利用正交设计优选菜心ISSR-PCR反应体系(英文)

利用正交设计L16(44)探讨引物、Taq聚合酶、dNTPs、Mg2+对菜心ISSR-PCR反应的影响.得到适合菜心IS-SR-PCR反应的最佳体系:在25μL反应体系中含2.5μL 10×buffer,2.0 mmol/L Mg2+,0.5UTaqDNA聚合酶,0.24 mmol/L dNTPs,0.5μmol/L引物,60 ng DNA模板.     

吴茱萸ISSR-PCR反应体系优化

[目的]建立吴茱萸ISSR-PCR最佳反应体系。[方法]采用改良的CTAB法提取吴茱萸基因组DNA,研究模板DNA、dNTPs、Mg^2＋、引物（U834）、Taq DNA聚合酶的浓度对ISSR-PCR扩增结果的影响。[结果]20μl反应体系中含2μl 10×PCR buffer,0.15 mmol/LdNTPs,1.6 mmol/L Mg^2＋,0.4 mmol/L引物,20 ng模板DNA,1.2 U Taq DNA聚合酶。[结论]为研究吴茱萸种质资源遗传多样性和分子鉴定奠定了技术基础。     

梨SRAP体系的正交优化研究

SRAP是一种基于PCR的新型分子标记,本试验利用正交试验设计对梨SRAP—PCR反应体系中的Mg^2＋、dNTPs、Taq DNA聚合酶、模板DNA、引物5个组分浓度进行优化。确定优化的反应体系为：Mg^2＋浓度2．4mmol／L,dNTPs 200μmol／L,Taq DNA聚合酶1U,模板DNA 80ng,引物浓度0．2μmol／L,反应总体积25μl,同时对该优化体系的稳定性及在梨种间的多态性进行了检测。     

菜心ISSR-PCR反应体系的优化

以菜心(Brassica campestris L. ssp. Chinensis Var. utilis Tssen. et Lee.)为材料, 对影响ISSR-PCR扩增结果的因素如Mg2 、 Taq DNA聚合酶、 dNTPs、 Primer、模版DNA的浓度及引物退火温度、延伸时间和循环次数进行了探讨, 确立了适合菜心ISSR-PCR分析的最佳反应体系和PCR扩增参数 在25 μL反应体系中含10×buffer 2.5μL, 2.0 mmol/L Mg2 , 0.5 U Taq DNA聚合酶, 0.2 mmol/L dNTPs, 0.5 μmol/L引物, 30 ng模板DNA. PCR扩增程序 94 ℃预变性3 min; 94 ℃变性1 min, 49.7～56 ℃退火(退火温度随引物不同而定)1 min, 72 ℃延伸45 s, 40个循环; 72 ℃延伸5 min.     

正交设计优化花菜类SRAP分子标记体系的研究

采用正交设计,从Mg^2＋、dNTPs、引物三种因素3个水平对青花菜SRAP反应体系进行优化,确立适合青花菜的SRAP反应体系,并在6个青花菜和花椰菜品种中进行验证。结果表明：20μ/L反应体系中适宜体系的浓度dNTPs为0．2mmol／L、Mg^2＋为1．25mmol／L、上下引物各0．4μmol／L、DNA为20ng、Taq酶1．2U、退火温度为50℃。     

籽粒苋SRAP-PCR反应体系的确立与优化

以籽粒苋叶片为材料,采用L9（4^5）正交设计方法,对sRAP—PCR反应体系中的Mg^2＋、dNTPs、TaqDNA聚合酶、引物浓度和DNA用量等5因素进行了筛选。建立了适于籽粒苋的SRAP—PCR最佳反应体系。籽粒苋的SRAP—PCR最佳反应体系为：反应总体积为10μL．2．0mlil01·L^-1 Mg^2＋、300μmol·L^-1 dNTPs、0．5UTaqDNA聚合酶、4μmol·L^-1上下游引物、50ngDNA及10xPCRbuffer;各因素水平变化对反应体系影响的大小依次为：Mg^2＋、dNTPs、模板DNA、TaqDNA聚合酶、引物。     

