康乐黄鸡TLR7基因多态性及血清INF-γ水平相关性研究

为了研究康乐黄鸡TLR7基因多态性以及其与血清γ干扰素(INF-γ)浓度的相关性,试验对300只康乐黄鸡进行翅静脉采血,采用SDS法提取基因组DNA,用PCR法对康乐黄鸡TLR7基因进行扩增和测序,检测其外显子区域的单核苷酸多态性(SNPs),分析康乐黄鸡群体遗传变异情况;同时测定所有试验鸡血清中INF-γ浓度,探索TLR7基因外显子突变对血清中INF-γ浓度的影响。结果表明:提取出的康乐鸡TLRT基因组DNA完整;PCR产物电泳条带清晰,片段大小为190~250 bp,其中TLR7的第二个外显子有一个SNP位点(G-A);测序结果经比对相似率为98%,结果准确;上述SNP突变后的纯合子血清INF-γ浓度显著下降(P0.05)。说明该SNP位点可以作为影响康乐黄鸡免疫指标INF-γ的一个重要的候选突变位点。     

德国牧羊犬FSHR基因第1外显子SNP T89C与产仔数关系研究

为了研究FSHR基因与产仔数的关系,试验以警用德国牧羊犬种母犬基因组为模板,应用PCR技术克隆FSHR基因第1外显子,测序检测单核苷酸多态性(SNP)T89C位点,并进一步分析基因型对产仔数的影响。结果表明:FSHR基因第1外显子SNP T89C CC基因型个体产仔数显著少于TT基因型个体产仔数(P0.05),说明SNP T89C位点与德国牧羊犬产仔数存在相关性。     

松辽黑猪FOXA2基因第3外显子多态性及其与繁殖性状的关联分析

【目的】分析叉头框家族转录因子A2(forkhead box A2,FOXA2)基因第3外显子多态位点在地方猪种中的遗传多样性及其与松辽黑猪繁殖性状的相关性。【方法】采集90头健康经产松辽黑猪母猪耳组织,采用直接测序法检测FOXA2基因第3外显子SNP位点,利用SPSS 26.0软件分析FOXA2基因第3外显子SNP位点多态性(基因型频率、基因频率、遗传纯合度、遗传杂合度、有效等位基因数、多态信息含量)及其与松辽黑猪母猪繁殖性状(总产仔数、产活仔数、乳头数以及仔猪初生重、3周龄重、断奶重、断奶仔猪数)的相关性。【结果】松辽黑猪FOXA2基因第3外显子共检测出3个SNPs位点,1 337 bp处SNP位点(C1337A)上发现CC、CA和AA 3种基因型;1 343 bp处SNP位点(C1343G)上发现CC、CG和GG 3种基因型;1 626 bp处SNP位点(C1626T)上发现CC、CT和TT 3种基因型。卡方适合性检验表明,松辽黑猪FOXA2基因第3外显子的C1337A、C1626T位点符合哈迪-温伯格平衡状态(P>0.05),C1343G位点偏离哈迪-温伯格平衡状态(P&...     

鸡催乳素基因外显子5的多态性及Taq I位点与边鸡繁殖性状的相关性分析

研究采用DNA池直接测序法寻找边鸡催乳素基因外显子5区域的多态位点.用PCR-RFLP技术检测发现的Taq I位点在边鸡以及3个对照鸡品种(京海黄鸡、尤溪麻鸡和AA鸡)中的单核苷酸多态性,并与边鸡的繁殖性状进行相关性分析.结果表明:在外显子5区域检测到3个突变位点(C5749T、T5821C、C25956T).T5821C位点经Taq I酶切显示3种基因型(AA、AB和BB).在4个鸡品种中都以A等位基因为优势等位基因.最小二乘分析表明,边鸡3种基因型个体的繁殖性状无显著差异(P>0.05).     

