RAPD分子标记鉴定紫花苜蓿品种的反应体系优化

以中苜1号紫花苜蓿(Medicago sativa L.cv.Chongmu No.1)为研究材料,通过对RAPD-PCR反应退火温度、反应体系中的模板DNA、Taq聚合酶、Mg²⁺、dNTP、引物用量的梯度处理,分别对各项单因子进行优化。结果表明,当退火温度为37℃,总反应体积25μl时,各反应物适宜用量为模板DNA80ng,Taq聚合酶1.5U,Mg²⁺6.25×10^-5mmol,dNTP0.3×10^-5mmol,随机引物0.4×10^-5mmol,缓冲液KCl1.25×10^-3mmol,扩增结果清晰、稳定,并且在不同实验室扩增结果具有较好的一致性。     

正交设计优化黑褐苔草ISSR-PCR反应体系

采用正交设计对黑褐苔草（Carexa trofusca）ISSR-PCR反应的Mg²⁺、Taq DNA聚合酶、dNTP、引物和DNA模板进行优化,以期建立最佳反应条件并筛选退火温度。结果表明：黑褐苔草20μLISSR-PCR最佳反应体系为：1.80μmol·L^-1 Mg²⁺、0.60 U Taq DNA聚合酶、0.125μmol·L^-1 dNTP、0.3μmol·L^-1 Primer和50ngDNA模板;引物UBC807适宜退火温度为55℃。该体系能在不同个体中扩增出清晰的、稳定性好的条带。     

鹰嘴豆ISSR反应体系的正交优化

鹰嘴豆(Cicer arietinum)ISSR反应体系的建立可以为鹰嘴豆种质资源遗传多样性分析、遗传图谱构建和基因定位提供理论依据和技术参考。本研究以CTAB法提取的鹰嘴豆DNA为模板,采用L₁₆(4⁵)正交设计直观分析法,对鹰嘴豆ISSR-PCR反应中的4个主要因素(Mg²⁺浓度,引物浓度,TaqDNA聚合酶浓度,dNTPs浓度)在4个水平上进行优化,并在最优ISSR-PCR反应体系的基础上对引物UBC826的最适退火温度进行筛选。结果表明:Mg²⁺和引物浓度对PCR扩增结果有显著影响,dNTPs和Taq酶的浓度变化对PCR扩增结果无显著影响。鹰嘴豆ISSR-PCR优化反应体系(25 μL)为:3 mmol·L^-1 Mg²⁺,0.2 mmol·L^-1 dNTP,0.24 μmol·L^-1引物,2 U Taq DNA聚合酶。UBC826最适退火温度为56℃。     

白三叶RAPD分析条件优化

对白三叶RAPD反应体系中的模板DNA用量、随机引物浓度、dNTP浓度、TaqDNA聚合酶浓度、Mg²⁺浓度分别进行了梯度试验。结果表明,在总体积25μL体系中,模板DNA20ng、引物9.9ng、dNTP浓度0.4mmol/L、T aqDNA聚合酶3U、Mg²⁺浓度1mmol/L的反应体系可得到稳定清晰的RAPD扩增图谱,该体系可用于白三叶遗传多样性分析。     

结缕草属植物ISSR-PCR反应体系研究

以SDS法提取的结缕草(Zoysia spp.)叶片DNA为模板,应用正交试验设计,从Mg²、dNTP、引物和DNA聚合酶并通过比较不同浓度的模板DNA对PCR扩增的影响,确立结缕草属植物ISSR-PCR反应的最佳体系。结果表明:各因素不同浓度对PCR反应结果有显著影响,正交设计可以用于ISSR反应体系建立,该方法建立的结缕草属植物ISSR-PCR优化反应体系为10X Buffer7、0 ng模板DNA、Mg²+2.0 mmol·L^-1、dNTP 150μmol·L^-1、Primer 0.3μmol·L^-1、Taq DNA聚合酶1.0 U,总体积20μL;经对11份结缕草属植物进行检验,证明该体系稳定可靠。该体系的建立可为今后利用ISSR标记技术进行结缕草属遗传多样性研究、种质资源鉴定和亲缘关系分析等提供依据。     

