鸭疫里默氏杆菌巢式PCR检测方法的建立

为建立一种更加准确、敏感的鸭疫里默氏杆菌检测方法,根据鸭疫里默氏杆菌16S rRNA基因序列设计2对巢式PCR引物,在完成最佳反应条件筛选、特异性、敏感性、重复性试验的基础上,建立巢式PCR检测方法.结果表明,建立的巢式PCR对1、2、10、X型鸭疫里默氏杆菌的16S rRNA都能扩增出特异性片段,而对大肠杆菌、多杀性巴氏杆菌、沙门菌、鸭源金黄色葡萄球菌的基因组不能扩增出特异性片段,DNA最小检测量为0.392 fg/μL,是常规PCR的1 000倍.该巢式PCR方法具有快速、敏感、特异、通用的优点,可用于鸭疫里默氏杆菌感染的检测、分子流行病学调查和分离菌株的快速鉴定.     

鸭疫里默氏杆菌套式PCR检测方法的建立和应用

根据GenBank中登录的鸭疫里默氏杆菌ompA基因序列,设计合成了2对引物,外引物的扩增基因片段大小为470bp,内引物的扩增基因片段大小为249bp,建立了适合RA快速检测的套式PCR方法。采用该方法对鸭疫里默氏杆菌进行了检测,能扩增到249bp的条带,而鸭源大肠杆菌、鸭源沙门菌、鸭源巴氏杆菌、鸭源金黄色葡萄球菌的扩增结果均为阴性。该方法第1次扩增的敏感性是10pg,第2次扩增的敏感性是100fg,第2次比第1次扩增的敏感性高100倍。该检测方法表明,所建立的套式PCR方法比常规PCR方法敏感性高,具有重复性好、特异性强和敏感性高等优点,可用于鸭疫里默氏杆菌的临床诊断、病料检测和分子流行病学调查等。     

广东地区鸭疫里默氏杆菌的分离鉴定及双重PCR检测方法的建立

对来自广东地区疑似鸭疫里默氏杆菌病的病鸭组织进行了病原菌的分离培养和生化鉴定,确定得到20株鸭疫里默氏杆菌,动物回归试验结果表明,分离的鸭疫里默氏杆菌具有很强的致病性.对这20株鸭疫里默氏杆菌进行的药敏试验表明,分离株已广泛产生耐药性.参照已经发表的2对引物以细菌全菌体为模板建立双重PCR方法,结果均能扩增出2条目的片段,经测序证实为鸭疫里默氏杆菌,而对鸭源大肠杆菌、鸭源禽多杀性巴氏杆菌、鸭源沙门菌和鸭源葡萄球菌的扩增结果均为阴性.说明建立的双重PCR方法能快速、准确的检测出鸭疫里默氏杆菌,并具有高度特异性,可用于鸭疫里默氏杆菌的快速鉴定和快速诊断.     

鸭疫里默氏杆菌混合感染禽致病性大肠杆菌的分子检测与敏感药物快速筛选的研究

针对禽致病性大肠杆菌的F菌毛、P菌毛和HPI设计了三对引物,又在鸭疫里默氏杆菌外膜蛋白保守区设计了一对特异性引物,建立检测鸭疫里默氏杆菌混合感染禽致病性大肠杆菌的多重PCR方法,并对临床采集的病死鸭病料组织进行检测,结果表明不同样品均可扩增出420bp、700bp、287bp、592bp的特异性目的条带,而对鸭源多杀性巴氏杆菌、鸭源沙门氏菌的扩增结果均为阴性,说明该多重PCR方法具有较好的特异性,可用于快速鉴定鸭疫里默氏杆菌混合感染禽致病性大肠杆菌,也适用于病料的直接检测。利用建立的PCR方法对临床病料进行分子检测,并对检测为阳性的菌株进行药物敏感试验。     

鸭疫里默氏杆菌PCR快速检测方法的建立

在鸭疫里默氏杆菌外膜蛋白保守区设计了一对特异性引物,建立PCR方法,对5株已知血清型的鸭疫里默氏杆菌纯培养菌和6株临床分离未定型的里默氏杆菌菌株以及病死鸭病料组织进行检测,结果表明不同样品都可扩增出592bp的特异目的条带,而对鸭源大肠杆菌、鸭源多杀性巴氏杆菌、鸭源沙门氏菌的扩增结果均为阴性,说明该PCR法具有较好的特异性,可用于快速鉴定鸭疫里默氏杆菌,也适用于病料的直接检测.     

