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相似文献
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1.
测定和分析了4种■属(Sillago)鱼类:斑■(Sillago aeolus)、亚洲■(S.asiatica)、多鳞■(S.sihama)和少鳞■(S.japonica)线粒体细胞色素b基因序列片段,比较了不同■属鱼类种间的序列差异,探讨了彼此间系统发育关系和分类地位。结果显示,4种鱼类平均核苷酸组成为T 29.9%、C 29.2%、A 21.5%、G 19.3%,种间平均净遗传距离在0.157到0.280之间。最大似然法构建的系统树显示,少鳞■和亚洲■首先聚类、再与多鳞■和斑■相聚,斑■是最晚分化出的鱼类。基于Cyt b基因序列核苷酸分歧速率计算得出4种鱼类发生遗传分化时间在距今785—1400年前的第三纪中新世(Miocene)。  相似文献   

2.
【目的】探究叶须鱼属的分子系统进化关系,筛选种间鉴定分子标记。【方法】构建叶须鱼属的cytb(5个种)和rag2(修长叶须鱼和裸腹叶须鱼)基因序列的NJ及贝叶斯系统进化树,并结合核苷酸多态位点、单倍型、核酸多态性、遗传距离、遗传分化系数和基因流等,分析种间进化关系和种内遗传多样性。【结果】叶须鱼属每个种的cytb序列单独聚为一支,表明cytb基因序列能将叶须鱼属5个种区分开;种间高度遗传分化(Fst>0.25),物种之间基因流较弱(Nm<1);修长叶须鱼遗传多样性水平最高,锥吻叶须鱼遗传多样性水平最低。基于rag2基因序列的分子系统发育进化树显示,修长叶须鱼和裸腹叶须鱼均单独聚为一支,为独立的种。【结论】cytb和rag2可作为叶须鱼属种间鉴定的分子标记基因,这为叶须鱼属物种的鉴定和系统分类奠定了基础,也为叶须鱼属鱼类保护措施的制定提供了遗传学依据。  相似文献   

3.
对北京地区各类绿地中现有景天属(Sedum)植物资源进行调查。结果表明,各类绿地中栽培的景天属植物有12种(变种)及19个品种;园林绿化中应用频度较高的为八宝景天(S. spectabile)、佛甲草(S. lineare)、景天三七(S. aizoon)和垂盆草(S. sarmentosum)4种;根据观赏特征可分为观叶、观茎、观姿株、观花果4类;主要园林应用方式有花坛花境、园林地被、屋顶绿化和盆栽观赏;园林应用中存在乡土资源开发少、引进种类保护力度弱、应用种类单调、模式单一以及栽培养护管理不到位等问题。最后对北京园林绿化中景天属植物的引种、保护、应用和养护提出建议。  相似文献   

4.
[目的]克隆多鳞鱚林岛综合征基因(vhl)并分析其在低氧胁迫下的表达变化,为揭示多鳞鱚应对低氧的适应机制提供研究资料,也为今后开展多鳞鱚新品种选育提供候选基因.[方法]采用PCR克隆多鳞鱚vhl基因cDNA全长序列,利用EditSeq、SMART、Signal IP 4.1及ClustalX等在线软件进行生物信息学分析;并以半定量PCR检测多鳞鱚vhl基因在不同组织中的表达情况,采用实时荧光定量PCR分析低氧胁迫对多鳞鱚vhl基因在鳃组织和心脏中表达的影响.[结果]多鳞鱚vhl基因cDNA序列全长727 bp,包括120 bp的5'端非编码区(5'-TUR)、106 bp的3'端非编码区(3'-TUR)和504 bp的开放阅读框(ORF),共编码167个氨基酸残基,编码蛋白存在4个结构域,即Pfam:VHL(第12~93位氨基酸)、Pfam:VHL_C(第5~22、31~39和98~153位氨基酸)、ParB结构域(第100~162位氨基酸)和SOCS_box结构域(第104~140位氨基酸).多鳞鱚vhl氨基酸序列与盲曹鱼vhl氨基酸序列的同源性最高(81%),但系统发育进化分析结果显示多鳞鱚与攀鲈的亲缘关系最近.多鳞鱚vhl基因在不同组织中均有表达,其中以鳃组织、卵巢和精巢的表达量较高,其次是心脏和肝脏,在肌肉和脑组织的表达量较低.经低氧胁迫后,多鳞鱚vhl基因在鳃组织中的相对表达量显著上调(P<0.05,下同);在心脏中表现为随低氧胁迫时间的延长显著上调,恢复氧气4 h后vhl基因的相对表达量虽然呈显著下调趋势,但仍显著高于正常水平.[结论]多鳞鱚vhl基因编码蛋白存在Pfam:VHL、Pfam:VHL_C、ParB和SOCS_box等4个结构域,且低氧胁迫前后其表达量存在显著差异,即多鳞鱚vhl基因在低氧应答信号通路中扮演着重要角色.  相似文献   

