番鸭细小病毒非结构蛋白B细胞线性抗原表位的鉴定

为了分析番鸭细小病毒(muscovy duck parvovirus,MDPV)YL08株NS1蛋白(氨基酸序列全长627 aa)抗原表位,本研究设计了一套覆盖整个NS1蛋白的短肽,短肽长为30个氨基酸左右,有10个氨基酸重叠。为了表达这些短肽,共设计合成了31对互补的寡核苷酸片段。每对寡核苷酸片段5'端磷酸化。上述寡核苷酸片段退火后,插入至原核表达载体p ET-32a(+)中,经IPTG诱导获得了相应重组蛋白的表达。利用切胶纯化的方法对表达蛋白进行了纯化。应用MDPV YL08株人工感染番鸭血清对表达的31个重组蛋白的抗原性进行了检测,Western blot结果表明,表达的7个融合蛋白NS(481-510)、NS(501-530)、NS(521-550)、NS(541-570)、NS(561-590)、NS(581-610)和NS(601-627)能被MDPV感染血清所识别,而其他融合蛋白不能被MDPV感染血清所识别。同时,上述7个表达的融合蛋白不与灭活MDPV免疫番鸭血清反应。综合上述试验结果,MDPV YL08株NS1蛋白的B细胞线性抗原表位区位于NS1蛋白的羧基末端481 aa~627 aa。Dot-ELISA试验表明,重组蛋白NS(501-530)的抗原性相对更强。本研究为建立基于抗原表位的MDPV自然感染和人工免疫番鸭的鉴别诊断方法提供了理论依据。     

鹅细小病毒VP3蛋白B细胞线性表位的精确定位

本试验旨在利用获得的4株抗鹅细小病毒(GPV)VP3的单克隆抗体,进一步对GPV VP3 B细胞线性抗原表位精确定位。根据笔者实验室已鉴定的线性抗原表位区结果,筛选出单抗所针对的优势抗原表位区。设计并合成互相重叠5 aa的10 aa短肽寡聚核酸片段,退火后,连入pET-32a载体,经转化鉴定,诱导表达后,获得相应的小片段融合蛋白,并利用单抗通过Western blot进行抗原性鉴定。同样方法进行短肽片段两端氨基酸的逐个缺失设计,进一步精确定位,结果鉴定出2个抗原表位,分别为430-435 aa和643-647 aa。     

鹅细小病毒非结构蛋白和结构蛋白B细胞线性抗原表位的鉴定

鹅细小病毒是小鹅瘟的病原体,其基因组含有2个主要开放阅读框（ORF）,分别编码非结构蛋白（NS）和结构蛋白（VP）。为了对这2种蛋白进行抗原表位作图,设计了34个覆盖非结构蛋白NS和结构蛋白VP的50-60个氨基酸残基的重叠短肽,并进行了融合表达。用攻毒10周龄鹅血清对这34个融合蛋白进行蛋白质印迹分析,结果鉴定出NS蛋白线性抗原表位位于C末端的453-627氨基酸区域;VP蛋白线性抗原表位位于35—198、423—491、531—595、616—669和678—732氨基酸区域。     

番鸭细小病毒安徽分离株结构蛋白基因的克隆及序列分析

为研究番鸭细小病毒(MDPV)安徽分离株的遗传变异特征,通过PCR扩增获得了MDPV结构蛋白(VP)基因全长序列AH-MDPV-VP,并将该序列与GenBank中登录的12条MDPV和鹅细小病毒(GPV)VP基因序列进行比对。结果显示,AH-MDPV-VP基因全长2 199bp,包括完整的VP1、VP2和VP3蛋白编码区。MDPV与GPV的VP基因部分序列一致,但具有明显的差异。进化分析显示,MDPV安徽分离株与基因重组型MDPV上海分离株SAAS-SHNH为同一分支,亲缘关系较近。同源性分析显示二者核苷酸序列同源性最高,为99.9%,且AH-MDPV-VP与GPV毒株SHFX1201的序列同源性也有89.5%。此外安徽分离株与其他MDPV的VP1、VP2和VP3基因同源性有逐步下降的趋势,而与GPV则相反呈上升趋势。进一步显示MDPV安徽分离株与基因重组型MDPV上海分离株SAAS-SHNH相似,可能为MDPV和GPV基因重组型水禽细小病毒。     

