青海湖裸鲤繁殖群体遗传多样性的RAPD分析

采用随机扩增多态性DNA(RAPD)方法对青海湖裸鲤的3个洄游繁殖群体-黑马河(HM)、布哈河(BH)及沙柳河(SL)群体各30个个体的DNA多态性进行了分析。用13个引物在三个群体中共检测出85个位点,其中多态性位点68个。青海湖裸鲤群体总的DNA多态位点百分率为80．0％。数据分析结果显示：青海湖裸鲤3个群体总的Nei基因多样性为0．3395,Shannon遗传多样性信息指数为0．4861,存在着较为丰富的遗传多样性。青海湖裸鲤3个群体间平均遗传距离为0．0788,基因分化系数Gst为0．1070,表明3个繁殖群体间产生了一定程度的遗传分化,通过UPGMA方法进行聚类分析显示,HM群体和BH群体优先聚类,表示它们之间的基因交流程度要高于它们分别与SL群体之间的交流。     

银鲳4个地理种群遗传多样性的初步研究

采用随机扩增多态DNA(RAPD)技术对取自海南(HN)、浙江(ZJ)、江苏(JS)、河北(HB)等近海海域的4个地理群体银鲳进行遗传多样性分析。从20个随机引物中筛选出10个,利用POPGEN Version 1.31软件对多态位点比例和遗传距离进行统计分析。共检测出总位点数56个,其中多态位点有39个,多态位点比例为69.64%。4个海域银鲳群体的Shannon多样性指数分别为0.123 2~0.158 7,Ne i基因多样性指数分别为0.077 6~0.100 4。JS群体与HN群体的遗传距离最远,为0.321 6;JS群体与HB群体的遗传距离最近,为0.231 6。结果表明,RAPD技术具有较高的灵敏性和多态性,是分析评估银鲳遗传多样性较为适宜的分子标记之一;JS群体保持着最高的遗传多样性,而HN群体多态性比例最低、ZJ群体Shannon多样性指数最低,应采取一些有效的保护措施,以避免HN群体遗传多样性的进一步丧失。     

西伯利亚鲟（Acipenser baeri）养殖群体遗传结构的AFLP分析

本研究构建了西伯利亚鲟（Acipenser baeri）扩增片段长度多态性（AFLP）分析体系,分析了DNA提取、双酶切反应、连接反应、预扩增反应、选择性扩增反应和银染等步骤。用7对引物对24尾西伯利亚鲟进行了AFLP分析,每对引物扩增的位点数在24～39之间,共扩增出了234个位点,多态性位点为116个,多态性比例为48.83%,平均Nei氏基因多样性指数H为0.4297,平均Shannon氏指数I为0.1233,个体间平均遗传距离为0.1872,表明西伯利亚鲟养殖群体的遗传多样性程度比较低,同时还构建了西伯利亚鲟的聚类图。     

野生和养殖黄颡鱼遗传结构的TRAP分析

本文采用40对靶位区域扩增多态性(TRAP)标记分析了野生和养殖黄颡鱼Pelteobagrus fulvidraco群体的遗传多样性。从40对引物中共扩增出512个位点,其中多态位点278个,多态位点比例为54.3%。筛选出的40对引物的扩增产物都具有多态性,带型稳定,重复性好,可用于统计分析。Pop Gene分析表明:野生黄颡鱼群体的遗传多样性高于养殖群体。群体间的Nei遗传分化系数和基因流指数Nm分别为0.6832和0.2318,表明两个群体间发生了明显的分化。群体间Nm值小于1,说明两群体发生的基因交流较少。     

巨魾野生群体遗传多样性的RAPD分析

巨魾(Bagarius yarrelli)为云南特有的经济鱼类,利用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术对元江下游的河口巨野生群体进行了遗传多样性分析,在50条随机引物中筛选出19条多态性较好的引物,通过PCR扩增,19条引物在巨群体中共检测到67个位点,其中多态性位点66个,平均多态性位点比率为98.51%,个体间平均遗传相似系数为0.890 9,个体间平均遗传距离为0.117 6;群体Nei's基因多样性指数为0.291 6,Shannon信息指数为0.426 9,结果表明巨野生群体具有较高的遗传多样性。     

我国沿海多鳞四指马■群体遗传多样性的fAFLP分析

为了解多鳞四指马■(Eleutheronema rhadinum)的遗传多样性信息,采用荧光标记扩增片段长度多态性技术(fluorescent amplified fragment length polymorphism, fAFLP)对多鳞四指马■8个地理群体214个样本进行扩增和遗传结构分析。结果显示：用9对引物组合共扩增位点493条,其中多态性位点为443条,多态性比例为89.86%;8个地理群体观测等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Nei多样性指数(H)、Shannon信息指数(I)平均值分别为1.679 0、1.467 2、0.250 8和0.363 1;群体遗传多样性高低依次为舟山>崇明>启东>东山>广州>湛江>琼海>高雄。应用AMOVA对8个群体的遗传变异来源进行分析得出,总的遗传分化指数F_st为0.237 2,表明23.72%遗传变异来自于群体间。8个地理群体遗传距离(D)在0.021 6～0.194 4之间;相似系数(H)在0.823 4～0.978 6之间,UPGMA聚类得出多鳞四指马■群体可...     

