大黄鱼消化道菌群结构、消化酶和非特异性免疫酶活力分析

为研究大黄鱼(Larimichthys crocea)消化道的菌群结构、消化酶和非特异性免疫酶活力特征，本研究采用高通量测序技术系统分析大黄鱼胃、幽门盲囊和肠道中菌群组成及分布，并对比研究工厂化养殖和网箱养殖模式下的消化道菌群；同时，结合生化分析方法解析2种模式下消化道消化酶和非特异性免疫酶活力特征。结果显示，2种养殖模式下，菌群多样性随消化道延伸呈下降趋势；乳杆菌科(Lactobacillaceae(f))、Fructobacillus、黄杆菌属(Flavobacterium)等代表的菌属为共有优势菌群。其中，拟杆菌属(Bacteroides)和Anaerostipes等的丰度随消化道延伸呈下降趋势，而乳杆菌科、E01_9C_26_marine_group(o)所代表的菌属及黄杆菌属等则相反；普氏菌属(Prevotella_9)、乳杆菌科代表的菌属为2种模式养殖大黄鱼的主要差异菌属。工厂化养殖条件下，幽门盲囊和肠道中的菌群组成及其参与营养和免疫相关代谢通路的基因数目差异不显著(P>0.05)，但与胃部的菌群组成和相关代谢通路基因数目存在明显差异；而网箱养殖大黄鱼胃部与幽门盲囊和肠道的菌群结构及相关代谢通路基因数目差异相对较小。2种养殖模式下的大黄鱼消化道菌群与饲料菌群相近。另外，胃和幽门盲囊也具有非特异性免疫酶活性，说明，整个消化道还具有一定的化学免疫屏障作用。本研究结果将为大黄鱼健康养殖提供基础参考，并为消化道菌群生理功能探讨提供理论依据。     

棘头梅童鱼肝型脂肪酸结合蛋白基因克隆及组织表达分析

为进一步了解肝型脂肪酸结合蛋白基因(L-FABP基因)在棘头梅童鱼(Collichthys lucidus)营养调控、脂肪酸代谢和免疫应答等方面的功能作用,以棘头梅童鱼全基因组组装数据为基础,获得L-FABP基因的含开放阅读框的cDNA序列,利用生物信息学方法分析编码的蛋白质结构及进化关系,采用荧光定量(qRT-PCR)技术研究了不同组织中L-FABP基因的表达情况。结果表明,L-FABP基因cDNA序列为475 bp,其中5’非翻译区为51 bp,3’非翻译区为40 bp,开放阅读框为384 bp,编码127个氨基酸。其结构由10个β-折叠链和2个α-螺旋链组成,在氨基酸3~126位点间具有保守的脂质/胞质性脂肪酸结合结构域。棘头梅童鱼L-FABP基因与大黄鱼、条纹狼鲈同源性较近,与绿河鲀、尼罗罗非鱼和斑马鱼同源性较远。L-FABP基因在棘头梅童鱼肝脏、肠道、眼、大脑、心脏、肌肉、胃、鳃、脾脏、头肾和中肾中均有表达,其中肝脏中的L-FABP相对表达量最高,显著高于其他组织(P<0.05)。     

浅论我国大黄鱼产业转型升级之对策

经过30多年的研究与发展,我国大黄鱼产业已进入转型升级阶段。本文就加快大黄鱼原良种体系建设、规范养殖网箱布局和优化网箱结构、提高养殖经济效益与产品质量、加快全价人工配合饲料研发与推广应用、实施鱼病综合防控技术、提高产品加工率、实施品牌战略、进一步发挥行业协会作用、发掘大黄鱼文化等方面,论述了我国大黄鱼产业转型升级的对策。     

