鸭脂蛋白脂酶基因内含子5多态性及其与肉质和脂肪性状的关联分析

根据鸡脂蛋白脂酶(LPL)基因序列设计引物对樱桃谷鸭和苏牧麻鸭LPL基因内含子5进行PCR-SSCP检测,并分析其多态对肉质和脂肪性状的遗传效应.结果表明,检测到3种基因型:AA、AB和BB,1个双碱基突变:243～244 bp(TA→AT),2个SNP:G265A和G269A;该座位在2个群体中均为中度多态,并偏离Hardy-Weinberg平衡(P<0.05),基因型分布差异显著(P<0.05);在樱桃谷鸭群体中,AB型个体的pH值显著高于从型,失水率显著高于BB型(P<0.05);苏牧麻鸭中AB型个体的总胆固醇显著高于从和BB型个体(P<0.05).     

鸭生长激素基因5’-UTR和3’-UTR多态性分析

作者根据生长激素基因5’-UTR和3’-UTR的序列设计5对引物,用PCR-SSCP的方法对北京鸭、西湖野鸭、樱桃谷鸭、金定鸭、山麻鸭、荆江鸭、绍兴鸭、缙云麻鸭等8个品种共436个样本进行了单核苷酸多态性分析,并在第1对引物中检测到了多态性。对2种类型的片段纯化测序,结果发现在5’-UTR第230位和244位碱基发生了突变,分别由C突变为G、由C突变为A。但只在金定鸭、荆江鸭、绍兴鸭中发现多态，统计分析结果显示金定鸭的AB基因型频率显著高于荆江鸭和绍兴鸭，且金定鸭A等位基因的频率也显著高于荆江鸭和绍兴鸭。     

3个绵羊群体MSTN基因编码区PCR-SSCP分析

采用PCR-SSCP技术分析了3个不同绵羊品种（杜泊绵羊、小尾寒羊、晋中绵羊）肌肉生长抑制素（MSTN）基因的单核苷酸多态性.根据3个绵羊品种MSTN基因Exon1（P1）、Exon2（P2和P3）和Exon3（P4和P5）序列设计5对PCR-SSCP引物并扩增,经SSCP分析,P1位点检测到A和B两个等位基因,AA、AB、BB三种基因型;且在晋中绵羊上处于Hardy-Weinberg平衡状态,而在小尾寒羊和杜泊绵羊上极显著偏离Hardy-Weinberg平衡状态.P2和P5位点没有检测到多态位点.P3位点检测到A和B两个等位基因,AA、BB两种基因型;且在3个绵羊品种上极显著偏离Hardy-Weinberg平衡状态.P4位点检测到A、B和C三个等位基因,AA、AB、AC三种基因型;且在小尾寒羊上处于Hardy-Weinberg平衡状态,在晋中绵羊上处于Hardy-Weinberg不平衡状态,在杜泊绵羊上极显著偏离Hardy-Weinberg平衡状态.     

籽鹅GH基因内含子3多态性及其与体重和屠体性状的关联分析

根据鸭生长激素基因内含子3的序列设计引物，利用PCR—SSCP方法对籽鹅进行了单核苷酸多态性分析，并检测其多态性。结果表明，籽鹅生长激素基因内含子3长约364bp，共发现了7个突变位点，分别为A160G、C167G、T264C突变，以及AA型个体在176、177位点G、A碱基缺失和BB型个体在231、232位点C、T碱基缺失。产生AA、AB和BB3种基因型，其中BB基因型为优势基因型，且基因型频率表现为BB〉AB〉AA；卡方检验结果表明，基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡（P〉0．05）。不同基因型与体重和屠体性状的关联分析结果表明：BB基因型个体的7周龄体重、9周龄体重、10周龄体重、胸肌重、胸肌率及心脏重显著高于AA型个体（P〈0．05）；BB基因型个体8周龄体重显著高于AB型个体（P〈0O．05）；在所分析的性状中，BB基因型个体的均值最大，AB型次之，AA型最小。     

