吉林白鹅类胰岛素生长因子Ⅱ的SNP及其与屠体性状的相关性分析

试验设计了5对引物,采用PCR-SSCP方法对吉林白鹅肉用品系85只个体类胰岛素生长因子Ⅱ（IGFⅡ）进行了SNP检测,分析其群体遗传结构,并对SNP与屠体性状的相关性进行了研究。结果表明,在IGFⅡ外显子3中存在3种基因型AA、AB、BB基因型,基因型频率分别为0.7647、0.1412、0.0941,AA为优势基因型;存在2种等位基因A、B,基因频率分别为0.8353、0.1647,A为优势等位基因。IGFⅡ外显子3中发现1处SNP位点（A→G）,该突变为沉默突变,未引起氨基酸序列改变。对3种基因型进行方差分析,结果发现,BB基因型个体半净膛重、肝脏重显著高于AA、AB基因型（P＜0.05）;腿肉重BB基因型极显著高于AA基因型（P＜0.01）;基因型对全净膛重、翅重、胸肉重无显著影响（P＞0.05）。     

北京鸭FABP2基因多态性与体尺和屠体性状的相关性研究

本研究以12个全同胞家系共224只G2代北京鸭资源群体为试验材料,分别利用DNA序列测定和PCR-RFLP方法检测G1和G2代个体基因型。结果在北京鸭小肠脂肪酸结合蛋白(FABP2)基因中共发现4处单核苷酸多态性(SNPs),外显子3中1处SNP(92bp)可导致氨基酸的改变(Gly→Ser),G2代中该SNP产生3种基因型:AA、AB和BB,其频率分别为0.103、0.629和0.268,群体中A基因频率为0.417,B基因频率为0.583。最小二乘分析表明,BB基因型个体的体斜长、胫围和颈长显著高于AB基因型;BB基因型个体胫蹼重、肌胃重和翅重显著高于AA基因型和AB基因型;BB基因型个体头重显著高于AA基因型(P<0.05)。综上所述,FABP2基因外显子3中(92bp)的SNP与北京鸭的部分体尺和屠体性状显著相关,可作为北京鸭体尺和屠体性状标记辅助选择的分子标记。     

鸭ApoVLDL-Ⅱ基因的克隆及其多态与肉质和脂肪性状的关联分析

本研究设计6对引物,采用克隆测序和PCR-SSCP技术对鸭ApoVLDL-Ⅱ基因进行克隆测序和单核苷酸多态进行检测,并分析其多态对内质和脂肪性状的遗传效应.结果表明,首次获得鸭ApoVLDL-Ⅱ基因DNA序列3 197 bp(GQ 180104),与番鸭和鸡的同源性分别为94.44%和68.74%;在引物Exon3检测到1910位碱基后插入/缺失2个碱基CC和G2106A突变,产生3种基因型:CC、CD和DD,等位基因D为樱桃谷鸭的优势等位基因,而C则为金定鸭和苏牧麻鸭的优势等位基因,该座位的基因型分布仅苏牧麻鸭符合Hardy-Weinberg平衡(P＞0.05);在引物Exon4检测到T2723C、C2743T和A2944C突变,产生AA、AB和BB 3种基因型,3个鸭群体中的等位基因B均为优势等位基因,基因型分布均处于Hardy-Weinberg平衡(P＞0.05);2个多态座位均表现为中度多态,基因型分布仅苏牧麻鸭与金定鸭之间未达到显著差异(P＞0.05).最小二乘分析显示,AA型个体的UFA和EFA分别极显著低于和高于AB和BB(P＜0.01); AA型个体的胸肌率显著高于AB(P＜0.05),极显著高于BB(P＜0.01),揭示鸭ApoVLDL-Ⅱ基因Exon4座位的突变可能影响鸭胸肌率以及脂肪酸的合成和代谢过程,等位基因A可能是EFA和胸肌率的有利等位基因,等位基因B可能为UFA的有利等位基因.     

