扁吻鱼和塔里木裂腹鱼线粒体ＣＯＩ基因片段的比较研究

对扁吻鱼(Aspiorhynchus laticeps)和塔里木裂腹鱼(Schizothoraxbiddulphi)细胞色素c氧化酶亚基(COI)基因片段进行扩增。通过序列测定得到624bp的基因片段,无碱基的插入和缺失,A、T、G、C碱基中G含量最低,A+T含量高于G+C含量,与其它鱼类COI基因片段研究结果相一致。2个种间共检测到38处核苷酸替换,其中35处碱基转换,3处碱基颠换,蛋白质编码基因上的核苷酸替代主要是密码子第3位点上的同义替换。在编码的208个氨基酸中,仅发生2处氨基酸替代,替代率为0.96%。采用Kimura-2法计算种间平均遗传距离为0.06,以鲤作外群构建NJ系统树,扁吻鱼和塔里木裂腹鱼亲缘关系较近,而与新疆裸重唇鱼、斑重唇鱼亲缘关系较远。     

扁吻鱼和塔里木裂腹鱼线粒体COI基因片段的比较研究

对扁吻鱼(Aspiorhynchus laticeps)和塔里木裂腹鱼(Schizothoraxbiddulphi)细胞色素c氧化酶亚基(COI)基因片段进行扩增。通过序列测定得到624bp的基因片段,无碱基的插入和缺失,A、T、G、C碱基中G含量最低,A+T含量高于G+C含量,与其它鱼类COI基因片段研究结果相一致。2个种间共检测到38处核苷酸替换,其中35处碱基转换,3处碱基颠换,蛋白质编码基因上的核苷酸替代主要是密码子第3位点上的同义替换。在编码的208个氨基酸中,仅发生2处氨基酸替代,替代率为0.96%。采用Kimura-2法计算种间平均遗传距离为0.06,以鲤作外群构建NJ系统树,扁吻鱼和塔里木裂腹鱼亲缘关系较近,而与新疆裸重唇鱼、斑重唇鱼亲缘关系较远。     

基于线粒体COII和ND4基因序列的塔里木裂腹鱼群体遗传多样性分析

为探究塔里木裂腹鱼群体的遗传多样性和遗传分化现状,选用车尔臣河、克孜勒河和阿克苏河3个不同地理种群的塔里木裂腹鱼共计126尾样本,进行线粒体DNA COII和ND4基因序列的对比分析,探讨了2种标记对塔里木裂腹鱼遗传多样性分析结果的差异和关系。结果显示,塔里木裂腹鱼线粒体DNA COII和ND4基因序列的A+T含量均高于G+C含量,碱基组成具有偏倚性。基于线粒体DNA COII和ND4基因序列分析,126个样本中分别确定了6个和23个单倍型,其中线粒体DNA COII基因序列中3个群体存在共享单倍型现象,线粒体DNA ND4基因序列中未发现3个群体间存在共享单倍型。2种标记下群体的单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.738±0.019/0.904±0.014和0.02129±0.00298/0.04876±0.00149,呈现出高单倍型多态性和高核苷酸多态性的特征。2种标记的分子方差分析（AMOVA）均表明,在所有群体中遗传变异主要来源于群体间,且车尔臣河群体的塔里木裂腹鱼与其他2个群体的遗传分化均达到显著水平（P<0.05）。贝叶斯法（BI）构建的BI树与单倍型网络图结构一致,塔里木裂腹鱼形成了2个分支。COII和ND4基因序列的岐点分布图均呈现双峰型,表明塔里木裂腹鱼现在的分布是先前分化种群发生二次交流的结果。种群结构分析结果亦表明塔里木裂腹鱼已分化出2个明显的地理种群,故建议将车尔臣河群体作为塔里木裂腹鱼的亚种。     

