宁南霉素对烟草叶片内生细菌多样性的影响

为了明确施用宁南霉素和生防菌对烟草内生菌群落的影响,采用宁南霉素和烟草内生解淀粉芽孢杆菌YN201732(Y32)不同先后喷施组合,提取处理后不同时间段烟草叶片,运用高通量测序技术测定内生细菌16S rDNA序列,分析菌群多样性.结果表明,仅喷施Y32发酵液(107 cfu/mL)的叶片内细菌物种多样性高于其他处理.先喷施Y32发酵液,24 h后再喷施宁南霉素的叶片内细菌物种丰富度高于先喷施宁南霉素,24 h后再喷施Y32发酵液的处理.所有样品中优势细菌属均为泛菌属、沙雷氏菌属、芽孢杆菌属和假单孢菌属,它们的相对丰度之和大于80％.Y32发酵液能有效提高烟草叶片新陈代谢等生命活动,加快生命进程.宁南霉素能降低烟草内生细菌物种多样性,而烟草内生细菌Y32能够提高烟草叶片内生细菌物种多样性,这一结果对利用内生菌开展生物防治具有重要指导意义.     

肉鸽圆环病毒、腺病毒及疱疹病毒Ⅰ型混合感染的多重PCR检测

运用多重PCR同时检测肉鸽病原(圆环病毒、腺病毒及疱疹病毒Ⅰ型)的方法,分别设计与合成3种病毒基因扩增引物,并提取疑似病鸽的肝脏样品DNA、进行单一PCR扩增及基因序列测定,结果分别获得了大小为239、418、618 bp的DNA产物.通过摸索多重PCR反应条件,应用多重PCR同时检测3种病毒基因片段,同时获得了鸽疱疹病毒Ⅰ型、鸽圆环病毒及鸽源腺病毒的基因片段.再对疑似混合感染这3种病毒的肝脏样品进行检测,发现50％(6/12)样品存在3种病毒的混合感染、25％(3/12)样品存在鸽圆环病毒和鸽源腺病毒的混合感染、8.3％(1/12)样品存在鸽源腺病毒和Ⅰ型鸽疱疹病毒的混合感染、8.3％(1/12)样品存在鸽圆环病毒和Ⅰ型鸽疱疹病毒的混合感染、8.3％(1/12)样品未发生任何感染.结果表明,多重PCR可快速检测鸽疱疹病毒Ⅰ型、鸽圆环病毒及鸽源腺病毒的混合感染,表明运用三重PCR检测3种病毒混合感染有很好的应用价值.     

连作对马铃薯酚酸类自毒物质及根际真菌群落的影响

为研究连作对马铃薯根际土壤中酚酸类自毒物质及真菌群落的影响,通过收集不同连作季(1季、3季、5季)马铃薯根际土壤,利用高效液相色谱法测定酚酸类物质及Illumina高通量测序技术测定真菌ITS序列,结果表明:(1)连作土壤中检测出丁香酸、香豆酸、对羟基苯甲酸、阿魏酸,连作增强后,pH不断下降,对羟基苯甲酸、阿魏酸含量不断增加,丁香酸、香豆酸在连作3季后含量最高。(2)连作3季及5季根际土壤中真菌多样性及丰度均显著高于连作1季,子囊菌门为连作土壤的优势菌门;节丛孢属为连作3季的优势菌属,盘菌属为连作5季的优势菌种;对连作土壤进行主成分分析,连作1季与连作3季真菌群落及数量相似,与连作5季差异较大。(3)自毒物质与根际真菌群落存在相关性,丁香酸与琏格霉属,香草酸与盘菌属丰度达极显著正相关;阿魏酸与盘菌属丰度间为显著负相关。因此,连作后根际土壤中自毒物质不断积累,真菌群落结构发生改变,琏格孢霉、镰刀菌等有害真菌富集。     

