猪精子发生候选基因PYGO2的分离、表达和亚细胞定位研究

旨在分离猪PYGO2编码区序列，获悉该基因mRNA组织表达模式、蛋白质结构特征、细胞中的分布和定位，并构建蛋白相互作用网络。本研究首先利用RT-PCR从成年版纳微型猪近交系（BMI）睾丸组织中克隆PYGO2编码区序列；利用生物信息学解析其基因结构并对蛋白质进行多种功能分析，比较多个哺乳动物PYGO2的氨基酸序列同源性，构建系统进化树和蛋白质相互作用网络；然后利用qPCR技术检测PYGO2在15个组织中的mRNA表达情况；最后通过构建pEGFP-C1-PYGO2融合表达载体，转染猪睾丸细胞（ST），确定PYGO2的亚细胞定位。结果表明，PYGO2基因CDS长1 221 bp，编码406个氨基酸（基因和氨基酸号分别为KY644518和AVB77243.1），定位在猪4号染色体；PYGO2蛋白二级结构以无规则卷曲为主，N端和C端均疏水；氨基酸序列同源比对分析表明，猪PYGO2与其他哺乳动物的相似度均大于97%，在进化上高度保守；蛋白互作网络分析显示，猪PYGO2与9个蛋白可能存在相互作用，其中与BCL9蛋白作用最为紧密；qPCR表达分析表明，猪PYGO2在被检的15个组织中均有不同程度表达，在生殖腺中表达相对较高；ST细胞中的亚细胞定位结果表明，PYGO2 mRNA主要分布在细胞核。本研究获得了PYGO2基因的编码序列，蛋白质结构和定位，蛋白质相互作用网络，mRNA多组织表达特征，可为进一步解析该基因在猪精子生成中的分子机制提供参考。     

版纳微型猪近交系TSARG7基因克隆及功能生物信息学分析

为获得版纳微型猪近交系（Banna Mini-pig inbred line,BMI）TSATG7基因序列并分析组织表达情况,本研究以GenBank中猪及近缘物种的TSARG7基因mRNA序列为参考序列,设计特异引物扩增BMI TSARG7基因,半定量分析10个重要组织的表达谱,并对蛋白质序列进行功能生物信息学分析。结果显示,获得了BMI TSARG7基因1 371 bp的编码区序列（GenBank登录号：KU950831,对应的氨基酸登录号：AMY60405）,编码456个氨基酸,蛋白质分子质量为52.05 ku,等电点（pI）为9.28。多组织表达分析表明,TSARG7基因在睾丸中高表达,在其他组织中呈中、低表达。功能生物信息学分析表明,TSARG7蛋白质存在1个保守结构域,有3个跨膜螺旋结构,无信号肽序列;N末端疏水,C末端亲水;有5类功能活性位点,位于细胞质的概率是94.1%。本试验结果为进一步研究TSARG7基因在猪精子发生和性成熟方面的作用及功能奠定基础。     

猪ADAR2基因全长cDNA克隆、序列特征及表达模式分析

旨在克隆猪作用于RNA的腺苷脱氨酶2基因（ADAR2）全长cDNA序列,同时对该基因在猪不同组织中的表达规律进行探索。利用RACE （rapid-amplification of cDNA ends）对大白猪ADAR2基因mRNA全长序列进行克隆,并进行生物信息学分析;用荧光定量PCR方法检测35日龄大白猪心、肝、肺、肾、脾、脑、小肠、背最长肌和背部脂肪9种组织中ADAR2的表达水平。结果表明,猪ADAR2基因cDNA全长6 305 bp,共包含12个外显子,编码704个氨基酸,与人、黑猩猩、猕猴、长臂猿、黄牛、山羊和绵羊的CDS区核酸序列和氨基酸序列的一致性均在84%以上。该基因编码的蛋白含有2个双链RNA结合基序和一个脱氨酶结构域。猪ADAR2在检测的各组织中均表达,其中在肺中的表达量最高。综上所述,本研究成功克隆了猪ADAR2基因全长cDNA序列,并且发现其在猪体内广泛表达,为深入研究ADAR2的功能奠定了良好的基础。     