基于COI基因探讨塔里木河流域裂腹鱼属鱼类的亲缘关系

裂腹鱼属(Schizothorax)是塔里木河流域分布的裂腹鱼亚科(Schizothoracids)鱼类中数量和种类最多的鱼类, 具有重要的生态学研究价值。本研究对采自塔里木河和伊犁河流域的 6 种裂腹鱼属鱼类的 COI 基因序列进行了分析。结果显示, 在 419 尾个体中共发现 25 个单倍型; 塔里木裂腹鱼(Schizothorax biddulphi)塔里木河主要支流群体、 宽口裂腹鱼(S. eurystomus)、重唇裂腹鱼(S. barbatus)和厚唇裂腹鱼(S. irregularis)之间的遗传距离小于 0.005, 未形成明显的“条形码间隙”。而塔里木裂腹鱼车尔臣河群体与其他物种间的遗传距离符合 2%阈值或 10 倍原则; ABGD 和 TaxonDNA 分析结果相同, 把新疆裂腹鱼属鱼类划分为 4 个组别, 塔里木裂腹鱼塔里木河主要支流群体、宽口裂腹鱼、重唇裂腹鱼和厚唇裂腹鱼分为一组, 伊犁裂腹鱼(S. pseudaksaiensis)、银色裂腹鱼(S. argentatus)、塔里木裂腹鱼车尔臣河群体分别划分为另外 3 个组别中; 贝叶斯法(BI)系统发育树中塔里木裂腹鱼车尔臣河群体形成了独立的分支, 节点支持率为 100%, 而塔里木裂腹鱼塔里木河主要支流群体、宽口裂腹鱼、重唇裂腹鱼和厚唇裂腹鱼未能形成独立的分支。BI 树拓扑结构与 ABGD 和 TaxonDNA 分组结果一致。塔里木裂腹鱼塔里木河主要支流群体、宽口裂腹鱼、重唇裂腹鱼和厚唇裂腹鱼可能存在种间杂交或尚未达到物种分化程度, 而塔里木裂腹鱼车尔臣河群体可能已分化成独立的物种。     

新疆叶尔羌河流域4种裂腹鱼多变量形态学对比分析

为明确叶尔羌河流域4种裂腹鱼的表型差异，实验整合传统形态学和框架分析法2个数据体系，利用多变量形态学统计分析法对叶尔羌河流域裂腹鱼类(4种，494尾，48组参数)开展分析。单因子方差分析结果显示，9个参数同时在4种裂腹鱼中存在显著差异，差异主要位于头部、前躯干部和后躯干部；主成分分析结果显示，重唇裂腹鱼与厚唇裂腹鱼形态数据在PC1轴上差异显著，主要反映头部特征；而框架数据结果显示，塔里木裂腹鱼和宽口裂腹鱼在第一主成分上差异较大，主要体现在后躯干部；2个数据体系逐步判别分析分别选取8个和6个主要参数建立判别公式，初始判别成功率分别为85.7%和75.7%，散点图组质心分离，样品重叠少；聚类分析结果显示，2个数据体系均分为2个分支，其中重唇裂腹鱼单独成一支，塔里木裂腹鱼与厚唇裂腹鱼在形态上距离较近，与宽口裂腹鱼次之。研究表明，2个数据体系中，形态数据表现较优于框架数据；叶尔羌河流域4种裂腹鱼外部形态存在显著差异，利用多元统计方法可以较好区分，但仍存在一定的重叠。     

