蠓虫源盖塔病毒(SZC30)结构基因分子生物学特征分析

为了解云南蠓虫源盖塔病毒（GETV） SZC30株分子特征及其与国内外其他媒介和宿主动物中分离病毒的遗传进化关系,本研究采用5对盖塔病毒特异引物对2013年首次在云南省蠓虫中分离的盖塔病毒SZC30株结构基因进行RT-PCR扩增,并对扩增产物进行测序;采用DNAStar软件中SeqMan进行序列拼接,获得SZC30株病毒结构基因序列长3 762 nt,编码衣壳蛋白（C）、E1、E2、E3和6K蛋白,序列长度分别为804、1 317、1 266、192和183 nt,编码蛋白长度分别为268、438、422、64和61个氨基酸。C、E1和E2基因系统进化分析显示,SZC30株与1955-2018年不同地域、宿主分离的27株盖塔病毒分离株形成Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ 4个进化分支;SZC30株与中国、韩国和日本蚊虫和动物分离株位于Ⅲ进化分支内,核苷酸同源性最高,在98.0%以上,氨基酸同源性在98.9%以上,亲缘关系较近;而与马来西亚、俄罗斯等蚊虫分离株位于不同进化分支,核苷酸同源性低于97.6%,亲缘关系较远;与马来西亚蚊虫分离株（GenBank登录号：AF339484）、中国海南和云南蚊虫分离株（GenBank登录号：EU015061和KY434327）在C、E1和E2蛋白存在31个氨基酸差异位点,而与日本蚊虫分离株（GenBank登录号：LC152056）、中国猪分离株（GenBank登录号：MG865966和MG865969）氨基酸位点无差异,且同源性为100%。SZC30株与27株盖塔病毒在E1、E2蛋白上存在2个潜在糖基化位点和3个跨膜区;T细胞抗原表位分析结果显示,SZC30株与分离自蚊、猪、狐、牛和马等的盖塔病毒分离株均存在表位差异,其中,E1、E2蛋白发现较多表位差异。以上结果提示,蠓虫源盖塔病毒与大多数蚊虫和动物分离毒株同源性高、遗传进化关系近,且氨基酸位点、糖基化位点、跨膜区结构等分子特征相似,提示蠓虫可能作为一种潜在的传播媒介参与了当地盖塔病毒的传播扩散。     

猪细环病毒1b型ORF3基因克隆及序列分析

为明确福建省猪细环病毒（porcine torque teno sus virus,PTTSuV）1b型（PTTSuV-1b）ORF3基因的遗传进化特征,本研究根据GenBank中登录的PTTSuV-1b基因组特征设计特异性引物,对福建省某猪场患有仔猪断奶后多系统衰竭综合征(PMWS)的猪血清进行PTTSuV-1b分段扩增,并分别对PCR扩增产物进行胶回收后克隆测序,将测序结果经BLAST分析后进行序列拼接。试验结果表明,所扩增的目的片段编码有完整的PTTSuV-1b ORF3蛋白,全长为600 bp,编码有199个氨基酸。将获得的PTTSuV-1b型福建株与GenBank中PTTSuV-1b型的ORF3基因进行比对分析,其与FJ/China/2010/TTV2/2株核苷酸同源性最高,为99.7%,与西班牙PTTSuV-1b分离株TTV2_G43核苷酸同源性为97.3%,与SC株核苷酸同源性稍低,但也达94.0%;而与猪细环病毒K2型德国家猪分离株472142株核苷酸同源性仅为60.7%,与猪细环病毒1a型西班牙分离株PTTV1_1914株核苷酸同源性仅为46.8%。从遗传进化关系上看,PTTSuV-1b ORF3基因在遗传进化上呈2个大的遗传进化分支（分支Ⅰ和分支Ⅱ）,本研究分离株处于分支Ⅰ。     