鸭多巴胺受体D1基因CDS区多态性与生长性状的关联性分析简

本研究采用PCR-SSCP法与DNA直接测序技术相结合对兴义鸭和樱桃谷鸭多巴胺受体D1 (dopamine receptor D1,DRD1)基因编码序列(coding sequence,CDS)区130－587 bp区域的多态性进行检测,并分析其多态性对樱桃谷鸭生长性状的影响。结果表明,在樱桃谷鸭和兴义鸭DRD1基因编码区130－587 bp区域内均检测到3种基因型：AA、BB和AB,2个等位基因：A和B;AA基因型均为优势基因型,频率分别为0.7416和0.5643,等位基因A均为优势等位基因,频率分别是0.8539和0.7204;多态信息含量分别为0.2184和0.3217,分别处于低度多态和中度多态位点,樱桃谷鸭群体中该座位基因型分布处于Hardy-Weinberg平衡（P>0.05）,兴义鸭群体则偏离了Hardy-Weinberg平衡（P<0.05）;序列比对发现2个SNPs位点,其中c.189 T＞C为同义突变,c.507 T＞A为错义突变,导致丝氨酸（S）变成精氨酸（R）。关联分析结果显示,BB基因型樱桃谷鸭个体的8周龄重和12周龄体斜长显著高于AB基因型（P<0.05）,10周龄重、12周龄重和12周龄胸深显著高于AA和AB基因型（P<0.05）。研究结果揭示该多态座位可能是影响鸭生长性状的一个标记辅助选择位点。     

中国荷斯坦奶牛κ-CN基因第四、第五外显子的多态性研究

本文利用PCR-RFLP技术,检测了中国南方荷斯坦牛κ-酪蛋白(κ-casein,κ-CN)基因第四、第五外显子的遗传多态性.结果表明:κ-CN基因第四、第五外显子均存在遗传多态性,第四外显子上存在突变位点g.13100A＞C,第五外显子上存在突变位点g.15153 T＞C.第四外显子有两种基因型(AA,AB),等位基因频率分别为0.9379和0.0621,第五外显子有三种基因型(AA,BB,AB),等位基因频率分别为0.6512和0.3488.κ-CN两个外显子PCR-RFLP位点的基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡定理(P＞0.05).κ-CN基因第四、第五外显子座位的多态信息含量分别为0.1097和0.3511,第四外显子呈现低度多态,第五外显子呈现中度多态;其杂合度、有效等位基因数分别为0.1165、1.1318和0.4543、1.8324.     

鸭IFIT5基因(544G>A)多态性与部分免疫指标的关联分析

探索IFIT5基因作为抗性性状的候选标记的可能性,为家禽抗病育种提供一些参考依据。以樱桃谷北京鸭、苏牧麻鸭(樱桃谷鸭×金定鸭)、金定鸭、白羽番鸭为试验材料,利用DNA直接测序技术扫描IFIT5基因单核苷酸多态性(SNP),并分析其与部分免疫指标的关联性。结果表明:仅在IFIT5基因外显子2上检测到一个错义突变(G544A),产生2种等位基因,2种基因型(GG、GA),未发现有AA基因型。经χ2检验,4个鸭群体只有金定鸭和苏牧麻鸭处于Hardy-Weinberg平衡状态。关联分析结果显示:樱桃谷鸭体内H5含量GG型显著高于GA型(P0.05),而Ig M含量GG型显著低于GA型(P0.05),其余免疫指标均无显著差异(P0.05);苏牧麻鸭体内H5含量GG型极显著高于GA型(P0.01),其余免疫指标均无显著差异(P0.05);金定鸭不同基因型各免疫指标均无显著差异(P0.05)。白羽番鸭在+544位点均为GG纯合基因型。由此可以看出,IFIT5(544GA)可作为樱桃谷鸭体内H5含量的候选分子标记。     

荆江麻鸭A-FABP基因内含子2多态性及其与屠体性状的关联研究

采用PCR-SSCP法检测了96只荆江麻鸭A-FABP基因内含子2的多态性,并对基因多态性与屠体性状进行关联分析。结果发现,本试验群体中检测到AA、AB和BB 3种基因型,其中AA、BB基因型频率相同,均为0.2083,A、B等位基因频率均为0.5000,群体该多态位点处于Hardy-Weinberg遗传平衡状态。最小二乘分析结果显示,荆江麻鸭A-FABP基因内含子2多态位点AA基因型个体活重、腿肌率和瘦肉率显著高于BB基因型(P0.05),皮脂率显著低于BB基因型(P0.05)。初步推断,A-FABP基因可作为影响荆江麻鸭皮脂性状的候选基因(标记),其中基因型AA为有利基因型。     