DNA条形码在西藏水系裂腹鱼亚科鱼类鉴定中的研究

为确定DNA条形码技术在西藏水系裂腹鱼亚科(Schizothoracinae)物种鉴定中的可行性,利用西藏水系所采集260尾裂腹鱼亚科样本,测定其线粒体细胞色素C氧化酶亚基1(COI)基因片段序列,计算遗传距离,构建系统发育树,并与GenBank中相关序列进行比对。260个样本经检测均获得有效COI基因扩增片段,COI基因碱基组成偏倚明显,A+T含量为54.74%,显著高于G+C含量(45.26%)。基于Kimura双参数模型计算遗传距离,遗传距离阈值设置为0.02时,260个样本可被鉴定到种的为249尾样本,11尾由于样本量少,数据库中存在多个命名,只鉴定到属,其中与形态学鉴定一致的179尾样本,一致率为68.8%,裂腹鱼亚科裸鲤属(Gymnocypris)不能通过COI基因鉴定到种,拉萨裂腹鱼(Schizothoracinae)、异齿裂腹鱼(S.schizothorax o#x02BC;connori)、巨须裂腹鱼(S.macropogon)3个种之间的遗传距离阈值以0.02不能有效鉴别,而遗传距离阈值以0.01作为这3个种的鉴定标准,可达到有效鉴别的目的。基于邻接法构建系统发育树,裂腹鱼亚科鱼类形成一个支持率较高的单系群,Bootstrap检验支持率为99%,系统进化树聚类方式与以遗传距离值为标准的鉴定结果一致,很好地反映了水系物种间的地理和历史联系。     

珠江水系光唇裂腹鱼可渡河种群mtDNA D-loop序列多态性分析

40尾光唇裂腹鱼(Schizothorax lissolabiatus)采自珠江水系可渡河,采用PCR扩增和直接测序技术对其mtDNA D-loop区481bp的序列进行了测定分析。该序列共计发现了10个变异位点,占分析总位点数的2.08%。定义了10种单倍型,单倍型多样度(Hd)为0.733,单倍型间平均遗传距离(P)为0.0051。核苷酸多样性(π)为0.0027,平均核苷酸差异数(K)为1.301。用单倍型间遗传距离构建的NJ树由2个支系组成。该研究显示光唇裂腹鱼可渡河种群mtDNA D-loop区多态性较低,表明光唇裂腹鱼可渡河种群遗传多样性贫乏,有必要采取综合措施开展光唇裂腹鱼可渡河种群的保护。     

基于线粒体控制区序列的塔里木裂腹鱼遗传多样性及种群分化分析

为了解塔里木裂腹鱼(Schizothorax biddulphi)种群遗传多样性和遗传结构,本研究分析了库玛拉克河(KMLK)、木扎提河(MZT)、塔什库尔干河(TSKEG)、喀拉喀什河(KLKS)、玉龙喀什河(YLKS)、克孜勒苏河(KZLS)、车尔臣河(CEC)7个群体共143个线粒体控制区序列变异个体,获得了39个单倍型。其中,CEC群体与其他群体间遗传分化显著,无共享单倍性。群体间遗传差异的分子变异分析表明,在所有群体中大多数的变异来源于群体间;而排除CEC群体后,大多数变异则来源于群体内(81.01%),群体间的遗传变异小(16.68%)。塔里木裂腹鱼不同群体间的基因流(Nm)为0.0464~18.2786,CEC与其余群体间的基因流均小于1。贝叶斯法(BI)构建BI树和单倍型网络图结构一致,塔里木裂腹鱼形成了2个分支。2个分支的最近共同祖先约在2.7 Ma前。单倍型间的歧点分布具有明确的双峰,表明2.7 Ma前罗布泊的干枯或盐化事件使2个分支间产生了地理隔离,后因塔里木盆地冷湿气候的影响罗布泊水面恢复,现今的分布是先前分化居群的二次联系。种群结构分析结果均支持塔里木裂腹鱼已分化出2个明显分化的地理种群的观点,即塔里木河(TLM)种群和CEC种群。TLM种群具有较高的单倍型多态性(0.939±0.008)和核苷酸多态性(0.0125±0.0017),而CEC种群的单倍型多态性高(H)(0.903±0.025),核苷酸多态性低(Pi)(0.0051±0.0012)。建议对以上2个种群分开管理,TLM种群为优先保护单元。     

