副猪嗜血杆菌OMP5 基因的克隆及生物信息学分析

根据GenBank 上公布的副猪嗜血杆菌外膜蛋白OMP5 基因的核苷酸序列,设计1 对特异性引物,对贵州省HPS 分离株OMP5 基因进行扩增。结果表明所扩增的OMP5 基因的长度为1116 bp,与SH0165 株对应的核苷酸序列和氨基酸同源性均为100%。生物信息学分析结果表明,OMP5 基因所编码的外膜蛋白P5 的理论等电点pI为9.34,不稳定系数为20.44,推测其为稳定性蛋白;脂肪指数为83.94,总体平均亲水性为-0.172,推测该蛋白是一种亲水性蛋白;该蛋白含有丰富的α-螺旋、β-折叠、β-转角和无规则卷曲,无跨膜区,最前端的21 个N-末端氨基酸残基为信号肽序列并且主要为疏水性氨基酸,最佳切割位点在第21～22 个氨基酸之间;结构位点预测表明该蛋白含有多个不同的糖基化和磷酸化位点。     

副猪嗜血杆菌OMP5基因的克隆及生物信息学分析

根据GenBank上公布的副猪嗜血杆菌外膜蛋白OMP5基因的核苷酸序列,设计1对特异性引物,对贵州省HPS分离株OMP5基因进行扩增。结果表明所扩增的OIvIP5基因的长度为1116bp,与SH0165株对应的核苷酸序列和氨基酸同源性均为lOO％。生物信息学分析结果表明,OMP5基因所编码的外膜蛋白P5的理论等电点pl为9．34不稳定系数为20．44,推测其为稳定性蛋白;脂肪指数为83．94,总体平均亲水性为-0．172,推测该蛋白是一种亲水性蛋白;该蛋白含有丰富的α-螺旋、β-折叠、β-转角和无规则卷曲,无跨膜区,最前端的21个N-末端氨基酸残基为信号肽序列并且主要为疏水性氨基酸,最佳切割位点在第21～22个氨基酸之间;结构位点预测表明该蛋白含有多个不同的糖基化和磷酸化位点。     

副猪嗜血杆菌OMP2基因的克隆及蛋白结构预测

根据GenBank上发表的副猪嗜血杆菌（HPS）全基因组序列中的外膜蛋白OMP2基因的核苷酸序列,利用Premier Primer5.0和Oligo6.0软件设计1对特异性引物,对从贵州省分离的HPS的OMP2基因进行扩增、克隆、测序和生物信息学分析。测序结果比表明,扩增的HPS分离菌株目的基因长度为1092bp,共编码363个氨基酸,与GenBank上公布的SH0165株（NC₀11852）中对应的核苷酸序列同源性为99.8%,氨基酸同源性100%。生物信息学分析结果表明,OMP2外膜蛋白的分子质量为39087.45Daltons,理论等电点pI为9.21,不稳定系数为16.73,推测其为稳定性蛋白;脂肪指数为70.63,总体平均亲水性为-0.494,推测该蛋白是一种亲水性蛋白;该蛋白含有α-螺旋、β-折叠、β-转角和无规则卷曲,柔性区域较多,呈散在分布,有8个主要的抗原表位;OMP2外膜蛋白序列最前端的19个N-末端氨基酸残基为信号肽序列,最佳切割位点在19～20个氨基酸,且信号肽区域主要为疏水性氨基酸;该蛋白无跨膜区;预测OMP2外膜蛋白可能含有4个N-糖基化位点、1个cAMP和cGMP依赖性蛋白激酶磷酸化位点、8个蛋白激酶C磷酸化位点、7个酪蛋白激酶II磷酸化位点、1个酪氨酸激酶磷酸化位点、9个N-肉豆蔻酰化位点。     

