一步法RT-PCR检测小反刍兽疫病毒

为建立一步RT-PCR检测小反刍兽疫病毒(PPRV)方法,针对Gen Bank中PPRV F基因进行序列比较分析,设计一对特异性引物,通过优化RT-PCR反应条件,建立了一步RT-PCR检测PPRV方法。该方法最佳退火温度为60℃,最佳引物用量为8pmo L/μL。利用这种方法对小反刍兽疫临床阳性样本进行检测,获得了特异性的扩增目标条带,但不与口蹄疫病毒、羊口疮病毒、犬瘟热病毒等发生反应。本方法具有高度灵敏性,最低检测量为3.576×10-5g/L,可广泛应用于临床小反刍兽疫病毒核酸的检测。     

山羊痘病毒LAMP检测方法的建立

为了建立适用于基层养殖场快速、可视化的山羊痘病毒(GTPV)环介导等温扩增技术(LAMP)检测方法,根据GenBank公布的GTPV ORF103保守区核苷酸序列为靶序列,设计并合成一组特异性LAMP引物,优化反应条件(时间、温度)和反应体系(dNTP、内外引物浓度比),并进行特异性和灵敏度试验。结果表明,所建立的LAMP方法在65℃时反应50 min即可获得清晰的梯状条带;扩增物经10×SYBR GreenⅠ荧光染料染色,紫外线照射或日光下即可直接判定结果;灵敏度试验结果表明,该方法能够检出的GTPV核酸最低浓度为1.287 ng/mL,与常规PCR方法相比,灵敏度增高100倍;该方法特异性良好,与小反刍兽疫病毒(PPRV)、羊支原体(Mccp)、羊口疮病毒(ORFV)均无交叉反应;对10份临床样品检测结果显示,该方法与传统PCR检测结果一致。建立的LAMP检测方法可用于临床山羊痘病毒的检测。     

小反刍兽疫病毒RT-LAMP检测方法的建立

利用逆转录环介导等温核酸扩增技术(RT-LAMP)建立了小反刍兽疫病毒快速检测方法,同时评价了该方法的灵敏性和特异性。结果表明,根据小反刍兽疫病毒N基因保守区域设计的LAMP引物能够在63℃恒温下,1小时内实现目的核酸的大量扩增,由于在检测前加入荧光指示试剂,检测结果可以直接用肉眼判断,避免了由于开盖检验带来的扩增产物污染导致的假阳性。该检测体系具有较高的特异性,只能特异性地检测目的病毒,与其他同属的病毒或类似病毒等无交叉反应;具有较高的检测灵敏度,比普通RT-PCR灵敏性高10倍,与荧光RT-PCR的灵敏度相当。     

PPRV、RVFV、SBV三重普通及实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立及其初步应用研究

为同时检测小反刍兽疫病毒(PPRV)、裂谷热病毒(RVFV)及施马伦贝格病毒(SBV) 3种外来动物疫病病原,根据GenBank相关病毒序列设计引物及探针,建立PPRV、RVFV、SBV三重普通RT-PCR及三重实时荧光定量RT-PCR检测方法,并初步应用于临床检测。结果显示:所建立的PPRV、RVFV、SBV三重普通RT-PCR方法可同步特异性检测PPRV、RVFV、SBV,检测敏感度可达10~3 copies/μL DNA;对临床症状相似的羊痘、羊口疮、口蹄疫、阿卡斑、蓝舌病及鹿流行性出血热等病毒未有扩增。所建立的PPRV、RVFV、SBV三重实时荧光定量RT-PCR方法对PPRV、RVFV、SBV有特异荧光信号,检测敏感度可达10~(1.33)～10~(2.13) copies/μL DNA;而对临床症状相似羊痘、羊口疮、口蹄疫、阿卡斑、蓝舌病及鹿流行性出血热等病毒未有荧光信号。应用PPRV、RVFV、SBV三重实时荧光定量RT-PCR方法检测925份临床样本,检出一例PPRV阳性样本,经常规RT-PCR扩增及序列测定Blast确定为PPRV谱系IV型毒株。研究所建立的PPRV、RVFV、SBV三重普通RT-PCR方法和三重实时荧光定量RT-PCR方法可同步特异性检测3种病原,并初步应用于临床样本的检测。     

