基于线粒体COⅠ基因序列的2种仿对虾遗传差异

哈氏仿对虾和细巧仿对虾是东海经济虾类资源中主要的仿对虾属种类,为调查研究浙江省舟山市近海这2种虾类种质资源现状及亲缘关系,通过PCR扩增获得2种仿对虾线粒体DNA细胞色素氧化酶亚基Ⅰ,基因长度为632 bp的序列片段,共检测到101个变异位点,其中简约信息位点99个,哈氏仿对虾有4种单倍型,细巧仿对虾有3种单倍型。统计碱基组成发现,二者在目的片段上的A+T含量分别为62.0%、62.9%,均显著高于C+G含量。细巧仿对虾的单倍型多样性与核苷酸多样性均高于哈氏仿对虾,采用邻接法构建分子系统树,并基于木村双参数遗传距离计算2种仿对虾的分化时间约在5.93百万年前。初步摸清了哈氏仿对虾和细巧仿对虾遗传多样性现状并比较了两者间的遗传差异,研究结果以期为仿对虾属经济物种的遗传信息和系统发育提供分子生物学参考依据。     

四种鱚属鱼类线粒体Cyt b基因的序列变异及系统发育研究

测定和分析了4种鱚属(Sillago)鱼类:斑鱚(Sillago aeolus)、亚洲鱚(S. asiatica)、多鳞鱚(S. sihama)和少鳞鱚(S. japonica)线粒体细胞色素b基因序列片段,比较了不同鱚属鱼类种间的序列差异,探讨了彼此间系统发育关系和分类地位。结果显示,4种鱼类平均核苷酸组成为T 29.9%、C 29.2%、A 21.5%、G 19.3%,种间平均净遗传距离在0.157到0.280之间。最大似然法构建的系统树显示,少鳞鱚和亚洲鱚首先聚类、再与多鳞鱚和斑鱚相聚,斑鱚是最晚分化出的鱼类。基于Cyt b基因序列核苷酸分歧速率计算得出4种鱼类发生遗传分化时间在距今785—1400年前的第三纪中新世(Miocene)。     

额尔齐斯河银鲫形态学及COI基因序列分析

采用传统形态学方法和线粒体COI基因序列分析对额尔齐斯河银鲫(Carassius auratus gibelio)两个群体的形态和遗传差异进行了比较。结果显示:通过对8个可量性状和20个框架数据的主成分分析可以看出,两个群体分别占据两个不相重叠的区域,两个群体在形态上存在明显分化。COI基因序列分析显示,两群体之间遗传距离为0.012,群体间遗传距离是群体内最大遗传距离的4倍,两群体间在编码的氨基酸序列上出现了一处替换,群体遗分化指数值为0.96078,基因流值为0.01,表明群体间缺乏基因交流,群体间有明显的遗传分化。     

基于线粒体COI基因序列的亚东鲑DNA条形码研究

以亚东鲑为研究对象,测定分析了线粒体COI基因638bp碱基序列,探讨了该基因作为DNA条形码在鲑科三种鱼类(亚东鲑、大西洋鲑和红点鲑)鉴定方面的可行性和有效性。亚东鲑33个个体共享1种单倍型。利用Kimura-2模型分析得到亚东鲑与大西洋鲑遗传距离最小,为0.079;大西洋鲑与红点鲑遗传距离最大,为0.141;亚东鲑与红点鲑遗传距离为0.120。基于COI基因片段序列构建的NJ显示,亚东鲑和大西洋鲑首先聚到一起,然后再与红点鲑相聚。结果表明COI基因片段作为三种鱼类DNA条形码进行分类鉴定具有一定可行性。     

基于控制区序列分析河鲈遗传多样性

河鲈为我区优质经济鱼类之一,在我国仅分布于新疆阿勒泰地区。为更好的保护和合理开发利用这一有限资源,我们基于mtDNA控制区序列对额尔齐斯河-乌伦古河水系的5个野生群体进行了遗传多样性和遗传结构进行了研究。PCR-SSCP标记结果显示,18个单倍型分布于5个群体的100个个体中。对这18个单倍型个体的mtDNA控制区序列克隆和测序,最终确定13个单倍型,检测到14个变异位点,占分析序列的1.60%。河鲈总种群表现高的单倍型多样度（0.942±0.034）和偏低的核苷酸多样度（0.00242±0.00450）。Tajima’s D和Fuand Li’s D指数的估算结果显示,河鲈5个群体遗传分化不显著（P〉0.1）,具有较稳定的种群结构。YBW,BEJH和LSW群体间存在着一定的基因流（Nm〉1）,WLGH群体与其他群体间的基因流水平低（Nm〉0.6）,存在着由于遗传漂变而产生分化的危险。5个群体间的单倍型序列差异为0.003,说明单倍型间未出现分化。     

蓄水坑灌不同灌水上下限对苹果树叶片蒸腾日变化的影响

在田间试验条件下,以10a生矮化型红富士长富二号苹果树为材料,对不同灌水上下限条件(蓄水坑灌处理T1:田间持水量的80%与60%、T2:田间持水量的90%与70%、T3:田间持水量的100%与80%;地面灌溉对照处理CK:田间持水量的80%与60%)叶片蒸腾及其影响因素的日变化进行研究,并分析叶片水分利用效率对不同灌水上下限的响应。结果表明:不同处理苹果树叶片蒸腾速率日变化特征基本一致,均为单峰曲线且峰值都出现在13∶00,日平均叶片蒸腾速率大小排序为T3>T2>CK>T1;叶片蒸腾速率主要受土壤含水率、气孔导度、胞间CO2浓度、大气温度、叶面温度的影响。叶片水分利用效率日变化呈先降低后升高的趋势,日平均叶片水分利用效率大小排序为T1>T2>T3>CK,且T1与T2、T3、CK都有显著性差异。综合对比知,T1的节水效果最显著。     