5.
【目的】为了探讨线粒体COI基因作为DNA条形码在鳅科鱼类物种鉴定中的有效性及在系统进化关系分析中的适用性,对鳅科鱼类3亚科18属61种共358条线粒体COI基因序列进行了分析。【结果】61种鳅科鱼类的种内和种间的平均遗传距离分别为0.010和0.162,种间平均遗传距离是种内平均遗传距离的16.2倍。鳅科鱼类遗传距离在种内、种间重叠较少,能形成一定的DNA条形码间隙。ABGD分类把61个物种划分为66个OTUs,OTUs的划分与距离法基本一致。系统聚类中,有6组鱼类物种个体间相互混杂,不能按各自的物种聚类,有4个物种分化成明显的两支,46个物种能按各自的形态学分类分别聚成单支。南鳅属、花鳅属、似鳞头鳅属、瘦身鳅属和泥鳅属中部分物种没有按其形态学分类的属聚在一起。沙鳅亚科能形成单系,但条鳅亚科和花鳅亚科不能形成单系。在研究中,COI条形码可以鉴定鳅科鱼类75.41%的物种,另外,COI条形码也能够明确大多鳅科鱼类属和亚科的分类地位,研究结果可为鳅科鱼类的物种鉴定和系统分类提供参考。  相似文献   

6.
【目的】研究分析贵州都柳江鲇、斑鳠种群细胞色素b基因(Cytb)的遗传多样性,为都柳江鲇形目经济鱼类资源的保护和开发利用提供参考依据。【方法】以PCR扩增都柳江鲇、斑鳠种群的Cyt b基因序列,经双向测序、拼接后采用相关在线软件进行序列变异及遗传多样性分析。【结果】都柳江鲇、斑鳠种群Cytb基因序列均为1122 bp,分别检测到46和15个变异位点,对应定义为11个单倍型(NHap1~NHap11)和10个单倍型(BHap1~BHap10)。都柳江鲇、斑鳠种群的单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数分别为0.646、0.00899和0.610、0.00101。都柳江鲇、斑鳠种群Cyt b基因序列均编码374个氨基酸,包含20种氨基酸,以亮氨酸平均含量最高(17.65%和16.58%)、半胱氨酸平均含量最低(0.80%和0.78%)。4种碱基在这两种鱼类Cyt b基因密码子第1位点上出现频率约等,在第2、3位点上的出现频率则存在明显差异。都柳江鲇、斑鳠种群Cytb基因密码子第3位点上的变异频率显著高于第1和第2位点,但第3位点上的变异多为同义突变。【结论】都柳江鲇种群大小稳定,具有较丰富的遗传多样性;都柳江斑鳠种群遗传多样性较匮乏,可能经历过瓶颈效应和种群扩张事件,急需开展种群保护和恢复工作。  相似文献   

7.
[目的]通过克隆泰山螭霖鱼的COⅠ基因序列,研究其与鲤科几属鱼类的进化关系,确定泰山螭霖鱼的分类地位。[方法]以泰山螭霖鱼30个个体为材料,对其线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)的部分序列进行PCR扩增和序列对比,检测泰山螭霖鱼的遗传多样性;计算泰山螭霖鱼不同单倍型与Gen Bank中鲤科5个属鱼类的遗传距离,采用聚类分析方法,构建NJ和UPGMA系统进化树。[结果]30个个体泰山螭霖鱼线粒体COⅠ基因片段长度约1 600 bp,无碱基的插入和缺失,纯化并去除引物序列后获得约1 493 bp的核苷酸序列,存在6种单倍型,共检测到6个多态位点,包括4个转化、2个颠换,其单倍型多样性(Hd)为0.460,核苷酸多样性(Pi)为0.000 78,平均核苷酸差异数(K)1.163。遗传距离和NJ和UPGMA系统进化树表明,泰山螭霖鱼与多鳞白甲鱼的COⅠ序列一致,泰山螭霖鱼所在的突吻鱼属与光唇鱼属的亲缘关系最近,与金线鲃属、倒刺鲃属、华鲮属的亲缘关系较远。[结论]该研究为其种质资源的管理与保护及遗传育种提供分子生物学依据。  相似文献   