版纳微型猪近交系PPARD基因克隆及95G/A突变检测

为深入研究PPARD在猪体内的调节和功能,以版纳微型猪近交系(BMI)为试验动物,通过RT-PCR方法扩增得到PPARD基因全长编码区序列,在编码区第95位检测到A/G两种核苷酸(GenBank登录号:KP757025、KP757026)。结果表明,该基因编码462个氨基酸,蛋白分子量为49.74kD,等电点为7.53。蛋白质结构分析PPARD存在2个保守域,无跨膜结构,不存在信号肽,存在1个亮氨酸富集的核输出信号,其N端、C端均亲水;亚细胞定位显示该蛋白分泌到细胞周质的概率为69.6%。系统进化分析表明猪与牛、犬的亲缘关系较近。利用qPCR检测了PPARD基因mRNA在BMI 14个组织中的表达量,发现在肝脏、耳朵、脾脏、小肠中表达量较高。     

SPATA3基因克隆及其在牦牛和犏牛睾丸中的差异表达研究

旨在克隆牦牛精子发生蛋白3（spermatogenesis associated 3,SPATA3）基因,并检测其在牦牛不同组织及在不同发育时期牦牛和犏牛睾丸中的表达水平,探讨SPATA3对睾丸发育和精子成熟的影响,为进一步研究该基因在精子形成过程中的作用机制提供理论依据。本试验以牦牛为研究对象,利用RT-PCR克隆技术获取牦牛SPATA3 cDNA序列,使用生物信息软件分析其结构和功能,并检测其在牦牛心、肝、脾、肺、肾、脑、小肠、卵巢、子宫和睾丸组织中的表达谱。通过实时荧光定量PCR（quantitative real-time PCR,RT-qPCR）检测SPATA3基因在牦牛和犏牛睾丸不同发育时期的表达规律;采用免疫组化技术检测SPATA3在牦牛和犏牛睾丸中的细胞定位及表达差异。结果显示,SPATA3基因CDS区为693 bp,编码230个氨基酸,与黄牛、野牦牛和水牛的同源性较高;SPATA3仅在耗牛睾丸组织中特异性表达,其它组织未见其表达。RT-qPCR结果显示,SPATA3基因在牦牛睾丸发育过程中均有表达,其中成年期（4~5岁）睾丸中的表达极显著高于胎牛时期（5~6月,P<0.01）,且其在牦牛不同发育时期睾丸中的表达均极显著高于犏牛（P<0.01）。免疫组化结果发现,SPATA3在圆形精子、长形精子细胞胞浆中均表达,且成年期牦牛睾丸中该基因的表达水平极显著高于犏牛（P<0.01）。综上表明,SPATA3在遗传进化中高度保守,且在牦牛和犏牛睾丸组织中差异表达,该基因低表达可能引起精子形成障碍,从而参与精子成熟进程,但具体功能有待进一步的研究。     

山羊HABP4基因的克隆、序列分析及功能预测

旨在克隆简州山羊HABP4基因,鉴定与HABP4互作蛋白的mRNA表达水平并分析其相关性,为进一步探讨HABP4基因在调控山羊细胞凋亡中的作用奠定基础。于四川省简阳大哥大牧业有限公司随机选取10月龄左右,体重为55 kg左右的健康简州大耳羊公羊（16只）,清晨空腹屠宰后迅速采集各山羊心、肝、脾、肺、肾、小肠、大肠、瘤胃和胰腺9个组织样本,TRIzol法提取组织总RNA,并反转录cDNA。RT-PCR技术克隆山羊HABP4基因cDNA序列,利用在线软件进行生物信息学分析;利用实时荧光定量PCR （RT-qPCR）技术检测HABP4基因在不同组织中的表达量（n=16）以及分析在胰腺（n=16）组织中与该HABP4蛋白可能存在相互作用的10个蛋白的mRNA表达特性及其相关性。结果,成功扩增山羊HABP4基因1 496 bp,包含5'UTR 61 bp,CDS区1 254 bp,3'UTR 181 bp,编码417个氨基酸残基。HABP4 mRNA在山羊各组织中均有表达,在胰腺中表达水平最高,且与UAB52呈极显著正相关,和RPL32、RPS9呈显著正相关,推测其在细胞定位、新陈代谢、多生物过程及生物过程负调节以及翻译起始、核糖体转录、细胞质代谢等方面发挥着重要作用。本研究成功克隆山羊HABP4基因cDNA全长1 496 bp,其可能与UAB52、RPL32和RPS9呈显著正相关。这些结果也为进一步探讨HABP4在调控细胞凋亡过程中的作用提供了参考数据。     

