猪流行性腹泻病毒变异毒株与传统毒株RT-PCR鉴别诊断方法的建立

为建立猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)变异毒株和传统毒株RT-PCR鉴别诊断方法,本研究根据GenBank中PEDV变异毒株(JN381492.1)和传统毒株(JN599150.1)S基因序列,设计两对特异性引物,进行反应条件优化。结果显示:建立的RT-PCR鉴别诊断方法能够特异性区分PEDV变异毒株和传统毒株,能扩增出变异毒株442 bp的目的片段,而传统毒株是270 bp的目的片段,并且与猪传染性胃肠炎病毒、猪伪狂犬病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪细小病毒、猪呼肠孤病毒、猪瘟病毒、猪脑心肌炎病毒、轮状病毒均无交叉反应;敏感性结果表明该方法能检测出变异毒株和传统毒株的底限均为4×104 copies;利用该方法对42份临床腹泻样品进行检测,PEDV阳性率为69%(29/42),变异毒株占总PEDV毒株的93.1%(27/29),传统毒株占总PEDV毒株的6.9%(2/29)。该RT-PCR方法为PEDV的病原鉴别诊断和流行病学调查提供了技术手段。     

PEDV疫苗株与野毒株RT-PCR鉴别诊断方法的建立及临床应用

根据猪流行性腹泻病毒(PEDV)疫苗株和野毒株在ORF3基因上的差异,我们设计了一对引物用于建立PEDV疫苗株和野毒株的RT-PCR鉴别诊断方法,其中疫苗株PCR扩增产物长度为213 bp,野毒株为262 bp。特异性试验结果表明,该引物对猪传染性胃肠炎病毒、猪轮状病毒、猪瘟病毒、猪伪狂犬病病毒和猪繁殖与呼吸综合征病毒的扩增均为阴性。2014年3月至2015年4月期间利用该方法对河南省51家猪场的581份腹泻样本进行检测,结果发现,PEDV总阳性率为54.9%(391/581),其中野毒株阳性率84.9%(332/391),疫苗株阳性率为15.1%(59/391),说明当前腹泻样本中的PEDV检出率依然较高,且在这些PEDV阳性病料中以野毒感染为主。     

猪流行性腹泻病毒野毒株及弱毒疫苗株RT-PCR鉴别检测方法的建立及应用

为建立猪流行性腹泻病毒(PEDV)野毒株及弱毒疫苗株快速鉴别检测方法,根据Gen Bank中公布的PEDV野毒株及弱毒疫苗株的ORF3基因序列,在缺失区的两端设计合成1对特异性扩增引物,用以特异性的扩增PEDV ORF3基因片段,根据目的片段大小判断PEDV的毒株类型;通过退火温度等反应条件优化,建立了区分PEDV野毒株和弱毒疫苗株的RT-PCR鉴别检测方法。结果显示:所建立的RT-PCR鉴别检测方法能特异性区分PEDV野毒株和弱毒疫苗株;PEDV野毒株扩增出234 bp目的片段,PEDV弱毒疫苗株扩增出185 bp目的片段;与猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)、A群猪轮状病毒(PRo VA)、猪嵴病毒(PKV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、伪狂犬病毒(PRV)、猪瘟病毒(CSFV)、猪圆环病毒2型(PCV2)、猪乙型脑炎病毒(JEV)及猪细小病毒(PPV)均无交叉反应;敏感性试验显示,该方法能检测到病毒滴度为1.3×10~3TCID_(50)/mL。利用该方法对采集自广西部分地区93份临床腹泻样品进行检测,临床腹泻样品中PEDV野毒株阳性率为61.29%(57/93),弱毒株阳性率为5.38%(5/93)。结果表明:该RT-PCR鉴别检测方法特异性强、灵敏度高、操作简便,能快速、准确地区分PEDV自然感染野毒株和弱毒疫苗毒株,为猪流行性腹泻的快速诊断及病原分子鉴别检测研究提供了可供借鉴的技术手段。     

猪流行性腹泻病毒经典株与变异株高分辨率熔解曲线方法的建立

为了建立鉴别检测猪流行性腹泻病毒(PEDV)经典株与变异株的高分辨率溶解曲线方法,基于PEDV经典株与变异株在S基因上序列的差异设计1对PCR引物用于RT-PCR扩增,扩增产物通过高分辨率熔解曲线(HRM)分析,建立鉴别PEDV经典株与变异株的PCR-HRM分析方法。通过此方法检测了10份临床样品,PCR-HRM结果表明,4份为PEDV经典毒株,6份为PEDV变异毒株。该方法特异性好,灵敏度高,PCR后无需开盖分析,避免了污染问题,是一种新型的鉴别检测方法。     

