转录组测序分析猪胚胎附植的中期和后期卵巢差异表达基因 |
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引用本文: | 付言峰,李兰,赵为民,方晓敏,李碧侠,王学敏,周李生,任守文.转录组测序分析猪胚胎附植的中期和后期卵巢差异表达基因[J].畜牧兽医学报,2018(9). |
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作者姓名: | 付言峰 李兰 赵为民 方晓敏 李碧侠 王学敏 周李生 任守文 |
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作者单位: | 江苏省农业科学院畜牧研究所/农业部种养结合重点实验室/江苏省农业种质资源保护与利用平台;江苏省农业科学院动物免疫工程研究所 |
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摘 要: | 胚胎附植是影响母猪产仔数的一个重要因素,本研究旨在找到猪胚胎附植的关键调控基因。选用5~7胎次梅山猪母猪4头,在其妊娠第18和24天分别屠宰2头,采集其卵巢组织进行转录组测序(RNA-seq)分析,GO功能富集分析及Pathway分析。结果表明:1)猪胚胎附植中期卵巢(卵_18d)和后期卵巢(卵_24d)两个组织样检测到的表达基因中最多的序列(reads)均为外显子序列;卵_18d测得reads最多的染色体依次为6、14、1和7号,卵_24d依次为1、7、14和M号;卵_24d相较于卵_18d有更多的基因表达,且表达量更高;两个时期卵巢组织中表达量前50位的基因中,线粒体基因占60%以上。2)卵_24d相较于卵_18d,有581个基因上调和103个基因下调,其中二者之间表达差异最大的基因为EN19684,位于线粒体中;表达差异最大的染色体基因为EN11278,位于14号染色体中。3)差异表达基因显著富集于内皮细胞活化等38个生物学过程,宿主细胞质等19个细胞学分区和FAD-AMP裂解酶活性等16个分子功能;差异表达基因在185条生物通路上存在差异,其中前3位极显著差异的生物通路依次为PI3K-Akt信号通路、Hippo信号通路和昼夜周期。综上表明,在卵巢组织表达的基因,重点参与了胚胎附植后期的调控,且高表达量基因多集中在细胞线粒体中,差异表达基因功能以内皮细胞活化为主,生物通路以PI3K-Akt信号通路为主。
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