同时检测水禽3种常见病原菌的环介导间接PCR方法的建立

为建立同时检测大肠杆菌、禽源多杀性巴氏杆菌和鸭疫里默氏菌等水禽常见病原菌的环介导间接PCR方法,根据大肠杆菌的gapA基因、禽源多杀性巴氏杆菌的KMT1基因、鸭疫里默氏菌的OmpA基因序列,分别设计引物、标记于猪线粒体基因片段的两端,制备不同细菌的捕获探针;将捕获探针与待检测菌的基因组杂交、补平缺口、环化。采用1对引物反向扩增捕获探针,建立检测水禽3种常见病原菌的环介导间接PCR方法,扩增片段大小分别为328,422和504bp。沙门菌、金黄色葡萄球菌、小鹅瘟病毒的检测结果为阴性。该方法能检测出100pg的细菌基因组DNA,与常规PCR的符合性为100%。该方法可用于水禽3种常见病原菌的同时检测,是一种特异性好、灵敏度高的快速病原学诊断方法。     

同时检测鸭疫里默氏菌和大肠杆菌的环介导间接PCR方法的建立

为建立同时检测鸭疫里默氏菌和大肠杆菌的环介导间接PCR方法,本研究根据鸭疫里默氏菌外膜蛋白A基因和大肠杆菌的gapA基因的保守序列设计两对特异性探针,分别标记于猪线粒体基因片段的两端形成两种不同的捕获探针,将捕获探针与待检测菌的基因组杂交、补平缺口、环化后,采用1对引物反向扩增捕获探针,建立检测鸭疫里默氏菌和大肠杆菌的环介导间接PCR方法,扩增片段分别为540 bp和328 bp,本研究建立的方法对金黄色葡萄球菌、禽多杀性巴氏杆菌、沙门氏菌的检测结果为阴性;能够检测出10 pg的鸭疫里默氏菌和大肠杆菌的基因组DNA,与常规PCR的符合率为100%。本研究建立的环介导间接PCR方法是一种特异性好、灵敏度高的快速病原学诊断方法,为同时检测鸭疫里默氏菌和大肠杆菌提供了一种可行的方法。     

鸭疫里氏杆菌PCR快速检测方法的建立

本试验根据GenBank中的鸭疫里氏杆菌主要外膜蛋白A基因序列,在其保守区设计了1对引物,建立了检测鸭疫里氏杆菌的PCR方法,对鸭疫里氏杆菌进行检测,结果能扩增出预期片段,而金黄色葡萄球菌、链球菌、多杀性巴氏杆菌、沙门氏菌、大肠杆菌的扩增结果均为阴性。说明该PCR法具有较好的特异性,可用于鸭疫里氏杆菌感染的检测、分子流行病学调查和分离菌株的快速鉴定。     

三种鸡源致病性细菌多重PCR检测方法的建立

为建立快速同步鉴别鸡源巴氏杆菌、大肠杆菌和沙门菌的多重PCR检测方法,参考GenBank中大肠杆菌Pho A基因序列、沙门菌inv A基因序列和巴氏杆菌kmt 1基因序列,设计了3对特异性引物。通过优化引物浓度及退火温度建立多重PCR方法,并进行特异性、敏感性和重复性试验。结果显示,该方法对金黄色葡萄球菌、奇异变形杆菌、鸡支原体及禽白血病等核酸扩增为阴性;对大肠杆菌、沙门菌和巴氏杆菌3种核酸最低检测量分别为12.5 pg/mL、15.0 pg/mL、50.0 pg/mL;多次重复性试验结果一致。结果表明,建立的多重PCR方法特异性强、敏感性高、重复性好,为鉴别诊断这3种致病细菌提供了快速、便捷的检测方法。     

鸭疫里默氏菌病和大肠杆菌病多重PCR诊断方法的建立

参考GenBank中鸭疫里默氏菌和大肠杆菌的外膜蛋白A(OmpA)基因序列,应用PrimerPremier5.0软件在二者高度保守区设计了2对引物,建立了适合鸭疫里默氏菌和大肠杆菌的快速检测的多重PCR检测方法。以该方法对已分离并保存的鸭疫里默氏菌和大肠杆菌进行PCR扩增,分别扩增出与试验设计相符的670、408bp的特异性DNA片段。将扩增所得的DNA片段进行克隆测序,测序结果表明分别为鸭疫里默氏菌和大肠杆菌OmpA基因序列。该方法对鸭疫里默氏菌和大肠杆菌的检测下限分别为4×104CFU/mL和3×104CFU/mL。表明所建立的PCR方法具有特异、快速和敏感的特点,可用于诊断鸭疫里默氏菌、大肠杆菌以及两者的混合感染。     

