中国小型鹅种的遗传多样性分析

采用微卫星标记技术对我国13个小型家鹅群体(莲花白鹅、永康灰鹅、太湖鹅、闽北白鹅、长乐鹅、乌棕鹅、阳江鹅、酃县白鹅、右江鹅、籽鹅、百子鹅、豁眼鹅、伊犁鹅)的遗传多样性进行了分析.结果表明:13个品种的平均杂合度都较高,平均杂合度最高的为太湖鹅,最低的为豁眼鹅,杂合度范围为0.5041～0.7145,13个鹅种资源群体平的均杂合度为0.6132,反映了各鹅种的杂合度都较高,遗传多样性丰富;通过计算DA遗传距离发现各群体的遗传距离较远,分化时间较长;NJ聚类结果将13个中型鹅种聚为三大类,NJ的聚类结果分析与几个鹅品种的地域分布和经济用途的关系并不密切.     

5个白鹅群体的遗传结构和进化分析

应用微卫星标记对我国5个白鹅品种资源群体(太湖鹅、四川白鹅、织金白鹅、伊犁鹅、皖西白鹅)的遗传结构和进化进行了研究。结果表明:(1)5个白鹅群体的平均杂合度都较高,反映了各鹅种群体内的遗传变异较大,各鹅种的适应性较强;(2)通过计算DS遗传距离和UPG-MA聚类,发现5个白鹅群体间的遗传距离较远,分化时间较长,5个白鹅群体分别独自为一类,聚类结果反映了5个鹅品种的进化与它们的选育历史及地理分布关系密切。应加强对我国现有鹅种资源的保护力度和开发力度。     

我国地方鹅品种资源遗传多样性保护等级分析

研究旨在分析我国地方鹅品种资源遗传多样性保护等级,为更好地制定我国地方鹅品种资源保护方案提供理论依据。采用25个微卫星标记计算我国14个地方鹅品种(太湖鹅TH、永康灰鹅YK、百子鹅BZ、酃县白鹅LX、闽北白鹅MB、长乐鹅CL、兴国灰鹅XG、豁眼鹅HY、雁鹅YE、浙东白鹅ZD、广丰白翎鹅GF、丰城灰鹅FC、莲花白鹅LH、皖西白鹅WX)间DA遗传距离、基因流(Nm)、有效等位基因数(Ne)、杂合度(Ho)和多态信息含量(PIC),并采用Weitzman和Caballero两种遗传多样性保护理论,分析了各品种在遗传多样性最大化保护中的相对重要性。25个微卫星座位平均有效等位基因数为8.12,平均多态信息含量为0.581。14个地方鹅种的平均观察杂合度为0.6808,雁鹅观察杂合度最低(0.5662),百子鹅观察杂合度最高(0.7748);丰城灰鹅与浙东白鹅之间的遗传距离最小(0.2188),太湖鹅与永康灰鹅之间的遗传距离最大(0.7388)。Weitzman保护理论分析结果表明永康灰鹅、酃县白鹅、太湖鹅、百子鹅和雁鹅的品种贡献率较高(10.0%),Caballero保护理论分析认为太湖鹅、永康灰鹅、百子鹅、酃县白鹅和闽北白鹅具有较高的贡献率(0.5%),与Weitzman保护理论确定的等级顺序存在一定差异,主要原因是Weitzman保护理论没有考虑到品种内遗传多样性。我国地方鹅品种资源不仅具有丰富的品种间遗传多样性,品种内遗传多样性也较为丰富,在分析保护等级时,应两者兼顾。     

广东省四个家鹅群体的遗传变异研究

通过筛选31个多态性较好的微卫星标记检测了广东省狮头鹅、乌棕鹅、阳江鹅、马岗鹅4个家鹅的遗传变异。利用等位基因频率计算了各群体的遗传参数、群体间的Nei氏标准遗传距离DS和DA遗传距离,并采用邻近法(NJ)和类平均法(UMPGA)进行聚类。结果表明广东省4个家鹅群体的平均杂合度为0.652,遗传一致性较好,各品种间的遗传距离远近顺序在两种遗传距离DS和DA的结果中是完全一致的,以DA为基础得到的UPGMA和NJ的聚类结果都表明这4种鹅聚为两类,狮头鹅和乌棕鹅聚为一类,阳江鹅和马岗鹅聚为一类。同时表明以DA为基础得到的结果NJ的聚类结果更加准确。表明在应用微卫星标记分析品种的遗传多样性时,使用更多的微卫星位点,才可以获得更准确更具普遍性的结论。     