8.
少鳞鳜为东亚特有鱼类,为了解中国少鳞鳜在我国不同水域内的遗传结构特征,利用PCR扩增和直接测序法分析了长江、钱塘江、西江、南渡江34尾样品mtDNA控制区的序列差异。在长度838 bp的同源序列中,共发现81个变异位点,占分析位点总数的9.67%;定义了4个单倍型,每个群体仅发现一个单倍型,群体之间没有共享单倍型,且每个群体都有鉴别位点。群体间的核苷酸歧义度(Dxy)在0.360%-8.043%之间,南渡江群体与长江、钱塘江、西江3个群体间的差异最大。分子变异分析(AMOVA)得出群体间的遗传分化指数(Fst)为1.000(P〈0.001),差异极显著。构建的NJ树中,4个群体分为两支,一支为南渡江群体,另一支为长江、钱塘江、西江群体。这些表明中国少鳞鳜群体的遗传多样性较低,不同地理群体之间出现了明显的遗传分化,南渡江群体与长江、钱塘江、西江3个群体之间的分化水平最高。  相似文献   

9.
中国少鳞鳜不同群体mtDNA控制区序列的遗传变异分析   总被引:4,自引:0,他引:4  
少鳞鳜为东亚特有鱼类,为了解中国少鳞鳜在我国不同水域内的遗传结构特征,利用PCR扩增和直接测序法分析了长江、钱塘江、西江、南渡江34尾样品mtDNA控制区的序列差异。在长度838 bp的同源序列中,共发现81个变异位点,占分析位点总数的9.67%;定义了4个单倍型,每个群体仅发现一个单倍型,群体之间没有共享单倍型,且每个群体都有鉴别位点。群体间的核苷酸歧义度(Dxy)在0.360%-8.043%之间,南渡江群体与长江、钱塘江、西江3个群体间的差异最大。分子变异分析(AMOVA)得出群体间的遗传分化指数(Fst)为1.000(P〈0.001),差异极显著。构建的NJ树中,4个群体分为两支,一支为南渡江群体,另一支为长江、钱塘江、西江群体。这些表明中国少鳞鳜群体的遗传多样性较低,不同地理群体之间出现了明显的遗传分化,南渡江群体与长江、钱塘江、西江3个群体之间的分化水平最高。  相似文献   

10.
为研究云南省境内特有的巨魾Bagarius yarrelli 6个野生群体的遗传多样性,在红河曼耗(Baya-M)、怒江坝(Baya-B)、怒江下游(Baya-N)、澜沧江上游(Baya-L)、景洪(Baya-J)、红河河口(Baya-H)6个点共采集72尾巨魾,每个点采集12尾,分析6个群体的ND4基因序列。结果表明:应用PCR技术扩增了巨魾线粒体DNA的ND4基因序列并测序,获得72条mtDNA DN4基因序列,巨魾ND4基因序列全长为1381 bp,共检测到501个核苷酸变异位点,核苷酸多样性为0.001 9~0.072 2;共有67种单倍型,单倍型间的平均相对遗传距离为0.098;将巨魾与三线纹胸鮡Glyptothorax trilineatus和长丝黑鮡Gagata dolichonema两种鱼类的ND4基因利用UPGMA中的Kimura 2-parameter法构建系统进化树,发现巨魾单聚为一支。研究表明,红河河口与曼耗群体之间的分化程度较小,亲缘关系较近,而澜沧江与景洪群体之间的遗传距离最大(0.156),说明澜沧江群体与景洪群体之间的分化程度较大,亲缘关系较远。  相似文献   