鸭疫里默氏杆菌血凝素基因的克隆、表达及其蛋白的定位分析

为研究鸭疫里默氏杆菌(R.anatipestifer)血凝素蛋白的功能,本实验克隆表达了鸭疫里默氏杆菌血凝素基因,并对其蛋白定位进行了分析。根据鸭疫里默氏杆菌CH3株血凝素基因序列设计一对特异性引物,采用PCR扩增不同血清型鸭疫里默氏杆菌的血凝素基因,进行序列测定与分析。结果表明其血凝素基因全长1 059 bp,编码352个氨基酸。不同血清型鸭疫里默氏杆菌血凝素间的氨基酸同源性为94.1%～100%,与黄杆菌3519-10株血凝素的氨基酸同源性为68.0%～68.9%。采用表达的血凝素蛋白免疫鼠血清和鸭抗鸭疫里默氏杆菌阳性血清对血凝素在细菌中的定位分析表明,鸭疫里默氏杆菌血凝素可能不是一种膜蛋白,而是存在于胞浆中的一种蛋白。     

16S rRNA基因及外膜蛋白基因分析在鸭疫里默氏菌鉴定中的应用

本实验对鸭疫里默氏菌（包括6个血清型）、大肠杆菌、鼠伤寒沙门氏菌和多杀性巴氏杆菌进行了16S rRNA基因片段的扩增和测序，并将测序结果进行了同源性比较和酶切分析；同时根据标准血清2型鸭疫里默氏菌外膜蛋白的基因序列设计一对引物进行扩增。根据16S rRNA的测序结果及EcoRⅠ和HaeⅢ酶切片段分析，可将鸭疫里默氏菌与其它临床症状易混淆的细菌感染相区别，而外膜蛋白基因序列的特异性也为鸭疫里默氏菌的鉴别诊断提供了一种快速、准确的PCR鉴定方法。     

兔源A型多杀性巴氏杆菌双重PCR检测方法的建立

为建立一种特异性强且敏感性高的兔源A型多杀性巴氏杆菌快速检测方法，本研究以兔源A型多杀性巴氏杆菌kmt1和hyaD基因为目的基因，设计2对特异性引物进行双重PCR扩增，经反应条件优化，建立检测兔源A型多杀性巴氏杆菌的双重PCR方法。该方法的最佳退火温度为57.8℃，最佳混合引物浓度为0.8μmol/L。该方法特异性强，对兔源A型多杀性巴氏杆菌为kmt1和hyaD基因双阳性，对兔源D型和F型多杀性巴氏杆菌为kmt1基因单阳性，对兔源其它细菌性病原和阴性对照则均为阴性。该方法敏感性高，对兔源A型多杀性巴氏杆菌kmt1和hyaD基因的最低检出限分别为1×10³拷贝/μL和1×10⁴拷贝/μL。该方法重复性好，且与已报道的多重PCR方法的符合率高达96.12%。本研究建立的双重PCR方法对兔源A型多杀性巴氏杆菌具有良好的特异性和敏感性，且重复性好、准确性高，为该病原的快速检测提供了有力的技术支持。     

鸭疫里默杆菌LAMP-LFD快速检测方法的建立与初步应用

根据鸭疫里默杆菌(Riemerella anatipestfer,RA)ompA基因设计4条环介导等温扩增(LAMP)特异性引物和1条带有异硫氰酸荧光素(fluorescein isothiocyanate, FITC)标记的DNA探针，利用横向流动试纸条(LFD)检测扩增产物。通过对反应条件包括温度、时间、内、外引物浓度比、Bst DNA 2.0聚合酶浓度、dNTPs浓度及Mg²⁺浓度等优化后，建立了RA的LAMP-LFD检测方法。结果显示：在64℃下运用LAMP扩增核酸到结果判读只需33 min; LAMP-LFD可特异性检测鸭疫里默杆菌，巴氏杆菌核酸、大肠杆菌核酸、沙门菌核酸、葡萄球菌核酸、鸭瘟病毒均未检测出；LAMP-LFD对pMD19-T-ompA最低检测浓度为1.83×10⁰ copies/μL,其敏感度是PCR的1 000倍。利用PCR和LAMP-LFD检测22份疑似RA临床样本，两者检出符合率为100%。研究建立的LAMP-LFD检测方法能快速、特异地检测RA,可作为早期诊断和检测RA的有效手段。     