鸡催乳素基因外显子5的多态性及Taq Ⅰ位点与边鸡繁殖性状的相关性分析

研究采用DNA池直接测序法寻找边鸡催乳素基因外显子5区域的多态位点。用PCR-RFLP技术检测发现的Taq I位点在边鸡以及3个对照鸡品种(京海黄鸡、尤溪麻鸡和AA鸡)中的单核苷酸多态性,并与边鸡的繁殖性状进行相关性分析。结果表明:在外显子5区域检测到3个突变位点(C5749T、T5821C、C5956T)。T5821C位点经Taq I酶切显示3种基因型(AA、AB和BB)。在4个鸡品种中都以A等位基因为优势等位基因。最小二乘分析表明,边鸡3种基因型个体的繁殖性状无显著差异(P>0.05)。     

清远麻鸡和白耳鸡TLR15基因多态与鸡白痢沙门菌天然感染率的相关性

以中国地方三黄鸡(清远麻鸡和白耳鸡)的种母鸡为研究对象,通过血清平板凝集反应对鸡白痢沙门菌(Salmonella Pullorum,SP)天然感染情况进行评估,通过PCR-SSCP的方法筛查Toll样受体15(Toll-like receptor15,TLR15)基因在2个鸡种中的多态性,并对TLR15基因单核苷酸多态(single nucleotide polymorphism,SNP)位点与鸡SP天然感染率进行相关性分析。结果显示:清远麻鸡和白耳鸡的鸡SP感染率分别为37.50%和53.50%,清远麻鸡的SP感染率显著低于白耳鸡的SP感染率(P0.05);Ch TLR15基因的外显子区域检测到3个SNPs(G168A、C726T、A1166G),其中G168A和C726T为沉默突变,A1166G能引起编码氨基酸由赖氨酸(Lys)突变为精氨酸(Arg);C726T(P0.05)和A1166G(P0.01)在品种间基因型分布差异显著,C726T在白耳鸡的阴阳性感染鸡之间(P0.05)和两品种的阴性感染鸡之间(P0.01)的基因型分布差异显著;A1166G则在两品种的阴性或阳性感染鸡之间的基因型分布均差异极显著(P0.01)。C736T多态位点基因型和品种分布在鸡白痢沙门菌自然感染率性状上存在着显著的互作效应(P0.01)。结果表明:肉用型的中国地方鸡种对SP的抗性较强于蛋用型鸡种,TLR15的C726T多态位点可能与鸡的SP抗性具有相关性。     

4个品种鸡Toll样受体4基因第2内含子的多态性分析

本研究采用PCR-SSCP和DNA测序的方法检测了4个品种鸡(仙居鸡、白耳鸡、清远麻鸡和安卡鸡)Toll样受体4(Toll-like receptor 4,TLR4)基因第2内含子的单核苷酸多态性。结果表明,4个品种鸡TLR4基因的第2内含子上均发现了G1894C的突变,共产生了AA、AB和BB 3种基因型,4个品种鸡该位点的多态信息含量(PIC)分别为0.570、0.597、0.583和0.588,均属于高度多态性,且处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05);4个品种鸡G1894C多态位点的基因型在感染鸡白痢沙门氏菌阳性组和阴性组间的分布差异均不显著(P>0.05);G1894C多态位点在仙居鸡与白耳鸡2个品种间基因型分布差异极显著(P<0.01)。     