塔里木裂腹鱼群体遗传多样性的AFLP分析

采用AFLP技术对喀拉喀什河、塔什库尔干河、阿克苏河多浪渠首、木扎提河4个群体共80尾塔里木裂腹鱼(Schizothorax biddulphi Günther)个体进行了遗传多样性分析。6对选择性扩增引物共扩增得到212个位点,其中多态性位点141个,多态位点比例为66.51%。4个群体的Shannon多样性指数(I)为0.316 9-0.544 3,Nei’s遗传多样性指数(H)为0.213 9-0.376 2,群体间的遗传距离为0.078 1-0.250 2。塔什库尔干河群体的多态位点比例、Shannon多样性指数和Nei’s遗传多样性指数均高于其它三个群体。AMOVA分析结果显示,群体总遗传变异85.17%来自群体内差异,而14.83%来自群体间差异,表明塔里木裂腹鱼遗传变异主要来源于群体内个体间,但群体间已存在一定程度的遗传分化。用UPGMA方法构建的群体系统进化树显示,多浪渠首群体和木扎提河群体首先聚类,然后依次与塔什库尔干河群体、喀拉喀什河群体聚类,这一方面与地理位置有关,另一方面与河流的自然环境有关。     

南疆地区四种土著裂腹鱼类幼鱼对氯化钠和碳酸氢钠的急性耐受能力

为了解新疆土著鱼类幼鱼氯化钠和碳酸氢钠胁迫下机体耐受性，本研究采用单因子急性毒性实验法，以斑重唇鱼（Diptychus maculates）、厚唇裂腹鱼（Schizothorax irregularis）、宽口裂腹鱼（S.eurystomus）、重唇裂腹鱼[S.（Racoma）davidi]4种5月龄裂腹鱼幼鱼为研究对象，对其氯化钠和碳酸氢钠的急性耐受能力进行研究。实验结果显示，4种裂腹鱼的24 h和96 h的氯化钠半致死浓度(LC₅₀)分别为9.9、12.8、9.3、12.6 g/L和6.5、8.6、6.2、10.0 g/L,安全质量浓度分别为0.7、0.9、0.6、1.0 g/L,氯化钠急性耐受能力为：重唇裂腹鱼>厚唇裂腹鱼>斑重唇鱼>宽口裂腹鱼。4种裂腹鱼的24 h和96 h的碳酸氢钠半致死浓度(LC₅₀)分别为112.3、107.2、110.9、86.3 mmol/L和88.5、81.3、94.3、72.1 mmol/L,安全质量浓度分别为8.9、8.1、9.4、7.2 mmol/L,碳酸氢钠急性耐受能力为：宽口裂腹...     

洪泽湖河蚬(Corbicula fluminea) 2种表型群体的遗传变异分析

采用形态学分析(壳长、壳宽和壳高)和分子标记技术(细胞色素氧化酶Ⅰ基因,COⅠ)对洪泽湖河蚬(Corbicula fluminea)黄色和黑色2个群体的形态和遗传多样性特征进行研究.形态参数统计分析结果显示,2个群体的形态特征之间有显著性差异.经PCR扩增和序列测定,获得614 bp COⅠ基因序列,2个群体的COⅠ基因序列的碱基组成高度一致,均表现出A+T的含量(64.8％)明显高于G+C的含量(35.2％).28个黑色个体发现7种单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.794和0.04274;30个黄色个体发现5种单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.607和0.02825.单倍型之间的遗传距离在0.002-0.091之间,其NJ和MP系统发生树表明,COⅠ基因单倍型聚为2个明显分支.分子方差分析(AMOVA)结果显示,Fst=0.21736 (P＜0.01),21.74％的变异来自群体间,78.26％的变异来自群体内,2个群体之间有显著的遗传分化.研究表明,应将洪泽湖河蚬黑色和黄色群体分别作为独立单元进行管理和保护.     

