坏死梭杆菌白细胞毒素基因BSBSE片段的克隆及原核表达

以牛源坏死梭杆菌FNn株为试材,根据GenBank上已发表的坏死梭杆菌AF312861标准菌株的lktA序列设计1对引物,利用PCR技术扩增出1 131 bp的坏死梭杆菌白细胞毒素BSBSE基因。将PCR产物插入pGEM-T Easy vector中,经双酶切鉴定正确后进行序列测定。分析表明该BSBSE序列与GenBank上已发表的坏死梭杆菌AF312861标准菌株的lktA序列的核苷酸同源性为99%,推导出的氨基酸序列同源性为98%。为研究BSBSE的免疫原性,构建了原核表达载体pMAL-p2X-BSBSE,用IPTG诱导在大肠杆菌中表达。结果表明,BSBSE基因在大肠杆菌中进行了高效特异性融合表达,融合蛋白分子量约为84.5×103,其中41.5×103为BS-BSE基因表达的蛋白质,43.0×103为MBP融合标签,Western-blotting检测表明该表达产物有免疫原性。     

特异性检测植物乳杆菌的多重PCR方法

【目的】建立特异性检测植物乳杆菌的方法,排除近缘菌的干扰。【方法】利用SMM系统筛选植物乳杆菌种特异序列,根据特异序列设计引物进行不同乳制品的多重PCR检测。【结果】设计的7对引物具有良好的种特异性,其中3对引物可以排除戊糖乳杆菌和副植物乳杆菌的干扰,可扩增获得植物乳杆菌的特异条带101bp（引物LP-1和LP-2）、189bp（引物LP-5和LP-6）、378bp（引物LP-9和LP-10）。该方法的检测限为2.2×10CFU/mL。采用多重PCR检测与琼脂糖凝胶电泳图谱分析对自制含有各种乳酸菌酸奶产品、自然发酵产品及市售酸乳产品中植物乳杆菌进行定性检测,可以特异性检测出植物乳杆菌,准确区分植物乳杆菌的近缘菌株。【结论】该多重PCR方法成本低、步骤简单、耗时短、灵敏度高,具有特异性,可作为快速检测植物乳杆菌种的方法在生产中使用。     

CRISPRs在德氏乳杆菌中的检测与同源性分析

本研究检测了本实验室德氏乳杆菌中的CRISPRs结构,并对其重复序列和间区序列进行了同源性分析.结果显示,供试菌株L7和L9中均含有CRISPRs序列,分别为3 323 bp和3 015 bp,多重比对后的重复序列8～12位与21～17位碱基互补形成回文结构;重复序列大小(29 bp)与标准菌株基本相同,但其同源性与菌...     

猪源肺炎克雷伯菌的分离与鉴定

从9只病死猪肺、肝脏中分离到4株革兰氏阴性杆菌,并对分离菌株进行形态学、培养特性、生化特性和分子生物学的鉴定,确定分离的菌株为肺炎克雷伯菌肺炎亚种。根据GeneBank上肺炎克雷伯菌16S rRNA可变区序列设计1对引物,4株细菌基因组DNA均可扩增到1段大小为127 bp特异性片段,经测序与已知肺炎克雷伯菌相应序列的同源性为100%,鉴定4株细菌均为猪源肺炎克雷伯菌。动物毒性试验证明其对小鼠有较强的致病性。     

检测和鉴别流产布鲁氏菌与猪布鲁氏菌的复合PCR方法的建立

将GenBank上登录的流产布鲁氏菌（Br.abortus）和猪布鲁氏菌（Br.suis）外膜蛋白omp2基因序列进行比对,设计了流产布鲁氏菌特异性引物对A1/A2、猪布鲁氏菌特异性引物对S1／S2,分别用引物A1/A2和S1／S2进行PCR,进而将引物A1、A2、S1、S2置于同一体系内进行复合PCR,建立了一种能区分流产布鲁氏菌和猪布鲁氏菌的复合PCR鉴别诊断方法。应用该方法从流产布鲁氏菌和猪布鲁氏菌染色体基因组中扩增出了大小分别为424bp和535bp的1条特异性片段,从两种染色体基因组混合物中扩增出了大小为424bp和535bp的2条特异性片段。但对大肠杆菌、结核杆菌、坏死杆菌、棒状杆菌染色体基因组进行PCR扩增时均为阴性。该方法可以检测出10个菌／50阻L体系。本研究建立的复合PCR可以有效检测布鲁氏菌感染并把流产布鲁氏菌和猪布鲁氏菌区分开。     