11.
钙依赖蛋白激酶(calcium-dependent protein kinase,CDPK)为Ca2+传感蛋白,在植物生长发育和逆境响应中起着重要作用。在克隆青花菜BoCDPK1基因的基础上,开展序列分析、系统发育分析和表达分析,为后续的基因功能鉴定和抗逆育种奠定基础。该研究以青花菜为材料,利用PCR法克隆1个CDPK 基因,利用生物信息学对序列进行分析,并采用qRT-PCR研究该基因在霜霉菌和核盘菌侵染下的表达模式。测序结果表明,BoCDPK1的基因组DNA全长为2 414 bp,具6个内含子,编码区全长为1 647 bp,编码548个氨基酸;BoCDPK1有1个S_TKc和4个EF手性结构域。多序列比对结果表明,BoCDPK1与芸薹属植物同源序列的相似性最高,仅个别氨基酸残基存在差异,它们在系统发育树上聚于一组。qRT-PCR结果表明,BoCDPK1的表达受霜霉菌和核盘菌的诱导,表达量均呈现先上升后下降的规律。在霜霉菌的诱导下,BoCDPK1的表达量在72 h达最大值,为对照的3.4倍;而在核盘菌侵染下,BoCDPK1的表达量在36 h达最大值。该研究明确了青花菜BoCDPK1基因的序列特点、系统发育关系和表达特征。  相似文献   

12.
丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)是植物MAPK级联途径中的重要信号分子。为了研究荞麦属MAPK基因序列变异以及种间进化关系,对荞麦属8个野生种共25份材料的MAPK基因进行特征引物PCR扩增、测序和序列比较分析。结果发现,荞麦属植物种间MAPK基因PCR扩增片段序列较为保守,8个野生种共25份材料中多态位点为125个,不变位点为680个。其中,12份野生苦荞MAPK基因片段序列多态位点S仅为32个,说明荞麦属植物种内MAPK基因序列高度保守。聚类分析发现野生甜荞与左贡野荞被聚为一类。野生苦荞、毛野荞、大野荞、金荞麦、细柄野荞和硬枝万年荞被聚为一大类;其中,细柄野荞和硬枝万年荞被聚在一起,其次与金荞麦聚在一起;毛野荞与大野荞被聚在一起。研究结果可为荞麦属植物MAPK基因功能以及种间遗传多样性与进化关系研究提供理论依据。  相似文献   

13.
为探讨中国南海裸胸鳝属(Gymnothorax)鱼类系统发育关系,采用DNA条形码技术测定了6种中国南海裸胸鳝的线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因部分序列(504bp)。结合来自GenBank中的分布于日本和3种同样分布于中国南海的裸胸鳝属鱼类的相应同源序列进行比较分析,用邻接法和最大简约法构建分子系统树。结果表明:(1)504个位点中共有187个核苷酸位点存在变异(37.1%);(2)序列变异的转换/颠换比值平均为1.5;(3)细斑裸胸鳝(Gymnothorax fimbriatus)与黑斑裸胸鳝(G.favagineus)之间的同源序列碱基差异只有0.20%,支持二者是同种异名的观点;(4)在NJ树和MP树中,蠕纹裸胸鳝和网纹裸胸鳝聚为一支,位于系统树的基部位置。其余8种聚为另外一支,然后又细分为2个较小的分支。  相似文献   

14.
杨梅污染肺炎克雷伯氏菌的分离及其耐药特征和毒力基因   总被引:1,自引:0,他引:1  
杨梅在生产与运输过程中易受到病原菌的污染,为分析杨梅中肺炎克雷伯氏菌的携带情况及肺炎克雷伯氏菌的耐药特征和毒力基因,分别从杭州市场和杨梅生产基地采集90份杨梅样品,测定大肠菌群污染状况,使用梅里埃VITEK 2 Compact全自动微生物鉴定仪和16S rRNA测序方法鉴定肺炎克雷伯氏菌,采用VITEK 2阴性菌药敏卡对所获得的肺炎克雷伯氏菌进行耐药表型分析,PCR扩增检测耐药基因和毒力基因。结果表明:90份样品中共有51份样品存在大肠菌群污染,污染率为56.7%,有9株肺炎克雷伯氏菌,检出率为10%,其中8株肺炎克雷伯氏菌聚为一簇。9株肺炎克雷伯氏菌对氨苄西林、头孢唑林和呋喃咀啶均呈不同程度的耐药,尤其是氨苄西林耐药率达88.89%。9株菌株均携带tetA基因,检出blaTEMgyrAaadA1和aac(6')-1b耐药基因的阳性率均为88.89%,blaCTX-MfloRereAermBmecA等耐药基因未检出,毒力基因wcaGmagArmpA和菌素未检出。综上,杨梅中存在一定的肺炎克雷伯氏菌污染,但这些菌株未携带wcaGmagArmpA等毒力基因和菌素。  相似文献   

