基于RAD测序技术的瓦氏黄颡鱼(Pelteobagrus vachellii)微卫星标记的开发

采用RAD测序技术对瓦氏黄颡鱼进行简化基因组测序,利用MISA软件对拼接的数据进行SSR搜索。结果共获得2 275 778条contig序列,共检测到466 983个SSR位点,其中二碱基重复位点最多,有335 095个,占总数的71.8%。随机挑选碱基重复次数较多的微卫星引物25对进行合成,有19对引物通过PCR扩增可以获得目的片段。用长江武汉段30个瓦氏黄颡鱼样本进行多态性验证,其中13个SSR验证为高多态性标记。这些高多态性瓦氏黄颡鱼标记可应用于其群体遗传学、亲子鉴定、分子标记辅助育种等方面的研究。     

硬骨鱼免疫相关microRNA研究进展

MicroRNA (miRNA)是一类长度为18～25 nt的非编码RNA,在硬骨鱼免疫应答中起重要作用。近年来,借助高通量测序与荧光定量PCR (RT-PCR)技术,筛选到大量免疫相关的差异表达miRNA (DE miRNA)。通过比较多种硬骨鱼在不同病毒/细菌感染条件的miRNA表达谱,筛选出相同DE miRNA,并认为筛选出的DE miRNA是潜在参与调节宿主免疫应答的进化上保守的候选DE miRNA。据此,我们在病毒感染表达谱中筛选到10个进化保守的DE miRNA,细菌感染表达谱中筛选到8个保守的DE miRNA。此外,miRNA的功能研究也取得较大进展,宿主miRNA不仅可直接抑制病毒的复制,同时参与调控干扰素反应、炎症、细胞凋亡等过程。本文简述了硬骨鱼免疫相关miRNA的研究进展,以期为硬骨鱼疾病预防与治疗提供新思路。     

不同环境温度下冰藏黄颡鱼品质及微生物菌群变化研究

为研究宰杀后的黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)在不同环境温度下冰藏过程的品质变化和保鲜时间,测定了不同环境温度冰藏黄颡鱼肌肉的质构指标、pH、硫代巴比妥酸(TBA)、高铁肌红蛋白(MetMb)、挥发性盐基氮(TVB-N)、营养成分(水分、粗蛋白、粗脂肪、粗灰分)的含量,并通过16S rRNA高通量测序分析了黄颡鱼肌肉微生物菌群的变化。结果显示：15、27、33℃温度下冰藏黄颡鱼肌肉各质构指标均随时间延长而下降。各温度组TBA、TVB-N和MetMb含量随时间延长呈上升趋势,三组的TVB-N和MetMb含量在12 h冰藏期间均没有超过国家标准限值,15℃组TVB-N含量始终处于一级鲜度标准。各温度组肌肉营养成分中粗脂肪、粗灰分和水分含量随冰藏时间延长而有所下降。微生物组分析表明在冰藏期间,三个温度组的黄颡鱼肌肉均未产生有害病原菌微生物。研究表明,宰杀后的黄颡鱼33℃时冰藏保鲜时长为4 h, 27℃时冰藏保鲜时长为6 h, 15℃时冰藏保鲜时长可达12 h。     

黄颡鱼苗种健康高效培育技术探讨

<正>近几年来,黄颡鱼价格稳中有升,效益较好,养殖户养殖黄颡鱼热度不减。养殖户从外地购进规格较大(4cm~5cm以上)的黄颡鱼苗种进行养殖,由于经过长途运输和水域环境差异,影响养殖的成活率,养殖成本较高。一些养殖户为避免上述情况,购买黄颡鱼"水花"池塘培苗,效果不太理想。笔者经多年理论与实践结合以及跟踪分析,总结出一套黄颡鱼苗种健康高效培育技术。     

全雄黄颡鱼高效养殖技术

黄颡鱼(俗名:黄腊丁、昂刺鱼等)是生活于内陆水体的小型底栖鱼类,因其肉质细嫩、味道鲜美,在国内外市场深受消费者的青睐,近年来黄颡鱼被江苏省列为重点开发推广养殖的品种。2011—2012年我们实施了江苏省水产三新工程《黄颡鱼苗种繁育及高效养殖技术研究与示范》项目(PJ2011-40),在高邮横泾镇的千亩主养项目区,采用全雄黄颡鱼夏花一次放养直接养成商品鱼,进行高产高效技术     

黄颡鱼养殖使用微孔增氧技术与机械增氧的效果比较

微孔增氧技术是近几年发展起来的一项增氧新技术,虽然造价高于一般增氧机械,却有许多优点,能够使水体底层溶氧丰富均衡,多用于鱼、虾、蟹类养殖。为了将此项技术引进到＂优质高效黄颡鱼池塘养殖示范＂项目,2010年在江苏省涟水县马棚农场的黄颡鱼池塘高效养殖示范区,进行了微孔增氧与机械增氧机使用效果的比较试验。     