小反刍兽疫病毒特异性IgY抗体的制备及双抗夹心ELISA检测方法的建立

本研究制备了针对小反刍兽疫PPRV全病毒特异性卵黄抗体,利用PPRV N蛋白特异性单克隆抗体和PPRV IgY为主要材料,建立了PPRV双夹心ELISA检测方法检测小反刍兽疫病毒。用该ELISA方法分别检测小反刍兽疫病毒、蓝舌病病毒、鹿流行性出血病病毒、水泡性口炎病毒、赤羽病病毒、口蹄疫病毒,结果表明该ELISA方法可以特异性检出PPRV而与其他病毒间无交叉。用该ELISA和RT-PCR同时检测162份临床样品,结果表明ELISA的特异性和敏感性分别为99.2%和93.7%,两种方法的符合率为98.1%。该方法的建立为小反刍兽疫病毒的初筛检测及小反刍兽疫流行病学调查提供了经济、快速、有效的方法,适用于设备条件不足的基层实验室。     

新疆小反刍兽疫疫情诊断

2013年12月新疆伊犁州霍城县发生不明山羊疫情,根据临床症状和剖检变化怀疑为小反刍兽疫感染。对3只病死山羊病料、8只患病山羊分泌物棉拭子样品和6只患病山羊血清样品分别进行病原学和血清学检测。利用竞争ELISA试剂盒对6份血清样本进行抗体检测,结果全部为阳性。利用抗原捕获ELISA试剂盒,在11只病羊样品中都检测到小反刍兽疫抗原。利用能特异性检测小反刍兽疫病毒的荧光定量RT-PCR方法,在11只病羊样品中检测到小反刍兽疫病毒核酸。利用特异引物进行PPRV N基因片段RT-PCR反应,从11只病羊样品中检测到PPRV核酸。针对2号样本病原核酸N基因和F基因片段进行序列同源性比较,结果该毒株与西藏流行株序列片段相似性分别为96.5%和97.5%。遗传进化分析,该病原属于谱系4,与巴基斯坦等国流行毒株遗传关系最近。     

小反刍兽疫疫苗毒与野毒实时荧光RT—PCR鉴别检测方法的建立

为了建立鉴别检测小反刍兽疫疫苗毒与野毒的快速分子生物学检测方法,通过对自行测序的疫苗毒基因组序列及GenBank中登录的野毒基因组序列进行比对分析,设计了2套引物和TaqMan荧光探针,对实时荧光RT-PCR反应条件进行优化,建立了小反刍兽疫疫苗毒与野毒实时荧光RT-PCR鉴别检测方法。特异性试验证实,该检测方法只能检测到目的病毒核酸,表明其具有良好的特异性。灵敏性试验发现,检测疫苗株的最低检测限可达1．38mg／L的总RNA,检测野毒株的最低检测限为0．16mg／L的核酸。对同一样品进行重复性检测,检测的荧光扩增曲线阈值完全重舍,证明其重复性极好。从180份临床样品中,检测出2份疫苗病毒株阳性样品,其余均为阴性。结果表明,本研究所建立的实时荧光RT-PCR方法能对小反刍兽疫疫苗毒及野毒进行鉴别检测,具有特异性好、灵敏度高、重复性极好的优点,是开展小反刍兽疫疫情监测的有力工具。     

快速检测小反刍兽疫病毒RT—LAMP方法的建立

本研究采用一步法反转录环介导等温扩增技术(RT-LAMP)建立了一种快速、灵敏、高度特异的检测小反刍兽疫病毒(PPRV)的方法.针对PPRV-N基因保守区域设计4条引物,在Bst大片段聚合酶的作用下,可以实现DNA的梯状等温扩增.优化RT-LAMP的反应体系,并检验其灵敏性、特异性.一步法RT-LAMP检测方法从核酸抽提到检测结果出现仅需70 min,该方法具有良好的特异性,与同属的犬瘟热病毒无交叉反应,灵敏度是RT-PCR的1 000倍,是巢式RT-PCR的100倍.结果证明,RT-LAMP方法可快速、灵敏、特异、经济地检测PPRV,在基层和实验室都具有良好的应用前景.     