典型喀斯特区云南松林土壤养分和细菌群落对海拔的响应

以中国西南典型喀斯特区云南松林地为研究对象,采用方差分析、冗余分析和高通量测序等方法,探究土壤养分与细菌群落组成和多样性对不同海拔的响应,为该地区石漠化治理工作和生态系统植被恢复提供参考依据。结果显示:随海拔升高,土壤全碳、全氮、全磷含量呈现先增大后减小的趋势;土壤全钾含量在海拔1 900 m处最高,在海拔1 600 m处最低;土壤速效氮和速效磷含量在海拔1 600 m处最高,分别在海拔1 300 m和海拔1 900 m处最低;速效钾含量在海拔1 900 m处最高,在海拔1 600 m处最低。Chao1指数、Shannon指数随海拔升高先增大后减小,而Simpson指标随海拔升高先减小后增大。在门分类水平上,优势菌门为变形菌门(Proteus)、酸杆菌门(Acidobacteria)、放线菌门(Actinomycetes)和绿弯菌门(Curvularia),分别占比33.37%、24.40%、19.82%、12.06%。其中,变形菌门和酸杆菌门的相对丰度总体随海拔升高先增多后减少,而绿弯菌门的总体变化趋势与之相反。放线菌门在海拔1 600 m的相对丰度最大,其余海拔的相对丰度无显著差异。在纲分类水平上,优势类群包括α-变形菌纲(Alphaproteobacteria)、酸杆菌纲(Acidobacteriia)、γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria)、δ-变形菌纲(Deltaproteobacteria),分别占比18.46%、12.72%、7.88%、5.13%。其中,α-变形菌纲、γ-变形菌纲的相对丰度总体随海拔升高先增大后减小,酸杆菌纲的总体变化趋势与此相反,δ-变形菌纲在不同海拔梯度下无明显变化趋势。土壤pH值,及全碳、全氮、全磷、速效氮和速效磷含量与细菌多样性显著(P<0.05)相关,是细菌群落组成变化的主要驱动因子。     

不同发酵剂对发酵香肠菌相、挥发性风味成分及品质的影响

以不接种发酵剂(CK1组)和接种商业发酵剂(CK2组)组为对照,探究植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum)b-2和腐生葡萄球菌(Staphylococcus saprophyticus)sw50以1:1(A组)和1:3(B组)组成发酵剂对发酵香肠菌相、挥发性风味成分及品质的影响.采用高通量测序技术分析菌相,并通过气相色谱-离子迁移色谱分析挥发性风味成分.结果表明,经30 h发酵,B组发酵香肠优势菌群为乳杆菌科(Lactobacillaceae)和葡萄球菌属(Staphylococcus)细菌,品质最优,其挥发性风味物质包括乙酸乙酯、2-甲基丁醛、乙缩醛、3-甲基丁酸乙酯等,亚硝酸盐残留量为(2.906±0.025)mg·kg-1,TBARS值为(1.42±0.05)mg·kg-1.植物乳杆菌b-2与腐生葡萄球菌sw50以1:3复配有助于改善发酵香肠品质,提高安全性.上述结果对于发酵香肠工业化生产具有指导意义.     

一株牦牛源产细菌素植物乳杆菌SWUN5815全基因组测序及序列分析

旨在分析一株牦牛源植物乳杆菌SWUN5815的全基因组序列测序,并对该菌株的功能特性基因进行挖掘。基于PacBio RSII测序平台对乳杆菌SWUN5815进行全基因组测序分析和GO、KEGG、COG和NR数据库进行基因组基本功能注释。结果表明:1)植物乳杆菌SWUN5815的基因组大小为3.27 Mb,GC含量44.59%;2)预测到3 258个编码基因,编码基因总长度为2 814 147bp,平均长度为864bp;3)编码基因通过功能数据库对该菌株基因组基本功能注释和代谢通路基因信息注释得知,SWUN5815基因组中包括5个基因参与抗氧化活性过程,2个基因参与免疫过程;基因组中包含了抗生素、生物降解等代谢过程;可调控免疫和炎症的相关通路;基因组中含有18种已知细菌素基因;有4个合成ABC型细菌素转运系统的功能序列。综上,SWUN5815全基因组测序及分析挖掘其特异性功能基因有利于研究其益生特性提供基础,为菌株作为抗生素替代品的益生菌和饲料添加剂的应用研究提供了重要的参考数据。     