转基因黄颡鱼选育技术研究

黄颡鱼属小型鱼类,肉质细嫩,味道鲜美,无肌间刺,深受消费者欢迎。由于环境污染和过度的捕捞,天然产量逐年减少。而市场需求却在增加,这极大地刺激了黄颡鱼养殖业的发展。黄颡鱼的苗种生产已由采捕天然苗种向全人工繁殖过渡,人工繁殖和育苗技术日趋成熟,针对这一养殖现状,通过对选择优质亲本,利用转基因技术获得生长快速、抗病、味美、安全的转基因黄颡鱼新品种,对提高黄颡鱼产品的质量和产量,具有重要的经济意义。     

两种杂交黄颡鱼的生长与形态差异分析

为评估两种杂交黄颡鱼生长和形态差异,以黄颡鱼♀与乌苏里拟鲿♂、黄颡鱼♀与瓦氏黄颡鱼♂的杂交后代为实验组,全雄黄颡鱼群体为对照组,进行同塘生长对比和形态学测量试验。结果显示,在3个杂交后代群体中,黄颡鱼♀与瓦氏黄颡鱼♂的杂交后代在5月龄和8月龄的体质量均显著大于其他两个杂交后代(P0.05),分别为(15.72±7.19)g和(78.09±25.37)g,并且绝对增重率也高于其他两个杂交后代,分别为0.23 g/d和0.70 g/d。对形态特征参数进行单因子方差分析,计算差异系数,其值为0.01~0.65,表明3个杂交后代群体的形态学差异处于种群间水平;主成分分析构建了4个主成分,其贡献率分别为28.52%、17.57%、11.83%、11.29%,累计贡献率为69.23%;同时,利用第一、第二主成分得分绘制散点图,显示黄颡鱼♀与瓦氏黄颡鱼♂的杂交后代群体和全雄黄颡鱼群体基本重叠,而黄颡鱼♀与乌苏里拟鲿♂的杂交后代群体偏离了全雄黄颡鱼群体,这一结果在聚类分析中更直观反映出来。由此可见,黄颡鱼♀与瓦氏黄颡鱼♂的杂交后代群体生长速度表现最优,且体形更接近黄颡鱼。     

黄颡鱼Pelteobagrus fulvidraco AMH基因的克隆鉴定及表达

为研究抗缪勒氏管激素AMH对黄颡鱼Pelteobagrus fulvidraco性别分化及生长发育的调控作用,克隆扩增了黄颡鱼AMH基因的全长序列(GenBank检索号MK310106),研究该基因的组织表达模式。结果表明:AMH基因的全长为3588bp,其开放阅读序列为1653bp,编码550个氨基酸,位于第2号染色体上(19371164~19374761bp)。同源性分析表明,与已发布的黄颡鱼Tachysurus fulvidraco的相似性最高,可达99.6%;与低眼无齿[鱼芒]Pangasianodon hypophthalmus及斑点叉尾鮰Ictalurus punctatus的相似性也很高,分别达75.8%与74.8%,而与哺乳动物相似性较低。系统进化树分析显示:黄颡鱼AMH可与斑点叉尾鮰、低眼无齿[鱼芒]等鲶形目物种聚集成簇。Real-TimePCR检测结果表明:AMH的mRNA在各组织中的表达量差异性极大,在性腺组织中表达量最高,其次是肝脏和脑;1龄精巢的表达量最高,2龄次之,而1、2龄雌鱼的表达量基本相近。AMH对黄颡鱼性腺的分化及生长发育有重要调控作用。     

五种化学药物对黄颡鱼药浴安全影响的研究

黄颡鱼（Pelteobagrus fulvidraco）是我国江河湖泊中常见的小型经济鱼类,从南至北,在全国各水系干支流及湖泊、水库均有分布。它无肌间刺、肉质细嫩、味道鲜美,颇受消费者青睐,是一种大众化的优质商品鱼,养殖成本低、效益好,很受渔民欢迎。现在黄颡鱼的人工繁殖与饲养试验已初步取得成功,一些地方己开始人工养殖,但在苗种培育生产中时有疾病发生,给黄颡鱼养殖的推广与普及带来了一定影响。笔者近来对黄颡鱼的寄生虫病原做了一些调查分析,并查阅了大量有关资料。结果表明,黄颡鱼仅感染寄生虫的种类就有60属、90种之多,     

