一株牦牛源产细菌素植物乳杆菌SWUN5815全基因组测序及序列分析

旨在分析一株牦牛源植物乳杆菌SWUN5815的全基因组序列测序,并对该菌株的功能特性基因进行挖掘。基于PacBio RSII测序平台对乳杆菌SWUN5815进行全基因组测序分析和GO、KEGG、COG和NR数据库进行基因组基本功能注释。结果表明:1)植物乳杆菌SWUN5815的基因组大小为3.27 Mb,GC含量44.59%;2)预测到3 258个编码基因,编码基因总长度为2 814 147bp,平均长度为864bp;3)编码基因通过功能数据库对该菌株基因组基本功能注释和代谢通路基因信息注释得知,SWUN5815基因组中包括5个基因参与抗氧化活性过程,2个基因参与免疫过程;基因组中包含了抗生素、生物降解等代谢过程;可调控免疫和炎症的相关通路;基因组中含有18种已知细菌素基因;有4个合成ABC型细菌素转运系统的功能序列。综上,SWUN5815全基因组测序及分析挖掘其特异性功能基因有利于研究其益生特性提供基础,为菌株作为抗生素替代品的益生菌和饲料添加剂的应用研究提供了重要的参考数据。     

8株分离自四川、贵州地区猪繁殖与呼吸综合征病毒毒株的全基因组特征分析

本研究旨在了解近年来我国四川、贵州地区猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）的分子流行病学及遗传变异情况,对该地区2016—2018年间采集的8份PRRSV阳性样品进行病毒分离鉴定和全基因组测序,进一步使用RDP4和Simplot生物软件对全基因序列进行重组分析。结果显示,8个PRRSV毒株全基组全长为15 010~15 321 nt,毒株间相似性为80.9%~91.7%。NSP2氨基酸分析结果显示,4个毒株表现出与HP-PRRSV毒株一致的30 aa缺失,另外4株表现出与NADC30毒株一致的131 aa缺失。其中,GZgy17表现为“1+19+29 aa”新型缺失模式。ORF5氨基酸分析显示,3个毒株在33位点出现新型的1 aa缺失。遗传重组分析显示,8个毒株表现出PRRSV-2毒株6种不同谱系（Lineage）间的重组方式,分别如下：1） SCnj16：L8+L1;2） SCxyz17：L1+L5;3） SCya18：L1+L3;4） GZgy17：L8+L3;5） SCcd17和SCN17：L1+L8+L5;6） SCcd16和SCya17：L1+L8+L3。本研究结果表明,我国四川、贵州地区不仅有多种谱系PRRSV毒株并存,其基因组还出现了复杂的遗传重组现象,具有上述复杂基因组的PRRSV毒株在我国的流行状况值得高度关注。     

藏猪呼吸道疾病临床样本中病毒的宏基因组学分析

为了解我国川西高原地区藏猪呼吸道疾病综合征(porcine respiratory disease complex, PRDC)相关病毒的种类和流行情况，本研究从四川省甘孜藏族自治州地区采集藏猪呼吸道样本共计119份，其中健康藏猪鼻拭子66份(来自6个猪场),PRDC明显症状的藏猪鼻拭子、肺组织及肺泡灌洗液53份(11个猪场)。将健康组和发病组样本制成两个pool样提取总核酸反转录成cDNA,建库后使用Illunima novaseq测序。经序列分析表明，健康藏猪呼吸道样品主要以细菌噬菌体为主，动物相关病毒仅检测到疱疹病毒科(Herpesviridae)的mardivirus。发病组样本的病毒种群包括14个病毒科的16种病毒，可引起PRDC的病毒有猪圆环病毒2型(PCV-2)、细环病毒(TTSuV)、猪细胞巨化病毒(PCMV)和非洲猪瘟病毒(ASFV)等。使用SOAPdenovo软件组装出两株PCV-2,三株TTSuV和一株Porprismacovirus的全基因组。遗传演化分析结果显示，两株PCV-2属于PCV-2d亚型，三株TTSuV均属于k2型，其中SCgz-1属于k2b亚型，S...     

鸡传染性喉气管炎病毒可视化LAMP快速诊断方法的建立和应用

试验旨在建立简易、快速、高效的鸡传染性喉气管炎病毒(infectious laryngotracheitis virus,ILTV)检测和诊断方法。根据GenBank上公布的ILTV TK基因序列,设计检测ILTV的特异性环介导的等温扩增(loop media-ted isothermal amplification,LAMP)技术反应引物,通过对LAMP反应体系和反应条件的优化,以及特异性、敏感性和临床样品的检测,建立了ILTV LAMP检测方法。结果显示,以内引物ILT9-FIP和ILT9-BIP、外引物ILT9-F3和ILT9-B3、环引物ILT9-LB和ILT9-LF为LAMP反应引物,反应温度为66℃时,所建立的LAMP检测方法反应效率最高;所建立的LAMP检测方法能够特异性地检测ILTV(匈牙利株和王岗株),不与新城疫病毒(NDV,B株)、鸡传染性支气管炎病毒(IBV,H52株和H120株)、大肠杆菌、鸡副嗜血杆菌、巴氏杆菌等发生交叉反应,且能够检测到的病毒最低浓度达到0.06pg/μL,其灵敏度是普通PCR方法的100倍;采用建立LAMP方法对50个临床样本进行检测,阳性率为14%,且与PCR检测结果的符合率达96%。本研究建立了特异性强、灵敏度高、操作简单的LAMP检测方法,适用于临床上ILTV的快速检测和诊断。     