猪ASB2基因CDS区克隆、生物信息学分析及表达规律研究

本研究旨在克隆猪锚蛋白重复序列和细胞信号抑制因子盒蛋白2（ankyrin repeat and suppressor of cytokine signalling box containing protein 2,ASB2）基因完整CDS区序列,通过生物信息学方法分析CDS序列和蛋白质基本特性,探讨其在晋汾白猪不同组织及卫星细胞诱导成肌过程中的表达规律。选取1日龄晋汾白猪为研究对象,依据GenBank中猪ASB2基因预测核苷酸序列设计引物,以背最长肌组织cDNA为模板,采用分段扩增法进行猪ASB2基因的克隆。利用生物信息学软件分析ASB2氨基酸序列及编码蛋白质的结构和功能,利用实时荧光定量PCR技术检测ASB2基因在猪不同组织及卫星细胞诱导成肌过程中的表达水平。结果显示,猪ASB2基因完整CDS区序列长1 824 bp,共编码607个氨基酸。猪ASB2基因核苷酸序列与山羊和牛的相似性最高。生物信息学分析发现,ASB2蛋白为亲水性蛋白,共有54个磷酸化位点,11个O-糖基化位点,1个N-糖基化位点,没有信号肽。保守结构域分析结果表明存在11个ANK基序和1个SOCS基序。猪ASB2蛋白二级结构中无规则卷曲、α-螺旋、β-转角和延伸链分别占43.99%、40.36%、10.05%和5.60%。实时荧光定量PCR结果显示,ASB2基因在猪腰大肌组织中表达量最高,其次为背最长肌和心脏,且与其他组织中表达量具有极显著差异（P<0.01）;在诱导卫星细胞成肌过程中发现该基因表达量呈先升高后降低趋势,提示其可能参与调控肌肉生长过程。本研究结果可为进一步探讨猪ASB2基因功能及作用机制提供参考依据。     

猪DNA甲基转移酶基因家族进化分析

【目的】 探究猪DNA甲基转移酶（DNMT）基因家族的基因特性及表达模式。【方法】 利用生物信息学方法鉴定猪全基因组范围的DNMT基因家族，并对其染色体定位、理化性质、蛋白质结构、亚细胞定位、基因结构、保守基序、系统进化关系、共线性关系和基因表达模式进行分析。【结果】 共鉴定得到5个猪DNMT基因家族成员：PigDNMT1、PigDNMT2、PigDNMT3、PigDNMT4和PigDNMT5，分别位于2、3、13、14、17号染色体上。猪DNMT基因家族进化树分析发现，PigDNMT1和PigDNMT4、PigDNMT2和PigDNMT5的亲缘关系较近。PigDNMT2和PigDNMT5具有相同数量和排列顺序的保守基序，但在基因结构上差异较大。系统进化树结果揭示，猪、人、小鼠和牛的DNMT基因家族分为4个亚族，其中猪与牛的DNMT基因家族亲缘关系更近。基因共线性分析显示，猪与人、小鼠、牛之间都具有4对直系同源DNMT基因，表明4个物种的DNMT基因间存在较强的共线性关系。猪DNMT家族蛋白长度在228~1 706个氨基酸之间，分子质量在26 133.32~192 267.80 u之间，等电点在6.00~9.06之间。二级结构预测分析结果显示，猪DNMT蛋白主要由无规则卷曲组成。亚细胞定位分析发现，5个猪DNMT蛋白定位于细胞核。母猪性腺轴的转录组数据分析发现，PigDNMT1在下丘脑、垂体和卵巢组织中随着初情启动过程而展现出不同的表达模式。【结论】 本研究在猪基因组上共鉴定出5个DNMT基因，并发现性腺轴组织中的PigDNMT1在初情启动过程中呈现出不同的表达模式，为解析猪DNMT基因家族功能提供一些参考。     

