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溶解氧(Dissolved oxygen, DO)含量是影响水产养殖产量的重要因素之一,具有时序性、不稳定性和非线性等特点,且其影响因子过多、存在复杂的耦合关系,难以实现精准预测。针对传统长短时记忆神经网络(Long short term memory, LSTM)预测模型易引入冗余数据,且在训练过长序列时会出现梯度消失现象,从而不能捕捉因子间长期的依赖性问题,提出了基于小波变换(Wavelet transform, WT)、卷积神经网络(Convolutional neural network, CNN)和LSTM的溶解氧含量预测模型。首先,使用WT降低数据噪声;然后,使用CNN深度挖掘各变量之间的潜在关系;最后,利用LSTM的时序性预测2h后的水产养殖溶解氧含量。结果表明,本文提出的WT-CNN-LSTM模型预测效果良好,其平均绝对误差、均方根误差和决定系数分别为0.138、0.229和0.954,比传统LSTM模型分别优化了28.87%、21.03%和4.61%。 相似文献
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旨在鉴别影响苏山猪初生体尺和乳头数性状的遗传位点,开发可用于辅助育种的分子标记,为苏山猪生长和繁殖性能的持续选育提供理论基础。本试验对269头苏山猪初生仔猪(出生后24 h内)的体尺和乳头数表型进行测定,并采集耳组织样品。基于全基因组重测序及基因型填充策略,利用全基因组关联分析(genome-wide association study, GWAS)和群体分化指数(fixation index,Fst)的方法挖掘与目的性状强关联位点,并对位置功能候选基因开展GO和KEGG分析,确定最有可能的主效基因。本研究共鉴别到4个候选位点,分布在13、14和X染色体上,其中与初生体尺性状显著关联的位点有2个,与乳头数性状显著关联的位点有2个。本研究筛选出1个与体长性状相关的候选基因ACTA2;1个与胸围性状相关的候选基因COL4A6;3个与乳头数性状相关的候选基因ACTA2、CRTAP和SEPTIN6,为苏山猪初生体尺性状和乳头数性状的遗传改良提供了重要的分子标记。 相似文献
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转录组测序分析猪胚胎附植的中期和后期卵巢差异表达基因 总被引:1,自引:0,他引:1
胚胎附植是影响母猪产仔数的一个重要因素,本研究旨在找到猪胚胎附植的关键调控基因。选用5~7胎次梅山猪母猪4头,在其妊娠第18和24天分别屠宰2头,采集其卵巢组织进行转录组测序(RNA-seq)分析,GO功能富集分析及Pathway分析。结果表明:1)猪胚胎附植中期卵巢(卵_18d)和后期卵巢(卵_24d)两个组织样检测到的表达基因中最多的序列(reads)均为外显子序列;卵_18d测得reads最多的染色体依次为6、14、1和7号,卵_24d依次为1、7、14和M号;卵_24d相较于卵_18d有更多的基因表达,且表达量更高;两个时期卵巢组织中表达量前50位的基因中,线粒体基因占60%以上。2)卵_24d相较于卵_18d,有581个基因上调和103个基因下调,其中二者之间表达差异最大的基因为EN19684,位于线粒体中;表达差异最大的染色体基因为EN11278,位于14号染色体中。3)差异表达基因显著富集于内皮细胞活化等38个生物学过程,宿主细胞质等19个细胞学分区和FAD-AMP裂解酶活性等16个分子功能;差异表达基因在185条生物通路上存在差异,其中前3位极显著差异的生物通路依次为PI3K-Akt信号通路、Hippo信号通路和昼夜周期。综上表明,在卵巢组织表达的基因,重点参与了胚胎附植后期的调控,且高表达量基因多集中在细胞线粒体中,差异表达基因功能以内皮细胞活化为主,生物通路以PI3K-Akt信号通路为主。 相似文献
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云南省是除江苏省外苏钟猪推广数量最多的省份,本调查摸清了苏钟猪在云南引种、利用、分布及在当地的生产性能情况.据对832头母猪统计可知,有效乳头为(14.77±1.03)个,363窝初产仔(10.68±2.04)头,产活仔(9.68±1.90)头;247窝经产仔(11.97±2.16)头,产活仔(11.31±2.22)头;苏钟猪与法系大约克杂交生产的二元杂交母猪,其产仔数为12.2头,发情明显,易配种,再与杜洛克杂交生产的三元杂交猪达90kg体重(150日龄),饲料报酬2.8∶1,日增重830 g,胴体瘦肉率64.5%. 相似文献
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主成分分析和长短时记忆神经网络预测水产养殖水体溶解氧 总被引:16,自引:11,他引:5
