池塘和稻田养殖模式对金边鲤和建鲤肌肉品质的影响

分析了稻田和池塘养殖模式下金边鲤和建鲤肌肉营养成分、理化特性和质构特性,并进行营养价值评价,评估金边鲤的肌肉品质,为开发和推广金边鲤稻田养殖提供数据依据。结果显示,稻田金边鲤的粗脂肪、粗灰分和系水力均显著高于池塘金边鲤;稻田建鲤和池塘建鲤的基本营养成分除水分外差异均不显著;稻田金边鲤肌肉的硬度、弹性、咀嚼性显著高于池塘建鲤和稻田建鲤,硬度和恢复性显著高于池塘金边鲤,而内聚性显著低于池塘金边鲤、池塘建鲤和稻田建鲤;测定的17种氨基酸中,4组鱼肉的Lys含量均高于WHO/FAO标准和鸡蛋蛋白标准,稻田金边鲤的∑TAA、∑EAA、∑DAA和∑NEAA均高于池塘建鲤和稻田建鲤,且EAA/TAA比值更接近FAO/WHO要求的40%的标准;稻田和池塘金边鲤的EAAI均超过100分,高于稻田和池塘建鲤(82.31～83.36分);测定出的24种脂肪酸中,稻田金边鲤的∑SFA、∑MUFA和DHA+LA+油酸总量均高于其他3组。研究表明,金边鲤和建鲤鱼肉可作为人体优质的赖氨酸源,稻田金边鲤肌肉比建鲤和池塘金边鲤肌肉更富有嚼劲,其肌肉必需氨基酸、不饱和脂肪酸及高度不饱和脂肪酸含量更高,且组成比例更符合人体需求。稻田养殖金边鲤的肌肉品质优势明显,具有较高的产业开发潜力。     

池塘和稻田两种养殖模式下建鲤肠道菌群、免疫酶活性及肌肉氨基酸比较分析

为了综合评价稻田和池塘两种养殖模式下建鲤(Cyprinus carpio var.jian)的肠道健康及肌肉风味,在夏秋两季对这两种养殖模式下建鲤的肠道菌群、肠道免疫酶活性及肌肉氨基酸含量进行比较分析.结果 显示,与养殖模式相比较,建鲤肠道菌群受季节的影响更显著.夏秋两季两种模式下建鲤肠道的优势菌群为厚壁菌门(Firm...     

哈尼梯田稻鲤共作模式下的微生物群落结构

为了探究哈尼梯田稻鲤共作模式(复合生态系统)微生物菌落结构特征,本实验拟采用高通量测序技术对稻鲤共作(RC)与稻田单作(CK)2种模式下水体、表层以及根系土壤及鲤肠道细菌(16S rDNA)多样性特征进行分析。高通量测序结果显示,复合生态系统中主要细菌门类为变形菌门、放线菌门、厚壁菌门、绿弯菌门、酸杆菌门、拟杆菌门及硝化螺旋菌门等。与CK相比,RC表层土壤中绿弯菌门和厚壁菌门相对丰度显著增加,主要显著增加的优势菌属为厌氧绳菌(Anaerolineaceae_norank)、Aminicenantes_p_norank、未定义的绿弯菌(Chloroflexi_P_unclassified)、梭菌(Clostridium_sensu_stricto_1)、梭菌(C._sensu_stricto_12)、互营菌(Syntrophaceae_f_norank)、芽单胞菌(Gemmatimonadaceae_f_norank);RC根系土壤中绿弯菌门含量显著高于CK组,主要是Anaerolineaceae_norank、Sideroxydans、Aminicenantes_p_norank、Chloroflexi_p_unclassified、Gemmatimonadaceae_f_norank优势菌属显著增加。RC模式中鲤肠道优势菌主要为厚壁菌门和变形菌门,其中厚壁菌门相对丰度为58.59%,超过一半的丰度。RC模式组相比CK组,土壤的有机质、总氮、总磷等理化指标都有所降低,其中pH、总磷和速效磷显著降低;稻田表层和根系土壤的细菌Sobs指数及PD指数也均增加,其中稻田表层土壤组显著增加。研究表明,增加鲤养殖后,稻田表层土壤的理化性质和细菌群落结构产生明显变化,同时也在一定程度上对水稻根系和养殖生物肠道的群落结构产生了影响。本研究初步揭示了RC复合生态系统优于CK系统的微生物生态基础。     