PEDV、TGEV、RV多重RT-PCR检测方法的建立与应用

为了快速准确诊断猪流行性腹泻病毒 (PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒 (TGEV)、猪轮状病毒(RV)引起的猪腹泻病,通过设计三对引物,建立了扩增PEDV、TGEV、RV的多重RT-PCR方法,用于临床上大量腹泻病料的鉴定。该方法特异敏感,能同时检测PEDV、TGEV、RV,而对猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪伪狂犬病毒、猪圆环病毒2型病毒、乙型脑炎病毒、猪细小病毒等无扩增,检测的抗原稀释极限为107。用于35个猪场120份临床样品的检测,PEDV阳性率占37.5%,TGEV阳性率占0.75%,RV阳性率占1.25%。PEDV阳性病料测序结果分析表明,与近几年分离毒株亲缘关系较近,与经典毒株和疫苗株亲缘关系较远。结果表明建立的多重PCR方法特异性强、敏感度高,能用于临床诊断及流行病学调查。     

基于PEDV ORF3基因的强弱毒株鉴别方法的建立及初步应用

为了建立一种快速鉴别PEDV强毒株和弱毒株的RT-PCR方法,针对PEDV ORF3基因设计一对引物,优化其反应体系和退火温度,并测试其特异性和敏感性。结果显示,在退火温度55.2℃,上、下游引物各0.5μL时PCR扩增效果最理想。特异性试验结果显示本方法对9种常见猪病病原的核酸模板均不产生扩增条带;敏感性试验显示该方法的检测下限为T-ORF3_IS 272拷贝/μL和T-ORF3_VC 14.4拷贝/μL。将本试验建立的RT-PCR法与已建立的双重RT-PCR方法进行比较,结果显示两种方法符合率为99.2%,且本法的实际检出率更高。对120份临床样本检测结果显示,PEDV强弱毒株的阳性率分别为87.18%和84.21%,其中9份样本中同时检出2种PEDV毒株,但并未对检测方法的准确性造成影响。建立了一种基于ORF3基因的RT-PCR检测法,该方法特异性强、灵敏度高,可准确区分PEDV野毒株和弱毒株。     

鸡痘病毒PCR检测方法的建立及临床应用

根据已发表的鸡痘病毒(fowlpox virus,FPV)4 b核心蛋白基因的核苷酸序列设计合成了(P3,P5)1对引物,通过对影响PCR扩增条件的优化,在不同的退火温度下,直接以病毒液为模板扩增出预期的1 107 bp的片段。特异性检测表明,两对引物对FPV102株、FPV282E4(北京)、大华农鸡痘疫苗毒株、重组鸡痘疫苗病毒及临床病料均能扩增出相应的特异性片段,而用鸡马立克氏病毒、传染性支气管炎病毒,鸽痘病毒及鸡胚成纤维细胞制备的模板进行PCR扩增均为阴性。敏感性检测表明,引物能检测0.195 ng/μL的模板量。用此方法检测50份临床样品,其中的阳性率为92%,用琼脂扩散试验方法检测的阳性率为70%。以上结果表明,该方法可以用于FPV临床样品的检测。     

猪传染性胃肠炎病毒、猪流行性腹泻病毒和猪博卡病毒多重PCR检测方法的建立

根据GenBank登录的猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)S基因序列、猪流行性腹泻病毒(PEDV)M基因和猪博卡病毒(PBoV)NP1基因序列,设计合成3对引物。通过优化反应条件,对TGEV、PEDV RNA反转录获得的cDNA模板和PBoV的DNA模板进行多重PCR扩增,同时得到3条与试验设计相符的1 060bp(TGEV)、462bp(PEDV)及258bp(PBoV)特异性条带,建立了同时检测TGEV、PEDV和PBoV的多重PCR方法。结果表明,在同一PCR反应体系中,可以同时检测这3种病毒核酸片段,而对其他病毒的检测均为阴性;敏感性分析表明,该方法的最低检测限分别为35、20、10pg的核酸。采用该方法对60份临床样品进行检测,TEGV阳性率为1.6%,PEDV阳性率为6.7%,PBoV阳性率为21.7%,表明建立的方法可以应用于临床检测。     

