甘肃金昌西门塔尔牛MSTN基因外显子多态性研究

[目的]为分析金昌地区西门塔尔牛 MSTN 基因三个外显子的遗传多态性及变异特征。[方法]采用 PCR-SSCP 方法检测了61头西门塔尔牛 MSTN 基因三个外显子的多态性。[结果]显示：金昌西门塔尔牛 MSTN 基因的第1外显子存在 A、B 两个等位基因以及AA、AB 两种基因型,其基因型频率分别为0.7705和0.2295;第2外显子存在 A、B 两个等位基因以及 AA、AB、BB 三种基因型,其基因型频率分别为0.0328、0.3443和0.6229;第3外显子只有 AA 一种基因型。序列分析表明,金昌地区的西门塔尔牛 MSTN 基因第1外显子在269bp 发生了 A→G 的突变和第2外显子在41bp 发生了 C→T 的突变,但都未导致氨基酸发生改变,属于同义突变;外显子3并未检测到突变。[结论]统计结果表明,金昌地区的西门塔尔牛 MSTN 基因第1外显子呈低度多态,第2外显子呈中度多态。     

西南地方品种黄牛MyoD基因部分编码序列PCR-SSCP分析

采用PCR-SSCP技术分析了MyoD基因在3个西南地方黄牛品种的遗传多态性。结果表明:MyoD的第2外显子内不存在遗传多态性;第1外显子在3个牛品种中检测到了AA、AB和BB基因型,而且A等位基因为3个牛群体的优势等位基因,分布较高。3个品种中,盘江牛AA基因型频率最高,达到0.5365,而巴山牛和昭通牛则相对较低,分别为0.4465和0.2564。对第1外显子的多态片段测序分析表明:位于MyoD基因第782bp处发生碱基G→A的突变,并导致了氨基酸的突变,使甘氨酸变为丝氨酸。     

欧拉型藏羊GH基因部分序列PCR-SSCP分析

采用PCR-SSCP方法,检测126只欧拉型藏羊GH基因第1、2内含子、第1～4外显子序列的遗传多态性,结果表明:仅第4外显子出现多态性,存在2个等位基因3种基因型(AA、AB和BB),BB基因型频率最高,B等位基因频率明显高于A等位基因频率,其余位点未检测到多态.群体遗传学分析结果表明:该群体在这一位点上处于Hardy-Weinberg平衡状态(P＞0.05),多态信息含量(PIC)为0.231 3,为低度多态(PIC＜0.25).测序结果显示:与藏绵羊GH基因序列(EFU77162)相比,B等位基因在1 286bp处发生T→C的突变,该突变为同义突变.     

AQP7基因第二外显子的单核苷酸多态性与牛精液品质的相关分析

采用PCR-SSCP技术分析了AQP7基因的第2外显子在西门塔尔牛和夏洛莱牛群体中的遗传多态性。结果表明:在所扩增的AQP7基因的第2外显子中发现PCR-SSCP多态,有2种等位基因A和B,有2种基因型AA型和AB型。对多态片段测序分析表明:在AQP7基因第2外显子中存在有一碱基A→G突变,导致编码氨基酸(天冬氨酸→丝氨酸)的改变。适合性卡方检验表明,该位点的不同基因型频率处于Hardy-Weinberg平衡状态。用最小二乘法分析AQP7基因第2外显子不同基因型与西门塔尔牛和夏洛莱牛精液品质的相关性,发现AQP7不同基因型对冻精顶体完整率有极显著影响,AA型极显著高于AB型(P<0.01)。AA型的冻精活精子比率显著高于AB型(P<0.05),对其它性状的影响差异不显著。因此,西门塔尔牛和夏洛莱牛AQP7基因应是影响精液品质的一个主效基因或与影响精液品质的主效基因紧密连锁。     

宁夏地区荷斯坦牛Nramp1基因多态性分析

天然抗性相关巨噬蛋白(Nramp)和多种细胞内菌体的抗性感染相关联。通过对荷斯坦牛Nramp1基因第11外显子多态性进行PCR-SSCP检测结果显示,该区域存在A、B两种等位基因和AA、BB、AB三种基因型,其中等位基因A的频率为0.2692,等位基因B的频率为0.7308,基因型AA的频率为0.0833,基因型BB的频率为0.5449,B为优势等位基因,基因型BB为优势基因型。经过卡方适合性检验,荷斯坦牛Nramp1基因所测区域处于中度多态,未偏离Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05)。测序结果表明,引物扩增片段在200bp处发生G→C错义突变,从而导致氨基酸由半胱氨酸(Cys)变为丝氨酸(Ser)。     