番鸭源鹅细小病毒ZQ株VP2基因的克隆和序列分析

根据国内外已发表的鹅细小病毒(GPV)B株和GD株基因序列,应用DNA Star分子生物学软件设计一对引物,应用PCR技术扩增GPV ZQ株的结构蛋白基因VP2全基因片段。将扩增得到的VP2全基因克隆到pMD18-T载体上,获得的重组质粒经PCR鉴定后进行序列测定。结果表明ZQ株基因大小为1 764 bp,编码587个氨基酸,其基因序列与GPV参考毒株推导的氨基酸序列同源性在89.1%~99.3%之间,差异较大;与番鸭细小病毒(MDPV)参考毒株相比同源性在92.0%~92.5%之间,超过与部分GPV毒株的同源性,推测可能与该毒株来源于番鸭而不是鹅有关,另外也在基因水平上解释了GPV与MDPV在血清学上存在交叉反应的部分原因。     

猫细小病毒非结构蛋白基因克隆及抗原表位预测

为了对猫细小病毒非结构蛋白基因进行克隆,试验根据猫细小病毒(CU-4)基因序列设计了1对引物,采用PCR方法对NS基因进行了扩增,将扩增产物纯化后克隆入pMD18-T载体,并应用DNAStar软件预测NS蛋白抗原表位。结果表明:NS基因的序列长度为2 007 bp,编码668个氨基酸,肽段121~126 aa、243~247 aa、256~260 aa、388~393 aa、467~477 aa、498~505 aa、559~563 aa、589~593 aa和624~628 aa等区域可能是线性表位优势区域。     

猴免疫缺陷病毒p27蛋白单克隆抗体结合抗原表位的鉴定

为鉴定抗猴免疫缺陷病毒(SIV)衣壳蛋白p27单克隆抗体(MAb) p27-A5、p27-C7和p27-D2所识别的抗原表位,本研究通过间接ELISA法相加试验对这3株MAbs结合抗原表位进行初步分析,并利用部分重叠的短肽对MAbs的结合抗原表位进行鉴定.结果表明p27-C7和p27-A5的结合抗原表位位于p27蛋白的aa61～aa76(氨基酸序列为61SEGCTPYDINQMLNCV76);p27-D2的结合抗原表位则位于aa191～aa206(氨基酸序列为191EQTDAAVKNWMTQTLL206).该结果为进一步深入了解p27的抗原特性和建立该蛋白的检测方法奠定了基础.     

红毛鸭胚源鹅细小病毒江西株的分离鉴定与NS基因的分析

自死亡的红毛鸭胚中分离获得1株病毒株(命名为JX-JA-2017株),经胶体金试纸条检测呈鹅细小病毒(GPV)阳性,经中和试验测定可被GPV阳性血清特异性中和,表明该毒株为GPV。对其进行非结构基因(NS)特征分析发现,其NS基因与GenBank登入的13株鹅细小病毒核苷酸序列同源性为94%～99.6%,氨基酸同源性为94.8%～99.5%;经分子进化分析发现,该株病毒与亚洲型GPV分离株共处于一个进化分支。以上结果揭示,红毛鸭胚存在GPV感染,且其JX-JA-2017株病毒与经典的GPV具有共同的遗传起源,丰富了GPV的流行病学与分子生态学内涵,为加强我国鹅细小病毒病的防控提供科学依据。     

鹅星状病毒辽宁株分离鉴定及遗传变异分析与抗原表位预测

从辽宁某鹅场无菌采集病死雏鹅肝脏、肾脏等病料，通过鹅胚接种、核酸检测、电镜观察等方法进行病原的分离鉴定，并对所分离的毒株进行遗传变异分析和抗原表位预测。经过接种病料鹅胚的病变特征观察、病毒PCR核酸扩增和序列分析以及透射电镜形态鉴定，确认成功分离到1株GAstV(goose astrovirus),暂命名GAstV/LN/202101(简称LN202101)。针对编码衣壳蛋白保守结构域N和P2 Capsid domain的核苷酸序列对该毒株进行遗传进化树和同源性分析，结果显示该毒株与江西株JX01(MZ576222.1)等近2年发现的毒株亲缘关系较近，在同一簇分支，且属于GAstV-Ⅱ型；但同源性已表现出差异。以HAstV(human astrovirus)已验证表位为参考，依据抗原抗体结合模型，结合生信方法推测以下4段序列可能为GAstV的抗原表位：453～467aa(PQADSRSRYNANITF)、508～513aa(VCNTLA)、525～553aa(TAVLRVNTSTTSTGGQITELRNRLNIADG)和585～597aa(DSNPGETFQSFKM)。结果表明，GAs...     