小麦SRAP-PCR体系的正交设计优化（摘要）

[目的]优化小麦SRAP-PCR技术体系。[方法]以小麦丰优68为试材,利用正交设计L16（45）对小麦SRAP-PCR反应体系中的5因素（Taq聚合酶、Mg2＋、模板DNA、dNTPs、引物）在4个水平上进行优化试验。[结果]不同因素对小麦SRAP反应体系影响的大小顺序为：Mg2＋〉Taq聚合酶〉dNTPs〉模板DNA〉引物;优化的小麦SRAP-PCR体系为：在20μl反应体系中,包括10×PCR buffer2.0μl、Mg2＋2.0mmol/L、Taq聚合酶2.0U、dNTPs0.2mmol/L、模板DNA40ng、引物0.6μmol/L。[结论]该优化体系为小麦资源SRAP遗传分析奠定了技术基础。     

菜心ISSR-PCR反应体系的优化

以菜心（Brassica campestris L．ssp．Chinensis Var．utilis Tssen．et Lee．）为材料,对影响ISSR-PCR扩增结果的因素如Mg^2＋、Taq DNA聚合酶、dNTPs、Primer、模版DNA的浓度及引物退火温度、延伸时间和循环次数进行了探讨,确立了适合菜心ISSR-PCR分析的最佳反应体系和PCR扩增参数：在25pL反应体系中含10×buffer 2．5μL,2．0mmol／LMg^2＋,0．5U Taq DNA聚合酶,0．2mmol／LdNTPs,0．5μmol／L引物,30ng模板DNA．PCR扩增程序：94℃预变性3min;94℃变性1min,49．7～56℃退火（退火温度随引物不同而定）1min,72℃延伸45s,40个循环;72℃延伸5min．     

青海云杉ISSR-PCR反应体系的建立与优化

[目的]确定适应青海云杉ISSR-PCR反应的最佳反应体系。[方法]以青海云杉（Picea crassifolia kom.）为材料,对影响其ISSR—PCR扩增结果的各因素（Mg^2＋、dNTPs、TaqDNA聚合酶、模板DNA、引物、退火温度）进行筛选和优化。[结果]青海云杉ISSR—PCR最佳反应体系为在20山反应体系中包含1μl 10×buffer,1．5mmol／L的Mg^2＋ 0．2mmol／L的dNTPs,TaqDNA聚合酶1．0U,模板DNA 40ng,引物0．6μmol／L。对青海云杉ISSR-PCR最佳反应体系的退火温度进行梯度试验发现,引物UBC818的最适退火温度为54．2℃,且最适退火温度因引物而异。[结论]该优化ISSR．PCR反应体系的建立,为今后利用ISSR技术进行青海云杉种质资源分类、遗传图谱构建和基因定位奠定了技术基础。     

小麦SRAP-PCR体系的正交设计优化

[目的]优化小麦SRAP-PCR技术体系。[方法]以小麦丰优68为试材,利用正交设计L16（4^5）对小麦SRAP．PCR反应体系中的5因素（细聚合酶、Mg^2、模板DNA、dNTPs、引物）在4个水平上进行优化试验。[结果]不同因素对小麦SRAP反应体系的影响为：Mg^2〉Taq聚合酶〉dNTPs〉模板DNA〉引物;优化的小麦SRAP—PCR体系为：在20山反应体系中,包括10×PCRBuffer2．0山、Mg^2 2．0mmol／L、砌聚合酶2．0U、dNTPs0．2mmol／L、模板DNA40ng、引物0．6μmolVL。[结论]该优化体系为小麦资源SRAP遗传分析奠定了技术基础。     

