贵州白香猪选育群体遗传结构变化分析

为了开发贵州白香猪的利用价值,试验采用微卫星标记对白香猪选育群体和原始种群的遗传变异进行了检测.结果表明:2个种群的平均等位基因差距较大,平均杂合度、PIC和平均近交系数均有明显变化,说明贵州白香猪选育群体已成为一个稳定的遗传群体,符合封闭群动物的遗传特征.     

贵州白香猪选育群体遗传结构变化分析

为了开发贵州白香猪的利用价值,试验采用微卫星标记对白香猪选育群体和原始种群的遗传变异进行了检测。结果表明:2个种群的平均等位基因差距较大,平均杂合度、PIC和平均近交系数均有明显变化,说明贵州白香猪选育群体已成为一个稳定的遗传群体,符合封闭群动物的遗传特征。     

北京油鸡群体世代间遗传结构分析

为探讨北京油鸡群体世代间遗传多样性和遗传分化,评估北京油鸡遗传资源保护效果,对北京油鸡2个世代群体的11个微卫星座位进行检测。结果显示:北京油鸡F0和F1世代平均观测杂合度分别为0.594和0.588,平均预期杂合度分别为0.592和0.604,平均多态信息含量分别为0.487和0.497,近交系数FIS平均值分别为-0.007和0.033,群体间基因分化系数FST平均值0.029。研究提示:北京油鸡群体具有丰富的遗传多态性,世代间的近交程度和遗传分化程度低,维持了北京油鸡群体的遗传稳定性,为北京油鸡遗传资源多样性保护及进一步开发利用提供理论依据。     

广西巴马小型猪近交群体的遗传结构分析

本研究以33头广西巴马小型猪为研究对象,利用19个微卫星标记,通过估算其等位基因数(N)、多态信息含量(PIC )和近交系数(F)等参数,对广西巴马小型猪近交群F10~F15世代进行了遗传学检测。试验结果显示,19个微卫星座位上共检测到31个等位基因,其中F10~F15分别具有27、29、28、27、26和25个等位基因,平均每个位点分别仅有1.42、1.53、1.47、1.42、1.37和1.32个等位基因;6个世代群体平均多态信息含量为0.1044。广西巴马小型猪F10~F15世代的平均近交系数分别为0.8070、0.8263、0.8491、0.8710、0.8904、0.9118。结果表明,广西巴马小型猪近交群体的基因多态性低、近交程度高,是一个遗传性稳定的群体。     

北京鸭群体遗传多样性及遗传资源分析

为研究北京鸭群体的遗传结构及遗传多样性,实验分别采集北京鸭F_0(120只)、F_1(100只)和F_2世代(100只)的血液样本,采用荧光标记毛细管电泳方法对北京鸭11个微卫星座位进行分析。结果表明:11个微卫星座位在北京鸭F_0、F_1和F_2世代的平均等位基因/有效等位基因数量分别为4.6/2.5、3.5/1.9和4.5/2.2个;平均多态信息含量分别为0.441 3、0.303 8和0.415 0;平均期望杂合度分别为0.487 7、0.363 3和0.454 2;北京鸭3个世代间的遗传变异指标差异不显著。近交系数及基因流分析结果表明,北京鸭群体3个世代近交系数较低,群体内近交系数为0.086 9,微卫星位点的平均基因流为0.934 1。总体来看,北京鸭群体遗传分化程度低,保持了北京鸭群体遗传多样性。     

贵州5个地方猪品种微卫星标记的遗传多样性

采用微卫星DNA标记对白洗猪、从江香猪等贵州5个地方猪品种的18个微卫星标记的等位基因进行检测,分析贵州5个地方猪品种的遗传多样性及亲缘关系。结果表明:5个猪品种的平均等位基因数、有效等位基因数、多态信息含量、Shannon指数分别为3.0000~3.6667、1.7377~2.6471、0.4042~0.5228、0.7941~1.0367;观察杂合度和期望杂合度分为0.3997~0.5633、0.4647~0.6146,表明贵州5个地方猪品种的遗传多样性较国内大多数地方猪品种低;群体间的遗传分化系数在0.0623~0.2556,表明群体变异主要来源于群体内的遗传变异;基因交流在0.7280~5.0637,表明群体间有一定的基因交流。5个猪品种之间的遗传距离为0.2015~0.3723;聚类结果显示,5个猪品种被分为Ⅰ(宗地花猪)和Ⅱ(白洗猪、黔北黑猪、糯谷猪、从江香猪),Ⅱ支又分为Ⅱ1(白洗猪和黔北黑猪)和Ⅱ2(糯谷猪和宗地花猪)。     