副猪嗜血杆菌细胞致死膨胀毒素CdtC亚基的克隆表达及细胞毒性分析

细胞致死膨胀毒素(CDT)由CdtA、CdtB和CdtC三个亚基构成,是细菌的一种重要毒力因子.为研究副猪嗜血杆菌(H.parasuis) CDT的CdtC亚基的功能,本研究根据GenBank中cdtC基因序列设计引物,扩增cdtC基因,并克隆到原核表达载体pET-28a(+)中进行诱导表达.SDS-PAGE和western blot检测目的蛋白主要以包涵体形式存在,分子量约为25 ku.将纯化后的重组蛋白复性后进行体外细胞毒性试验.结果表明,CdtC蛋白对Vero细胞和PK-15细胞有较强的细胞毒性作用.本研究为研究细胞致死膨胀毒素CDT的致病机制奠定了基础.     

荧光定量RT-PCR方法检测HP-PRRSV JXA1分离株在藏猪、藏梅猪和大约克夏猪体内的动态分布

为了探明高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒(HP-PRRSV)JXA1分离株感染藏猪、藏梅猪和大约克夏猪后,病毒在猪体内的分布规律,本研究利用荧光定量RT-PCR技术检测3个品种猪感染4×105TCID50/m L的JXA1分离株后0、4、7和14 d体内的15个器官(心、肝、脾、肺、肾、大脑、小肠、颌下腺、颌下淋巴结、甲状腺、胸腺、支气管淋巴结、肠系膜淋巴结、腹股沟淋巴结和扁桃体)的病毒载量。结果表明,在整个感染期间,藏梅猪和大约克夏猪的15个器官中均检测到JXA1分离株,而藏猪的心、肝、脾、肾、小肠、颌下腺和甲状腺以及感染后14 d的脑中未检测到JXA1分离株;在JXA1分离株感染3个品种猪4、7和14 d,藏猪病毒载量最多的器官分别是扁桃体、腹股沟淋巴结和颌下淋巴结,藏梅猪分别是脾、脾和肺,大约克夏猪分别为胸腺、肺和颌下淋巴结。本研究证实了JXA1分离株在3个品种猪体内的分布规律和器官嗜性均存在明显差异。     

中国首例兔出血症病毒2型(RHDV2/b/GI.2)的鉴定及病理学观察

本试验旨在鉴定四川金堂某兔场疑似兔出血症病毒2型（RHDV2）感染疫情的病原,并分析病兔的病理组织学变化。利用血凝试验和RT-PCR检测病死兔内脏组织中的病原,取病变组织制作病理切片,观察分析各组织的病理组织学变化,同时应用病兔肝脏悬液感染幼兔,分析该毒株的致病力。血凝试验结果显示,所采集病死兔肝脏样品能凝集人"O"型血红细胞;RT-PCR扩增及测序结果显示,多对引物均能从样品中扩增出RHDV2特异性条带;病理组织学观察结果显示,病兔多脏器严重出血、肿胀,淋巴细胞和中性粒细胞大量浸润,气管黏膜、肝脏、肺脏出血尤为严重;动物试验结果显示,该毒株毒力较强,含毒肝脏悬液能在24 h内迅速致死幼兔。本研究经临床诊断、核酸检测及测序证实了此次疫情确由RHDV2感染引起,动物试验和病理组织学观察表明该毒株毒力较强,可引发脏器严重出血,造成病兔急性死亡,RHDV2的出现提示病毒的跨境传播情况不容乐观,应引起更大的重视。     

鸡传染性喉气管炎病毒可视化LAMP快速诊断方法的建立和应用

试验旨在建立简易、快速、高效的鸡传染性喉气管炎病毒(infectious laryngotracheitis virus,ILTV)检测和诊断方法。根据GenBank上公布的ILTV TK基因序列,设计检测ILTV的特异性环介导的等温扩增(loop media-ted isothermal amplification,LAMP)技术反应引物,通过对LAMP反应体系和反应条件的优化,以及特异性、敏感性和临床样品的检测,建立了ILTV LAMP检测方法。结果显示,以内引物ILT9-FIP和ILT9-BIP、外引物ILT9-F3和ILT9-B3、环引物ILT9-LB和ILT9-LF为LAMP反应引物,反应温度为66℃时,所建立的LAMP检测方法反应效率最高;所建立的LAMP检测方法能够特异性地检测ILTV(匈牙利株和王岗株),不与新城疫病毒(NDV,B株)、鸡传染性支气管炎病毒(IBV,H52株和H120株)、大肠杆菌、鸡副嗜血杆菌、巴氏杆菌等发生交叉反应,且能够检测到的病毒最低浓度达到0.06pg/μL,其灵敏度是普通PCR方法的100倍;采用建立LAMP方法对50个临床样本进行检测,阳性率为14%,且与PCR检测结果的符合率达96%。本研究建立了特异性强、灵敏度高、操作简单的LAMP检测方法,适用于临床上ILTV的快速检测和诊断。