菜心重要农艺性状与SSR分子标记的关联分析

菜心是华南地区的主要蔬菜,利用分子标记辅助育种发掘出与重要农艺性状相关的分子,不仅可以加速优良品种的选育进程,还可以定向地优化目标性状,培育出高产优质的菜心品种。本研究选用148份来自宁夏银川和广东南沙田间种植的菜心种质材料,采集株高、株质量、薹高、薹质量和薹粗5个重要农艺性状的数据;利用SSR标记对其进行基因分型,开展农艺性状及SSR标记的关联性分析。结果表明,在供试的菜心材料中,147个SSR标记共检测到252个变异位点,引物多态信息含量(PIC)为0.0526~0.5222,平均值为0.3793;群体结构分析将供试的菜心品种分为2个类群;银川和南沙两地菜心品种在农艺性状和SSR标记的关联分析中发现,有6个位点与相同性状存在仍显著关联(P<0.01)。这些标记能为菜心的分子辅助选择育种提供参考。     

长江中下游麦区小麦地方种质千粒重全基因组关联分析

【目的】高产是小麦育种的永恒主题,千粒重是产量构成的三因子之一。因此,发掘控制小麦千粒重QTL(quantitative trait loci)区段及其优异等位变异,对利用分子标记辅助选择进行小麦产量性状的遗传改良具有重要意义。【方法】以来自长江中下游麦区188份小麦地方种质为材料,在3个环境下对小麦千粒重进行表型鉴定;利用DArT芯片(diversity arrays technology)进行全基因组扫描,基于一般线性模型(Q+K)对小麦千粒重进行关联分析。【结果】千粒重表型鉴定发现来自江苏、浙江和湖北小麦地方种质具有较高千粒重;通过全基因关联分析,共获得8个DArT标记在2个及以上的环境中均与小麦千粒重显著关联,分布于小麦染色体1B、1D、3B、4B和5B上,其表型贡献率9.19%～12.65%。【结论】长江中下游麦区小麦地方种质千粒重表型变异丰富;在不同环境中均能关联到的标记为较为稳定的控制小麦千粒重位点。     

玉米秸秆消化率全基因组关联分析

48h体外干物质消化率（48h in vitro dry matter digestibility, 48h IVDMD）是衡量青贮玉米品质的重要指标。为了初步探究玉米秸秆消化率的分子遗传机理,以341份玉米自交系为材料,于2018年在沈阳和通辽种植,收获后测定秸秆48h IVDMD。利用全基因组重测序获得的6 276 612个高质量SNPs进行全基因组关联分析,共检测到153个与玉米秸秆消化率显著相关的SNPs位点（P<1.0×10^-6）,4个SNPs显著水平在P<1.0×10^-8以上;共找到38个秸秆消化率的候选基因,主要涉及细胞生长发育、防御反应和信号转导等生物学功能。     

中国林产工业产业关联与波及效应分析——基于投入产出模型的国际比较

文中基于中国、美国、俄罗斯、印度、巴西、印度尼西亚6国2000—2014年投入产出数据，通过测算中间需求率、中间投入率、感应度系数和影响力系数，对林产工业产业关联与波及效应进行动态比较分析。研究结果表明:相较于其他国家，中国木材加工业、造纸业的中间产品型产业特征明显，对国民经济贡献程度较高，但同时也面临成为“瓶颈产业”的风险；中国家具制造业的最终需求型产业性质显著，受整体经济发展的拉动作用明显弱于其他国家。总体而言，中国林产工业对国民经济的推动作用整体上高于国民经济发展对其的拉动作用。需要重点提升木材加工业、家具制造业整体产业链竞争力，加大科研创新投入力度以提升产出效率，并进一步提高家具制造业整体产品的附加值。     

全基因组关联分析阈值的快速算法

逐个SNP的全基因组关联分析中的统计量不仅依赖于遗传效应,而且依赖于SNP,因此统计量不能直接应用于推断无遗传效应的零假设中。检测不同样本的QTN,常用的统计量除了卡方统计量,还有t统计量、F统计量和标准正态统计量。首先给出了各个统计量之间的关系,接下来针对冗余参数背景下的全基因组关联分析,提出了检验统计量阈值的快速计算方法。再次利用获得的高通量SNP的统计概率构建卡方统计量,进而估计临界值。最后模拟不同样本的阈值并与文献上提出的阈值算法比较。大量模拟实验证明,提出的方法快速而且有效。     