青蛤北方3个群体遗传多样性分析

采用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术对辽宁省大连庄河海区、锦州海区及山东省东营海区青蛤群体的遗传结构和遗传变异进行分析.15条随机引物共检测到123个位点(250～2000 bp),3个群体的青蛤最大遗传距离为0.0549,遗传相似性系数超过94%,群体分化不明显,未形成不同的地理种群.3个群体总的DNA多态位点百分率为94.2%,表明3个群体青蛤当前种质资源状况良好,遗传多样性水平较高.聚类分析显示辽宁锦州群体和山东东营群体优先聚类,亲缘关系较近.     

长江中上游南方鲇遗传多样性的RAPD分析

采用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术对取自长江中上游合川、木洞、涪陵、彭水、巫山、宜昌及岳阳7个江段的南方鲇(Silurus meridionalisChen)野生群体的遗传多样性进行了分析,24个随机引物共检测出327个位点(200~2500 bp)。各群体的多态位点比例在28.75%~48.62%之间,基因多样性指数为0.2047~0.3074。遗传距离显示长江中上游南方鲇各群体间有一定遗传分化,其中,木洞和合川群体间遗传距离最小为0.0537),而合川和岳阳群体间的遗传距离最大(0.1205),群体间遗传分化系数为0.1866。聚类分析(UPGMA)显示,7个群体聚为两大类群,合川和木洞亲缘关系最近,首先聚在一起,之后与彭水、涪陵、巫山群体相继聚类形成类群Ⅰ,岳阳和宜昌群体则聚类形成类群Ⅱ。Shannon指数分析表明,长江中上游南方鲇野生群体间种质资源状况良好,遗传多样性水平较高。     

利用微卫星标记分析3个暗纹东方鲀(Takifugu obscurus)养殖群体的遗传多样性

针对3个暗纹东方鲀养殖群体,采用21对微卫星引物对其遗传多样性进行分析,成功扩增出具有一定多态性片段的微卫星位点共19个。共得到125个等位基因,每位点等位基因数为3-11,平均值为6.58,有效等位基因数为1.7-7.8,平均值为4.5,平均观测杂合度为0.156-1.000,平均期望杂合度为0.399-0.876,平均多态信息含量(PIC)为0.353-0.858。广州、上海、江苏3个群体的PIC由小到大依次为0.588、0.633、0.655,三群体间遗传分化指数分别为0.048、0.062、0.076,平均值为0.081,表明三群体间发生了小程度的遗传分化。三群体间的遗传距离和UPGAM分析显示,广州和上海群体的遗传距离最远(0.351),广州和江苏群体的遗传距离最近(0.204),聚类分析显示,广州群体和江苏群体聚为一类,上海群体为一类。研究结果基本符合养殖群体的养殖环境,也表明3个养殖群体发生了一定程度的遗传分化,特别是江苏群体的遗传多样性较高,作为选育群体具有一定的遗传潜力。     

利用微卫星标记分析3个暗纹东方鲀(Takifugu obscurus)养殖群体的遗传多样性

针对3个暗纹东方鲀养殖群体,采用21对微卫星引物对其遗传多样性进行分析,成功扩增出具有一定多态性片段的微卫星位点共19个。共得到125个等位基因,每位点等位基因数为3-11,平均值为6.58,有效等位基因数为1.7-7.8,平均值为4.5,平均观测杂合度为0.156-1.000,平均期望杂合度为0.399-0.876,平均多态信息含量(PIC)为0.353-0.858。广州、上海、江苏3个群体的PIC由小到大依次为0.588、0.633、0.655,三群体间遗传分化指数分别为0.048、0.062、0.076,平均值为0.081,表明三群体间发生了小程度的遗传分化。三群体间的遗传距离和UPGAM分析显示,广州和上海群体的遗传距离最远(0.351),广州和江苏群体的遗传距离最近(0.204),聚类分析显示,广州群体和江苏群体聚为一类,上海群体为一类。研究结果基本符合养殖群体的养殖环境,也表明3个养殖群体发生了一定程度的遗传分化,特别是江苏群体的遗传多样性较高,作为选育群体具有一定的遗传潜力。     