地衣芽孢杆菌16S-ITS标记及其特异性分析

[目的]建立地衣芽孢杆菌的分子鉴定方法。[方法]通过对地衣芽孢杆菌TS-01的16S和ITS序列进行克隆测序和差异性分析,以该区序列为靶序列设计地衣芽孢杆菌TS-01的特异性引物,并用该引物扩增全部受试菌种。[结果]从ITS和16S rDNA区间设计了地衣芽孢杆菌种特异性引物,特异性引物PCR的最佳退火温度为67.2℃,循环数为24个;地衣芽孢杆菌TS-01可扩增出1条905 bp的标记片段,其他受试菌株均为阴性,从而证明试验得到了在种水平上对该菌种进行准确鉴定的特异16S-ITS标记。[结论]地衣芽孢杆菌TS-01分子鉴定方法的建立,为地衣芽孢杆菌的分子诊断奠定了基础。     

地衣芽孢杆菌16S-ITS标记及其特异性分析

[目的]建立地衣芽孢杆菌的分子鉴定方法。[方法]通过对地衣芽孢杆菌TS-01的16S和ITS序列进行克隆测序和差异性分析,以该区序列为靶序列设计地衣芽孢菌TS-01的特异性引物,并用该引物扩增全部受试菌种。[结果]从ITS和16Sr DNA区间设计了地衣芽孢杆菌种特异性引物,特异性引物PCR的最佳退火温度为67.2℃,循环数为24个;地衣芽孢杆菌TS-01可扩增出1条905bp的标记片段,其他受试菌株均为阴性,从而证明试验得到了在种水平上对该菌种进行准确鉴定的特异16S-ITS标记。[结论]地衣芽孢杆菌TS-01分子鉴定方法的建立,为地衣芽孢杆菌的分子诊断奠定了基础。     

五指山猪肺炎克雷伯菌肺炎亚种的分离及鉴定

从发病猪场濒死的五指山小猪肝脏、脾脏、小肠中分离到3株革兰氏阴性杆菌,对分离菌株进行形态学、培养特性、生化特性和分子生物学鉴定,确定分离菌株为肺炎克雷伯菌肺炎亚种。利用细菌16S rRNA通用引物对3株细菌基因组DNA进行扩增,均可得到大小为1 503 bp的特异性片段,该序列与GenBank上已经登录的猪源肺炎克雷伯菌序列同源性达99%。动物毒性试验证明其对小鼠有较强的致病性。     

CpG基序对坏死梭杆菌免疫原的免疫佐剂效应实验研究

分别用坏死梭杆菌来源CpG、弗氏完全佐剂、氢氧化铝佐剂与坏死梭杆菌免疫原配制的抗原免疫小白鼠,通过检测坏死梭杆菌免疫原抗体变化,来探讨CpG对坏死梭杆菌免疫原的佐剂效应。试验结果表明,坏死梭杆菌来源CpG有较好的免疫佐剂效应,可望进一步研制成为坏死梭杆菌疫苗佐剂成分。     

猪链球菌亚种及1、2、9型四重PCR检测方法的建立

根据序列分析设计了4对引物,分别扩增猪链球菌gdh、cps1、cps2J和cps9G基因的725、212、387bp和556bp大小的片段,利用合成的4对引物并通过对反应条件与反应体系的优化建立了四重PCR,结果显示,猪链球菌阳性出现1条725bp目的带,猪链球菌1型阳性出现725bp和212bp两条目的带,猪链球菌2型阳性出现725bp和387bp两条目的带,猪链球菌9型阳性出现725bp和556bp两条目的带。应用该多重PCR检测了分离到的链球菌1095株,检出猪链球菌阳性667株、猪链球菌1型8株、2型33株、9型16株。研究结果表明,该方法特异性高、敏感性强,可广泛应用于猪链球菌病的快速诊断及流行病学研究。     