兔多杀性巴氏杆菌16S rRNA PCR检测方法的建立和应用

以兔多杀性巴氏杆菌的高度保守的16S rRNA为靶基因,参考已公布的多杀性巴氏杆菌的16SrRNA基因设计1对特异性引物,优化PCR反应条件,建立了兔多杀性巴氏杆菌PCR快速检测方法。该PCR方法的敏感性达到60cfu/mL,使用建立的PCR方法扩增兔多杀性巴氏杆菌标准株和分离株均能扩增出643bp的目的片段,扩增兔大肠杆菌、支气管败血波氏杆菌结果为阴性,证明本试验所建立的兔多杀性巴氏杆菌病原PCR检测方法敏感、特异、可靠。     

应用PCR快速检测鸭疫里默氏杆菌的研究

根据鸭疫里默氏杆菌（RA）16SrDNA基因序列设计引物,对1株RA阳性株、9株临床分离鉴定的RA、3株大肠杆菌、1株多杀性巴氏杆菌和1株沙门氏菌进行PCR扩增,结果所有RA均出现643bp特异性扩增条带,其余非RA则均未扩增出特异性条带,表明该对引物及建立的PCR具有很强的特异性。优化的PCR反应体系能检出RA的最低DNA量为20pg。菌落直接PCR是增强RA快速检测鉴定的手段。应用PCR对病料组织直接进行RA检测,脑组织为首选检测对象,具有良好的实际应用意义。     

鸭疫里默氏杆菌PCR检测方法的建立

本研究根据鸭疫里默氏杆菌16S rRNA基因的保守序列设计一对特异性引物,建立了鸭疫里默氏杆菌的PCR检测方法。结果表明,此方法具有敏感性高、特异性好等优点,从而为鸭疫里默氏杆菌的诊断提供了有效的工具。     

禽多杀性巴氏杆菌ptfa基因PCR检测方法的初步建立

为建立一种禽多杀性巴氏杆菌的PCR检测方法,本研究根据GenBank中已发表的禽多杀性巴氏杆菌ptfa基因序列,设计与合成了一对特异性引物,建立了一种基于禽多杀性巴氏杆菌ptfa基因的PCR检测方法,并优化了反应条件,检测了该方法的特异性和敏感性。结果显示,该方法可成功扩增出禽多杀性巴氏杆菌ptfa基因片段,而鸡致病性大肠杆菌、鸡金黄色葡萄球菌和鸡白痢沙门菌均未扩增出相应片段。敏感性试验表明该方法可检测最低浓度为1pg/μL的禽多杀性巴氏杆菌基因组DNA。     

鸭疫里默氏菌病和大肠杆菌病鉴别诊断双重PCR方法的建立和应用

本研究从鸭疫里默氏菌提取基因组DNA,采用细菌16S rRNA基因的通用引物,用PCR方法成功扩增出鸭疫里默氏菌的部分16S rRNA基因,克隆及测序结果表明其全长1512bp,G＋C含量为51％,该序列已登人GenBank,登录号为DQ078779。同时利用生物软件对GenBank收录的鸭疫里默氏菌和大肠杆菌的16S rRNA基因序列进行分析后,设计了鸭疫里默氏菌和大肠杆菌的种特异性引物,分别能从各自的16S rRNA基因中扩增出长度为342和718bp的DNA片段。并据此建立了一种能快速准确鉴别诊断鸭疫里默氏菌和大肠杆菌病的双重PCR方法,该方法能从肝脏组织悬液煮沸后的上清、细菌培养物或提取的细菌基因组DNA中快速扩增出相应的片段,进行鉴别诊断。     

兔巴氏杆菌和波氏杆菌多重PCR检测方法的建立

参考GenBank中兔巴氏杆菌16SrRNA和波氏杆菌的fim2的基因序列,应用Premier 5.0软件在二者高度保守区设计了2对引物,建立了适合巴氏杆菌和波氏杆菌快速检测的多重PCR检测方法。以该方法对巴氏杆菌和波氏杆菌参考菌株进行PCR扩增,分别能从各自的基因组中扩增出与试验设计相符的644bp和425bp的特异性DNA片段。将扩增所得的DNA片段进行克隆测序,测序结果表明分别为巴氏杆菌16SrRNA和波氏杆菌fim2基因序列。该方法对波氏杆菌的检测下限为4×102 CFU,对巴氏杆菌的检测下限为6×101 CFU。对兔源性沙门菌、葡萄球菌、大肠杆菌、魏氏梭菌扩增结果为阴性。表明所建立的RT-PCR检测技术具有特异、快速和敏感的特点,可用于鉴别诊断兔巴氏杆菌和波氏杆菌以及2者混合感染。