江苏及安徽地区十个中华绒螯蟹成蟹群体的RAPD分析

采用随机扩增多态DNA(RAPD)技术对取自江苏及安徽地区的10个群体的中华绒螯蟹共64个个体进行了遗传多样性分析.从24个随机引物中筛选出15个扩增重复性好、条带清晰、特异性强的引物,共检测出88个位点(100～2000 bp),各群体的多态位点比例为3.45%～26.19%,遗传多态度为0.0141～0.1036,说明该蟹类基因组DNA多态度较为贫乏,遗传变异水平较低;各群体间的遗传距离为0.0237～0.2466,遗传相似度为0.7815～0.9766,该蟹类群体之间发生了一定程度的分化;分化系数为0.4283～0.6632,Nm为0.2539～0.6674,表明该蟹类群体之间发生了不同程度的遗传变异和遗传交换.     

用线粒体D-loop和Cyt b基因序列分析拉氏(鲮)3个群体的遗传结构和遗传分化

用线粒体DNA的D-loop和Cytb基因序列分析方法研究了吉林延吉、敦化和辽宁法台3个区域的29尾拉氏鱼岁Phoxinus lagowskii Dybowsky的遗传多样性.经PCR扩增和测序,获得了783～785bp D-loop和818bpCyt b的同源序列.两者多态性遗传参数统计显示,29尾个体分别存在47(D-loop)和89(Cyt b)个变异位点,分别检测出15 (D-loop)和1l(Cyt b)个单倍型,总群体单倍型(Hd)分别为0.8966 (D-loop)和0.8990(Cyt b),核苷酸多样性指数(Px)分别为0.0246(D-loop)和0.0498 (Cyt b),平均核苷酸差异数(K)分别为19.2857(D-loop)和40.7365(Cytb).分子方差分析(AMOVA)结果表明,79.02％(D-loop)和81.69％(Cyt b)变异来自群体间,20.98％(D-loop)和18.31％(Cyt b)来自群体内.单倍型呈明显的地理差异,分成2个分支,一个以延吉群体为主,一个以法台群体为主.拉氏(鲮)的遗传多样性水平较高,群体间遗传分化明显.该结果可为拉氏(鲮)的种质资源保护提供参考.     

中华鳖五群体遗传变异的RAPD分析

从97个10碱基随机引物中筛选出30个多态性引物,对黄河鳖、淮河鳖、洞庭湖鳖、鄱阳湖鳖及太湖鳖5个群体共100只个体进行RAPD分析.结果表明,中华鳖的遗传多样性较丰富.表现在(1)在获得的341条RAPD扩增带中,有234条(68.6%)呈现多态性;2个引物有可明显地反映种群差异的扩增带,其中S105扩增的1408bp在黄河鳖的出现频率仅为20%,而在另外4个群体的出现频率达80%～90%;S37扩增的438bp在5个群体的出现频率大小为黄河鳖85% >淮河鳖65% >洞庭湖鳖55% >鄱阳湖鳖40% >太湖鳖20%,呈现出从黄河到淮河到长江、从长江的中游到下游逐步降低的遗传渐变现象;(2)多态位点比例(P)的大小顺序为太湖鳖59.25%>洞庭湖鳖56.52%>鄱阳湖鳖55.80%>淮河鳖55.03%>黄河鳖54.43%,但5个群体间的差异不显著(F=0.644<F0.05;4,145=2.45);5群体内的遗传多态度(π)在0.3644～0.3883间;(3)群体内遗传相似度大小顺序为淮河鳖0.782>黄河鳖0.771>鄱阳湖鳖0.768>洞庭湖鳖0.750>太湖鳖0.722,其中太湖鳖与黄河鳖、淮河鳖、鄱阳湖鳖3个群体间的差异显著(P <0.05);(4)分子方差分析(AMOVA)表明,黄河鳖与淮河鳖、洞庭湖鳖及鄱阳湖鳖3个群体间,太湖鳖与黄河鳖、淮河鳖2个群体间有极显著的遗传分化(P<0.001);(5)根据遗传距离,用UPGMA 和NJ法进行聚类分析表明黄河鳖与淮河鳖、洞庭湖鳖与鄱阳湖鳖分别先聚在一起,最后再与太湖鳖聚类,显示太湖鳖在基因组上与其它4个群体鳖存在明显歧化.     