中国草原红牛PDK4基因多态性及其与肉质性状的关联分析

【目的】 研究中国草原红牛丙酮酸脱氢酶激酶4（pyruvate dehydrogenase kinase 4，PDK4）基因多态性与肉质性状的关系。【方法】 挑选120头中国草原红牛为研究对象，采用Sanger测序法检测PDK4基因第1~11外显子的单核苷酸多态性（SNP）位点，分析SNP位点的基因型频率、基因频率及群体遗传参数等。利用SPSS 21.0软件对中国草原红牛PDK4基因SNP位点多态性与肉质性状（熟肉率、肉嫩度、失水率、pH、滴水损失、肌内脂肪含量、初水分含量、蛋白质含量）进行关联分析。【结果】 在中国草原红牛PDK4基因外显子8和外显子11上共检测到3个SNPs；PDK4基因第8外显子57 bp处存在1个SNP位点（G57C），且引起编码氨基酸的改变，存在GG、GC和CC 3种基因型；PDK4基因第11外显子在330和389 bp处存在2个SNPs位点（G330T和C389T），在G330T位点上存在GG、GT和TT 3种基因型；在C389T位点上存在CC、CT和TT 3种基因型。卡方适合性检验结果显示，中国草原红牛第8外显子G57C位点偏离Hardy-Weinberg平衡状态（P<0.05），第11外显子的G330T和C398T符合Hardy-Weinberg平衡状态（P>0.05）；群体遗传参数分析发现，第8外显子G57C突变位点属于低度多态性位点（PIC<0.25），等位基因数为1.1429，表明其在中国草原红牛中的变异较小；第11外显子G330T和C398T属于中度多态性位点（0.25<PIC<0.5），等位基因数分别为1.6431和1.6447，说明该遗传标记能够提供遗传信息。关联分析结果表明，PDK4基因第8外显子中G57C位点GG和CC基因型个体肌内脂肪含量显著高于GC基因型（P<0.05）；第11外显子G330T位点GG基因型滴水损失和初水分量显著高于GT基因型（P<0.05）；GG基因型肉嫩度显著高于TT基因型（P<0.05）；GT基因型肌内脂肪含量显著高于TT基因型（P<0.05），C389T处CT基因型失水率显著低于TT基因型（P<0.05）。【结论】 PDK4基因多态性与中国草原红牛肉质性状相关，可作为肉质性状的候选基因。     

石歧杂鸡催乳素基因外显子2的SNP检测与产蛋就巢性状的关联分析

利用PCR-SSCP技术对石歧杂鸡的催乳素(prolactin,PRL)基因外显子2进行SNP检测和测序分析,并对该基因与石歧杂鸡产蛋、就巢性状的相关性进行了研究。结果表明,PRL基因外显子2存在多态性位点,该位点由于在3838位点发生C→T的碱基突变,产生了AA、AB和BB3种基因型,并导致氨基酸的改变,由亮氨酸变为苯丙氨酸。基因型AA和等位基因A的频率最高;BB基因型个体首次就巢时间显著晚于AA和AB基因型(P0.01);BB基因型的就巢次数显著多于AA和AB基因型(P0.05);3种基因型与产蛋性状相关性不显著。     

新广黄鸡MCEE基因多态性分析

为探讨MCEE基因多态性及其作为新广黄鸡生长性状遗传标记的可能性,对新广黄鸡进行MCEE基因多态性检测分析。采用Sanger测序法对MCEE基因的CDS和3′UTR区进行单核苷酸多态性(Singer nucleotide polymorphism,SNP)检测,并分析其对新广黄鸡生长性状的影响。结果表明:新广黄鸡MCEE基因的CDS区检测到3个SNP位点,分别为gC4715T、gT4734C和g C4925T。其中:g T4734C为错义突变,导致pSer 34Pro改变;3′UTR区检测到4个SNP突变位点,分别为g G8959A、g A8979G、g G9001C和g C9082T。MCEE基因CDS区3个SNP位点均表现为野生型基因型频率所占比重较高,属于低度多态,遗传变异较小;3′UTR区的4个SNP位点中,g A8979G位点表现为杂合型基因型频率所占比重较高,其余3个位点均表现为野生型基因型频率所占比重较高。MCEE基因3′UTR区的g G8959A、g A8979G和g C9082T三个SNP位点均属于中度多态,遗传差异较大。MCEE基因3′UTR区的g A8979G突变位点显著影响28日龄新广黄鸡体重(P0.05)。MCEE基因其它突变位点与体重无显著性相关。本研究初步揭示了鸡MCEE基因多态性及其与新广黄鸡体重之间的相关性,其对鸡生长性状的遗传效应有待进一步扩大样本量和品种进行验证并深入研究其对MCEE基因表达的影响。     