猪嵴病毒VP0基因的克隆与序列分析

本研究根据猪嵴病毒(porcine kobuvirus,PKV)VP0基因序列特征设计特异性扩增引物,采用RT-PCR方法扩增猪嵴病毒VP0基因全长编码区。将特异性扩增目的片段克隆后进行序列测定,将结果进行拼接后获得猪嵴病毒VP0基因全长并进行相关生物信息学分析。所扩增的目的片段编码有完整的VP0基因开放阅读框,全长为1 098 bp,编码有366个氨基酸,理论等电点为6.71,理论分子质量为38.489 ku,不稳定系数为34.65,最大疏水指数为2.622,最小疏水指数为-2.122。将获得的VP0基因和GenBank中的猪嵴病毒代表株VP0基因序列进行核苷酸同源性比对和遗传进化分析,其与HNXX-4核苷酸同源性最高,为89.1%,与S-1-HUN核苷酸同源性最低,为81.1%。从遗传进化上看,猪嵴病毒VP0基因在遗传进化上呈两个独立的基因亚群,猪嵴病毒中国分离株在两个遗传基因亚群上均有分布。     

H9N2亚型禽流感病毒新疆油鸡分离株NS基因序列测定及进化生物信息分析

为了明确新疆油鸡H9N2亚型禽流感病毒(AIV)非结构蛋白基因NS的遗传进化情况,本研究采用RT-PCR方法对新疆油鸡分离株的NS基因进行了克隆和序列测定,获得NS蛋白的完整编码序列。将NS基因的核苷酸序列和对应的氨基酸序列与GenBank中已经公布的参考序列进行同源性比较,结果表明,新疆油鸡分离株的NS基因与国内其他物种稳定存在的H9亚型AIV A/Chicken/Beijing/1/1994的NS基因处于同一分支,在系统进化上属于NS基因的A等位基因群。     

猪细环病毒1a型ORF1基因的克隆与序列分析

为明确猪细环病毒(porcine Torque teno sus virus,PTTSuV)1a型福建株ORF1基因的特征,本研究采用分段扩增的办法从PTTSuV 1a型感染阳性粪便中扩增PTTSuV 1a型福建株ORF1基因,对PCR扩增产物胶回收克隆测序后利用SeqMan软件拼接出完整的PTTSuV 1a型福建株ORF1基因,通过分子生物学软件对其编码蛋白进行生物信息学分析。结果表明,PTTSuV 1a型福建株ORF1基因全长为1 947 bp,编码648个氨基酸,其理论等电点为10.06。核苷酸同源性比对结果表明,本试验PTTSuV 1a型福建株ORF1基因和PTTSuV 1a型TTV1 Bj2-1株(GenBank登录号:HM633243)同源性最高,达99.7%。利用Mega 6.06绘制其遗传进化树,可见PTTSuV 1a型ORF1基因在遗传进化上呈两个大的遗传进化分支(分支Ⅰ和分支Ⅱ),分支Ⅰ又可分为两个小的分支(Ⅰa和Ⅰb),本研究为丰富福建源PTTSuV 1a型分子流行病学数据库奠定基础。     

基因重组型番鸭细小病毒FJM3的全基因组特征

从1例未免疫雏番鸭细小病毒活疫苗与鹅细小病毒活疫苗的临床病死雏番鸭脏器中成功分离到1株番鸭细小病毒(FJM3株)。为明确其基因组特征,运用PCR方法,扩增出番鸭细小病毒FJM3株全基因组。结果表明,FJM3株基因组全长为5017nt,其基因组结构和经典番鸭细小病毒参考毒株一致。序列比对结果表明,FJM3株全基因组序列与GenBank中登录的经典MDPV参考株(FM株)核苷酸序列同源性为94.0%,与番鸭源GPV参考株(Y株)核苷酸序列同源性为85.6%。全基因组遗传进化分析表明,FJM3株处于MDPV遗传进化分支;VP1基因遗传分析表明,FJM3株处于经典MDPV遗传进化分支;VP3遗传进化表明,FJM3株处于GPV遗传进化分支。对FJM3株和参考株(FM株、Y株和SYG61v)进行遗传重组分析表明,该毒株于存在2处MDPV与GPV的基因重组现象。     