马蔺ISSR-PCR反应体系的建立与优化

根据正交试验设计原理,设计探索正交试验和细调正交试验以确定马蔺(Iris lacteal Pall.var.chinensis(Fisch.)Koidz)ISSR-PCR反应体系中各成分的浓度,从dNTP、Taq酶、Pri mers、Mg²⁺4种因素对马蔺ISSR反应体系进行了优化,得到适合马蔺的ISSR-PCR最佳反应体系,即25μl的反应体系中含有dNTP 0.3 mmol/L、Taq酶1.5 U、Pri mers 0.4μmol/L、Mg²⁺2.5 mmol/L以及1×buffer和50 ng模板DNA。通过对马蔺ISSR-PCR最佳反应体系进行梯度退火试验,得到这条引物的最佳退火温度为52℃。这一体系的建立为今后利用ISSR标记技术研究马蔺遗传多样性奠定了基础。     

海雀稗SRAP-PCR分子标记体系优化及引物筛选

以4个代表性海雀稗（Paspalum vaginatum）种质的叶片DNA为模板,采用L₉（3⁴）正交试验设计,对影响海雀稗SRAP-PCR反应的Mg²⁺、dNTP、引物和TaqDNA聚合酶的用量进行了优化,并比较了不同浓度模板DNA对扩增的影响,以确定适合海雀稗的SRAP-PCR最佳反应体系。结果表明：海雀稗SRAP-PCR最佳反应体系为10×PCR buffer 1 μL、模板DNA50 ng、Mg²⁺2.5 mmol·L^-1、dNTP150 μmol·L^-1、引物0.4 μmol·L^-1、TaqDNA聚合酶1.0 U,总体积10 μL。利用该反应体系从100对引物中筛选出可扩增清晰条带的引物83对,在83对引物中选出多态性丰富的引物44对。SRAP-PCR反应体系的优化及引物筛选,为今后利用SRAP标记技术进行海雀稗遗传多样性研究、基因定位、遗传图谱的构建以及分子标记辅助育种提供技术支持。     

结缕草属植物RAPD反应体系的优化

为建立一个稳定的结缕草属植物RAPD-PCR反应体系,以结缕草种源Z111(Zoysia japonica Steud.)为实验材料,研究了模板DNA浓度、Taq酶、mg²⁺浓度、dNTP浓度、引物及扩增缓冲液浓度等各个主要因素对结缕草RAPD-PCR反应的影响,并分别对各项单因子进行优化。结果表明:总反应体积为20×L时,各反应物的适宜用量分别为模板DNA浓度30 ng、Taq酶1.0U、mg²⁺2.5 mmol/L、dNTP 0.19mmol/L、引物0.5×mol/L、10×buffer2.0×L;5种、1变种共20份结缕草种源材料验证,显示该体系扩增条带多、清晰结果稳定,表明该体系是一个适合结缕草属植物RAPD-PCR反应的体系。     

枇杷iPBS分子标记的PCR体系优化与引物筛选

枇杷的DNA为模板进行iPBS-PCR扩增,采用预实验中效果较好的iPBS分子标记引物2241,对枇杷iPBS-PCR反应体系中的dNTP、Mg2+、引物、模板用量进行优化,根据检测结果确定枇杷iPBS-PCR使用：10×Taq buffer 2μL,25mM Mg2+ 1.6μL,2.5mM dNTP 1.6μL,10μmol/L Primer 1μL,5U/μL Taq酶0.2μL,模板DNA 5ng 的20μL反应体系。反应程序中的退火温度可以参考iPBS引物理论Tm值。对33条iPBS引物扩增测试的结果显示在该反应体系下可以筛选到22谱带清晰、多态性好的引物,可用于枇杷的分子标记分析。     

三角紫叶酢浆草ISSR反应体系的建立与优化

采用正交设计直观分析法,对影响三角紫叶酢浆草ISSR-PCR反应较大的5个因素(Mg²⁺、Taq酶、引物、模板DNA、dNTP)在5个水平上进行优化实验;从100个随机引物中筛选出适宜的引物,并筛选出其最佳退火温度;最后对反应程序进行优化。由此首次建立了适合三角紫叶酢浆草的ISSR-PCR反应体系:25 μL反应液中含10×buffer 2.5 μL,Mg²⁺ 1.25 mmol/L,Taq酶0.9 U,引物0.3 μmol/L,模板DNA 60～100 ng,dNTP 0.25 mmol/L。反应程序为:94℃预变性5 min;94℃变性50 s,退火时间60 s(根据不同引物选择对应最佳退火温度),72℃延伸1.5 min,循环40次;72℃延伸7 min,4℃保存。这一优化系统的建立为今后利用ISSR标记技术研究酢浆草属植物提供理论依据和技术参考。     