珍稀濒危植物银缕梅ISSR-PCR反应体系建立及优化

[目的]建立和优化银缕梅ISSR-PCR反应体系。[方法]采用正交试验和单因子试验对影响PCR扩增体系中的Mg~(2+)浓度、dNTPs、模板DNA及引物浓度、Taq酶用量5个因子进行分析研究。[结果]银缕梅ISSR-PCR 25μL反应体系中5个因子最优水平:DNA模板(20 ng/μL)2.50μL,引物(10μmol/L)1.00μL,Taq酶(5 U/μL)0.10μL,Mg~(2+)(25 mmol/L)3.00μL,d NTPs(2.5 mmol/L)1.50μL。[结论]银缕梅ISSR-PCR反应最优体系的建立为进一步利用ISSR对其进行分子标记辅助育种、分子指纹图谱构建和遗传多样性分析等后续研究奠定了基础。     

松江鲈鱼ISSR-PCR反应体系的建立及优化研究

[目的]建立及优化松江鲈鱼ISSR-PCR的反应体系。[方法]采用ISSR-63引物,通过正交试验设计,分别对TaqDNA聚合酶、Mg2+d、NTPs和引物浓度等4种PCR原料进行优化,以确立松江鲈鱼的ISSR-PCR反应最佳体系,并通过温度梯度PCR,筛选适宜的退火温度。[结果]确定了松江鲈鱼的最适ISSR-PCR反应体系,20μl反应体系中含2.5 mmol/L Mg2+,250μmol/L dNTPs,0.25μmol/L引物,1.0UTaqDNA聚合酶,30 ng DNA模板及1×PCR buffer,确立退火温度为50.8℃。利用所建立的ISSR-PCR反应体系,通过对24份野生松江鲈鱼样本的检验,获得了清晰、重复性好、多态性高的DNA谱带。[结论]该研究为松江鲈鱼的遗传多样性分析及种质资源研究奠定了一定的基础。     

松江鲈鱼ISSR-PCR反应体系的建立及优化研究(英文)

[Objective] The aim of this study is to establish and optimize the ISSR-PCR system in roughskin sculpin(Trachidermus fasciatus Heckel).[Method] By using the primer of ISSR-63,the concentrations of Taq DNA polymerase,Mg2+,dNTPs and primer were optimized by orthogonal design for establishing the suitable ISSR-PCR system in roughskin sculpin;moreover,the suitable anneal temperature was yielded from gradient PCR on temperature.[Result]The optimized ISSR-PCR system(20 μl reaction volume)in roughskin sculpin was proved to be:2.5 mmol/L Mg2+,250 μmol/L dNTPs,0.25 μmol/L primer,1 U Taq DNA polymerase,30 ng DNA template and 1×PCR buffer;and suitable anneal temperature was determined to be 50.8 ℃.The established system was further confirmed by using 24 wild roughskin sculpin samples.[Conclusion]The results lay a foundation for the analysis of genetic diversity and germplasm resources of roughskin sculpin.     

大白菜RAPD反应条件的优化

RAPD是作物主要农艺性状分子标记及遗传多样性研究的一项重要技术。为了适应大白菜反应体系,本试验以大白菜品种413、96及其F1为试材,对影响RAPD扩增的模板DNA用量、Mg2+浓度、TaqDNA聚合酶浓度、dNTPs浓度、引物浓度等因素进行了优化,结果如下:20μl PCR反应体系,30 ng(1.5μl)DNA模板,3 mmol/L Mg2+,0.01 U/μl Taq DNA聚合酶,0.4 mmol/L dNTPs,0.8μmol/L引物为最佳反应浓度。     