尼罗罗非鱼肠道及养殖环境中菌群结构与链球菌病的相关性

为研究尼罗罗非鱼肠道和池塘养殖环境中菌群结构变化与链球菌病暴发的相关性,实验采用16S r DNA高通量测序方法对比分析发病和健康池塘水体、底泥和尼罗罗非鱼肠道菌群的结构特征。结果显示,底泥中微生物多样性最高,水体和肠道中微生物多样性次之;肠道菌群与水体中菌群的相似性较高,而与底泥中菌群相似性较低;发病组的尼罗罗非鱼肠道和池塘底泥中微生物的多样性均低于健康组,而发病组池塘水体中微生物多样性高于健康组。OTU聚类分析发现,发病与健康尼罗罗非鱼肠道微生物差异极显著,大部分健康尼罗罗非鱼肠道微生物样品单独聚为一支。菌群结构组成分析结果表明,虽然发病组和健康组水体或底泥中优势菌群结构组成的差异较小,但在非优势菌群中存在一定差异,发病组水体中变形菌门和梭杆菌门的比例显著高于健康组水体,疣微菌门和浮霉菌门的丰度显著低于健康组水体;发病组池塘底泥中厌氧粘细菌属、甲烷丝菌属和枝芽孢菌属等具有降解有机质和生态修复功能,菌群的丰度显著低于健康组底泥,而具有致病能力的曼氏杆菌属丰度却显著高于健康组底泥。发病组尼罗罗非鱼肠道菌群中链球菌属、分枝杆菌属和曼氏杆菌属等致病菌群的丰度显著高于健康组尼罗罗非鱼肠道,而乳球菌属、鲸杆菌属和红球菌属等益生菌的丰度显著低于健康尼罗罗非鱼肠道。无乳链球菌普遍存在于发病和健康养殖环境,以及尼罗罗非鱼肠道中,无乳链球菌的丰度在发病和健康养殖环境之间无显著差异,但其在发病尼罗罗非鱼肠道中的丰度要显著高于健康组。研究表明,尼罗罗非鱼链球菌病发病池塘水体和底泥中有益菌丰度降低和致病菌丰度的升高反映其养殖环境出现恶化,尼罗罗非鱼链球菌病的暴发与肠道微生态平衡破坏后无乳链球菌丰度增加密切相关,但肠道中无乳链球菌丰度的剧增与养殖水体和底泥中该病原菌的丰度水平之间并无直接关联。     

饲用枯草芽孢杆菌HGcc-1对鲤肠肝健康、血清补体及肠道菌群的影响

为了研究枯草芽孢杆菌HGcc-1对鲤肠肝健康、血清补体和肠道菌群的影响,实验选择体质量为(13.10±0.39) g健康鲤,随机分为HGcc-1添加组和对照组,养殖20周后测定生长指标,用试剂盒检测了鲤血清内毒素(LPS)、谷丙转氨酶(ALT)、谷草转氨酶(AST)、总补体和溶菌酶,并对肠道菌群进行了16S rRNA测序,同时将添加组和对照组的肠道菌群转接至无菌斑马鱼,然后检测无菌斑马鱼体内毒素结合蛋白(LBP)、ALT、AST的水平和C3、C4基因表达量;最后还检测了HGcc-1直接作用于无菌斑马鱼时,无菌斑马鱼的ALT、AST的水平和C3、C4基因表达量。结果显示,HGcc-1对鲤的增重率无显著影响;与对照组相比,饲料中添加HGcc-1显著降低鲤血清内毒素、ALT和AST水平;同时HGcc-1添加组血清总补体水平显著升高。在门水平上,HGcc-1添加组中梭杆菌门丰度比对照组增加了47.1%;变形菌门丰度比对照组减少了70.7%;在属水平上,HGcc-1添加组中鲸杆菌属(的丰度比对照组增加了47.1%;柠檬酸杆菌属和气单胞菌属(的丰度比对照组分别减少了56.6%和70.9%。利用无菌斑马鱼模型进一步发现,HGcc-1添加组鲤肠道菌群显著降低了无菌斑马鱼LBP含量和AST水平,显著上调了无菌斑马鱼补体C3和C4基因表达;与此同时,HGcc-1与无菌斑马鱼直接互作也降低了鱼体ALT和AST水平。研究表明,饲料中添加枯草芽孢杆菌HGcc-1能够改善鲤肠肝健康、血清补体以及肠道菌群稳态。本研究为枯草芽孢杆菌HGcc-1的下一步应用奠定了理论基础。     

