草莓miR156靶基因SPL9的克隆与表达分析

 【目的】从草莓中克隆SPL(SQUAMOSA promoter binding protein-like)转录因子基因SPL9，并分析其在草莓植株不同生长时期的表达水平及与miR156的表达关系，探讨SPL9在草莓植株生长发育中的作用。【方法】根据苹果SPL基因家族的保守序列设计简并引物，以草莓叶片为试材，利用RT-PCR克隆草莓SPL9基因片段，在此基础上利用RACE方法克隆SPL9的cDNA全长。利用实时定量RT-PCR技术分析草莓叶片中SPL9及miR156的表达水平。【结果】从草莓（Fragaria×ananassa）品种‘全明星’中克隆出SPL9基因的cDNA全长序列，命名为FaSPL9。其CDS长度为1 143 bp，编码381个氨基酸，与拟南芥AtSPL9、葡萄VvSPL9、枳PtSPL9、苹果MdSPL9以及玉米ZmSPL9的氨基酸序列同源性分别为：40.30%、64.57%、56.09%、70.33%，38.35%。FaSPL9有着高度保守的SBP结构域和一个双向核定位信号KRXXXRRRK。FaSPL9基因序列中包含miR156的靶位点，实时定量RT-PCR结果表明，在草莓植株的不同生长时期FaSPL9的表达量不同，且与miR156呈现相反的表达模式。【结论】从草莓中分离出FaSPL9基因，其作为miR156的靶基因，推测FaSPL9对草莓植株的生长发育具有重要的调控作用。     

致对虾肝胰腺坏死病副溶血弧菌荧光定量PCR检测方法的建立

【目的】建立一种对虾急性肝胰腺坏死病（Acute Hepatopancreatic Necrosis Disease）病原菌副溶血弧菌（Vibrio parahaemolyticus, VpAHPND）荧光定量 PCR 检测方法,对该病进行快速检测。【方法】根据副溶血弧菌基因保守序列设计特异性引物和探针,经优化反应体系及条件,建立检测 VpAHPND 的荧光定量 PCR 方法;以重组质粒为标准品制作标准曲线,并进行特异性、敏感性、重复性及临床应用试验。【结果】该方法定量范围宽,起始模板浓度范围为 2.3×101 ~2.3×107 拷贝 /μL 时,标准曲线具有良好的线性关系;最低检测限为 2.3 拷贝/μL,与对虾其他病原菌及病毒无交叉反应,重复试验变异系数为 0.45%~0.69%,可在 1 h 内完成样品检测;对临床对虾样品的检测结果表明,该方法与世界动物卫生组织（OIE）推荐的套式 PCR 法检测结果一致。【结论】应用 TaqMan 探针建立的检测 VpAHPND 的荧光定量 PCR 方法具有灵敏度高、特异性强、重复性好的特点,可有效用于临床对虾样品的 VpAHPND 检测。     

基于深度学习的高分辨率麦穗图像检测方法

小麦是重要的粮食作物之一,针对人工田间麦穗计数及产量预测效率低的问题,基于深度学习提出了一种高分辨率的小密集麦穗实时检测方法。对麦穗图像数据集进行图像分割、标注、增强预处理,基于Tensorflow搭建YOLOv4网络模型,调整改进后对其进行迁移学习;与YOLOv3、YOLOv4-tiny、Faster R-CNN训练模型进行对比,对改进模型的实用性与局限性进行分析;重点分析影响麦穗检测模型性能的关键因素。通过图像分割的方式,证明了通过改变图像分辨率确定麦穗所占图像最优像素比,可以提高前景与背景差异,对小密集麦穗有显著效果。通过对改进模型的测试,表明该模型检测精度高,鲁棒性强。不同分辨率、不同品种、不同时期的麦穗图像均类平均精度（mAP）为93.7%,单张图片的检测速度为52帧·s^-1,满足了麦穗的高精度实时检测。该研究结果为田间麦穗计数以及产量预测提供技术支持。     

不同荞麦品种落粒基因的筛选

为获得荞麦落粒性相关基因,分别选取甜荞、苦荞和金荞的不同品种不同组织混合样品进行转录组测序,通过数据库比对、功能分析与功能注释获取与落粒性相关的Unigene。设计引物通过RACE方法扩增候选基因,测序后将候选基因全长序列提交到NCBI数据库中,通过blast寻找候选基因的命名,用实时定量荧光PCR测候选基因的表达量。结果表明:得到6个候选基因,其中,根向光性蛋白基因、SOBIR1-like蛋白基因、NPR5-like蛋白基因主要在花器官的发育和形成过程中起调控作用,而SRG1-like蛋白基因、过氧化物酶基因和AGL蛋白基因主要在植物离区的形成和发育过程中起调控作用。NPR5-like蛋白基因在落粒品种与不落粒品种间的表达量差异最大。结论:NPR5-like蛋白基因在荞麦落粒过程中起一定的调控作用。     