坏死梭杆菌白细胞毒素基因SH片段的克隆与表达

坏死梭杆菌白细胞毒素是坏死杆菌病的主要致病因子,白细胞毒素基因（lkt）是其编码基因。以分离到的国内牛源坏死梭杆菌FN（A）菌株F4基因组DNA为模板,应用PCR方法扩增白细胞毒素基因SH片段,克隆至pMD18-T载体上,以BamHⅠ和HindⅢ酶切的目的片段SH与相应酶切的pET32a载体连接构建pET32a-SH重组表达质粒,经转化E coli BL21（DE3）后用IPTG进行蛋白诱导,SDS-PAGE检测重组蛋白表达情况。结果表明：扩增基因序列大小为1800bp,SDS-PAGE检测重组蛋白有效表达,表达得到大小为80.2kDa的目的蛋白,采用镍柱亲和层析方法纯化SH重组蛋白,获得了纯度达95%的重组蛋白;经West-ern-blot证实,该蛋白对抗坏死杆菌阳性血清具有反应活性。     

猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸障碍综合征病毒和乙型脑炎病毒多重RT-PCR检测方法的建立

根据猪瘟病毒(CSFV)的E2基因保守序列、猪繁殖与呼吸障碍综合征病毒(PRRSV)的ORF7基因及部分ORF6和3-UTR基因序列和猪乙型脑炎病毒(JEV)的E基因保守序列,设计了3对引物,扩增大小分别为288 bp、430 bp和1 015 bp目的片段.以纯培养病毒抽提RNA,制备cDNA模板,利用3对引物,通过条件的优化,建立了同时检测这3种病毒的多重RT-PCR.CSFV、PRRSV和JEV的RNA最小检出量分别为0.270 ng、0.049 ng、0.067 ng,其它的RNA病毒如TGEV以及DNA病毒如PPV、PrV、PCV-2检测结果为阴性.以β-actin为对照,利用本方法检测了174份临床样品(血清、肺脏和胎儿),其结果为:PRRSV、CSFV和JEV的阳性率分别为30.4%、4.6%和1.7%;CSFV和PRRSV混合感染阳性率为1.7%.同时对临床样品中CSFV、JEV和PRRSV阳性PCR产物进行测序分析,发现CSFV、PRRSV和JEV的PCR产物序列和NCBI数据库中目标基因的同源性分别为92%、90%和89%,这证实了多重PCR的阳性结果为上述3种病毒.结果证明,所建立的多重RT-PCR可用于临床检测.     

PSORA：一种基于高通量测序的T-DNA插入位点分析方法

【目的】建立一种批量分析T-DNA插入位点的简单、有效的方法。【方法】提供一种基于高通量测序技术的T-DNA插入位点的分析方法,将其命名为PSORA：Parallel sequencing of one round amplicons。首先对一轮交错式热不对称PCR（TAIL-PCR）的扩增产物进行高通量测序,随后通过生物信息学分析T-DNA插入位点,该方法降低了TAIL-PCR过程中对特异性扩增的要求。PSORA中使用的引物一侧为简并引物,另一侧为T-DNA特异性引物。在特异性引物的5’端设计6 nt的样品标签（Barcode）,用于标记不同的转化事件。所使用的5个转基因烟草株系（L1、L6、L9、L15和L19）由农杆菌介导质粒pBI121转化获得。此外,通过标准PCR对PSORA的结果进行验证。【结果】利用PSORA对5个转基因株系的T-DNA插入位点进行分析,结果显示,L6含2个插入位点（NW_015801367的36 316 bp处和NW_015950898的42 202 bp处）,L9、L15和L19各含1个插入位点（L9的插入位点为NW_015943682的235 969 bp处;L15的插入位点为NW_015802951的60 529 bp处;L19的插入位点为NW_015863435的12 188 bp处）,L1的插入位点未能成功获取。对生物信息学分析结果进行PCR验证,含不同插入位点的转基因株系之间可互为阴性对照,野生型（WT）作为空白对照,结果表明,在各转基因株系中均得到与预期一致的特异性扩增,该结果验证了PSORA的有效性。【结论】PSORA是一种分析T-DNA插入位点的有效方法,可以同时分析多个插入事件,相对于传统的染色体步移方法更简便、快速。     

Measurement of Biological Oxygen Demand （BOD） in Sewage Wastewater Using Modified Inoculums

