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转录组测序分析猪胚胎附植的中期和后期卵巢差异表达基因 总被引:1,自引:0,他引:1
胚胎附植是影响母猪产仔数的一个重要因素,本研究旨在找到猪胚胎附植的关键调控基因。选用5~7胎次梅山猪母猪4头,在其妊娠第18和24天分别屠宰2头,采集其卵巢组织进行转录组测序(RNA-seq)分析,GO功能富集分析及Pathway分析。结果表明:1)猪胚胎附植中期卵巢(卵_18d)和后期卵巢(卵_24d)两个组织样检测到的表达基因中最多的序列(reads)均为外显子序列;卵_18d测得reads最多的染色体依次为6、14、1和7号,卵_24d依次为1、7、14和M号;卵_24d相较于卵_18d有更多的基因表达,且表达量更高;两个时期卵巢组织中表达量前50位的基因中,线粒体基因占60%以上。2)卵_24d相较于卵_18d,有581个基因上调和103个基因下调,其中二者之间表达差异最大的基因为EN19684,位于线粒体中;表达差异最大的染色体基因为EN11278,位于14号染色体中。3)差异表达基因显著富集于内皮细胞活化等38个生物学过程,宿主细胞质等19个细胞学分区和FAD-AMP裂解酶活性等16个分子功能;差异表达基因在185条生物通路上存在差异,其中前3位极显著差异的生物通路依次为PI3K-Akt信号通路、Hippo信号通路和昼夜周期。综上表明,在卵巢组织表达的基因,重点参与了胚胎附植后期的调控,且高表达量基因多集中在细胞线粒体中,差异表达基因功能以内皮细胞活化为主,生物通路以PI3K-Akt信号通路为主。 相似文献
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研究通过PCR-SSCP技术对大白猪、长白猪和杜洛克猪共计574头母猪的VEGF基因进行多态分析,并将基因多态性与猪总产仔数(TNB)和产活仔数(NBA)进行关联分析,旨在探讨猪VEGF基因多态性对其产仔数的影响.结果表明:在VEGF 5'调控区内有2个突变位点.P1产物第191位点处由A突变为G,在3个猪品种中只发现AA、AG 2种基因型,其中AG为优势基因型,A为优势等位基因.长白猪第1胎中AG型的TNB和NBA比AA型分别高出1.34头和1.44头(P<0.01),杜洛克猪所有胎次中AG与AA的TNB差异显著(P<0.05),NBA差异极显著(P<0.01).P2产物第103位点处由C突变为T,在3个猪品种中发现TT、TC、CC 3种基因型,T为优势等位基因.TT、TC分别比CC型的TNB高出2.63头(P<0.05),在杜洛克所有胎次中TC比TT的TNB和NBA分别高出0.84头和0.94头(P<0.05).P1位点和P2位点能否作为产仔性状的标记基因还需进一步研究. 相似文献
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【目的】检测并验证猪支原体肺炎发生的品种敏感差异,筛选相关差异表达基因,探究猪支原体肺炎发生的分子遗传基础,为猪该病发生的分子机制研究提供依据。【方法】以对肺炎支原体易感的梅山猪、耐受的长白猪及二者杂交选育的苏钟猪为材料,设立试验组(15头/品种)和对照组(5头/品种),试验组猪接种肺炎支原体 Js 强毒株,对照组猪注射等量生理盐水,所有猪隔离、无抗生素饲养,监测临床表现;处理后18、28 d测定日增重、抗体水平及肺部病变,28d试验结束时集中屠宰,评定肺部损伤,检测病原,确定肺炎支原体感染情况;选择肺炎支原体感染的梅山、长白、苏钟猪各2头,未感染猪各2头,构成芯片杂交试验猪群,应用Agilent猪表达谱基因芯片及品种内、品种间双重比较法,筛选差异表达基因,结合Gene Ontology(http://www. geneontology.org)及KEGG (http://www.genome.jp/kegg/)分析差异基因涉及的信号通路及调控网络。