河北省邢台市及周边地区猪流行性腹泻病毒流行情况调查及S1基因序列分析

为初步调查河北省邢台市及周边地区猪流行性腹泻(PED)分子流行病学情况，试验于2022年1月—12月从河北省邢台市及周边县(市、区)采集疑似感染PED猪肠道病料或新鲜粪便共206份，采用荧光定量PCR技术检测样品猪流行性腹泻病毒(PEDV)阳性率；同时采用RT-PCR法扩增部分PEDV阳性病料S1基因序列，根据S1基因序列特征分析毒株基因型和变异情况。结果显示：共47份样品为PEDV核酸阳性，平均阳性率为22.82%,其中腹泻仔猪、育肥猪和母猪样品PEDV检出率分别为27.05%、15.15%和20.83%;采用RT-PCR法共扩增6份PEDV阳性样品S1基因部分序列，进一步序列分析发现5个毒株属于PEDV变异株，1个毒株属于PEDV经典株。研究结果表明，河北省邢台市及周边地区PED流行情况较严重，且同时流行PEDV经典株和变异株，但PEDV变异株为优势基因型。     

鉴别猪流行性腹泻病毒野毒株与疫苗株双重RT-PCR检测方法的建立

为建立鉴别猪流行性腹泻病毒野毒株与疫苗株的检测方法,本研究根据GenBank中登录的猪流行性腹泻病毒(PEDV)M、ORF3基因序列,设计合成了2对特异性引物,通过PCR扩增条件的优化,建立了鉴别PEDV野毒株和疫苗株的双重RT-PCR检测方法。特异性试验显示,该检测方法对猪圆环病毒2型、猪伪狂犬病毒、猪细小病毒、Salmonella及E.coli等结果均为阴性;敏感性试验显示,所建立的双重PCR检测方法对M基因和ORF3基因的最低有效检测量分别为44.5拷贝/μL和481拷贝/μL。本研究建立的双重RT-PCR检测方法可实现对PEDV野毒和疫苗毒的快速检测,适合于现地猪流行性腹泻的鉴别诊断。     

猪流行性腹泻病毒野毒株/疫苗株RT-PCR鉴别诊断方法的建立

开放阅读框3(Open reading frame 3,ORF3)是猪流行性腹泻病毒(PEDV)基因组中的惟一辅助基因。前期研究表明,PEDV疫苗株的ORF3在245²93位缺失49个核苷酸。在ORF3缺失区域两端设计合成引物建立反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)可以对PEDV野毒株和疫苗株进行鉴别诊断,野毒株扩增产物为319 bp,疫苗株扩增产物为270 bp。用该鉴别诊断方法对猪传染性胃肠炎病毒、猪轮状病毒、猪瘟病毒、猪伪狂犬病病毒和猪繁殖和呼吸综合征病毒的cDNA进行扩增均无特异性条带,说明该方法特异性强。现地病料的检测结果表明,该鉴别诊断方法能够区分PEDV野毒和疫苗株,而且可以排除其他病毒的影响,有助于减少免疫猪被淘汰的可能,降低经济损失。     

猪流行性腹泻病毒RT-PCR检测方法的建立及初步应用

为了建立检测猪流行性腹泻病毒(PEDV)的RT-PCR检测方法,根据GenBank中登录的PEDV M基因序列,设计并合成1对特异性检测引物,PCR产物为457 bp。结果显示:特异性试验,猪瘟病毒(CSFV)、大肠杆菌、伪狂犬病毒(PRV)、猪圆环病毒2型(PCV-2)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)均为阴性,具有好特异性;敏感性试验,最低可检测到2.3×10-3μg/μL的PEDV DNA;126份临床上疑似为PEDV感染的病料,RT-PCR检测结果与商品试剂盒符合率为100%。表明本试验建立的PEDV RT-PCR检测方法可用于临床上PEDV感染引起的传染病病原学检测。     