鹅圆环病毒福建株全基因组的克隆及序列分析

为明确鹅圆环病毒(Go CV)福建株的基因组特点,设计反向引物,从一例生长不良鹅中PCR扩增获取Go CV福建株基因组序列。结果表明,Go CV福建株(命名为FJ2016株)基因组全长为1 821 bp,其编码的复制相关蛋白长度为882 bp,编码293个氨基酸;其编码的抗原相关蛋白长度为753 bp,编码250个氨基酸。从遗传进化关系可见,Go CV在遗传进化上可以分为2个大的分支(Go CV-1与Go CV-2),FJ2016株处于Go CV-1分支。从核苷酸同源性比较可见,FJ2016株和yk2株核苷酸同源性最高,达98.2%;但与2GK株核苷酸同源性仅为82.4%;与疣鼻天鹅源圆环病毒Sw株(EU056310)核苷酸同源性为73.7%,低于80%。FJ2016株和Go CV-1分支代表株核苷酸同源性在97.3%~98.2%之间,与Go CV-2分支代表株核苷酸同源性在93.1%~93.5%之间。该病例为福建地区首次报道存在鹅圆环病毒感染。     

红毛鸭胚源鹅细小病毒江西株的分离鉴定与NS基因的分析

自死亡的红毛鸭胚中分离获得1株病毒株(命名为JX-JA-2017株),经胶体金试纸条检测呈鹅细小病毒(GPV)阳性,经中和试验测定可被GPV阳性血清特异性中和,表明该毒株为GPV。对其进行非结构基因(NS)特征分析发现,其NS基因与GenBank登入的13株鹅细小病毒核苷酸序列同源性为94%～99.6%,氨基酸同源性为94.8%～99.5%;经分子进化分析发现,该株病毒与亚洲型GPV分离株共处于一个进化分支。以上结果揭示,红毛鸭胚存在GPV感染,且其JX-JA-2017株病毒与经典的GPV具有共同的遗传起源,丰富了GPV的流行病学与分子生态学内涵,为加强我国鹅细小病毒病的防控提供科学依据。     

H7N2禽流感病毒CK/HB/1/02株NA全基因序列分析

采用RT-PCR扩增了国内H7N2禽流感病毒(AIV)CK/HB/1/02分离株的完整神经氨酸酶(NA)基因节段,测定了其核苷酸序列,并与GenBank中AIV NA基因序列进行了同源性比较和氨基酸编码分析,绘制了NA基因的系统发育进化树。结果表明,AIVCK/HB/1/02分离株NA基因的完整序列长度为1467bp,包括5′-末端和3′-末端的非编码区,其最大阅读框(ORF)编码469个氨基酸,第61~65位氨基酸序列为-NITGI-,不同于国内H9N2AIV的特殊遗传标记。该病毒NA基因的核苷酸序列与GenBank中人类流感病毒A/Leningrad/134/57(H2N2)的NA基因同源性最高,为93.3%;其次为香港的鸭源、人源、猪源H3N2病毒(89%~93%);而与我国北京、广东、香港和韩国的H9N2AIV以及美国的H7N2AIV的同源性较低(85%~88%)。在N2基因系统发育进化树中,CK/HB/1/02分离株处于欧亚分支内,与H2N2人流感病毒的亲缘关系较近;与北美H7N2AIV处在不同分支,遗传距离较远。     

猪葡萄球菌EXHC、SHETA基因的克隆、序列分析及蛋白结构预测

为分析猪葡萄球菌脱落毒素EXHC和SHETA基因结构并预测其所编码蛋白的结构和功能,本试验根据GenBank已报道的猪葡萄球菌脱落毒素EXHC和SHETA基因序列分别设计了1对特异性引物,从猪葡萄球菌GDZC株中扩增获得EXHC和SHETA基因片段,大小分别为1007和971 bp。序列分析结果表明,EXHC基因与猪葡萄球菌丹麦分离株(GenBank登录号:AF515455)及猪源松鼠葡萄球菌河北分离株(GenBank登录号:JF755400)的核苷酸序列、氨基酸序列同源性均为100.0%,而与其他葡萄球菌脱落毒素基因的核苷酸、氨基酸序列同源性分别为3.3%~53.9%和7.9%~44.2%。SHETA基因与日本分离株(GenBank登录号:AB036768)的核苷酸序列同源性为96.2%,氨基酸序列同源性为98.4%,在保守区共有31个碱基发生突变。利用DNAStar软件对EXHC和SHETA蛋白结构进行分析,结果显示EXHC基因编码的蛋白为亲水性蛋白,SHETA基因编码蛋白为疏水性蛋白,抗原性较差。本研究从猪葡萄球菌GDZC株中成功扩增获得EXHC和SHETA基因片段并对其编码的蛋白结构进行了预测,证实了中国分离的猪葡萄球菌同时携带有EXHC和SHETA 2种毒素基因,为进一步研究猪葡萄球菌的致病机理及毒素之间的相互作用提供了理论依据。     