【结果】肺炎支原体处理后1-18d,试验组猪平均日增重显著低于对照猪 (0.01<P<0.05),尤以梅山猪较为典型;19-28d,体重出现负增长,平均日增重极显著低于对照猪(P<0.01)。同时,病原处理后18d,长白猪和苏钟猪抗体水平变化不大,仍表现为阴性(s/p<0.3),而梅山猪抗体水平则迅速上升至阳性水平(s/p ≥ 0.4),并显著高于长白、苏钟猪(均为0.01≤P<0.05);处理后28d,梅山猪抗体水平高达(0.97±0.26),极显著高于长白(0.15±0.10)、苏钟猪(0.46±0.20)(均为P<0.01)。而试验组猪在病原接种后的18d,梅山猪有11头表现出明显的支原体肺炎临床症状,长白猪仅2头出现轻微咳嗽,苏钟猪则有5头出现咳嗽、精神萎靡等初期病状;处理后23d,试验组1头梅山猪死于肺炎支原体感染;处理后28d,试验组梅山猪全部表现出支原体肺炎症状,长白猪7头出现初期感染症状;苏钟猪5头症状典型,6头稍有咳嗽,其余无明显异常。猪肺炎支原体检测与上述结果大体一致。试验猪的肺部X-ray透射及病理剖检结果则表明:处理后18d,试验组15头梅山猪肺部均见云絮状阴影,其中6头为典型的肺炎感染影像特征;长白猪仅1头出现肺炎影像特征,4头现少量云絮状阴影;苏钟猪病变数量和程度介于长白、梅山猪之间。处理后28d,梅山猪全部表现为典型的肺炎感染影像特征,长白猪和苏钟猪则分别有7头、13头出现肺炎影像特征。肺部病理剖检评分显示,梅山猪极显著高于长白猪(P<0.01),显著高于苏钟猪( 0.01≤P<0.05)。表达谱芯片筛选结果表明,支原体肺炎患猪较健康对照猪表达上调基因49个,下调基因70个,涉及免疫反应、补体凝集、类固醇合成及代谢等18条信号调控通路。【结论】猪支原体肺炎的发生确实存在明显的品种间敏感差异,先天性免疫缺陷调控通路、Toll样受体信号通路及类固醇代谢通路在猪支原体肺炎感染炎症反应调控过程中发挥重要作用。 相似文献
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构建猪SIRT1基因全长编码区(coding region sequence,CDS)的真核表达载体,转染猪原代卵巢颗粒细胞,探讨SIRT1基因过表达对猪卵巢颗粒细胞中AMPK基因的转录及其蛋白活性的影响。测序结果表明,猪SIRT1基因的CDS区全长大小为2 229 bp,与NCBI发布的猪SIRT1基因m RNA序列(EU030283.2)一致;转染p EGFP–C1–SIRT1载体的颗粒细胞中SIRT1的m RNA表达水平和蛋白表达水平极显著高于空载体对照组(P0.01);p EGFP–C1–SIRT1转染组细胞中,AMPK–α1和AMPK–α2基因的m RNA表达量显著高于空载体对照组,且细胞中AMPKαThr172位点的磷酸化水平显著升高(P0.05)。结果表明,体外培养的原代猪卵巢颗粒细胞中的SIRT1基因过表达使AMPK的表达显著增加,影响AMPK的活性,推测SIRT1可能通过AMPK在猪卵巢颗粒细胞凋亡过程中发挥重要的调控作用。 相似文献