猪MORC2基因克隆、生物信息学分析及组织表达定位

【目的】克隆猪的Microrchidia家族CW锌指蛋白2（Microrchidia family CW-type zinc finger 2,MORC2）基因,利用生物信息学手段分析其序列特征,并检测MORC2基因在猪不同组织中的表达情况和卵巢中的定位。【方法】以猪卵巢cDNA为模板扩增和克隆MORC2基因完整CDS区,并进行相似性比对及系统发育树构建;利用生物信息学软件对猪MORC2蛋白序列进行预测;使用实时荧光定量PCR检测MORC2基因在猪不同组织中的表达情况;利用免疫组化方法检测猪MORC2蛋白在猪卵巢中的定位情况。【结果】猪MORC2基因CDS区序列全长3 102 bp,编码1 033个氨基酸。猪MORC2蛋白氨基酸序列与人、黑猩猩、恒河猴、小鼠、牛、绵羊、鸡和斑马鱼的相似性分别为94.8%、94.6%、94.9%、91.9%、93.8%、93.9%、80.8%和64.3%。系统进化树表明,猪与灵长类亲缘关系最近,与反刍动物和啮齿类次之,与斑马鱼（鱼类）亲缘关系最远。猪MORC2蛋白分子质量为117.44 ku,理论等电点为8.16,半衰期为30 h,属于不稳定蛋白。MORC2蛋白的平均疏水性为―0.736,为亲水性蛋白,不含跨膜结构和信号肽。猪MORC2蛋白有174个磷酸化位点、81个糖基化位点;亚细胞定位属于核蛋白,细胞质次之,线粒体中有少量表达;含有经典的MORC蛋白家族结构：GHKL-ATPase、zf-CW和CC结构域。组织表达谱结果显示,MORC2基因在猪各组织中广泛表达,其中在肝脏中表达量最多,显著高于其他组织（P＜0.05）,在心脏、肺脏和肌肉中表达量较少,显著低于其他组织（P＜0.05）。免疫组化结果显示,MORC2蛋白在健康猪卵泡颗粒细胞和膜细胞中均有表达且表达量较高,在闭锁的卵泡颗粒细胞和膜细胞中表达量较少。【结论】试验成功获得猪MORC2基因完整CDS区序列,该基因在猪各组织中广泛表达,MORC2蛋白主要在健康猪的卵泡颗粒细胞和膜细胞中表达。研究结果为进一步研究MORC2蛋白调控猪卵巢发育和卵泡闭锁的分子机制提供理论依据。     