林蛙嗜水气单胞菌外膜蛋白基因的克隆、分析及蛋白结构预测

根据GenBank上发表的嗜水气单胞菌外膜蛋白基因的核苷酸序列设计并合成1对特异性引物,采用PCR方法,扩增出与预期设计的740 bp大小相符的片段,将扩增产物连接到pMD18-T载体上,进行序列测定和分析.结果表明,所克隆的目的基因的核苷酸长为740 bp,共编码246个氨基酸.该基因片段与已发表的嗜水气单胞菌外膜蛋白基因核苷酸序列同源性为98.78%,氨基酸同源性为98.78%.利用生物信息学和分子生物学软件,对嗜水气单胞菌外膜蛋白的结构进行预测,结果表明其为外膜孔蛋白.本试验为嗜水气单胞菌外膜蛋白的表达及基因工程疫苗的研制奠定了基础.     

副猪嗜血杆菌OmpP2基因的克隆及生物学信息分析

为了研究副猪嗜血杆菌外膜蛋白OmpP2基因的结构特征及编码蛋白的功能,根据GenBank中HPS OmpP2基因的DNA序列设计引物,以HPS血清13型江西分离株的基因组为DNA模板,利用PCR扩增OmpP2基因,并将其克隆到pMD18-T载体,进行测序及生物信息学分析。结果表明,此序列编码364个氨基酸,与GenBank上登录的OmpP2序列核苷酸同源性为98.7%~100%,其中与湖北F641株的同源性最高,达到100%;蛋白质的分子理论值为39.14ku,理论等电点为9.14;第1位~第20位氨基酸残基组成信号肽,属于分泌型蛋白;所编码的蛋白属于亲水性蛋白,二级结构以无规则卷曲为主。研究获得了HPS OmpP2基因,为今后研究此基因的生物学功能奠定了基础。     

禽巴氏杆菌C48-1外膜蛋白H基因克隆及序列分析

根据已发表的外膜蛋白基因核苷酸序列设计一对特异性引物，应用PCR方法扩增出禽巴氏杆菌5：A C48-1株的ompH全长片段，将ompH进行T—A克隆、序列测定和分析。结果表明，ompH全长1597bp，含有一个1056bp的开放性阅读框架（ORF），编码352个氨基酸，前20个氨基酸组成信号肽。与已知的15个血清型及痘苗株CU的ompH的核苷酸及其推导的氨基酸序列比较，核苷酸同源性在51．5％～98．7％之间，氨基酸同源性在39．3％～98，7％之间。氨基酸多序列比较显示，血清型特异性抗原表位位于60～80位和200～220位氨基酸处。     

A型产气荚膜梭菌青海分离株tetA(P)耐药基因序列分析及蛋白结构预测

应用PCR技术对A型产气荚膜梭菌青海分离株的tetA(P)耐药基因进行扩增、测序,利用生物软件对tetA(P)基因进行序列分析与蛋白结构预测。结果表明,A型产气荚膜梭菌青海分离株的tetA(P)基因长度为1 263bp,编码420个氨基酸。与参考菌株EHE-NE18、Wakayama、CW92的核苷酸序列同源性依次为100%、99.8%和98.7%,氨基酸序列同源性依次为100%、100%和98.3%。分离株TetA(P)蛋白疏水性较强,具有10个跨膜区,含有4个N-糖基化位点,1个cAMP和cGMP依赖性蛋白激酶磷酸化位点,5个蛋白激酶C磷酸化位点,1个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点,1个酪氨酸激酶磷酸化位点,12个N-豆寇酰化位点,三级结构主要是由α-螺旋和无规则卷曲形成。研究结果可为A型产气荚膜梭菌tetA(P)基因功能研究提供依据。     

副猪嗜血杆菌外膜蛋白TbpB基因的克隆和表达

为了克隆和表达副猪嗜血杆菌(Haemophilus parasuis,HPS)外膜蛋白TbpB基因,试验采用基因工程的方法对已发布的HPS外膜蛋白P5序列进行相关序列分析,设计并合成引物,以HPS血清5型基因组为模板,通过PCR扩增HPS外膜蛋白P5编码基因,获得长为1116 bp的预期基因片段.该基因编码372个氨基...     