Cloning and Sequence Analysis of the VP0 Gene of Porcine Kobuvirus

In this study, specific primers were designed according to VP0 gene of porcine kobuvirus (PKV), and the full-length coding region of VP0 gene was amplified by RT-PCR method and sequenced, then bioinformatics analysis were conducted to investigate the structure and function of the porcine kubovirus VP0 gene.The results showed that the porcine kobuvirus VP0 gene was 1 098 bp in length, coding an open reading frame (ORF) with 366 amino acids.The isoelectric point, molecular weight and instability index of porcine kubovirus VP0 were 6.71, 38.489 ku, 34.65, respectively.The maximum and minimum hydrophobicity were 2.622 and —2.122, respectively.Compared with the porcine kubovirus VP0 genes published previously in GenBank, the sequenced gene shared the highest homology with HNXX-4 strain, which was 89.1%;And shared the lowest homology with S-1-HUN strain, which was 81.1%.The porcine kubovirus VP0 gene shared two different phylogenetic genotype branches, and the Chinese porcine kubovirus isolates distributed in the two phylogenetic genotype branches.     

鹦鹉幼雏病病毒福建株VP1基因的克隆及序列分析

为明确虎皮鹦鹉源鹦鹉幼雏病病毒（budgerigar fledgling disease polyomavirus,BFPyV）福建株（命名为FJ-2016株）结构蛋白VP1基因特征,本研究针对BFPyV VP1基因特点设计特异性引物,利用PCR方法扩增获得FJ-2016株VP1基因全长序列,目的片段经胶回收后进行克隆测序。结果显示,BFPyV FJ-2016株VP1基因全长为1 032 bp,编码343个氨基酸。所编码VP1蛋白的理论等电点为5.77,不稳定指数为40.91,是不稳定蛋白;脂肪系数为74.72;总平均疏水性指数为-0.366。将获得的VP1基因序列提交至GenBank,登录号为：MG148345。核苷酸同源性分析表明,不同时间、地区和品种BFPyV的VP1基因十分保守,相互之间的核苷酸同源性均在99.1%以上。遗传进化分析发现,不同时间和地域BFPyV相互之间亲缘关系较近,但可细分为两个大的遗传进化分支（Clade 1和Clade 2）。从宿主品种来看,虎皮鹦鹉源BFPyV各分离株的遗传进化与分离时间及地域无明显关系,虎皮鹦鹉源BFPyV分离株在Clade 1和Clade 2分支均有分布。本研究首次证实福建地区虎皮鹦鹉中存在BFPyV感染,相关研究结果为丰富不同地区BFPyV分子流行病学数据提供参考。     

猪博卡病毒非结构蛋白NP1基因的克隆及基因分型研究

为明确猪博卡病毒福建株非结构蛋白NP1的特征,本研究根据GenBank中登录的非结构蛋白NP1的基因特征,设计特异性引物从一份患有断奶仔猪多系统衰竭综合征的仔猪肺脏和淋巴结基因组DNA中扩增到猪博卡病毒非结构蛋白NP1的全长基因序列。测序结果显示,本试验克隆的猪博卡病毒非结构蛋白NP1的基因全长为675bp,编码有224个氨基酸,其与美国株猪博卡病毒(OH110株)核苷酸同源性最高,达97.3%,但与美国株猪博卡病毒(IN109-1株)核苷酸同源性仅为81.8%;与英国北爱尔兰野猪博卡病毒(F41株和64-1株)同源性均不高,分别为82.5%和80.9%;与猪博卡病毒(H18株)核苷酸同源性最低,仅为43.8%。通过对猪博卡病毒代表株进行核苷酸同源性比对分析发现,猪博卡病毒存在3个主要的基因群,不同基因群非结构蛋白NP1的核苷酸同源性均低于50.0%。结果提示需对猪博卡病毒进行明确的划分,不同来源的猪博卡病毒可细分为3个明显的代表种。     