北方吊笼养殖刺参肠道及其养殖环境菌群结构特征及其相关性分析

为探究北方吊笼养殖刺参(Apostichopus japonicus)肠道及其养殖环境菌群结构的关系,本研究基于高通量测序技术全面解析刺参肠道和养殖环境菌群结构和功能特征,并初步探讨刺参肠道及其养殖环境菌群相关性。结果显示,刺参肠道菌群丰度和多样性均显著高于养殖水体(P<0.05)。刺参肠道及养殖水体主要优势菌门均隶属于变形菌门(Proteobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes),二者存在13个相对丰度大于0.1%的共有核心菌属。此外,肠道菌群具有一定的独立性,其特异性菌群主要隶属于厚壁菌门(Firmicutes)和绿弯菌门(Chloroflexi),以芽孢杆菌属(Bacillus)、乳酸杆菌属(Lactobacillus)、海泥海球菌属(Halioglobus)、Lutimonas和Woeseia为代表。基于KEGG代谢通路数据库,共注释到300条三级代谢通路,其中146条存在极显著差异(P<0.001)。刺参肠道菌群差异代谢通路主要表现在代谢方面,具体表现为碳水化合物消化吸收、蛋白质消化吸收和鞘脂类代谢。研究表明,刺参肠道菌群种类与其养殖水体呈高度相似性,但相对丰度存在显著性差异。本研究结果可为北方刺参吊笼健康养殖提供一定的理论依据。     

药浴对仿刺参幼参肠道菌群的影响

为探究抗生素药浴对仿刺参幼参肠道菌群的影响，在刺参工厂化保苗期倒池时设置普通组和药浴组(普通组幼参为倒池未药浴正常培养，药浴组幼参用质量浓度0.1 g/L的氟苯尼考药浴15 min),分别于倒池后24、48、72 h,取2组仿刺参肠道样品进行16S rDNA高通量测序分析。试验结果显示，普通组幼参与倒池前的幼参肠道菌群结构基本一致，药浴组幼参肠道菌群结构变化较大，细菌多样性在24 h最高，随后逐渐降低。普通幼参优势菌门变形菌门相对丰度达98%以上，药浴后24、48、72 h,幼参肠道变形菌门相对丰度分别为90.51%、92.99%、96.63%,放线菌门、浮霉菌门、拟杆菌门、酸杆菌门、绿弯菌门、疣微菌门、厚壁菌门相对丰度有所提高，并新出现达达菌门、德潘菌门和芽单胞菌门。普通组幼参肠道中优势菌属新草螺菌属占比达95%以上；药浴后24 h幼参肠道中新草螺菌属相对丰度降低至2.46%,叶杆菌属、Candidatus Competibacter、鞘氨醇单胞菌属等成为新的优势菌属，药浴后48、72 h幼参肠道中新草螺菌属相对丰度逐渐升至36.7%、69.9%,其他菌属相对丰度逐渐降低，肠道菌群结...     

建鲤适宜在寒冷地区养殖

建鲤是张建森,孙小异等长期采用一系列育种新技术,新方法定向造育出的优良品种,近些年在6南方部份省的推广试养,生长比普通鲤鱼快30～40％.显示出极好的增产效果。鲤鱼是我省池塘,网箱精养渔业的主要对象.为了解建鲤在北方寒冷地区的生长和适应情况.1987年5月从中国水     

稻田养殖鲤与池塘养殖鲤的风味比较

为探究稻田和池塘养殖对鲤(Cyprinus carpio)肌肉风味的影响，2021年8-10月随机采集两种养殖环境下的鲤进行感官分析并测定其游离氨基酸、核苷酸和挥发性物质成分，同时对氨基酸、核苷酸和挥发性物质成分的组成及含量进行了比较分析。感官评价分析结果显示两种养殖环境下的鲤肌肉在10月时，气味上有明显差异。稻田和池塘养殖鲤肌肉中氨基酸及核苷酸种类相同，稻田养殖的鲤肌肉中呈鲜味氨基酸如谷氨酸含量显著高于池塘养殖；稻田养殖的鲤肌肉味精当量值(equivalent umami concentration, EUC)最高含量达到了5.68 g MSG/100 g,显著高于池塘养殖的EUC值4.61 MSG g/100 g;同时，稻田养殖鲤肌肉中土腥味、青草味的物质，如己醛、壬醛的含量显著低于池塘养殖。综上表明，稻田养殖的鲤滋味更为鲜美，土腥味的物质含量更少。     