“宁芯2号”大黄鱼基因组育种芯片的开发及验证

为了开发适用于我国大黄鱼(Larimichthys crocea)育种的稳定的育种芯片, 本研究在大黄鱼 600 K 高通量单核苷酸多态性(SNP)分型芯片“宁芯 1 号”的基础上, 开发了大黄鱼 55 K 育种芯片“宁芯 2 号”。“宁芯 2 号”选取大黄鱼单倍域(haplotype block)内具有代表性的 SNP 位点, 并集成与大黄鱼刺激隐核虫抗性、耐高温性状相关联的 SNP 位点。开发完成的“宁芯 2 号”最终集成了 54077 个高质量的 SNP 位点, 这些位点在大黄鱼基因组内分布均匀。应用“宁芯 2 号”对来自 6 个群体的 756 尾大黄鱼进行测试, 结果表明该芯片的分型成功率均在 98.4%以上, 多态性位点比例均在 91.2%以上。“宁芯 2 号”具有稳定、准确、快速、价廉的优势, 预计能够在大黄鱼品种定向遗传改良和全基因组分子模块育种研究工作中发挥重要作用。     

5种海水养殖石首鱼类肠道菌群多样性的比较

为探究海水养殖石首鱼类肠道菌群的结构特征及种间差异,本研究采用基于Illumina Hiseq2500测序平台的高通量测序技术,对福建宁德三都澳养殖的5种石首鱼类(大黄鱼(Larimichthys crocea)、黄姑鱼(Nibea albiflora)、鮸状黄姑鱼(Nibea miichthyoides)、鮸鱼(Miichthys miiuy)、眼斑拟石首鱼(Sciaenops ocellatus))的肠道菌群进行了16S rDNA V3-V4区测序。各样本得到unique tags的数目在20351到43347之间,上述5种鱼类分别得到479、626、603、518和556个OTUs(operational taxonomic units),分类注释结果显示,这些OUT隶属33个门273个属。5种石首鱼类肠道内容物和肠道壁的样品均以变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes)细菌为主要优势菌群,约占总菌量的70%,在大黄鱼肠道菌群中,螺旋菌门细菌占比达26.19%,也是其主要优势菌群;在属水平上,Bacillus、Photobacterium、Vibrio、Chryseobacterium、Sphingomonas、Pseudomonas等属细菌是5种养殖石首鱼类的主要类别。对养殖石首鱼类的肠道菌群多样性的分析表明,Shannon’s 群落多样性指数：黄姑鱼>鮸状黄姑鱼>眼斑拟石首鱼>鮸鱼>大黄鱼;各种鱼类的肠道内容物菌群的多样性均高于肠道壁;对不同鱼类间的肠道菌群差异性分析显示,大黄鱼与眼斑拟石首鱼之间肠道菌群的相似度要高于黄姑鱼、鮸状黄姑鱼和鮸鱼,而黄姑鱼、鮸状黄姑鱼和鮸鱼之间的相似度较高。综上所述,5种海水养殖石首鱼类肠道菌群中存在有自身特色的核心菌群,肠道菌群结构的差异与种类间的系统进化关系相似,证明肠道菌群结构与宿主遗传因素密切相关。     

刺激隐核虫幼虫膜蛋白单克隆抗体的制备与特性分析

为获得刺激隐核虫幼虫膜蛋白单克隆抗体并初步分析单抗特性,提取刺激隐核虫幼虫膜蛋白,免疫Balb/c小鼠,取脾细胞与SP2/O细胞融合,以间接ELISA筛选阳性杂交瘤细胞。通过ELISA方法检测单克隆抗体的亚类及效价;通过SDS-PAGE和western blot分析单抗特异性结合的蛋白,并以串联质谱方法对所识别条带进行鉴定;采用免疫荧光法分析单抗的抗原结合位点和特异性。结果得到3株能稳定分泌刺激隐核虫幼虫膜蛋白抗体的细胞株(5D11AG5、5H9BG3、6E11CE7)。这3株细胞株产生的抗体亚型均为IgM,ELISA效价分别为1∶3200、1∶25600、1∶51200。单抗5D11AG5和单抗5H9BG3株能够识别~35kDa的刺激隐核虫幼虫膜蛋白线性抗原表位,单抗5D11AG5所识别的蛋白与数据库中刺激隐核虫表面抗原蛋白、嗜热四膜虫微管蛋白(tubulin)的肽段具有较高覆盖率。免疫荧光结果显示单抗5D11AG5和单抗5H9DG3识别部位主要在虫体表面近胞口的前端,而单抗6E11CE7识别虫体表面外膜。刺激隐核虫幼虫膜蛋白单克隆抗体的制备,为刺激隐核虫功能性蛋白的筛选、纯化和功能分析提供了条件。     