小反刍兽疫实验室诊断

为了对小反刍兽疫疑似病例进行实验室确诊,采集疑似小反刍兽疫病羊材料,用实时荧光定量RT-PCR检测方法以及一步法RT-PCR检测方法进行检测,并针对小反刍兽疫N基因序列设计引物扩增N基因并进行克隆测序及序列分析。试验结果可见,疑似小反刍兽疫病羊临床剖检表现为胃肠道及肺部出现坏死,肠道出现线状出血。实时荧光定量RT-PCR和一步法RT-PCR方法检测结果显示均为小反刍兽疫病毒(PPRV)核酸阳性。N基因测序结果 China-GZ株与小反刍兽疫4个支系毒株序列比对显示,核苷酸同源性为89.0%~97.3%。本试验通过临床症状表现和实验室分子生物学诊断确诊该病例为小反刍兽疫病毒感染所致。     

RT-PCR鉴别小反刍兽疫病毒疫苗株与强毒株方法的建立

根据GenBank中公布的小反刍兽疫病毒的H基因或全基因序列,利用软件Primer Premier5.0设计引物,扩增片段长度为477bp,建立区分小反刍兽疫疫苗毒与基因4系野毒的RT-PCR检测方法,并用于临床检测。结果表明,建立的RT-PCR鉴别诊断方法能特异性区分疫苗株Nigeria75/1与基因4系PPRV,与基因3系、牛瘟病毒、犬瘟热病毒等同属病毒无交叉反应;最低可以检测到浓度为7.7×10-5ng/μL的RNA模板;该方法操作简单,耗时短,可以初步用于临床鉴别诊断。     

小反刍兽疫病毒与产气荚膜梭菌双重RT-PCR检测方法的建立

为实现小反刍兽疫病毒与产气荚膜梭菌的鉴别诊断,采用改良RNA/DNA提取试剂提取动物组织中的细菌DNA和病毒RNA,基于2014年流行的小反刍兽疫病毒N蛋白基因和产气荚膜梭菌α毒素编码基因序列分别设计合成特异性引物,建立双重PCR方法,优化反应条件,并分析方法的灵敏度与特异性。结果表明,所建立的双重PCR检测方法可以同步检测PPRV和产气荚膜梭菌,分别扩增出406bp和272bp大小特异性条带,方法特异性好,检测灵敏度能够分别达到0.001TCID50/mL和10个CFU/mL。     

几种外来动物病毒多重普通和实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立及其初步应用

为了能够同时开展对小反刍兽疫病毒(PPRV)、蓝舌病血清8型病毒(BTV8)、鹿流行性出血热血清1型病毒(EHDV1)和非洲马瘟病毒(AHSV)4种外来动物疫病病原体的核酸检测,本试验根据GenBank中相关病毒序列设计引物和探针,建立多重普通逆转录PCR(RT-PCR)和实时荧光定量RT-PCR检测方法,并在采集的临床样本检测中进行初步应用验证。结果显示：建立的PPRV/BTV8/EHDV1三重实时荧光定量RT-PCR检测方法仅对PPRV、BTV8和EHDV1有特异荧光信号,检测敏感度可达10^1.70～10^2.08copies/μL DNA;建立的PPRV/BTV8/EHDV1/AHSV四重普通RT-PCR方法可特异性同步检测PPRV、BTV8、EHDV1和AHSV,检测敏感度可达10~3 copies/μL DNA;2种方法对羊痘、羊口疮、口蹄疫、阿卡斑、牛病毒性腹泻等临床相似的病毒均无扩增。在925份临床样本中检测出1例PPRV核酸阳性样本;经核苷酸序列测定及BLAST比对确定为谱系IV型PPRV毒株序列。本试验所建立的三重实时荧光定量...     

