濒危鱼类稀有白甲鱼清水江种群mtDNA D-loop序列多态性

本文采用PCR、克隆结合DNA测序技术对分布于贵州清水江的30尾稀有白甲鱼mtDNA D-loop 3’端共计478bp的碱基序列进行了测定分析，首次进行了稀有白甲鱼mtDNA D-loop序列多态性研究。该序列共发现了25个多态位点，约占其核苷酸总数的5.23%。其中23个为转换位点(A-G，C-T)，2个为转换与颠换同时存在的位点。30个个体分属18种单倍型。稀有白甲鱼mtDNA核苷酸多样性（π）为0.0107，平均核苷酸差异数（K）为5.092。单倍型多样度（H）为0.940，单倍型间平均遗传距离（P）为0.014。用单倍型间遗传距离构建的NJ系统树由2个支系组成。稀有白甲鱼清水江种群mtDNA D-loop序列存在着丰富的多态性，该种群的遗传多样性丰富。保护稀有白甲鱼清水江种群对于保护和恢复稀有白甲鱼这一濒危经济鱼类具有重要的意义。     

中华鳖3个地理群体线粒体基因D-loop区遗传多样性分析

采用PCR结合DNA测序技术和SSCP技术,分析了中华鳖3个地理群体线粒体DNA(mtDNA)D-loop区部分序列的变异及遗传多样性。在25个个体中,其碱基组成为A+T的平均含量(65.4%)高于G+C(34.6%),共检测到变异位点7个(约占总位点数的5.7%),转换/颠换值为2.76。核苷酸多样性(π)为0.019 95,平均核苷酸差异数(K)为2.453。25个个体分属6个单倍型,单倍型多样度(Hd)为0.707,单倍型间的平均遗传距离(P)为0.027。6个单倍型构建的UPGMA系统树聚为3个分支。结果表明,中华鳖群体mtDNA D-loop区序列存在着较丰富的变异和遗传多样性,日本鳖的遗传多样性比黄河鳖和黄沙鳖丰富,黄沙鳖与日本鳖、黄河鳖的遗传距离较远。而且PCR-SSCP可以检测到两种类型的电泳图谱,其中Ⅱ型均为日本鳖,该技术可用于78位TT←→AA颠换变异位点的检测。     

基于线粒体Cytb基因和D-loop区序列的高邮湖湖鲚(Coilia nasus)遗传多样性分析

本研究利用线粒体细胞色素b(Cytb)基因和控制区(D-loop)序列作为分子标记,调查了高邮湖湖鲚(Coilia nasus)种群遗传多样性。结果显示,Cytb基因和D-loop区序列碱基A+T含量均高于G+C含量,显示碱基组成具有偏倚性。38条Cytb基因序列检出26个变异位点,定义13个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.716±0.078和0.002 70±0.000 57;40条D-loop区序列检出53个变异位点,定义21个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.906±0.034和0.006 27±0.000 99。13个Cytb基因单倍型之间的遗传距离在0.001~0.014之间,NJ系统进化树显示单倍型聚为1支;21个D-loop区单倍型之间的遗传距离在0.001~0.019之间,NJ系统进化树显示单倍型聚为2支。中性检测结果和歧点分布图均表明高邮湖湖鲚种群稳定,近期没有发生种群扩张。整体来看,高邮湖湖鲚种质资源遗传多样性水平较高,具有高单倍型多样性和低核苷酸多样性的特征。     

