牛冠状病毒、牛诺如病毒和牛嵴病毒多重PCR检测方法的建立及初步应用

为建立能同时检测牛冠状病毒(bovine coronavirus,BCoV)、牛诺如病毒(bovine norovirus,BNoV)和牛嵴病毒(bovine kobuvirus,BKV)的方法,根据BCoV、BNoV和BKV基因组的保守区域设计3对特异性引物,预期特异性扩增BCoV、BNoV和BKV的片段大小分别为896,542,216 bp,建立了BCoV、BNoV和BKV的多重PCR检测方法。特异性检测结果显示,该方法能特异性扩增BCoV、BNoV和BKV的目的条带,且未扩增出其他犊牛腹泻(calf diarrhea,CD)病原;BCoV、BNoV和BKV的最低检测限分别为9.51×10~5,5.39×10~5,2.23×10~6 copies/μL。对采集自河南部分地区的127份CD样品的检测结果显示,BCoV的阳性率为14.96%(19/127),BNoV的阳性率为6.30%(8/127),BKV的阳性率为4.72%(6/127),三者与单一PCR检测结果相一致。结果表明,本研究建立的多重PCR方法可用于BCoV、BNoV和BKV的检测和流行病学调查。     

牛诺如病毒和牛环曲病毒双重PCR检测方法的建立及初步应用

为建立能同时检测牛诺如病毒(BNoV)和牛环曲病毒(BToV)的方法,根据BNoV和BToV基因组的保守区域设计2对特异性引物,预期特异性扩增BNoV和BToV的片段大小分别为542,698 bp,建立了BNoV和BToV的双重PCR检测方法。特异性检测结果显示,该方法能特异性扩增BNoV和BToV的目的条带,且未扩增出其他犊牛腹泻病原;对BNoV和BToV的最低检出量分别为1.90×10~4,1.86×10~4拷贝/μL。利用该方法对采自河南部分地区的184份犊牛腹泻样品的检测结果显示,BNoV和BToV的阳性检出率分别为11.41%和12.50%,与单一PCR检测结果一致。结果表明,本试验建立的方法对BNoV和BToV的鉴别诊断、混合感染和流行病学调查具有重要的应用价值。     

牛诺如病毒、牛星状病毒和牛环曲病毒多重PCR检测方法的建立及应用

为建立能同时检测牛诺如病毒(BNoV)、牛星状病毒(BAstV)和牛环曲病毒(BToV)的方法,根据BNoV、BAstV和BToV基因组的保守区域设计3对特异性引物,预期特异性扩增BNoV、BAstV和BToV的片段大小分别为542,376,698 bp,建立了BNoV、BAstV和BToV的多重PCR检测方法。结果显示,该方法能特异性扩增BNoV、BAstV和BToV的目的条带,且未扩增出其他犊牛腹泻病原;BNoV、BAstV和BToV的最低检测限分别为1.34×10~4,1.06×10~4,1.03×10~4拷贝/μL。对采集自河南省的221份犊牛腹泻样品的检测结果显示,BNoV、BAstV和BToV的检出率分别为9.96%(22/221),18.10%(40/221)和19.00%(42/221)。三者与单一PCR检测结果相一致。结果表明,本试验建立的多重PCR方法可用于BNoV、BAstV和BToV的检测和流行病学调查。     

