奶牛结合珠蛋白核酸适配体的筛选及鉴定

核酸适配体作为一种优于单克隆抗体的新型识别分子,具有更高的分辨率,能识别配体间一个基团的细微差别,且所需的结合活性位点更小。本研究利用指数级富集配体进化技术(SELEX)筛选特异性结合于奶牛结合珠蛋白(HP)的DNA适配体,并对筛取的适配体进行特性分析。体外构建全长80bp中间含40bp随机序列的单链DNA(ssDNA)文库,通过对循环次数、退火温度及引物比例的优化,建立了适合的筛选体系;以超滤离心管为介质,HP蛋白为靶标,对随机ssDNA文库进行反复的SELEX筛选,从单链DNA文库中筛选能特异性结合HP蛋白的核酸适配体;利用DNAMAN和RNAstructure软件对获得核酸适配体进行一级结构和二级结构分析。结果表明,经过体外8轮筛选,随机ssDNA文库与HP蛋白的结合率由1.86%上升到31.35%,特异性核酸达到最大富集;经克隆和测序,获得了能与HP蛋白特异性结合的5个家族的DNA适配体,同源性均达70%以上,RNAstructure分析其二级结构主要以茎环结构为主,表明ssDNA形成不同的茎环结构可能是适配体与HP蛋白特异性作用的结构基础。初步建立HP蛋白核酸适配体库,筛选到与HP蛋白特异性结合的核酸适配体,为制备以HP为检测靶标的奶牛隐性乳腺炎检测试剂盒奠定基础。     

基于氧化石墨烯-SELEX技术对氟苯尼考核酸适配体的筛选及其结构分析

氟苯尼考(FFC)具有胚胎毒性,在食用动物组织中残留会严重危害消费者的健康与安全。为建立快速检测动物性食品中FFC残留的方法奠定基础,本研究根据引物设计原则,设计了上下游引物,根据引物序列构建长度为80 bp的随机单链寡核苷酸(ssDNA)文库,其3'端和5'端为固定的20 bp引物结合位点,中间为40 bp的随机序列。通过氧化石墨烯-富集配体系统进化技术(GO-SELEX)筛选,即将经过预处理的ssDNA文库与等摩尔量的FFC及氧化石墨烯(GO)沉淀共孵育。通过GO的π-π共轭键吸附未结合靶标FFC的ssDNA,已结合靶标的ssDNA(FFC-ssDNA)则留在上清液中,通过离心获得FFC-ssDNA复合物。将每一轮筛选的FFC-ssDNA复合物经离心、抽提、醇沉淀回收所得到的ssDNA做为模板进行PCR扩增,通过链霉亲和素将PCR产物的双链DNA(dsDNA)彻底裂解为单链,作为次级ssDNA文库进入下一轮筛选。每一轮的筛选均计算一次回收率,当回收率变化趋于稳定时,引入反筛选物氯霉素(CAP)、甲砜霉素(TAP),以去除与FFC特异性结合较差的ssDNA。当回收率达到饱和,筛选停止。最终,根据回收率的计算结果共进行了12轮核酸适配体的筛选,其中有10轮为正筛选,第7轮和第11轮为反筛选。PCR结果显示,经12轮筛选均得到了所需要的目的 ssDNA片段。对第9轮和第12轮的筛选产物克隆并测序,共得到46条不同的核酸适配体序列。经对46条核苷酸序列的二级结构、自由能(△G)预测和亲缘性分析,最终得到A1、A26、A27、A31、B18、B28、B30、B37共8条候选核酸适配体。通过测定8条候选适配体的解离常数(Kd值)分析其与FFC的亲和性。结果显示,8条候选适配体的Kd值在11.811 nmol/L～54.097 nmol/L;利用相同浓度的FFC、CAP、TAP对其中亲和性较高的A26和B18进行特异性试验,结果表明两条核酸适配体均可以与FFC特异性结合,且B18与FFC的特异性结合作用更强,可作为FFC的特异性核酸适配体。本研究首次对FFC的核酸适配体进行SELEX筛选,为建立快速检测动物性食品中FFC残留方法奠定基础。     