美系獭兔和苏Ⅰ系粗毛型长毛兔的遗传多样性分析

采用15个微卫星标记,对关系獭免和苏Ⅰ系粗毛型长毛兔进行了遗传多样性分析。结果显示：在美系獭兔和苏Ⅰ系粗毛型长毛兔群体中,15个微卫星座位均表现出较好的多态性。关系獭兔的平均等位基因数和有效等位基因数分别为4．6000±1．0556和3．5520±0．9703个．群体期望杂合度和多态信息含量平均值分别为0．7067±0．1030和0．6501±0．1050,群体内近交系数平均值为-0．2580＋0．0033：苏Ⅰ系粗毛型长毛免的平均等位基因数和有效等位基因数分别为5．1333±1．2459和3．7506±0．8081个,群体期望杂合度和多态信息含量平均值分别为0．7270±0．0709和0．6750±0．0824．群体内近交系数平均值为-0．2300±0．003。表明两个家兔群体的微卫星座位有丰富的遗传多样性。     

利用微卫星标记技术分析太湖鹅保种效果

本研究利用微卫星标记对太湖鹅两个世代群体10个微卫星位点进行遗传多样性鉴定,通过分析世代间遗传差异来检测小群保种效果。结果表明:太湖鹅2个世代的10个位点共检测到52个等位基因,0世代和1世代分别检测到49和51个等位基因;两个世代的10个微卫星位点的多态信息含量为0.157 2~1.000 0,两个世代平均多态信息含量分别为0.511 7,0.504 0;两个世代的期望杂合度和表观杂合度分别在0.172 8~0.800 7和0.190 0~1.000 0之间,平均值分别为0.584 4,0.569 6和0.650 0,0.627 0,这两个世代在等位基因、多态信息含量、杂合度上差异均不显著(P0.05)。2个世代相似性系数为0.990 7,遗传距离0.009 3,世代间的相似性系数极高,遗传距离极低。在10个微卫星位点中,0世代和1世代分别存在6个位点不平衡,哈代-温伯格平衡趋于下降趋势。近交增量为0.078%,近交系数达到2%需要的世代数为25。结果提示该保种场保种效果可行。     

运用SNP芯片评估马身猪保种群体的遗传结构

旨在研究马身猪保种群体的遗传多样性、亲缘关系和家系结构。本研究利用Illumina CAUPorince 50 K SNP芯片检测39头保种马身猪的单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP）；采用Plink软件计算最小等位基因频率、多态信息含量、观察杂合度和期望杂合度，分析保种群体的遗传多样性；采用Plink软件构建状态同源（identity by state，IBS）距离矩阵和分析连续性纯合片段（runs of homozygosity，ROH），采用Gmatix软件构建G矩阵，分析保种群体的亲缘关系；采用Mega X软件构建群体进化树，分析保种群体的家系结构。结果显示，39头保种马身猪中共检测到43 832个SNPs位点，平均基因型检出率为0.980 1；通过质控的SNPs位点有28 859个，其中72.4%具有多态性，该款SNP芯片适用于分析马身猪的遗传多样性。有效等位基因数为1.563 4，多态信息含量为0.412，最小等位基因频率为0.258，表明马身猪保种群体的遗传多样性比较丰富；平均观察杂合度为0.354 1，平均期望杂合度为0.349 9，说明马身猪保种群体出现了分化；平均IBS遗传距离为0.284 2，其中公猪为0.285 2，IBS距离矩阵和G矩阵结果均表明部分种猪之间存在亲缘关系；ROH共有8 131个，其中46.15%的长度在400～600 Mb之间，平均近交系数为0.237，说明保种群体的近交程度高；群体进化树结果表明，马身猪保种群体来源于3个家系，各家系的个体数量差异明显。马身猪保种群体的遗传多样性较丰富，但近交程度高，家系少，各家系的个体数量差异大，容易引起遗传多样性的丢失，因此，需从原种场引入新的血统，扩大保种群体数量，降低近交系数。     