猪神经介素B受体基因慢病毒过表达载体的构建与鉴定

【目的】构建猪神经介素B受体(NMBR)基因慢病毒过表达载体,并检测其在猪Leydig细胞中的表达,为研究NMBR基因过表达在猪睾丸间质(Leydig)细胞中的功能提供参考。【方法】根据猪NMBR基因(GenBank登录号:KM058699)CDS序列设计并合成特异性酶切引物,通过RT-PCR扩增获得猪NMBR CDS全长序列,构建pMD19-T-NMBR质粒;通过Xba Ⅰ和EcoR Ⅰ对pCD513B-1和pMD19-T-NMBR质粒双酶切,构建pCD513B-1-NMBR重组质粒;将pCD513B-1-NMBR重组质粒与辅助质粒共转染人胚肾细胞(HEK-293T),转染48 h后通过荧光倒置显微镜观察细胞中绿色荧光蛋白(GFP)情况,收集细胞培养液上清获得猪NMBR基因过表达慢病毒,并通过倍比稀释法测病毒效价;然后将猪NMBR基因过表达慢病毒转染猪Leydig细胞,转染48 h后观察细胞中GFP表达,收集细胞并通过实时荧光定量PCR检测NMBR mRNA的表达情况。【结果】通过RT-PCR成功扩增获得猪NMBR CDS全长序列,大小为1 173 bp;pMD19-T-NMBR重组质粒双酶切为2条特异性条带,条带大小分别与pMD19-T质粒和猪NMBR CDS序列片段大小一致,表明成功构建pMD19-T-NMBR质粒;通过双酶切获得线性化的pCD513B-1和NMBR序列;RT-PCR和测序结果表明,成功构建慢病毒过表达载体pCD513B-1-NMBR;pCD513B-1-NMBR转染48 h后,HEK-293T细胞中呈现大量绿色荧光,表明病毒包装成功,病毒效价约为4×10⁶ TU/mL;NMBR基因慢病毒转染猪Leydig细胞48 h后,80%以上细胞有GFP表达,表明大部分细胞成功转染慢病毒;实时荧光定量PCR检测结果表明,转染慢病毒后能够极显著增加NMBR mRNA的表达(P＜0.01)。【结论】本试验成功构建了猪NMBR基因慢病毒过表达载体,并证实猪NMBR基因过表达慢病毒能够增加猪Leydig细胞NMBR基因的表达,为研究NMBR基因过表达在猪Leydig细胞中的作用奠定基础。     

鹿茸尖端组织核心蛋白多糖基因全长cDNA的克隆及其表达分析

为了进一步了解鹿源DCN基因的结构与功能,揭示该基因在鹿茸尖端不同组织层的表达规律,本研究从梅花鹿鹿茸尖端组织cDNA文库中首次克隆具有完整编码区的DCN基因全长cDNA序列,并结合生物信息学方法和实时荧光定量RT-PCR技术对该基因的氨基酸序列结构和表达特征进行分析.结果表明,梅花鹿DCN基因cDNA全长为1 831 bp,编码360个氨基酸;其编码蛋白具有N端信号肽,相对分子质量为39.9 ku,理论等电点为8.8,其一级结构中亮氨酸所占比例最高(12.5%);梅花鹿与绵羊DCN氨基酸序列的相似性最高(98%).实时荧光定量RT-PCR分析表明,DCN在间充质层的表达显著高于其他3层组织,提示DCN的抗纤维化活性可能是维持鹿茸间充质层快速生长的重要调节因素.     

紫花苜蓿ＷＲＫ转录因子基因的克隆与亚细胞定位

 ＷＲＫＹ 转录因子家族在植物生长发育各个阶段发挥重要作用。本研究运用电子克隆和ＲＴ－ＰＣＲ 结合的方法获得１个紫花苜蓿ＷＲＫＹ 转录因子家族成员的ｃＤＮＡ 序列,命名为MsWRKY56。该序列长１２６７ｂｐ,包含１个９５１ｂｐ的最大开放阅读框,编码３１７个氨基酸;构建该基因的瞬时表达载体,通过基因枪轰击洋葱表皮的方法对编码蛋白进行亚细胞定位研究,结果表明该基因编码蛋白定位于细胞核,符合转录因子的亚细胞定位特征,为进一步研究该基因编码蛋白的结构和功能奠定了基础。     

Cloning and Functional Bioinformatics Analysis of TSARG7 Gene in Banna Mini-pig Inbred Line