E.tenella河北株EtMIC-2基因克隆及生物信息分析

利用RT-PCR技术扩增出柔嫩艾美耳球虫(E.tenella)河北株EtMIC-2基因,将该基因克隆入pMD19-T载体,进行测序、序列分析与蛋白结构预测。测序显示该基因全长为1 029bp,含有1个1 029bp开放阅读框(ORF),编码342个氨基酸。该基因与E.tenella杂交株(ZJ)、北京株(BJ)、广东株(GD)、豪顿株(HD)、GenBank上发表的EtMIC-2基因以及布氏艾美耳球虫的MIC-2基因核苷酸序列同源性分别为99.1%、99.7%、99.6%、99.6%、99.8%和40.6%;与其基因编码的氨基酸序列同源性分别为97.7%、99.1%、98.8%、99.1%、99.4%和38.5%。蛋白结构预测显示该蛋白相对分子质量为35 000,理论等电点PI为4.47,包括4 893个原子,分子式C1500H2429N431-O528-S5,丝氨酸(Ser)在20种氨基酸中所占的比例最高,达12.0%,稳定系数为42.19,脂肪系数为77.05;信号肽的位置为前22个氨基酸;空间结构具有17个α螺旋,19个β折叠,15个转角,24处无规则卷曲;只有1个较强疏水位点(大约在第8~11氨基酸处),没有跨膜区域。     

猪IP-10蛋白真核表达载体的构建

根据GenBank上发表的猪IP-10蛋白的核苷酸序列设计并合成1对特异性引物,采用RT-PCR方法扩增出目的片段,将扩增产物连接到表达载体pcDNA3.1上,进行序列测定和分析。结果表明,所克隆的目的基因的核苷酸长为312bp,共编码104个氨基酸。该基因片段与已发表的猪IP-10蛋白基因核苷酸序列同源性为100%,氨基酸同源性为100%。本试验为重组猪IP-10蛋白的生产及功能研究奠定了基础。     

副猪嗜血杆菌OMP5的克隆表达及其对豚鼠免疫保护作用

根据GenBank中登录的副猪嗜血杆菌外膜蛋白P5(outer membrane protein P5,OMP5)基因序列设计1对特异性引物,以江西分离株NC0807基因组DNA为模板,扩增出OMP5基因。将其克隆到pET-28a(+)中,构建重组表达质粒pET-28a-OMP5,质粒转化大肠杆菌BL21(DE3),通过SDS-PAGE和Western blotting分析重组蛋白的表达情况和反应原性。重组蛋白经镍柱亲和层析纯化后免疫豚鼠,测定其免疫原性和保护效率。结果表明,重组蛋白在大肠杆菌中获得了高效表达。表达的蛋白分子质量约为43 ku,能被副猪嗜血杆菌阳性血清识别。动物试验结果表明,重组蛋白免疫后能诱导产生高水平的OMP5特异性抗体,并可显著保护豚鼠抵抗副猪嗜血杆菌强毒菌株的攻击,提示OMP5是副猪嗜血杆菌的保护性抗原。     

噬菌体展示技术筛选副猪嗜血杆菌外膜蛋白P5的抗原表位

为了研究副猪嗜血杆菌（HPS）外膜蛋白P5的抗原表位,应用噬菌体展示随机12肽库,以抗HPS外膜蛋白P5的单克隆抗体作为固相分子,进行了3轮筛选。对随机挑选出的10个分离间隔良好的噬菌斑进行ELISA和West—ernblot等检验,最终确定了4个各结果均为阳性的优势短肽。将4个短肽序列与GenBank中HPS外膜蛋白p5的序列进行比对分析,发现这些序列没有同源性或同源性较低,但竞争ELISA结果显示这些短肽与单抗的结合都能够被外膜蛋白P5有效的抑制。以上结果显示,通过噬菌体展示技术成功获得了4个HPS外膜蛋白P5的模拟表位,为后期开展以抗原表位为基础的诊断、表位疫苗等研究提供了依据。     