花吊丝竹ISSR反应体系的建立与优化

建立关于花吊丝竹的ISSR-PCR反应体系,为花吊丝竹种质资源鉴定提供理论基础。采用单因素试验法,对影响PCR扩增效果的Mg~(2+)浓度、d NTPs浓度、Taq DNA聚合酶用量、引物浓度及模板DNA用量等5个PCR反应体系主要成分以及退火温度和循环次数进行分析,并利用建立的优化反应体系和扩增程序对100条候选引物进行筛选。结果表明,适合花吊丝竹的ISSR-PCR反应体系为:20μL的反应液中含3.0 mmol/L Mg~(2+)、0.20 mmol/L d NTPs、1.25 U Taq DNA聚合酶、0.6μmol/L引物、10 ng模板DNA、2μL 10×Buffer、8.55μL dd H_2O。扩增程序为:94℃预变性5 min;94℃变性45 s,52.7℃退火30 s,72℃延伸90 s,40个循环;72℃延伸10 min,4℃保存。建立的花吊丝竹的ISSR-PCR反应体系能够扩增出清晰、多态性较高的条带,且筛选出的16条引物具有高度多态性。表明该体系具有较高的稳定性、重现性和适用性。     

长柱金丝桃ISSR-PCR反应体系的建立与优化

为筛选可用于长柱金丝桃遗传分析的最适ISSR-PCR反应体系,采用正交试验对影响ISSR-PCR反应的5个重要因素(Taq DNA聚合酶、dNTPs、Mg~(2+)、引物和模板DNA浓度)进行4水平正交优化,并对退火温度、循环次数进行筛选。结果表明,20μL ISSR-PCR最佳反应体系包括Taq DNA聚合酶1.0 U、dNTPs 0.2 mmol·L-1、Mg2+3.0 mmol·L~(-1)、引物0.4μmol·L~(-1)、DNA模板40 ng,对ISSR-PCR反应的影响程度由大到小为:Taq DNA聚合酶、引物、Mg2+、dNTPs、DNA模板;引物UBC822的最佳退火温度52.7℃,最佳循环次数41,利用优化的反应体系从61条引物中筛选出12条稳定性好、多态性高的引物,验证试验表明优化的反应体系具有较高的稳定性。     

正交设计优化莲雾ISSR-PCR反应体系

以莲雾品种‘农科一号’为试材,采用经改良的CTAB法提取莲雾叶片的DNA,探讨了Mg2+、dNTPs、引物浓度、Taq聚合酶、模板DNA含量对莲雾ISSR-PCR的影响。建立了总体积为25μL的莲雾ISSR-PCR反应体系:Mg2+浓度为3.0mmol.L-1﹑dNTP浓度为0.2mmol.L-1﹑primer浓度为0.4μmol.L-1﹑Taq DNA聚合酶1.5U﹑模板DNA含量为30ng,并含2.0μL 10×PCR Buffer(Mg2+free)。应用该反应体系对‘农科一号’和‘农科二号’进行ISSR-PCR扩增,共筛选出12条扩增稳定、多态性丰富的ISSR引物。     

菊芋ISSR-PCR反应体系的建立与优化

利用正交试验设计的方法,从Mg2+浓度、dNTPs浓度、引物浓度和Taq酶浓度4因素对菊芋ISSR-PCR反应体系进行优化分析,并在此基础上对模板DNA浓度及退火温度进行梯度检测。结果表明:菊芋20μl最佳反应体系包括10×PCR buffer,200μmol/L dNTP,0.5μmol/L引物,1.5 mmol/L Mg2+,1.0 U Taq DNA聚合酶和50 ng模板DNA。这一优化系统的建立,将为菊芋种质资源鉴定及遗传多样性的研究奠定基础。     

黑龙江林蛙ISSR反应体系的建立与优化

以黑龙江林蛙为材料,使用引物ISSR807,采用正交优化方法对影响PCR反应的Mg2+、dNTPs、引物、DNA聚合酶、模板进行体系优化,对引物的最佳退火温度进行选择,建立适合黑龙江林蛙的ISSR-PCR分析的最佳体系:在25μL总体积中,包含10×PCR Buffer 2.5μL,Mg2+4.0 mmol.L-1,dNTPs 0.15 mmol.L-1,引物0.3μmol.L-1,TaqDNA聚合酶0.5 U,DNA模板2.0 ng.μL-1,最佳退火温度53.8℃。为利用该技术对黑龙江林蛙遗传多样性分析和构建遗传图谱提供一定的依据。