鸭多巴胺受体D1基因CDS区多态性与生长性状的关联性分析简

本研究采用PCR-SSCP法与DNA直接测序技术相结合对兴义鸭和樱桃谷鸭多巴胺受体D1 (dopamine receptor D1,DRD1)基因编码序列(coding sequence,CDS)区130－587 bp区域的多态性进行检测,并分析其多态性对樱桃谷鸭生长性状的影响。结果表明,在樱桃谷鸭和兴义鸭DRD1基因编码区130－587 bp区域内均检测到3种基因型：AA、BB和AB,2个等位基因：A和B;AA基因型均为优势基因型,频率分别为0.7416和0.5643,等位基因A均为优势等位基因,频率分别是0.8539和0.7204;多态信息含量分别为0.2184和0.3217,分别处于低度多态和中度多态位点,樱桃谷鸭群体中该座位基因型分布处于Hardy-Weinberg平衡（P>0.05）,兴义鸭群体则偏离了Hardy-Weinberg平衡（P<0.05）;序列比对发现2个SNPs位点,其中c.189 T＞C为同义突变,c.507 T＞A为错义突变,导致丝氨酸（S）变成精氨酸（R）。关联分析结果显示,BB基因型樱桃谷鸭个体的8周龄重和12周龄体斜长显著高于AB基因型（P<0.05）,10周龄重、12周龄重和12周龄胸深显著高于AA和AB基因型（P<0.05）。研究结果揭示该多态座位可能是影响鸭生长性状的一个标记辅助选择位点。     

松辽黑猪L-FABP基因C276A位点多态性及其与肉质性状的相关性分析

本研究采用PCR-SSCP技术对松辽黑猪L型脂肪酸结合蛋白（L-FABP）基因C276A位点单核苷酸多态性（SNP）进行检测,并对其肉质进行了分析。结果表明,内含子1第276位点处发生C→A突变,导致编码的氨基酸发生改变,由亮氨酸变为蛋氨酸,分为3种基因型AA、BB、AB。松辽黑猪群体中L-FABP基因基因型频率AB〉AA〉BB,等位基因频率A〉B,且处于Hardy-Weinberg平衡。在肉质方面,松辽黑猪肌内脂肪含量,AA、AB基因型极显著高于BB基因型;大理石纹,AA型高于AB型,AB型高于BB型,均差异显著;滴水损失,BB型显著高于AA型和AB型,而AA型和AB型差异不显著;其他肉质性状差异不显著。     

石歧杂鸡催乳素基因外显子4变异与产蛋就巢性状的关联分析

利用PCR-SSCP技术和测序技术对催乳素（prolactin,PRL）基因外显子4进行SNP检测,并分析了该基因与石歧杂鸡产蛋、就巢性状的相关性。结果表明,PRL基因外显子4存在1个多态性位点,该位点在6017位点发生G→A的碱基突变,产生了AA、AB和BB 3种基因型,AA基因型为优势基因型,等位基因A为优势等位基因,该突变未导致氨基酸的变异;该位点的变异与开产日龄、首次就巢日龄呈现一定的显著差异趋势,BB基因型开产日龄、首次就巢日龄都晚于AA和AB基因型。     

石歧杂鸡催乳素基因外显子2的SNP检测与产蛋就巢性状的关联分析

利用PCR-SSCP技术对石歧杂鸡的催乳素(prolactin,PRL)基因外显子2进行SNP检测和测序分析,并对该基因与石歧杂鸡产蛋、就巢性状的相关性进行了研究。结果表明,PRL基因外显子2存在多态性位点,该位点由于在3838位点发生C→T的碱基突变,产生了AA、AB和BB3种基因型,并导致氨基酸的改变,由亮氨酸变为苯丙氨酸。基因型AA和等位基因A的频率最高;BB基因型个体首次就巢时间显著晚于AA和AB基因型(P0.01);BB基因型的就巢次数显著多于AA和AB基因型(P0.05);3种基因型与产蛋性状相关性不显著。     

金定鸭LPL基因内含子5多态性对生产性能的影响

LPL基因是动物脂肪代谢和沉积以及畜禽肉质研究的重要候选基因。根据鸡的LPL基因组序列和鸭的LPL基因mRNA序列外显子的高度同源区设计1对特异性引物对金定鸭LPL基因内含子5进行扩增,利用PCR-SSCP方法检测单核苷酸多态,并分析其对体重、体尺、屠体和肉质性状的遗传效应,结果表明,所扩增片段大小为347 bp,内含子序列为187 bp,检测到3种基因型:AA、AB和BB,AA为优势基因型,A为优势等位基因,序列比对发现在内含子内存在4个SNP,分别为T243A、A244T、G265A和G269A,遗传杂合度为0.09,属低遗传杂合度,基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡;AB基因型个体的半潜水长、胸深、胫长和胫围显著高于AA基因型(P<0.05),其他各基因型在各指标之间的差异均不显著(P>0.05),研究结果提示AB基因型是体尺性状的有利基因型。     