麦洼牦牛UCP基因多态性及其与生长性状的遗传效应分析

为了探讨麦洼牦牛UCP2和UCP3基因多态性及其与生长性状的相关性,为牦牛育种工作中遗传标记的辅助选择提供数据参考,试验以97头麦洼牦牛为研究对象,采用直接测序法获得UCP2基因第1,2,3,4外显子及部分内含子和UCP3基因第3,6外显子及部分内含子序列,比对获得多态位点,研究其遗传多态性与麦洼牦牛生长性状间的关联性。结果表明:UCP2基因第4外显子检测到1个多态位点(T1 499C),第4内含子检测到2个多态位点(A1 766G、C1 925T); UCP3基因第6外显子检测到1个多态位点(T13 190C)。4个突变位点在麦洼牦牛粉嘴和纯黑类群中均处于HardyWeinberg平衡状态(P0. 05); 4个多态位点均表现为低度多态[多态信息含量(PIC)0. 25]。UCP2基因T1 499C位点CT基因型个体体重均值显著高于TT型(P0. 05)。说明麦洼牦牛UCP2和UCP3基因存在多态性,其中UCP2基因T1 499C位点可作为麦洼牦牛生长发育性状遗传育种辅助选择的分子标记。     

三鸡种白细胞介素-1β基因多态与血清中白细胞介素-1含量相关性分析

本研究旨在通过检测鸡白细胞介素-1β(interleukin-1β,IL-1β)基因部分区域单核苷酸多态位点,以期查找与血清中IL-1含量相关的遗传标记。根据红色原鸡IL-1β基因序列设计2对引物,利用PCR及单链构象多态性(Single-Strand Conformation Polymorphism,SSCP)方法对如皋鸡、文昌鸡和安卡鸡进行单核苷酸多态性(Singlenucleotide polymorphism,SNP)分析,并利用试剂盒ELISA法对56日龄血清IL-1含量进行检测。结果表明血清中IL-1含量安卡鸡极显著高于如皋鸡(P0.01)和文昌鸡(P0.001)。IL-1β基因476位点发生G→A突变、482位点发生T→C突变、1 215位点发生C→T突变、1 507位点发生T→C突变。对多态位点和IL-1含量作关联分析,只发现1 215位点与IL-1含量有关,TT基因型个体IL-1含量显著高于CC型个体。本研究初步表明IL-1β基因1 215多态位点可以作为抗病育种中的候选遗传标记。     

拜城油鸡FSHR基因多态性及其与生产性能的关联分析

【目的】探究促卵泡激素受体(follicle stimulating hormone receptor,FSHR)基因多态性与拜城油鸡产蛋性状、蛋品质及孵化性能的关系,为选育高生产性能的种鸡提供新的分子标记。【方法】以129只拜城油鸡为研究对象,利用DNA混池重测序技术筛选SNPs位点,采取Sequenom飞行时间质谱技术进行相关位点分型,通过SPSS 26.0软件的一般线性模型进行FSHR基因多态性与拜城油鸡生产性能的关联分析。【结果】FSHR基因外显子1上存在2个SNPs位点:SNP1(g.7640519 C＞A)、SNP2(g.7640639 T＞C);外显子4和5上分别存在1个SNP位点:SNP3(g.7692270 C＞T)、SNP4(g.7698478 A＞G);外显子10上存在3个SNPs位点:SNP5(g.7716725 G＞C)、SNP6(g.7715900 A＞G)、SNP7(g.7716470 T＞C),除SNP6外,检出率均在90%以上。SNP1位点仅检测到2个基因型:CC和CA,CC为优势基因型;SNP2、SNP3和SNP7位点均存在3种基因型:TT、TC和CC;SNP4位点存在3种基因型:AA、AG和GG;SNP5位点存在3种基因型:CC、CG和GG。相关分析结果表明,SNP2位点CC基因型个体开产日龄极显著高于TT基因型(P＜0.01),显著高于CT基因型(P＜0.05);TT基因型个体蛋重显著高于CT基因型(P＜0.05),入孵蛋死胚率显著高于CC基因型(P＜0.05)。SNP3位点TT基因型个体蛋壳厚度显著高于CC基因型(P＜0.05)。SNP5位点CG基因型个体300日龄总产蛋量极显著高于CC和GG基因型(P＜0.01),300日龄平均蛋重和开产蛋重均显著高于GG基因型(P＜0.05),开产体重显著高于CC基因型(P＜0.05);GG基因型个体蛋壳厚度显著低于CC和CG基因型(P＜0.05)。SNP7位点TT基因型个体开产蛋重和个体蛋重均显著高于CC和CT基因型(P＜0.05),蛋白高度和蛋黄重均显著高于CT基因型(P＜0.05),哈氏单位值极显著高于CC和CT基因型(P＜0.01)。【结论】FSHR基因SNP5(g.7716725 G＞C)位点CG基因型可作为影响拜城油鸡产蛋性能的标记基因型,SNP7(g.7716470 T＞C)位点TT基因型可作为影响拜城油鸡蛋品质的优势基因型。     

