loop序列进行系统分析,测定线粒体D-loop部分序列大小约为560bp,A、C、G、T这4种核苷酸的平均比例分别为13.6%、43.2%、4.3%和38.9%,A+T含量高于G+C含量。结果共发现27个变异位点,颠换和转换之比为0.13,没有观测到插入/缺失情况。测定的6种单倍型中,2个红色原鸡亚种没有共享单倍型,单倍型多样度分别为0.250和0.695,平均核苷酸差异数分别为3.750和10.833,核苷酸多样度分别为0.954%和2.757%。泰国红色原鸡中性检验的Tajima'sD值为-1.800(P<0.05),不符合中性突变。2个红色原鸡亚种间核苷酸分歧度(Dxy)为2.847%,核苷酸净遗传距离(Da)为0.991%。序列群体间的方差组分(Va)占总变异的47.31%,Fst=0.473,差异极显著(P<0.01);群体间mtDNAD-loopFst值也差异显著(P=0.035)。红色原鸡2个亚种具有不同的群体遗传结构,群体之间存在明显的遗传分化,本研究支持这2个亚种并非是同一个亚种的观点。     

云南昭通黄牛mtDNA D-loop区遗传变异分析

为检测云南昭通黄牛的遗传多样性,测定并分析了云南昭通黄牛线粒体D-loop区段全序列.结果显示,D-loop序列四种碱基A、T、C、G的频率分别是:32.9%、28.6%、24.8%和13.6%;共检测到48个变异位点,平均核苷酸差异(k)为22.762,核苷酸多样度(π)为2.504%,存在6个单倍型,单倍型多样度(Hd)为0.952±0.096,显示出极高的遗传多样性.检索了与昭通黄牛地理分布相近的8个黄牛品种的D-loop序列资料,统计分析发现,9个黄牛品种间的遗传距离在0.0000～0.0376之间,昭通与其他黄牛品种的遗传距离最远,提示云南黄牛有着特殊的起源地位.     

绵羊MSTN基因内含子2和外显子3部分序列的SNP检测和单倍型分析

本研究采用PCR和直接测序的方法对我国9个地方绵羊品种和1个引入品种共计60个个体进行了MSTN基因内含子2和外显子3的SNP检测和单倍型分析。结果表明:在已测序的60个个体中共发现15个SNPs(A1937C、T1942G、C1956T、A1972C、A1990G、A2008C、A2011G、C2019T、A2025C、A2027C、T2085G、T2173C、C2198T、C2210T和C2213T),它们全部存在于内含子2。同时检测到12种单倍型,其中单倍型Ⅰ(CGTCGCGTCCGCTTT)和单倍型Ⅷ(ATCAAAACAATTCCC)是2种主要的单倍型(频率分别为12.25%和77.80%)。单倍型Ⅷ广泛分布于10个受试绵羊品种中,而肉用型品种、肉脂兼用型品种和肉毛兼用型品种的所有个体均属此种单倍型且为纯合子,推测单倍型Ⅷ可能与绵羊的产肉性能有关。     

香炉山鸡线粒体DNA D-Loop区遗传多样性及系统进化研究

试验旨在研究香炉山鸡的遗传多样性与系统进化。利用PCR扩增结合双向测序的方法对121只香炉山鸡线粒体DNA D-Loop(mtDNA D-Loop)区全长序列进行分析,并对mtDNA D-Loop区全长序列组成、变异与母系起源进行探讨。结果发现,香炉山鸡mtDNA D-Loop区全长序列为1 231～1 233 bp,A、T、C、G碱基含量分别为26.62%、33.55%、26.49%、13.34%,表现出T碱基含量最高,G碱基含量最低,A+T含量明显高于G+C含量,说明此区可能具有一定的碱基嗜好性;121条全长序列经分析发现共存在11种单倍型,26个变异位点,其中单一多态信息位点2个,简约信息位点24个,另外存在4处碱基插入与2处碱基缺失。遗传多样性分析发现,单倍型多样度为0.814,核苷酸多样度为0.00447,平均核酸差异数为5.494,表明香炉山鸡遗传多样性比较丰富,保种效果较好,具有一定的选育空间。经Tajima Test检测发现,Tajima’s D值为0.39378,检验结果不显著(P0.10),符合中性突变。聚类分析结果显示,香炉山鸡与红色原鸡聚为一支,说明香炉山鸡起源于红色原鸡;在分支内部又有4个分支,说明香炉山鸡存在多个母系起源。研究结果可为香炉山鸡种质资源保护与开发利用提供一定的参考数据。     

兴义矮脚鸡GH基因的多态性研究

兴义矮脚鸡为贵州特有的地方品种鸡.本研究对兴义矮脚鸡GH基因上第一外显子和部分第一内含子序列直接测序进行多态性分析.结果表明,在扩增出来的777 bp序列中,A、T、G、C碱基的平均含量分别为28.1%、23.9%、24.9%和23.1%.A+T的含量(52%)略高于G+C的含量(48%);总共发现10个变异位点,占分析位点总数的1.287%,这些变异位点分别为C124T、T319G、T321C、G333A、A364G、A464C、A507C、C508A、T541C和T630C,其中C124T突变点位于5'端调控区,其余突变点都集中在第一内含子上,均为转换,表现较高的转换偏向.