In order to obtain TSATG7 gene sequence and analyze mRNA expression in tissue of Banna Mini-pig inbred line (BMI), we used TSARG7 gene mRNA sequence of pig and related species from GenBank as reference sequences to design specific primers and amplify BMI TSARG7 gene. The semi-quantitative was used to analyze the expression of TSARG7 gene in 10 important tissues, protein sequence was used to carry out functional bioinformatics analysis. A coding sequence of 1 371 bp (GenBank accession No.: KU950831, the corresponding amino acid sequence accession No.: AMY60405) of BMI TSARG7 was obtained, which encoded a protein of 456 amino acids, the protein molecular weight was 52.05 ku, and the isoelectric point was 9.28. Multiple tissue expression indicated that TSARG7 gene expressed highly in the testis, middle and low expression in the other tissues. Functional bioinformatics analysis indicated that TSARG7 protein contained one conserved domain, three transmembrane regions, and no signal peptide sequences;Its N-terminal was hydrophobic and C-terminal was hydrophilic;It had five kinds functional active sites and a 94.1% to located in cytoplasmic. The results of the study would lay a foundation for further study of the gene about its functions in pig spermatogenesis and sexual maturation.     

柳枝稷质膜型水通道蛋白基因PvPIP1的克隆和序列分析

利用同源克隆结合RACE技术从柳枝稷（Panicum virgatum）中克隆得到了cDNA全长为1215bp的柳枝稷质膜型水通道蛋白基因（PvPIP1）,包含867bp开放阅读框序列,编码288个氨基酸,将该基因提交到GenBank,获得登录号KC955176。生物信息学分析表明PvPIP1基因分子量为30.78kD,含有6个跨膜区,2个高度保守的NPA模体结构,存在PIPs的高度保守序列GGGANXXXXGY和TGI/TNPARSL/FGAAI/VI/VF/YN。对其同源性的分析表明,PvPIP1基因与黑麦草（Lolium perenne）和大麦（Hordeum vulgare）的质膜型水通道蛋白同源性高达98%和93%。荧光定量PCR结果显示,在PEG胁迫的任何时间点PvPIP1基因的表达与对照相比都表现上调,在ABA和NaCl胁迫的9h内其相对表达量高于对照,推测PvPIP1基因可能参与柳枝稷对逆境的抗性反应。研究结果将为今后进一步探讨该基因在非生物逆境胁迫中的作用提供依据与信息。     

OPN基因序列分析及其在产蛋后期鸡胫骨中的表达研究

试验旨在研究鸡骨桥蛋白（osteopontin,OPN）基因的结构与功能,并探索其在蛋鸡产蛋后期骨骼组织中的表达特性。采集产蛋后期海兰灰蛋鸡胫骨组织进行RNA提取,根据GenBank数据库中公布的中国原鸡OPN基因序列（登录号：NC_006091.5）,利用Primer Premier 3.0在线软件设计引物,利用RT-PCR扩增OPN基因编码区（coding sequence,CDS）并对其进行生物信息学分析,实时荧光定量PCR检测海兰灰产蛋后期胫骨组织中OPN基因mRNA的表达。RT-PCR及测序结果显示,鸡OPN基因CDS区长795 bp,共编码264个氨基酸。应用Mega 6.0软件构建系统发育树发现,鸡与鹌鹑的亲缘关系最近,同源性为100%,OPN基因在禽类进化的过程中具有高度保守性。生物信息学分析表明,OPN为不稳定的水溶性蛋白,含有信号肽,无跨膜结构域,有27个O-糖基化位点、1个N-糖基化位点和34个磷酸化位点,亚细胞主要定位于细胞质（44.4%）和线粒体（33.3%）,二级结构主要是无规则卷曲和α-螺旋。实时荧光定量PCR结果表明,OPN基因mRNA在胫骨中的表达存在个体差异,但与骨骼强度无关。结果表明,蛋鸡产蛋后期OPN基因表达与骨断裂强度无显著相关,为进一步研究OPN基因在产蛋后期蛋鸡骨代谢中的作用机制提供依据。     