湘白Ⅰ系猪近效应分析

<正> 湘白Ⅰ系猪以多元杂交合成育种材料,施行群体继化选育,已进入第6世代的培育。平均以0.65278％的递增速度增加群体近交系数,使群体平均近交水平达到9.62％。不同世代存在不同程度的近交个体。本文通过对这些个体的近交水平分类,旨在了解近交对湘白Ⅰ系猪若干性状的影响和探索如何合理地利用近交。     

基于SNP芯片分析青峪猪保种群体的遗传结构

为了更好地了解青峪猪在世代更替过程中遗传结构的变化,更好的保护和利用青峪猪遗传资源,本研究利用50K SNP芯片,对青峪猪保种群内141头（26头公猪,115头母猪）健康成年个体进行SNP测定,通过多种分析软件对青峪猪保种群体和各个世代进行系谱校正,进而实施群体遗传多样性、遗传距离以及遗传结构变化等分析。结果显示,该封闭保种群由3个重叠世代构成,群体有效含量为12头,且整个群体可以分为6个含有公猪的家系和1个不含公猪的家系。其中,第3世代的有效群体含量最少,仅为3头,多态性标记比例随着世代的增加不断下降;141头青峪猪的平均遗传距离为（0.260 4±0.025 2）,26头种公猪的遗传距离为（0.263 3±0.023 7）。随着繁殖世代的增加,各世代群体的遗传距离有轻微的上升趋势,部分种猪之间的亲缘关系和遗传距离较近;在141头青峪猪群体中共检测到1 481个基因组上长纯合片段（runs of hemozygosity,ROH）,78.01%的长度在200 Mb以内,基于ROH值计算的近交系数表明整个群体的平均近交系数为0.055,且各世代的近交系数在不断上升,到第3世代时已经达到了0.075。综上所述,通过对青峪猪分子水平的群体遗传结构研究表明,该保种群体在闭锁的继代繁育过程中存在群体遗传多样性损失,需要加强选配或导入外血以确保青峪猪遗传资源的长期保存。     

贵州省猪繁殖与呼吸综合征病毒分子流行病学调查

为了解2007年4月至2008年7月贵州省猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)分子流行病学特征,在此期间基于PRRSV的Nsp2基因在全省33个发病猪场展开调查。结果表明,有3种不同Nsp2基因缺失类型毒株在贵州省流行。参考PRRSV经典毒株相应序列,根据Nsp2基因缺失的不同情况将PRRSV贵州省流行毒株分为3种类型,类型Ⅰ(3/33)缺失177个碱基,类型Ⅱ(29/33)缺失90个碱基,类型Ⅲ(1/33)缺失93个碱基。类型Ⅱ毒株与近年来国内广泛流行的高致病性PRRSV缺失情况一致,类型Ⅰ和Ⅲ是2种新发现的缺失型毒株,但其系统发生地位与高致病性PRRSV接近。     

Genetic characteristics of inbred Wuzhishan miniature pigs, a native Chinese breed

The Wuzhishan miniature pig originates from Hainan Island, P. R. China, and is considered useful for medical and veterinary research due to its small size; a mature adult weights less than 25 kg. To reveal the genetic characteristics of this breed, the genetic polymorphism in 4 inbred strains was estimated using 30 microsatellite genes, multiplex polymerase chain reaction, and gene scanning. The average number of alleles at the 30 marker loci was 8.300, 4.533, 6.700, and 7.433, respectively. The polymorphism information content was 0.632, 0.507, 0.653, and 0.691, respectively. The average homozygosity in these strains was 0.537, 0.546, 0.549, and 0.520, respectively. These results indicate a relatively high degree of heterozygosity, perhaps becaquse these strains were inbred for 3 generations. Therefore, a long-term inbred breeding program should be conducted for Wuzhishan pigs to establish an experimental model.     

贵州白香猪与3种杂交猪脏器系数及血液生理指标比较

试验对贵州白香猪及贵州白香猪与大约克猪、杜洛克猪、长白猪3种杂交猪的体重、脏器系数和血液生理指标进行了比较。结果显示,贵州白香猪体重极显著低于3种杂交猪（P＜0.01）;贵州白香猪的脏器指标除心脏外与3种杂交猪均存在差异;贵州白香猪红细胞总数(RBC)和红细胞压积(HCT)极显著高于大约克猪×香猪（YX）（P＜0.01）;贵州白香猪的平均红细胞血红蛋白浓度(MCHC)、白细胞中淋巴细胞数量(LYM)、白细胞中淋巴细胞比率(LYM,%)及白细胞中中性粒细胞比率(GRA,%)与长白猪×香猪（LX）间存在显著差异（P＜0.05）。     