牛星状病毒和牛诺如病毒双重PCR检测方法的建立及应用

为建立能同时快速检测牛星状病毒(BAstV)和牛诺如病毒(BNoV)的方法,本研究根据BAstV ORF1a基因和BNoV RdRp基因设计了2对特异性引物,通过优化反应条件,建立了能够同时检测BAstV和BNoV的双重PCR方法。特异性试验结果显示,该方法对牛轮状病毒等5种犊牛腹泻常见病原的扩增结果均为阴性,仅BAstV和BNoV扩增结果为阳性,特异性较强;敏感性试验结果显示,该方法对BAstV和BNoV重组质粒的最低检测限分别为1.09×10~3拷贝/μL和1.42×10~3拷贝/μL,敏感性较高;批内和批间试验结果一致,该方法重复性好。利用该方法和各病原单一PCR方法同时对221份河南省犊牛腹泻粪便样品进行检测,BAstV和BNoV的阳性检出率分别为18.1%和9.96%,两种方法符合率为100%。本研究在国内首次建立了检测BAstV和BNoV的双重PCR方法,其特异性强,敏感性高,重复性好,为BAstV和BNoV的鉴别检测及其分子流行病学调查提供了技术支持。     

牛诺如病毒实时荧光定量PCR检测方法的建立及应用

牛诺如病毒(BNoV)是国内新发的犊牛腹泻病原,笔者拟建立检测BNoV的Real-time PCR方法。根据BNoV流行株的RNA聚合酶(RdRp)基因序列设计引物,通过优化反应条件和体系,成功建立基于EvaGreen检测BNoV的Real-time PCR方法。该检测方法的Ct值与标准品模板在2.24×10~2～2.24×10~8拷贝·μL~(-1)线性关系良好,相关系数R~2=0.997,扩增效率为98.44%;该方法可特异性检出BNoV,对其他犊牛腹泻相关病原呈阴性;最低检测限为22.4拷贝·μL~(-1);批间和批内的变异系数均小于2%,重复性好。对2017年9月—2019年5月采自河南省的221份犊牛腹泻样本中BNoV的检出率为11.31%(25/221),采样场阳性率为92.86%(13/14)。本试验所建方法灵敏度高、特异性强、稳定性好,为BNoV的检测和流行病学调查提供了有力手段。     

牛诺瓦病毒和牛轮状病毒双重RAA-LFD快速检测方法的建立及应用

为建立能同时检测牛诺瓦病毒(bovine norovirus, BNoV)和牛轮状病毒(bovine rotavirus, BRV)的重组酶辅助扩增-侧流层析试纸条(recombinase aided amplification-lateral flow dipstick, RAA-LFD)快速检测方法。本试验按照RAA引物探针设计原则,分别针对BNoV RdRp基因和BRV VP7基因的保守区设计引物和探针,制备标准重组质粒,建立并优化RAA-LFD反应体系,同时对该检测方法进行特异性、敏感性及重复性评估,用建立的RAA-LFD法与PCR法、qPCR法分别对采集的168份腹泻犊牛的临床样本进行平行检测。结果显示,该方法可在20 min, 39℃的条件下扩增目标片段,对BNoV和BRV敏感度均为10³ copies·μL^-1,与PCR的检测结果基本一致,且与牛冠状病毒(bovine coronavirus, BCoV)、牛病毒性腹泻病毒(bovine viral diarrhea virus, BVDV)和牛传染性鼻气管炎病毒(infecti...     

检测牛5种腹泻病毒的多重RT-PCR方法的建立及应用

牛A群轮状病毒（BRVA）、牛冠状病毒（BCoV）、牛病毒性腹泻病毒（BVDV）、牛诺瓦病毒（BNoV）和牛纽布病毒（BNeV）是引起犊牛腹泻的常见病毒,且临床上多存在混合感染的情况。本试验的目的是建立可以同时检测上述5种病毒的多重PCR方法。通过设计引物,优化反应体系和条件,成功建立了可同时检测BRVA、BCoV、BVDV、BNoV和BNeV的多重PCR方法。该方法只特异性检出目标病毒,而对牛星状病毒、牛嵴病毒、牛细小病毒、产肠毒素大肠杆菌、沙门菌和空肠弯曲杆菌等腹泻病原均无扩增,具有良好的特异性和稳定性。对BRVA、BCoV、BVDV、BNoV、BNeV的最低检测下限分别为1.63×10⁵、2.0×10⁶、1.9×10⁵、1.96×10⁵和2.0×10⁵copies·μL^-1。比较试验表明,该多重RT-PCR方法与检测单一病毒的RT-PCR方法的符合率为100%。利用该方法对2019—2020年采集自川西北草原的220份牦牛腹泻样本的检测结果表明,BRV的检出率为40.5%、BNoV的检出率为5.9%、BNeV的检出率为4.5%,而BVDV和BCoV无检出。本研究建立的多重RT-PCR方法可同时检测犊牛腹泻粪便样品中的5种常见腹泻病毒,为牛腹泻的快速诊断提供了技术支持。     

