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1.
为了解miR-125b的进化历史和潜在的生物学功能,下载不同物种miR-125b前体序列,运用Clustal W2软件进行多序列比对,构建系统进化树,q PCR方法检测固始鸡不同组织中miR-125b表达量的发育性变化,通过Targetscan 7.0与miRDB数据库对miR-125b靶基因进行预测、DAVID数据库对预测的靶基因进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果显示:不同物种之间miR-125b具有很高的保守性;在胚胎期下丘脑中,随着胚胎发育,miR-125b的表达量逐渐增加,出壳后又呈现逐渐降低的趋势,到36周龄表达量又显著升高;在成年期消化器官(肌胃、腺胃、小肠、肝脏)中也具有较高的表达量;经预测,miR-125b靶基因有920个,富集于组织发育、生物调节、基因表达的转录后调节、小RNA的生物学加工等生物过程和细胞外基质受体相互作用、调节肌动蛋白细胞骨架、MAPK信号通路、胰岛素信号通路、不饱和脂肪酸的生物合成和NOD样受体信号等通路。结果表明:鸡miR-125b为广泛性时序表达miRNA,可能参与鸡胚胎期及出壳后生长发育相关的诸多生物学过程的调控。 相似文献
2.
microRNA(miRNA)在不同物种间进化具有高度保守性,且在动物生长发育过程中有重要作用。为研究miR-92的进化历史、miR-92在不同组织的表达差异性和在生长发育过程中的作用,本文运用多序列比对分析序列相似性,并构建系统进化树分析miR-92基因的进化特点,运用SYBR Green System PCR技术构建了miR-92在鸡不同发育阶段11个组织中的表达谱,同时用TargetScan 7.0与PicTar两种不同生物学软件对其进行靶基因预测,两个软件靶基因的交集分别进行GO和KEGG富集分析。结果表明:(1)miR-92的进化方向与物种从低等到高等的进化趋势相一致,在不同物种中的基因位置和序列上都表现出较高的相似性,这与miRNA在物种间高度进化保守性的特点基本一致;(2)同一个时期,不同组织部位的表达有组织特异性,在1日龄的鸡中,肾脏,腿肌和心脏有较高的表达量。在成年鸡中,表达量较高的组织为肺脏,胸腺和下丘脑。在同一组织的1日龄和成年鸡中的表达呈现时序性,除脾脏的表达量差异不显著外,其他10个组织miR-92的表达量差异显著(P0.05);(3)两个软件预测到的交集靶基因有157个,GO富集结果显示靶基因主要参与转录过程,RNA代谢过程,DNA结合,转录因子活性,MAPK磷酸酶活性等。显著富集的KEGG通路为MAPK信号通路(P0.05)。这些结果为进一步研究miR-92基因在机体中所扮演的角色奠定了基础。 相似文献
3.
4.
本研究旨在对鸡FK506结合蛋白5(FK506 binding protein 5,FKBP5)基因进行克隆和生物信息学分析,并检测其在鸡不同组织中的表达量。以鸡脾脏cDNA为模板,通过PCR方法扩增和克隆鸡FKBP5基因完整CDS区序列,并进行同源性比对及系统进化树构建;使用在线软件分析FKBP5蛋白的理化性质、疏水性、跨膜结构、信号肽、二级结构和三级结构;利用实时荧光定量PCR检测其在肢体内外翻畸形(valgus-varus deformity,VVD)组肉鸡和正常组肉鸡组织中的表达量,并绘制组织表达谱。结果显示,鸡FKBP5基因CDS区序列全长1350 bp,编码449个氨基酸;同源性比对和进化树分析表明,鸡FKBP5基因氨基酸序列与鹌鹑、鸭、壁虎、中华鳖、小鼠、人、猪、斑马鱼的同源性分别为98.4%、96.2%、85.8%、87.4%、81.1%、85.2%、86.1%和61.2%,与鹌鹑、鸭的亲缘关系最近,爬行类和哺乳类动物次之,与斑马鱼(鱼类)亲缘关系最远。鸡FKBP5蛋白分子质量为50.43 ku,理论等电点(pI)为5.94,半衰期为30 h,肽链N端为蛋氨酸(Met),不稳定系数为23.80,属于稳定蛋白;跨膜区和信号肽预测结果显示,FKBP5蛋白不属于跨膜蛋白和分泌型蛋白。结构域分析结果表明,该蛋白包括2个FKBP型肽基脯氨酰异构酶(FKBP-type peptidylprolyl isomerases)、3个四肽重复(TPR)序列,主要包含α-螺旋(46.77%)、延伸链(12.47%)和无规则卷曲(40.76%),且该蛋白与HSPA2、PPID、STIP1、HSP90AA1和HSP90AB1等互作蛋白具有很强的相关性。实时荧光定量PCR结果显示,FKBP5基因在鸡各组织中广泛表达,其中在软骨和法氏囊中表达量较高,在发病组肉鸡组织中的表达量均高于正常组肉鸡,且在心脏、腿肌、法氏囊、胸腺、软骨中表达量差异显著(P<0.05),在脾脏中表达量差异极显著(P<0.01)。本试验结果可为肉鸡骨骼疾病及腿部健康选育提供参考。 相似文献
5.
6.
虾夷扇贝同工酶的生化遗传分析 总被引:8,自引:1,他引:8
用聚丙烯酰胺凝胶不连续电泳,对虾夷扇贝Patinopecten yessoensis的闭壳肌、外套膜、消化盲囊、鳃和性腺5种组织中CAT、MDH、SOD、ME、EST、α~AMY、ADH、ACP和ALP9种同工酶的表达情况进行了分析,记录了20个基因座位,其中8个为多态。并分析了SOD酶谱带特征及虾夷扇贝遗传变异情况。 相似文献
7.
8.
以35周龄固始鸡所产蛋为素材,研究了其5个品变种的蛋质特性,结果表明:(1)各品变种均保留了固始鸡原有的蛋壳坚厚(54.67~58.60μm),蛋黄鲜红色(8.56~9.17),蛋黄胆固醇含量低(221.11~233.94mg/枚)等优良蛋质特征;同时也存在蛋重(48.13~50.51g)和蛋形指数(1.21~1.30)偏低的缺点;(2)蛋质各性状的相关性在不同品变种表现存在差异,如胆固醇与蛋重(黄乌和花羽鸡,r=0.79878~0.80938)(P<0.05)和蛋清粗蛋白含量(花羽鸡,r=0.88288)(P<0.01)呈强的正相关,而与蛋壳重(白乌鸡,r=-0.98537)和蛋黄粗蛋白含量(黄乌鸡r=-0.9225)呈强的负相关(P<0.01) 相似文献
9.
10.
随着养鸡业的迅速发展与高度集约化饲养,大肠杆菌病已成为鸡群重要的疾病之一[1]。鸡大肠杆菌病的致病血清型很多,并且大肠杆菌易产生耐药性,用药物控制该病不但效果不好,且会造成药物残留,影响食品安全[2]。鉴于大肠杆菌血清型复杂,各场发病的血清型不尽相同,所以,当今国内外尚未有适宜各地鸡场有效的统一菌苗[3]。据此,作者对一家污染严重的鸡场进行了大肠杆菌分离鉴定与自家苗的制备。1细菌分离与鉴定[4]1.1分离培养从患肝周炎、心包炎、卵黄性腹膜炎的病鸡体内采集心血、肝组织、输卵管等病料接种于普通营养琼脂培养基,24h后在培养基上… 相似文献