杂花苜蓿SRAP-PCR反应体系的正交优化

利用正交设计L₁₆(4⁵)对杂花苜蓿(Medicago varia Martin.)SRAP-PCR反应体系的5因素(Taq酶、Mg₂⁺、模板DNA、dNTP、引物)在4个水平上进行优化试验,旨在建立一套适用于苜蓿属(Medicago L.)种质资源的SRAP标记技术体系。结果表明:各因素对PCR反应结果都有显著影响,由F值可知,dNTP的量对反应结果影响最大,其次是Taq酶的量,模版DNA浓度的影响最小,各因素水平的变化对PCR反应的影响依次为:dNTP>Taq酶>Mg₂⁺>引物>模板DNA;筛选出各反应因素的最佳水平,建立杂花苜蓿SRAP-PCR反应的最佳体系(25μL)为:dNTP 2μL(0.20 mmol·L^-1),TaqDNA聚合酶0.3μL(1.50 U),Mg₂⁺3μL(1.50mmol·L^-1),上、下游引物各1μL(0.40μmol·L^-1),50ng模板DNA1μL,10×PCR buffer 2.5μL(不含Mg₂⁺)。这一优化体系的建立,为今后利用SRAP标记技术进行苜蓿属植物遗传图谱构建、遗传多样性分析及种质资源鉴定等研究奠定了技术基础。     

紫花苜蓿RAPD反应条件优化

以"中苜一号"、"大西洋"、"渭南"3个苜蓿品种为材料,对RAPD反应条件中的MgCl₂浓度、dNTP浓度、随机引物浓度、模板DNA用量、TaqDNA聚合酶用量以及扩增缓冲液浓度分别进行梯度试验.结果表明,该反应体系的体积为25μL,MgCl₂浓度为2.7mmol/L,dNTP浓度为150μmol/L,随机引物浓度为0.192μmol/L,TaqDNA聚合酶用量为每一反应体系2U,扩增缓冲液浓度(以KCl浓度为指标)为50mmol/L,模板DNA用量为120ng.通过试验建立了一套稳定的RAPD反应体系.该反应体系扩增效果好.     

多花胡枝子基因组DNA提取与RAPD反应体系优化

以多花胡枝子干种子、萌发种子及开花期叶片三种材料提取基因组DNA,其中开花期叶片用CTAB法提取、干种子和萌发种子用SDS法提取的DNA均用于RAPD研究。结果表明,叶片基因组DNA的RAPD扩增最佳反应体系是:DNA模板用量为75ng,Mg²⁺浓度2.1mmol/L,dNTP浓度200μmol/L,随机引物浓度为0.2pm/μL,10×buffer2.5uL,TaqDNA聚合酶1.5个单位,反应总体积25uL;扩增反应程序:94℃预变性3min;94℃变性30s,36℃退火30s,72℃延伸1min,循环45次,72℃延伸10min。     

蒺藜苜蓿SSR反应体系优化及在一年生苜蓿种质鉴定中的应用

利用正交设计和完全随机试验优化蒺藜苜蓿(Medicago truncatula Gaertn)SSR标记的PCR反应体系。结果表明,适合于一年生苜蓿(Medicago L.)遗传分析的SSR技术体系为:10μL反应体系中TaqDNA聚合酶为1U,dNTP浓度为0.20mmol/L,Mg²⁺浓度为2.0mmol/L,引物浓度为1.5umol/L,模板DNA用量为20ng/uL;利用该反应体系将2个蒺藜苜蓿亲本和杂交种有效鉴别;利用SSR标记对19个一年生苜蓿种质进行SSR-PCR扩增,用8%的非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测,不同种质间DNA谱带多态性丰富,通过UPGMA方法聚类分析可以明确区分19个一年生苜蓿种质。