高邮鸭生长抑制素基因外显子3多态性与腹脂率的关联分析

本研究采用PCR-SSCP技术检测了2个不同高邮鸭群体和1个绍鸭群体肌肉生长抑制素基因(Myostatin,MSTN)外显子3的单核苷酸多态性,并与腹脂率进行关联性分析。结果表明,在MSTN基因外显子3的第2701bp处检测到G→A的同义突变。在3个鸭群中,均检测到3种基因型(AA、BB和AB基因型),且都以B等位基因为优势等位基因。最小二乘法分析结果表明,不同基因型对高邮鸭群的腹脂率有显著影响;BB型高邮鸭腹脂率显著高于AB型和AA型(P<0.05)。新组建闭锁群BB基因型频率低于原闭锁群,但未达到显著水平。就外显子3而言,MSTN基因作为影响腹脂率的候选基因有待于进一步的研究。     

ACVR1基因对京海黄鸡生长和繁殖性状的遗传效应研究

以京海黄鸡为材料,采用PCR-SSCP和DNA测序技术对ACVR1基因外显子多态性进行研究。结果表明,ACVR1基因20190 bp处发生G→A突变,检测到AA、AB和BB 3种基因型。A等位基因频率为0.9075,B等位基因频率为0.0925。基因型与生长和繁殖性状的关联性分析发现,BB基因型鸡的开产体重极显著高于AA基因型鸡(P<0.01),AA基因型鸡300日龄体重显著高于BB基因型鸡(P<0.05)。由此初步推断,ACVR1基因可能对京海黄鸡的产蛋和发育有一定的影响,A为体重的优势基因,B为产蛋的优势基因。     

籽鹅GH基因内含子3多态性及其与体重和屠体性状的关联分析

根据鸭生长激素基因内含子3的序列设计引物，利用PCR—SSCP方法对籽鹅进行了单核苷酸多态性分析，并检测其多态性。结果表明，籽鹅生长激素基因内含子3长约364bp，共发现了7个突变位点，分别为A160G、C167G、T264C突变，以及AA型个体在176、177位点G、A碱基缺失和BB型个体在231、232位点C、T碱基缺失。产生AA、AB和BB3种基因型，其中BB基因型为优势基因型，且基因型频率表现为BB〉AB〉AA；卡方检验结果表明，基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡（P〉0．05）。不同基因型与体重和屠体性状的关联分析结果表明：BB基因型个体的7周龄体重、9周龄体重、10周龄体重、胸肌重、胸肌率及心脏重显著高于AA型个体（P〈0．05）；BB基因型个体8周龄体重显著高于AB型个体（P〈0O．05）；在所分析的性状中，BB基因型个体的均值最大，AB型次之，AA型最小。     

高邮鸭PRL基因内含子1的SNP检测及其与产蛋性状的相关分析

利用PCR—RFLP技术对高邮鸭催乳素（Prolactin，PRL）基因内含子1进行了SNP检测和测序分析，并对该基因与高邮鸭产蛋性状的相关性进行了研究。结果表明：PRL基因内含子1存在两个Dra Ⅰ酶切位点，其中1个位点具有DraⅠ多态性。该位点由于在1326位点发生了T→C的碱基突变，产生了AA、AB和BB3种基因型。基因型BB和等位基因B的频率最高；BB基因型个体30周龄蛋重极显著高于AB基因型个体（P〈0．01）；AB基因型个体的双黄率显著高于BB基因型个体（P〈0．05）；3种基因型间产蛋数、最长连产天数和开产体重无显著差异。     

宁夏西门塔尔杂种牛UCP2基因多态性及其与生长性状的关联性分析

本研究利用PCR-SSCP技术结合DNA测序确定UCP2基因SNP位点,检测其在宁夏西门塔尔杂种牛群体中的多态性,并分析其与生长性状的关联性。结果表明,UCP2基因第1外显子存在3个SNPs位点,分别为T632C、A655G和A689C,结合PCR-SSCP结果分析后,分为AA、BB、AB 3种基因型。不同月龄体高、体重、胸围、体斜长,总体呈AA>AB>BB。AA基因型个体在不同月龄体高、胸围显著或极显著高于BB基因型（P < 0.05;P < 0.01）,与AB基因型之间存在差异,但差异不显著（P > 0.05）。可以确定,T632C位点发生的碱基突变对宁夏西门塔尔杂种牛的体重性状选育存在显著意义,AA基因型个体可作为后期选育方向。     