猪流行性腹泻病毒和猪传染性胃肠炎病毒双重荧光定量PCR检测方法的建立与应用

为实现对猪流行性腹泻病毒(PEDV)和猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)的快速鉴别诊断,根据PEDV的N基因和TGEV的S基因序列设计引物,并以猪β-肌动蛋白(ACTB)作为内参对照,建立了PEDV和TGEV的TaqMan探针双重荧光定量PCR检测方法。结果显示：该方法对PEDV、TGEV和ACTB的检测灵敏度分别为1、10和10 copies/μL;PEDV和TGEV敏感度为10^0.02 TCID₅₀和10^0.05 TCID₅₀,高于常规RT-PCR,批内和批间变异系数均小于1%。与猪德尔塔冠状病毒、猪急性腹泻综合征冠状病毒、猪轮状病毒、乙型脑炎病毒、塞内卡谷病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、脑心肌炎病毒、猪瘟病毒、伪狂犬病毒和猪圆环病毒2型均无交叉反应。采集124份临床病料样品进行检测,PEDV阳性率为42.74%,TGEV阳性率为8.87%,检测结果与该病毒单一荧光RT-PCR方法的检测结果均一致,证明该方法具有较高特异性和敏感性,可用于PEDV和TGEV临床病料检测。     

猪瘟病毒和不同型猪繁殖与呼吸综合征病毒的多重RT-PCR检测方法的建立

为建立能同时检测猪瘟病毒(CSFV)和猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的方法,针对CSFV和PRRSV的基因序列设计3对特异性引物,第1对引物扩增CSFV毒株NS2基因508bp片段,第2对引物扩增PRRSV美洲型经典毒株和变异毒株Nsp2基因338bp/248bp片段,第3对引物扩增PRRSV欧洲型毒株ORF5基因614bp片段。经过反应条件的优化,建立了能同时检测并区分CSFV毒株和PRRSV美洲型经典毒株、变异毒株及欧洲型毒株的多重RT-PCR方法。该方法可以特异扩增CSFV和PRRSV,而与猪口蹄疫病毒(FMDV)、猪伪狂犬病病毒(PRV)、猪细小病毒(PPV)、猪圆环病毒2型(PCV-2)均无交叉反应;对CSFV和PRRSV 4种重组质粒标准品的检出下限均为1.67×103拷贝/μL。对采集的106份临床疑似病料进行检测,结果CSFV和PRRSV变异株混合阳性4份,占3.77%(4/106);CSFV阳性7份,占6.60%(7/106);PRRSV变异株阳性17份,占16.04%(17/106)。结果表明,建立的多重RT-PCR检测方法可以用于CSFV和PRRSV的临床快速鉴别诊断和流行病学调查。     

鉴别猪伪狂犬病病毒野毒与疫苗毒双重PCR检测方法的建立

依据基因库中的猪伪狂犬病病毒(PRV)基因序列,分别设计了g E和g H两对引物,以PRV闽A株、Bartha(g E-)株和Norden(Tk-)株为模板,筛选最佳反应条件,建立了检测猪伪狂犬病病毒野毒株与疫苗毒株的鉴别PCR方法。该方法能从PRV闽A株、Norden(Tk-)株中扩增出一条355 bp的条带,但Bartha(g E-)株没有扩增出该目的条带。对正常细胞、猪细小病毒(PPV)、猪圆环病毒(PCV)进行检测,结果均为阴性,没有出现交叉反应。在对单项PCR反应条件(引物浓度、Mg~(2+)浓度、退火温度等)优化的基础上,建立了鉴别猪伪狂犬病病毒野毒与疫苗毒的双重PCR检测方法,并分别用双重PCR和单项PCR检测15份临床病料,两者符合率为97.5%,表明该双重PCR检测方法有较高的敏感度,可以用于临床病料的检测。     

猪流行性腹泻病毒RT-PCR方法的建立

为了进行猪流行性腹泻病毒的快速诊断,本研究根据GenBank中登录PEDV E基因设计一对引物,建立了RT-PCR方法,敏感性结果显示,可以检测到8.50×104个拷贝。特异性试验采用该方法对猪伪狂犬病病毒,猪圆环病毒2型,猪瘟病毒,猪繁殖与呼吸综合征病毒,猪轮状病毒等进行,结果表明只有PEDV能扩增出目的条带;利用本方法对现有PEDV阳性病料进行了检测,结果野毒株9份,占64.2%(9/14)。本方法的建立,为PEDV疫情诊断及防控提供了新的技术支撑。     