新城疫病毒血凝素蛋白RNA适配体的筛选及活性研究

核酸适配体与单克隆抗体相比具有更高的分辨率,能识别配体间一个基团的细微差别,且所需的结合活性位点更小。本试验通过SELEX技术,体外经过12轮筛选获得了能够与F48E9株新城疫病毒特异性结合的3个RNA适配体,命名为FHN12-45-3、FHN12-36-6和FHN12-19-9。RNA适配体的二级机构预测结果显示,所筛选获得的RNA适配体空间结构以外环、内环、发夹环及突起结构为主。特异性试验结果显示,适配体FHN12-45-3经ELISA和Dot-blot试验证实能够区分不同株的新城疫病毒。生物学活性试验结果显示,适配体FHN12-45-3能够减少4个单位的F48E9株病毒血凝效价,初步表明适配体与F48E9株病毒可能的活性作用位点在血凝素蛋白上,在鸡胚成纤维细胞培养体系中适配体FHN12-45-3能够减少84.62%的F48E9株病毒蚀斑,荧光定量RT-PCR方法检测适配体FHN12-45-3能够减少培养体系中77.73%病毒载量,表明筛选的RNA适配体在细胞水平能够有效的抑制F48E9株新城疫病毒的复制。     

兔出血症病毒特异性核酸适配体的筛选

为筛选出兔出血症病毒(Rabbit hemorrhagic disease virus,RHDV)衣壳蛋白VP60特异性核酸适配体,建立新型的兔出血症(rabbit hemorrhagic disease,RHD)检测方法,本研究构建了一个长80 nt的随机寡核苷酸文库。以固定在PVDF膜上的VP60为靶分子,使用消减SELEX技术(systematic evolution of ligands by exponential enrichment)进行20轮的筛选,以生物素标记的次级文库作为"一抗",以辣根过氧化物酶标记的链酶亲和素作为"二抗",对文库进行Western blot鉴定,结果表明第20轮文库存在可特异性的识别VP60的核酸序列。随机选取第20轮文库的46条序列克隆、测序,得到20个高度同源序列,同时对46个适配体再次鉴定,最终得到3个特异性识别VP60的适配体。     

核酸适配体在病毒检测中的研究进展

核酸适配体指利用SELEX技术筛选出的寡聚核苷酸片段,它可以特异性地识别靶标并与之结合,且该技术具有成本低、亲和力高、特异性强等优点.目前,核酸适配体已广泛地应用于基础研究、临床诊断、疾病治疗等多领域,并且显示出巨大的应用潜力.结合近年来核酸适配体在病毒检测研究领域的最新研究成果,凭借适配体独特的性质在检测方面发挥的重要作用,综述了核酸适配体在人类免疫缺陷病痛毒、肝炎病毒、流感病毒、SARS病毒等病毒检测方面的最新研究进展,展望了核酸适配体在病毒检测领域的发展趋势.     

猫泛白细胞减少症病毒VP2基因快速检测方法的建立与应用

为了调查猫泛白细胞减少症病毒(Feline panleukopenia virus,FPV)在猫群中的流行情况,根据Gen Bank已登录的FPV VP2基因序列设计PCR引物,建立了FPV PCR快速检测方法,并对3004份猫样品进行了检测。结果显示,该方法扩增的VP2基因片段为468 bp左右,检出的最小基因组DNA浓度为6.19×10-8μg/μL,检出DNA浓度低于1 fg/μL,从3004份样品中检测出13份猫泛白细胞减少症病毒核酸阳性样品。本研究针对FPV VP2基因建立的PCR快速检测方法可作为FPV临床早期诊断及快速筛查手段。     

伏马毒素B_1适配体的筛选及其快速定量检测方法的建立北大核心CSCD

本研究旨在获得伏马毒素B1特异性适配体并利用其和胶体金的作用建立伏马毒素B1的快速检测方法。通过非固定靶标的指数富集配体系统进化技术筛选获得伏马毒素B1的适配体,并用酶联免疫吸附测定(ELISA)方法测定所获适配体的亲和力和特异性,建立基于适配体的胶体金快速定量检测方法。结果表明:筛选得到的伏马毒素B1适配体F102亲和力解离常数为(42.1±4.0)nmol/L;建立的胶体金检测方法简便、快速、特异性强;样品检测结果与液相色谱结果的相对误差低于15.7%。因此,本研究利用筛选得到的适配体建立了可用于谷物和饲料中伏马毒素B1含量的快速定量检测方法。     