鹅细小病毒主要免疫原性蛋白VP3基因遗传变异及其原核表达

根据鹅细小病毒(GPV)B株全基因序列,设计并合成了1对特异性引物,采用PCR技术对GPV GD-01株的VP3基因进行扩增,将目的基因克隆到pGEM(R)-T后测序,分析了GPV GD-01株VP3基因的遗传变异情况,并进行原核表达.结果表明,GPV GD-01株VP3基因全长1605bp,编码534个氨基酸(DQ665790),与已发表的GPV、番鸭细小病毒(MDPV)的核苷酸、氨基酸同源性分别为96.15%、80.1%,97.78%、89.13%,说明GPV VP3基因具有较高的遗传稳定性.结合亲水性、表面极性、抗原位点分析比较GPV、MDPV VP3基因,为研究GPV和MDPV感染谱差异的分子机制提供了一定的理论基础.原核表达显示,VP3蛋白的最高表达量占整个菌体蛋白含量的29.9%,经表达条件优化可产生大量可溶性VP3表达蛋白.SDS-PAGE与Western-blot分析显示,表达的VP3蛋白的相对分子质量约60000,并能与鼠抗GPV阳性血清反应,证明具有一定的反应原性,为进一步研制基因工程疫苗及诊断制品奠定了基础.     

貉源阿留申病毒VP2和NS1蛋白的抗原性预测

旨在预测和分析貉源阿留申病毒（RFAV） VP2和NS1蛋白的抗原表位特征，筛选阿留申病毒属较保守的B、T细胞抗原表位。本研究对RFAV的近全长基因组进行克隆及测序，对其VP2和NS1基因编码蛋白的理化性质、二级结构、翻译后修饰位点和抗原表位进行预测，并将预测的修饰位点、抗原表位与其他阿留申病毒种的序列进行比较分析，筛选相对保守的修饰位点和抗原表位。结果显示，获得的RFAV基因组长4 327 bp，编码VP2蛋白的636个氨基酸，编码NS1蛋白的641个氨基酸。VP2和NS1蛋白均为亲水性蛋白，二级结构以无规则卷曲为主。在阿留申病毒属内，VP2蛋白有3个保守的B细胞抗原表位，3个保守的T细胞表位，8个保守的翻译后修饰位点；NS1蛋白有1个保守的B细胞抗原表位，2个保守的T细胞抗原表位和7个保守的翻译后修饰位点。本研究成功克隆了RFAV近全长基因组序列，全面对RFAV的VP2、NS1蛋白抗原表位、翻译后修饰位点进行预测，并分析其在阿留申病毒属内的保守和变异特征，为阿留申病毒免疫研究提供参考。     

犬圆环病毒Cap蛋白的生物信息学分析及原核表达

犬圆环病毒(CanineCV)是近年被发现的圆环病毒属新成员,获取CaineCV Cap蛋白,为研究Cap蛋白的功能以及抗原表位奠定了基础。本研究以CaineCV GX2017株基因组作为模板,使用PCR方法扩增出Cap蛋白的基因序列,对其进行生物信息学分析,并克隆至pET-28a原,进行原核表达。结果表明:GX2017的N端2~26位氨基酸存在一个核定位信号,同时含有3个B细胞表位(aa7~aa14;aa150~aa174;aa233~aa253);第134位氨基酸为N-糖基化位点,第169和第238位氨基酸为O-型糖基化位点;进化分析表明,本研究的CanineCV Cap蛋白基因序列与欧美株同源性较低,且处在不同的分支;SDS-PAGE结果显示,重组Cap蛋白在E.coli BL21(DE3)中不能正确表达,切除了NLS的d(1-26)Cap蛋白能在E.coli BL21(DE3)中大量表达;Western blot 分析表明,该重组蛋白能与Anti-His 标签抗体发生特异性反应。本研究成功构建了pET-d(1-26)Cap重组原核表达质粒,并在大肠杆菌中获得高水平表达,为进一步制备Cap蛋白的抗体奠定了基础。     