福建近海竹荚鱼线粒体DNA控制区和细胞色素b遗传多态性

测定了捕自福建近海闽东渔场和闽南渔场竹荚鱼(Trachurus japonicus)的线粒体DNA(mtDNA)控制区和细胞色素b基因(cyt 6)序列.获得了长度为861～866 bp的控制区全序列.60个样本中共检测到66个变异位点和53个单倍型,平均单倍型多样性(h)为0.993,核苷酸多样性(π)为1.093.930 bp的cyt 6部分序列共有37个变异位点,从41个样本中得到25个单倍型,平均单倍型多样性(h)和核苷酸多样性(h)分别为0.937和0.3360 cyt b片段编码330个氨基酸,氨基酸序列无变异位点,仅有1个氨基酸单倍型.竹荚鱼闽南群体mtDNA序列的遗传多样性高于闽东群体.构建的单倍型系统树未出现明显的以地方群体为单位的家系式分支或者聚簇,群体间的遗传距离(0.01)也较小.分子方差分析(AMOVA)显示,2个群体的遗传变异绝大部分来自群体内部,群体间无显著遗传分化.中性检验和核苷酸不配对分析显示,福建近海竹荚鱼近期经历过种群扩张.种群扩张、扩散能力和东海环流可能促进闽东渔场和闽南渔场竹荚鱼群体间频繁的基因交流,并导致群体间较高的遗传同质性.     

基于线粒体控制区D-loop序列的内蒙古大鳍鼓鳔鳅群体遗传结构分析

为了解内蒙古地区大鳍鼓鳔鳅(Herzenstein)群体的遗传背景和分化情况,对该地区52个大鳍鼓鳔鳅样本的线粒体控制区D-loop序列进行了遗传多样性和遗传分化分析。结果显示,在947 bp的D-loop区序列中,碱基A、T、C、G的平均含量分别为34.5%、28.0%、21.3%、16.2%,表现出较强的AT偏好性;有27个样本在645位点均缺失C碱基,突变总数为21;D-loop区序列存在多态性位点/突变位点20个,单倍型数(h)、单倍型多样性(H d)、核苷酸多样性(π)分别为17、0.912和0.0045;系统进化树分析显示,样本D-loop区序列分布在2个大的分支上,表明该群体结构形成了一定的遗传分化;样本的D-loop序列间的遗传距离均在0.010以下,说明样本的D-loop区序列亲缘关系较近。     

基于线粒体COI和D-loop序列的黑龙江流域蛇(鱼句)种群遗传结构分析

以线粒体COI和D-loop序列为分子标记，基于88个样本研究了黑龙江流域3个蛇(鱼句)(Saurogobio dabryi)种群的遗传多样性和遗传结构。结果表明，比对剪切后的COI和D-loop序列长度分别为582～583 b、834～583 b,基于COI序列总体的单倍型多样性(0.377 3)略低于基于D-loop序列的单倍型多样性(0.577 0),但基于两个序列总体的核苷酸多样性指数相等，且仅有0.000 9。群体间遗传距离分别为0.000 9(COI)和0.000 9～0.001 0(D-loop),群体间遗传分化指数分别为-0.004 9～0.007 6(COI)和-0.002 8～0.011 4(D-loop),遗传分化均不显著(P>0.05)。分子方差分析(AMOVA)显示，群体内遗传变异占总变异的100.02%(COI)和99.49%(D-loop),总的遗传变异主要源自群体内。单倍型系统发育树和TCS网络图表明，所有的单倍型随机地聚集在一起，没有形成明显的地理格局。中性检验和核苷酸错配分析显示，3个蛇(鱼句)群体历史上发生过种群扩张事件。综上，3个蛇(鱼句)...     

都柳江粗唇种群线粒体DNA Cyt b基因和D-loop序列组成及遗传多样性

以采自都柳江40尾粗唇(Leiocassis crassilabris)个体为样品,采用PCR和DNA测序技术对粗唇都柳江种群Cyt b基因和D-loop序列进行了分析。获得了长度分别为1 118 bp、776~778 bp的粗唇Cyt b基因、Dloop序列。2段序列的碱基组成均为A+T的含量高于G+C的含量,但Cyt b基因碱基变异率(0.27%)显著低于D-loop的碱基变异率(3.34%~3.35%)。对粗唇D-loop序列结构进行了分析,识别了其终止序列区、中央保守区和保守序列区等的特征序列。都柳江粗唇40个个体Cyt b基因、D-loop序列中分别有3、20个多态位点,分别定义了4、10种单倍型。都柳江粗唇种群Cyt b基因和D-loop序列的单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数和平均核苷酸差异数分别为0.146、0.000 13、0.150和0.404、0.003 17、2.444。都柳江粗唇种群遗传多样性较低,开展该种鱼类种群遗传多样性的研究和保护十分必要。     