罗非鱼混养对广西三江传统稻鲤综合种养系统环境及其菌群多样性的影响

稻田养鱼在广西三江历史悠久,存在养殖密度低、品种单一等问题。本研究通过在广西三江传统稻鲤综合种养系统中混养罗非鱼,研究不同密度混养对系统环境及其菌群多样性的影响。结果表明,金边鲤的生长未受到罗非鱼混养的影响,罗非鱼混养密度为0.6 尾/ m2时,仍未达到系统的最大养殖容量。高通量测序结果表明广西三江传统稻鱼综合种养系统水体中的主要菌群为变形菌门（Proteobacteria）和放线菌门（Actinobacteria）,其次为拟杆菌门（Bacteroidetes）、厚壁菌门（Firmicutes）和蓝菌门（Cyanobacteria）,主要功能为化能异养和有氧化能异养。底泥中的主要菌群为变形菌门和绿弯菌门（Chloroflexi）,其次为酸杆菌门（Acidobacteria）、广古菌门（Euryarchaeota）和蓝菌门,主要功能类群为甲烷生成和化能异养。罗非鱼混养对稻鱼综合种养系统环境及其菌群产生有益的影响,罗非鱼高密度混养组稻田底泥中的总氮和硝酸盐氮含量有所下降,稻田水体中Polynucleobacter等水质良好的指示物种相对丰度增加。本研究为在广西三江地区科学推广稻田金边鲤——罗非鱼混养模式提供研究基础。     

牙鲆(Paralichthys olivaceus)仔稚幼鱼肠道菌群结构比较分析

采用MiSeq 16S rRNA高通量测序技术和生物信息学分析方法,构建了牙鲆(Paralichthys olivaceus)工厂化人工育苗模式下仔稚幼鱼阶段6个不同发育时期18个样品的16SrRNA基因测序文库,共获得7462个OTU (Operational Taxonomic Unit),分类为42个菌门972个菌属.对肠道菌群的形成过程及结构多样性变化分析显示,牙鲆初孵仔鱼的菌群组成多样性丰富,体内的优势菌为变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes);在9日龄和21日龄摄食轮虫(Rotifer)和卤虫(Artemia sp.)幼体样品中,肠道的优势菌群结构较单一,变形菌门成为此时期肠道的优势菌群;45日龄摄食配合饲料后,肠道中变形菌门的相对丰度显著降低,厚壁菌门和拟杆菌门的相对丰度明显增大,成为肠道菌群的优势菌群.在属水平的菌群结构中发现,牙鲆仔稚幼鱼肠道优势菌群的种类和数量都发生了较大变化,在9日龄和21日龄时期肠道中弧菌属(Vibrio)相对丰度最高,到45日龄后相对丰度锐减到最低水平;拟杆菌属(Bacteroides)和普氏菌属(Prevotella)在80日龄后达到较高水平,成为肠道优势菌属;厚壁菌门的8个菌属在80-115日龄时期均发展成为优势菌属,定植于牙鲆的肠道.本研究揭示了工厂化人工育苗模式下牙鲆仔稚幼鱼肠道菌群结构及演替规律.     