牛诺如病毒实时荧光定量PCR检测方法的建立及应用

牛诺如病毒（BNoV）是国内新发的犊牛腹泻病原,笔者拟建立检测BNoV的Real-time PCR方法。根据BNoV流行株的RNA聚合酶（RdRp）基因序列设计引物,通过优化反应条件和体系,成功建立基于EvaGreen检测BNoV的Real-time PCR方法。该检测方法的Ct值与标准品模板在2.24×10²~2.24×10⁸拷贝·μL^-1线性关系良好,相关系数R²=0.997,扩增效率为98.44%;该方法可特异性检出BNoV,对其他犊牛腹泻相关病原呈阴性;最低检测限为22.4拷贝·μL^-1;批间和批内的变异系数均小于2%,重复性好。对2017年9月-2019年5月采自河南省的221份犊牛腹泻样本中BNoV的检出率为11.31%（25/221）,采样场阳性率为92.86%（13/14）。本试验所建方法灵敏度高、特异性强、稳定性好,为BNoV的检测和流行病学调查提供了有力手段。     

牛传染性鼻气管炎病毒和牛病毒性腹泻病毒双重PCR检测方法的建立与应用

为建立一种针对牛传染性鼻气管炎病毒(infectious bovine rhinortracheitis virus,IBRV)和牛病毒性腹泻病毒(bovine viral diarrhea virus,BVDV)的双重PCR检测方法,根据GenBank中IBRV gB(UL27)和BVDV 5’-UTR基因序列分别合成特异性引物,优化反应条件,建立了能够同时检测IBRV和BVDV的双重PCR方法,并对其特异性、敏感性、重复性进行了测试。结果显示：该方法对IBRV、BVDV和IBRV/BVDV可分别扩增出500、198、500/198 bp的特异性目标条带,对牛呼吸道合胞体病毒、牛冠状病毒、牛细小病毒、牛纽布病毒和牛支原体检测结果均为阴性;对混合液中IBRV、BVDV的最低检测限分别为10⁴和10³ copies/μL;3次重复性试验结果一致。采用建立的方法对79份临床可疑牛血清样品进行IBRV、BVDV和IBRV+BVDV检测,阳性率分别为12.66%、17.72%和8.86%,与IBRV和BVDV单重PCR检测结果符合率分别为90.00%...     