甘肃西门塔尔牛高台类群MSTN基因多态性与生物信息学研究

为分析甘肃西门塔尔牛高台类群MSTN基因的遗传多态性、变异特征及MSTN基因的基础数据。采用PCR-SSCP方法检测了62头高台西门塔尔牛MSTN基因的多态性,对群体内各等位基因进行了克隆,得到西门塔尔牛MSTN基因的完整CDS区序列及部分5'端和3'端UTR区,并进行了相关生物信息学分析。高台西门塔尔牛MSTN基因第1和3外显子只发现一种纯合基因型,第2外显子发现一种杂合基因型。序列分析结果表明,高台西门塔尔牛MSTN基因第2外显子在41bp处发生了C→T的突变,第1和3外显子无突变。生物信息学分析表明,西门塔尔牛MSTN基因CDS区全长1128bp,编码375个氨基酸残基组成的蛋白质,分子量约为42.5kD,理论等电点为6.14;二级结构是以β-转角和无规卷曲为主。西门塔尔牛MSTN与牦牛、绵羊等物种之间存在较高的同源性。统计结果表明,甘肃西门塔尔牛高台类群MSTN基因未发现有多态,对MSTN生物信息学的分析表明,甘肃西门塔尔牛高台类群MSTN是一个由375个氨基酸残基构成的不稳定的可溶酸性蛋白质,二级结构预测为一个混合型蛋白。本研究结果为进一步研究甘肃西门塔尔牛高台类群MSTN基因的遗传特性和生理机制奠定了基础。     

中国荷斯坦奶牛κ-CN基因第四、第五外显子的多态性研究

本文利用PCR-RFLP技术,检测了中国南方荷斯坦牛κ-酪蛋白(κ-casein,κ-CN)基因第四、第五外显子的遗传多态性.结果表明:κ-CN基因第四、第五外显子均存在遗传多态性,第四外显子上存在突变位点g.13100A＞C,第五外显子上存在突变位点g.15153 T＞C.第四外显子有两种基因型(AA,AB),等位基因频率分别为0.9379和0.0621,第五外显子有三种基因型(AA,BB,AB),等位基因频率分别为0.6512和0.3488.κ-CN两个外显子PCR-RFLP位点的基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡定理(P＞0.05).κ-CN基因第四、第五外显子座位的多态信息含量分别为0.1097和0.3511,第四外显子呈现低度多态,第五外显子呈现中度多态;其杂合度、有效等位基因数分别为0.1165、1.1318和0.4543、1.8324.     

中国西门塔尔牛、利木赞牛和夏洛莱牛MSTN基因多态性分析

分别以20头中国西门塔尔牛、利木赞牛和夏洛莱牛为研究对象,采用创造酶切位点PCR与降落PCR相结合的方法对3个品种的基因外显子1的突变位点扩增,分析了3个肉牛品种之间的Myostain(MSTN)基因多态性。运用1对特异性引物扩增3个肉牛品种的MSTN基因已知外显1SNP位点,扩增片段大小为217bp。运用CRS-RFLP方法鉴定60头牛MSTN基因在3个群体中的分布情况。结果表明,在西门塔尔群体中等位基因C占优势,等位基因频率为60%,AA基因型频率为0;在夏洛莱群体中等位基因A优势,等位基因频率为57.5%,CC基因型频率为0;而在利木赞群体中未检测到这一突变。     

牛类胰岛素生长因子IGF-Ⅰ基因研究

采用PCR-SSCP和PCR-RFLP技术分析了类胰岛素生长因子1(IGF-Ⅰ)基因5′侧翼区、第5外显子、第2外显子在南阳牛、鲁西牛、中国西门塔尔牛3个牛品种中的遗传多态.结果表明在IGF-Ⅰ基因的5′侧翼区、第5外显子上未发现PCR-SSCP或PCR-RFLP遗传多态;在第2外显子中发现PCR-SSCP多态,有3种基因型AA型、AB型、BB型.对第2外显子的多态片段测序分析表明在35 bp处有碱基A→G的突变,248 bp处有碱基C→T的突变,256 bp处有碱基A→G的突变;35 bp、248 bp的碱基突变都是无义突变,而256 bp处碱基A→G的突变为有义突变,使谷氨酸变为甘氨酸.     