为了提高水产养殖溶解氧预测的精度,提出了基于主成分分析(principal component analysis,PCA)和长短时记忆神经网络(long short-term memory,LSTM)的水产养殖溶解氧预测模型。首先通过主成分分析提取水产养殖溶解氧的关键影响因子,消除了原始变量之间的相关性,降低了模型输入向量维度;然后,在Tensorflow深度学习框架的基础上建立LSTM神经网络的水产养殖溶解氧预测模型;最后,利用该模型对浙江省淡水水产养殖研究所综合实验基地某池塘溶解氧进行验证。试验结果表明:该模型与BP神经网络等其他浅层模型相比,模型评价指标平均绝对误差、均方根误差和平均绝对误差分别为0.274、0.089和0.147,均优于传统的预测方法;该模型具有良好的预测性能和泛化能力,能够满足水产养殖溶解氧精确预测的实际需要,可以为水产养殖水质精准调控提供参考。 相似文献
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【目的】检测并验证猪支原体肺炎发生的品种敏感差异,筛选相关差异表达基因,探究猪支原体肺炎发生的分子遗传基础,为猪该病发生的分子机制研究提供依据。【方法】以对肺炎支原体易感的梅山猪、耐受的长白猪及二者杂交选育的苏钟猪为材料,设立试验组(15头/品种)和对照组(5头/品种),试验组猪接种肺炎支原体 Js 强毒株,对照组猪注射等量生理盐水,所有猪隔离、无抗生素饲养,监测临床表现;处理后18、28 d测定日增重、抗体水平及肺部病变,28d试验结束时集中屠宰,评定肺部损伤,检测病原,确定肺炎支原体感染情况;选择肺炎支原体感染的梅山、长白、苏钟猪各2头,未感染猪各2头,构成芯片杂交试验猪群,应用Agilent猪表达谱基因芯片及品种内、品种间双重比较法,筛选差异表达基因,结合Gene Ontology(http://www. geneontology.org)及KEGG (http://www.genome.jp/kegg/)分析差异基因涉及的信号通路及调控网络。【结果】肺炎支原体处理后1-18d,试验组猪平均日增重显著低于对照猪 (0.01<P<0.05),尤以梅山猪较为典型;19-28d,体重出现负增长,平均日增重极显著低于对照猪(P<0.01)。同时,病原处理后18d,长白猪和苏钟猪抗体水平变化不大,仍表现为阴性(s/p<0.3),而梅山猪抗体水平则迅速上升至阳性水平(s/p ≥ 0.4),并显著高于长白、苏钟猪(均为0.01≤P<0.05);处理后28d,梅山猪抗体水平高达(0.97±0.26),极显著高于长白(0.15±0.10)、苏钟猪(0.46±0.20)(均为P<0.01)。而试验组猪在病原接种后的18d,梅山猪有11头表现出明显的支原体肺炎临床症状,长白猪仅2头出现轻微咳嗽,苏钟猪则有5头出现咳嗽、精神萎靡等初期病状;处理后23d,试验组1头梅山猪死于肺炎支原体感染;处理后28d,试验组梅山猪全部表现出支原体肺炎症状,长白猪7头出现初期感染症状;苏钟猪5头症状典型,6头稍有咳嗽,其余无明显异常。猪肺炎支原体检测与上述结果大体一致。试验猪的肺部X-ray透射及病理剖检结果则表明:处理后18d,试验组15头梅山猪肺部均见云絮状阴影,其中6头为典型的肺炎感染影像特征;长白猪仅1头出现肺炎影像特征,4头现少量云絮状阴影;苏钟猪病变数量和程度介于长白、梅山猪之间。处理后28d,梅山猪全部表现为典型的肺炎感染影像特征,长白猪和苏钟猪则分别有7头、13头出现肺炎影像特征。肺部病理剖检评分显示,梅山猪极显著高于长白猪(P<0.01),显著高于苏钟猪( 0.01≤P<0.05)。表达谱芯片筛选结果表明,支原体肺炎患猪较健康对照猪表达上调基因49个,下调基因70个,涉及免疫反应、补体凝集、类固醇合成及代谢等18条信号调控通路。【结论】猪支原体肺炎的发生确实存在明显的品种间敏感差异,先天性免疫缺陷调控通路、Toll样受体信号通路及类固醇代谢通路在猪支原体肺炎感染炎症反应调控过程中发挥重要作用。 相似文献
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以金华猪(40头)、皮特兰猪(30头)及其杂交产生的金皮F2代资源猪群(126头)为材料,对钙离子通道主亚基α1的编码基因(CACNA1S)第44外显子A187G突变、第37内含子A37G突变、T179C突变作PCR—RFLP检测(内切酶依次为Cfr42Ⅰ、XbaⅠ、Eco72Ⅰ),分析其对胴体及肉质性状的遗传效应。结果表明:酶切位点Eeo72J的AA基因型对眼肌面积和肉色(L)存在极显著影响(P〈0.01),BB基因型对后腿肌肉重存在极显著影响(P〈0.01)和大腿pH存在显著影响(0.01〈P〈0.05);位点Xba Ⅰ对背膘厚(中)存在显著影响(0.01〈P〈0.05),但AA、AB、BB基因型间效应差异不显著(P〉0.05);位点Cfr 42Ⅰ仅在金华、皮特兰纯种猪群中存在多态性,而在屠宰猪群金皮F2代则表现为BB单态型。 相似文献
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