利用小RNA深度测序快速鉴定草莓病毒

病毒侵染直接影响草莓的生长发育及果实品质,快速检测及鉴定病毒是病毒防治的前提。本研究以‘丰香’草莓和‘哈尼’草莓为试材,利用小RNA(sRNA)测序结合RT-PCR技术对2种栽培草莓品种中存在的病毒进行了研究。对sRNA测序结果进行组装和注释,结果表明:在混合样品中共有242个contigs比对到5种草莓病毒,分别为草莓白化病毒(strawberry pallidosis associated virus,SPaV)、草莓镶脉病毒(strawberry vein banding virus,SVBV)、草莓斑驳病毒(strawberry mottle virus,SMoV)、草莓毛形病毒3(strawberry crinivirus 3,SCrV 3)和草莓毛形病毒4(strawberry crinivirus 4,SCrV 4)。利用RT-PCR技术对sRNA测序结果进行验证,结果表明:SMoV、SVBV和SCrV 3在‘丰香’草莓和‘哈尼’草莓中均检测到,而SPaV和SCrV 4只在‘哈尼’草莓样品中检测到。本研究利用sRNA测序技术鉴定了2个草莓品种中存在的病毒,首次在我国生产的同一个草莓品种中检测到5种病毒,为草莓病毒的检测和防控提供了新的思路。     

高通量测序分析蚕豆种子内生细菌的多样性

为了分析蚕豆种子内生细菌的多样性,采用Illumina MiSeq高通量测序技术,从日本大白皮（S18P23.1、 S18P23.2）和启豆2号（S18P24.1、S18P24.2）的种子获得16S RNA V3～V4区有效序列133 855条。将高于97％相似度的序列划分为一个操作分类单元（operational taxonomic unit, OTU）,优化后得到1 598个OTUs。内生细菌种群分析结果表明,拟杆菌门（Bacteroidetes,丰度为30%～33%）、变形菌门（Proteobacteria, 23%～25%）、厚壁菌门（Firmicutes, 23%～25%）和放线菌门（Actinobacteria, 5%～7%）为两个蚕豆品种共有的优势菌门,但属水平的优势菌群在供试蚕豆种子中均有差异。这些结果表明,蚕豆种子具有丰富的内生细菌资源,含有多种具有益功能性状的细菌类群,值得进一步跟踪研究这些益生菌在蚕豆种植到土壤后的变化规律;启豆2号种子中益生菌的种类和丰度高于日本大白皮,值得进一步分离和研究这些益生菌的益生或促生特性,筛选获得在食品和生物肥料等领域有应用潜力的菌株。     

红螯光壳螯虾响应长期水体盐度胁迫的基因和代谢通路

为探究长期盐度胁迫条件下红螯光壳螯虾肠道基因表达和代谢通路的变化。实验采用Illumina Hiseq 2 500平台对0、5、10和15这4个盐度下养殖5周的红螯光壳螯虾的肠道组织进行了高通量测序。研究共获76 534个unigenes,通过与NR、NT、KO、Swissprot、PFAM、GO和KOG数据库进行比对,成功注释37 378个unigenes。通过引入FPKM(Fragments Per Kilo bases per Million fragments)来估算基因表达水平,基于NR和Pfam两个数据库的蛋白注释结果,448 362个unigenes在GO数据库得到注释。根据KO功能注释与Pathway的联系,9 483个unigenes在KEGG数据库被注释分类到34条通路途径。通过DEGseq进行基因表达差异分析,以盐度0为对照组,显著差异基因筛选条件设置为Q value<0.05且差异倍数|Fold Change|>2,盐度5、10和15组分别获得差异基因2 733、91和236个,其中盐度5组共有2 068个基因显著上调,665个基因显著下调。将所有差...