洞庭湖区血防林生态系统碳库组分关联分析

根据野外实地调查数据和湖南省森林资源清查资料,洞庭湖流域生态血防林生态系统各组分的碳贮量、碳密度及其关联特征进行了分析。结果表明:血防林乔木层各器官的碳贮量和碳密度分配呈现出树干树枝树根树叶的规律,树干在乔木层的碳贮量和碳密度最大,为1.93 TgC和21.48 t·hm~(-2),占整个乔木层的68.76%,而树叶最小,为0.08 TgC和0.84 t·hm~(-2),仅占整个乔木层的2.70%。血防林生态系统碳贮量和碳密度分别为23.42 TgC和260.70 t·hm~(-2),其中土壤层碳密度、乔木层、林下植被和枯落物分别占整个血防林生态系统碳密度的87.59%、11.98%、0.28%和0.15%。血防林乔木层树干、树枝、树叶、乔木地上部分、乔木层地下部分(树根)的碳密度存在极显著相关性(P0.01),乔木层、林下植被和枯落物碳密度存在显著性相关(P0.05),树叶与林下植被存在显著性相关。生态血防林的立木蓄积量与乔木层碳密度存在极显著的线性关系(P0.001),与林下植被的碳密度拟合曲线系数降低且呈极显著性负相关(P0.01),与枯落物碳密度的拟合度达到极显著水平(P0.01)。     

GC-MS非靶代谢分析5个柠檬品种果皮的挥发性物质差异

为了探究不同柠檬品种间挥发性物质差异，分析其品质差别，本研究利用GC-MS技术对5个柠檬品种的果皮进行检测，将原始数据上传至XCMS平台进行处理。利用SIMCA-P软件进行主成分分析和正交偏最小二乘法判别分析。通过R软件进行聚类分析。通过差异代谢物VIP值分析筛选到差异性化合物。结果显示5个柠檬品种共检出103种香气物质，聚类分析显示，阿特摩柠檬和木里柠檬聚为一类，乔化无刺柠檬、阿联粗柠檬和黄花尤里克柠檬聚为一类。差异代谢物分析筛选到15种差异化合物，其中黄花尤力克柠檬萜烯类物质高表达。本研究中同一生长环境下不同柠檬品种间果皮的挥发性物质存在较大差异，其中阿联粗柠檬和黄花尤里克柠檬之间差异最小。     

5个柠檬品种果皮挥发性物质差异分析

为了探究不同柠檬品种间果皮挥发性物质差异,利用GC-MS技术对同一地相同管理的5个柠檬品种的果皮进行检测,将原始数据上传至XCMS平台进行处理后,利用SIMCA-P软件进行主成分分析和正交偏最小二乘法判别分析,通过R软件进行聚类分析。结果显示,在5个柠檬品种的果皮中共检出95种挥发性物质,不同品种的化合物种类不同,共筛选到15种代表性差异化合物;阿特摩柠檬和木里柠檬聚为一类,乔化无刺柠檬、阿联粗柠檬和黄花尤力克柠檬聚为一类;黄花尤力克柠檬萜烯类物质高表达。同一生长环境下,不同柠檬品种间果皮的挥发性物质存在较大差异,其中阿联粗柠檬和黄花尤力克柠檬之间差异最小。     

姜曲海猪ATP2B1基因克隆、生物信息学及组织表达分析

克隆姜曲海猪质膜钙转运ATP酶1(ATPase Plasma Membrane Ca²⁺Transporting 1,ATP2B1)基因CDS区序列，对其进行生物信息学分析，并探究ATP2B1基因在不同日龄姜曲海猪子宫组织的表达水平，以期为研究ATP2B1基因在姜曲海猪繁殖性能方面的作用提供参考依据，采用RT-PCR技术扩增姜曲海猪子宫ATP2B1基因CDS区序列，利用生物信息学软件对其进行分析，利用实时荧光定量PCR检测ATP2B1基因在1月龄和8月龄姜曲海猪子宫组织中的表达量。结果显示，姜曲海猪ATP2B1基因CDS区全长3 663 bp,编码1 220个氨基酸，与野猪同源性最高、亲缘关系最近。姜曲海猪ATP2B1蛋白分子质量约为134 737.94 u,原子总数为19 102个，理论等电点(pI)为5.63,带正电荷、负电荷的氨基酸数分别为141、161个。该蛋白最可能位于细胞膜上，为跨膜、非分泌型疏水蛋白质，有159个磷酸化位点和5个N-糖基化位点，无规则卷曲在预测的二级结构中占比最大。实时荧光定量PCR结果显示，ATP2B1基因在8月龄姜曲海猪子宫组织中...