甘肃武威西门塔尔牛MSTN基因外显子遗传变异的研究

为分析肉牛MSTN基因的遗传多态性及变异特征,采用PCR-SSCP方法检测了60头甘肃武威西门塔尔牛MSTN基因的多态性,对群体内各等位基因进行了克隆测序。结果显示：武威西门塔尔牛MSTN基因第1外显子存在A、B两个等位基因以及AA、AB两种基因型,基因型频率分别为0.9167、0.0833;第2外显子存在A、B两个等位基因以及AA、BB、AB三种基因型,基因型频率分别为0.5、0.25、0.25。序列分析表明,武威西门塔尔牛MSTN第1外显子在269 bp发生了A→G的突变,第2外显子在41 bp发生了C→T的突变,二者均属于同义突变。统计结果表明,武威西门塔尔牛MSTN基因第1外显子呈低度多态,第2外显子呈中度多态,外显子3没有发生突变。     

樱桃谷鸭SREBP1基因变异对脂肪含量及血清生化指标的关联性研究

SREBP1基因在畜禽脂肪沉积过程中起着重要的调控作用,为探究SREBP1基因变异对鸭脂肪含量及血清生化指标的遗传效应,本研究选取10周龄的樱桃谷鸭100只(♂58,♀42)为研究对象,利用DNA直接测序法检测基因的SNP_S位点,一般线性模型分析基因变异与脂肪含量及血清生化指标的关联性。结果表明:在樱桃谷鸭SREBP1基因CDS区第999位碱基发生C/G突变,导致第333个密码子CTC转变成CTG,编码的亮氨酸(L)没有发生改变;第1 124位碱基发生A/G突变,导致第375个密码子GAC转变成GGC,编码的天冬氨酸(D)改变成甘氨酸(G);2个SNPs位点共产生6种基因型:AA、AB、BB、BC、CC、AC,3个等位基因A、B、C,等位基因A为优势等位基因,其频率为0.42,杂合度和多态信息含量分别为0.66和0.58,属于高度多态,χ~2检验表明,樱桃谷鸭群体中该多态座位基因型分布处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05)。关联分析显示, BB基因型的甘油三酯和肌内脂肪含量最高,显著高于其他5种基因型(P0.05)。结果揭示BB基因型是脂肪沉积的有利基因型,等位基因B是有利等位基因,可用于选择高脂的樱桃谷鸭品系。     

兴义鸭肌肉生长抑制素基因多态性与屠宰性状的相关性分析

为了解兴义鸭肌肉生长抑制素(myostatin,MSTN)基因SNPs与屠宰性状的相关性,本研究采用基因克隆及PCR产物直接测序的方法,将MSTN基因作为鸭屠宰性状的候选基因,对兴义鸭的MSTN基因外显子进行多态性检测.结果表明,在60个兴义鸭个体中筛选出8个SNPs,其中,第1外显子有5个突变位点:SNP1(G77A)、SNP2(A91G)、SNP3(G130A)、SNP4(C325T)和SNP5(C331T);在第2外显子中并未发现突变位点;第3外显子有3个突变位点:SNP6(C206T)、SNP7(A235G)和SNP8(C256A);对这8个SNPs与屠宰性状进行关联性分析,结果并未达到显著水平(P>0.05).本研究结果可丰富MSTN基因的研究数据,为鸭的育种提供参考.     

京海黄鸡斑联蛋白基因外显子9 SNP位点及其与屠宰性能的相关性研究

以京海黄鸡为试验材料,采用PCR-SSCP技术检测斑联蛋白(zyxin)基因外显子9的SNP,探讨zyxin基因该位点多态性与京海黄鸡屠宰性状之间的关系。结果发现该位点存在1个SNP突变位点,表现为3种基因型:AA、AB和BB。统计分析表明,公鸡的胸肌重AA基因型显著高于AB基因型(P＜0.05),活体重和屠体重AA基因型显著高于BB基因型(P＜0.05);母鸡的活体重、头重、爪重和屠体重AA基因型显著高于BB基因型(P＜0.05),全净膛重AA基因型显著高于AB基因型(P＜0.05)。     