15.
为探究具有较高观赏价值的鼠尾草属植物的耐湿热性,以马德雷鼠尾草、腺毛鼠尾草、紫红鼠尾草、总苞鼠尾草、‘山顶公园’药用鼠尾草为试验材料,分析5种鼠尾草在40 ℃/35 ℃(昼/夜)、空气湿度90%~95%、土壤湿度95%~100%模拟环境下的形态变化,以及叶绿素相对含量(SPAD)、细胞质膜透性、超氧化物歧化酶(SOD)活性、可溶性蛋白含量、丙二醛(MDA)含量、游离脯氨酸(Pro)含量的变化。结果表明,在高温高湿胁迫下,5种鼠尾草均受到不同程度的伤害;SPAD随着胁迫时间的延长而下降,相对电导率变化趋势则相反;SOD活性、MDA含量呈现先上升再下降的变化趋势,两者之间存在一定关联;可溶性蛋白和脯氨酸含量总体呈上升趋势,说明5种鼠尾草在湿热胁迫下产生了一定的适应性,但不同鼠尾草的调节机制侧重不同,其中马德雷鼠尾草、腺毛鼠尾草和‘山顶公园’药用鼠尾草以增加脯氨酸含量为主,而总苞鼠尾草以增加可溶性蛋白为主,紫红鼠尾草两者均不突出。使用隶属函数法对5种鼠尾草进行耐湿热性综合评定,结果为:‘山顶公园’药用鼠尾草>腺毛鼠尾草>紫红鼠尾草>马德雷鼠尾草>总苞鼠尾草。  相似文献   

16.
兰属中许多类型具有极高的观赏和经济价值,并在兰花产业中占据重要地位。由于兰属植物复杂的演化、遗传历史,一直以来分类鉴定困难,存在诸多分类学争议。近年来,快速发展的DNA条形码技术为兰属植物的分类鉴定提供了新的思路。该研究利用12个兰属本地样品和250条GenBank下载的兰科ITS2序列(其中81条属于兰属),通过BLAST1、遗传变异、建树法等分析评估了ITS2序列用于兰属植物分子鉴定的可行性,并基于建树结果探讨了兰属的系统发育关系。BLAST1结果显示,ITS2序列可以准确鉴定12个本地兰属样品的属、亚属划分,鉴定成功率达到100%;在组水平也具有较好的鉴定能力,鉴定成功率为92%,但在物种水平上的鉴别能力较差,鉴定成功率仅17%。参考库(GenBank下载的250条兰科ITS2序列)遗传变异分析结果显示,兰属ITS2序列具有很高的遗传多样性(变异率为74.9%),在属、亚属水平上能较好地区分,但在组或组下的物种水平,由于组内和组间变异、种内和种间变异存在较大重叠,鉴别能力较差。建树结果显示,ITS2序列可以将兰属中的建兰亚属、兰亚属和大花亚属明显区分开,建兰亚属与兰亚属亲缘较近,两者与大花亚属亲缘较远,同时还发现莲瓣兰与春兰在系统发育树中关系紧密,结果支持Du Puy & Cribb的3亚属划分,并暗示莲瓣兰可能是春兰下的一个变种或品种(支持率为69%)。综上所述,ITS2序列在兰属植物的分子鉴定上具有一定的应用价值,可作为兰属植物DNA条形码鉴定的辅助条形码。  相似文献   