嘉兴黑猪FSHβ和RFRP基因外显子多态性与繁殖性状的相关分析

本研究以128头嘉兴黑猪为实验群体,通过直接测序检测FSHβ和RFRP基因外显子单核苷酸多态性(SNP)位点,并探讨其多态性对母猪繁殖性状的影响。结果表明:在FSHβ和RFRP基因外显子中各检测到1个SNP位点。FSHβ基因在外显子2存在突变位点C1035T;RFRP基因在外显子3存在突变位点T4696C,且2个位点均存在AA、AB、BB 3种基因型;FSHβ-C1035T对嘉兴黑猪的初生窝重有显著影响(P0.05),RFRP-T4696C对初产母猪的总产仔数、产活仔数和初生窝重均有显著影响(P0.05)。综上所述,FSHβ、RFRP基因外显子多态性对嘉兴黑猪繁殖性状有一定的遗传效应,可作为潜在的遗传标记。     

哈萨克羊DRB1基因外显子3多态性及生物信息学分析

试验旨在研究白细胞表面抗原DRB1基因外显子3多态性与哈萨克羊布鲁氏菌病易感性的相关性。运用混合DNA池结合PCR产物直接测序方法,对哈萨克羊DRB1基因外显子3进行多态性分析,经卡方检验分析每个SNP位点的等位基因频率、基因型频率及其多态性与布鲁氏菌病易感性的相关性,利用生物信息学分析软件对PCR扩增所获序列进行RNA二级结构及蛋白质的二级结构和抗原表位分析。结果表明,在282bp的外显子3序列中共检测到7个SNPs,分别为:T10C、C119T(Trp→Arg)、G215C(Gln→Glu)、A238G、T245G(Ser→Ala)、G256A、C259T,这些位点在病例组和对照组之间的等位基因频率及各基因型间不存在显著性差异(P0.05);进一步分析发现,各突变位点均引起RNA二级结构和最小自由能的改变,各错义突变位点均未引起蛋白质二级结构和抗原表位的改变。由此得出,DRB1基因外显子3的7个SNPs位点(T10C、C119T、G215C、A238G、T245G、G256A和C259T)与哈萨克羊布鲁氏菌病易感性无相关性。     

中国荷斯坦牛Toll样受体4基因的遗传多态性与体细胞评分的关联分析

试验旨在研究中国荷斯坦牛Toll样受体4(toll-like receptor 4,TLR4)基因的遗传多态性及其与体细胞评分(somatic cell score,SCS)的关联性,寻找与乳房炎相关的分子标记,加快中国荷斯坦牛的抗病育种。利用PCR-RFLP和PCR-SSCP技术对30个公牛家系的610头中国荷斯坦牛TLR4基因进行多态性检测,用最小二乘均数法对TLR4基因的多态位点与SCS进行相关分析。结果发现,试验共检测到2个单核苷酸多态(single nucleotide polymorphisms,SNPs),TLR4基因5'侧翼区存在SNP -226 G>C突变,经PCR-RFLP检测发现3种基因型:GG、GC和CC,基因型频率分别为0.208、0.482和0.310;外显子3存在SNP 1760 C>T突变,经PCR-SSCP检测发现3种基因型:CC、TC和TT,基因型频率分别为0.738、0.225和0.007,以上2位点均偏离Hardy-Weinberg 平衡。对于SNP -226 G>C位点,基因型个体的SCS差异不显著;对于SNP 1760 C>T位点,CC基因型个体的SCS最小二乘均值极显著低于TT和TC基因型个体(P<0.01)。SNP 1760 C>T的CC基因型对于中国荷斯坦牛的SCS有较大的遗传效应,可作为分子标记应用于奶牛乳房炎抗性筛选。     