新疆喀什地区安格斯犊牛腹泻主要病毒性病原调查及牛诺如病毒全基因序列分析

【目的】 调查新疆喀什地区安格斯犊牛腹泻主要病毒性病原流行情况及牛诺如病毒（Bovine norovirus,BNoV）全基因组遗传关系。【方法】 采用RT-PCR技术分别对2021年不同季节在喀什4个牛场采集的363份犊牛腹泻粪便样品进行牛轮状病毒（Bovine rotavirus,BRV）、牛冠状病毒（Bovine coronavirus,BCoV）、牛病毒性腹泻病毒（Bovine viral diarrhea virus,BVDV）和BNoV 4种病毒性病原检测,并对扩增获得的BNoV全基因序列进行分析。【结果】 BCoV和BNoV检出率较高,分别为36.09%（131/363）和25.07%（91/363）,混合感染中BCoV＋BNoV检出数量最多,阳性率为44.00%（22/50）。对喀什地区4个场区进行检测,其中A场主要检测出BCoV和BNoV,检出率分别为43.52%（47/108）和32.41%（35/108）;B场主要检测到BCoV,检出率为52.21%（71/136）;C、D场病原检出率普遍较低。秋、冬季检出量最多的病毒分别为BNoV和BCoV,检出率分别为66.67%（50/75）和77.59%（90/116）。对BNoV全基因序列分析显示,本试验检测到的新疆喀什地区BNoV Bo/XJ-KS/01/CHN株（登录号：ON076888）属于GⅢ.2型BNoV,与中国CN/HB-SJZ和CH/HB/BD/2019毒株在进化树中处于同一分支,且与CN/HB-SJZ-2毒株核苷酸相似性最高,为93.70%;与英国分离到的Jena/1999/UK毒株核苷酸相似性最低,为72.49%。进一步对3个开放阅读框（ORF）比对分析发现,测得的BNoV全基因组序列与国内参考株CN/HB-SJZ-2的核苷酸和氨基酸相似性主要是在ORF1区域最高,分别为94.24%和98.69%;与国外参考株Jena/1999/UK的核苷酸和氨基酸相似性主要是在ORF3区域最低,分别为63.59%和64.57%。与国内外毒株比对结果显示,未出现基因重组现象。【结论】 南疆地区犊牛腹泻流行情况因季节、场区不同有一定的差异。病毒性病原主要在秋、冬季感染率较高,以单一BCoV、BRV和BNoV感染为主。本研究测定分析的BNoV GⅢ.2型Bo/XJ-KS/01/CHN全基因序列与中国CN/HB-SJZ-2参考株亲缘关系最近,与国内外全基因组参考序列比对未出现基因重组现象。     

鸭甲肝病毒基因A型和C型双重RT-PCR检测法的建立

为建立同时检测基因A型和C型鸭甲肝病毒(DHAV-A,DHAV-C)的双重RT-PCR方法,本实验根据GenBank中DHAV-A和DHAV-C全基因组序列,针对DHAV-A的3C、3D和DHAV-C的2C区域分别设计了2对引物,通过对反应体系和反应条件的优化及特异性、灵敏度评价,建立了检测DHAV-A和DHAV-C的双重RT-PCR方法.该方法能够分别从DHAV-A、DHAV-C阳性样本中扩增出DHAV-A (259 bp)和DHAV-C (194 bp)的特异片段,而不与其它被检的无关病原发生非特异反应;对DHAV-A和DHAV-C的最低检出限分别为4.98×104拷贝/μL、1.68×104拷贝/μL;对2009年8月至2011年7月送检病料检出DHAV-A和DHAV-C的阳性率分别为20％(14/70)、70％(49/70);随机抽取的DHAV-CPCR阳性样本的病毒分离结果与双重RT-PCR检测结果的符合率为100％(16/16).本研究结果显示,建立的双重RT-PCR方法具有良好的特异性和敏感性,可用于临床DHAV的快速鉴别诊断.     

Establishment of a Duplex TaqMan Real-time PCR Method for Detection of Bovine Viral Diarrhea Virus Types 1 and 2