犬瘟热病毒N蛋白的B细胞抗原表位预测

将1段犬瘟热病毒N蛋白氨基酸序列（GenBank编号为：AEV77096．1）与GenBank登录的其他氨基酸序列进行比对,分析其同源性;通过DNAStar生物信息学分析软件中的Protean模块及The PredictProteinserver在线蛋白分析工具预测犬瘟热病毒N蛋白的理化性质、二级结构、亲水性、表面可及性、柔韧性、抗原指数、跨膜螺旋、蛋白相互作用位点、蛋白功能位点等特性,并预测其B细胞优势抗原表位。结果显示,犬瘟热病毒N蛋白具有规则的二级结构、亲水性、柔韧性片段多,多处于表面可及性大,抗原指数高,蛋白质相互作用位点区域。潜在的B细胞优势抗原表位为12～18、61～66、243～246、410～415、421～429、434～447、452～456、480～487氨基酸序列。结果表明,本试验预测了犬瘟热病毒N蛋白的B细胞优势抗原表位,为进一步设计犬瘟热病毒的诊断抗原多肽、免疫用抗原多肽和研发血清学检测试剂盒奠定了理论基础。     

1株鸽新城疫病毒F和HN蛋白的潜在抗原表位分析

从亲水性、抗原性、可塑性、表面可能性、二级结构等5项参数指标来综合预测1株鸽新城疫病毒（Newcastledisease virus,NDV）JN08株F和HN蛋白的潜在B细胞抗原表位,并比较其与疫苗株La Sota抗原表位的差异,同时对F和HN基因序列进行分析。综合预测显示：JN08株F和HN蛋白预测抗原表位分别有21,26处;La Sota F和HN蛋白预测抗原表位分别有19,25处。就F蛋白而言,与La Sota相比JN08毒株在82～87、99～102、411～412aa多出3处抗原表位,而在450～455aa缺失1处抗原表位。其中82～87、99～102aa这2处抗原表位位于裂解位点之前,是否对病毒的抗原性、蛋白水解酶的敏感性、毒力等造成影响还有待于进一步研究。就HN蛋白而言,JN08毒株与La Sota相比在128～132aa多出1处抗原表位,此表位位于HN蛋白的柄状部,该部分存在促进F蛋白融合活性的区域,JN08毒株在此区域多出1处抗原表位可能会对F蛋白的融合活性有一定的影响。     

NDV La Sota株、V4株F蛋白表位的预测

为进一步研究2种疫苗的表位,以深入探讨NDV La Sota株、V4疫苗免疫差异的根本所在。应用亲水性、可及性、抗原性、可塑性和二级结构预测等5种参数分别对新城疫病毒La Sota株和V4株F蛋白的B细胞抗原表位进行了综合预测,预测到二者的B细胞抗原表位分别有19个,这些表位中含有已经确定的5个中和表位,A1：72aa,A2：78aa,A3：79aa,A4：157aa、161aa、170aa、171aa,A5：343aa。比较发现,二者有9个预测的B细胞表位氨基酸序列存在差异。     

猪细小病毒NS基因原核表达与多克隆抗体制备

旨在制备抗猪细小病毒(PPV)非结构蛋白共有氨基酸的NS多肽多克隆抗体。根据GenBank(MK993540)公布的PPV基因组序列,克隆其非结构蛋白NS1、NS2共有基因序列(NS基因),并进行生物信息学分析。进而将NS基因克隆至原核表达载体pET-32a,构建重组质粒pET-32a-NS,转化至大肠埃希菌Rosetta(DE3)中进行诱导表达,利用镍柱亲和层析技术纯化表达的重组多肽,用重组多肽免疫Balb/c小鼠制备多克隆抗体。结果显示,PPV杨凌株NS基因长258bp,编码86个氨基酸的多肽,是具有亲水性的非跨膜NS多肽,具有大量的B细胞线性表位。NS多肽在37℃、0.8mol/L IPTG条件下,诱导6h有大量的可溶性表达。免疫印迹试验结果显示,该多肽具有较好的抗原性。用纯化NS多肽免疫小鼠后获得鼠抗NS多肽的血清抗体效价为1∶12800。用制备的NS多克隆抗体检测纯化的NS重组多肽及真核表达的NS1蛋白,均能检测出相应特异性条带,为进一步研究NS蛋白在PPV致病过程中的作用奠定了基础。     

Mapping of two antigenic domains on the NS3 protein of the pestivirus bovine viral diarrhea virus