工厂化和网箱养殖大黄鱼幼鱼消化道微生物群结构与功能分析

运用高通量测序方式,对两种模式养殖大黄鱼(Larimichthys crocea)幼鱼消化道菌群的结构与功能特征及其与环境菌群的相关性进行分析,结果发现:大黄鱼幼鱼消化道主要由变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes)组成。工厂化养殖大黄鱼消化道优势菌属组成比较稳定,包括乳杆菌属(Lactobacillus)、芽孢杆菌属(Bacillus)等。优势菌属中,发光杆菌属(Photobacterium)、乳杆菌属、弧菌属(Vibrio)等18个物种为两种模式养殖大黄鱼消化道的共有优势菌属;而假单胞菌属(Pseudomonas)、气单胞菌属(Aeromonas)和Escherich-ia_Shigella为主要差异菌属(P0.05)。通过相关性分析得出,饵料中菌群对消化道菌群影响较大。并且,在菌群基因参与功能方面,两种模式下幼鱼消化道菌群基因参与的主要功能相似,但工厂化养殖幼鱼消化道菌群基因参与这些功能的基因丰度高于网箱养殖的,这可能是对幼鱼的生长代谢在环境胁迫中的一种补偿作用。研究结果将为大黄鱼幼鱼消化道功能菌群的筛选与菌群调控提供理论参考。     

大黄鱼种质资源保护与利用现状及建议

优异种质资源的发掘利用对保障我国优质水产蛋白供给具有关键作用。大黄鱼是我国海水鱼类养殖产量最高的品种,种质资源是大黄鱼养殖产业健康和可持续发展不可或缺的物质基础,系统开展大黄鱼种质资源收集保存、鉴定评价和保护利用具有十分重要的战略意义。本文回顾了大黄鱼种质资源保护和开发利用的历史与现状,从科研、育种技术体系、产业和人才等方面剖析了当前面临的主要问题,围绕大黄鱼种业科技创新和新品种创制主线,提出了针对复杂经济性状(如抗病、抗逆和饲料利用效率等)创制重大新品种的发展方向,为实现大黄鱼良种覆盖率的显著提升,以及大黄鱼产业健康发展提供良种保障。     

大黄鱼肌纤维性状的全基因组关联分析

大黄鱼是我国近海重要经济鱼类,因养殖条件限制,其肉质难以满足消费者的需求。肌纤维组织学特征是鱼类肉质评价中的常用指标,肌纤维平均直径和密度对鱼类肉质有重要影响。为定位肉质相关遗传位点,解析大黄鱼肉质性状的遗传调控机制,并为养殖大黄鱼肉质选育提供基础,本研究首次对大黄鱼肌纤维性状进行全基因组关联分析。采集一个大黄鱼养殖群体的背部肌肉样本,通过组织切片获得了483尾大黄鱼的肌纤维直径及253尾的肌纤维密度数据。随后用双消化限制性酶切位点相关的DNA测序（ddRAD-seq）法进行基因分型,获得了25 520和25 309个高质量单核苷酸多态性（SNPs）位点用于全基因组关联分析（GWAS）。最终,在5条染色体上定位到了6个显著位点,并注释到了lpin2、adcyap1、btg1、tcp11l2、lifr、thbs4、gmeb1、slc2a1、myom1、myom2共10个候选基因。对这些候选基因的分析表明,大黄鱼的肉质与肌纤维组成和生长,以及能量代谢有关。lpin2、adcyap1、btg1等基因可能在决定大黄鱼肌肉的物理特性中发挥作用。本研究首次对大黄鱼肌纤维相关性状进行基因组定位,研究结果为大黄鱼分子标记辅助选育提供了重要的理论参考,并为后续开展针对养殖群体大黄鱼肉质性状的遗传改良提供了分子工具。     

基于微卫星标记对6个花鲈群体的遗传多样性分析

为了解中国不同地理群体花鲈(Lateolabrax maculatus)的遗传结构,从花鲈基因组序列中筛选出11个具有多态性的微卫星位点,对中国沿海地区(天津、长岛、青岛、上海、厦门和北海)6个花鲈野生群体的遗传多样性进行分析.11个微卫星位点共检测到57个等位基因,7个微卫星位点具有高度多态性.6个群体的等位基因数(...