猪腹泻相关病毒多重RT-PCR检测方法的建立

为建立同时检测猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)和猪轮状病毒(PRV)的多重RT-PCR检测方法,本研究根据GenBank中登录的PEDV S基因、TGEV S基因和PRV VP6基因序列设计合成引物,利用这3对引物对同一样品中的PEDV、TGEV、PRV进行多重RT-PCR扩增,结果显示,该方法可以同时扩增PEDV(682 bp)、TGEV(480 bp)和PRV(297 bp)的特异性DNA片段,而对猪瘟病毒和猪伪狂犬病毒的PCR扩增结果均为阴性;敏感性试验结果表明,该多重RT-PCR方法对PEDV、TGEV和PRV的最低检出量分别为3.3×103拷贝/μL、3.2×103拷贝/μL和2.8×103拷贝/μL。利用建立的多重RT-PCR检测方法和单项RT-PCR对20份临床病料进行检测,结果显示,两者的总符合率为100%。结果表明建立的多重RT-PCR检测方法具有特异、快速、准确的特点,可以用于这3种病毒的同时检测和疾病的鉴别诊断。     

PEDV经典毒株与变异毒株套式RT-PCR鉴别检测方法的建立及应用

我国当前猪流行性腹泻病毒(PEDV)流行毒株与经典毒株相比,在S基因上存在多处变异,其中在58aa处有4个氨基酸QGVN的插入。为快速鉴别经典毒株与变异毒株,本试验根据Gen Bank中当前流行毒株S基因序列设计合成2对特异性扩增引物,在优化RT-PCR反应条件的基础上,建立一套区分PEDV变异毒株与经典毒株的套式RT-PCR检测方法,并完成特异性、敏感性试验及对临床送检样品检测试验。结果表明:该套式PCR检测方法可以分别鉴定PEDV经典毒株和变异毒株,PEDV经典毒株仅在PCR外套产物有749 bp的条带,内套产物没有条带;而PEDV变异毒株在PCR外套产物中有760 bp的条带,而在内套产物中出现510 bp的条带。该检测方法特异性强、灵敏度高、操作简单,为猪流行性腹泻的快速诊断提供了一种较为方便的技术手段。     

四川部分地区猪流行性腹泻的分子流行病学调查

本研究对四川猪流行性腹泻病毒(PEDV)开展了分子流行病学调查。参照毒株CV777的M基因序列,设计1对特异性引物(预期扩增大小为392bp),建立了快速检测PEDV的RT-PCR技术,对四川9个地区规模化猪场的75份仔猪腹泻病料进行检测与分析。再根据S基因的变异区域设计1对引物(扩增大小为947bp),选择扩增了四川9个地区的代表样品的S基因序列,并进行了进化与变异分析。结果显示,建立了检测PEDV的M基因的RT-PCR技术,并确定了最佳反应条件和反应体系,用该方法检测了四川75份腹泻病料,检出64份PEDV阳性,PEDV阳性检出率为86.67%,结果显示PEDV在四川地区发病季节除冬春季外,近年夏季也呈高发趋势。四川9株PEDV的S基因的核苷酸同源性为95.9%~100%,氨基酸同源性为95.1%~100%,四川毒株与14个国内外参考毒株的核苷酸同源性和氨基酸同源性分别为84.6%~99.5%和84.2%~99.5%;四川流行毒株的S基因(S蛋白)存在碱基(氨基酸)缺失和插入现象。结果表明,本研究从分子流行病学角度证实了四川部分地区PEDV的流行与变异情况,为指导该地区PEDV科学防控提供了依据。     

基于DPO引物检测猪流行性腹泻病毒荧光定量RT-PCR方法的建立及初步应用

为建立快速、准确检测猪流行性腹泻病毒(PEDV)的方法,本研究以PEDV的N基因为靶基因,基于双启动寡核苷酸引物(DPO),经过条件优化,建立了检测PEDV的荧光定量RT-PCR方法。结果显示,DPO引物的有效退火温度范围较宽(45℃~65℃);在测试的10种病毒中仅PEDV为阳性扩增结果,其余病毒为阴性结果,特异性较强;对PEDV质粒标准品的检测限可达1.64×10^1拷贝/μL,敏感性较高;组内、组间重复性结果的变异系数均小于1%,重复性较好。利用该方法对采集的272份临床仔猪腹泻样品(粪便、小肠组织)进行检测,结果显示,共检出PEDV阳性样品39份,阳性率为14.34%,与常规RT-PCR方法检测结果的阳性符合率为92.31%;本研究建立方法检测的阳性样品经PEDV N基因测序鉴定,确实均为PEDV阳性样品。本研究建立的基于DPO引物检测PEDV的荧光定量RT-PCR方法为PEDV的准确检测和流行病学调查提供技术支持。