The immunodominant NS3 (p80) protein of the pestivirus bovine viral diarrhea virus (BVDV) functions as a serine protease and a RNA helicase. To identify antigenic domains of the BVDV NS3, a panel of monoclonal antibodies (mAbs) was tested against fragments of the protein expressed in E. coli. Two large overlapping NS3 fragments, A (amino acids [aa] 1-434) and B (aa 368-683) which together contain all NS3 sequences, were used to screen mAbs for reactivity. Two mAbs, 21.5.8 and 1.11.3, were reactive to fragment A (in ELISA only) and one mAb, 20.10.6, was reactive to fragment B (in ELISA and Western blotting). Further mapping demonstrated that the smallest fragment mAbs 21.5.8 and 1.11.3 bound to was comprised of aa 205-369 (domain A). In Western blotting, the smallest fragment reactive with mAb 20.10.6 was comprised of aa 368-549 (domain B). However, in indirect ELISA, mAb 20.10.6 also demonstrated high reactivity to a smaller fragment comprising aa 368-512 (domain B'). This indicated that the epitope of mAb 20.10.6 was conformational and not linear. Blocking ELISAs using these mAbs and type 1 and type 2 BVDV antisera demonstrated that an immunodominant region of the NS3 protein in cattle is defined by aa 205-549.     

猪细小病毒SY-99株非结构蛋白NS1基因的克隆及序列分析

猪细小病毒（Porcine parvovirus,PPV)SY-99株由本室分离，提取SY－99株的基因组DNA，利用PCR扩增出全长NS1基因，将该基因克隆到 核表达载体pET28a中并测序。结果表明，NS1基因全长1989bp，编码662个氨基酸，氨基酸序列中含有PP 制过程中发挥重要作用的保守基序GKRN，并有3个潜在的糖基化位点，分别位于356－359、446－449、513－516位氨基酸处，SY－99株NS1基因与其它PPV毒株NADL2－1、NADL2－2、Kresse株核苷酸同源性分别为98％、99％、99％，氨基酸同源性分别为97％、99％、995。SN1基因的克隆为研究NS1在PPV的复制中所发挥的功能及利用人工表达的NS1来制备诊断抗原提供了可能。     

牛病毒性腹泻病毒NS3蛋白的生物信息学分析及多表位筛选

本研究旨在对牛病毒性腹泻病毒（BVDV）NS3蛋白进行生物信息学分析及T细胞和B细胞表位的筛选。从GenBank数据库中找到NS3蛋白的氨基酸序列，用Expasy ProtParam在线服务器分析所得序列理化性质。使用TMHMM Server分析跨膜结构域，使用DNAStar软件预测NS3蛋白的二级结构，为了更准确地预测蛋白质的二级结构，使用SOPMA分析软件进行了二次预测。使用Phyre2在线服务器预测NS3蛋白的三级结构，并用Raswin软件标出各个元素所处的位置。使用4种预测软件（BCPREDS、ABCpred、BepiPred和SVMTriP）分析NS3蛋白的线性B细胞表位，使用NetMHCⅡpan预测CD4⁺ T细胞表位，使用NetBoLApan和IEDB预测CD8⁺ T细胞表位，将所得到的结果进行T细胞和B细胞表位筛选。结果表明，NS3蛋白质由683个氨基酸组成，分子质量为75 ku，理论等电点（pI）为8.31，化学式为C₃₃₄₇H₅₃₄₆N₉₁₆O₁₀₀₉S₂₈，不稳定系数为35.93，平均亲水性（GRAVY）值为-0.267，表明NS3为稳定性亲水蛋白质。TMHMM结果显示，NS3蛋白不具有跨膜结构域。SOPMA结果表明，在NS3蛋白的二级结构中，α-螺旋、β-折叠、β-转角和无规则卷曲分别约占30.75%、22.55%、8.35%和38.35%，用DNAStar软件分别标出了α-螺旋、β-折叠、β-转角和无规则卷曲所处的位置。运用4种不同的B细胞预测软件筛选出8个线性表位：12-16、289-298、349-360、394-407、421-432、489-498、515-525和665-679位氨基酸。用NetMHCⅡpan筛选出4个T细胞表位：248-262、315-320、400-414和482-496位氨基酸。本研究为BVDV NS3蛋白优势抗原的筛选提供了理论依据。     

鹅细小病毒非结构蛋白和结构蛋白的二级结构及B细胞抗原表位预测

利用DNAStar软件包中的Editseq将GPV H1株非结构蛋白和结构蛋白核苷酸序列翻译成氨基酸序列,然后利用Protean软件进行氨基酸序列分析,分别预测结构蛋白和非结构蛋白的二级结构及B细胞抗原表位。结果表明,GPVH1株非结构蛋白和结构蛋白具有丰富的二级结构和多处抗原指数较高的区段,其中非结构蛋白的NS2和结构蛋白的VP3含有较多的潜在的B细胞优势抗原表位。