牛AQP7基因第3外显子的单核苷酸多态性与精液品质的相关分析

采用PCR-SSCP技术分析了AQP7基因的第3外显子在西门塔尔和夏洛来群体中的遗传多态性.结果表明在所扩增的AQP7基因的第3外显子中发现PCR-SSCP多态,有2种等位基因A和B,有2种基因型AA型、AB型.对多态片段测序分析表明:在AQP7基因第3外显子中存在有一碱基G→C突变,导致编码氨基酸(精氨酸→苏氨酸)的改变.适合性卡方检验表明该位点的不同基因型频率处于Hardy-Weinberg平衡.用最小二乘法分析AQP7基因第3外显子不同基因型与西门塔尔和夏洛来精液品质的相关性,发现AQP7不同基因型对冻精活精子比率有极显著影响,AA型极显著高于AB型(P<0.01).AA型的冻精项体完整率和冻精活力显著高于AB型(P<0.05),对其他性状的影响差异不显著.研究结果表明,西门塔尔和夏洛来牛AQP7基因应是影响精液品质的一个主效基因或与影响精液品质的主效基因紧密连锁.     

Correlations Analysis between Polymorphism of 3’-UTR in MSTN Gene and Slaughter Traits of China Red Steppe

In order to study the effect of myostatin (MSTN) gene on the meat performance of Local Yellow cattle in China,selecting 2 Local cattle breeds (Grassland Red bull,Yanbian cattle) as the research object,four binary hybrid cattle group (Germany Yellow cattle×Simmental,Limousin×Simmental,Charolais×Simmental and Red Angus×Simmental) as reference.PCR-RFLP and DNA sequencing methods were conducted to detect single nucleotide polymorphism of MSTN gene in two Chinese native cattle and four cross cattle,and analyzed the correlations between single nucleotide polymorphism of China Red Steppe MSTN gene and slaughter traits.The sequence analysis showed that there was no mutations in the MSTN gene exon 3,a C5358A mutation of 3'-UTR of MSTN gene was found,which made the AclⅠrestriction enzyme site disappeared,all cattle groups showed polymorphism which was formed two genes as A,C, and 3 genotypes as AA,CA and CC, respectively.The research results suggested that AA genotype in groups of four hybrid cattle had dominant advantage and the genotype frequency was apparently higher than two groups of Chinese Native cattle for the test of independence,allele A was expressed the preferential allelic,the frequencies of CA,CC and AA genotypes showed a little variation between two cross cattle and Native cattle,and the frequency of allele C was apparently higher than allele A,so allele C was designed the preferential allelic in the local population.While correlations between different genotypes of China Red Steppe and slaughter traits analysis showed that AA genotype individual net meat percentage and eye muscle area were significantly higher than CA and CC genotype individuals (P<0.05),but other slaughter straits had no significant differences in three genotypes(P>0.05).These results provided a useful reference for research of the meat performance of China Red Steppe in the molecular breeding field.     

促黄体素LHβ基因的单核苷酸多态性与牛精液品质的相关分析

采用PCR-SSCP技术分析了LHβ基因的5′UTR和3个外显子在西门塔尔、夏洛来等种公牛中的遗传多态性。结果在所扩增的LHβ基因的5′UTR 2个目的片段和外显子1、3中均未发现PCR-SSCP遗传多态;在第2外显子中发现PCR-SSCP多态,有2种等位基因A和B,有3种基因型AA型、AB型、BB型。对多态片段的测序分析表明:在LHβ基因第2外显子中1个碱基G突变为A。适合性卡方检验表明,该位点的不同基因型频率处于Hardy-Weinberg平衡。用最小二乘法分析LHβ基因第2外显子不同基因型与西门塔尔和夏洛来精液品质的相关性,发现LHβ不同基因型对冻精畸形率和射精量有显著影响,对其他性状的影响差异不显著。结果表明,西门塔尔和夏洛来牛LHβ基因应是影响精液品质的一个主效基因或与影响精液品质的主效基因紧密连锁。     