水貂PRLR基因的克隆及生物信息学分析

本研究旨在从水貂卵巢组织中克隆催乳素受体(prolactin receptor,PRLR)基因编码区全长序列,并进行生物学信息分析,为研究其结构和功能奠定基础。根据GenBank中登录的犬PRLR基因的mRNA预测序列(登录号:XM_025436332.1)设计1对引物,采集性成熟的健康水貂卵巢组织样本,提取RNA并反转录合成cDNA,以cDNA为模板PCR扩增PRLR基因,将其插入pEASY-Blunt Simple Vector中,筛选阳性克隆测序后进行生物信息学分析。结果显示,水貂PRLR基因编码区序列全长为1 878bp,编码了625个氨基酸,水貂PRLR基因核苷酸序列与海獭同源性最高,为97.7%。系统进化树分析也显示其和海獭亲缘关系最近。对水貂卵巢PRLR基因编码蛋白进行生物信息学分析表明,PRLR蛋白含有1个信号肽,1个细胞外区域,1个跨膜区和1个膜内区;水貂PRLR蛋白为单次跨膜蛋白,其N端的D1部分含有2对保守的二硫键(Cys36—Cys46和Cys75—Cys86),D2部分含有保守的WS-基序(WS-E-WS)。水貂PRLR蛋白具有和其他PRLR蛋白相似的膜外和膜内结构。本试验结果为进一步研究和揭示水貂PRLR蛋白的结构及功能奠定了基础。     

Cloning and Bioinformatics Analysis of GUCY1A3 and SFXN1 Genes in Cattle

In this study, the human GUCY1A3 and SFXN1 genes sequences in GenBank were chosen as probes to BLAST and got mRNA,and expressed sequence tags (ESTs) of bovine GUCY1A3 and SFXN1 genes. The bovine GUCY1A3 and SFXN1 genes were amplified by sequencing assembling of ESTs and cDNA sequences using RT-PCR. Then,we analyzed encoding proteins of bovine GUCY1A3 and SFXN1 genes with bioinformatics methods. Sequence analysis showed that the bovine GUCY1A3 gene CDS sequence was 2 076 bp,which encoded 691 amino acids, and the bovine SFXN1 gene contained a CDS region of 969 bp, which encoded 322 amino acids. The GUCY1A3 protein contained a CYCc domain, and the phosphorylation sites located in threonine, serine and tyrosine residue. The subcellular localization of GUCY1A3 protein was in the cytoplasm and it did not belong to the secreted protein. The secondary structure of GUCY1A3 protein was mainly composed of alpha helix. The SFXN1 protein contained three transmembrane helical regions and one low complexity sequence, and the phosphorylation sites located in serine, tyrosine and threonine residue. The subcellular localization of SFXN1 protein was in the endoplasmic reticulum and membrane, and it belonged to the transmembrane protein. The secondary structure of SFXN1 was mainly composed of alpha helix. The results laid the foundation for further studies of expression regulation mechanism and function of GUCY1A3 and SFXN1 genes in cattle.     

牛GUCY1A3和SFXN1基因的克隆及生物信息学分析

试验以人GUCY1A3和SFXN1基因序列为探针,BLAST获得同源性较高的牛的表达序列标签（ESTs）序列及部分mRNA序列。通过RT-PCR方法从牛肌肉及脑组织克隆cDNA序列与牛表达序列标签进行拼接,获得牛GUCY1A3和SFXN1基因,并对其进行了生物学特性分析。序列分析表明,牛GUCY1A3基因编码区长2 076 bp,编码691个氨基酸;牛SFXN1基因编码区长969 bp,编码322个氨基酸。氨基酸序列分析表明,GUCY1A3蛋白磷酸化位点分布于丝氨酸（Ser）、酪氨酸（Tyr）和苏氨酸（Thr）残基上,主要分布在细胞质中,不属于分泌蛋白,二级结构预测以α螺旋为主,保守结构域含1个CYCc功能结构域;SFXN1蛋白磷酸化位点分布于丝氨酸（Ser）、酪氨酸（Tyr）和苏氨酸（Thr）残基上,主要分布在内质网和浆膜上,属于跨膜蛋白,二级结构以α螺旋为主,保守结构域含1段低复杂度序列和3段跨膜螺旋区。试验结果为进一步研究牛GUCY1A3和SFXN1基因的表达调控机制与功能奠定了基础。