投喂鲍内脏多糖对罗非鱼肠道菌群结构的影响

利用PCR-DGGE和Illumina测序技术研究了罗非鱼(Oreochromisniloticus)肠道菌群结构及饲喂鲍内脏多糖后罗非鱼肠道菌群的动态变化。在罗非鱼肠道中检测到13个门的细菌,其中梭杆菌门(Fusobacteria,77.84%)为优势菌门,拟杆菌门(Bacteroidetes, 8.59%)、衣原体门(Chlamydiae, 6.18%)、变形菌门(Proteobacteria, 5.84%)和放线菌门(Actinobacteria, 1.20%)为次优势菌门,还检测到Saccharibacteria等8个菌门和一些未知类群。在属的水平上,优势菌属为鲸杆菌属(Cetobacterium)、Neochlamydia、邻单胞菌属(Plesiomonas)和不动杆菌属(Acinetobacter),分别占77.84%、5.796%、2.64%和1.13%,还有一个紫单胞菌科(Porphyromonadaceae)的未知属,占8.29%。此外还有分枝杆菌属(Mycobacterium)等6个菌属和一些未知属。投喂添加鲍多糖的饲料对罗非鱼肠道微生物的构成造成了明显影响,饲喂鲍多糖的处理组和饲喂普通饲料的对照组样品分别聚为两大类。投喂添加鲍多糖饲料后,放线菌门、Saccharibacteria、疣微菌门和TM6_Dependentiae的丰度显著下调;在属的水平上,邻单胞菌属、鲸杆菌属的丰度上调;Neochlamydia、不动杆菌属、分枝杆菌属、Alsobacter、Aquicella、假单胞菌属、气单胞菌属、Alpinimonas等属的丰度下调。其中分枝杆菌属、Alsobacter、Aquicella和邻单胞菌属的丰度与对照差异显著(P0.05)。在种水平上,一些潜在致病菌,如鲍曼不动杆菌(Acinetobabacterbaumannii)、龟分枝杆菌(Mycobacteriumabscessus)、Aeromonas sharmana、耐酪酸冢村菌(Tsukamurella tyrosinosolvens)、铜绿色假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)等的丰度下调,其中龟分枝杆菌和耐酪酸冢村菌与对照差异显著(P0.05),而鲸杆菌属等有益菌的丰度上调。本研究从肠道微生物的角度来研究鲍内脏多糖对宿主的影响,为海洋生物活性物质的功效评价提供了新思路,也为鲍内脏活性物质的开发利用、益生元的研制等奠定理论基础。     

牙鲆(Paralichthys olivaceus)仔稚幼鱼肠道菌群结构比较分析

采用MiSeq 16S rRNA高通量测序技术和生物信息学分析方法,构建了牙鲆(Paralichthys olivaceus)工厂化人工育苗模式下仔稚幼鱼阶段6个不同发育时期18个样品的16S rRNA基因测序文库,共获得7462个OTU(Operational Taxonomic Unit),分类为42个菌门972个菌属。对肠道菌群的形成过程及结构多样性变化分析显示,牙鲆初孵仔鱼的菌群组成多样性丰富,体内的优势菌为变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes);在9日龄和21日龄摄食轮虫(Rotifer)和卤虫(Artemia sp.)幼体样品中,肠道的优势菌群结构较单一,变形菌门成为此时期肠道的优势菌群;45日龄摄食配合饲料后,肠道中变形菌门的相对丰度显著降低,厚壁菌门和拟杆菌门的相对丰度明显增大,成为肠道菌群的优势菌群。在属水平的菌群结构中发现,牙鲆仔稚幼鱼肠道优势菌群的种类和数量都发生了较大变化,在9日龄和21日龄时期肠道中弧菌属(Vibrio)相对丰度最高,到45日龄后相对丰度锐减到最低水平;拟杆菌属(Bacteroides)和普氏菌属(Prevotella)在80日龄后达到较高水平,成为肠道优势菌属;厚壁菌门的8个菌属在80–115日龄时期均发展成为优势菌属,定植于牙鲆的肠道。本研究揭示了工厂化人工育苗模式下牙鲆仔稚幼鱼肠道菌群结构及演替规律。     

生物净水栅对凡纳滨对虾肠道菌群组成的影响

利用Illumina Miseq高通量测序技术和生物信息学分析手段,采集传统养殖池塘和添加生物净水栅养殖池塘凡纳滨对虾肠道样品,比较分析两个池塘凡纳滨对虾肠道菌群组成及其多样性。试验结果表明,对照组和试验组凡纳滨对虾肠道测得的可操作分类单元分别为239和296。对照组和试验组对虾肠道样品菌群的物种丰度和优势菌种存在一定差异,试验组和对照组样品细菌Shannon指数分别为2.04、1.80,前者细菌Shannon指数高于后者13.33%(P0.05)。对照组和试验组对虾肠道样品所鉴定出的细菌门类组成基本相似,组成比例存在一定差异,前三大优势细菌门类均为变形菌门、拟杆菌门和软壁菌门,分别占试验组细菌总数和对照组细菌总数的97.56%和98.54%。在优势菌群方面,试验组对虾肠道的优势群为弧菌属、希瓦氏菌属、Cloacibacterium、黄质菌属、红杆菌属,分别占细菌总数的70.83%、18.29%、1.97%、1.38%和1.06%,对照组对虾肠道的优势群为弧菌属和希瓦氏菌属,分别占细菌总数的58.51%和37.67%。本研究分析了两种养殖池塘下对虾肠道菌群结构,试验组对虾菌群丰富度高于对照组,其多样性也高于对照组,这有助于生物净水栅更好地应用于池塘养殖。     