【Objective】 This study was aimed to establish a duplex TaqMan Real-time PCR method for rapid detection of Bovine viral diarrhea virus types 1(BVDV1) and 2(BVDV2).【Method】 Specific primers were designed based on the 5'-non-coding region of 95 strains of BVDV1 and BVDV2 in GenBank.The positive plasmids containing the target fragments of BVDV1 and BVDV2 were constructed.The reaction conditions were optimized, the standard curve was constructed, the specificity, sensitivity and reproducibility of the duplex TaqMan Real-time PCR method were tested, and the established duplex TaqMan Real-time PCR assay was used to detect the clinical samples collected from Jilin province.【Result】 The results showed that the optimal annealing temperature of the duplex TaqMan Real-time PCR was 57.0 ℃, the optimum primer concentration was 0.5 μmol/L, and the optimum probe concentration was 0.3 μmol/L.The standard curves of BVDV1 and BVDV2 were Y=-3.54X+37.36 (R²=0.990) and Y=-3.18X+35.95 (R²=0.997), respectively.There was no specific amplification of Infectious bovine rhinotracheitis virus (IBRV), Bovine respiratory syncytial virus (BRSV) and Bovine parainfluenza virus type 3 (BPIV3), with intra- and inter-batch CV less than 3%, and the lower limit of detection was 10 copies/μL.The results of clinical samples showed that the overall positive rate was 23.1% (36/156), of which 17.9% (28/156) were positive for BVDV1 and 5.1% (8/156) were positive for BVDV2.【Conclusion】 In this study, a duplex TaqMan Real-time PCR method was established, which could identify BVDV types 1 and 2 simultaneously, quickly and accurately, and provided technical support for the prevention, control and purification of BVDV.     

绵羊痘病毒和山羊痘病毒双重PCR检测方法的建立及应用

为建立鉴别绵羊痘病毒(SPPV)和山羊痘病毒(GTPV)的检测方法,本研究针对这2种病毒的基因组序列,分别设计2对特异性引物,通过对引物浓度、退火温度等的优化,建立了快速鉴别检测SPPV和GTPV的双重PCR方法。该方法分别扩增出SPPV长度为177 bp和GTPV长度为222 bp的目的片段。特异性试验结果显示,该方法对牛疙瘩皮肤病病毒、犬细小病毒、大肠杆菌O157、沙门氏菌、健康羊组织和牛组织均无扩增。敏感性试验显示,该方法最低可检测1.725×107copies/μL的SPPV和1.71×106copies/μL的GTPV。应用该方法对50份临床病料样品进行检测的结果与病毒分离鉴定结果一致,均检出5份感染GTPV的病料和2份感染SPPV的病料,表明该方法可以用于临床病料样品的检测。     

牛疱疹病毒gD-PCR鉴别检测方法的建立

建立一种PCR技术,既能快速检测疱疹病毒1型成员牛传染性鼻气管炎病毒(bovine infectious rhinotracheitisvirus,IBRV),又能区分牛疱疹病毒5型和伪狂犬病毒。根据基因库中牛传染性鼻气管炎病毒的gD基因序列,应用primer 5.0软件设计了gD PCR引物,建立PCR方法,反应条件是:94℃预变性5min,94℃1min,58℃1min,72℃1min,30个循环,72℃7min,4℃5min。该方法能从IBRV阳性样本和参考毒株中扩增出372bp的目的片段,而从同属的牛疱疹病毒5型中扩增出440bp和206bp两条目的片段,从同属的伪狂犬病毒中扩增出303bp的目的片段,但不能从非疱疹病毒属成员猪呼吸与繁殖综合征病毒中扩增出目的条带。该PCR检测IBRV的灵敏度可达1PFU/mL以上。鉴于其灵敏度高、特异性好,可望在牛疱疹病毒感染快速鉴别检测方面发挥重要作用。     

实时荧光定量RT-PCR检测牛库布病毒

牛库布病毒（bovine kobuvirus，BKoV）可能是一个腹泻相关病原，目前还没有检测该病毒的实时荧光定量RT-PCR方法的报道。依据BKoV 3D核苷酸序列，采用Primer 6.0设计了一对引物，通过优化反应条件和反应体系，成功建立了检测BKoV的TB Green染料法实时荧光定量RT-PCR方法。结果显示此方法在4.86×10⁸~4.86×10² copies·μL^-1病毒浓度之间具有良好的线性关系，相关系数为0.999 5，扩增效率为92.75%；此方法只特异性检测BKoV，而与其他常见的腹泻病原没有交叉反应；组内及组间的变异系数均小于2%；最低检测下限为4.86×10² copies·μL^-1。本研究所建的实时荧光定量RT-PCR方法对奶牛和牦牛腹泻粪便样本中BKoV的检出率明显高于已报道的3篇有关RT-PCR方法。对2018年5月-2019年5月采集自青藏高原地区（青海、西藏和四川藏区）的131份牦牛腹泻粪便样本进行检测，结果显示BKoV检出率为31.30%。首次成功建立了检测BKoV的实时荧光定量RT-PCR方法，具有良好的特异性和稳定性，且灵敏度高，为BKoV的检测及流行病学调查提供了一种新的技术手段；并且首次证实BKoV在牦牛中的流行，为牦牛腹泻的防控问题提供了参考。     