伏马毒素B_1适配体的筛选及其快速定量检测方法的建立

本研究旨在获得伏马毒素B1特异性适配体并利用其和胶体金的作用建立伏马毒素B1的快速检测方法。通过非固定靶标的指数富集配体系统进化技术筛选获得伏马毒素B1的适配体,并用酶联免疫吸附测定(ELISA)方法测定所获适配体的亲和力和特异性,建立基于适配体的胶体金快速定量检测方法。结果表明:筛选得到的伏马毒素B1适配体F102亲和力解离常数为(42.1±4.0)nmol/L;建立的胶体金检测方法简便、快速、特异性强;样品检测结果与液相色谱结果的相对误差低于15.7%。因此,本研究利用筛选得到的适配体建立了可用于谷物和饲料中伏马毒素B1含量的快速定量检测方法。     

核酸适配体比色法检测恩诺沙星

(目的)研究检测恩诺沙星的胶体金核酸适配体比色法,(方法)将恩诺沙星核酸适配体与胶体金结合后形成胶体金适配体复合物,然后加入恩诺沙星靶标分子,由于核酸适配体与靶标的高效特异性结合,核酸适配体与胶体金解离.最后加入NaCl后,胶体金由红变兰.(结果)胶体金比色检测体系中,NaCl的最佳浓度为1M,核酸适配体的最佳浓度为2μM.对恩诺沙星的比色检测限为15ng/mL.(结论)基于胶体金和核酸适配体的比色法可用于恩诺沙星的快速筛选.     

猫细小病毒的分离与鉴定

为丰富猫细小病毒(FPV)流行病学资料和制备灭活疫苗,通过猫肾传代细胞(F81)培养方法从疑似感染FPV病猫粪便中分离病毒.对分离到的病毒进行理化性质分析和FPV特异性检测引物PCR鉴定,然后对FPV的VP2基因进行扩增测序.理化性质分析结果与FPV特性均相符,VP2基因测序结果与GenBank已发表的FPV标准株VP2基因序列对比分析,核苷酸序列同源性达到99.0％,证明该分离毒株为猫细小病毒.该毒株的成功分离进一步充实了我国FPV病毒库,也为灭活疫苗的制备奠定了基础.     

猫杯状病毒、猫细小病毒、猫流感病毒和猫疱疹病毒多重PCR检测方法的建立和应用

为建立快速检测猫科动物重要传染病的多重PCR检测方法,根据GenBank中登录的猫杯状病毒(feline calicivirus, FCV)、猫细小病毒(feline parvovirus, FPV)、猫流感病毒(feline influenza virus, FIV)和猫疱疹病毒1型(feline herpesvirus type 1,FHV-1)的相对高保守性基因ORF2、NSP1、M和UL27,分别设计4对特异性引物。通过对反应体系的摸索及优化,建立了可同时扩增FCV(257 bp)、FPV(380 bp)、FIV(519 bp)和FHV-1(761 bp)的四重PCR反应条件及体系。结果显示：能够在同一体系中用同一反应扩增出以上4种病毒基因,其重复性及特异性均良好,敏感性可达到10 copies/μL。用该方法检测69份口鼻拭子,结果发现FCV和FPV混合感染的阳性率为10.14%,FCV和FHV-1混合感染的阳性率为1.45%,FCV、FPV和FIV混合感染的阳性率为10.14%。结果表明：研究建立的四重PCR检测方法可对常见猫科动物病毒性传染病进行快速准确的鉴别诊断,而且为...     

胶体金核酸适配体比色法检测氨苄西林钠的研究

为了研究检测氨苄西林钠的胶体金核酸适配体比色法,试验采用纳米金为载体,将核酸适配体与其结合后形成胶体金适配体复合物,然后加入靶标分子,由于核酸适配体与靶标的高效特异性结合,核酸适配体与胶体金解离,加入Na Cl后胶体金由红色变为蓝色。结果表明:胶体金比色检测体系中,Na Cl的最佳浓度为1 mol/L,核酸适配体的最佳浓度为2μmol/L。对氨苄西林钠的比色检测限为3.12 ng/mL。说明基于胶体金和核酸适配体的比色法灵敏度较高,可用于氨苄西林钠的快速筛选。     