中国华东区地方鹅种群体遗传多样性及遗传分化研究

利用25对微卫星引物对我国华东14个地方鹅种进行群体遗传多样性及遗传分化分析。通过计算多态信息含量、平均杂合度、有效等位基因数、遗传距离、基因流和F-统计量等参数,评估各品种遗传多样性和品种间遗传分化。结果表明：各座位的等位基因数为4～16。所有群体均显示较高水平的杂合度,其中,雁鹅最低,为0．5662,百子鹅最高,为0．7748。鹅品种间存在较大的遗传分化,27．5％的遗传变异来自于品种间的差异。基于DA遗传距离的NJ聚类法将14个群体划分为4类。分析遗传分化与地理距离的相关关系发现,华东地方鹅种的遗传分化与地理距离不存在显著相关。     

利用微卫星标记分析中国地方鹅品种遗传变异及分化

通过25个多态性较好的微卫星标记,检测我国26个地方鹅品种1 560个个体,共检测到198个等位基因,每个位点平均为7.92个。有效等位基因数为1.307 0～5.795 5,平均3.066 2个。就全群而言,平均观察杂合度、期望杂合度、多态信息含量分别为0.668 6、0.457 7和0.564 0。对各个群体而言,观察杂合度、期望杂合度和多态信息含量变异范围分别是0.535 1～0.754 7、0.383 1～0.604 9、0.324 0～0.538 0。群体间存在明显的遗传分化,约有28%的遗传分化来自于群体间的变异。右江鹅与永康灰鹅之间的Reynolds遗传距离最大（0.522）,基因流值最小（0.365）,武冈铜鹅与豁眼鹅之间的Reynolds遗传距离最小（0.133）,基因流值最大（1.763）。在Reynolds遗传距离的基础上做品种的NJ聚类图,26个地方鹅资源群体分为5个类群。研究结果为我国地方鹅种种质特性研究提供基础数据,为我国地方鹅品种资源的合理保护和利用提供科学依据。     

我国十个鹅品种的遗传结构及遗传分化研究

利用多态性丰富的15个微卫星标记对列入国家级畜禽保护名录的10个鹅品种群体遗传结构、遗传分化及基因流进行研究。结果表明:10个鹅群体总近交系数(Fit)为-0.044,群体内近交系数(Fis)为-0.408,群体间基因分化系数(Fst)为0.257,3个固定指数只有Fst达到极显著水平(P<0.01)。鹅群体内近交系数(Fis)均为负值。各个鹅群体间,豁眼鹅与伊犁鹅的基因流值最小(Nm=0.416),四川白鹅与伊犁鹅间基因流值最大(Nm=1.430)。结合基因流和STRUCTURE分析结果,10个地方鹅品种可划分为四类:兴国灰鹅、豁眼鹅和太湖鹅为一类,四川白鹅、狮头鹅和乌鬃鹅为一类,酃县白鹅和皖西白鹅为一类,雁鹅和伊犁鹅为一类,这种聚类结果与各个品种的选育历史和地理分布等一致。     

我国十个鹅品种的遗传结构及遗传分化研究

利用多态性丰富的15个微卫星标记对列入国家级畜禽保护名录的10个鹅品种群体遗传结构、遗传分化及基因流进行研究.结果表明:10个鹅群体总近交系数(Fit)为-0.044,群体内近交系数(Fis)为-0.408,群体间基因分化系数(Fst)为0.257,3个固定指数只有Fst 达到极显著水平(P<0.01).鹅群体内近交系数(Fis)均为负值.各个鹅群体间,豁眼鹅与伊犁鹅的基因流值最小(Nm=0.416),四川白鹅与伊犁鹅间基因流值最大(Nm=1.430).结合基因流和STRUCTURE分析结果,10个地方鹅品种可划分为四类:兴国灰鹅、豁眼鹅和太湖鹅为一类,四川白鹅、狮头鹅和乌鬃鹅为一类,酃县白鹅和皖西白鹅为一类,雁鹅和伊犁鹅为一类,这种聚类结果与各个品种的选育历史和地理分布等一致.     

华中地区家鸭种质资源的遗传结构研究

利用28个微卫星标记对华中地区6个家鸭资源（淮南麻鸭、攸县麻鸭、临武鸭、荆江麻鸭、沔阳麻鸭和恩施麻鸭）的遗传结构进行了评估。结果表明：6个群体的平均杂合度都较高,最低的为攸县麻鸭（0．5512）,最高的为荆江麻鸭（0．6035）,群体平均杂合度为0．5801,反映了各鸭种的杂合度都较高,遗传多样性丰富;华中地区各鸭种间存在较大的遗传分化,22．5％的遗传变异来源于群体间的差异,进一步反映了各品种具有本品种特性的多样性;通过计算DA遗传距离发现各品种间的遗传距离较远,分化时间较长;NJ聚类结果将华中地区家鸭资源聚为3类,湖北省的荆江麻鸭、沔阳麻鸭和恩施麻鸭聚为一类;湖南省的攸县麻鸭和临武鸭聚为一类;河南省的淮南麻鸭独聚为一类。本研究结果为华中地区家鸭品种种质特性研究提供了基础,也为中国家鸭资源的合理保护和开发利用提供了科学依据。     