[目的]分析4个飞蝗亚种间的系统发育关系。[方法]利用PCR扩增技术测定了西藏飞蝗（L.migratoria tibetensis）和东亚飞蝗（L.m.manilensis）细胞色素氧化酶3亚基基因序列（COⅠ1539bp、COⅡ684bp、COⅢ792bp,共计3015bp）,结合GenBank下载的亚洲飞蝗（L.m.migratoria）和非洲飞蝗（L.m.migratorioides）的细胞色素氧化酶3亚基基因序列进行综合分析。以云斑车蝗（G.marmoratus）为外群,通过邻接法、最大简约法和贝叶斯法重建4个飞蝗亚种的分子系统树。[结果]在碱基组成上,A＋T的平均含量为69.57%,4个飞蝗亚种的密码子第3位点A＋T含量最高,其中最高的是COⅠ（达87.6%）;4个飞蝗亚种中核苷酸替换主要发生在密码子第3位,COⅡ的核酸替代率最高,第2位点较为保守,替换率在5.9%～15%之间;COI的起始密码子是特殊的CCG或ACG;4个飞蝗亚种的遗传距离在0.001～0.076之间;飞蝗属中4个亚种之间的系统发育关系为东亚飞蝗和西藏飞蝗亲缘关系最近,亚洲飞蝗与东亚飞蝗、西藏飞蝗亲缘关系次之,非洲飞蝗与其余3个亚种的亲缘关系较远。[结论]该研究可为西藏飞蝗亚种地位的确定提供分子依据。     

白鹭源禽I型副粘病毒L基因的克隆与序列分析

根据GenBank中已发表的鹅副粘病毒GPV—SF02株全基因组序列设计5对引物,采用RT—PCR扩增出白鹭源禽I型副粘病毒（W13株）L基因的IJA（1121bp）、LB（1481bp）、LC（1439bp）、LD（1476bp）、LE（1608bp）5个片段,用DNAStar软件比较分析后进行拼接,获得长约6760bp包含有L基因全长的核苷酸序列,而W13株L基因的mRNA全长为6704bp、开放阅读框（ORF）为6615个碱基、编码2204个氨基酸。氨基酸同源性分析表明：W13株I基因与鹅源SF02、ZJI、NA-1株及鸡源Guangxi7株的同源性均超过97．0％;而核苷酸同源性分析表明：W13株L基因与鹅源SF02、ZJI、NA-1株及鸡源Guangxi7株的同源性均超过93．0％。可见,W13株与鹅源SF02、ZJI、NA-1株及鸡源Guangxi7株的亲缘关系较近。     

猪繁殖与呼吸综合征和猪乙型脑炎双重一步法RT-PCR诊断试剂盒的研制

根据GenBank中的猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）ORF7N基因、猪乙型脑炎病毒（JEV）NS1基因序列,设计了2对引物,通过反应条件的优化,成功研制了检测PRRSV和JEV的双重一步法RT-PCR诊断试剂盒,扩增产物分别为245、504 bp。敏感性、 特异性结果显示,该RT-PCR诊断试剂盒对2种病毒的最低核酸检测量分别为PRRSV0.2ng/L、JEV 0.4ng/L,而对猪瘟病毒、猪伪狂犬病毒、猪圆环病毒2型、猪细小病毒的扩增结果均为阴性。对52份疑似病猪样品的检测结果表明,该双重一步法RT-PCR诊断试剂盒检测结果与单一PCR检测结果完全符合。结果表明该双重一步法RT-PCR诊断试剂盒具有很好的特异性和敏感性,可用于临床猪繁殖与呼吸综合征和猪乙型脑炎的检测。     

几个中国大麦属物种核rDNA ITS区序列分析

对8份来源于中国和7份国外的不同大麦属物种核rDNAITS区进行了序列分析,并采用邻接法构建了其系统发育树状图。结果表明,大麦属物种的ITS区序列长度为596～600bp,其中ITS1、5.8S和ITS2分别有43、4和54个变异位点。ITS区揭示的遗传分化距离变化范围为0～0.1121,平均值为0.0561。以雀麦属为外类群,采用邻接法进行系统发育关系分析发现,大麦属不同物种间聚类关系与其地理来源无关;各物种或亚种按照其亲缘关系与染色体组的划分进行聚类,其中具有H和I染色体组的物种各聚为一个分支。     

猪传染性胃肠炎及流行性腹泻病毒二重RT-PCR检测方法的建立

根据GenBank中已登录的猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)、猪流行性腹泻病毒(PEDV)的序列,利用Primer 5.0设计合成了2对特异性引物。用这2对引物对TGEV、PEDV cDNA模板首先进行单项PCR条件优化,然后采用正交试验设计优化多重RT-PCR反应条件,结果同时扩增到2条与实验设计相符的492bp(PEDV)和211bp(TGEV)特异性条带,建立了能够同时检测2种病毒混合感染的特异、灵敏的多重PCR检测方法,可检测出约11pg的PEDV和13pg的TGEV。