鸭A-FABP基因内含子1多态性与肌内脂肪和血清甘油三酯含量相关研究

本研究旨在探讨鸭脂肪型脂肪酸结合蛋白(Adipocyte Fatty Acid-Binding Protein,A-FABP)基因部分序列多态与鸭肌内脂肪和血清甘油三酯含量关系。根据鸭A-FABPmRNA序列和鸡A-FABP基因组序列设计1对引物扩增鸭A-FABP基因内含子1序列。同时根据扩增产物设计4对引物,利用PCR-SSCP对鸭A-FABP基因部分序列进行多态性研究并探究序列多态性与鸭肌内脂肪和血清甘油三酯含量的关系。结果表明:克隆序列包含鸭A-FABP基因外显子1、2部分序列和完整的内含子1序列,与鸡A-FABP基因内含子1同源性为75.1%;经SS-CP检测,发现引物P1扩增片段有3处碱基突变,引物P3有6处碱基突变,这些突变分别产生了3种和8种基因型。在P1位点樱桃谷鸭和苏牧麻鸭偏离了Hardy-Weinberg平衡(P0.01),金定鸭基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡(P0.05),在P3位点3个群体均符合Hardy-Weinberg平衡(P0.05)。同时,这些基因型在不同群体中分布存在显著或极显著差异(P0.05或P0.01)。最小二乘分析显示,肌内脂肪和血清甘油三酯含量在各群体中有显著差异(P0.05),P1和P3位点各基因型对肌内脂肪含量无显著影响(P0.05),仅在P3位点CD基因型个体血清甘油三酯含量显著高于其他基因型个体(P0.05)。结果提示,鸭A-FABP基因内含子1多态对血清甘油三酯含量有一定影响,但是否影响鸭肌内脂肪沉积,还需进一步研究。     

西农萨能奶山羊INHA基因启动子区多态性与产羔数和产奶量的相关分析

采用PCR-SSCP技术分析了INHA基因的启动子区2个基因座位在西农萨能奶山羊群体中的遗传多态性,结果在P1引物所扩增的目的片段发现遗传多态,有2种等位基因A和B,有3种基因型AA型、AB型、BB型;在P2引物所扩增的目的片段未发现遗传多态.对多态片段的测序分析表明:AA型与BB型相比在DNA序列的第506 bp处插入了一个碱基G,在第446 bp处碱基C→T.AB、BB基因型个体的平均产羔数显著高于AA型个体(P<0.05);AB、BB基因型的个体各胎次产奶量均比AA型高,其中在第2、3胎产奶量和前4胎平均产奶量都达到显著水平(P<0.05),AB基因型的前4胎平均产奶量和AA型差异极显著(P<0.01).结果表明INHA基因对奶山羊产羔数和产奶量都有显著影响,因此认为INHA基因的P1位点可作为奶山羊的有效分子标记.     

兴义鸭CYP7A1基因外显子3多态性与血清生化指标的关联性研究

本研究采用PCR-SSCP和DNA直接测序技术相结合来检测兴义鸭CYP7A1基因外显子3的SNP位点,分析其与血清生化指标的关联性。结果表明,检测到3种基因型AA、AB和BB,2个等位基因A和B,AA和A分别为优势基因型和等位基因,频率分别为0.882和0.921,序列比对发现5个SNP位点G744A、G783A、T858C、C951G和G960A,均为同义突变。关联分析显示,BB基因型个体的血清白蛋白、球蛋白和总蛋白显著高于AA基因型(P0.05),AA基因型白球比值显著高于AB型(P0.05),推测CYP7A1基因外显子3的多态可能对兴义鸭血清蛋白有一定影响,BB基因型可能是血清蛋白组成的有利基因型,等位基因B可能是有利等位基因。     

欧拉型藏羊GH基因部分序列PCR-SSCP分析

采用PCR-SSCP方法,检测126只欧拉型藏羊GH基因第1、2内含子、第1～4外显子序列的遗传多态性,结果表明:仅第4外显子出现多态性,存在2个等位基因3种基因型(AA、AB和BB),BB基因型频率最高,B等位基因频率明显高于A等位基因频率,其余位点未检测到多态.群体遗传学分析结果表明:该群体在这一位点上处于Hardy-Weinberg平衡状态(P＞0.05),多态信息含量(PIC)为0.231 3,为低度多态(PIC＜0.25).测序结果显示:与藏绵羊GH基因序列(EFU77162)相比,B等位基因在1 286bp处发生T→C的突变,该突变为同义突变.     