中国地方肉用鹅种种群的遗传变异

对我国18个地方肉用鹅品种资源的遗传多样性进行了31微卫星标记的研究。结果表明:总共检测到188个等位基因,其中等位基因数最多的位点为TTUCG5(12个);最少的位点为CKW19(2个);而且每个位点的等位基因分布并不均匀,都有一种或几种优势基因存在。18个品种中,平均杂合度最高的为乌棕鹅(0.6727),杂合度最低的为雁鹅(0.5010)。反映了各鹅种的遗传多样性水平都较丰富。通过计算DS遗传距离发现18个品种的遗传距离较远,分化时间较长。UPGMA聚类结果将18个地方肉用鹅品种聚为6类,聚类结果与各品种的生态地域分布和经济类型有一定的关系,尤其与生态地域的关系较为密切。该聚类结果对了解和获取各个品种内和品种间的遗传信息和遗传关系具有更准确更普遍性的依据。     

基于线粒体DNA D-loop区序列分析我国小型鹅种的系统进化

为了探究我国小型鹅种的系统进化,运用DNA测序技术测定了我国13个小型鹅种群体mtDNA D-loop区521 bp序列。结果显示这13个小型鹅种D-loop区的A、G、C、T含量分别为32.2%,15.0%,29.0%,23.8%。平均单倍型多样度和核苷酸多样度分别为0.2153和0.00046。13个家鹅种间变异大于种内变异,且均未出现群体扩张现象。群体聚类和系统进化树表明,伊犁鹅来源于灰雁（Anser anser）,其余12个鹅种来源于鸿雁（Ansercygnoides）     

利用微卫星标记分析贵州地方鸡种的遗传多样性及亲缘关系

利用7个微卫星标记对12个贵州地方鸡种及1个引入鸡种的遗传多样性进行了检测，分析了各标记座位上的等位基因及频率、基因杂合度、平均基因杂合度、多态信息含量、平均多态信息含量及群体间的亲缘关系。结果表明：13个种群在7个标记座位上的等位基因及频率等均存在一定差异。其中，瑶山鸡的平均基因杂合度最高，引入鸡种隐性白洛克的平均基因杂合度最低，其余鸡种介于其间。平均多态信息含量的分析结果与此类似，说明瑶山鸡的遗传多样性最为丰富。模糊聚类的结果表明，13个鸡种分为2大类群，隐性白洛克独自为1个类群，12个贵州地方鸡种构成1个类群。12个贵州地方鸡种又可进一步分为2个小类群：其中1个小类群由兴义土鸡、矮脚鸡首先聚在一起，然后依次聚上黔东南小香鸡、黔东南小香乌骨鸡构成；高脚鸡、瑶山鸡、威宁鸡、竹乡鸡、竹乡乌骨鸡、黑羽乌蒙乌骨鸡、乌蒙鸡、麻羽乌蒙乌骨鸡则构成另一个小类群。     

用微卫星标记分析贵州地方鸡种的遗传多样性及亲缘关系

利用20个微卫星座位对贵州12个地方鸡种和隐性白洛克进行遗传分析,得到各品种的等位基因频率、平均杂合度、多态信息含量及品种间的Nei氏标准遗传距离,并进行了聚类分析。结果表明:13个鸡种在各微卫星座位上的遗传杂合度均有差异,平均遗传杂合度为0.6885(贵州地方鸡种为0.6915);平均多态信息含量为0.6297(贵州地方鸡种为0.6326),说明贵州地方鸡种遗传多样性较隐性白洛克丰富。UPGMA聚类分析结果显示,13个鸡种分为2大类群,隐性白洛克独自构成一个类群,12个贵州地方鸡种为另一个类群,12个贵州地方鸡种进一步可分为4个小类群。研究结果对贵州地方鸡种资源的评估、保存和利用具有一定的指导意义。     

采用微卫星DNA标记分析我国2个地方鹅种异地保种效果

本研究以10对荧光标记微卫星引物分析了我国2个地方鹅种(狮头鹅和皖西白鹅)原产地与基因库(泰州)共4个群体的保种效果。检测判定了狮头鹅和皖西白鹅共240个个体的基因型,通过计算4个群体的优势等位基因频率(P)i、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)、群体内近交系数(Fis)分析了狮头鹅和皖西白鹅群体内和群体间的遗传变异,采用配对试验均数差异t检验比较了基因库保种群体与原产地群体的遗传差异,基因库保种群体与原产地群体间的Pi无显著差异(P0.05);He、PIC均略高于原产地群体,但差异均不显著(P0.05);Fis低于原产地群体,差异不显著(P0.05)。结果说明,基因库较好地保存了这2个品种并在一定程度上丰富了品种的遗传多样性,表明对我国地方鹅种采取异地小群保种的方法是可行的。     