一步法实时定量RT-PCR检测小反刍兽疫病毒方法的建立

建立了检测小反刍兽疫病毒的快速、特异的基于Taqman的一步法实时定量RT-PCR方法。通过对GenBank已公布的小反刍兽疫病毒N基因序列进行序列比较分析,设计了一对特异性引物和一条Taqman探针。利用这对引物和探针对来自不同疫源地的小反刍兽疫病毒RNA样本进行检测,都获得了特异性扩增,但是,不与牛瘟病毒、海豚麻疹病毒等其他种的麻疹病毒属病毒发生交叉反应。本方法具有高度灵敏性,最低可检测到810拷贝的RNA模板。在模板浓度为8.1×102到8.1×108拷贝范围内,都呈现良好的线性关系,而且无论是组内和或组间重复的变异系数都很低。     

山羊痘病毒与小反刍兽疫病毒双重PCR检测方法的建立

为建立一种灵敏、准确、快速的山羊痘病毒(GTPV)和小反刍兽疫病毒(PPRV)双重PCR检测方法,根据GenBank上登录的GTPV、PPRV两种病毒的基因序列设计检测引物,在常规PCR基础上,对反应条件及反应体系进行优化,建立了这两种病毒的双重PCR检测方法,并进行了特异性、敏感性检验。结果显示:仅GTPV和PPRV核酸样品扩增出与预期目标相符的目的片段,而其他病原对照均未出现目的条带;GTPV的最低检出量为0.283 ng/μL,PPRV的最低检出量为6.459 ng/μL。结果表明,本研究建立的双重PCR检测方法可一次性同时完成PPRV、GTPV两种病原的检测,且具有较高的特异性和敏感性。本方法的建立为山羊痘和小反刍兽疫的临床诊断、流行病学研究、疫情监测提供了技术支持。     

小反刍兽疫病毒荧光RT-PCR检测方法的建立与应用

为建立小反刍兽疫病毒(PPRV)快速荧光RT-PCR检测方法,应用DNAstar软件对来自NCBI上的PPRVN基因序列进行比对分析,在保守区设置引物和探针,经条件优化,建立PPRV荧光RT-PCR检测方法。结果显示,该方法灵敏度高、特异性好、稳定性强,阳性结果与商用试剂盒的检测结果一致。结果表明该方法可用于PPRV的实验室检测。     

小反刍兽疫病毒和蓝舌病病毒多重荧光RT-LAMP鉴别检测方法的建立及应用

旨在建立一种可视化多重荧光RT-LAMP方法用于检测小反刍兽疫病毒和蓝舌病病毒的核酸,并初步应用于小反刍兽疫和蓝舌病临床样品的检测。比对GenBank中小反刍兽疫N基因和蓝舌病NS3基因保守区域,设计2套LAMP引物,在每条内引物FIP的5′端标记荧光基团。对反应条件进行优化,验证方法的特异性、灵敏度和干扰性,同时应用该方法检测168份临床样品。结果表明,该方法对小反刍兽疫病毒和蓝舌病病毒高度特异,与口蹄疫病毒、鹿流行性出血热病毒、牛瘟病毒、山羊痘病毒等其他反刍动物病毒均无交叉反应,检测灵敏度为200 copies/μL,干扰性小,可同时检测两个不同浓度的模板。对168份样品的检测结果显示,小反刍兽疫病毒的感染率为3.6%,蓝舌病病毒的感染率为13.1%,无两种病毒混合感染;与荧光RT-PCR方法相比,此多重荧光RT-LAMP方法敏感性为91.7%～100%,特异性为100%。表明建立的多重荧光RT-LAMP可快速、准确地检测小反刍兽疫病毒和蓝舌病病毒,具有较好的临床应用价值。     