樱桃谷鸭SREBP1基因变异对脂肪含量及血清生化指标的关联性研究

SREBP1基因在畜禽脂肪沉积过程中起着重要的调控作用,为探究SREBP1基因变异对鸭脂肪含量及血清生化指标的遗传效应,本研究选取10周龄的樱桃谷鸭100只(♂58,♀42)为研究对象,利用DNA直接测序法检测基因的SNP_S位点,一般线性模型分析基因变异与脂肪含量及血清生化指标的关联性。结果表明:在樱桃谷鸭SREBP1基因CDS区第999位碱基发生C/G突变,导致第333个密码子CTC转变成CTG,编码的亮氨酸(L)没有发生改变;第1 124位碱基发生A/G突变,导致第375个密码子GAC转变成GGC,编码的天冬氨酸(D)改变成甘氨酸(G);2个SNPs位点共产生6种基因型:AA、AB、BB、BC、CC、AC,3个等位基因A、B、C,等位基因A为优势等位基因,其频率为0.42,杂合度和多态信息含量分别为0.66和0.58,属于高度多态,χ~2检验表明,樱桃谷鸭群体中该多态座位基因型分布处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05)。关联分析显示, BB基因型的甘油三酯和肌内脂肪含量最高,显著高于其他5种基因型(P0.05)。结果揭示BB基因型是脂肪沉积的有利基因型,等位基因B是有利等位基因,可用于选择高脂的樱桃谷鸭品系。     

溧阳鸡促卵泡激素受体基因多态性分析

以溧阳鸡为素材,设计5对特异性引物,采用PCR-SSCP和测序结合的方法,对165只溧阳鸡(母)促卵泡激素受体(FSHR)基因进行多态性检测。结果共检测到2个突变位点,第4外显子(Exon 4)第33位碱基发生T→C突变,第6外显子(Exon 6)之后第12位碱基(即内含子6第12位点碱基)发生G→A突变,其中在Exon 4区域检测到3种基因型:AA、AB和BB,基因型频率分别为0.539、0.400和0.061;在Exon 6区域检测到3种基因型:CC、CD和DD,基因型频率分别为0.248、0.558和0.194。适应性χ2检验表明各片段的基因频率在群体内分布处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05)。溧阳鸡FSHR基因存在多态性,为进一步研究FSHR基因对溧阳鸡繁殖性能的遗传效应积累了理论资料。     

宁夏地区荷斯坦牛Nramp1基因多态性分析

天然抗性相关巨噬蛋白(Nramp)和多种细胞内菌体的抗性感染相关联。通过对荷斯坦牛Nramp1基因第11外显子多态性进行PCR-SSCP检测结果显示,该区域存在A、B两种等位基因和AA、BB、AB三种基因型,其中等位基因A的频率为0.2692,等位基因B的频率为0.7308,基因型AA的频率为0.0833,基因型BB的频率为0.5449,B为优势等位基因,基因型BB为优势基因型。经过卡方适合性检验,荷斯坦牛Nramp1基因所测区域处于中度多态,未偏离Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05)。测序结果表明,引物扩增片段在200bp处发生G→C错义突变,从而导致氨基酸由半胱氨酸(Cys)变为丝氨酸(Ser)。     

荆江麻鸭THRSPα基因内含子酶切多态性及其与屠体性状的研究

采用PCR-RFLP法检测96只荆江麻鸭THRSPα基因内含子的多态性,并对基因多态性与屠体性状进行关联分析。结果发现,本试验群体中未检测到AA基因型,仅有CC和CA2种基因型。其中C等位基因频率为0.9792,为优势等位基因。χ2检验表明,该多态位点处于Hardy-Weinberg遗传平衡状态。结果表明:荆江麻鸭THRSPα基因内含子多态位点CA基因型个体活重极显著高于CC基因型(P0.01),C基因C型个体全净膛率、胸肌率和瘦肉率极显著高于CA基因型(P0.01),其他性状差异不显著(P0.05)。     