吉林省猪圆环病毒3型的分子流行病学调查及遗传演化分析

为了解猪圆环病毒3型(porcine circovirus type 3,PCV3)在吉林省的流行情况和分子生物学特性,本研究通过PCR方法对吉林省2015-2017年的484份血清样品进行PCV3检测,将PCV3检测阳性的样品进行ORF2基因扩增和测序,并利用生物信息学软件DNAStar和Mega 6.06对ORF2基因的分子生物学特性进行分析。结果显示,吉林省2015-2017年PCV3样品总感染率和猪场感染率分别为28.1%(136/484)和65.8%(25/38),且呈逐年上升趋势。同源性分析结果表明,本研究获得的4株PCV3 ORF2基因的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为98.3%～98.9%和97.7%～99.5%,4株PCV3 ORF2基因与国内外参考毒株ORF2基因的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为97.7%～99.7%和96.7%～100%。遗传进化分析表明,PCV3存在2个亚群:PCV3a和PCV3b。本试验分离的PCV3毒株分别位于2个亚群上,1株属于PCV3a亚群,3株属于PCV3b亚群。PCV3毒株Cap蛋白第24(A、V)和27位(R、K)氨基酸的不同可能与PCV3毒株的进化相关。本试验结果表明,PCV3在吉林省猪群和猪场中存在很高的感染率,PCV3毒株之间高度保守,本研究结果为PCV3的分子特性研究提供了参考依据。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒HS株结构蛋白基因的克隆与序列分析

根据GenBank中猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)美洲株(VR-2332)基因序列,设计合成了ORF2a、ORF3、ORF4、ORF5、ORF6和ORF7基因的引物.利用RT-PCR扩增出PRRSV HS株各基因的cDNA片段,将扩增的各cDNA片段克隆入pMD18-T载体并测序.应用DNA Man软件,将测序结果与国内外已发表野毒株和疫苗株(VR-2332、Resp MLV、16244B、HN1、BJ-4、CH1-a、HB-1、HB-2、LV)的相应基因进行序列比较,并绘制系统进化树.结果表明,PRRSV HS株与美洲型的相应基因核苷酸同源性为83.6%～99.7%,与LV株的相应基因核苷酸同源性为38.9%～49%;推导的氨基酸与美洲型相应基因的同源性为86.6%～99.6%,与LV株的同源性为54.2%～78.2%.系统进化树表明,PRRSV HS株属于美洲型,与HN1、VR-2332、RespMLV、16244B、BJ-4亲缘关系较近.     

Cloning and Sequence Analysis of ORF1 Gene of Porcine Torque Teno sus Virus Type 1a

In order to know the ORF1 gene of the Fujian isolates of porcine Torque teno sus virus (PTTSuV) type 1a,the study amplified the ORF1 gene of PTTSuV type 1a from the DNA isolated in the feces with diarrhea in Fujian province.The target PCR fragments were cloned and sequenced,and spliced with SeqMan software.The results showed that the cloned ORF1 gene of PTTSuV type 1a was 1 947 bp in length,coding an open reading frame (ORF) with 648 amino acids,its theoretical isoelectric point was 10.06.The nucleotide sequence and the amino acid sequence deduced from the gene were analyzed by the bioinformatics software.Compared with the PTTSuV type 1a ORF1 gene from GenBank,the sequenced gene shared the highest homology with TTV1 Bj2-1 strain (GenBank accession number:HM633243) at 99.7%.The phylogenetic tree was constructed with Mega 6.06,the PTTSuV type 1a could be divided into 2 different phylogenetic clusters (clusterⅠ and cluster Ⅱ),the cluster Ⅰ also had two distinguish branch (Ⅰa and Ⅰb).The results of this study could enrich the genomic characterization of PTTSuV type 1a in Fujian.     

兔出血症病毒JL株分离鉴定及VP60基因主要抗原表位分析

采用血凝试验、电镜观察、RT－PCR方法分离鉴定了1株JL株兔出血症病毒（RHDV），扩增衣壳蛋白VP60基因，将扩增片段克隆到pMDl8－T载体上，经酶切鉴定后测序。结果显示，VP60基因全长1740bp，编码580个氨基酸；JL株与其他RHDV分离株比较，核苷酸同源性为93．7％－99．2％，氨基酸同源性在97．3％－99．5％，在VP606个区中，A、B、D、F是稳定区，氨基酸变异多发生在衣壳蛋白C、E区，表明毒株具有高度保守性；将JL株与国内外标准株蛋白氨基酸变畀及其亲水性、柔性区、抗原区和表面结构进行比较分析，预测RHDV VP60细胞表位。