利用mtDNACCOI基因序列分析引进的澳洲虫纹鳕鲈群体遗传多样性

根据线粒体COI基因序列分析了虫纹鳕鲈（MaccuUochellapeelii）引进群体的遗传多样性。用PCR技术扩增了线粒体C01的序列,PCR产物经纯化、克隆和测序后得到了652bp的核苷酸片段。运用CLUSTALX（1．83）软件比对了25个个体的序列,共检测到5个多态位点,其中4个为转换位点,1个为颠换位点;运用MEGA5．0软件构建了NJ系统树;用DNASP软件计算出的单倍型个数（H）为5,单倍型多样性（Hd）为0．300,核苷酸多样性（Pi）和平均核苷酸差异数（k）为分别为0．00073和0．473。结果表明,引进群体的虫纹鳕鲈mtDNAC01基因序列的变异程度较小,群体内遗传多样性较低。     

驼背鲈线粒体细胞色素b基因的序列分析

采用PCR—DNA测序技术，对驼背鲈线粒体DNA细胞色素b（Cytb）基因全序列进行分析。获得长度为1141bp的Cytb基因片段，序列碱基组成平均是T为29．1％，C为32．3％，A为23．2％，G为14．0％，A＋T的碱基百分比总体上略大于C＋G，平均值分别是52．3％和46．3％。与其它鱼类相同基因片段碱基序列含量相似。在由核苷酸推导的氨基酸中，亮氨酸（Leu）所占的比例最高，为16．03％。     

浅色黄姑鱼线粒体16S rRNA基因片段序列特征分析

PCR扩增100个浅色黄姑鱼个体的线粒体16SrRNA基因片段序列,得到大约620bp的扩增产物。将其中5个个体的扩增产物进行测序和同源比对,得到468bp可供比对分析的片段。比对结果表明,5条序列包括两个单倍型,两个单倍型之间有1个碱基突变。PCR-RFLP分析结果显示,两个种群的100个样品中98%的个体为其中一种单倍型,只有2%的个体呈另一种单倍型,表明这两个种群的遗传多样性较低。两个单倍型平均碱基组成为:T22.0%,C26.3%,A29.8%,G21.9%,GC含量平均为48.2%。与GenBank中石首鱼科7属9种的11条同源序列比对,得到429个比对位点,其中包括69个简约信息位点、55个单突变子和16个插入/缺失位点。聚类分析显示,浅色黄姑鱼与黄姑鱼亲缘关系较近,与形态分类相符。     

不同地理群体裸体方格星虫遗传结构及种群分化研究

本研究对福建长乐、古雷、晋江海区裸体方格星虫自然群体91个个体的线粒体COI基因进行序列测定,并与厦门、北海、三亚3个地理群体15个个体的线粒体COI基因序列进行了比较分析。在106个个体中共发现193个核苷酸多态位点和52个单倍型,长乐、古雷、晋江海区3个地理群体中单倍型多样性指数(h)在0.626到0.972之间,核苷酸多样性(π)在0.00155到0.01325之间,表现出较高的遗传多样性。分子方差分析(AMOVA)显示1.97%的变异存在于群体内,而群体间的遗传变异为98.03%,群体间变异是总变异的主要来源。构建的单倍型系统关系树显示单倍型聚合为A、B、C、D 4个不同的具有高支持率的分支,表明我国沿海至少存在4个线粒体具显著差异的类群,并可能存在隐蔽种。单倍型最小拓展网络图揭示裸体方格星虫类群A存在福建沿海和北部湾两个明显的分支,是否可提升为亚种有待进一步考证。研究结果为中国沿海裸体方格星虫种质资源保护、人工苗种放养及遗传育种工作的开展提供了依据。     