花鲈cox6a基因与相关miRNA的鉴定及其在盐度适应中的表达调控分析

细胞色素c氧化酶（COX）是线粒体电子传递链的末端酶,COX6A是细胞色素c氧化酶的核编码亚基之一。为丰富花鲈（基因及相关miRNAs在花鲈渗透调节机制中的潜在作用,本研究开展了花鲈cox6a基因的miRNAs,并对其与）。系统进化树分析进一步确认了两个花鲈在垂体、脑、肝脏和肾脏中的表达量较高,基因的miRNA：miR-30e-5p、miR-223、miR-200a-3p和miR-155-5p,但没有发现可能靶定基因以及miR-30e-5p、miR-223、miR-200a-3p都呈现显著差异表达,而miR-155-5p仅在适应高盐环境时出现了显著的差异表达。这表明,基因和4个miRNAs在花鲈的渗透调节过程中发挥潜在作用。其中miR-30e-5p、miR-223和miR-200a-3p的表达趋势与cox6a2基因的表达调控。本研究为探讨花鲈适应不同盐度环境的渗透调节机制提供了基础数据。     

microRNA在水产动物中的研究进展

mi RNAs是一类在真核生物中广泛存在的非编码小分子RNA,通过与靶m RNA互补配对在转录水平上对基因的表达进行负调控,导致m RNA的翻译抑制或降解。大量研究表明,mi RNA在躯体发育、癌症、细胞分化、细胞增殖与凋亡、脂肪代谢等方面发挥作用。近来在水产动物中,有关mi RNA的研究取得了众多的科研成果,然而对其进行全面总结的报道较缺乏。本文综述了mi RNA在水产动物中的研究进展,结果显示mi RNA在水产动物中表现为多样化的生物学功能,本文也对其研究前景进行了展望,旨在为以后更好地研究水产动物mi RNA的功能提供参考。     

越冬期体色变异红罗非鱼差异表达miRNA的鉴定

为了探究红罗非鱼越冬期体色变异的分子机制，实验构建了其2种体色(正常粉红体色和变黑体色)皮肤组织的小RNA文库，每组4个重复，组装后平均每组分别获得12 190 544和11 891 890条过滤后的读长(clean reads)，获得miRNA成熟序列669个，其中337个是已知的miRNAs。鉴定出越冬期变黑体色相对于正常粉红体色鱼的差异表达miRNAs 26个，其中上调11个，下调15个，且12个为已知的miRNAs，可能在红罗非鱼越冬期体色变异过程中发挥重要作用。富集分析发现了大量代谢和体色调控相关的通路。研究表明，红罗非鱼越冬期的体色变异可能是色素细胞的增殖和迁移形成的，与代谢相关的调控通路在其中发挥重要作用，为解析红罗非鱼越冬期体色变异的机制奠定了基础。     

长牡蛎性腺中调控型非编码RNA的生物信息学

本研究以日照海域同一家系的2龄长牡蛎性腺为研究对象,通过small RNA-seq和RNA-seq技术筛选和鉴定出大量的非编码微小RNA(mi RNA)、长链非编码RNA(lnc RNA)和环状RNA(circRNA),并对其进行了生物学特征分析。结果显示,以斑马鱼为参考序列,获得25～30个已知miRNA成熟体和51～63个已知miRNA前体,预测到53～71个新miRNA成熟体和53～77个新miRNA前体;长牡蛎miRNA长度分布为18～26个核苷酸(nt),其中分布在20～22 nt长度的miRNA数量最多,且miRNA首位碱基多为U。测序分析获得2 302～2 349个注释lncRNA转录本,预测到20 083～24 114个新lncRNA转录本,其中基因间型lncRNA(lincRNA)、内含子lncRNA(intronic lncRNA)、反义lncRNA(anti-sense lncRNA)分别占29.0%、62.1%和8.9%;长牡蛎lncRNA的基因组特征与其他真核生物的lncRNA基因组特征相似,与mRNA相比,外显子(exon)个数少,转录本长度较短,表达水平低。测序分析共获得383个circRNA,其中平均88.54%来源于exon,平均4.51%来源于intronic,平均6.95%来源于intergenic,且鉴定出内源性circRNA潜在大量的miRNA结合位点。研究结果为后续研究长牡蛎调控型ncRNA的表达规律和生物学功能奠定了基础。     