基于线粒体D-loop区探讨我国养殖大口黑鲈的分类地位和遗传变异

对大口黑鲈国内养殖种群(G)和北方亚种(N)、佛罗里达亚种(F)两个野生种群共23个个体的线粒体DNA D-loop区序列进行分析,探讨国内养殖大口黑鲈(Micropterus salmoides)的分类地位和遗传变异。D-loop区序列分析结果表明,共检测到73个变异位点,总变异率为9.0%。三群体间没有共享单倍型,群体G的5个个体含2种单倍型,群体N的11个个体含9种单倍型,群体F中每个个体均为一种单倍型。对三个群体间的遗传距离分析表明,养殖群体与北方亚种野生群体的遗传距离为0.009,与佛罗里达亚种野生群体的遗传距离为0.053,表明国内养殖的大口黑鲈在分类上属于北方亚种,分子系统进化树的进一步分析结果与其一致。群体N、F和G的核苷酸多样性指数(π)依次为0.008 2,0.013和0.000 5,单倍型多样性指数(h)分别为0.946,1.000和0.400,显示出养殖大口黑鲈群体的遗传多样性相比国外野生群体有明显下降,有必要开展大口黑鲈的遗传改良研究,提高其种质质量。     

南四湖大鳞副泥鳅mtDNAD-loop区遗传多样性分析

根据线粒体D-loop序列研究了南四湖大鳞副泥鳅（Paramisgurnus dabryanus）群体（n=30）的遗传多样性。通过PCR技术对线粒体D-loop序列进行扩增,获得大小约1000 bp的扩增产物。PCR产物经纯化和测序后,得到了963 bp的核苷酸片段。用CLUSTALX软件进行排序比较,在30个个体中,共检测到33个变异位点,包括12个转换位点、21个颠换位点。运用MEGA5.0软件计算出不同个体间的遗传距离,并据此构建了UPGMA与NJ系统树。用DNASP软件计算出的单倍型个数（H）为15,单倍型多样性（h）为0.899,核苷酸多样性（pi）为0.008,平均核苷酸差异数（k）为7.79。结果表明,南四湖大鳞副泥鳅的mtDNA D-loop个体序列变异程度较大,遗传多样性较为丰富。     

基于线粒体D-loop区与COI基因序列比较分析养殖与野生银鲳群体遗传多样性

运用线粒体D-loop区与COI基因片段序列比较分析了养殖与野生银鲳群体的遗传多样性。研究结果显示,线粒体D-loop区片段中,A、T、C与G4种核苷酸的平均含量分别为40.00%、30.55%、16.75%和12.70%,A+T的含量为70.55%,明显高于G+C的含量。COI基因片段中,A、T、C和G的平均含量分别为25.85%、33.90%、21.30%和18.85%,A+T的含量(59.75%)同样高于G+C的含量。基于D-loop序列分析所得出的两群体总的变异位点、单倍型数、单倍型多样性、核苷酸多样性及平均核苷酸差异数分别为19、15、0.895、0.007和2.505。基于COI基因所得出的两群体总的变异位点、单倍型数、单倍型多样性、核苷酸多样性及平均核苷酸差异数分别为33、17、0.713、0.004和2.239。基于线粒体D-loop区与COI基因片段序列的研究结果均显示,养殖银鲳群体的遗传多样性低于野生群体的遗传多样性。养殖群体基于线粒体D-loop区与COI基因片段分析得出的单倍型多样性分别为0.562与0.571,野生群体基于线粒体D-loop区与COI基因片段分析得出的单倍型多样性分别...     