稻田与池塘养殖瓯江彩鲤肌肉营养成分对比分析

为探究不同养殖条件下瓯江彩鲤肌肉营养组成的差异，分别对吉林省稻田养殖(PF组)和池塘养殖(PC组)瓯江彩鲤肌肉的常规营养成分、氨基酸、脂肪酸以及部分矿物元素含量进行测定，分析了两种养殖条件下瓯江彩鲤营养组成的差异。就常规营养组成而言，PF组瓯江彩鲤肌肉中水分含量显著高于PC组(P<0.05)。PF组瓯江彩鲤肌肉中甘氨酸(Gly)、酪氨酸(Tyr)及胱氨酸(Cys)等氨基酸的含量均显著高于PC组(P<0.05),且PF组鲜味氨基酸总量明显高于PC组；就脂肪酸组成而言，PF组瓯江彩鲤肌肉中二十碳五烯酸(EPA)和二十二碳六烯酸甲酯(DHA)含量均显著高于PC组(P<0.05);除镁(Mg)和钠(Na)外，PF组瓯江彩鲤肌肉中其余矿物元素含量均显著高于PC组(P<0.05)。综合肌肉氨基酸组成、脂肪酸组成及矿物质含量等结果，稻田养殖瓯江彩鲤的营养品质优于池塘养殖个体。     

鲤科骄子——建鲤(Cyprinus Carpio Var.jian)

<正> 建鲤是采用荷元鲤F_4长型品系与两个同型的雌核发育系相结合,经选择横交固定,六代定向选育,首次育成,遗传性状稳定(达99％以上)并能自繁自育的鲤鱼优良品种。建鲤的乳酸脱氢酶、同工酶、酯酶同工酶和血清蛋白电泳分析结果表明:它具有独特的生化遗传特征。建鲤生长优势非常显著。其体重增长较荷包红鲤、沅江鲤和荷元鲤分别高58.2～71.3％、44.5～49.1％和28.5～29.3％;群体增重分别高60.1～71.8％、49.1～50％和29.4～30.8％,并显著地高于其它鲤鱼和杂交鲤,能增产30％以上。     

野生和养殖的异齿裂腹鱼肠道菌群结构分析

用MiSeq高通量测序技术及生物信息学分析等方法,构建体质量约1.0 kg的野生和人工养殖异齿裂腹鱼6个肠道样品肠道菌群的基因测序文库,分析比较野生和人工养殖异齿裂腹鱼肠道菌群生物丰富度及多样性差异。研究结果表明,野生组样品Y1、Y2、Y3和人工养殖组样品C1、 C2、C3测得的运算分类单元数据分别可划分为751、469、313和302、259、263;野生和人工养殖两种养殖模式下异齿裂腹鱼肠道菌群的丰富度和多样性差异不显著(P0.05);野生异齿裂腹鱼以放线菌门、变形菌门为优势菌群;人工养殖异齿裂腹鱼以蓝细菌门、变形菌门为优势菌群。野生组可分类的细菌主要是微球菌属、气单胞菌属;人工养殖组可分类的细菌主要是蓝细菌和红杆菌。本研究可为异齿裂腹鱼的健康养殖及人工养殖环境的微生态调控技术构建提供理论依据。     