基于12SrRNA和ND3基因序列分析巨[鱼丕]遗传多样性及系统进化

为从分子水平研究巨[鱼丕](Bagarius yarrelli Sykes)的遗传多样性和系统进化关系,本实验对采集于怒江、澜沧江、元江3河流5种群中的60个个体进行12S rRNA和ND3基因序列的PCR扩增,同时与红河河口群体12个个体的12S rRNA和ND3基因序列进行比对分析,采用Mega5.02软件对碱基组成、Kimura-2 parameter遗传距离、可变位点等进行分析。应用DnaSP软件进行遗传多样性相关参数的计算。结果显示:12S rRNA和ND3基因序列长度分别为954 bp和346 bp(349 bp),分别定义了51个单倍型和42个单倍型,12S rRNA和ND3序列中的碱基平均含量分别为:T为20.8%、C为25.7%、A为32.1%、G为21.4%和T为29.5%、C为28.2%、A为28.1%、G为14.1%,表现出明显的A+T偏倚性;6个群体的群体内和群体间的遗传距离分别为0.003~0.284(12S rRNA),0.009~0.059(ND3)和0.004~1.062(12S rRNA),0.008~0.143(ND3);12S rRNA基因的51个单倍型和ND3基因的42个单倍型序列总的单倍型多样性(Hd)、核苷酸多样性(Pi)及核苷酸平均差异数(K)分别为0.972和0.937、0.035和0.079、31.414和27.176,均显示出丰富的遗传多样性。结合从GenBank中下载的12S rRNA和ND3基因同源序列的[鱼丕]科9属10种鱼类进行系统发育树的构建,结果表明巨[鱼丕]独自汇聚成一大单系群,怒江潞江坝群体、怒江三江口群体及澜沧江临沧群体间关系较近,澜沧江景洪群体可单独构成一个单系种群,红河河口群体、红河曼耗群体与其它巨[鱼丕]构成一单系种群后再同澜沧江景洪群体汇聚成一支。     

利用线粒体COI序列分析4水系中华绒螯蟹群体遗传学特征

研究了长江、辽河、瓯江水系野生中华绒螫蟹(Eriiocheir sinensis)及其莱芮河水系F1共4个群体71个个体的线粒体细胞色素氧化酶亚基I(COI)基因序列,比对长度包括628个位点,其中变异位点112个,简约信息位点36个.基因序列G+C(%)含量较低,表现出较为明显的碱基组成偏倚性.71个个体共含17种单...     

基于线粒体细胞色素b基因片段序列变异探讨3种鲳属鱼类系统进化

对鲳属3种鱼类共19个个体的细胞色素b（Cytb）基因进行PCR扩增,经比对校正得到1123bp的基因片段,共检测到141个变异位点,总变异为12.56%,5个简约信息位点,未出现插入和（或）缺失,序列中转换（Transition）明显多于颠换（Transversion）。鲳属3种鱼类19个序列共检测到11种单倍型,其T、C、A和G平均含量分别为29.1%、30.5%、27.4%和13.0%。（A＋T）%为56.5%,大于（G＋C）43.5%。结合来自GenBank中的鲳科的中间低鳍鲳Peprilus medius和星斑真鲳Stromateus stellatus的相应同源序列,并以长鲳科的刺鲳Psenopsis anomala作为外群,构建系统进化树。结果显示,翎鲳和中国鲳亲缘关系较近,二者与银鲳亲缘关系较远,同为鲳科的鱼类聚类后再与作为外群的刺鲳相聚。系统进化树显示,银鲳为3种鲳属鱼类中较早分化出的种,刺鲳位于进化树的基部,是较鲳属鱼类更为原始的类群,与形态分析结果一致。     

都柳江粗唇种群线粒体DNA Cyt b基因和D-loop序列组成及遗传多样性

以采自都柳江40尾粗唇(Leiocassis crassilabris)个体为样品,采用PCR和DNA测序技术对粗唇都柳江种群Cyt b基因和D-loop序列进行了分析。获得了长度分别为1 118 bp、776~778 bp的粗唇Cyt b基因、Dloop序列。2段序列的碱基组成均为A+T的含量高于G+C的含量,但Cyt b基因碱基变异率(0.27%)显著低于D-loop的碱基变异率(3.34%~3.35%)。对粗唇D-loop序列结构进行了分析,识别了其终止序列区、中央保守区和保守序列区等的特征序列。都柳江粗唇40个个体Cyt b基因、D-loop序列中分别有3、20个多态位点,分别定义了4、10种单倍型。都柳江粗唇种群Cyt b基因和D-loop序列的单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数和平均核苷酸差异数分别为0.146、0.000 13、0.150和0.404、0.003 17、2.444。都柳江粗唇种群遗传多样性较低,开展该种鱼类种群遗传多样性的研究和保护十分必要。