猪德尔塔冠状病毒SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR方法的建立及应用

为建立一种猪德尔塔病毒(PDCoV)的快速检测方法,本研究根据NCBI公布的PDCoV序列设计了1对特异性引物,利用RT-PCR方法扩增PDCoV的S基因,将其连接至pMD19-T载体上,以构建正确的重组质粒作为标准品,建立SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR检测方法,并对该方法的敏感性、特异性及重复性进行了验证分析。结果显示:该检测方法在标准品浓度为6.26×10¹~6.26×10⁸copies/μL范围内呈良好线性关系,其相关性为0.999,斜率为-4.312;灵敏度良好,检测下限可达6.26×10¹copies/μL;特异性良好,对PEDV和TGEV两种猪常见病原均无特异性扩增;重复性好,组内和组间变异系数均小于2.0%;利用该方法对43份临床样品进行检测,PDCoV阳性率为4.6%。结果表明,本研究成功建立了PDCoV的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法,为PDCoV快速灵敏的诊断奠定了坚实基础。     

鸡毒支原体与鸡滑液囊支原体双重PCR检测方法的建立

为建立能同时检测鸡毒支原体(Mycoplasma gallisepticum, MG)和鸡滑液囊支原体(Mycoplasma synoviae,MS)的双重PCR诊断方法,该研究根据GenBank中登录的MG gapA基因序列和MS heat shock ATP-dependent protease基因序列,设计2对特异性引物,通过对PCR扩增条件的优化,建立了能够同时检测MG和MS的双重PCR诊断方法。特异性检测结果显示,该方法能够扩增出729 bp的MG和309 bp的MS特异性片段,对禽巴氏杆菌、大肠杆菌、鸡白痢沙门菌、副鸡禽杆菌核酸扩增均为阴性;敏感性检测结果显示,对MG和MS DNA的最低检出量均为5×10^-2 ng/μL;临床样品的检测结果显示,所建立的双重PCR方法可同时有效地检测出MG、MS混合感染和单独感染。该研究建立的鸡毒支原体与鸡滑液囊支原体双重PCR方法具有良好的特异性、敏感性、重复性,为快速、高效检测MG和MS提供了技术支持。     

TaqMan荧光定量PCR检测猪流行性腹泻病毒方法的建立与初步应用

根据GenBank中公布的猪流行性腹泻病毒Ⅳ基因序列,设计了一对特异性引物和探针,扩增长度为186bp的片段。以克隆Ⅳ基因的质粒作为阳性标准品,建立了一种快速检测猪流行腹泻病毒含量的TaqMan荧光定量PCR方法。该方法在10^9-10^1copies／μL范围内具有良好的线性关系,可检测到初始模板中10copies／μL的质粒DNA,以猪圆环病毒、猪乙脑病毒、猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪伪狂犬病毒和猪细小病毒为模板时,均检测不到荧光信号,而重复性实验中其变异系数均小于2％,表明此方法具有很好的特异性和重复性。应用此方法对采集的60份,陆床样品进行检测,其阳性检出率为92％,而用常规RT-PCR方法进行检测,阳性检出率仅为80％。表明荧光定量RT-PCR方法的敏感性明显高于常规PcR检测方法。