陕北白绒山羊H-FABP基因SNPs及其与生长、胴体性状的相关研究

利用PCR-SSCP技术分析了262头周岁陕北白绒山羊H-FABP基因外显子2的多态性及其与生长和胴体性状的关系,结果表明该座位存在1个突变位点(G→C),且该群体处于Hardy-Weinberg非平衡状态;H-FABP基因的AB与AA和BB基因型个体背膘厚差异显著,AA和BB型个体间的差异极显著;AB和BB型个体的胸围和管围差异显著(P＜0.05),AA和BB型个体的眼肌面积具有显著差异(P＜0.05),其他性状在不同基因型间均无显著差异;此外,在初生重、眼肌面积、背膘厚等6项指标上,均表现为AA＞AB＞BB,而在体高、胸围、管围3项指标上,均表现为AB＞AA＞BB.可以推断H-FABP基因可作为陕北白绒山羊生长及胴体性状的候选基因和绒山羊肉用性能的分子标记.     

延边黄牛POU1F1基因PCR-SSCP多态性与生长性状关系的研究

为了研究延边黄牛117个个体的垂体特异转录因子(POU1F1)基因多态性及其与断奶体重、体尺等生长性状间的相关性,试验利用单链构象多态(PCR-SSCP)技术,对延边黄牛POU1F1基因第6外显子序列的SNPs进行检测。结果表明:延边黄牛群体POU1F1基因座位存在多态性,发现了2种等位基因(A/G),基因频率分别为0.515 6和0.484 4;该位点纯合度为0.500 5,杂合度为0.499 5,多态信息含量为0.374 8,属于中度多态,处于Hardy-Weinberg平衡状态。纯合基因型个体的POU1F1基因座位存在突变位点。POU1F1基因多态位点遗传分析表明,AB型个体较多,AA型和BB型个体较少。延边黄牛群体内AB基因型个体体长显著(P0.05)高于AA和BB基因型个体,育肥牛AB型个体胸深显著(P0.05)低于AA型个体,初步认为AB基因型为优势基因型,对选择有正向效应。提示POU1F1基因有可能作为延边黄牛生长性状的候选基因。     

不同鸡品种TYR基因遗传变异分析

采用PCR-SSCP方法,对中国宁夏固原鸡、海南文昌鸡、西藏藏鸡和国外引进海赛克斯鸡TYR基因5′侧翼区及外显子13个位点（P1、P2、P3）的遗传变异进行研究。结果表明,P2位点无多态,P1位点在3个中国鸡品种中均出现3种基因型,分别为AA型、BB型和AB型;在引进的海赛克斯鸡中,只检测到BB型和AB型2种类型。4个鸡品种在该位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态;P3位点在中国3个鸡品种中均检测到3种基因型,分别为AA型、BB型和AB型,而海赛克斯鸡中只检测到AA和AB型,固原鸡和文昌鸡在该位点处于Hardy-Weinberg平衡状态,藏鸡和海赛克斯鸡均处于极不平衡状态。进一步说明,中国地方鸡品种的TYR基因蕴藏丰富变异资源。经克隆测序分析,P1位点存在C→T的单碱基替换突变,P3位点存在G→A的单碱基替换突变,但未引起氨基酸突变。独立χ2分析显示,两位点基因型和等位基因分布在不同鸡品种之间存在显著或极显著差异（P〈0.05和P〈0.01）,提示TYR基因的基因型和等位基因分布与鸡品种因素显著相关。本研究为以后对鸡TYR基因5′侧翼区及外显子1的进一步研究提供基础依据。     

白羽番鸭TLR7基因多态性与部分生产性状的关联分析

以白羽番鸭为研究材料,根据鸭的TLR7基因序列(DQ888644)设计引物,扩增TLR7基因的第1外显子和部分内含子,并分析其多态性对生产性状的遗传效应。结果表明:PCR产物出现片段长度多态,产生AA和AB2种基因型,其中AA型为优势基因型,A为优势等位基因;测序结果显示,在内含子区209位碱基发生C→T突变,在280位碱基之后缺失/插入3个碱基AAT;χ2检验结果表明,该座位处于Hardy-Weinberg平衡状态;AA型个体的体重、半潜水长和胫围极显著高于AB型(P<0.01),胫长显著高于AB型(P<0.05),其他指标在各基因型间的差异均未达到显著水平(P>0.05),AA型是白羽番鸭生长性状较为有利的基因型。