猪细小病毒非结构蛋白NS1基因的克隆、序列分析及蛋白质结构预测

根据GenBank登录的猪细小病毒NADL-2株和China株序列,利用Oligo 6.0软件设计1对扩增NS1全基因的特异性引物,对从贵州省安顺地区检测到的PPV的NS1基因进行扩增、克隆、测序、序列分析和蛋白质结构预测分析。测序结果表明,扩增的目的基因长度为1986 bp,共编码659个氨基酸,其中NS1基因的1287、1288和1298位碱基发生了缺失,导致429、430和433位氨基酸发生缺失。系统发生树结果表明,本试验测序的NS1基因与NADL-2弱毒株处在同一进化分支;氨基酸同源性与NADL-2弱毒株和Kresse毒株最高,均为98.6%。蛋白质结构预测分析结果表明,非结构蛋白NS1的分子质量为75269.76 u,理论等电点pI为7.25,不稳定系数为41.57,推测其为不稳定蛋白质;脂肪指数为73.58,总体平均亲水性为-0.565,推测该蛋白质是一种亲水性蛋白质;该蛋白质含有丰富的α-螺旋、β-折叠、β-转角和无规则卷曲,柔性区域较多,呈连续分布;非结构蛋白NS1无跨膜区和信号肽;预测非结构蛋白NS1含有3个N-糖基化位点、3个cAMP和cGMP依赖性蛋白激酶磷酸化位点、5个蛋白激酶C磷酸化位点、22个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点、1个酪氨酸激酶磷酸化位点、8个N-肉豆蔻酰化位点、1个酰胺化位点及1个ATP/GTP结合位点基序A(P-环);该蛋白质抗原表位较多,存在10个主要的抗原表位。     

副猪嗜血杆菌外膜蛋白表型分析

为揭示副猪嗜血杆菌外膜蛋白与毒力的关系,采用SDS-PAGE测定了82个副猪嗜血杆菌分离株细胞外膜蛋白(OMP),比较了不同临床背景分离株的OMP表型差异,根据外膜蛋白的电泳迁移率Rf值和蛋白含量对OMP与毒力菌株的相关性和PAGE分型进行了聚类分析。图谱表型分析结果表明,82个分离株分成以相对分子质量36～40ku为特征的Ⅰ型和以42～45ku为特征的Ⅱ型2种类型,约34%患病猪分离株属于PAGEⅠ型,只有8.7%健康猪分离株属于PAGEⅠ型。Rf值聚类分析结果显示外膜蛋白分为3种类型,PAGEⅠ、PAGEⅡ和PAGEⅢ型。图谱蛋白含量聚类分析显示5个PAGE型。结果提示,36～40ku蛋白与菌株的毒力相关。     

布鲁氏菌Omp19基因的生物信息学分析、克隆表达和ELISA方法的初步建立

为了进一步研究布鲁氏菌外膜蛋白19（outer membrane protein 19,OMP19）的结构与功能,并获得具有反应原性的OMP19重组蛋白,建立布鲁氏菌间接ELISA抗体检测方法,试验通过生物信息学软件对OMP19蛋白进行氨基酸序列分析,经PCR技术克隆Omp19基因,利用无缝克隆技术构建重组表达载体pET-32a-Omp19,将其转化大肠杆菌BL21（DE3）感受态细胞,诱导其表达并纯化,并通过Western blotting和ELISA分析方法分别检测OMP19蛋白的反应原性,以建立基于该蛋白的间接ELISA方法。结果显示,OMP19蛋白N端有19个信号肽序列,二级结构以无规则卷曲为主,且OMP19蛋白含有优势抗原表位,利用PCR技术和无缝克隆技术成功构建了Omp19基因的原核表达载体pET-32a-Omp19,成功诱导表达并纯化了OMP19融合蛋白,大小约为35 ku,与理论值相符,并通过Western blotting和ELISA方法鉴定OMP19的反应原性,结果表明该蛋白具有较好的反应原性,且包被浓度为10 μg/mL,一抗稀释比为1：50,二抗稀释比为1：8 000时,P/N值最大,为2.80。本研究结果为布鲁氏菌病快速诊断方法的建立和新型疫苗的研发奠定了理论基础。     