新疆褐牛Leptin基因外显子Ⅱ E2JW多态性与体尺性状的相关性研究

为探讨新疆褐牛Leptin基因与体尺的相关性,以42头成年健康的新疆褐牛为研究对象,利用PCR-SSCP方法,检测Leptin基因外显子II E2JW多态性并与新疆褐牛体尺性状进行相关性分析。结果表明,Leptin基因E2JW具有三种基因型AA、AB和BB型,其基因型频率分别为0.1908、0.5238和0.2857。经测序发现:该位点T103C、C113T、C126G和T252A处存在突变。群体多态信息含量0.3727,属于中度多态、遗传杂合度0.4954,B等位基因是优势等位基因。与新疆褐牛相关性分析结果表明:AA基因型个体体高、十字部高均值显著高于BB基因型个体(P0.05)。BB基因型个体后腿围显著高于AB型(P0.05)。研究结果表明,新疆褐牛Leptin基因外显子II E2JW多态性与其体尺性状具有显著相关性,可作为新疆褐牛体尺性状选育的潜在分子标记位点。     

甘肃金昌西门塔尔牛MSTN基因外显子多态性研究

[目的]为分析金昌地区西门塔尔牛 MSTN 基因三个外显子的遗传多态性及变异特征。[方法]采用 PCR-SSCP 方法检测了61头西门塔尔牛 MSTN 基因三个外显子的多态性。[结果]显示：金昌西门塔尔牛 MSTN 基因的第1外显子存在 A、B 两个等位基因以及AA、AB 两种基因型,其基因型频率分别为0.7705和0.2295;第2外显子存在 A、B 两个等位基因以及 AA、AB、BB 三种基因型,其基因型频率分别为0.0328、0.3443和0.6229;第3外显子只有 AA 一种基因型。序列分析表明,金昌地区的西门塔尔牛 MSTN 基因第1外显子在269bp 发生了 A→G 的突变和第2外显子在41bp 发生了 C→T 的突变,但都未导致氨基酸发生改变,属于同义突变;外显子3并未检测到突变。[结论]统计结果表明,金昌地区的西门塔尔牛 MSTN 基因第1外显子呈低度多态,第2外显子呈中度多态。     

松辽黑猪OAS1基因多态性及其与繁殖性状的关联分析

为探究寡腺苷酸合成酶1（oligoadenylate synthase 1,OAS1）基因多态性与松辽黑猪繁殖性状的关联性,试验选取130头松辽黑猪母猪为研究对象,利用Sanger直接测序法测序查找OAS1基因外显子1~8的SNP位点,使用SPSS 19.0软件分析OAS1基因SNP位点与松辽黑猪繁殖性状的关联性。结果显示,在松辽黑猪OAS1基因外显子2、3和6上共检测到33个突变位点;其中在外显子2的110 bp处存在1个SNP位点（G110C）,存在3种基因型：GG、GC和CC;在外显子3的176 bp处存在1个SNP位点（C176T）,存在3种基因型：CC、CT和TT;在外显子6的145 bp处存在1个SNP位点（C145T）,存在3种基因型：CC、CA和AA;在166 bp处存在1个SNP位点（G166A）,存在3种基因型：GG、GA和AA;在206 bp处存在1个SNP位点（A206G）,存在3种基因型：AA、AG和GG。卡方适合性检验结果显示,松辽黑猪OAS1基因G110C突变位点符合Hardy-Weinberg平衡状态,C176T、C145A、G166A和G206A位点均偏离Hardy-Weinberg平衡状态。群体遗传参数分析结果显示,各SNPs位点遗传杂合度均位于中等水平,为中度多态（0.25<PIC<0.5）。关联分析结果发现,G110C位点GC基因型个体总产仔数、产活仔数和断奶仔猪数均显著高于GG基因型个体（P<0.05）;C176T位点CT基因型个体断奶仔猪数显著高于CC基因型个体（P<0.05）;C145T位点CC基因型个体总产仔数和产活仔数均显著高于AA基因型个体（P<0.05）;G166A位点GA基因型个体断奶仔猪数显著高于GG基因型个体（P<0.05）;A206G位点GG基因型个体总产仔数和产活仔数显著高于AA基因型个体（P<0.05）。结果表明,OAS1基因外显子区存在突变位点,对松辽黑猪部分繁殖性状有显著性影响。