基于RNA-seq技术的江鳕转录组SSR位点信息分析

为开展江鳕(Lota lota)遗传多样性、系统分化分析,开发有效分子标记,采用转录组测序RNA-seq方法,挖掘江鳕微卫星标记。结果显示:通过聚类、从头组装和拼接,获得Unigene共计106 084条。所有的Unigene中,共识别17 619个SSR位点,包含SSR位点的Unigene序列数量为10 893条,占总Unigene的10.27%。江鳕转录组中SSR含量较为丰富,一至六核苷酸重复类型均存在。其中,单核苷酸重复类型的数量最多(7 102个),占总SSR位点数的40.31%。江鳕转录组SSR位点中,以10次重复次数最多,达2 788个位点,占总SSR位点的15.82%。江鳕转录组SSR的片段长度从10～66 bp均有分布,大部分集中在10～24 bp,占SSR总数的87.24%。     

蓄水坑灌下不同灌水上限对苹果树吸水根系和产量的影响

为了探究蓄水坑灌下不同灌水上限对苹果树吸水根系、产量和灌溉水利用率的影响,以12 a生矮砧红富士苹果树为研究对象,设置3个灌水处理(灌水下限均为田持的60％,蓄水坑灌处理T1、T2的灌水上限分别为田持的100％和80％,地面灌溉处理CK的灌水上限为田持的80％),对全生育期果树吸水根系根长密度、根表面积密度以及果实产量进行测定.结果表明:各处理吸水根系均随着土层深度的增加呈现先增大后减少的趋势,大小整体表现为:T1>T2>CK.CK处理吸水根系主要集中在0～60 cm土层,不同生育期根长密度和根表面积密度分别占整个吸水根系根长密度和根表面积密度的82.1％～85.3％和82.1％～86.3％;T1和T2处理主要分布在20～80 cm土层,其中不同生育期根长密度分别占整个吸水根系根长密度的66.3％～74.3％和67.3％～78.1％,根表面积密度分别占整个吸水根系根表面积密度的65.7％～73.5％和67.3％～78.4％.CK处理灌水量比T2处理多25％但减产4.55％,并且灌溉水利用率显著小于T1和T2处理.T2处理灌水量比T1处理少33.33％,但产量仅减少8.82％,且灌溉水利用率显著大于T1处理.综合对比可知,T2是本试验最优处理,蓄水坑灌法能诱导果树根系生长和深扎,降低灌水上限能够达到节水稳产的目的.     

急性盐度胁迫对日本黄姑鱼肌肉组织转录组的影响

盐度是影响鱼类各种生理活动的重要环境因素,为探讨急性盐度胁迫对经济海水鱼类日本黄姑鱼基因表达水平的影响,实验基于Illumina HiSeq~(TM) 2500高通量测序平台,对不同盐度条件下日本黄姑鱼幼鱼肌肉组织进行转录组测序并开展生物信息学分析。结果显示,高盐组、低盐组和对照组分别获得46 379 598、36 130 844和38 715 820条Clean reads,总碱基数分别为5.27、4.87和5.53 GB。经组装得到91 667条转录本,去冗余后拼接得到61 601条Unigenes。与对照组相比,高盐组和低盐组分别有2 230和1 377个差异Unigene上调,1 959和2 447个差异Unigene下调,随机选取6条差异表达基因进行实时荧光定量PCR验证,结果与转录组测序一致。通过对显著差异表达基因进行筛选,在高盐组和低盐组中分别发现21和41个差异表达基因与离子通道相关,共有的离子通道相关基因为15个,其中14个基因表达趋势一致。而在高盐组和低盐组发现的离子转运体基因分别为6和10个。GO功能富集分析发现,差异基因显著富集在蛋白酶体、补体激活方面,KEGG通路富集分析发现,差异基因富集在绑定、催化活性、信号传导和分解代谢等方面。研究表明,日本黄姑鱼对急性盐度胁迫的适应可能是一个涉及多组织和多基因的复杂过程,盐度变化能够影响肌肉组织的离子通道、离子转运体,蛋白降解和免疫系统功能。研究结果为今后深入开展日本黄姑鱼盐度适应的调控机制及养殖育种研究提供了参考。     

饥饿和再投喂对白斑狗鱼体内RNA/DNA比值影响的研究

研究了饥饿和再投喂过程中自斑狗鱼肝脏和肌肉RNA/DNA比值的变化.随着饥饿时间的延长,白斑狗鱼体内RNA/DNA比值不断下降,体重逐渐减小,饥饿561时RNA/DNA比值下降幅度达到最大.恢复投喂后,白斑狗鱼摄食强度明显增大,生长加快,各组试验中肝脏和肌肉RNA/DNA比值均超过正常投喂水平.试验结果表明RNA/DNA比值与体重变化呈正相关,进一步证明RNA/DNA比值可作为衡量鱼类生长的重要指标之一.