4个群体鲢mtDNA D-loop的PCR-RFLP分析

采用PCR技术扩增了湖北监利、江西瑞昌、湖南长沙3个长江野生群体和天津宁河1个人工繁殖群体(已繁殖6代)共158尾鲢(Hypophthalmichthys molitrix)mtDNA D-loop区段,并用14种核酸内切限制酶对扩增片段进行酶切。结果显示:所有试验鱼均扩增出约1.6 kb的DNA片段,10种限制酶有酶切位点,共检测出16种单倍型,以单倍型Ⅰ为主,在各群体中所占比例为57.5%~90.0%。鲢4个群体的单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数为0.1885~0.6526和0.001182~0.007570。瑞昌群体与监利群体的Rogers遗传距最小,为0.1250;监利群体与宁河群体的Rogers遗传距最大,为0.2693。χ2检验结果显示4个群体间的遗传差异显著(P<0.01)。在4个群体中,宁河人工繁殖群体的单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数均最高,并且HinfⅠ的C酶切类型为宁河群体所特有,达20.0%。     

大菱鲆引进群体与国内累代繁养群体线粒体D-loop区部分序列的遗传多态性分析

采用PCR扩增和DNA测序技术,测定分析了引自冰岛和法国的大菱鲆两个引进群体以及1个国内累代繁养群体共60尾个体的mtDNAD-loop区部分序列的遗传多样性。结果表明,60尾个体中,扩增获得的mtDNAD-Loop区部分序列长度为739～759bp;共检测到46个变异位点,其中单一变异位点17个,简约信息位点29个;共检测出56个单倍型,各群体的单倍型多样度分别为冰岛1．000、法国0．950、累代繁养0．850。3个群体的核苷酸多态性分别为冰岛0．00797、法国0．01134和累代繁养0．00616。各群体间的遗传分化系数分别为冰岛＂US法国0．53441、冰岛＂OS累代繁养0．27723、法国VS累代繁养0．60725。虽然3个群体的遗传多样性都不高,但是各种群之间存在一定的遗传分化,可以分别作为单独的种群进行种质保存和利用,特别是法国种群与其他两个种群间的遗传距离更远,更具引种价值。     

我国6个鲤群体的mtDNA D-loop序列遗传变异分析

探讨当前中国鲤（Cyprinus carpio）野生群体和育成品种的遗传结构及变异情况，以期丰富鲤种质资源的研究数据，为后期鲤的种质挖掘和遗传育种提供更多参考。收集了鲤的４个野生群体（清水江鲤、太湖鲤、黄河鲤和黑龙江鲤）和２个育成品种（福瑞鲤和松浦鲤）共计185尾个体，进行mtDNA D-loop序列测序分析。全长927~930bp的D-loop序列有36个变异位点。所有个体呈27个单倍型，其中清水江鲤和太湖鲤的单倍型数量较多（分别为18和9个），而福瑞鲤和松浦鲤各存在１个优势单倍型（占有率分别为93％和80％）。Fst值检验发现，松浦鲤与黑龙江鲤间遗传分化不显著（P>0.05），其余群体间均呈极显著遗传分化（P<0.01）。基于群体间K2P遗传距离（0.005 ~ 0.013）的NJ树显示，福瑞鲤和黄河鲤首先聚类，然后依次与清水江鲤和太湖鲤聚类；最后与松浦鲤和黑龙江鲤所在的另一支聚类。分子方差分析显示，群体间遗传变异极显著（P<0.01），占总变异的35.59％。研究表明，鲤的野生群体（清水江鲤和太湖鲤）存在较高的遗传多样性，具有进一步选育利用的潜力；而２个育成品种（福瑞鲤和松浦鲤）在选育过程中积累了较高的遗传纯度。     

基于线粒体DNA D-loop的都柳江鲇形目两种经济鱼类种群遗传多样性研究

以采自贵州都柳江的鲇鱼、斑鳠各39尾个体为样品,采用PCR和DNA测序技术,研究了这两种鱼类线粒体DNA D-loop的结构和种群遗传多样性。获得了鲇鱼、斑鳠D-loop 5′端长度分别为544~545bp、546~547bp的DNA序列,并分别检测到58、15个变异位点。同时,识别了该2种鱼类D-loop终止序列区和中央保守区的核心序列,在中央保守区之后均有一个Poly-T结构。都柳江鲇鱼、斑鳠种群D-loop序列中,分别有51、12个多态位点,并分别定义了11、8种单倍型。都柳江鲇鱼、斑鳠种群单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数和平均核苷酸差异数分别为0.772、0.02301、12.451和0.331、0.00131、0.714。目前,都柳江鲇鱼种群遗传多样性较为丰富,具有良好的种质价值和保护前景;斑鳠种群遗传多样性贫乏,保护和恢复该种群的数量和遗传多样性刻不容缓。     

