| 利用小RNA深度测序快速鉴定草莓病毒 |
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| 引用本文： | 何成勇,高德航,范灵姣,邢飞,李世访,王红清.利用小RNA深度测序快速鉴定草莓病毒[J].中国农业大学学报,2021,26(8):54-60. |
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| 作者姓名： | 何成勇 高德航 范灵姣 邢飞 李世访 王红清 |
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| 作者单位： | 中国农业大学 园艺学院, 北京 100193; 中国农业科学院 植物保护研究所/植物病虫害生物学国家重点实验室, 北京 100193 |
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| 基金项目： | 国家重点研发计划(2019YFD1001800)；国家重点研发计划政府间重点项目(2017YFE0010900) |
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| 摘 要： | 病毒侵染直接影响草莓的生长发育及果实品质,快速检测及鉴定病毒是病毒防治的前提。本研究以‘丰香’草莓和‘哈尼’草莓为试材,利用小RNA(sRNA)测序结合RT-PCR技术对2种栽培草莓品种中存在的病毒进行了研究。对sRNA测序结果进行组装和注释,结果表明:在混合样品中共有242个contigs比对到5种草莓病毒,分别为草莓白化病毒(strawberry pallidosis associated virus,SPaV)、草莓镶脉病毒(strawberry vein banding virus,SVBV)、草莓斑驳病毒(strawberry mottle virus,SMoV)、草莓毛形病毒3(strawberry crinivirus 3,SCrV 3)和草莓毛形病毒4(strawberry crinivirus 4,SCrV 4)。利用RT-PCR技术对sRNA测序结果进行验证,结果表明:SMoV、SVBV和SCrV 3在‘丰香’草莓和‘哈尼’草莓中均检测到,而SPaV和SCrV 4只在‘哈尼’草莓样品中检测到。本研究利用sRNA测序技术鉴定了2个草莓品种中存在的病毒,首次在我国生产的同一个草莓品种中检测到5种病毒,为草莓病毒的检测和防控提供了新的思路。
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| 关 键 词： | 草莓 sRNA测序 草莓白化病毒 草莓毛形病毒 RT-PCR |
| 收稿时间： | 2020/11/11 0:00:00 |
Rapid identification of strawberry viruses by small RNA deep sequencing |
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| HE Chengyong,GAO Dehang,FAN Lingjiao,XING Fei,LI Shifang,WANG Hongqing.Rapid identification of strawberry viruses by small RNA deep sequencing[J].Journal of China Agricultural University,2021,26(8):54-60. |
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| Authors: | HE Chengyong GAO Dehang FAN Lingjiao XING Fei LI Shifang WANG Hongqing |
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| Institution: | College of Horticulture, China Agricultural University, Beijing 100193, China; Institute of Plant Protection/State Key Laboratory for Biology of Plant Diseases and Insect Pests, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Beijing 100193, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | strawberry sRNA sequencing strawberry pallidosis associated virus strawberry crinivirus RT-PCR |
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