江西地方家鹅资源遗传结构及遗传分化研究

利用25对微卫星标记研究了江西4个家鹩资源群体(莲花白鹅、兴国灰鹅、广丰白翎鹅和丰城灰鹅)的遗传结构及遗传分化,通过计算F-统计量、基因分化系数和基因流等参数,评估了各群体间遗传结构与分化.结果表明:4个鹅群体间存在较大的遗传分化,20.7%的遗传变异来自于群体间的差异.就全群而言,基因分化系数(GST)为0.1667.莲花白鹅与兴国灰鹅之间的基因流(Nm=1.1802)最大,广丰白翎鹅与丰城灰鹅的基因流(Nm=0.8577)最小.莲花白鹅与兴国灰鹅Ds遗传距离(0.2036)最近,广丰白翎鹅与兴国灰鹅的DS遗传距离(0.2935)最远.基于DS遗传距离采用NJ聚类法构建系统树,4个家鹅资源被划分为2大类.分析遗传分化与地理距离的相关关系发现,江西地方鹅种的遗传分化与地理距离不存在明显关联.     

乌鸡的血清蛋白质多态性与其遗传关系的研究

采用聚丙烯酰胺凝胶和聚丙烯酰胺浓度梯度凝胶电泳法分析了我国三种乌鸡(泰和、略阳、雪峰)的血清蛋白质多态性,并以引进鸡种(来航、罗斯)作对照,以揭示三种乌鸡间的遗传关系。电泳结果表明,鸡血清蛋白质在前白蛋白(Pa)、白蛋白(Alb)、运铁蛋白(Tf)、脂酶(Es-1)、碱性磷酸酶(AKP,AKP-2)、诸位点显示多态。借助所测位点的基因频率,计算了群体平均基因杂合度和标准遗传距离。采用最短距离法对所研究鸡种进行了聚类分析。结果表明,我国三种乌鸡虽相对于外国鸡种具有较近的亲缘关系,但彼此之间呈现一定的遗传差异。结合体型外貌特征和地理隔离等因素综合考虑,它们似应看作独立的地方品种,不存在同种异名的问题。     

An evaluation of genetic diversity indices of the Red Bororo and White Fulani cattle breeds with different molecular markers and their implications for current and future improvement options

The genetic diversity of the Red Bororo and White Fulani cattle breeds of Cameroon and Nigeria was assessed with a panel of 32 markers. Estimates for the various indices of genetic diversity, total number of alleles (TNA), mean observed number of alleles (MNA), mean effective number of alleles (MNE), observed heterozygosity (H _ob) and expected heterozygosity (H _ex), were higher at microsatellite loci than at protein loci. Mean H _ex values were above 71% at microsatellite loci in all the breeds and ranged from 37% to 41.6% at milk protein loci and from 40.9% to 45.6% at blood protein loci. The highest TNA and MNA of microsatellites were recorded for the Nigerian White Fulani. MNE of milk protein loci was highest in the Cameroonian Red Bororo, while TNA of blood protein loci was highest in the Cameroonian White Fulani. The high genetic diversity levels indicate the presence of the necessary ingredients for improvement breeding and conservation. Multi-locus estimates of within-population inbreeding (f), total inbreeding (F) and population differentiation (θ) of the breeds were significantly different from zero, except for θ of blood proteins. A high level of gene flow was found between the breeds (5.829). The phylogenetic relationship existing among the four breeds is greatly influenced by location. The high gene flow between the breeds may lead to a loss of genetic diversity through genetic uniformity and a reduction in opportunities for future breed development. We propose an improvement scheme with aims to prevent loss of genetic diversity, improve productivity and reduce uncontrolled genetic exchanges between breeds.     

山羊品种遗传多样性的分析

利用6个微卫星标记对中西部7个山羊品种(陕南白山羊、陕北白绒山羊、西农萨能羊、关中奶山羊、太行山羊、黄淮山羊、伏牛山羊)共计322个个体进行了遗传多样性检测,并根据Nei氏遗传距离进行了聚类分析。结果表明:6个微卫星标记在这7个品种中存在高度多态性;陕北白绒山羊的遗传变异程度最大,平均杂合度和平均多态信息含量分别为:0.8401和0.8244;而关中奶山羊的遗传变异程度相对较小,平均杂合度和平均多态信息含量分别为:0.7990和0.7784。UPGMA聚类分析表明,黄淮山羊和伏牛山羊聚为一类,陕南白山羊,太行山羊,陕北白绒山羊依次加入,西农萨能羊和关中奶山羊作为一类最后加入。