Bioinformatics Analysis,Cloning and Expression of Omp19 Gene of Brucella and Preliminary Establishment of ELISA Method

This study was aimed to further investigate the structure and function of Brucella outer membrane protein 19 (OMP19),obtain the recombinant protein of OMP19 with reactivity,and establish the new method for diagnosing brucellosis based on indirect ELISA.The amino acid sequence of OMP19 protein was analyzed by bioinformatics software,Omp19 gene was amplified by PCR,and the recombinant expression vector pET-32a-Omp19 was constructed by seamless cloning method,it was transformed into E.coli BL21 (DE3) competent cells,induced and purified OMP19 protein.The immunogenicity of OMP19 protein was detected by Western blotting and ELISA,respectively,to establish an indirect ELISA method based on the protein.The results showed that there were 19 signal peptide sequences in the N terminal of OMP19 protein,and the secondary structure was random coil,and OMP19 protein contained dominant antigenic epitopes.The prokaryotic expression vector pET-32a-Omp19 was successfully constructed by PCR and seamless cloning method,the OMP19 fusion protein was successfully induced,expressed and purified,the size of protein was about 35 ku,which was consistent with the expect size.The reactivity of OMP19 was identified by Western blotting and ELISA,the results showed that the fusion protein had good reactivity,and the coating concentration was 10 μg/mL.The dilution ratio of the first antibody was 1：50 and the second antibody dilution ratio was 1：8 000,the P/N value reach the highest at 2.80.The results laid a foundation for the establishment of rapid diagnosis of brucellosis and the development of new vaccine.     

猫泛白细胞减少症病毒北京株NS1基因克隆与生物信息学分析

为分析猫泛白细胞减少症病毒（FPV）北京株（FPV-BJ 05株）NS1基因的分子特征及其编码蛋白的生物学功能,本研究对FPV-BJ 05株NS1基因进行PCR扩增、克隆及序列测定。应用生物信息学软件分析FPV-BJ 05株与GenBank上登录的11株FPV参考株NS1基因的同源性,并预测NS1蛋白理化性质、信号肽、跨膜结构、B细胞抗原表位、磷酸化位点、亚细胞定位及蛋白结构与功能、高级结构等。结果显示,NS1基因全长2 007 bp,编码668个氨基酸,且与其他FPV分离株NS1基因核苷酸序列同源性为98.8%~99.3%,氨基酸序列同源性为97.9%~98.8%。系统进化树分析结果显示,FPV-BJ 05株NS1蛋白与GenBank上登录的3株FPV参考株处于同一大分支,但由于氨基酸的突变导致其属于独立的一小分支。NS1蛋白既无信号肽也无跨膜结构域,属于非分泌型的疏水性蛋白。B细胞抗原表位预测结果显示,NS1蛋白柔韧性较好,抗原性及表面可及性较高,预测该蛋白含有13个优势抗原位点。修饰结构预测表明,NS1蛋白含有62个潜在磷酸化位点,27个O-糖基化位点和2个N-糖基化位点。亚细胞定位结果显示,NS1蛋白在细胞质和细胞核的概率较高,分别为69.6%和17.4%。NS1蛋白二级结构中α-螺旋、延伸链、无规则卷曲和β-转角分别占39.37%、15.42%、39.37%和5.84%。应用在线软件SWISS-Modle对NS1蛋白进行建模,预测其三级结构,结果发现NS1蛋白主要以α-螺旋为主。本试验结果将为北京地区FPV免疫诊断及核酸疫苗研究提供理论依据。     