基于RNA适配体检测体外酶促合成的c-di-GMP和cGAMP

旨在建立简单、快速的检测体外酶促合成的c-di-GMP和cGAMP的方法。本研究以含有T7启动子、VC2GEMM-1核糖开关序列或其突变序列VC2/g20a、spinach2和tRNA序列的双链DNA为模板,利用T7RNA聚合酶体外转录体系制备VC2、VC2/g20aRNA适配体。通过检测绿色荧光强度分析RNA适配体对c-di-GMP和cGAMP的结合能力。结果表明,转录得到的RNA经过加热变性、缓慢退火后得到VC2RNA适配体和VC2/g20a RNA适配体,在125mmol·L~(-1 )KCl和30mmol·L~(-1 )MgCl_2溶液中孵育180min的优化结合条件下,VC2适配体与c-di-GMP特异性结合,VC2/g20a适配体与cGAMP特异性结合;c-di-GMP对VC2适配体的半数效应浓度(EC50)为(89±1.7)nmol·L~(-1),cGAMP对VC2/g20a适配体的半数效应浓度为(309±4.5)nmol·L~(-1);VC2和VC2/g20a能够分别检测低至5nmol·L~(-1)和20nmol·L~(-1)的c-di-GMP和cGAMP;并且发现转录的RNA混合物在未纯化的情况下同样能够检测VC0179体外酶促合成的c-di-GMP和cGAMP。这种方法可以简单快速的检测VC0179体外酶促合成的c-di-GMP和cGAMP,并且为研究其他c-di-GMP和cGAMP合成酶活性提供潜在可能。     

虎源猫泛白细胞减少症病毒VP2基因的原核表达及其抗原特性

利用PCR技术从虎源猫泛白细胞减少症病毒(FPV)HLJ株细胞培养物中扩增VP2基因,测序后插入原核表达载体pGEX-6p-1构建pGEX-6p-VP2重组质粒,转化BL21(DE3)中进行诱导表达。表达蛋白经切胶法纯化,所得产物用Western blot法检测其抗原活性。以纯化的重组VP2蛋白作为抗原,通过建立检测家猫FPV自然感染抗体的间接ELISA方法来研究该蛋白作为猫科动物猫泛白细胞减少症通用诊断抗原的特性。测序结果显示:该基因全长1755bp,编码584个氨基酸。SDS-PAGE和Western blot显示表达产物以包涵体形式存在,大小约为84000(其中目的蛋白58000,GST标签26000),并具有抗原性。间接ELISA抗体检测法的应用结果显示表达的重组VP2蛋白可以作为诊断抗原用于家猫FPV自然感染抗体的间接ELISA检测。并初步证明该蛋白具有作为猫科动物猫泛白细胞减少症通用诊断抗原的特性。     

核酸适配体比色法在抗生素残留快速检测中的应用

传统的抗生素残留快速检测方法主要是以抗体为核心试剂的免疫学方法,免疫学检测方法灵敏度好、操作简单快速.但是,抗体的获得需要多次免疫动物或(和)细胞培养,制备周期一般比较长,实验成本相对也较高.另外,抗体长期储存可能会影响效价.核酸适配体是从随机序列中筛选出来的一段单链寡聚核酸,适配体与靶分子之间的分子识别与抗体极为相似,但适配体比抗体具有更高的特异性,在常温下较稳定,不像抗体那样随着温度的变化容易降解.本文对基于核酸适配体的胶体金比色法在抗生素残留快速检测中的应用做一介绍.     

鲤春病毒血症病毒核酸适配体的筛选及分析

核酸适配体(Aptamer)是一类单链短DNA或RNA片段,具有一定的空间结构,对特定靶分子具有亲和力。本研究采用指数富集配体系统进化技术(SELEX),首次筛选出针对鲤春病毒血症病毒(SVCV)的核酸适配体A2和A15,经过荧光PCR、凝胶阻滞和病毒中和实验,证明了其对SVCV具有结合力和抑制作用,在该病的检测和防治方面具有良好的前景。     

虎源猫瘟热病毒的分离和鉴定

为了分离并鉴定发病虎粪便和脾脏中的1株疑似猫瘟热病毒(FPV),试验将金标记FPV试纸条初步鉴定阳性的虎粪样经无菌处理,接种于猫肾传代(CRFK)细胞。结果表明:经细胞传代成功分离猫瘟热病毒,命名为FPV-HLJ;该毒株接种细胞后能够产生明显细胞病变(CPE);病毒细胞培养液能凝集猪红细胞(凝集效价达26～28),但不能凝集鸡红细胞;电镜观察可见大量外观呈圆形或六边形,大小20～23nm的病毒粒子;对该病毒VP2全基因克隆并测序,该基因全长均为1755个核苷酸,编码584个氨基酸,与FPV标准毒株CU-4(GenBank登录号M38246)VP2基因大小相同,其决定抗原性、血凝性和宿主特异性的几个关键位点的氨基酸符合FPV的氨基酸序列特征,证明该毒株为猫瘟热病毒。     