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为进一步了解猪LPL基因的结构和功能,本研究以苏钟猪为试验对象,利用实时荧光定量PCR方法,分析该基因在苏钟猪5种不同组织(心脏、肝脏、肾脏、皮下脂肪和背最长肌)中RNA水平的表达谱信息;对苏钟猪LPL基因的CDS区域进行了克隆测序,并用生物信息学方法分析了苏钟猪LPL蛋白水平的结构和功能.结果表明:LPL基因在各组织中的mRNA表达丰度为:皮下脂肪>心脏>肾脏>背最长肌>肝脏,其中皮下脂肪的表达量显著高于其他组织(P<0.01),且公猪背最长肌中的表达量显著高于母猪(P<0.01),公猪与母猪间的眼肌面积和瘦肉率性状均差异显著(P<0.05).猪LPL基因编码含479个氨基酸的蛋白,理论等电点为4.99,具有疏水性,存在信号肽,是分泌型蛋白,与牛、绵羊、家猫等的亲缘关系较近.LPL对苏钟猪的皮下脂肪、心脏、肾脏、肌肉等组织的脂肪沉积有重要影响,可成为苏钟猪肉质改良育种中的重要候选基因. 相似文献
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随着畜禽规模养殖的发展,高度集约化养殖模式将影响畜禽的健康状况、疫病防控和福利水平。一种无接触、无应激的射频识别(Radio Frequency Identifi cation,RFID)技术应运而生,该技术可以在无损状态下采集畜禽的行为、生理生化和养殖环境指标,从而为评估集约化养殖的效果和影响提供基础数据。文章讨论了三种常见类型的RFID系统在畜禽养殖中的应用,系统地比较了各类系统的优缺点及适宜应用场景,进一步提出RFID在畜禽养殖中的未来应用方向,以期为深化畜禽信息采集的研究提供参考。 相似文献
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猪胚胎附植期Eph A4的组织表达及其多态性对产仔数的影响 总被引:1,自引:0,他引:1
为研究Eph A4对猪繁殖性能的影响,在猪妊娠第13天(附植前期)、第18天(中期)和第24天(后期),用PCR-SSCP方法检测了7个品种的950头母猪群中Eph A4基因的多态性,检测了Eph A4基因在大白猪子宫内膜等组织中的mRNA和蛋白表达量,并与猪的产仔数进行了关联分析.结果表明:Eph A4基因在子宫内膜附着点的mRNA表达量要高于任何其他组织的,且妊娠第13、18和24天的表达量差异不显著,但妊娠猪极显著低于空怀猪的(P<0.01);Eph A4的蛋白表达量在附植前、中和后期的表达量两两间差异均显著(P<0.05),且妊娠第18天最高,妊娠第24天最低.Eph A4基因第3外显子上检测到了2个突变位点EphA4_1和EphA4_2.EphA4_1是一个A→G的突变,使谷氨酸变成了赖氨酸,G为优势等位基因,且GG基因型关联的产仔数显著高于AG或GG基因型的(P<0.05);EphA4_2是一个T→C的突变,C为优势等位基因,且CC基因型关联的产仔数显著高于TC或TT基因型的(P<0.05).上述结果表明,Eph A4的表达对猪的胚胎附植发挥着一定的调控作用,EphA4_1位点GG基因型和EphA4_2位点CC基因型可以作为产仔数性状的标记基因型. 相似文献
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SIRT1是一种二氢尿嘧啶脱氢酶(NAD)依赖的具有去乙酰化酶活性的多功能转录调节因子.本研究分析不同闭锁阶段卵泡颗粒细胞中SIRT1基因表达规律性,探讨SIRT1基因表达量与卵泡发育的关系.采用免疫组织化学方法分析SIRT1蛋白表达定位,qRT-PCR方法分析SIRT1 mRNA表达量.结果表明,SIRT1蛋白在晚期闭锁卵泡中最高,健康卵泡中最低,SIRT1 mRNA表达规律性与SIRT1蛋白表达规律性一致.综合分析,颗粒细胞中SIRT1基因随着卵泡的闭锁表达量逐渐升高,SIRT1表达与猪卵巢卵泡发育存在一定相关性. 相似文献