麦洼牦牛TLR1基因组织表达分析

【目的】建立一种牦牛TLR1基因表达量的荧光定量PCR检测方法,并分析TLR1基因在牦牛不同组织中的表达差异。【方法】参考牦牛TLR1基因序列,在其保守区设计特异性引物,并以牦牛β-actin基因为内参基因建立荧光定量方法;基于该荧光定量方法分析TLR1基因在牦牛心、肝、脾、肺、肾、大肠、小肠、胃、乳腺、肌肉、卵巢11种组织中的表达水平。【结果】TLR1基因和β-actin基因扩增产物电泳结果呈现单一条带,其产物熔解曲线均为特异的单峰,表明引物具有较高的特异性。组织表达结果显示,TLR1基因在所检测的牦牛11个组织样本中均有表达,其中在肾、肝、脾、肺、卵巢、小肠中表达量较高,在胃、乳腺、心、大肠、肌肉组织中表达量较低。【结论】TLR1基因在牦牛各组织中转录水平差异较大,这可能与各组织对病原体的识别和抵抗能力有关。     

Postia placenta decay of acetic anhydride modified wood – Effect of leaching

Abstract

It is well established that acetylation of wood by the use of acetic anhydride is able to impart a significant degree of decay resistance. The aim of this work was to study how a standardized leaching procedure with water (EN 84) affected the degradation of acetic anhydride modified samples by the brown rot fungi Postia placenta compared to no leaching prior to incubation. Three different levels (low, medium, and high) of acetic anhydride modified Southern yellow pine (SYP; Pinus spp.) were tested. The samples were harvested after 4 and 28 weeks. We compared changes in mass loss, wood moisture content, fungal DNA, and gene expression from five genes. If leaching changes the acetylated samples and makes them more susceptible for fungal deterioration, the expected effect would be higher levels of these parameters. Generally, leaching resulted in few differences between leached and nonleached samples at low levels of acetylation, while no changes were found for the highest acetylation level. No differences were found in gene expressions after 28 weeks. The possible protection of acetylated wood against oxidative fungal degradation is suggested to be interpreted in combination with the lowered wood moisture content.     

刺槐实时定量PCR分析中内参基因的选择

The real-time PCR is an important method for analyzing gene expression levels. Selection of reference genes suitable for calibration of the expression of objective gene according to specific experiment...     

荧光定量PCR检测2型猪圆环病毒方法的建立

通过克隆2型猪圆环病毒（PCV2）的开放阅读框2（0RF2）基因编码其核衣壳蛋白（Cap）的一段靶序列,构建重组质粒作为标准阳性模板.根据GenBank中的靶序列设计一对引物和一条TaqMan探针.对PCR反应条件优化后,对构建的标准阳性模板定量,然后1 0＆#215;倍比稀释进行荧光定量PCR（qPCR）扩增并制作标准曲线,初步建立了PCV2检测的qPCR方法.结果表明,该方法检测灵敏度可达1.0＆#215;102拷贝/μ L,线性范围为101 ～ 109,达9个数量级,并且具有很好的特异性.对起始浓度为1.0＆#215;108、1.0＆#215; 106、1.0＆#215;104拷贝/μL的标准品的最终实际测得CT均值分别为12.77、19.72和26.89;变异系数分别为0.25％、0.10％和0.13％,均小于1％,说明此方法具有良好的准确性和重复性.     

反刍动物饲料产品和动物源性饲料产品中牛羊源成分检测

[目的]检测反刍动物饲料和动物源性饲料中牛羊源成分。[方法]利用实时荧光定量PCR技术对反刍动物饲料产品（预混料、精料补充料、全价配合料等）和动物源性饲料产品（鱼粉、禽肉粉、猪肉粉、羽毛粉等）共计131批样品进行了牛羊源成分检测。[结果]所有样品中均未检出牛羊源性成分。[结论]该次抽检的反刍动物饲料产品和动物源性饲料产品中暂无牛羊源成分污染,但仍应加强对反刍动物饲料和动物源性饲料中牛羊源成分的监测。     

Identification and quantification of benzimidazole resistance polymorphisms in Haemonchus contortus isolated in Northeastern Brazil

Haemonchus contortus is the most prevalent nematode in Brazil. The objective of this study was to select 6 populations of H. contortus of known or suspected benzimidazole resistance status and characterize these using quantitative real-time polymerase chain reaction (qPCR) for single nucleotide polymorphisms (SNPs) F200Y, F167Y and E198A in the β-tubulin isotype 1 gene. qPCR was performed using DNA from a pool of 10 adult male H. contortus from a single animal per farm. Faecal egg count reduction test (FECRT) and egg hatch test (EHT) were used to determine the resistance status. Samples were obtained from 6 farms located in 5 counties in the Ceará State: Tauá, Boa Viagem, Quixadá, Santa Quitéria and Solonópole. The inbred-susceptible-Edinburgh (ISE) isolate was used as reference for comparative purposes in the qPCR. Benzimidazole resistance was detected by FECRT on all farms with efficacy values ranging from 0 to 51%. EC50 values as determined by EHT were all above 1.49 μg/ml. High frequencies of the resistant SNPs F200Y and F167Y alleles were detected but no resistance was detected at SNP E198A. Our results suggest that the SNPs F167Y and F200Y are both important for benzimidazole resistance in the studied populations.