在体条件下miR-305-5p对日本沼虾MnCHT3A的靶向调控作用

为了探索miRNA对日本沼虾几丁质酶3A(Macrobrachium nipponense chitinase 3A,MnCHT3A)基因的调控作用,实验采用生物信息学方法预测并筛选与MnCHT3A靶向结合的miRNA—miR-305-5p;利用qRT-PCR、生物化学以及组织学方法,研究了在体条件下,miR-305-5p对靶基因的调控作用。结果显示,一个蜕皮周期中miR-305-5p与MnCHT3A的表达量呈负相关,前者C期最高、A期最低;而MnCHT3A的表达趋势则相反。注射miR-305-5p mimics和miR-305-5p inhibitor后,与对照组相比,MnCHT3A转录水平分别降低60%和升高166%;MnCHT酶活性分别降低39.53%和升高133%。组织学观察发现,C期的头胸甲表皮为3层结构,由外向内依次为上表皮、外表皮和内表皮(H.E染色);几丁质荧光染色结果显示,几丁质分布在内、外表皮;扫描电镜结果清晰显示了内、外表皮的板层结构。与对照组相比,miR-305-5p mimics组内表皮的板层厚度增加,呈蓝色荧光的几丁质条带有增厚趋势;而miR-305-5p inhibitor组表皮结构紊乱,几丁质荧光分布不均且部分区域明显减弱。研究表明,miR-305-5p的靶基因为MnCHT3A,在体条件下,miR-305-5p能够靶向抑制MnCHT3A的转录。     

Differential expression of lipid metabolism‐related genes and miRNAs in Ctenopharyngodon idella liver in relation to fatty liver induced by high non‐protein energy diets

To explore the mechanism of fatty liver formation induced by high non‐protein energy diets in grass carp (Ctenopharyngodon idella), basal diet and high‐energy diets were fed to juvenile grass carp for 9 weeks. The experimental groups fed on high‐energy diets which included a high‐lipid diet (H‐LIP), a high‐carbohydrate diet (H‐CHO) and a high‐lipid and carbohydrate diet (H‐CL). The control group fed on basal diet. Growth performance, liver fat accumulation, serum biochemical indexes and the expression levels of lipid metabolism‐related genes (SREBP‐1, PPARγ, FAS, ACC1, and LPL) and miRNAs (miR‐33, miR‐122, and miR‐370) were examined at the end of the feeding trial. There were no significant differences in growth rate and feed efficiency among the four groups. However, significant increase in mesenteric and liver fat contents, and lipid droplets in the liver was induced by high‐lipid and high‐carbohydrate diets. There were significant differences in serum biochemical indicators such as AST/ALT, GLB, TG and TP, and liver fatty acid composition between the control and experimental groups. The expression levels of SREBP‐1, PPARγ, FAS, ACC1 and LPL were upregulated, while CPT‐1 was downregulated with the high‐energy treatments. Additionally, the expression levels of miR‐33, miR‐122 and miR‐370 in the liver were higher in the three high‐energy treatments than those in the control (P < 0.05). The results suggest that modifications of lipid metabolism‐related genes and miRNAs may be involved in fatty liver formation induced by high non‐protein energy diets in grass carp.     

褐牙鲆中miRNAs与甲状腺激素受体TRβ的相互作用研究

甲状腺激素通过与其受体结合对褐牙鲆变态起重要的调控作用,而miRNAs通过结合靶基因3′-UTR在转录后水平调节靶基因的表达。为探讨miRNAs在褐牙鲆变态中的作用,通过生物信息学方法预测褐牙鲆TRβ基因3′-UTR存在的miRNAs结合位点,并利用3′-RACE方法克隆TRβ基因的3′-UTR序列,通过体外DNA重组技术构建应用于miRNAs靶向基因检测的双荧光素酶重组报告载体,利用细胞转染和双荧光素酶报告技术分析多个miRNAs与TRβ基因的作用关系。研究结果显示,克隆得到了一段长为437 bp的褐牙鲆TRβ基因的3′-UTR序列,发现3′-UTR序列上存在pol-miR-125a、pol-miR-214、pol-miR-460-5p、pol-miR-138和pol-miR-125a*的结合位点,成功构建了双荧光素酶重组报告载体,命名为pmirGLO-TRβ-3′-UTR。双荧光素酶报告分析结果表明,pol-miR-125a、pol-miR-214、pol-miR-460-5p和pol-miR-138均为作用于褐牙鲆TRβ的靶向miRNAs,而pol-miR-125a*对TRβ基因无直接的调节作用。研究结果将为后续深入研究miRNAs与TRβ在褐牙鲆变态发育中的功能及其作用机制提供基础。     

Fish assemblage associations and thresholds with existing and projected oil and gas development

Energy development threatens fish and wildlife resources worldwide. This study used constrained ordinations to show fish assemblage structure associated with oil and gas well densities in the Colorado River Basin, Wyoming, but well densities explained only 6.4% of assemblage structure when compared to other factors. Threshold Indicator Taxonomic ANalysis showed significant negative threshold responses by some species to small levels of development (<0.15 wells km^?2), whereas positive thresholds were less distinct. Some native and imperilled species could be disproportionately affected if future oil and gas development proceeds in a manner that will impact aquatic resources. Although existing development has not substantially influenced regional fish assemblage structure, it appears to affect a subset of species. Understanding assemblage‐level responses to development can help land managers determine appropriate development levels, prioritise areas for monitoring associated with future development and identify where land protection measures may be needed to offset potential risks.