应用高通量测序技术分析拟穴青蟹肠道及其养殖环境菌群结构

采用基于Illumina Hi Seq测序平台的高通量测序技术,对拟穴青蟹(Scylla paramamosain)肠道及其养殖池塘水体、底泥中细菌种类及丰度进行了研究。测序结果显示,3个样品共获得有效序列234575条,可聚类于2812个分类操作单元(OTUs),归属于拟穴青蟹肠道、养殖水体、池塘底泥样品的操作分类单元(OTU)个数分别为453、706和2547,其中有184个OTU均能在3个样品中检测到,在青蟹肠道和养殖水体、青蟹肠道和池塘底泥中分别检测到197和309个共有OTU。物种注释结果显示,拟穴青蟹肠道中优势细菌种类为变形菌门(Proteobacteria)(39.96%)、柔膜菌门(Tenericutes)(23.09%)和厚壁菌门(Firmicutes)(16.58%);养殖水体中优势细菌种类为变形菌门(63.02%)、放线菌门(Actinobacteria)(24.96%)和拟杆菌门(Bacteroidetes)(8.41%);池塘底泥中优势细菌种类为变形菌门(75.23%)、拟杆菌门(5.72%)和放线菌门(3.83%)。此外,对各样品中丰度最高的前10位OTU分析显示,不同样品中占优势地位的10种细菌在数据库(SILVA)缺乏相关已知序列,并且各样品中的优势细菌种类完全不同。实验结果表明拟穴青蟹肠道与其池塘养殖环境中菌群结构存在着密切的相关性,但肠道菌群同时具有一定的独立性,其优势细菌种类与养殖环境中优势细菌种类无关。本研究旨在为拟穴青蟹健康养殖和微生态调控提供实验依据。     

以拉氏拟柱胞藻和浮丝藻为主的蓝藻水华对中华绒螯蟹肠道和鳃及其养殖环境微生物群落结构的影响

通过运用16S rDNA高通量测序技术,研究了蓝藻水华的发生对中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)体内及其养殖环境中微生物群落结构的影响。结果显示,蓝藻水华以蓝藻门的浮丝藻(Planktothrix sp.)和拉氏拟柱胞藻(Cylindrospermopsis raciborskii)为优势种。总体来看,蓝藻池中的群落丰富度高于对照池,微生物多样性低于对照池。蓝藻池和对照池中伊乐藻中的细菌种类很少,而底泥中的细菌种类很丰富。基于门水平下的菌群分类,在蓝藻池水中优势菌群为蓝细菌门(Cyanobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)和疣微菌门(Verrucomicrobia),对照池水中则为变形菌门、放线菌门和拟杆菌门(Bacteroidetes)。中华绒螯蟹鳃中均以放线菌门、拟杆菌门和变形菌门为优势菌,但在物种相对丰度上存在差异;中华绒螯蟹肠道均以拟杆菌门、柔膜菌门(Tenericutes)、变形菌门、厚壁菌门(Firmicutes)为优势菌。基于属水平下的菌群分类,蓝藻池池水的优势菌群为浮丝藻属(Planktothrix)、CL500-29_marine_group属和hgcI_clade属,对照池池水中以不动杆菌属(Acinetobacter)、Candidatus_Aquiluna属和hgcI_clade属为优势菌属。中华绒螯蟹鳃中优势属为Ilumatobacter属,且蓝藻池中Ilumatobacter属生物相对丰度更高;中华绒螯蟹肠道样品中Candidatus_Bacilloplasma属和Prolixiibacter属生物相对丰度较高。基于NMDS分析,中华绒螯蟹肠道的菌群结构较为稳定,样本层级聚类分析的结果也映证了这一点。研究结果表明,蓝藻水华的发生会影响养殖环境和中华绒螯蟹肠道及鳃的菌群结构。     

不同季节刺参养殖池塘沉积物菌群结构及其影响因素

本研究以辽宁省营口地区刺参(Apostichopus japonicus)养殖池塘为研究对象,利用高通量测序技术,构建不同季节刺参养殖池塘沉积物菌群16S rRNA基因测序文库,解析刺参养殖池塘沉积物菌群的季节性差异和共性,查明影响沉积物菌群构成的主导环境因子。结果显示,营口地区刺参养殖池塘沉积物菌群的丰度和多样性以夏季最高,春秋次之,冬季最低。不同季节刺参养殖池塘沉积物差异菌群呈显著性季节演替特征(P<0.05)。其中,春季差异菌群主要隶属于拟杆菌门(Bacteroides),夏季差异菌群主要隶属于酸杆菌门(Acidobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobia)和浮霉菌门(Planctomycetes),秋季差异菌群主要隶属于厚壁菌门(Firmicutes),冬季差异菌群主要隶属于放线菌门(Actinobacteria)。尽管不同季节沉积物细菌组分比例不同,但第一优势菌门均隶属于变形菌门(Proteobacteria)(相对丰度>43.19%)。环境因子中,影响刺参养殖池塘沉积物菌群的主导环境因子为温度、总有机碳、总氮和pH。本研究将为刺参养殖池塘微生态调控提供理论参考。