| 基于RNA-seq技术的江鳕转录组SSR位点信息分析 |
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| 引用本文： | 孟玮,蒋艳琳,张林,杨天燕,周剑光.基于RNA-seq技术的江鳕转录组SSR位点信息分析[J].淡水渔业,2019,49(6). |
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| 作者姓名： | 孟玮 蒋艳琳 张林 杨天燕 周剑光 |
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| 作者单位： | 浙江省海洋水产研究所, 浙江省海洋渔业资源可持续利用技术研究重点实验室,农业农村部重点渔场渔业资源科学观测实验站, 浙江舟山 316021;浙江海洋大学水产学院,浙江舟山,316022;中国水产科学研究院长江水产研究所,农业农村部水产品质量安全风险评估实验室(武汉) , 武汉 430223 |
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| 基金项目： | 农业行业标准项目;人才引进科研基金;浙江省重点研发计划项目 |
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| 摘 要： | 为开展江鳕(Lota lota)遗传多样性、系统分化分析,开发有效分子标记,采用转录组测序RNA-seq方法,挖掘江鳕微卫星标记。结果显示:通过聚类、从头组装和拼接,获得Unigene共计106 084条。所有的Unigene中,共识别17 619个SSR位点,包含SSR位点的Unigene序列数量为10 893条,占总Unigene的10.27%。江鳕转录组中SSR含量较为丰富,一至六核苷酸重复类型均存在。其中,单核苷酸重复类型的数量最多(7 102个),占总SSR位点数的40.31%。江鳕转录组SSR位点中,以10次重复次数最多,达2 788个位点,占总SSR位点的15.82%。江鳕转录组SSR的片段长度从10～66 bp均有分布,大部分集中在10～24 bp,占SSR总数的87.24%。
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| 关 键 词： | 江鳕(Lota lota) 转录组 RNA-seq SSR 位点信息 |
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