17.
基于SRAP分子标记技术研究浙产栀子遗传多样性   总被引:1,自引:0,他引:1  
为探究浙产栀子种质遗传多样性,进一步开展该物种保护及品种选育,利用SRAP分子标记技术,从多态性检测、遗传多样性水平及聚类分析揭示栀子种质遗传多样性。结果表明:从88对SRAP引物中筛选6对引物用于浙江居群、华中居群、西南居群的21份栀子的SRAP-PCR,共获得98条扩增条带,其中多态性条带87条,在物种水平上,多态性比率(PPB)为88.78%,平均有效等位基因数(Ne)为1.515 2,Nei's基因多样性指数(H)为0.308 9,Shannon's指数(I)为0.465 1;在居群水平上,PPB为53.06%~77.55%,H为0.212 0~0.258 1,I为0.309 4~0.390 4;3个居群的基因分化系数(Gst)为0.235 6,即76.44%的遗传变异在种群内进行,基因流(Nm)为1.621 8,证明居群间存在一定的基因流动(Nm>1);UPGMA聚类结果表明,21份样品分成4组,华中和西南居群各聚成一支,浙江居群被分成二支。本研究表明,栀子具有较高的遗传多样性水平,居群间存在一定的基因交流,可为栀子新品种选育工作提供参考。  相似文献   

18.
 采用PCR产物直接测序法测定了10只绿孔雀和5只蓝孔雀的mtDNA细胞色素b基因516 bp序列, 结合已发表的孔雀细胞色素b基因序列数据进行了序列比较分析;以雉鸡和家鸡的同源序列为外群,采用NJ法和ME构建了系统发育树。结果表明蓝孔雀群体内遗传差异程度低于绿孔雀,绿孔雀和蓝孔雀之间的核苷酸差异的平均数为21.417,净遗传距离为0.039±0.01,推断出绿孔雀与蓝孔雀的分化时间至少为2.96百万年,从而在分子水平揭示出绿孔雀和蓝孔雀属于两个不同的物种。重建的系统树将所有序列聚为支持率较高的绿孔雀与蓝孔雀2大类群,显示云南的绿孔雀至少存在两种类型,且这两种类型可能达到了亚种分化水平,而白孔雀和杂色孔雀在分类上则属于蓝孔雀类群。  相似文献   

19.
应用简单重复序列间扩增(ISSR)对73份丝瓜种质资源进行遗传多样性分析,从60条ISSR引物中筛选获得多态性引物15条,共扩增出99条DNA条带,平均每条引物扩增6.6条,多态性条带92条,非多态性条带7条,多态性比例在66.67%~100%,平均多态性比例为92.90%,种质间具有较高的遗传多样性,种质间遗传相似系数在0.454 5~0.959 6。通过UPGMA聚类分析可知,0.59为阈值时,分为2类,有棱丝瓜和普通丝瓜;0.66为阈值时,分为4类,分别是常山花斑普通丝瓜、绿色或淡绿色普通丝瓜、来源于浙西地区的短棍棒有棱丝瓜和来自两广地区的长棍棒有棱丝瓜。  相似文献   

20.
以飞播马尾松林为研究对象,按其树种组成分为10马(10马尾松,类型Ⅰ)、8马2木(8马尾松-2木荷,类型Ⅱ)、7马3木(类型Ⅲ)、6马4木(类型Ⅳ)4种类型设置典型样地,分析比较其林下植被物种组成及多样性。结果表明:1)从类型Ⅰ至类型Ⅳ林下植被的物种数增加,类型Ⅰ为11种,类型Ⅳ为28种;随着木荷比例的增加,林下植被阳生植物的优势地位表现为先增强再逐渐减弱或消失,而喜湿植物的地位逐步提升甚至成为优势种。2)林下灌木及草本Shannon-Wiener多样性指数、Patrick丰富度指数、Pielou均匀度指数均在类型Ⅳ时达到最大,表现为类型Ⅳ>类型Ⅲ>类型Ⅱ>类型Ⅰ。3)木荷比例与林下灌木及草本Shannon-Wiener多样性指数和Patrick丰富度指数呈显著(P<0.05)或极显著正相关(P<0.01),与Pielou均匀度指数相关不显著(P>0.05);拟合得出林下灌木及草本Shannon-Wiener多样性指数和Patrick丰富度指数达峰值的木荷比例分别为0.43、0.54、0.57、0.50,对拟合曲线分析表明飞播马尾松林补植木荷比例在43%~57%之间其林下植被多样性达到最大值。  相似文献   

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