小反刍兽疫疫苗毒株与强毒株的鉴别性荧光RT-PCR检测方法的建立

对GenBank已公布的小反刍兽疫病毒N基因序列进行分析,设计引物与探针,建立PPRV通用型与Ⅱ系疫苗毒特异型二重实时荧光RT-PCR方法,同时建立针对PPRVIV系强毒株的特异型荧光PCR方法。特异性试验和灵敏度试验表明：建立的二重荧光RT-PCR方法可特异性检测PPRV病毒,其HEX信号通道（通用型）和TAMRA信号通道（Ⅱ系疫苗毒特异型）的检测灵敏度分别可达10^1 TCID50/mL和10^2 TCID50／mL,完全满足PPRV的检测要求。用二重荧光RT-PCR方法对西藏采集的14份羊血清样品进行检测,并用建立的Ⅳ系强毒株特异型荧光PCR方法对二重荧光RT-PCR的检测效果进行评估,结果显示,该方法可有效甄别PPRV强毒株和疫苗毒株,避免假阳性结果的出现。     

小反刍兽疫病毒野毒与疫苗毒双重荧光RT-PCR鉴别检测方法的建立

对GenBank中的小反刍兽疫野毒(Peste des petits ruminants virus,PPRV)及疫苗毒株的基因序列进行分析,设计两对引物和两条特异探针,建立小反刍兽疫病毒野毒与疫苗毒株的双重荧光RT-PCR鉴别检测方法。特异性检测表明,建立的双重荧光RT-PCR方法,可特异检测野毒(FAM通道)和疫苗毒(VIC通道)。灵敏度实验表明,FAM通道可检测到10~(-5)稀释度的RNA(3.576 ng/mL),VIC通道可检测到10~(-3)稀释度的RNA(27.6 ng/mL)。重复性实验表明,该双重荧光RT-PCR方法重复性较好。用建立的二重荧光RT-PCR方法对20份组织样品进行检测,结果显示,该方法可以有效区分野毒和疫苗毒株,且野毒检测结果与实验室确诊阳性结果一致,可以用于临床检测。     

小反刍兽疫病毒Ⅱ系与Ⅳ系毒株SYBR GreenⅠ荧光RT-PCR鉴别检测方法的建立

为建立小反刍兽疫病毒(PPRV)Ⅱ系与Ⅳ系毒株SYBR GreenⅠ荧光RT-PCR的鉴别检测方法，针对PPRV-H基因的高变区域设计1对特异性引物，确定反应条件，分析其敏感性和特异性，并对临床样本进行验证。60℃退火、76℃收集荧光信号获得试验效果最好，熔解曲线为单一峰，Ⅱ系毒株熔解温度78.63℃,Ⅳ系毒株熔解温度80.08℃,易于区分；最低检测限为10拷贝/μL,批内、批间变异系数均小于0.5%,羊口疮病毒(ORFV)等4种病毒无扩增曲线产生；检测140份临床样本，与国家标准检测方法结果符合率100%。本研究建立的SYBR GreenⅠ荧光RT-PCR检测方法可以快速、灵敏和特异地鉴别检测出PPRVⅡ系与Ⅳ系毒株，满足疫病快速诊断的需求。     

实时荧光RT-PCR鉴别小反刍兽疫病毒疫苗株和野毒株

为快速鉴别小反刍兽疫病毒的疫苗株和野毒株,本研究通过分析Gen Bank中已发布的小反刍兽疫病毒全基因组序列,设计了1对通用引物以及疫苗株和野毒株特异性探针各1条,建立了小反刍兽疫病毒鉴别实时荧光RT-PCR方法。结果显示,该方法对疫苗株和野毒株的检测灵敏度均可以检测至10拷贝/反应,在108至101拷贝/反应之间具有良好的线性关系,扩增效率均接近1。该方法具有良好的特异性,能够区分不同谱系的野毒株株和疫苗株。使用该方法对136份临床疑似样品检测,检出的阳性数量与普通RT-PCR相同,并且测序后的区分结果也相同。本方法的建立为该病的实验室鉴别检测和流行病学调查提供了技术支持。