兴义鸭MyoG基因SNPs与屠宰性状相关性分析

为了研究肌细胞生成素(myogenin,MyoG)基因与鸭屠宰性状的关系,试验采用基因克隆以及PCR产物直接测序的方法,将MyoG基因作为鸭屠宰性状的候选基因,首次对鸭的5个外显子进行研究,对兴义鸭的MyoG基因外显子进行多态性检测。结果表明:共发现7处单核苷酸多态性(SNPs)位点,即第1外显子SNP1(G238C)、SNP2(C397G),第3外显子SNP3(C8T),第5外显子SNP4(G23A)、SNP5(G47A)、SNP6(C74T)、SNP7(G104C)。最小二乘分析结果显示,SNP1与胸肌率有显著相关(P0.05),SNP3和SNP7与全净膛率有显著相关(P0.05),SNP7与全净膛重有显著相关(P0.05)。     

中国美利奴羊TLR2基因多态性及其与布鲁氏菌病的相关性分析

试验旨在研究Toll样受体2(Toll-like receptor,TLR2)基因的多态性及其与中国美利奴羊布鲁氏菌病易感性的相关性。利用生物信息学方法对NCBI上公布的绵羊TLR2基因序列进行比对,选出多态位点丰富的片段进行扩增,运用PCR-SSCP的方法对206个中国美利奴布鲁氏菌病阴性样本和80个中国美利奴羊布鲁氏菌病阳性样本进行TLR2基因的多态性检测,然后对不同等位基因的PCR产物进行测序,确定该基因的多态性位点,经卡方检验分析每个SNP位点的等位基因频率、基因型频率及其多态性与布鲁氏菌病易感性的相关性,利用生物信息学软件分析RNA二级结构及蛋白质的二级结构。结果表明,在279bp的序列中共检测到3个SNPs,分别为:C1731T、G1737C和G1749T,均未引起对应氨基酸的改变,属于无义突变。这些位点在病例组和对照组之间的等位基因频率及基因型频率均不存在显著差异(P0.05)。各突变位点均能引起RNA二级结构和最小自由能的改变,而蛋白质的二级结构均未改变。由此得出,中国美利奴羊TLR2基因的3个SNPs位点(C1731T、G1737C和G1749T)与中国美利奴羊布鲁氏菌病易感性无相关性。     

溧阳鸡促卵泡激素受体基因多态性分析

以溧阳鸡为素材,设计5对特异性引物,采用PCR-SSCP和测序结合的方法,对165只溧阳鸡(母)促卵泡激素受体(FSHR)基因进行多态性检测。结果共检测到2个突变位点,第4外显子(Exon 4)第33位碱基发生T→C突变,第6外显子(Exon 6)之后第12位碱基(即内含子6第12位点碱基)发生G→A突变,其中在Exon 4区域检测到3种基因型:AA、AB和BB,基因型频率分别为0.539、0.400和0.061;在Exon 6区域检测到3种基因型:CC、CD和DD,基因型频率分别为0.248、0.558和0.194。适应性χ2检验表明各片段的基因频率在群体内分布处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05)。溧阳鸡FSHR基因存在多态性,为进一步研究FSHR基因对溧阳鸡繁殖性能的遗传效应积累了理论资料。     

3个贵州地方鸡种NKX2-5基因多态性及生物信息学分析

以高脚鸡、威宁鸡、乌蒙乌骨鸡(含白壳蛋鸡和绿壳蛋鸡)3个贵州地方鸡种为研究对象,构建品种DNA池,扩增NKX2-5基因第1外显子全部序列及第2内含子部分序列,采用直接测序法对3个品种(4个群体)的NKX2-5基因进行单核苷酸多态性检测,利用生物信息学软件预测不同多态性位点对NKX2-5基因mRNA二级结构、蛋白质二级结构的影响.结果表明,在3个品种(4个群体)中共检测到G108A、T288C、C400T、T420G和G429A 5个SNPs位点,其中,G108A位于非编码区;T288C、C400T位于第1外显子区;T420G和G429A位于内含子区.T288C和C400T均为错义突变,T288C突变导致丝氨酸(Ser)变为脯氨酸(Pro)、C400T突变导致丙氨酸(Ala)变为缬氨酸(Val),SNPs位点对于NKX2-5基因mRNA二级结构、蛋白质二级结构有一定影响.