牛肌肉生长抑制素基因单核苷酸多态性分析

应用PCR-SSCP分析方法,对94头肉牛(公牛45头:西门塔尔34头,夏洛来11头;母牛49头:西门塔尔24头,夏洛来25头)的肌肉生长抑制素(MSTN)3个外显子进行了多态性分析.结果显示,第1外显子存在2种基因型,分别为AA型和AB型.经测序发现,第1外显子4 bp处存在C→G的碱基突变,导致编码的氨基酸由谷氨酰胺(Gln)→谷氨酸(Glu).统计结果表明,等位基因B的含量低,而且只在西门塔尔品种内含0.026 6.利用SPSS软件作最小二乘分析,结果表明,B等位基因与西门塔尔牛的成年体质量和犊牛出生体质量呈显著正相关.     

MSTN基因外显子3的多态性及其与边鸡生长性状的关联分析

采用PCR-SSCP技术检测边鸡及2个对照鸡群体(京海黄鸡和尤溪麻鸡)肌肉生长抑制素(myostatin,MSTN)基因外显子3的单核苷酸多态性,并与边鸡的生长性状进行相关性分析。结果表明,在MSTN基因外显子3的8527—8528 bp处检测到一个TC的插入。在边鸡和京海黄鸡中只检测到2种基因型(AA和AB基因型),在尤溪麻鸡中检测到3种基因型(AA、AB和BB基因型)。在3个鸡品种中都以A等位基因为优势等位基因。最小二乘分析结果表明,边鸡2种基因型个体的6~16周龄体重均无显著差异(P>0.05)。     

中国荷斯坦奶牛FASN基因遗传多样性及其与泌乳性能的相关性分析

哺乳动物脂肪酸合成酶(FASN)基因在脂肪酸合成中起至关重要的作用。研究利用PCR-SSCP方法检测109头中国荷斯坦奶牛FASN基因第2、4、26、34外显子遗传多态性,并对多态性与泌乳性状进行相关性分析。结果表明:仅第34外显子(g.16009)存在A/G多态性,其余3个外显子均未发现多态性;第34外显子有2个等位基因为A(突变点为G)/B(突变点为A),基因频率0.8802/0.1198;最小二乘分析表明,第34外显子不同基因型对乳脂率、体细胞评分(SCS)效应显著(P0.05)。为进一步探索牛奶中乳脂率调控机制奠定一定基础。     

MSTN基因外显子3的多态性及其与边鸡生长性状的关联分析

采用PCR-SSCP技术检测边鸡及2个对照鸡群体(京海黄鸡和尤溪麻鸡)肌肉生长抑制素(myostatin, MSTN)基因外显子3的单核苷酸多态性,并与边鸡的生长性状进行相关性分析。结果表明,在MSTN基因外显子3的8527—8528 bp处检测到一个TC的插入。在边鸡和京海黄鸡中只检测到2种基因型(AA和AB基因型),在尤溪麻鸡中检测到3种基因型(AA、AB和BB基因型)。在3个鸡品种中都以A等位基因为优势等位基因。最小二乘分析结果表明,边鸡2种基因型个体的6～16周龄体重均无显著差异(P>0.05)。     

新疆阿勒泰羊钙蛋白酶抑制蛋白基因多态性与嫩度的关联性分析

为研究钙蛋白酶抑制蛋白（calpastatin,CAST）基因多态性与新疆阿勒泰羊肉嫩度的关系,本试验以89只新疆阿勒泰羊为研究对象,运用PCR-SSCP方法对新疆阿勒泰羊CAST基因第1、2、21外显子进行多态性检测,采用DNA测序技术对结果进行测序,并与新疆阿勒泰羊肉嫩度进行关联性分析。结果显示,在第1和2外显子均未发现多态性,在第21外显子检测出AA、AB、BB 3种基因型,测序结果显示该处发生了A→G的突变。关联分析结果表明,该突变对阿勒泰羊肉嫩度有显著影响（P＜0.05）,初步推断AA基因型可能对阿勒泰羊肉嫩度有一定的改善作用。