鹅细小病毒和番鸭细小病毒双重PCR检测方法的建立

根据GenBank上登录的鹅细小病毒(GPV)和番鸭细小病毒(MDPV)基因序列,分别设计合成针对GPV非结构蛋白(NS)和MDPV NS2-VP1基因片段的2对引物GPV U/L和MDPV U/L,将GPV和MDPV提取核酸混合后作为模板,优化PCR反应条件,建立了能同时检测这2种病毒的双重PCR。特异性试验结果显示,引物GPV U/L仅特异性扩增出GPV-GZ1和GPV-GZ2株730bp核酸片段,引物MDPVU/L仅特异性扩增出MDPV的624bp核酸片段,双重PCR扩增出长度分别为730bp和624bp的2条特异性片段,而扩增鸭瘟病毒(DPV)和鹅副黏病毒(GPMV)的核酸扩增结果均为阴性。敏感性试验结果显示,双重PCR能同时检测到14.4pg的GPV核酸和28.8pg的MDPV核酸。结果表明,建立的双重PCR可用于GPV和MDPV的鉴别诊断和联合检测。     

成都市猫泛白细胞减少症病毒、星状病毒和肠道冠状病毒的分子流行病学调查

为了解成都市区猫泛白细胞减少症病毒(FPV)、猫星状病毒(FAstV)和猫肠道冠状病毒(FECoV)的分子流行情况,本试验采集了315份家养猫和34份社区流浪猫的肛门拭子,含228份临床发病猫样本和121份临床健康猫样本,采用PCR方法对所有样本进行病毒核酸检测。同时,根据动物年龄、生活状态和免疫情况等因素进行病原流行分析,并根据病毒基因片段序列构建遗传进化树。结果显示,FPV、FAstV和FECoV的检出率分别为38.4%(134/349)、23.2%(81/349)和19.5%(68/349)。在混合感染方面,以FPV/FAstV(9.5%,33/349)、FAstV/FECoV(4.6%,16/349)和FPV/FECoV(4.3%,15/349)双重感染为主。基于部分基因序列的分析结果显示,样本间FPV VP2基因序列的同源性为95.1%～100%,发病猫毒株分为两个分支,其中一支与葡萄牙毒株(GenBank登录号:KT240136)和加拿大毒株(GenBank登录号:MF069445)遗传关系较近;另一支与中国的CPV毒株(GenBank登录号:KY937664)关系较近。样本间FAstV ORF1b基因序列同源性为90.9%～99.7%,发病猫的毒株的两个分支中一支与葡萄牙毒株(GenBank登录号:KF374704)和美国毒株(GenBank登录号:KM017743)关系较近;另一分支与中国香港毒株(GenBank登录号:KF499111)关系紧密。样本间FECoV的N基因序列同源性范围为89.3%～100%,与美国毒株(GenBank登录号:FJ938059)、意大利毒株(GenBank登录号:GU017092/GU017107)和中国毒株(GenBank登录号:KT852997)关系密切。调查结果表明,成都市区猫携带病毒性腹泻病原的情况较为普遍,部分猫存在多病原混合感染,且病毒基因序列存在明显变异,增加了病原流行及带毒猫发病的风险,需积极地进行临床防控。     

抗猫细小病毒嵌合抗体基因在昆虫细胞中的表达与鉴定

为降低单克隆抗体(MAb)在犬体内的免疫原性,本研究克隆了具有中和猫、犬细小病毒(FPV、CPV)活性的MAb(3EB)的轻、重链可变区基因及犬天然抗体(NAb)轻、重链恒定区基因,通过融合PCR获得鼠-犬嵌合抗体基因。构建能够表达嵌合抗体的重组质粒,经昆虫杆状病毒表达系统对重组嵌合抗体进行表达。SDS-PAGE和western blot试验显示鼠-犬嵌合抗体重链为55ku、轻链为25ku。间接免疫荧光试验显示该嵌合抗体能够与抗犬IgG和FPV特异性结合。上述结果表明,嵌合抗体保留了原MAb3EB对病毒特异结合能力的基础上,将鼠源恒定区替换为犬源NAb的恒定区。病毒中和试验表明嵌合抗体保留了3EB对FPV、CPV的中和活性。本研究首次通过昆虫杆状病毒表达系统表达了抗FPV、CPV的嵌合抗体,降低了原MAb的免疫原性,对FPV、CPV病临床治疗用抗体药物的研制具有重要指导意义。