3个德国镜鲤养殖群体遗传变异的微卫星分析

利用10个多态微卫星标记对我国北方不同地区3个德国镜鲤(Cyprinus carpioL.mirror)群体(绥化,BL;哈尔滨,BZ;天津,TJ)的遗传多样性及群体间的亲缘关系进行研究。结果显示,3个养殖群体在10个位点上表现出较高的多态性,其中9个位点表现为高度多态(PIC>0.5);平均杂合度为0.629 3;10个位点共检测出144个等位基因;BL与TJ群体的总体变异水平高于BZ群体。Nei氏DA遗传距离分析显示,BL与TJ群体的遗传距离最近,而与BZ群体的遗传距离最远;群体间遗传分化微弱(Fst=0.031 5),群体内变异占总变异的96.85%,3个群体各自特有的等位基因频率普遍较低(0.0125~0.1500),群体共有的等位基因频率相对较高。上述结果表明,3个德国镜鲤养殖群体仍保持着较高的遗传多样性,群体间未产生明显的遗传分化。     

白梭吻鲈3个群体的遗传结构比较

为了加强良种选育工作,切实做好亲本遗传管理,防止近交衰退的发生,利用20个微卫星分子标记对白梭吻鲈(Sander lucioperca)新疆野生群体及山东和苏州2个养殖群体的遗传结构进行检测。结果表明,20个微卫星标记中18个有扩增产物,14个呈现多态性;每个位点的等位基因数为2~6个,平均等位基因数为3.6个,3个群体的平均等位基因数为2.57~3.36,平均观测杂合度为0.5085~0.5621,平均多态性信息含量为0.3931~0.4764,表明3个白梭吻鲈群体的遗传多样性处于中等偏低水平,遗传多样性大小为:新疆群体苏州群体山东群体。群体的Fst为0.1798,表明群体间有一定的遗传分化。在白梭吻鲈人工繁殖与养殖过程中,必须加强亲本遗传结构监测并维持一定数量的亲本规模,以利于其产业的持续发展。     

不同地理群体星突江鲽养殖子一代群体遗传多样性分析

采用RAPD标记技术对取自韩国沿海和俄罗斯沿海的星突江鲽养殖子一代进行了遗传多样性分析。从40个10bp随机引物中筛选出11个效果稳定的引物,对每个群体40个个体进行扩增,各获得57个位点。韩国群体多态位点数为33个,其多态位点比例P为57.89%;俄罗斯群体多态位点数为32个,其多态位点比例P为56.14%。韩国群体和俄罗斯群体的Shannon遗传多样度分别为0.3384和0.2963,Nei的多样性指数h分别为0.2305和0.1947。星突江鲽两群体遗传多态度总量Hsp为0.4252。其中,群体内遗传多态度Hpop为0.3174,源于群体内的遗传多样性的比例为0.7465,而源于群体间的遗传多样性的比例为0.2535。     

中国对虾5个地理群体的RAPD分析

采用随机扩增多态DNA(RAPD)技术对取自辽东湾、渤海湾、海州湾、乳山湾及海洋岛5个群体的中国对虾共95个个体的遗传多样性进行分析。14个随机引物共检测出103个位点(200～2500bp),各群体的多态位点比例在31．07％～34．95％之间。遗传距离显示中国对虾群体间有一定遗传分化,其中辽东湾和乳山湾群体问的遗传距离最大(0．0742),而辽东湾和渤海湾群体间的遗传距离最小(为0．0243),群体间的遗传分化系数为0．2083。整体来看,中国对虾的遗传变异水平较低,遗传多态度为0．1621。用UPGMA对5个群体进行聚类分析,构建谱系关系图。     

我国泥鳅微卫星遗传多样性初步分析

用6个微卫星标记分析了安徽(AH)、甘肃(GS)、广东(GD)、广西(GX)、黑龙江(HLJ)、江苏(JS)和重庆(CQ)7个泥鳅(Misgurnus anguillicaudatus)群体的遗传多样性。这6个微卫星摘自泥鳅微卫星连锁图谱,不存在连锁不平衡,在HLJ群体中处于哈代-温伯格平衡,适用遗传多样性分析。六个微卫星共检测到69个等位基因,每位点7到16个不等,有效等位基因数(Ne)3.0-5.5个,观察杂合度在0.202和0.408之间,而期望杂合度在0.673和0.820之间,揭示的多样性信息含量(PIC)在0.643和0.796之间。这些数据显示7个泥鳅群体遗传多样性丰富。群体间遗传分化系数(Fst)达到0.499,49.9%的变异可归于群体间差异,而Fis在0.167和0.421之间,表明泥鳅群体存在较明显的近交或斑块化分布。聚类分析显示AH、GD、HLJ和JS聚成一个分支,而CQ、GS 和GX聚为另一个分支。这表明我国泥鳅呈现东西向梯度分布并在南北向可能存在扰动。这些发现将有助于我国泥鳅资源的有效管理和合理利用。