Daily change of genetic variability in hatchery offspring of red sea bream during spawning season

ABSTRACT:   In order to assess a daily change of genetic variability during spawning season, hatched larvae of red sea bream sampled on different dates were assayed by polymorphic markers such as microsatellite DNA (msDNA) and mitochondria DNA (mtDNA) control region. Based on the microsatellite loci, the average number of alleles per locus ranged between 13.7 and 18.3. The expected heterozygosities ranged between 0.843 and 0.919. A total of 23 mtDNA haplotypes were detected via digestion of mtDNA D-loop sequences with five endonucleases: Taq  I, Alu  I, Mbo  I, Rsa  I and Hinf  I. Significant fluctuation of genetic variability during spawning season was detected by both types of DNA markers. It was suggested that the genetic variability was maintained by pooling the seed fish collected on different spawning dates in a hatchery.     

鲤属鱼类mtDNA控制区（D—环区）序列的变异性分析

采用PCR-测序技术对我国鲤属7个种，亚种和2个品种共62个个体（其中鲤的样品包括采自长江，黄河，松花江三个水系的共4个种群）。进行了mtDNA控制区（D-环区）始自3‘端共459bp碱基的序列测定。发现其D-环区3‘端至中央保守区之间不似其他鱼类和哺乳类是一个单一的高变区，而是在其内部还插有一段长约110bp的保守区，这很可能是鲤属鱼类mtDNAD-环区自身的一个特点。     

3个水域黄鳍鲷线粒体DNA D-loop基因序列多态性研究

利用PCR技术扩增海南海口市、福建厦门市和广东珠海市3个地理群体海捕黄鳍鲷线粒体D-loop基因片段，测定了该基因片段580bp序列。结果发现，3个地理群体内和群体间都存在丰富的DNA序列多态性，共检测到33个多态性核苷酸位点(5．7％)，24个个体具有22种单倍型(haplotype)。UPGMA法构建的分子系统树中，海南群体内所有的单倍型聚成一支，福建与广东的单倍型混杂在一起，聚成一支。从序列差异的分析中得出，海南群体与福建和广东群体的亲缘关系较远；福建群体和广东群体亲缘关系较近。     

长江流域4个野生大眼鳜群体的遗传多样性分析

为探讨长江流域大眼鳜(Sinipercakneri)野生群体的遗传多样性和遗传结构,为长江大眼鳜野生群体资源的有效管理和合理开发利用提供基础科学数据支撑,本研究基于线粒体细胞色素b (cytochrome b, Cyt b)基因及控制区(D-loop)全序列,对4个群体(赤水河群体-CS、南京群体-NJ、岳阳群体-YY、宜昌群体-YC)共计79尾个体进行了分析。结果如下:(1)获得了长1141 bp的Cyt b基因全序列,共检测到26种单倍型。单倍型多样性(haplotype diversity,Hd)指数为0.685 (CS)～0.924 (YC),核苷酸多样性(nucleotide diversity,π)指数为0.176%(CS)～0.285%(YY)。群体内与群体间的遗传距离均在0.002～0.003。(2)获得了长度为834～840bp的D-loop全序列,在79尾个体中共检测到46种单倍型。单倍型多样性指数为0.754 (CS)～0.990 (NJ),核苷酸多样性指数为0.548%(CS)～1.412%(YC)。群体内遗传距离在0.005(CS)～0.014(YC),群体间遗传距离在0.008～0.012,提示4个野生群体均尚未达到亚种分化水平。分子方差分析(AMOVA)显示群体内的变异是总变异的主要来源,长江流域大眼鳜野生群体无显著遗传结构差异。