Characteristics of the molecular diversity of the outer membrane protein A gene of Haemophilus parasuis

The molecular diversity of the gene encoding the outer membrane protein A (OmpA) of Haemophilus parasuis has been unclear. In this study, the structural characteristics, sequence types, and genetic diversity of ompA were investigated in 15 H. parasuis reference strains of different serovars and 20 field isolates. Three nucleotide lengths of the complete open reading frame (ORF) of ompA were found: 1098 base pairs (bp), 1104 bp, and 1110 bp. The OmpA contained 4 hypervariable domains, mainly encoding the 4 putative surface-exposed loops, which makes it a potential molecular marker for genotyping. Western blot analysis showed that the recombinant OmpAs of serovars 4 and 5 could cross-react with antiserum to all 15 serovars. Hence, although ompA of H. parasuis exhibited high variation among serovars, this variation did not seem to affect the strong antigenic characteristics of OmpA.     

副猪嗜血杆菌ompP2基因的克隆、表达及间接ELISA抗体检测方法的建立

用PCR方法扩增副猪嗜血杆菌的外膜蛋白ompP2基因,序列测定结果表明扩增片段全长1 188bp。将扩增片段插入表达载体pET-32a,转化BL21进行诱导表达,SDS-PAGE电泳结果证实重组融合蛋白约为60 000,West-ern-blot结果表明重组表达蛋白具有免疫反应性。以纯化的重组蛋白ompP2作为抗原,建立副猪嗜血杆菌的抗体间接ELISA检测方法。通过试验确定最佳反应条件为抗原包被质量浓度4.75mg/L,4℃包被过夜,待检血清的稀释浓度为1∶40,阳性判断标准为D630大于0.383。特异性和重复性试验表明,建立的间接ELISA方法具有良好的特异性和敏感性,可用于副猪嗜血杆菌的检测。     

一株肠炎沙门氏菌鞭毛基因FliC的克隆及生物信息学分析

本研究旨在对肠炎沙门氏菌（Salmonella Enteritidis）鞭毛蛋白FliC基因进行克隆，并对所获序列进行生物信息学分析。提取该菌基因组DNA作为模板，参考GenBank中肠炎沙门氏菌FliC基因序列设计1对引物，利用PCR克隆获得FliC基因，将其插入到克隆载体中进行测序，应用生物信息学软件分析该基因的核苷酸和氨基酸序列，利用BLAST进行同源性比对，并构建系统进化树，同时对该基因编码蛋白的理化性质、亲水性、信号肽、跨膜结构域、糖基化位点和B细胞抗原表位、二级结构、三级结构等进行分析。结果显示，试验成功克隆了1 518 bp的目的基因，编码505个氨基酸。同源性比对发现，FliC基因相对保守，与大肠杆菌属有较高的同源性。该蛋白的化学分子式为C₂₂₅₄H₃₇₀₁N₆₅₇O₈₀₃S₄，理论分子质量为52.981 ku，理论等电点为4.91；不稳定指数为16.86，是稳定存在的亲水蛋白质。结构分析结果显示，该蛋白没有信号肽或跨膜结构域，但具有8个N-糖基化位点、13个O-糖基化位点和60个磷酸化位点，同时还含有26个B细胞线性结合位点和5个T细胞结合位点。二级结构分析显示，α-螺旋、β-转角、延伸链和无规卷曲分别占43.76%、3.76%、20.99%和31.49%。本试验成功克隆了肠炎沙门氏菌鞭毛基因FliC，并对其序列结构进行了分析，为进一步研究鞭毛在肠炎沙门致病过程中的作用及基因工程疫苗的研制提供理论依据。