京海黄鸡连续3个世代类胰岛素样生长因子-Ⅰ外显子3的多态性研究

以7、8、9世代京海黄鸡母鸡为试验材料,采用PCR-SSCP技术对IGF-Ⅰ基因外显子3多态位点进行研究,并计算基因型、基因频率、卡方值和部分遗传多态性指标。结果表明,A等位基因随着世代数的增加不断减少;3个世代之间基因型分布达到显著(P＜0.05)或极显著(P＜0.01)差异;遗传杂合度随世代数的增加而升高;该位点3个世代均为中度多态。初步推断选留的确对IGF-Ⅰ基因31位点造成了影响,该位点可应用于育种实践中。     

应用微卫星DNA标记对BWEL-SPF鸡种群的群体遗传学分析

本研究利用14个鸡微卫星DNA标记位点,采用DNA测序仪和荧光素标记分子内标,建立了鸡分子遗传学的检测方法,对F15世代BWEL-SPF鸡种群8个家系群体内和群体间的遗传结构进行了分析。结果表明,被检位点35.7%(5/14)的基因型趋于纯合,家系内等位基因的变异程度显著降低。F-统计量检验结果表明,家系间的遗传分化均达到了极显著水平(P0.001),群体间的变异占到了总遗传变异的12.9%。     

Genetic description of a divergent selection experiment in Angora rabbits with overlapping generations

The chief aims of this paper were the following: (i) to describe the demography and genetic structure in two divergent selected lines for total fleece weight (TFW) of French Angora rabbits with overlapping generations; (ii) to describe the effects of inbreeding during an experiment of divergent selection. A study of longevity with the survival kit showed that there was no significant difference in the risk of death or culling between the low line (LL) and high line (HL). A significant effect of inbreeding (p < 0.05) was observed with a 30% higher risk factor in the highest class of inbreeding coefficient compared with the other classes. The means of generation interval were 562 and 601 days in LL and HL, respectively. The numbers of generations for LL and HL were 3.90 and 3.64, respectively. Generation intervals decreased significantly from 1995 to 2000 (p < 0.05). The number of daughters in HL was very variable. The number of animals per generation was higher in HL than in LL. Each buck left nearly three daughters to the next generation (2.52 in LL, 3.24 in HL). In both lines, the effective number of ancestor genomes still present in the genetic pool of the generation was around eight from the reference population of 1995 to that of 2001. Inbreeding in HL was always higher than in LL. The effect of inbreeding was also significant (p < 0.05) on TFW and live weight. The animals with the lowest inbreeding category produced a higher TFW (p < 0.05) than the others. The observed selection differentials were lower than that expected owing to the breeding animal management rules in order to control inbreeding increase.     

近交陆川猪的遗传稳定性研究

旨在探讨高度近交陆川猪的遗传稳定性。本试验采集20头近交和6头非近交陆川猪的耳组织样品进行个体基因组重测序,通过扫描全基因组SNPs分析近交陆川猪群体的遗传多样性,并基于基因组纯合度挖掘近交陆川猪群体中特异的纯合区域（region of homozygosity,ROHs）及相关基因。结果表明,近交陆川猪群体的观察杂合度（0.373）小于期望杂合度（0.491）,推测其发生了选择或者近交;系统进化树和群体遗传结构分析发现,近交陆川猪群体在近交过程中分化成为两个近交家系,且230、236、239、132、130及126号个体亲缘关系最近;在近交群体中,基因组纯合度和基因组长纯合片段比例的均值分别为59.64%和0.12,都极显著高于非近交群体53.18%和0.05（P<0.01）,说明该近交陆川猪群体已达到高度近交;近交群体和非近交群体中分别有1 250和633个ROHs,重叠分析结果显示,特异存在于近交群体中的阳性纯合区域（positive region of homozygosity,pROHs）有224个,其中由于近交产生的纯合突变可能影响参与激素合成过程、胰液分泌、膜脂代谢过程、IgA产生的肠道免疫网络及纹肌细胞分化等相关的1 322个基因。结果提示,近交陆川猪群体的遗传多样性低、基因组纯合度高且已达到高度近交,说明该群体的遗传稳定性高。此外,近交陆川猪群体在近交过程中产生的纯合突变可能与机体的免疫、生长等生产性状相关。